云南省文山壮族苗族自治州中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）文中民一初字第54号
原告文山州成源恒达矿业有限公司。
住所地：广南县莲城镇南秀社区西路**号。
组织机构代码：69568XXXX。
法定代表人陈志刚，执行董事。
委托代理人郭峻，四川蓉信律师事务所律师。特别授权。
被告何远明，重庆市忠县人，原住重庆市忠县，现住云南省砚山县。
委托代理人尧宗梁。特别授权。
委托代理人胡刚，云南伟欣律师事务所律师。特别授权。
被告朱红波，江苏省盐城市人，住江苏省盐城市。
委托代理人尧宗梁。特别授权。
委托代理人胡刚，云南伟欣律师事务所律师。特别授权。
原告文山州成源恒达矿业有限公司（以下简称成源恒达公司）与被告何远明、朱红波合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，于2015年1月15日公开开庭进行了审理。原告文山州成源恒达矿业有限公司委托代理人郭峻，被告何远明、朱红波共同委托代理人尧宗梁、胡刚到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告成源恒达公司诉称：原、被告双方于2011年8月24日签订《资产收购协议》，约定：原告自愿将所属资产以1600万元的价格转让给乙方，转让款1420万元分三期支付，另代甲方支付180万元的挖机按揭款。同时约定双方如发生争议，由合同履行地的法院管辖。2011年11月23日双方签订《补充协议》双方认可：乙方已支付一期、二期款项880万元，代甲方支付按揭款180万元，尚欠甲方转让款540万元，同时乙方认可已于2011年8月26日接手甲方转让的殷家坟、赖皮树、茶树坪三处石场并已开始经营、收取石料款。其后乙方支付了251.2万元，还欠甲方转让款288.8万元。经甲方多次催收，乙方一直未将所欠转让款支付给甲方。为维护原告的合法权益，原告特提起诉讼，请求判令二被告连带支付原告资产转让款288.8万元及利息。
被告何远明、朱红波答辩称：一、本案中，原、被告于2011年8月24日签订《资产收购协议》约定：原告将其企业全部资产转让给被告，原告在本合同签订前所发生的一切债权债务由原告处理，资产整体出售价格为1600万元，该价格包括原告转让的全部资产价款以及转让过程中的一切税费。转让价款中的1420万元分三期支付，另外的180万元挖机按揭款由被告支付给挖机销售方。原告承诺在合同签订后1年内负责为被告办理资产权属变更登记手续，即有关权证转让手续由原告负责办理，所需费用由原告负担。如原告不能依法转让资产或在约定期限内因原告方原因不能办理完相关合法资产凭证，则原告应按资产转让价款总额10%承担违约责任。2011年9月27日，原、被告双方签订了《补充协议》，强调：所涉及的石灰岩矿场的证照变更手续均由原告负责，有关费用均由原告承担。2011年9月28日，原、被告及相关方就《资产收购协议》中第二期应付款800万元的支付处理等事项签订《补充协议》，确认：杨猛、张芳录等系原告公司实际出资的股东，其中的部分款项用杨猛、张芳录等在原告公司所持股份冲抵。2011年11月23日，原告与被告再次签订《补充协议》，确认：被告已支付了《资产收购协议》中所约定的第一期、第二期款项共880万元及代原告支付挖掘机按揭款180万元，只欠原告第三期转让款540万元，原告在诉状中已予以确认。该《补充协议》第2条约定：茶树坪石场在《资产收购协议》签订前，由于违规使用炸药致使石场无法正常生产等问题由原告负责解决，费用由原告承担。第3条约定：茶树坪、赖皮树石场权证变更问题，原告应尽快解决，费用由原告负责，不得以任何理由影响变更。第5条强调：原告经营期间一切债权债务及义务、纠纷责任由原告负责。第6条约定：茶树坪、赖皮树两石场权证变更的费用，在尾款中暂扣留40万元，待两石场权证变更及事务纠纷处理完毕后，再行处理。而茶树坪石场因手续不完备现一直停产，赖皮树石场的采矿权等权证变更至今尚未完成，该40万元不应支付。第7条约定：在《资产收购协议》第三期付款500万元中，由新合伙人何远明、朱红波、蒲勇的担保人暨实际出资人陈志刚、杨猛按比例出资。因实际合伙出资人陈志刚、杨猛系原告公司的股东，以原告公司股份折抵，陈志刚应付215.6万元（其中第三期应付175.6万元，陈志刚尚欠朱红波40万元），杨猛应付58万元。对其余的部分，何远明应付92.6万元，朱红波应付133.8万元，何远明、朱红波二人合计只应付226.4万元，何远明、朱红波二人应付款合计226.4万元支付到位后，何远明、朱红波与原告签订的《资产收购协议》即视为履行完毕。第9条约定：被告于2011年8月26日接手殷家坟、茶树坪、赖皮树三石场，已开始销售石料，对公所售料款将汇入原告账户，双方约定并同意，料款回收归被告所有（所开发票税款由被告承担）。被告已按双方签订的《资产协议》及有关《补充协议》的约定支付了第一期、第二期款项880万元，并在双方于2011年11月23日签订的《补充协议》之后，于2011年11月25日、29日向原告支付了第三期收购资产款251.8万元，已超出2011年11月23日《补充协议》所约定的被告何远明、朱红波二人合计应付款226.4万元。对超出的款项25.4万元，原告应当返还给被告。二、原告与被告于2011年8月24日签订《资产收购协议》后，被告方于2011年8月26日即开始接手对外销售砂石料，因有关对公业务系延续原告公司与购买方原来所签订的购销合同，只能由原告在与购买方结算和开具发票并代收款。2011年9月，原告与购买方进行了结算。之后，在2011年10月，原告开具了发票并代收了款项。其中，代收中交四航局二分部的货款17797.85元已支付给了被告方，代收中交四航局三分部的货款198062.98元以及代收中铁十局项目部的货款282295.44元扣除合计代交的税款28197.53元（并已包含代收中交四航局二分部货款的税款）的余额452160.89元尚未支付给被告方。根据双方2011年11月23日签订的《补充协议》第9条约定，原告应当将该452160.89元的款项返还支付给被告。三、被告代原告支付了原告承诺为赖皮树村修水池的部分款项29280元。根据《资产收购协议》的约定，此为原告的义务，原告应当将该29280元的款项返还支付给被告。四、原告与被告签订《资产收购协议》前，原告放炮炸石导致广南县杨柳井乡魁庙移民村村民房屋等损坏未及时赔偿，致使原告不能正常生产经营，为缩小损失，被告为原告垫付了对广南县杨柳井乡魁庙移民村村民的赔偿款43700元。根据2011年11月23日《补充协议》第2条约定，原告应当将该43700元的款项返还给被告。五、原告与被告签订《资产收购协议》前，原告放炮炸石导致广南县杨柳井乡茶树坪小组村民房屋等损坏，被告为原告垫付了对广南县杨柳井乡茶树坪小组村民的房屋受损补偿款38000元。根据2011年11月23日《补充协议》第2条约定，原告应当将该38000元的款项返还支付给被告。六、原、被告签订《资产收购协议》前，原告放炮炸石导致广南县莲城镇平山村村民房屋等损坏，被告为原告垫付了对广南县莲城镇平山村村民的赔偿、补偿款9000元。根据2011年11月23日《补充协议》第2条约定，原告应当将该9000元的款项返还支付给被告。七、被告为原告垫付了《资产收购协议》前李永国承包石场停产的损失51058元。此为原告所负的义务，根据《资产收购协议》的约定，原告应当将该51058元的款项返还支付给被告。八、被告第三期款项最后支付的时间为2011年11月29日，原告如果认为被告未支付完毕，其应当在当时就知道其权益受到损害，但其2014年10月才提起诉讼，已明显超过法定的诉讼时效期间，也应当依法驳回原告的全部诉讼请求。综上，请求人民法院依法驳回原告对被告的全部诉讼请求，原告应当向被告返还支付被告多付的和垫付的款项877198.89元，本案诉讼费用全部由原告承担。
本案在庭审中，针对被告答辩的内容，认为原告应当向被告返还多支付和垫付的款项877198.89元，被告明确表示不在本案中提起反诉，只是作为本案的抗辩理由，不要求处理，并保留要求原告返还多付及垫付款项877198.89元的权利。
原告针对其诉讼请求向本院提交了如下证据：
第一组：《资产收购协议》，用以证明原、被告双方交易的事实。
经质证，被告对该证据的真实性、合法性、关联性无异议。
本院认为，原告提交的第一组证据《资产收购协议》，客观真实，被告也认可无异议，能够证明原、被告因资产转让事宜达成协议的事实，本院予以采信。
第二组：2011年11月23日《补充协议》，用以证明被告欠原告转让费的事实。
经质证，被告对该证据的真实性、合法性、关联性无异议。提出该《补充协议》签订后，被告何远明、朱红波已于2011年11月25日、29日向原告支付了第三期收购资产款251.8万元，已超出2011年11月23日的《补充协议》所约定的何远明、朱红波二人合计的应付款226.4万元。所以对超出的款项25.4万元，原告应当返还给被告。
本院认为，原告提交的第二组证据2011年11月23日《补充协议》客观真实，被告也无异议，能够证明原、被告双方在签订《资产收购协议》后，针对转让费的交付、其他相关权利义务等作了补充约定的事实，本院予以采信。对于被告提出的关于已支付第三期收购资产款并超出应付款项是否客观存在的问题，本院将结合本案其他证据和事实予以综合评判。
第三组：《资产移交明细表》，用以证明原告按约履行了交付义务。
经质证，被告对该证据的真实性、合法性、关联性无异议。但因原告未按合同约定办理和完善相关手续导致石场停产，应由原告承担责任。
本院认为，原告提交的第三组证据《资产移交明细表》客观真实，被告也无异议，能够证明原、被告双方针对合同约定的固定资产进行移交、接收的事实，本院予以采信。对于被告提出的关于原告应承担未办理和完善相关手续导致石场停产责任问题，本院将结合本案证据和事实予以综合评判。
被告何远明、朱红波针对其答辩意见向本院提交了如下证据：
第一组：《资产收购协议》，用以证明原、被告于2011年8月24日签订《资产收购协议》，协议约定了转让资产的范围，资产整体出售价为1600万元，价款分三期支付，原告负责办理相关权属变更登记手续。
经质证，原告对该组证据的三性即真实性、合法性、关联性无异议。
本院认为，原、被告都提交了《资产收购协议》，双方提交《资产收购协议》内容一致，客观真实，本院予以采信。
第二组：2011年9月27日《补充协议》，用以证明原告与被告于2011年9月27日签订了该补充协议，所涉及的石灰岩矿场的证照变更手续均由原告负责，有关费用均由原告承担。
经质证，原告对该组证据的三性即真实性、合法性、关联性无异议。
本院认为，因原告对该2011年9月27日《补充协议》无异议，客观真实，本院予以采信。
第三组：2011年9月28日《补充协议》，用以证明原告与被告及相关方于2011年9月28日就《资产收购协议》中第二期应付款800万元的支付处理等事项签订《补充协议》，确认：杨猛、张芳录等系原告公司实际出资的股东，其中的部分款项用杨猛、张芳录等在原告公司所持股份冲抵。
经质证，原告对该组证据的三性即真实性、合法性、关联性无异议。
本院认为，因原告对被告提交的第三组证据2011年9月28日《补充协议》无异议，客观真实，本院予以采信。
第四组：1、《法人代表授权书》及所附的陈志刚、张新梁、杨柱生的《居民身份证》；2、2011年11月23日《补充协议》，用以证明原告与被告于2011年11月23日再次签订《补充协议》，确认被告已支付了《资产收购协议》中所约定的第一期、第二期款项共880万元及代原告支付的挖掘机按揭款180万元，只欠原告第三期转让款540万元，以原告公司股份折抵后，何远明、朱红波二人合计只应付226.4万元，支付到位后，何远明、朱红波与原告签订的《资产收购协议》即视为履行完毕。
经质证，原告对该组证据的三性即真实性、合法性、关联性无异议。
本院认为，因原告对被告提交的第四组证据均无异议，且原告也将2011年11月23日《补充协议》作为证据提交，双方提交的该协议内容一致，本院对该组证据的真实性予以采信，能够证明原、被告双方针对资产转让款的支付于2011年11月23日再次进行了协商达成补充协议的事实。但是对于该协议中涉及到用他人在原告公司股份折抵资产转让款尾款的支付是否有效的问题，本院将结合本案证据和事实予以综合评判。
第五组：2011年11月25日、29日的两张《收据》，用以证明2011年11月23日《补充协议》签订后，何远明、朱红波已于2011年11月25日、29日向原告支付了第三期收购资产款251.8万元，已超出2011年11月23日的《补充协议》所约定的何远明、朱红波二人合计应付款226.4万元，对超出的款项25.4万元，原告应当返还给被告。
经质证，原告对该组证据的三性即真实性、合法性、关联性无异议，但对证明被告已超付25.4万元的证明观点有异议，不能证明超出付款。
本院认为，因原告对该组证据无异议，本院对被告提交的第五组证据两张《收据》予以采信，能够证明原告于2011年11月25日、29日收到被告何远明、朱红波交付的收购资产款169.6万元、82.2万元，总计251.8万元的事实。但对于是否存在超付25.4万元的问题，涉及到本案原告诉讼请求是否成立的问题，本院将结合本案证据和事实予以综合评判。
第六组：《关于开具发票及代收款的对账说明》及《发票》、《沙石料结算清单》、《发货单》，用以证明原告与被告于2011年8月24日签订《资产收购协议》后，被告于2011年8月26日即开始接手对外销售砂石料，因有关对公业务系延续原告公司与购买方原来所签订的购销合同，只能由原告在与购买方结算后开具发票并代收款。2011年9月，原告与购买方进行了结算。之后，在2011年10月，原告开具了发票并代收款项。其中，代收中交四航局二分部的货款17797.85元已支付给被告，代收中交四航局三分部的货款198062.98元以及代收中铁十局项目部的货款282295.44元扣除合计代交的税款28197.53元（已包含代收中交四航局二分部货款的税款）的余额452160.89元尚未支付给被告。根据双方2011年11月23日《补充协议》第9条的约定，原告应当将该452160.89元的款项返还支付给被告。
经质证，原告对该组证据中的发票无异议，对证据中的对账说明、沙石料结算清单、发货单的真实性有异议，对证明观点有异议，发票、结算清单、发货单上的数据不相对应，且无原告收到该笔货款的依据。
本院认为，原告是否代收了被告的货款，原告是否还存在代收款项余额452160.89元未付给被告的事实，该组证据反映的内容本院无法确认，且被告在本案中未提起反诉，不要求处理，本院不予认定。故此，本院对被告提交的第六组证据不予采信。
第七组：被告代原告支付的原告承诺为赖皮树村修水池部分款项《收据》，用以证明被告代原告支付了原告承诺为赖皮树村修水池的部分款项29280元。根据双方签订的《资产收购协议》约定，此为原告的义务，原告应当将该29280元款项返还给被告。
经质证，原告对该组证据的真实性及证明观点均有异议，认为该组证据不能反映原告承诺要支付该笔款项。
本院认为，本案在庭审中，在举证、质证时，虽然原告对该组证据有异议，但在法庭调查阶段向双方核实事实时，原告认可修水池29280元无异议的事实，对此本院对被告提交的第七组证据予以采信。
第八组：广南县杨柳井茶树坪石灰岩矿场与广南县杨柳井乡魁庙移民村村民签订的《协议书》及《魁庙移民村房屋及其它受损及赔偿清单》，用以证明因原告与被告签订《资产收购协议》前，原告放炮炸石导致广南县杨柳井乡魁庙移民村村民房屋等损坏未及时赔偿，致使原告不能正常生产经营，为缩小损失，被告为原告垫付了广南县杨柳井乡魁庙移民村村民的赔偿款43700元。根据双方2011年11月23日签订的《补充协议》第2条约定，原告应当将该43700元款项返还被告。
经质证，原告对证据的真实性及关联性有异议，《协议书》无原告方签字盖章，也无原告方人员参与调解，赔偿发生于2012年10月4日，被告接手石场已一年多，无法证明赔偿款是原告的原因发生，且无原告授权。被告也无权代表原告进行协商调解赔偿，其自行做出的赔偿行为应由被告本人承担后果。
本院认为，广南县杨柳井茶树坪石灰岩矿场与广南县杨柳井乡魁庙移民村村民签订的《协议书》及《魁庙移民村房屋及其它受损及赔偿清单》，协议书上没有原告的签字，对村民的赔偿是否与原告有关，是否系原告行为造成，被告没有其他证据证明，且本案中被告未要求解决，仅作为抗辩理由，不是本案解决的范畴，该组证据的真实性、关联性、合法性本院不予审查。
第九组：广南县杨柳井茶树坪石灰岩矿场与茶树坪小组村民在广南县杨柳井乡人民调解委员会的主持下达成的《人民调解协议书》及《茶树坪小组房屋及其它受损清单》、《收条》，用以证明原告与被告签订《资产收购协议》前，原告放炮炸石导致广南县杨柳井乡茶树坪小组村民房屋等损坏，被告为原告垫付了对广南县杨柳井乡茶树坪小组村民的房屋受损补偿款38000元。根据双方2011年11月23日签订的《补充协议》第2条的约定，原告应当将该38000元的款项返还给被告。
经质证，原告对该组证据的真实性无异议，但对关联性与证明目的有异议，理由同上。
本院认为，《人民调解协议书》是杨柳井乡人民调解委员会主持下达成的协议书，盖有杨柳井乡人民调解委员会的印章，但根据协议书记载的内容，是茶树坪石场因炸石放炮对茶树坪村民部分财产造成损失，没有明确何时造成，也没有明确是原告行为造成，因被告未要求解决，仅作为抗辩理由，该组证据本院不予审查。
第十组：广南县杨柳井茶树坪石灰岩矿场与广南县莲城镇平山村村民签订的《协议书》及《赔偿清单》、《收条》，用以证明因原告与被告签订《资产收购协议》前，原告放炮炸石导致广南县莲城镇平山村村民房屋等损坏，被告为原告垫付了对广南县莲城镇平山村村民的赔偿、补偿款9000元。根据双方2011年11月23日签订的《补充协议》第2条的约定，原告应当将该9000元的款项返还被告。
经质证，原告对该组证据的质证意见同第八组质证意见。
本院认为，同第八组证据，即协议书上没有原告的签字，对村民的赔偿是否与原告有关，是否系原告行为造成，被告没有其他证据证明，且本案中被告未要求解决，仅作为抗辩理由，不是本案解决的范畴，该组证据的真实性、关联性、合法性本院不予审查。
第十一组：李永国、何远明与原告共同签订的《协议书》，用以证明被告为原告垫付了原告与被告签订《资产收购协议》前李永国承包石场停产的损失51058元。此为《资产收购协议》签订前原告方所负的义务，根据原告与被告签订《资产收购协议》的约定，原告应当将该51058元的款项返还被告。
经质证，原告对该组证据的真实性无异议，但关联性及证明目的有异议，协议书约定的是原告方向李永国支付51058元，而不是向何远明支付，何远明无权要求抵扣。
本院认为，因原告认可该协议书客观真实，是原告与李永国、何远明针对李永国承包石场期间石场停产达成的协议，协议书确定原告向李永国支付51058元，与本案无关，本院不予采信。
第十二组：《广南县珠琳安监站现场检查记录》、《广南县国土局矿山检查通知》，用以证明因原告所转让的广南县珠琳镇赖皮树石场手续不全，已被政府责令停产，且该石场的权证仍为原告方的张方录，未办理权属变更登记。
第十三组：广南县安监局《现场检查记录》，用以证明原告所转让的广南县杨柳井乡茶树坪石场的林地征占手续未办理，手续不全。
经质证，原告对第十二组、第十三组证据的关联性有异议，认为2013年7月和2014年4月的检查不能代表2011年转让的状况。
本院认为，相关行政部门对石场的检查发生在资产转让之后，与本案无关，本院对第十二组、第十三组证据均不予采信。
根据庭审、举证、质证及认证，本院确认本案法律事实如下：
2011年8月24日，原告成源恒达公司与被告何远明、朱红波经自愿协商签订《资产收购协议》，约定：原告将其企业全部资产转让给被告，转让的企业资产包括：广南县杨柳井乡茶树坪石灰岩矿场、广南县珠琳镇赖皮树厥科山石灰岩矿、广南县珠琳镇殷家坟石灰岩采石场在内的所有机器、设备、设施（包括设备资料及所有目标企业档案资料、备品备件及办公用品、采矿权、采矿许可证、安全生产许可证、工商、税务等正常营业所需之证照及经营场所、采矿山、地等）。资产整体出售价格为1600万元，该价格包括甲方转让的全部资产价款以及在转让过程中的一切税费。转让价款分三期支付，即第一期2011年8月26日被告支付80万元；第二期2011年9月26日支付800万元；第三期余款540万元于2011年11月1日前全部付清，另外180万元是四台挖机按揭款由被告支付给挖机销售方。在本合同签订前所发生的一切债权债务由原告处理。原告承诺在合同签订后1年内负责为被告办理目标资产权属变更登记手续，包括采矿权证、安全生产许可证、营业执照、税务登记证、机构代码证等变更登记、固定资产变更登记手续以及各石场环评报告、开发利用方案、恢复治理方案、水保等相关手续的完整。有关权证转让手续由原告负责办理，所需费用由原告负担。如果原告不能依法转让资产或在约定期限内因原告方原因不能办理完相关合法资产凭证，则原告应按资产转让价款总额10%承担违约责任。2011年9月27日，原、被告签订《补充协议》，再次约定涉及广南县杨柳井乡茶树坪石灰岩矿场、珠琳镇赖皮树厥科山石灰岩矿场两个矿场的证照变更费用由原告全部承担。之后，双方又于2011年9月28日签订《补充协议》，原、被告就第二期应付款800万元的支付事项达成补充协议，确定第二期应付款的部分款项用杨猛、张芳录等人在原告公司所持股份冲抵。就此，《资产收购协议》约定的第一期、第二期应付款项已全部履行完毕。2011年11月23日，原、被告针对第三期应付款项540万元及2011年9月27日《补充协议》第二条约定的证照变更等相关事宜经协商进行了补充，约定：茶树坪石场在《资产收购协议》签订前，由于石场生产承包方李永国违规使用炸药，导致公安机关不予批准开炸药，致使石场无法生产，此问题由原告全部负责解决，费用由原告承担；茶树坪、赖皮树石场权证变更问题，原告积极配合尽快解决，费用由原告负责，不得以任何理由影响变更；茶树坪、赖皮树两石场权证变更的费用，被告在支付原告尾款540万元中暂扣40万元，待两石场权证变更及事务纠纷处理完毕后，再行处理；另500万元由新合伙人何远明、朱红波、蒲勇的担保人暨实际出资人陈志刚、杨猛按比例出资，因陈志刚、杨猛系原告公司的股东，以原公司股份折抵，陈志刚应付215.6万元（其中第三期应付175.6万元，陈志刚欠朱红波40万元，总计215.6万元）；杨猛应付58万元。余额部分，何远明应付92.6万元，朱红波应付133.8万元，二被告合计应付226.4万元，支付到位后，原、被告签订的《资产收购协议》即视为履行完毕。该协议明确了被告于2011年8月26日接手原告转让的殷家坟、赖皮树、茶树坪三石场并已开始生产经营，销售石料收取石料款。2011年11月23日《补充协议》涉及到的相关人员陈志刚、杨猛没有在该补充协议上签字。次日，2011年11月24日，原、被告双方又在该《补充协议》上注明：陈志刚个人的所有债权债务与原告公司无关。该《补充协议》上有原告方代表陈龙、张新梁、杨柱生和被告方何远明、朱红波的签字，盖有原告公司的印章。2011年11月25日，被告何远明、朱红波向原告支付169.6万元，2011年11月29日又支付82.2万元，二次共计251.8万元。之后，原告认为被告尚未付清合同约定的第三期应付款项，诉至本院要求被告连带支付资产转让款288.8万元。
本案在审理过程中，被告提出已全部付清原告的资产转让款，还多付、垫付了877198.89元，原告应予返还。对此，经法庭询问被告，被告在庭审中明确表示不在本案中提起反诉，只是作为本案的抗辩理由，不要求处理，并保留要求原告返还多付及垫付款项877198.89元的权利。并且，被告在答辩中提出本案原告的诉讼已超过法定的诉讼时效期间。
另：被告接手经营原告转让的资产后，被告代原告支付的原告承诺为赖皮树村修水池的部分款项29280元，原告认可属实。
本案通过审理，归纳原、被告双方争议的焦点问题主要是：1、原、被告双方签订的《资产收购协议》及《补充协议》是否已全面履行的问题，被告是否按合同约定履行了资产转让款的支付义务？是否还欠原告资产转让款？2、本案诉讼是否已超过诉讼时效期间？
针对焦点问题，本院结合本案证据和事实，综合评判如下：
一、合同履行问题，被告是否全部履行了资产转让款支付义务。
本案中，原、被告签订的《资产收购协议》及第一次2011年9月27日和第二次9月28日《补充协议》是双方的真实意思表示，合法有效，对原、被告之间具有约束力，原、被告双方应该按照合同约定履行各自的义务。本案通过审理，双方对合同约定的第一期、第二期付款已结算清楚，双方无争议。双方主要针对合同约定的第三期应付款540万元是否已付清存在争议，原告认为被告还欠资产转让款288.8元，被告认为根据第三次2011年11月23日《补充协议》的约定，被告已根据该协议的约定支付完毕。对此，涉及到第三次2011年11月23日《补充协议》第6条、7条约定的内容，第6条明确约定转让资产涉及到的茶树坪、赖皮树两个石场权证变更的费用，被告在支付原告公司尾款540万元中，暂扣40万元，待两石场权证变更及事务纠纷处理完毕后，再行处理。庭审中，原告提出补充协议约定的赖皮树石场因被告聘请石场的所有人张芳录来管理石场，要求不办理过户手续；另一个石场茶树坪因被告要求过户给杨猛，还未办理。对此，被告不认可，认为原告承诺办理的权证过户手续还未办理完毕。本院认为，原告主张补充协议约定的两个石场权证变更手续未办理的原因没有证据证明，但基于原告确实未办理和完善茶树坪、赖皮树两个石场权证手续的事实，结合该补充协议明确约定“暂扣40万元，待两石场权证变更及事务纠纷处理完毕后再行处理”，因双方事务纠纷尚未处理完毕，故应暂扣40万元，现原告要求支付这40万元，条件尚未成就，本院不予支持。另外的500万元，根据第三次2011年11月23日《补充协议》第7条的约定，用陈志刚、杨猛在原告公司的股份折抵，其中陈志刚应付215.6万元，杨猛应付58万元，二人合计273.6万元。扣除两人折抵部分后，被告何远明还应付92.6万元，被告朱红波还应付133.8万元，总计226.4万元。之后，何远明、朱红波支付了251.8万元。被告根据该补充协议第7条的约定认为该500万元已全部支付完毕，并且还多支付了25.4万元。但原告却根据该补充协议备注条款约定“陈志刚个人所有债权债务与原告公司无关”的内容，陈志刚在事后不同意折扣的事实及杨猛不在场不同意折扣为由，认为被告未付清余款。从签订该补充协议的主体上看，是原告公司与被告何远明、朱红波，条款中涉及到的陈志刚、杨猛，原、被告双方协商用陈志刚、杨猛二人在原告公司的股份折抵，但陈志刚、杨猛本人并未在协议上签字认可。虽然陈志刚授权张新梁、杨柱生二人全权处理，但根据本案证据《法人代表授权书》的内容，陈志刚是基于原告公司法定代表人全权委托张新梁、杨柱生二人处理原告公司应收、应付款项及公司交接事宜等，并未授权其处理陈志刚个人在原告公司的股份。况且，2011年11月23日《补充协议》已备注了陈志刚个人所有债权债务与原告公司无关，故该协议内容对陈志刚不具有约束力。对于杨猛，该补充协议上没有杨猛本人的签字认可，也没有授权他人签字认可的事实。故此，2011年11月23日《补充协议》中，关于原、被告协商用陈志刚、杨猛二人在原告公司股份折抵资产转让款尾款支付的约定，已损害了合同主体外第三人陈志刚、杨猛的利益，根据《中华人民共和国合同法》第五十二条的规定，恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的合同无效。故此，2011年11月23日《补充协议》中关于用陈志刚、杨猛二人在原告公司股份折抵资产转让款尾款支付的约定内容无效，当然，合同部分无效，不影响其他部分效力，其他部分仍然有效。原、被告应当按照双方签订的《资产转让协议》及第一次、第二次《补充协议》全部内容和第三次《补充协议》有效内容进行履行，被告还应向原告支付尚欠的资产转让款。
综上，第三期付款540万元，根据合同约定，因原告对转让的资产石场权证变更手续未办理完毕，暂扣40万元，待茶树坪、赖皮树两石场权证变更及事务纠纷处理完毕后，双方再另行处理。另外的500万元，扣除被告已支付的251.8万元，还有248.2万元未付清，被告应当支付。
二、本案诉讼是否已超过诉讼时效期间的问题。
根据原、被告签订的《资产收购协议》第三条第2项的约定，余款即第三期付款540万元于2011年11月1日前全部付清。但是，被告没有按约定在期限内支付，双方又于2011年11月23日达成《补充协议》，该补充协议已对原来的合同约定履行时间作了更改。虽然，因合同主体双方用合同外他人陈志刚、杨猛二人在原告公司股份折抵资产转让款尾款支付的约定内容无效，但并不影响其他部分效力，其他部分仍然有效。而对于尾款540万元的支付时间，原、被告在该补充协议中未作约定，即履行期限未明确，对此，根据《中华人民共和国合同法》第六十二条第一款（四）项的规定，债务人可以随时履行，债权人也可以随时要求履行，但应当给对方必要的准备时间。本案中，基于合同约定，在原、被告之间已形成债权债务关系，原告是债权人，被告是债务人，在补充协议没有约定付款时间的情况下，原告可随时要求被告履行合同价款的支付义务。故此，本案原告的诉讼没有超过法律规定的诉讼时效期间。
另外，对于被告在答辩中提到的关于石场放炮炸石致使村民房屋受损的赔偿金，应由原告承担的问题，属于另一法律关系，与本案无关，且被告在庭审中已明确表示在本案中不予解决，仅作为抗辩的理由保留主张的权利，本案不予审查解决。被告在答辩中提出已全部付清原告的资产转让款，还多付、垫付了877198.89元的辩解理由，因被告在庭审中明确表示不在本案中提起反诉，只是作为本案的抗辩理由，不要求处理，除了在被告接手经营期间其代原告支付，而原告承诺为赖皮树村修水池的部分款项29280元外，因原告认可属实，原告在庭审中表示同意从被告应付资产转让款尾款中扣除，本院予以支持。因此，其余部分本案不予审查解决。
对于利息，因双方在第三次即最后一次《补充协议》中对尚欠的资产转让款未约定付款期限，故利息应从原告主张权利即起诉之日2014年11月2日起计算，参照中国人民银行公布的同期同类贷款利率计算至款项付清之日止。
综上所述，被告已按照《资产收购协议》及《补充协议》的约定支付了第一期、第二期应付款，现尚欠第三期应付款540万元，其中40万元按照双方合同约定作为暂扣转让资产石场的权证变更费用，待权证变更及事务纠纷处理完毕后双方再解决，另500万元因被告已支付251.8万元，还有248.2万元未付清，再减出原告同意支付的为赖皮树村修水池部分款项29280元后，本案中被告还应支付原告245.272万元及利息。据此，原告主张两被告连带支付尚欠资产转让款的请求部分成立，本院予以支持。依照《中华人民共和国民法通则》第八十四条、第一百零八条，《中华人民共和国合同法》第五十二条第一款（二）项、第五十六条、第六十条、第六十二条第一款、第一百零七条、第一百三十条、第一百六十一条之规定，判决如下：
一、由被告何远明、朱红波连带向原告成源恒达公司支付资产转让款245.272万元及利息，利息从2014年11月2日起计算至款项付清之日止，参照中国人民银行公布的同期同类贷款利率计算。限本判决生效后10日内履行完毕。
二、驳回原告成源恒达公司的其他诉讼请求。
案件受理费29856元，由原告成源恒达公司承担4500元，被告承担25356元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于云南省高级人民法院。
双方当事人均服判的，本判决即发生法律效力。如果义务人未按本判决书指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。若负有义务的当事人不自动履行本判决，享有权利的当事人可在本判决规定的履行期限届满后，法律规定的二年期限内向本院申请执行。
审判长 吴 会
审判员 陈国淑
审判员 陈登荣
二〇一五年二月二十五日
书记员 甘瑞端