湖南省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）湘民终220号
上诉人（一审原告、反诉被告）：江西强盛建设工程有限公司，住所地江西省南昌市高新区二路28号综合楼628房。
法定代表人：李方强，该公司经理。
委托诉讼代理人：杨天明，该公司员工。
委托诉讼代理人：何良开，湖南志浩律师事务所律师。
上诉人（一审被告、反诉原告）：道隧集团工程有限公司，住所地四川省华蓥市道隧路88号。
法定代表人：杨建忠，该公司董事长。
委托诉讼代理人：金祖龙，该公司员工。
委托诉讼代理人：巫江，四川英冠律师事务所律师。
上诉人江西强盛建设工程有限公司（以下简称强盛公司）与上诉人道遂集团工程有限公司（以下简称道遂公司）建设工程施工合同纠纷一案，双方当事人均不服湖南省郴州市中级人民法院于2015年9月28日作出的（2012）郴民一初字第1号民事判决，向本院提起上诉。本院立案后，依法组成合议庭，开庭进行了审理。上诉人强盛公司的委托诉讼代理人杨天明，何良开，上诉人道遂公司的委托诉讼代理人金祖龙、巫江到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
上诉人强盛公司上诉请求：1、撤销一审判决第一项、第二项，改判由道遂公司向强盛公司支付工程款4978167元，由道遂公司赔偿强盛公司停工经济损失2908000元；2、判令一、二审诉讼费、保全费、鉴定费全部由道遂公司承担。
事实与理由：1、一审法院对工程量、工程造价数额认定错误。对强盛公司提交的部分合法有效证据不认定，没有将其作为鉴定依据提交鉴定机构鉴定，连双方认可的2011年4月《劳务验工计价月报》都未及时提交，影响鉴定意见的正确性；对道遂公司提交的缺乏真实性、合法性和关联性的证据二至证据六予以采信，导致鉴定结论错误；鉴定机构2015年5月5日作出002号司法鉴定意见书后，又于2015年8月6日就同一鉴定事项作出湘新星[2015]特审第002-1号司法鉴定意见书，并在002-1号鉴定意见中宣布002号鉴定意见作废，质证时则称是修改。002-1号鉴定意见书不是补充鉴定，也不是重新鉴定，该鉴定意见不合法，不应采信，本案应采信002号鉴定意见书。002号鉴定意见书中已确定造价20910385元，由于道遂公司虚假证据的影响，错误扣除了土石方挖方工程款796889元，并有台背回填、路基弃方、机械台班、变更工程未确定结论意见，需由法院确定。以上几项相加，工程总造价共计22153215元，与强盛公司主张的工程造价几乎完全一致。一审法院没有综合其他证据认定上述应由法院认定的工程款，只将27163元机械台班费计入了工程款，明显少计了工程款。本案应结合强盛公司提交的2011年4月《劳务验工计价月报》、业主与道遂公司的《计量支付月报表》及其附件、施工图纸、002号鉴定意见书认定，共计造价应为22153215元。2、一审法院对道遂公司付款数额认定错误。经双方当事人对账确认，道遂公司支付的工程款为17174796.96元（含扣材料款、代付费用），一审法院认定道遂公司已支付17325680.96元与事实不符，特别是对87372元柴油款和51684元水泥款的认定，明显不合法。3、一审法院对强盛公司停工损失未予认定错误。强盛公司为证明其停工损失，提交了2011年1月26日《关于对强盛公司桂武三标路基一、三队给予停工误工滞工补偿的报告》，证人邱某、梁某、陈某的证言，以及《计量支付月报表》及附件，足以证明停工的事实以及损失数额。
道遂公司的辩称：强盛公司上诉所称事实与客观不符，合同约定的是综合单价。停工损失在一审中未单独查明也未作为诉讼请求，二审不应进行审理。其他意见与上诉意见一致。
上诉人道遂公司上诉请求：1、撤销一审判决；2、改判驳回强盛公司的全部诉讼请求、支持道遂公司的全部反诉请求；3、判令本案一、二审诉讼费用由强盛公司承担。
事实与理由：1、一审鉴定程序违法，一审法院在鉴定结论存在重大错误的情况下，毫无根据的拒绝道遂公司的重新鉴定申请，并直接依据错误的鉴定结论作出判决。鉴定机构逾越职能范围，错误分担举证责任。在部分工程缺乏证据证明的情况下，越权将举证责任分配给道遂公司，在一审法院未要求补充证据的情况下直接以证据不足为由作出不利于一方的鉴定结论；鉴定报告中的数据来源和计算方式不明，且鉴定人员对道遂公司在庭审中的问题未作出实质性的明确答复；鉴定机构未对法院转交的《劳务合作协议》、《补充协议》、设计图纸、业主的工程资料（法院调取）等证据进行认真审核，未对部分工程施工时间顺序、施工责任主体、强盛公司实际完成的工程量等问题进行仔细分析并作出准确判断；对于部分工程未对照《劳务合作协议》和设计图纸确定工程量，而是违反双方约定，同时以验工计价表和设计图纸及变更资料双重标准进行鉴定，对于《补充协议》中已经明确取消的工程项目以及在强盛公司退场后道遂公司将未完成的相关工程交予第三方施工的部分工程仍错误地计入强盛公司已完工程，在强盛公司证据不足的情况下，以不真实且不符合合同约定的验工计价表为依据确认施工主体及工程量；经一审鉴定确认的工程量多处存在重复计量的情形，未对双方之间就工程多结、超结和重结的部分予以扣除，未对道遂公司提出的书面意见进行全面审查并作出具体答复；由于鉴定结论存在诸多问题，本案应当重新鉴定。2、一审法院以“无法鉴定”为由直接驳回道遂公司的反诉请求，违反法律规定。由于强盛公司施工质量不合格，未达到工程设计要求，给道遂公司造成巨大损失。即使无法进行鉴定，根据双方签订的合同条款内容及道遂公司在一审提交的相关凭证、依据，道遂公司已经履行了举证义务，足以证明强盛公司给道遂公司造成了损失，法院也应当依职权根据现有证据对相关损失数额直接作出认定，而不能以无法鉴定为由驳回当事人的请求。3、一审法院认定双方合同无效缺乏法律依据。双方系劳务分包关系，一审认定“非纯粹劳动力”与事实不符，一审法院还指出“因工程正常运转所需资金是由强盛公司负责”，并由此认定双方非劳务合同关系，此认定明显缺乏法律依据。实践中，无论是劳务协作队伍还是工程分包队伍，均是“垫资”完成工程，不能以是否垫资来认定是否劳务关系。
强盛公司辩称：1、关于本诉部分的答辩意见以上诉状为准。2、对于反诉部分，强盛公司按照约定完成了施工，质量合格，桂武高速公路被评为优质工程，2012年已通车，业主桂武公司已经给道遂公司承包的工程计量计价，道遂公司不但不支付工程款，而且还反诉强盛公司，称强盛公司未完成工程，质量不合格，超领了工程款，给道遂公司造成了损失等。强盛公司施工的是路基，是基础，如果强盛公司的工程没有完工，质量不合格，路基以上的路面工程怎么能做，桂武高速公路怎么能通车，且评为优质工程，业主单位怎么会给道遂公司付款。道遂公司的反诉请求没有事实和法律依据，一审法院驳回其反诉请求是正确的。
强盛公司向一审法院起诉请求：一、判令道隧公司支付劳务报酬、工程款4,442,627元；二、判令道隧公司赔偿损失2,908,000元；三、判令道隧公司承担本案案件受理费。
道遂公司向一审法院反诉请求：：一、判令强盛公司返还超付工程款3,631,865.71元；二、判令强盛公司赔偿道隧公司因其计价工程未达技术规范要求产生的实际损失1,400,000元；三、判令强盛公司赔偿工程质量不合格产生的返工费、复查费516,715元；四、判令强盛公司违反合同约定义务造成的实际损失1,933,460元；五、判令强盛公司承担未能全部完成合同内工程所产生的违约金611,613元；六、判令强盛公司承担工期违约金780,000元；七、判令强盛公司承担本案案件受理费。
一审法院认定事实：2009年5月11日，湖南省桂武高速公路建设开发有限公司与道隧公司签订《湖南省桂阳至临武高速公路第3合同段土建施工合同协议书》，约定湖南省衡阳至临武高速公路桂阳至临武段（简称桂武高速）第3合同段K119+353.236-K126+000全长约6.647公里，由湖南省桂武高速公路建设开发有限公司发包，道隧公司承建。双方并约定，不得将合同工程转包或者非法分包给其他单位或者个人。
2009年8月6日，道隧公司桂武高速公路第三合同段项目经理部（甲方）与强盛公司（乙方）签订《劳务合作协议书》。协议书约定：一、工程名称、地点、施工日期：1.1桂武高速公路第三合同段V119+353.236～V120+787、V122+560～V126+000段范围内公路、防护工程。1.2工程地点：本工程位于湖南省××县境内。二、工程范围、内容“1、工程范围：桂武高速公路第三合同段V119+353.236～V120+787、V122+560～V126+000段范围的路基及防护工程（工程数量清单附后，且作为构成本合同的一个重要组成部分）。2、工程内容：桂武高速公路第三合同段V119+353.236～V120+787、V122+560～V126+000范围的路基土石方、路基处理、改移道路、排水、防护等工程项目。承担本施工段落内所有项目的施工、建设和缺陷责任期的修复。三、合同工期：1、合同工期以桂武高速公路第三合同段《合同文件》中合同协议书规定的工期及承诺书中的承诺的工期为依据，实际工期应提前10个月完成。2……四、下列文件应视为构成并作为阅读和理解本责任书的组成部分，即：……五、工程预计总造价：本合同为预定工程量的单价合同，实际结算以甲方根据乙方按施工图纸实际完成的质量合格的工程数量为准（甲方通过现场计量核实）；各工程项目的单价包含了与该工程项目一切有关的施工及辅助作业。双方确定是综合单价，包括完成本合同工程内容的一切与此有关作业的劳务费、材料费、机械费、保险费、管理费，以及合同明确或合同内未明示的所有风险、责任和义务。双方确定的综合单价是最终单价（不含任何税金），合同期内不允许调价。（后附清单）若出现施工图纸以外的变更，新增单价由甲乙双方根据实事求是的精神，以公平、公正原则协商解决确定，甲方不承担乙方任何形式的误工补偿。……六、质量条款：乙方必须严格遵守本项目的《技术规范》（附后）和其他规范、标准，按图纸施工，不断完善并积极改进和提高施工工艺，提高质量水平，创优良工程。因达不到甲方质量标准需进行修复或造成返工甚至毁掉重做的，一切工期、经济损失由乙方自行承担，由此造成甲方损失的，亦由乙方承担，并在月进度支付时予以扣除。1、在施工过程中，甲方派技术人员进行技术交底，并派技术人员进行现场施工监督指导。乙方必须严格按照相关技术标准及规范、《设计文件》、业主颁发的《技术规范》及甲方《工程项目管理办法》的要求精心施工。乙方必须按要求保证工程质量，产品合格率达到100%，优良率96%以上，争创全优质工程。并接受甲方、业主和监理工程师的质量检查和监督。施工中若发生质量缺陷或事故或施工工艺达不到规范要求，乙方必须及时报告甲方并提出处理措施，在取得监理工程师同意后组织返工、修复至监理工程师满意为止，由此发生的一切费用均由乙方承担。……2、甲方提交给乙方的设计图、技术资料、工程量清单都是施工的有效依据，在施工中如果发现资料与实际有误，乙方应及时通知甲方，甲方应及时组织人员进行复核，纠正误差。3、乙方工程完工后，由甲方组织相关人员按规范和技术标准进行验收，并写出验收鉴定，开具收方记录单，并以此作为结算依据。4、……七、进度条款：本协议生效后，乙方应在甲方规定的工期内规范施工，高速优质的完成协议内的全部工程项目，否则作违约论处。如果甲方要求加班，乙方必须服从甲方的安排。因乙方原因，工期每拖延1天，赔偿甲方损失。……八、安全条款：……九、设备、材料：乙方完成其所有工程量所需要的机械设备和小型机具等均由乙方负责，包括其购置、安装、使用、维护、拆除等相关的一切费用。乙方在施工期间自行负责施工原材料的采集及工程正常运转所需资金。但水泥、钢筋、炸药、柴油等重点材料由甲方供应……十、处罚条款：……十一、工程价款组成及结算、支付：11.1内部计量，乙方在接到甲方计量通知后，需做好准备工作，配合甲方核算当月完成的质量合格的工程量，该工程量经项目部办理计量文件得到计量款后，由技术员给乙方出具内部计量单，交到工程部审核，根据合同价汇总后交财务科作为乙方该月进度款的支付依据。11.2支付方式，甲方对乙方不预支工程款，只支付已计量的工程款，只提供水泥、钢筋和炸药及柴油。甲方根据“内部月计量单”的金额，支付90%（含乙方领取的材料款）；以后每个月支付方式同上（经甲方双方确定的变更工程款数量的支付方式视为合同内工程）。乙方工程总造价的5%作为乙方工程质量保证金，由甲方代扣。在乙方工程质量一切合格，且业主退还甲方质保金后，甲方在一个月内支付给乙方；若因乙方工程质量方面的原因导致的扣款，甲方视具体情况相应扣除后返还。其余5%款项在乙方工程完工后，6个月内由甲方一次性支付。11.3工程价款结算必须在单项工程完工，经监理工程师、业主验收合格并计量后，甲方组织相关人员对乙方所完工程进行现场收方，由甲方工程部按双方约定的单价，甲方认可的数量进行结算。任何情况下不得多结、超结或重结，如出现类似情况，将对甲、乙双方当事人严肃处理，并扣除多结、超结和重结部分。11.4、甲方与甲方上级、业主及建设方结算情况（包括结算单价、数量如果有调差等）与乙方无关，不得作为乙方与甲方结算的依据，除实际变更外。11.5、工程量清单中数量为设计数量，不能作为最终结算数量和支付依据，最终结算数量以实际的监理工程师签发的工程量为准。11.6、每次结算时，甲方必须扣清乙方此次结算相关的材料款及其他费用。甲方必须扣除本合同约定的质量保证金。……十二、工程变更。……十三双方约定的其他事项……合同后附《安全生产责任状》、《甲方双方的责任、权利、义务》、《工程量清单》。
2010年11月30日，强盛公司（甲方）与道隧公司签订了《补充协议》（乙方，路基1、3队），约定：一、由于地方材料材价上涨等原因，乙方要求对原协议书内的部分单价进行调整，甲方同意根据实际情况进行调整，并根据工程实际情况取消部分工程项目：1、本次细目单价调整后的工程量详见《调价后工程量清单》。2、取消原协议书中所有绿化工程细目，甲方另行安排队伍施工。3、原设计路基改良土现业主改为碎石土改良，双方协商，由项目部收回，另行安排队伍施工。4、双方商定取消原协议工程量清单中K119+353.236－K120+767、K122+560－K126+000改良土（96区）（挖方估挖到94区，工程量另行计算）及K122+560-K126+000防护、排水全部细目，由甲方另行安排队伍施工。5、调价后的合同金额由原合同金额22,938,987.00元调整为￥15,095,029.00。详见《调价后工程量清单》。二、乙方承诺：本次细目单价调整后，乙方对原协议书中的各个细目单价再无任何异议；如果别的施工队调价相应也调整，甲方做到单价统一。如再提出调价要求，视为乙方违约，愿意支付合同总额5%的违约金。三、本协议签订后，乙方立即投入满足施工要求的人员、设备组织施工，并在2010年11月30日前完成全部路基土石方工程，在2011年1月20日前完成全部工程施工任务。如果不能完成，视为违约。工期每拖延一天，乙方愿意支付违约金2000.00元。违约金在甲方支付乙方的工程进度款中扣除（除雨雪天气及防护工程）。四、原协议书工程量清单中，有关绿化改良土、路基防护、排水的工程细目、数量、投资，甲方将全额从原协议中扣除，乙方没有异议。五、双方在签订本补充协议书后，乙方不再安排绿化、改良土、防护、排水工程的施工，否则由此引起的经济纠纷和经济损失由乙方承担。六、计量方式在设计范围内K119+353.236-K120+767、K122+560-K126+000甲方按设计图纸计量，变更另行计量（必须有变更资料及签字齐全）。七、原协议书全部条款除与本协议不一致的，履行本补充协议，其余条款双方应当继续认真履行。八、本补充协议书自双方签字之日起生效，与原协议书具有同等的效力。九、本补充协议书一式三份，甲方二份，乙方一份。十、附件：调价后工程量清单。
强盛公司进场施工至2011年7月底，双方以收方计量单作为结算依据，该收方计量单由被告道隧公司开给原告强盛公司，后由道隧公司将收方单从强盛公司处收回，制作成劳务计价月报表，该劳务计价月报表是双方计量工程量的依据。道隧公司未收回的收方单部分没有在劳务计价月报表中计算。因双方对工程造价发生争议，强盛公司申请对桂武高速公路第3合同段K119+353.236-K120+787和K122+560-K126+000桩号中由强盛公司施工的部分工程造价进行鉴定。道隧公司认为超付工程款，并因强盛公司施工质量不合格，导致损失，申请对工程款中重复计算的部分金额，因路基、土石方刷坡、整形等工作给道隧公司造成的实际损失，因台背回填、排水沟施工质量不合格产生的返工费、复查费，未履行保留耕植土等复垦义务给道隧公司造成的损失进行鉴定。一审法院委托湖南新星项目管理有限公司进行鉴定。湖南新星项目管理有限公司作出湘新咨基[2015]特审第002-1号司法鉴定意见书，鉴定结论为：1、确定的造价结论意见：桂武高速公路第3合同段K119+353.236-K120+787和K122+560-K126-000桩号委托鉴定范围内部分项目工程造价19,586,993元。其中补充协议范围内：13,750,599元；工程变更4,499,648元；未完成土石方工程（予以扣除的部分）796,899元；已验工计价零星等工程2,078,032元；机械台班费用52,613元。2、待定的造价结论意见：不能作出可确定结论意见项目造价445,941元，其中台背回填不合格188,002元；K123+969-K124+250路基弃方98,307元；机械费用27,163元；变更工程（未附变更令）132,469元。道遂公司申请对超付工程款及损失进行鉴定，经一审法院司法技术室组织双方当事人及鉴定机构进行现场勘验后，鉴定机构以鉴定所需资料不齐无法完成上述鉴定事项为由，对道遂公司提出的损失部分退回鉴定。
经一审法院组织双方当事人进行了对账：道隧公司主张，道隧公司已支付工程款为15,541,123元，代强盛公司付款6550元，强盛公司从道隧公司领取材料款1,778,007.96元，道隧公司总计付款17,325,680.96元；强盛公司对已付工程款中2010年9月20日道隧公司转账给李方强的20,000元、2011年7月12日现金付款的15,000元不认可，对道隧公司代强盛公司支付款项中2010年1月30日爆破人员培训费700元不认可，对强盛公司从道隧领取的柴油款87,372元、水泥款51,684元不认可，其余款项予以认可。强盛公司认可道隧公司已支付款项为17,150,924.96元。
桂武高速公司于2012年12月通车，双方当事人劳务分包协议中的工程全部完工。
另查明，强盛公司同时起诉了道隧公司桂武高速公路第3合同段项目经理部，诉讼中，强盛公司撤回了对道隧公司桂武高速公路第3合同段项目经理部的起诉。
一审法院认为：本案争议焦点为：一、双方当事人签订的《劳务分包协议》、《补充协议》是否有效；二、强盛公司施工的工程款应如何认定；三、道隧公司已付工程款如何认定；四、强盛公司是否存在损失及损失的金额；五、道遂公司所诉计价工程未达技术规范产生的实际损失费、工程质量不合格产生的返工费、复查费是否应支付；六、道隧公司所诉违约金是否应支持。
关于焦点一。《中华人民共和国合同法》第五十二条规定，有下列情形之一的，合同无效：（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；（三）以合法形式掩盖非法目的；（四）损害社会公共利益；（五）违反法律、行政法规的强制性规定。《中华人民共和国建筑法》第二十九条规定，建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位；但是，除总承包合同中约定的分包外，必须经建设单位认可。施工总承包的，建筑工程主体结构的施工必须由总承包单位自行完成。本案中，强盛公司与道隧公司签订《劳务分包协议》、《补充协议》约定，强盛公司完成工程所需机构设备由其自行负责，除水泥、钢筋、炸药、柴油等重点材料由道隧公司供应外，其余原材料的采集及工程正常运转所需要的资金由强盛公司自行负责。故该协议书名为劳务合作，其实并非纯粹劳动力的使用，而是建设工程合同，且道隧公司将桂武高速公路第三合同段K119+353.236-K120+787、K122+560-K126+000段范围内的路基等主体工程分包给强盛公司，未经总建设单位湖南省桂武高速建设开发限公司认可，违反法律强制性规定，该两份协议应认定为无效。
关于焦点二。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。本案中，双方当事人签订的《劳务分包协议》、《补充协议》无效，但桂武高速公路已于2012年12月通车，且道隧集团未提出该工程经验收不合格，故强盛公司请求支付工程款，应予支持。经鉴定，1、确定的造价结论意见：桂武高速公路第3合同段K119+353.236-K120+787和K122+560-K126-000桩号委托鉴定范围内部分项目工程造价19,586,993元。其中补充协议范围内：13,750,599元；工程变更4,499,648元；未完成土石方工程（予以扣除的部分）796,899元；已验工计价零星等工程2,078,032元；机械台班费用52,613元。2、待定的造价结论意见：不能作出可确定结论意见项目造价445,941元，其中台背回填不合格188,002元；K123+969-K124+250路基弃方98,307元；机械费用27,163元；变更工程（未附变更令）132,469元。对鉴定机关认为待定造价的结论的部分：1、台背回填不合格返工，强盛公司台背回填施工不合格，且强盛公司中途退场，现强盛公司未举证证实该台背回填返工系由强盛公司施工完成，故该188,002元不计入强盛公司施工的工程量。2、K123+959-K124+250路基弃方98,307元，该部分工程量仅为强盛公司杨天明的报告，认为系项目部测量错误导致多施工14043.83立方米，无道遂公司的确认，故该部分工程量不能计入强盛公司施工的工程量。3、机械台班费用27,163元，因鉴定机关不能确认该部分是否已在《2011年4月劳务计价月报表》中计算，故未计入工程造价。依照双方在庭审中陈述，道遂公司开具的收方单等工程结算依据，收回后制作成劳务计价月报表，强盛公司持有的部分系未计入劳务计价月报表的部分。故该部分机械台班费用未计入《2011年4月劳务计价月表》，该部分费用应计入工程造价。4、变更工程132,469元，K124+535-K124+605清淤换填变更工程，因无变更令，又不属于《劳务合作协议》约定的工程，强盛公司未举证证明变更工程系由其完成，故不计算至本案工程造价。强盛公司在桂武高速公路第3合同段K119+353.236-K120+787、K122+560-K126+000施工的工程造价为19,611,156元（补充协议范围内13,750,599元+工程变更4,499,648元+已验工计价零星等工程2,078,032元+机械台班费用52,613元-未完成土石方工程796,899元+机械台班费用27,163元＝19,611,156元）。
关于焦点三。经双方组织对账，强盛公司认可道隧公司已支付工程款为17,150,924.96元。对强盛公司不认可的2010年9月20日道隧公司转账给李方强的20,000元，道隧公司提供了2010年9月20日李方强签字的记账凭证、费用报销单及银行记账单，对道隧公司已支付的该20,000元予以确认。强盛公司不认可2011年7月12日现金付款15,000元，道隧公司提供了2011年7月12日道隧集团桂武高速公路第三合同段借款单，上面有杨天明代李方强签字，对该15,000元，予以确认。爆破人员培训费700元，强盛公司未确认，道隧公司提供了道隧集团桂武高速公路第三合同段费用报销单、特种作业人员培训花名册，路基1、3队雷飞参加培训，并在花名册中签字，对该700元，予以确认。强盛公司不认可从道隧公司领取柴油款87,372元，根据双方签订的《劳务合作协议》，柴油、水泥等物质由道隧公司提供，且道遂公司提供了物资供应单，证实道隧公司2009年10月21日向强盛公司供应了10吨柴油，两份证据可以印证道隧公司主张的柴油款，故对该87,372元柴油款，予以确认。强盛公司未确认的水泥款51,684元，道隧公司提供强盛公司签字确认的八张领料单，领取水泥共计价款53,964元，现道遂公司主张51,684元，对道隧公司主张的51,684元予以认可。综上，道隧公司共支付工程款17,325,680.96元（17,150,924.96元+20,000元+15,000元+700元+87,372元+51,684元＝17,325,680.96元）。
关于焦点四。强盛公司申请对损失进行鉴定，仅提交了《关于对江西强盛建设有限公司桂武三标路基一、三队给予停工、误工、滞工补偿的报告》，但该份报告系强盛公司对误工等损失的计算，无道遂公司的签字认可。因强盛公司未提供其他证据，对强盛公司主张的损失无法鉴定，故强盛公司主张损失，但未提交充分证据予以证实，应承担举证不能的不利后果。
关于焦点五。道隧公司主张因强盛公司工程未达技术标准造成损失，工程质量不合格产生返工费、复查费，强盛公司违反合同约定义务造成的实际损失，经释明，道隧公司明确对损失部分的鉴定事项为，因路基、土石方、刷坡、整形等工作给道遂公司造成的实际损失；因台背回填、排水沟施工质量不合格产生的返工费、复查费，强盛公司未履行保留耕植土等复垦义务给道遂公司造成的损失进行鉴定。经一审法院司法技术室组织双方当事人及鉴定机构进行现场勘验后，鉴定机构以鉴定所需资料不齐无法完成上述鉴定事项为由退回鉴定。故道隧公司对损失的主张未提供充分证据予以证实，应承担举证不能的不利后果。
关于焦点六。关于道隧公司主张强盛公司未能全部完成合同约定内工程产生的违约金、工期违约金，因道隧公司与强盛公司签订的《劳务合作协议》、《补充协议》被认定为无效，故道隧公司主张的按合同约定计算违约金，无法律依据，应予以驳回。
综上所述，强盛公司在桂武高速公路第3合同段K119+353.236-K120+787、K122+560-K126+000施工的工程造价为19,799,158元，道隧公司已支付的工程款为17,325,680.96元，道隧公司还应支付工程款2,285,475.04元（19,611,156元-17,325,680.96元＝2,285,475.04元）。
一审法院依照《中华人民共和国合同法》第五十二条、《中华人民共和国建筑法》第二十九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条，之规定，判决：一、由道隧公司于判决生效后三十日内支付强盛公司工程款2,285,475.04元；二、驳回强盛公司的其他诉讼请求；三、驳回道隧公司的反诉请求。如果未按本判决指定的履行期间给付金钱义务，则应按《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费63,257元，反诉案件受理费38,695元，共计101,952元，由强盛公司负担19,668元，由道隧公司负担82,284元；司法鉴定费141,140元，由强盛公司负担124,691元，由道遂公司负担16,449元。
本案二审期间，上诉人强盛公司围绕本案焦点问题提交了证据，本院依法组织双方当事人进行了证据交换和质证：证据1、李孟良出具的《证明》，证据2、陈某出具的《证明》，证据3、胡燕松出具的《证明》，以上三份证据拟证明桂武高速公路第三合同段项目部工区长分别为陈某、邹路华，安全部长为王建生，工程部长为刘光平。
证据4、邱某的《证明》（出庭作证），拟证明道遂公司的桥梁预制梁板质量出现问题报废导致停工三个月，其他证明目的与三份证据一致。
上诉人道遂公司质证称：证据1、2、3均属于证人证言，因证人没有出庭作证，不能作为定案依据，证据本身也不能确定其真实性。对证据4，因邱某当庭陈述其是强盛公司聘请的人员，属于当事人陈述，无其他证据佐证，无法达到其证明目的，对证据的真实性、合法性、关联性均不予认可。
本院对上述证据认证如下：对于证据1、2、3属于证人证言，相关证人并未出庭作证，也无相关证据佐证三份证人证言的真实性，故本院不予采信。对于证据4，因邱某曾是强盛公司聘请的工人，不能排除其与强盛公司存在利害关系，其证言不能单独作为定案依据，本院不予采信。
本院查明的事实与一审法院查明的事实一致。
本院认为，本案的争议焦点是：1、一审鉴定程序是否违法，鉴定意见能否作为定案依据；2、一审鉴定意见认定的工程款中是否应当扣除土石方挖方工程款796889元、一审鉴定意见提出须由法院裁定的不确定造价共计445941元是否应当认定为工程款；3、道遂公司是否应当赔偿强盛公司停工损失；4、强盛公司是否应当向道遂公司赔偿损失。
关于第一个焦点问题。道遂公司上诉的理由之一是认为一审鉴定机构越权分配举证责任而程序违法、鉴定意见的数据来源和计算方式不明、鉴定意见不客观以及存在重复计量的情形，故鉴定意见不能作为本案的定案依据。本院认为，一审鉴定程序并无不当，道遂集团并无充分证据推翻鉴定意见，一审期间鉴定机构作出的湘新咨基[2015]特审第002-1号鉴定意见书应予采信。理由如下：第一，一审鉴定机构并不存在越权分配举证责任的问题，道遂公司虽对鉴定所依据的相关证据提出了异议，但并未提供充分的证据反驳，一审鉴定机构系依据本案当事人提交的现有证据做出鉴定意见，不存在越权分配举证责任的情形；同时，鉴定机构在一审鉴定过程中首先出具了一份鉴定意见（[2015]特审第002号），后又根据当事人提出的异议复核后重新做出了一份鉴定意见（[2015]特审第002-1号），两份鉴定意见均经双方当事人质证，对于[2015]特审第002-1号鉴定意见，鉴定机构对双方当事人提出的异议一一进行了答复，鉴定程序并无不当。第二，鉴定机构作出鉴定意见所依据的证据包含相关合同、工程量清单、签证单和《劳务验工计价月报》等，道遂公司不能推翻这些鉴定依据的真实性，其中，主要的鉴定依据《劳务验工计价月报》，有业主、道遂公司和施工方相关的工程负责人员签字，对涉案工程的工程量进行了确认，道遂集团虽认为该证据不能反映实际施工的情况，但其并未提供充分证据证明，且涉案工程已经完工并交付使用，部分工程已经被覆盖，无法还原最初的状态，鉴定机构依据上述证据作出鉴定并无不当；第三，道遂公司提出鉴定的部分工程量不是强盛公司完成、强盛公司没有按设计足量完成施工、部分计量超出了业主的计量以及计价标准错误等异议，但均未提供充分证据支持其主张，鉴定机构也在回复函中对道遂公司提出的异议进行了答复，答复内容并无明显不合理之处。据此，道遂公司提出[2015]特审第002-1号鉴定意见不能作为定案依据的主张不能成立。另，强盛公司提出[2015]特审第002-1号鉴定意见不应采信，而应采信[2015]特审第002号鉴定意见，经查，002-1号鉴定意见系在对002号鉴定意见复核的基础上作出，鉴定机构对强盛公司提出的异议进行了答复，强盛公司对于002-1号鉴定意见，除明确提出不应扣除土石方挖方工程款和其他待定工程款外，对002-1号鉴定意见的其他部分未提出明确具体的异议，也未提供证据推翻该鉴定意见，故其关于002-1号鉴定意见不应采信的主张亦不能成立。
关于第二个焦点问题。首先，关于鉴定机构认定扣除的土石方工程款796889元，鉴定机构的扣减依据是道遂公司提交的证据三《情况说明及未完成工程数量计算表》，该证据虽然提出强盛公司存在未完成部分土石方挖方工程量的情况，但该文件系单方出具，并未经强盛公司认可，也没有其他证据佐证，且根据各方签字认可的2011年4月的《劳务验工计价月报》认可的强盛公司已完土石方挖方工程量，强盛公司只有极少部分土石方任务没有完成，而强盛公司在2011年4月以后还有部分施工，故从本案证据和有关事实看，鉴定机构认定应当扣除土石方工程款796899元没有充分依据，强盛公司提出该部分工程款不应扣除的主张成立，本院予以支持。第二，关于鉴定机构提出应由法院裁定的台背回填应扣除的工程款188002元，鉴定机构计算的依据是道遂公司证据五《情况说明（台北回填不合格）》，主要内容是认为强盛公司施工的部分台背回填工程不合格，应当返工，但该证据与道遂公司提交的上述土石方工程款应扣除的证据一样，未经强盛公司认可，道遂公司也没有其他证据证明佐证该证据所反映的内容属实，同时，《劳务验工计价月报》中台背回填已经全部计量，监理单位也未对强盛公司下达返工指令，故该款不应在工程款中扣除。第三，鉴定机构认为应由法院裁定的路基弃方工程款98307元，因该部分所涉工程量仅有强盛公司提供的路基三队杨天明《报告》，认为系项目部测量错误导致多施工，无道遂公司的确认，强盛公司提交的相关证人证言在无其他证据佐证的情况下不能作为认定该《报告》真实性的依据，故该部分工程款应当扣除。第四，鉴定机构认定由法院裁定的机械台班费用27163元，虽然该费用并未计入2011年4月的《劳务验工计价月报》，但强盛公司提供了《道遂集团桂武三标计日工使用签认表》和《道遂集团桂武三标合同段台班使用签认表》，该两份资料均有道遂公司施工现场负责人签字，表明该费用已经由道遂公司认可，故应当计入工程款。第五，关于变更工程款132469元，因强盛公司不能提供该部分工程施工的工程变更令，也不能证明该部分工程量系由其完成，故该部分不应计入工程款。综上，本案工程款应当为20596057元（协议范围内的工程造价13750599元+工程变更4499648元+已验工计价零星工程2078032元+鉴定机构已认定的机械台班费用52613元+不应扣除的台背回填工程款188002元+应当计入的机械台班费用27163元）。
关于第三个焦点问题。强盛公司主张道遂公司赔偿停工损失，并提交了《关于对江西强盛建设有限公司桂武三标路基一、三队给予停工误工滞工补偿的报告》以及多份证人证言，本院认为，从当事人的陈述和证人证言的内容看，本案存在因道遂公司施工过程中一处桥梁梁板毁损导致全线停工的情况，但对于是否造成强盛公司损失以及损失具体数额是多少，强盛公司并无充分证据证明。强盛公司提交的证人证言称强盛公司存在损失均是主观推断，并不能作为认定损失数额的依据，而强盛公司提交的《关于对江西强盛建设有限公司桂武三标路基一、三队给予停工误工滞工补偿的报告》上虽有道遂公司现场相关人员的签字，但均系以证明人身份签名，在强盛公司不能提供任何具体的支出凭证证明其损失数额的情况下，不能仅以强盛公司自行制作的报告来认定实际损失，故本案中强盛公司关于赔偿损失的请求缺乏事实和法律依据，一审法院驳回强盛公司赔偿损失的诉讼请求并无不当。
关于第四个焦点问题。道遂公司主张强盛公司违约造成了道遂公司损失，并向一审法院申请鉴定，但经一审法院司法技术室组织双方当事人及鉴定机构进行现场勘验后，鉴定机构认为鉴定所需资料不齐无法完成鉴定事项。经查，道遂公司对此问题提交的证据有《承诺书》、《临时征地报告及复垦方案》、《机械租赁合同》若干、《支付的机械租赁费及油料费凭证》，其中《临时征地报告及复垦方案》系当事人单方出具的报告，并不能证明该费用属于必要支出，道遂公司也无证据证明其实际支出了该费用，而相关的租赁合同和支付凭证则不能证明道遂公司签订合同并支付费用是为了完成强盛公司施工范围内的工程，也不能证明导致这些费用支出系强盛公司责任，故道遂公司仅凭这些证据无法证明强盛公司给道遂公司造成了损失，更不能证明损失的数额，鉴定机构在鉴定时，涉案工程已经完工并投入使用，也无法通过现场情况来作出鉴定，故道遂公司主张的损失没有证据证明，一审法院驳回道遂公司赔偿损失的诉讼请求并无不当。
根据上述认定，道遂公司还应支付强盛公司的工程款应为3270376.04元（应付工程款20596057元-已付工程款17325680.96元）。
综上，上诉人强盛公司的上诉请求部分成立，应予支持，上诉人道遂公司的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决适用法律正确，但认定事实部分错误，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、撤销湖南省郴州市中级人民法院（2012）郴民一初字第1号民事判决；
二、限上诉人道遂集团工程有限公司于本判决书送达之日起三十日内支付上诉人江西强盛建设工程有限公司工程款3270376.04元。
三、驳回上诉人江西强盛建设工程有限公司其他诉讼请求。
四、驳回上诉人道遂集团工程有限公司其他诉讼请求。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应按《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费和鉴定费的负担按一审判决执行。二审案件受理费共计139755元，由上诉人江西强盛建设工程有限公司负担35000元，由上诉人道遂集团工程有限公司负担104755元。
本判决为终审判决。
审 判 长 唐雨松
代理审判员 刘 杨
代理审判员 向 英
二〇一六年十月二十一日
书 记 员 申书琴