云南省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）云高民一终字第122号
上诉人（原审原告、反诉被告）曲靖市大承建工有限责任公司（原曲靖市境星有限公司）。
法定代表入高春仙，总经理。
委托代理人王格利、边朝辉，云南卢启云律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
上诉人（原审被告、反诉原告）曲靖市浙商商贸有限公司。
法定代表入诸葛福元，董事长。
委托代理人王洪丽，云南精茂律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
委托代理人徐国功，云南万捷律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
被上诉人（原审被告）曲靖绿原草坪绿化有限公司。
法定代表人詹天慧，总经理。
上诉人曲靖市大承建工有限责任公司（以下简称大承建工公司）因与上诉人曲靖市浙商商贸有限公司（以下简称浙商公司）、被上诉人曲靖绿原草坪绿化有限公司（以下简称绿原公司）建设施工合同纠纷一案，大承建工公司与浙商公司均不服云南省曲靖市中级人民法院（2012）曲中民初字第145号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后依法组成合议庭，于2014年4月10日公开开庭进行了审理。大承建工公司的委托代理人王格利、边朝辉，浙商公司的委托代理人王洪丽、徐国功，绿原公司的法定代表人詹天慧到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原审确认的事实如下：2009年11月5日，绿原公司（甲方）与浙商公司（乙方）签订《土地租赁合同》，绿原公司将其位于曲靖市环东路的土地一块，宗地号为0033-031-45，面积为10954.3平方米，出租给浙商公司，用途为建盖市场，租期二十年，自2010年7月15日至2030年7月14日，租金分四个五年支付。《土地租赁合同》第六条第5项：“甲方在名义上建盖市场（具体是乙方在建设及运营），乙方报建时，甲方应积极配合。”2010年6月9日，大承建工公司与浙商公司签订《建筑工程施工合同》，浙商公司浙江商会汽车配件城工程建筑面积20053.72㎡框架三层，发包给大承建工公司，合同价款17635830.66元。2010年6月9日，大承建工公司向浙商公司交纳了1000000元工程押金。合同工期：2010年6月9日开工，同年10月9日竣工。双方于2011年1月18日协商一致，工程完工时间变更为2011年3月30日完工，推迟一天处罚10000元。合同第二部分通用条款三施工组织设计和工期第13.1因以下原因造成工期延误经工程师确认，工期相应顺延：（4）设计变量和工程量增加；13.2承包人在13.1款情况发生后14天内，就延误的工期以书面形式向工程师提出报告。工程师在收到报告后14天内予以确认，逾期不予确认也不提出修改意见，视为同意顺延工期。第三部分专用条款六、合同价款与支付第26条约定：工程款（进度款）支付的方式和时间，基础施工完毕一周内，发包方支付300万元；整个一层（地下层）施工完毕一周内，发包方支付300万元；二层、三层施工完毕一周内，发包方支付300万元；工程竣工验收后一周内，发包方支付完总造价的70%，余额总造价的30%在验收完的一年后的30天之内一次性支付。35.1本合同中关于发包人违约的具体责任如下：本合同通用条款第26.4款约定发包人违约应承担的违约责任承担相关损失，并按5000元处罚。合同第二部分通用条款13.1因以下原因造成工期延误，经工程师确认，工期相应顺延：（4）设计变量和工程量增加；14.2因承包人原因不能按协议书约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期的，承包人承担违约责任。第35.2本合同中关于承包人违约的具体责任如下：本合同通用条款第14.2条款约定承包人违约承担的违约责任按5000元／天承担罚金。浙商公司认可收到2010年1月18日大承建工公司的承诺，但未对所附条件付款2500000元。大承建工公司、监理、设计、勘察单位于2011年4月20日和6月8日对诉争工程基础和主体进行了验收，但对诉争工程未作整体竣工验收。浙商公司于2011年4月22日以固定总价包干的方式新增工程计价1300000元。浙商公司支付自2010年8月9日至2012年4月30日共计支付大承建工公司工程款15818666.66元。在工程施工过程中，2010年9月1日至2011年8月22日期间，大承建工公司、浙商公司通过签证和工作联系单的方式对工程量作增减。经曲靖福海司法鉴定所对曲靖市浙商商贸有限公司工程量增加鉴定：1、浙商汽配城工程量增加（签证和工作联系单部分）造价为3207285.53元；2、浙商汽配城工程未进行造价鉴定的工程量增加（双方已签包干价合同或价格签证）为2138179.27元。浙商汽配城工程量减少（签证和工作联系单部分）造价为3724886.17元。浙商汽配城工程量减少（签证和工作联系单部分）经鉴定造价为3724886.17元。合同价款包干价17635830.66元。2011年4月22日以固定总价包干的方式新增工程计价1300000元，以上工程价款共计20556409.29元。该工程2010年7月开工，实际投资人是浙商公司，绿原公司未支付过大承建工公司工程款项也未参与浙商公司合作经营。审理中曲靖市境星建工有限公司更为曲靖市大承建工有限责任公司，法定代表人变更为高春仙。浙商公司认可2011年10月1日占有使用诉争工程。审理中大承建工公司变更工程量的增加以鉴定后的为准。
原审法院认为，一、关于大承建工公司与浙商公司双方履行的是2010年6月9日还是2012年8月12日《建筑工程施工合同》的问题。综合2010年6月9日，大承建工公司与浙商公司签订的《建筑工程施工合同》，大承建工公司向浙商公司交纳了1000000元工程押金，实际投资人是浙商公司，浙商公司支付大承建工公司工程款15818666.66元，大承建工公司项目经理ＸＸ出具给浙商公司的工程款收据及该工程2010年7月开工等事实，原审法院确认大承建工公司与浙商公司实际履行的是2010年6月9日签订《建筑工程施工合同》。《中华人民共和国合同法》第八条第二款规定：“依法成立的合同，受法律保护。”第四十四条第一款规定：“依法成立的合同，自成立时生效。”第六十条第一款规定：“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”本案中，2010年6月9日，大承建工公司与浙商公司签订的《建筑工程施工合同》，系双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，合法有效。大承建工公司主张其履行的是2012年8月12日与绿原公司《建筑工程施工合同》的依据不充分，不予采信。二、绿原公司主体是否适格的问题。浙商公司与绿原公司提供的《土地租赁合同》、租赁税发票能够证实绿原公司与浙商公司之间系土地租赁关系，虽然大承建工公司与绿原公司签订了《建设施工合同》，客观上绿原公司既不是投资人，也未实际支付过大承建工公司工程款项，也不存在与浙商公司合作“浙商汽配城”项目的事实，故绿原公司不是本案的适格主体。三、浙商公司应支付大承建工公司多少工程款的问题。《中华人民共和国合同法》第六十条第一款规定：“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”诉争工程价款共计20556409.29元，浙商公司已支付大承建工公司15818666.66元，尚有4737742.63元未支付，浙商公司应依约支付下欠大承建工公司工程款4737742.63元。2011年10月1日，浙商公司已占有使用了诉争工程2年多，大承建工公司交纳的1000000元工程押金也应予返还。四、关于大承建工公司与浙商公司是否在违约的问题。双方签订的《建筑工程施工合同》约定：2010年6月9日开工，同年10月9日竣工。2010年1月18日，大承建工公司项目经理ＸＸ承诺于2011年3月30日全部完工，并且在工程施工过程中，大承建工公司与浙商公司于2010年9月1日至2011年8月22日期间，双方以签证和工作联系单的方式对工程量作了增减，但对工程量增减完工时间未作约定，应视为对竣工时间的变更，至今诉争工程仍未验收，浙商公司不能举证证实大承建工公司延迟完工构成违约的事实，应承担举证不能的法律后果。浙商公司反诉大承建工公司违约的请求不能成立，不予支持。《中华人民共和国合同法》第一百零七条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”《建筑工程施工合同》约定：工程竣工验收后一周内，发包方支付完总造价的70%，余额总造价的30%在验收完的一年后的30天之内一次性支付。浙商公司2011年10月1日占有使用诉争工程，根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条：“当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：（三）建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。”诉争工程至今未验收，故应认定2011年10月1日为竣工日期，至今浙商公司已超过余额总造价的30%在验收完的一年后的30天之内一次性支付的约定，浙商公司未按约定支付大承建工公司工程尾款4737742.63元，构成违约，应承担违约责任，依约定浙商公司应支付大承建工公司违约金1775000元（355天×5000元=1775000元，算至起诉时2012年9月20日止）。浙商公司应支付大承建工公司工程款4737742.6元及工程押金1000000元。浙商公司对减少工程量申请重新鉴定，经审查，该鉴定意见来源及程序合法，并且鉴定人员出庭接受质询并作了说明，客观真实，浙商公司亦未能提供人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论存有最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七规定重新鉴定的情形之一证据证明，不准予以重新鉴定。依照《中华人民共和国合同法》第八条第二款、第四十四条第一款、第六十条第一款、第一百零七条之规定，判决：“一、由曲靖市浙商商贸有限公司支付曲靖市大承建工有限责任公司工程款人民币4737742.63元，工程押金1000000元。二、由曲靖市浙商商贸有限公司支付曲靖市大承建工有限责任公司违约金1775000元。以上一、二项合计人民币7512742.63元，于本判决生效后15日内履行完毕。三、驳回曲靖市浙商商贸有限公司的反诉请求。四、驳回曲靖市大承建工有限责任公司的其他诉讼请求。案件受理费128123元，由曲靖市大承建工有限责任公司负担73805元，由曲靖市浙商商贸有限公司负担54318元。反诉案件受理费11200元，曲靖市浙商商贸有限公司负担。”
原审判决宣判后，大承建工公司与浙商公司均不服，向本院提起上诉。大承建工公司上诉请求：1.依法撤销（2012）曲中民初字第145号民事判决第（一）、（二）项，改判由浙商公司和绿原公司连带支付大承建工公司工程款14440461.82元，退还工程押金1000000元，支付违约金2280000元（2011年6月15日计算至起诉日共计456天×5000元／天），以上共计17720461.82元；2、由浙商公司和绿原公司承担一、二审全部诉讼费用。大承建工公司在庭审中对其上诉请求作出说明，原审判决第（一）项中的工程押金1000000元应退还，不予撤销。大承建工公司主张的工程款是14440461.82元，对超出该数额的部分予以放弃。其主要理由是：（一）一审认定事实错误。1、本案争议的两份合同，一份未经招标备案，一份经中标并备案，一审认定未备案合同，否认备案合同，认定事实错误。本案争议的两个建设工程施工合同，一份为2010年6月9日，大承建工公司与浙商公司签订的合同，价款为17635830.66元，一份为2010年8月12日大承建工公司与绿原公司签订的合同，价款为26097700元，两份合同工程名称均涉及“浙商汽配城”，工程内容均为“建筑面积20053.72㎡框架三层”。经一审查明，两份合同涉及的工程实属同一工程。一审认定绿原公司与浙商公司因存在土地租赁关系，实际投资人为浙商公司，且绿原公司未支付过大承建工公司工程款项，也未参与浙商公司合作经营，所以实际履行的合同应为“6.9”合同而不是“8.12”合同。一审法院采信未经备案的“6.9”合同错误。2、一审认定绿原公司与本案争议的建设工程在主体上不适格错误。不认定绿原公司为本案承担付款义务的适格主体错误。3、一审认定减少工程款3724886.17元错误。一审以司法鉴定及补充说明，认定争议的建设工程减少工程量造价为3724886.17元错误。作为工程变更的七份“工作联系单”，只有浙商公司一方和代表甲方的监理单位的签章，没有大承建工公司的签章，不应作为减少工程款的依据。4、一审对违约事实认定正确，但认定计算的起始日期错误。认为争议工程没有验收过，以实际转移占有建筑物的2011年10月1日为起始日期不当。（二）一审判决适用法律错误。一审法院以绿原公司不适格为由适用法律错误。应确认绿原公司为本案适格主体，承担相应的付款义务。
浙商公司答辩称，大承建工公司的上诉理由不能成立。第一、关于本案实际履行的合同问题。如果两份合同当事人同一的话，备案合同优于未备案合同，但是在本案两份合同中，合同的主体不同，真正履行合同的是浙商公司与大承建工公司。甄别实际履行的是哪一份合同，要看履行合同的当事人是谁。第二、对于工程款的问题，大承建工公司与浙商公司对鉴定结论均有异议。第三、大承建工公司认为浙商公司违约，但是计算违约金的期限不对，而浙商公司认为没有违约，是大承建工公司工期严重滞后，存在违约行为，违约金相抵尚欠工程款的话，浙商公司不应再支付款项。对于事实认定部分，一审认定6月9日签订的合同是正确的，本案不存在黑白合同，因为本案中两份合同的主体不一样。是否经过备案也不应该成为认定哪一份是实际履行合同的依据。原审对绿原公司主体认定是正确的。对于鉴定，浙商公司提交的明细表制作时间在工程交付后，浙商公司确实是在诉讼过程中制作的，但是不影响签证本身的时间认定。一审中，大承建工公司对鉴定没有提出意见，应当视为对鉴定报告的认可。
绿原公司答辩称，绿原公司与浙商公司签订土地租赁合同，将绿原公司享有使用权的土地出租给浙商公司开发，浙商公司自行出资开发，所产生的债权债务与绿原公司无关。基于绿原公司是土地使用权人，绿原公司配合报建，并在相关文件上盖章，绿原公司与大承建工公司形式上有合同，但实际上没有合同关系。请求法院维持原判。
浙商公司上诉请求：1、依法撤销（2012）曲中民初字第145号民事判决；2、请求二审法院查明事实，依法改判，驳回大承建工公司的诉讼请求，由大承建工公司向浙商公司支付工期延误违约金1955000元；3、由大承建工公司承担一、二审全部诉讼费用。其主要理由是：（一）一审法院认定事实错误。1、一审法院对浙商公司所支付的工程款项数额认定错误。一审法院在证据认定部分称，“原告认可收到15130000元工程款……水电费30000元、工程税款666399元，原告予以认可，予以采信，2500000元的借款利息238666.66元，原告予以认可，予以采信……付款委托书、收据能证明被告付款420000元的事实，予以采信”，则根据上述已采信证据证明的事实，浙商公司已支付的款项共计16485066.55元，而一审法院却仅认定浙商公司支付了15818666.66元工程款，系事实认定错误。2、一审法院对诉争工程价款的数额认定错误。一审法院采用福海司法鉴定中心对诉争工程所作造价鉴定意见，将诉争工程价款计算为20556409.29元，系事实认定错误。首先，一审法院对委托福海司法鉴定中心所作两份鉴定予以采信错误。两份鉴定书存在系由一人完成的程序瑕疵。其次，即使不考虑福海司法鉴定中心鉴定意见的证据效力问题，一审法院对工程价款的计算也存在重复计算总价包干价款1300000元的错误。从价款构成上看，其所指称的工程款项即大承建工公司与浙商公司双方在诉讼过程中共同认可的“以固定总价包干的方式新增工程价款130万元”、“以签章确认方式新增工程计价778179.27元”以及“铝合金门窗资金60000元”三部分工程款之和。而一审法院在计算诉争工程价款时既计算了鉴定意见中的价款2138179.27元，同时又另外计算了“以固定总价包干方式新增工程计价1300000元”，因此，重复计算了总价包干合同价款1300000元，致工程价款总额计算错误。（二）一审法院判决浙商公司承担违约责任没有事实依据。一审法院认定，本案诉争工程的竣工时间为2011年10月1日，根据前述约定，浙商公司应当在2011年10月8日前支付至合同价款的70%，余款在2012年10月31日前支付完毕。本案中，诉争《建筑工程施工合同》的价款为17635830.66元，至2011年10月8日，浙商公司共计支付的款项〖HT3，4〗为14594066.55元，支付比例为82.75%，〖HT〗远超出合同约定的70%的付款比例，不存在违约行为。对于余款的支付问题，因大承建工公司在余款付款时间届满之前的2012年9月22日提起了本案诉讼，而双方又对工程价款有争议，有待法院做出判决作为支付依据。因此，对于余款的支付，也不能认定浙商公司存在超过约定时间付款的违约行为。综上，浙商公司在本案中不存在违约行为，判决浙商公司承担违约责任没有事实依据。（三）一审法院不支持浙商公司的反诉请求的判决理由不成立。本案中不能认定浙商公司与大承建工公司对工期进行过顺延。另外，一审法院已作了“2011年10月1日为竣工日期”的认定。综上，一审法院认定事实不清，存在多项错误，请求二审法院查明事实，依法改判。
大承建工公司答辩称，第一、本案首先要确定合法有效的合同，具体的工程款金额在质证后由法院认定。第二、对于鉴定，大承建工公司认为鉴定只是计算方法，并不是法律适用，鉴定结论能否作为定案依据由法庭认定。第三、对于违约，一审认定浙商公司违约是正确的。浙商公司主张迟延交工违约金没有事实和法律依据。
绿原公司答辩称，绿原公司不是涉案合同当事人，故对于浙商公司上诉不提意见。
二审征询各方当事人对原审认定事实的意见。大承建工公司有以下异议，1、对浙商公司与绿原公司合同的真实性不认可。2、验收主体遗漏了建设方绿原公司。原审认定对诉争工程未作整体验收，大承建工公司认为竣工验收已经做了。3、遗漏认定签证单的审核主体有绿原公司。4、减少工程量认定错误，工程量减少是1803687.67元。对于合同包干价，实际履行的是8月12日的合同，合同包干价为2609.77万元，工程款总额是31443164.80元。5、合同约定开工时间是2010年8月，绿原公司和浙商公司都是实际投资人，双方是合作经营的关系。浙商公司有以下异议，1、浙商公司已付款为17755066.55元。2、工程总价款应当是19256409.29元，一审认定工程时重复计算了1300000元。除此之外，双方对其他事实无异议。绿原公司对原审确认的事实无异议。本院对各方均无异议的事实予以确认，对有异议的事实在后评述。
二审另查明，1、2010年8月12日，绿原公司与大承建工公司签订《建设工程施工合同》（合同价款26097700元），该合同建筑面积与涉案2010年6月9日浙商公司与大承建工公司所签订《建设工程施工合同》（合同价款17635830.66元），工程名称同一，均为“浙江商会汽车配件城工程”，建筑面积同一，地点同一，两份合同只是工期、价款等不同。2、大承建工公司庭审认可其所交的1000000元履约保证金，是针对2010年6月9日其与浙商公司签订的《建设工程施工合同》，因为当时绿原公司与大承建工公司2010年8月12日《建设工程施工合同》尚未签订。3、绿原公司未向大承建工公司支付过任何工程款，在本案诉讼前，大承建工公司也从来没有向绿原公司主张过工程款。4、浙商公司与大承建工公司在2011年2月22日（包干价45万元）、4月22日（包干价63万元）、6月14日（包干价22万元），双方分别以《工作联系单》、《工程施工合同》共同确认三部分价款总额为1300000元。
双方二审争议焦点是：1、大承建工公司与浙商公司实际履行的是哪一份《建设工程施工合同》？2、绿原公司主体是否适格？3、浙商公司应向大承建工公司支付的工程款是多少？4、违约责任和违约金如何认定？
（一）关于大承建工公司与浙商公司实际履行的是哪一份《建设工程施工合同》问题。
本院认为，2010年6月9日，大承建工公司与浙商公司签订《建设工程施工合同》之后，大承建工公司即于当天向浙商公司交纳了工程押金1000000元。根据查明的事实，涉案合同实际投资人是浙商公司，在合同履行过程中，也是由浙商公司向大承建工公司支付工程款16485066.55元。根据大承建工公司项目经理ＸＸ出具给浙商公司的工程款收据及该工程2010年7月开工等事实，原审法院确认大承建工公司与浙商公司实际履行的是2010年6月9日签订《建设工程施工合同》符合事实。因此，大承建工公司与浙商公司实际履行的是双方于2010年6月9日签订的《建设工程施工合同》，大承建工公司主张其履行的是2012年8月12日与绿原公司签订的《建设工程施工合同》，没有事实及法律依据。故对大承建工公司的上诉主张，本院不予采纳。
（二）关于绿原公司主体是否适格的问题。
本院认为，根据浙商公司与绿原公司在诉讼中提供的《土地租赁合同》、租赁税发票等，能够证实绿原公司与浙商公司双方之间仅为土地租赁关系，虽然大承建工公司与绿原公司签订了《建设工程施工合同》，但绿原公司既未针对该合同履行实际投资，绿原公司也没有实际支付过大承建工公司任何工程款项，本案诉讼前，大承建工公司作为实际施工人也没有向绿原公司主张过工程款。至于大承建工公司所交工程押金1000000元，也是针对2010年6月9日其与浙商公司签订的《建设工程施工合同》，而在其与浙商公司之间进行交付和收取。大承建工公司不能举证证实绿原公司与浙商公司合作并共同投资“浙江商会汽车配件城工程”项目的事实，故绿原公司不是本案的适格主体。大承建工公司理由不能成立。
（三）关于浙商公司应向大承建工公司支付工程款是多少的问题。
本院认为，原审人民法院在审理中，对于大承建工公司与浙商公司分别就诉争工程造价增加和减少部分等问题申请鉴定，委托了鉴定机构进行鉴定。而在原审庭审中，大承建工公司亦当庭明确表示涉案鉴定结论真实客观，对合法性、关联性无意见。二审中，大承建工公司又对鉴定提出异议，认为一审以司法鉴定及补充说明，认定争议的建设工程减少工程量造价为3724886.17元错误。作为工程变更的七份工作联系单，只有浙商公司一方和代表甲方的监理单位签章，没有大承建工公司的签章，不应作为减少工程款的依据，申请重新鉴定。鉴定人出庭接受质询并对此作了详细解释说明，即七份工作联系单，均是在鉴定当时由一审人民法院牵头、参与并组织鉴定机构、大承建工公司与浙商公司及监理公司进行了逐条核对，并经双方及监理签字确认。至于工作联系单没有施工单位签字，是工程施工过程中的不规范行为，根据实际情况，施工单位已经按照工作联系单更改了施工范围及内容，所以工作联系单可以作为鉴定依据。经审查，鉴定机构所作鉴定程序合法，鉴定人员具备鉴定资质，鉴定意见及补充说明且经过各方当事人质证，大承建工公司对鉴定意见虽有异议但不能提交有效证据证实，故对其异议主张，本院不予采纳。至于大承建工公司申请重新鉴定的理由，不符合最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七规定重新鉴定的情形，故对于大承建工公司申请重新鉴定不予准许。
综上，根据查明的事实，本院确认双方诉争工程价款共计为19256409.29元。即：1、3207285.53元（工程量增加造价）＋2138179.27元（未进行造价鉴定的工程量增加及双方已签包干合同）＝5345464.80元；2、5345464.80元－3724886.17元（工程量减少造价）＝1620578.63元；3、涉案合同价款为17635830.66元＋1620578.63元＝19256409.29元。因此，对于浙商公司应向大承建工公司支付工程款是多少的问题，根据查明的事实，浙商公司已支付大承建工公司工程款为16485066.55元，即原审中双方已认可的数额：1、工程款15130000元；2、水电费30000元；3、工程税款666399.8元；4、2500000元借款利息238666.66元；5、已支付款项420000元。1-5项共计支付款项为16485066.55元。扣减已支付款项后，故浙商公司尚欠大承建工公司工程款为2771342.74元（19256409.29元－16485066.55元＝2771342.74元），应予支付。另外，自2011年10月1日至今，浙商公司已实际占有使用了诉争工程已近3年，浙商公司收取大承建工公司交纳的工程押金1000000元也应予返还。因此，浙商公司应一并支付大承建工公司工程款2771342.74元及工程押金1000000元。浙商公司上诉理由部分成立。
（四）关于违约责任和违约金如何认定的问题。
本院认为，浙商公司与大承建工公司签订的《建设工程施工合同》约定了开、竣工时间。在工程施工过程中，浙商公司与大承建工公司于2010年9月1日至2011年8月22日期间，双方以签证和工作联系单的方式对工程量作了增减，双方认可对工程量增减及完工时间并未作出明确约定，故应视为双方对于竣工时间所作的变更。根据已查明的案件事实，签订正式合同之后，双方还签订了其他变更和增加工程量的合同，所以双方对于工期的约定因为工程量发生增减变更并未明确；且后续增减变更工程发生在正式合同工期之后，涉案工程至今仍未进行全面验收，浙商公司虽主张大承建工公司延迟完工构成违约，但浙商公司不能举证证实大承建工公司延迟完工构成违约的具体事实根据，应承担举证不能的法律后果，对于浙商公司有关大承建工公司延迟完工构成违约的上诉主张，本院不予采纳。双方《建设工程施工合同》约定：工程竣工验收后一周内，发包方支付完总造价的70%，余额总造价的30%在验收完的一年后的30天之内一次性支付。依照最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条：“当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：（三）建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。”因诉争工程至今未验收，浙商公司认可其在2011年10月1日实际使用涉案工程，大承建工公司对此虽有异议，但并无证据证实其主张，故依法确定2011年10月1日为竣工日期。按照双方《建设工程施工合同》约定，支付尾款要在竣工验收之后，浙商公司付款已近80%，同时从时间上看，大承建工公司起诉时还没有到支付尾款时间，故浙商公司不构成违约，不应承担违约责任。浙商公司上诉理由部分成立。
综上所述，原审认定基本事实清楚，但适用法律及判决不当，二审予以改判。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）、（二）项，《中华人民共和国合同法》第八条第二款、第四十四条第一款、第六十条第一款、第一百零七条的规定，判决如下：
一、维持云南省曲靖市中级人民法院（2012）曲中民初字第145号民事判决第（三）、（四）项即：“驳回曲靖市浙商商贸有限公司的反诉请求。驳回曲靖市大承建工有限责任公司的其他诉讼请求。”
二、撤销云南省曲靖市中级人民法院（2012）曲中民初字第145号民事判决第（一）、（二）项即：“由曲靖市浙商商贸有限公司支付曲靖市大承建工有限责公司工程款人民币4737742.63元，工程押金1000000元。由曲靖市浙商商贸有限公司支付曲靖市大承建工有限责任公司违约金1775000元。以上一、二项合计人民币7512742.63元，于本判决生效后15日内履行完毕。”
三、由曲靖市浙商商贸有限公司支付曲靖市大承建工有限责任公司工程款2771342.74元，工程押金1000000元，于本判决生效后10日内履行完毕。
一审案件受理费128123元，由曲靖市大承建工有限责任公司负担51249.20元，由曲靖市浙商商贸有限公司负担76873.80元。反诉案件受理费11200元，由曲靖市浙商商贸有限公司负担。鉴定费106800元，由曲靖市大承建工有限责任公司38000元，由曲靖市浙商商贸有限公司负担68800元。
二审案件受理费267452元，由曲靖市大承建工有限责任公司负担106980.8元，由曲靖市浙商商贸有限公司负担负担160471.2元。
本判决为终审判决。
本判决送达后即发生法律效力。曲靖市浙商商贸有限公司作为负有义务的当事人若未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。曲靖市大承建工有限责任公司作为享有权利的当事人可在本判决规定的履行期限届满后二年内向云南省曲靖市中级人民法院申请执行。
审 判 长 魏虹光
审 判 员 周惠琼
代理审判员 王 璟
二〇一四年九月九日
书 记 员 赵思远