上海市长宁区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）沪0105民再6号
原告：上海赛威房地产发展有限公司，注册地上海市静安区。
法定代表人：张云，总经理。
委托诉讼代理人：张奕，上海市金马律师事务所律师。
委托诉讼代理人：胡胜，上海中村律师事务所律师。
被告：上海金牛房地产有限公司，注册地上海市浦东新区。
法定代表人：施张伟，董事长。
委托诉讼代理人：江明智，男。
委托诉讼代理人：岳鹏，男。
原告上海赛威房地产发展有限公司(以下简称“赛威公司”)诉被告上海金牛房地产有限公司(以下简称“金牛公司”)合资、合作开发房地产合同纠纷一案，本院于2013年5月17日作出(2012)长民三(民)初字第1787号民事判决。金牛公司不服一审判决，上诉于上海市第一中级人民法院(以下简称“一中院”)。2013年8月13日，一中院作出(2013)沪一中民二(民)终字第1984号终审民事判决。2016年2月24日，一中院作出(2015)沪一中民二(民)监字第1号民事裁定，对原二审判决进行再审。2016年4月29日，一中院作出(2016)沪01民再28号民事裁定书，以原判决基本事实不清、程序违法为由裁定：撤销原一、二审判决，发回上海市长宁区人民法院重审。
本院于2016年5月9日立案受理后，另行组成合议庭审理本案。2016年6月7日、同年11月25日和12月28日，本院三次对本案进行事实调查和调解。2017年3月2日，本院公开开庭审理本案，原告赛威公司的委托诉讼代理人张奕、胡胜，被告金牛公司的委托诉讼代理人江明智、岳鹏到庭参加诉讼。2017年11月29日，本院再次公开开庭审理本案，原告赛威公司的委托诉讼代理人张奕、胡胜，被告金牛公司的委托诉讼代理人江明智到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告赛威公司提出诉讼请求：1、判令被告履行为原告办理本市长宁区剑河路605－607号、609－611号、613号、615－617、619－1号、本市长宁区仙霞西路99、103、105、109、111、113、117号商铺(以下简称“涉讼商铺”)产权证并承担相关费用的约定；2、判令被告赔偿原告损失320万元。庭审期间，原告撤回了第2项诉讼请求，同时请求：判令被告赔偿原告为办理产权证而垫付的土地出让金。事实和理由：原、被告于1993年至1998年联合开发原上海市长宁区哈密路XXX号上海牛奶公司第八牧场改建项目，建成后该项目为上海市长宁区剑河路599弄金虹苑住宅小区。联合开发改建工作完成后，双方于1998年4月29日签订《工程结算协议书》，由被告负责为原告办理该小区内属于原告的商铺的产权证，并承担相关费用。被告于2000年办理房地产权证时，没有依约履行，而是将包括属于原告所有以及双方按份共有的房屋产权全部登记在自己的名下。2010年11月10日，原、被告再次协商后签订《剑河路、仙霞西路商铺交割、产权转让变�登记协议书》约定，乙方(赛威公司)房屋使用权办证手续及登记费用由甲方(金牛公司)承担，乙方负有不可推卸的协助登记义务。但被告至今未履行协议，侵犯了原告的财产权利。原告为妥善解决本案，同意先行垫付土地出让金等费用，而该费用应当由被告承担。
被告金牛公司辩称：不同意原告的全部诉讼请求。理由：原、被告联合建房，有21幢住宅已全部出售，另有商铺由原、被告按分割协议在使用，产权登记在被告名下。由于建房时的土地是划拨性质，被告当时也是同意办理产权变更手续的，只是过户时须支付包括土地出让金等多笔巨额款项，双方无法达成一致，故未履行。被告认为，原、被告共同开发的土地是在国有划拨土地上联合建房，根据已经生效的民事判决书认定，本案涉及到国有土地的转让，故双方签订的联建协议是无效的，原告没有请求确权的基础。退一步讲，即使要过户，也应由原告负担所有费用包括土地出让金，且涉案商铺竣工后，一直由原告占有使用，原告并无损失。因此，被告希望涉讼商铺的产权归被告所有，原告将涉讼商铺交还给被告经营和使用，由被告给予原告合理的补偿。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。对有争议的证据和事实，本院认定如下：
1993年8月2日，被告(甲方)与上海威利德房业咨询有限公司(乙方，以下简称“威利德公司”)签订一份《第八牧场范围住宅联建协议》约定：根据市规划局沪规郊区(92)第1494号文件精神，淞虹新村规划范围内的第八牧场，同意由市牛奶公司按照淞虹新村规划要求改变用地性质，建设职工住宅；乙方补偿给甲方前期费1,500万元；双�的得房比例为80000平方米以下，甲方得45%，乙方得55%；80000平方米以上，超出部分甲方得47%，乙方得53%。
1994年4月29日，上海市人民政府下发沪府土征(1994)126号《关于批准市牛奶公司八牧场一期职工住宅建设工程划拨使用国有土地的通知》，批准市牛奶公司第八牧场一期职工住宅改造工程在新泾港西规划仙霞路南图示范围划拨使用国有土地23175平方米，其中城市规划公路用地921平方米应让出，交市政管理部门辟筑道路，未经批准任何单位不得圈占；上述土地建造职工住宅，不得作为商品房出售，也不得以合资、合作名义建造。
同年12月16日，上海市人民政府下发沪府土征(1994)362号《关于批准市牛奶公司第八牧场二期职工住宅建设工程划拨使用国有土地的通知》，批准市牛奶公司第八牧场二期职工住宅改造工程在新泾港西图示范围划拨使用国有土地26868平方米；……该处土地建造职工住宅，不得建造商品房出售。
1995年1月28日，原告(丙方)、被告(甲方)与威利德公司(乙方)签订《协议书》一份，约定：甲方同意乙方不再作为甲、乙双方于1993年8月2日所订“第八牧场范围住宅联建协议”的另一方，乙方退出后，其在该合同中的所有权利、义务、债权、债务均由丙方享有和承担。
1995年8月16日，原告(乙方)、被告(甲方)签订《补充协议》一份，约定：按市规划局批准的第八牧场总建筑面积进行分配，甲方得45%，乙方得55%；鉴于乙方受宏观调控影响，继续开发资金有一定困难，为加快建设进程，甲方同意收回乙方应得部分的房源，住宅6000平方米，甲方按每平方米建筑面积2,400元结算，即总款项为1,440万元人民币交乙方总承包。
1998年4月29日，原告(乙方)和被告(甲方)签订《工程结算协议书》一份，约定：本协议所称的“八牧”是指在原“上海第八牧场”经营场地内建设“淞虹住宅小区”工程；本协议所称的“工程结算协议”是指甲乙双方对相关费用充抵结算，双方建筑面积的确认，零星地块的处置、房屋权属的让与及费用支付方式、物业管理的转移，建筑房屋的保修范围、费用支付、收回住宅房屋、付款方式及其它协议约定的最终确认或履行；甲乙双方根据《联建协议》、《补充协议》、《工作备忘录》等协议的约定，双方得房比例为甲方得45%、乙方得55%；同时，乙方应补偿甲方前期动迁补偿费1,500万元。现甲乙双方一致同意，双方原得房比例作适当调整，甲方得50%、乙方得50%，同时，乙方不再补偿甲方前期动迁补偿费1,500万元；甲方不再承担原向乙方收回约6000平方米住宅房屋的义务，甲方为此已向乙方支付的1,440万�的回收款在乙方已向甲方支付的前期动迁费中充抵；按双方规划面积得房比例，乙方尚缺甲方建筑面积3325.25平方米；“八牧”基地内的商业面积，沿仙霞西路街面的商业用房(A型房屋底层商场)，由甲方负责无偿办妥属于甲、乙双方的产证；J、K型房底层的商业面积，如甲方办理属甲方部分的产证时，也应无偿负责办妥属于乙方部分的产证；否则，甲方应支付相应款项给乙方补偿；甲方同意将(基地内)零星地块的权属让与乙方；同时，乙方在符合法律、法规对该零星地块作出处置时，甲方必须无偿、无条件负责提供一切办证或建房、配套手续，费用由乙方负责；……1998年7月1日起，甲方正式全面接收“八牧”住宅小区的物业管理工作；“八牧”住宅小区原乙方物业负责的房屋租金收至1998年6月30日止。
上述合作建设项目的建设用地以及《建设工程规划许可证》的核准单位为上海市牛奶公司(现名：上海牛奶(集团)有限公司)。
1998年9月，被告企业名称由上海金牛房地产经营公司变更为上海金牛房地产经营有限公司，后又改为现名。
2000年5月1日，上海牛奶(集团)有限公司出具《上海市房地产转让、登记委托书》，委托金牛公司李勇全权办理上述项目的房地产初始登记事宜。同年7月25日，上海牛奶(集团)有限公司向上海市房屋土地管理局发函，内容为：金牛公司系其下属全资公司，集团公司全权委托金牛公司负责八牧基地的开发、经营、管理活动，特提出：将八牧住宅基地的产权证户名变更为金牛公司。2000年9月，被告将包括涉讼商铺在内的基地房屋产权登记在自己名下。
2002年，原、被告就合资、合作开发房地产合同纠纷在一中院进行诉讼。一中院在判决中认定：《工程结算协议书》中涉及零星国有土地的让与条款，因违反我国法律法规关于国有土地使用权出让、转让的相关规定而被认定为无效，其余条款有效。
2010年11月10日，原告(乙方)、被告(甲方)签订《剑河路、仙霞西路商铺交割、产权转让变更登记协议书》，约定：仙霞西路99－117号，合计房屋使用面积603.56平方米，归乙方所有(乙方实际占有)；剑河路619－621号房屋面积412.68平方米，623－1、623－627号房屋面积686.69平方米，629－631号房屋面积412.68平方米，三单元合计房屋使用权面积1512.05平方米，归甲方所有(甲方实际占有)；剑河路605－607号，房屋面积332.22平方米、609－611号房屋面积630.85平方米、613号房屋面积412.68平方米，三单元合计房屋使用权面积1375.75平方米，归乙方所有(乙方实际占有)；剑河路615—617—619-1号单元房屋面积686.69平方米的分配，双方已经确认并实际占有，甲方实际得房屋面�394.23平方米，乙方实际得房屋面积292.16平方米，但根据现有房屋面积的分割必须按原单元规划设计要求，禁止单元外划分的限制规定，该单元属甲方的房屋面积394.23平方米房屋使用权，由甲方转让给乙方，转让价格每平方米10,800元，合计4,257,684元，转让后该单元房屋使用权面积686.69平方米归乙方所有；本协议签订后，甲乙双方共同向长宁区房地产交易机构提交分证产权登记办证资料(以收件回单或双方确认为准)的当日，乙方向甲方支付转让款；上述乙方房屋使用权办证手续及登记费用，双方根据此前的协议约定，由甲方承担，乙方负有不可推卸的协助登记义务。
同日，原、被告签署《确认书》一份，内容为：剑河路599弄“金虹苑小区”是由原、被告于1993年8月联合开发改造的原上海第八牧场的项目，该项目于1998年竣工交付使用。由于该项目一期工程A、B�栋房屋，自1997年3月起发生严重不均匀沉降现象后，引发了小区居民群体上访的事件。为解决上述房屋的质量问题，在市、区政府指导下，2001年解决了六栋房屋的质量和居民相关的赔偿问题。但是，由于上述房屋质量问题的突发性和敏感性，以及双方的相关联建纠纷涉及司法解决，因此双方协议中约定的仙霞西路、剑河路商铺产权分证工作没能落实，金牛公司在2000年9月的房屋初始登记中将全部面积的商铺产权登记在自己名下。目前，二公司之间长期存在的联建纠纷均已解决，但是，关于剑河路、仙霞西路商铺面积产权原应当初始登记分证的历史遗留问题尚未解决。为此双方通过协商对双方商铺产权面积进行确认，其中赛威公司应得商铺产权办证面积为：剑河路605－607、609－611、613、615—617—619-1，合计商铺建筑面积2062.44平方米；仙霞西路99－117号，合计商铺建筑�积603.56平方米。双方同意根据房地部门的有关规定，办理商铺面积产权登记手续。然此后，原、被告在申请办理产权过户的分证过程中，由于涉及涉案商铺部分的产权所占土地需要缴纳土地出让金，将土地性质由“划拨”变性为“出让”，原、被告均不愿意承担土地出让金，且相关手续也较为复杂，故被告未再作为。因此，涉案商铺的产权变更登记手续延搁至今。
另查，经上海市长宁区房屋土地测绘中心测量，涉案房屋中，仙霞西路99、103、105、109、111、113、117号为一套，建筑面积为603.56平方米；剑河路605－607号为一套，建筑面积332.22平方米；剑河路609－611号为一套，建筑面积630.85平方米；剑河路613号为一套，建筑面积412.68平方米；剑河路615－617、619－1号为一套，建筑面积686.69平方米；涉案商铺建筑面积合计为2666平方米。
原、被告在庭审中确�，涉案商铺自竣工交付后，约定属原告所有的商铺已经由原告实际占有使用；涉及共有部分的商铺由双方按约定比例也已经自行分割使用。
经本院向土地管理部门调查，涉案商铺所占土地目前为“划拨”性质，根据相关法律规定，需要先将土地性质变性为“出让”，之后才可以进行房屋产权过户。具体的操作程序为：由相关主体向土地管理部门提出申请，受理后由土地管理部门委托第三方进行土地价格评估，并依据评估结论决定土地出让金数额，随之与相关申请主体签订合同，相关申请主体在约定期限内缴清土地出让金之后，土地性质遂变性为“出让”。
本院就此向原告释明了诉讼的风险。原告以《承诺书》的方式明确：1、承诺以受让人的身份与土地管理部门签订涉案房屋所涉土地的出让合同；2、在约定时间内全额垫付土地出让金。
庭审期间，本院分别向上海城市房地产估价有限公司、上海市长宁区房地产交易中心以及税务部门就涉案商铺的土地出让金及产权变更登记等事宜进行询价和调查。上海城市房地产估价有限公司回复：2000年时土地出让金按建筑面积(下同)计，住宅约200元/㎡，商业用房220-250元/㎡；2010年按商业用房计价，约3,500元/㎡，现在的价格为7,000-8,000元/㎡，供法院参考。
上海市长宁区房地产交易中心答复：涉案商铺的测绘资料已经齐全，建筑面积、门牌号码与原、被告在协议中的记载相吻合，共五套，分别为：长宁区仙霞西路99、103、105、109、111、113、117号为一套；长宁区剑河路605－607号为一套；剑河路609－611号为一套；剑河路613号为一套；剑河路615－617、619－1号为一套；可以按套或者合并办理房地产权证。
税务部门答复：关于契税问题，计税依据为应�缴的土地出让金和其他费用，税率为3%；如转让不动产，一般涉及以下税种征收：增值税；城市维护建设税；教育费附加；地方教育费附加；土地增值税；企业所得税等。
再查，2000年7月24日，上海市人民政府向上海市房地产交易中心发出【沪府土用(并)[2000]第51号】通知，明确金牛公司在批准的建设用地46933平方米范围内已竣工建筑面积78970平方米的非商品住宅用地直接归并为商品住宅用地；依法收回超出建筑面积5870平方米折合占地3769平方米的国有土地使用权，由市房屋土地资源管理局出让给金牛公司作商品住宅用地。同月28日，上海市房屋土地资源管理局与被告签订《上海市国有土地使用权出让合同》一份，约定被告以143,222元受让上述地块中3769平方米土地使用权，年限为70年。按此计算，土地出让金按土地面积为38元/㎡；按建筑面积为24.40元/㎡。
庭审期间，被告始终未就“原告将涉讼商铺交还给被告经营和使用，由被告给予原告合理的补偿”给出具体解决方案。
上述事实，有《第八牧场范围住宅联建协议》、《协议书》、《补充协议》、划拨土地通知、用地资格审核表、《工程结算协议书》、《建设工程规划许可证》、《上海市房地产转让、登记委托书》、函、《剑河路、仙霞西路商铺交割、产权转让变更登记协议书》、《确认书》、测绘查阅单、平面图、产权证、企业名称变更核准通知书、民事判决书、税务部门的《回函》、【沪府土用(并)[2000]第51号】通知、《上海市国有土地使用权出让合同》、本院所作情况记录及当事人陈述等经当庭质证无误，本院予以确认。
本案的争议焦点集中在：1、联建协议的性质及效力；2、涉案商铺房屋的产权能否变更；3、如果本案所涉商铺的产权发生变动，所涉土地出让金及相关费用由谁承担。本院认定如下：
第一，关于《第八牧场范围住宅联建协议》的性质及效力之争议。原告主张联建协议有效；被告主张无效。本院认为，民事活动应当遵循自愿和诚信原则。案外人威利德公司与被告签订《第八牧场范围住宅联建协议》，其内容为前者出资金，被告出土地，建成后的职工住宅与沿街商铺房屋双方约定了得房比例，体现了双方共同出资、共享利益的法律特点，故合同性质应认定为双方在国有划拨土地上合作建设自用房屋的合同。该联建协议并不违反法律法规的强制性规定，也未损害国家、集体和第三人的合法权益，合法有效，原、被告均应恪守履行。被告抗辩联建协议无效本院不予采纳。
第二，关于涉案商铺房屋的产权能否变更之争议。原告主张被告应当将涉讼商铺按约定进行产权变更登记，被告则不同意。本院认为，原告承继威利德公司的合同权利义务之后，先后与被告签订《工程结算协议书》、《剑河路、仙霞西路商铺交割、产权转让变更登记协议书》均一再约定，被告在办理自有商铺产权时，“应无偿负责办妥属于乙方部分的产证；否则，甲方应支付相应款项给乙方补偿”并承担办证手续及登记费用；而《确认书》中对于涉讼商铺的联建、竣工交付、权利登记及纠纷起因、解决的过程以及后续产权过户登记等事宜均有详细表述，应系双方当事人的真实意思表示。虽然联建协议对出资人取得涉案房屋所占土地使用权、房屋所有权证的性质等约定并不明确，但从本案所涉系列协议约定的内容可以确定，原告分得的商铺所办权证为房地产权证，除《工程结算协议书》中涉及零星国有土地让与条款无效外，其余约定条款以及相关协议书也不�反法律、法规的强制性规定，未损害国家、社会公共利益或第三人的合法权益，应属合法有效。被告主张涉及房屋产权变更登记的协议无效之抗辩本院不予采纳。
涉案房屋已经建成，原告也已经占有使用所分得商铺达十几年之久，尚余被告为原告分配的涉讼商铺办理相关产权变更等合同义务。因此，被告应当本着诚实信用的原则，继续履行合同义务，按照订约目的，依照国家法律、法规的规定为履行后续合同义务作出具体安排，办理涉讼商铺的产权变更登记手续。《剑河路、仙霞西路商铺交割、产权转让变更登记协议书》系2010年11月达成，该协议中约定，被告将按份共有中属于自己的部分产权转让给原告，现双方确认该条款已经终止履行，本院予以确认。
城市房地产管理法第四十条规定，“以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当�照国务院规定，报有批准权的人民政府审批。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金”。上海市规划和国土资源管理局、上海市住房保障和房屋管理局于2010年4月27日所发的“沪规土资法(2010)309号”《关于转让花园住宅和非居住用房补交土地使用权出让金有关问题的通知》也规定，“转让划拨土地上的非居住用房，包括商业、办公、厂房以及住宅小区中配建的商业用房等，应当由受让方办理土地使用权有偿使用手续，并依照国家和本市有关规定缴纳土地使用权有偿使用费用。”
由于涉案房屋所属的土地性质为“划拨”，原、被告在联建后并未向有批准权的人民政府或有关部门申请增加原告为建造后的房屋划拨用地及地上附着物使用权人。因此，涉案房屋所占土地必须在缴纳土�出让金之后由“划拨”转变为“出让”性质，方具备原告主张的将涉案房屋的产权按双方约定进行变更登记的条件。现原告承诺愿意以受让人的身份与土地管理部门签订涉案房屋所涉土地的出让合同，并在约定时间内全额垫付土地出让金，故本案原告诉请被告将涉案商铺按双方约定进行产权变更登记已经不存在法律上的障碍，可以履行。因此，本院确定，原告应当在本院指定期限内履行将涉案房屋所占土地由“国有划拨”使用权性质转变为“出让”性质的手续之义务，被告负有协助义务。在涉案房屋所占土地变性为“出让”之后，被告应当协助原告将涉案房屋按双方的约定进行产权变更登记，并承担办证手续费及登记费，原告相应诉讼请求本院应予支持。
第三，关于本案所涉的土地出让金由谁承担的争议。原告诉请要求被告赔偿，被告则认为应由原告承�。本院认为，被告在2000年9月没有将涉案房屋产权按照双方的约定进行登记，而是登记在了自己的名下，属于违约行为，应当向原告承担违约责任。尤其是，被告在2010年被有关部门明确告知需要补缴土地出让金之后，没有与原告协商或者通知原告办理相关的土地变性手续，反而在此后以联建协议无效相抗衡，也系违约行为，主观上存在过错。基于双方约定的如被告违约应承担的责任为“支付相应款项给乙方补偿”，该约定不甚明确，应当理解为在原告实际受到的经济损失范围内，根据被告的过错程度予以相应赔偿。
关于原告请求赔偿损失的范围。首先，《工程结算协议书》、《剑河路、仙霞西路商铺交割、产权转让变更登记协议书》中对被告无偿为原告所办房地产权证的土地性质约定不明。本院根据协议的内容以及双方的诉辩意见分析，所办房地产权证的土地性质应为“划拨”的房地产权证。然由于双方在协议时没有考虑到需要缴纳土地出让金，而在土地性质为“划拨”的情况下，直接办理房地产权证将受限于法律规定而不可行。因此，根据“谁受益谁缴费”的原则，约定属于原告产权的房屋所占土地如在初始登记时因“变性”而产生土地出让金，应当由原告承担。其次，从2000年9月被告初始登记房屋产权至今，土地出让金并非固定数额，而是呈逐年上升走势，如果被告在进行初始登记时就按约为原告所有及双方共有的商铺办证，应缴的土地出让金总额有限，本院已经查明同时期、同地块的商品住宅按土地面积，土地出让金仅为38元/㎡，如果按房屋建筑面积计算则更低；即便参照本院询价结果，按房屋建筑面积测算最高也仅为250元/㎡。现原告为取得涉案商铺的产权，在被告不作为的情况下需要支付巨额的土地出�金，多支出部分属于因被告违约造成的经济损失。关于经济损失的数额，现参照询价意见，2000年9月原告需要缴纳的土地出让金单价为250元/㎡，原、被告无异议，本院予以确认。约定属于原告独立产权的有四套房屋，建筑面积合计1979.31㎡，相应土地出让金494,827.50元(1979.31㎡×250元/㎡)应由原告承担。而目前土地出让金单价为原告实际支付的土地出让金/2666㎡，原告多缴纳部分属于经济损失的一部分【计算方式：(原告实际支付的土地出让金/2666㎡-250元/㎡)×1979.31㎡】；约定双方按份共有部分建筑面积为686.69㎡，原告按份得292.16㎡，应自行承担土地出让金为73,040元(292.16㎡×250元/㎡)，原告多缴纳部分也属于经济损失【计算方式：(原告实际支付的土地出让金/2666㎡-250元/㎡)×292.16㎡】。综上，原告应自行承担的土地出让金为567,867.50元(494,827.50元+73,040元)；而上述两部分损失合计为【计算方式：(原告实际支付的土地出让金/2666㎡-250元/㎡)×(1979.31㎡+292.16㎡)】。需要指出的是，按份共有部分中，被告按份得394.23㎡，也需要单独承担相应的土地出让金(计算方式：原告实际支付的土地出让金/2666㎡×394.23㎡)，应由被告支付给原告。再次，涉案商铺产权因变更登记而必须发生的土地出让金是一个动态的数额，随土地管理部门受理、评估、订立土地使用权出让合同之后才能确定，故本案审理中尚不能查明原告主张的经济损失确切数额，可在具体执行阶段确定具体数额之后，计算原告主张的实际经济损失【计算方式：原告实际支付的土地出让金-
原告应自行承担的土地出让金567,867.50元-被告应当承担的按份共有部分的土地出让金(原告实际支付的土地出让金/2666㎡×394.23㎡)】，由双方根据本院确定的责任进行分担。
关于双方对经济损失负担的责任确定。原、被告签订的《工程结算协议书》、《剑河路、仙霞西路商铺交割、产权转让变更登记协议书》、《确认书》中均明确约定，由被告无偿办妥属于原、被告双方的产证以及属于原告部分的产证。然被告并未履行该义务，也未及时通知并配合原告与土地主管部门签订土地使用权出让合同，反而以联建协议、《工程结算协议书》无效相抗衡，主观上存在过错，对经济损失的产生应当承担主要责任。原告在被告就涉案商铺进行产权初始登记之后，也没有及时积极、有效的主张权利，直到2012年9月才诉诸法院，也应承担一定的责任。另外，本院考虑到近年来房价连续上涨，原告系得房的受益方等因素，酌定原告自行承担经济损失的35%，被告赔偿经济损失的65%。其余办证手续费、登记费根据约定应由被告承担。
虽然被告提出“原告将涉�商铺交还给被告经营和使用，由被告给予原告合理的补偿”的解决方式，但直至本案法庭辩论结束时，也未给出解决方案，故本案调解不成。
需要指出的是，原、被告在办理涉案商铺的产权变更登记时，如果依照相关规定需要缴纳必要的税费时，应当各自缴纳。
综上所述，原告在履行将涉案商铺所占土地使用权由“划拨”转变为“出让”性质的手续之后，其诉讼请求中的合理部分本院予以支持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十三条第一款，《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十二条、第四十条，《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条第一款之规定，判决如下：
一、原告上海赛威房地产发展有限公司于本判决生效之日起三十日内，至上海市长宁区规划和土地管理局办理上海市长宁区仙霞西路99、103、105、109、111、113、117号、上海市长宁区剑河路605－607号、609－611号、613号、615－617、619－1号房屋所占土地由“国有划拨”使用权性质转变为“出让”使用权性质的手续(包括签订《上海市国有土地使用权出让合同》、支付应缴纳的土地使用权出让金等，具体操作程序按上海市长宁区规划和土地管理局的有关规定进行)，被告上海金牛房地产有限公司负有协助义务；
二、被告上海金牛房地产有限公司在原告上海赛威房地产发展有限公司完成上述第一项判决主文确定的义务之日起十日内，与原告上海赛威房地产发展有限公司共同办理将上海市长宁区仙霞西路99、103、105、109、111、113、117号、上海市长宁区剑河路605－607号、609－611号、613号房屋的产权变更登记至原告上海赛威房地产发展有限公司名下的手续；将上海市长宁区剑河路615－617、619�1号房屋产权变更登记为按原、被告双方一致确认的面积分割比例由原告上海赛威房地产发展有限公司与被告上海金牛房地产有限公司按份共有；
三、上述房屋在办理产权变更登记过程中所涉的办证手续费及登记费由被告上海金牛房地产有限公司负担；
四、被告上海金牛房地产有限公司在原告上海赛威房地产发展有限公司完成上述第一项判决主文确定的义务之日起十日内，向原告上海赛威房地产发展有限公司支付应由被告上海金牛房地产有限公司负担的土地出让金(计算方法：原告实际支付的土地出让金/2666㎡×394.23㎡)；
五、被告上海金牛房地产有限公司在原告上海赛威房地产发展有限公司完成上述第一项判决主文确定的义务之日起十日内，赔偿原告上海赛威房地产发展有限公司经济损失【计算方法：(原告实际支付的土地出让金-
原告�承担部分567,867.50元-被告应承担部分即原告实际支付的土地出让金/2666㎡×394.23㎡)×65%】。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务,应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定,加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费128,440.53元，原告上海赛威房地产发展有限公司负担44,954.19元，被告上海金牛房地产有限公司负担83,486.34元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
审判长 王 俊
审判员 梁 玫
审判员 陆长庆
二〇一七年十一月二十九日
书记员 程 茜
附：相关法律条文
一、《中华人民共和国合同法》
第六十条第一款当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百一十三条第一款当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。
二、《中华人民共和国城市房地产管理法》
第三十二条房地产转让、抵押时，房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权同时转让、抵押。
第四十条以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当按照国务院规定，报有批准权的人民政府审批。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金。以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产报批时，有批准权的人民政府按照国务院规定决定可以不办理土地使用权出让手续的，转让方应当按照国务院规定将转让房地产所获收益中的土地收益上缴国家或者作其他处理。
三、《中华人民共和国民事诉讼法》
第二百零七条第一款人民法院按照审判监督程序再审的案件，发生法律效力的判决、裁定是由第一审法院作出的，按照第一审程序审理，所作的判决、裁定，当事人可以上诉；……