天津市第二中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）二中民四重字第2号
原告（反诉被告）天津市先行房地产开发有限公司，住所地天津市河东区十一经路万隆太平洋大厦三层。
法定代表人陈起，总经理。
委托代理人刘静，该公司职员。
委托代理人张涛，天津诺信律师事务所律师。
被告（反诉原告）中建六局土木工程有限公司，住所地天津滨海新区功能区洞庭路66号。
法定代表人张成才，总经理。
委托代理人罗殿民，天津民合律师事务所律师。
委托代理人徐建国，四川思良律师事务所律师。
原告（反诉被告）天津市先行房地产开发有限公司与被告（反诉原告）中建六局土木工程有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院于2013年1月18日作出（2012）二中民四初字第24号民事判决，双方均不服，向天津市高级人民法院提起上诉。天津市高级人民法院于2013年5月8日作出（2013）津高法民一终字第17号民事裁定，撤销本院（2012）二中民四初字第24号民事判决，发回本院重审。本院于2013年5月28日受理后，依法组成合议庭于2013年6月25日、2013年10月24日公开开庭审理了本案，原告（反诉被告）天津市先行房地产开发有限公司的委托代理人张涛、刘静，被告（反诉原告）中建六局土木工程有限公司的委托代理人罗殿民、徐建国到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告（反诉被告）天津市先行房地产开发有限公司（以下简称先行房地产公司）起诉称，先行房地产公司为发包人，中建六局土木工程有限公司（以下简称中建六局土木公司）为承包人，双方于2007年2月27日、2007年7月6日分别签订两份《天津市建设工程施工合同》，并先后于同年的3月22日、7月12日备案。合同约定：由中建六局土木公司承建先行房地产公司开发的位于天津市西青区“中北镇居住区E1、3区住宅、公建2标段”工程及“中北镇居住区E2、4区F1区2标段”工程。施工范围包括土建（含桩基）、主体、给排水、采暖、电气、照明、弱电、预留、预埋工程。工期分别为2007年3月15日至2008年8月30日、2007年6月30日至2008年8月30日。合同价款为固定包死价，合同金额分别为129554051元和21643768元。
2007年7月12日双方分别签订三份《合同补充条款》，对工程预付款、进度款支付方式进行了变更，并约定工程结算备案完成后，工程款付至工程结算造价的95％。合同履行期间，先行房地产公司按约定足额支付了工程款，截止至起诉之日，先行房地产公司应给付中建六局土木公司工程款156981864元，实际已给付中建六局土木公司工程款189928778元，此外先行房地产公司还为被告垫付工程款1948053.99元，现先行房地产公司仅要求返还32946914元，先行房地产公司保留另案起诉并主张剩余的超付工程款1948053.99元的权利。
中建六局土木公司严重违约，在施工过程中其承建的E区4号楼、8号楼发生严重质量问题，导致工期延误、逾期完工的严重违约行为，造成先行房地产公司无法按期向购房业主交房。先行房地产公司为尽快取得向购房业主交房和入住许可等文件，在中建六局土木公司施工的车库工程尚未完工，工程尚无法结算的情形下，被迫向天津市建委递交竣工验收及结算单等文件，该工程于2009年9月24日竣工备案，车库工程于2010年1月12日才通过竣工验收，进行竣工备案。据此，中建六局土木公司应按《承诺书》的内容向先行房地产公司支付备案合同项下工程总造价的10％的赔偿金（具体造价以造价评估单位出具的评估鉴定结论为准）。并要求其赔偿先行房地产公司因逾期竣工造成的实际损失537903元。综上，先行房地产公司提出如下诉讼请求：1、依法判令以双方于2007年2月27日、2007年7月12日签订的两份中标备案施工合同为结算依据，并就位于天津市西青区“中北镇居住区E1、3区住宅、公建2标段”工程及“中北镇居住区E2、4区F1区2标段”工程的工程款据实结算（具体结算金额以造价评估单位出具的评估鉴定结论为准）；2、依法判令中建六局土木公司立即将先行房地产公司超付的上述工程的工程款32946914元予以返还（最终返还金额以造价评估单位出具的评估鉴定结论为准据实予以调整）；3、依法判令中建六局土木公司承担逾期竣工的违约责任，并判令中建六局土木公司赔偿因其逾期竣工的违约行为给先行房地产公司造成的逾期交房等实际发生的经济损失537903元；4、依据中建六局土木公司于2007年4月6日出具的《承诺书》，依法判令中建六局土木公司按照双方2007年2月27日签订的备案施工合同项下工程总造价的10%（具体总造价金额以造价评估单位出具的评估鉴定结论为准）向先行房地产公司支付赔偿金；5、本案诉讼费用、评估费用由中建六局土木公司承担。
中建六局土木公司辩称：先行房地产公司请求返还超付的工程款3294614元没有事实证据。在合同履行期间，由于人工涨价等原因，双方为整个工程调价，签订《增补协议》，该协议已经双方盖章确认，并约定金额分别为167554051元和46643768元，实际上就是将中建六局土木公司实际施工的工程价款的固定价格调整至214197819元。先行房地产公司已付的工程款189928778元中还包含总包服务费等，故先行房地产公司不存在超付的情形，故请求本院驳回先行房地产公司的全部诉讼请求。
中建六局土木公司反诉称：双方于2007年2月27日、2007年7月6日分别签署两份《建设工程施工合同》，并先后进行了备案，合同价款为固定包死价，合同金额分别为129554051元和21643768元。2007年7月12日双方分别签订三份《合同补充条款》，对原《建设工程施工合同》未尽事宜进行了补充和完善。上述工程施工完成后，结算事宜双方签署了二份《增补协议》，故要求先行房地产公司继续履行《增补协议》并承担违约责任。中建六局土木公司的反诉请求：1、请求法院依法判令先行房地产公司给付中建六局土木公司工程款（167554051＋46643768）－（189928778－250000－220000－52800－781800）－5500－（1620827.12－115480.47）＝24062794.35元；2、请求法院依法判令先行房地产公司给付中建六局土木公司逾期付款违约金64259元；3、请求法院依法判令先行房地产公司给付中建六局土木公司逾期付款的利息自2010年1月13日至本案判决生效之日止，以24062794.35元为基数，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算；4、请求法院判令先行房地产公司给付中建六局土木公司逾期给付预付款的违约金自2007年3月15日始至先行房地产公司支付首笔工程款之日2007年8月16日止，按照53333333元垫付款为基数，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算，所得数额为108098.62元；5、请求法院依法判令先行房地产公司承担本案的全部诉讼费用。
先行房地产公司辩称，中建六局土木公司认为《增补协议》是备案合同中的固定价格，没有事实及法律依据，《增补协议》只是为了满足开具工程发票的需要，这个事实原一审法院已经到有关部门调取的相关证据并得到证实。同时，双方在备案合同中也已约定，在该合同之外不再签订其他的合同，《增补协议》是在备案合同之外签订的，没有进行备案，所以该协议是无效的。先行房地产公司已按照双方约定的具体的付款条款，给付了相应的工程款，而且已经超付，不存在逾期支付工程款的情形，故中建六局土木公司的反诉请求应予驳回。
先行房地产公司为证实其本诉主张及反诉反驳理由，提供如下证据：
第一组证据包含四份证据，证明双方就诉争之中北镇居住区E1、3区住宅、公建2标段工程进行招投标及签订施工合同的事实过程。
证据一、施招备登字第200701308号《中北镇居住区住宅公建工程施工招标文件》；
证据二、《中北镇居住区住宅公建工程（2标段）投标文件》；
证据三、2007年2月9日《工程施工中标通知书》；
证据四、编号为2007035024的《天津市建设工程施工合同》；
第二组证据包含四份证据，证明诉争之中北镇居住区E2、4区F1区2标段工程进行招、投标及签订备案合同的事实过程。
证据五、施招备登字第200706301号《中北镇居住区E2、4区F1区施工招标文件》；
证据六、《中北镇居住区E2、4区F1区2标段工程投标文件》；
证据七、2007年6月28日《工程施工中标通知书》；
证据八、编号为2007075018号的《天津市建设工程施工合同》；
第三组证据包含三份证据，证明在签订备案合同的基础上，双方就诉争工程签订了三份《合同补充条款》，对工程中的具体事项进行约定。
证据九、2007年7月12日《合同补充条款》；
证据十、2007年7月12日《合同补充条款》；
证据十一、2007年7月12日《合同补充条款》；
第四组证据、《大地十二城项目已付款确认表》，证明截至2011年4月14日，先行房地产公司实际给付中建六局土木公司工程款189928778元；
第五组证据包含八份证据，证明中建六局土木公司构成根本违约，未按期完工。
证据十三、《中北镇居住区E区1－8号楼进度计划》；
证据十四、《大地十二城居住区E区9、13、15、25－30号楼工程施工进度计划》；
证据十五、《大地十二城居住区E区25－30号楼工程施工进度计划》；
证据十六、《中北镇居住区E区9、13、15、25－30号楼11月份工程施工进度计划》；
证据十七、《中北镇居住区E区12月份进度计划》；
证据十八、《中北镇居住区E区1－9、13、15、25－30号楼（一）月份工程进度计划》；
证据十九、《天津大地十二城居住区E区工程五月进度计划表》、《天津大地十二城居住区E区工程六月进度计划表》；
证据二十、《天津市建设工程竣工验收备案书》共计28份；
第六组证据包含八份证据，证明诉争工程逾期竣工的过错在于中建六局土木公司，其应当赔偿先行房地产公司的经济损失。
证据二十一、《监理通知书》；
证据二十二、《隐患整改通知书》；
证据二十三、《责令整改通知单》；
证据二十四、2007年4月6日中建六局土木公司给先行房地产公司的《承诺书》；
证据二十五、2007年10月24日、2007年12月24日中建六局土木公司及案外人天津市信宝达建筑劳务有限公司的《承诺》六份；
证据二十六、2009年6月13日中建六局土木公司给先行房地产公司的《报告》；
证据二十七、《请款前确认部位清单》；
证据二十八、2009年7月17日先行房地产公司给中建六局土木公司的《确认函》；
第七组，《结算证明》和《关于结算证明的说明》，证明《结算证明》仅为了办理备案而提供，双方约定该《结算证明》不作为双方结算的最终依据。
证据二十九、《结算证明》；
证据三十、《关于结算证明的说明》；
证据三十一、中建六局土木公司于2008年1月3日出具并确认的《情况说明》，证明中建六局土木公司自2007年3月按时开工，进场施工的事实；
证据三十二、中建六局土木公司于2009年6月13日向先行房地产公司出具的《报告》一份，证明先行房地产公司严格履约，按时足额支付工程款；
证据三十三、《工程款支付申请表》，证明工程款的支付，双方履行的是合同补充条款，根本不存在所谓的预付款、工程进度款未支付的情况；
证据三十四、165份《房屋复验单》，证明诉争工程至2009年9月25日尚存在大量未整改项目，因此，所谓的竣工之说纯属无稽之谈；
证据三十五、中建六局土木公司制作的《计划施工与实际施工进度对比表》、《大地十二城E区9、13、15、25－30号楼施工进度计划表》、《中北镇居住区E区1－8号楼进度计划》、中建六局土木公司盖章确认的10份《请款前确定部位清单》，证明中建六局土木公司在施工合同履行过程中，自始至终未能按照施工计划完成，严重拖延工期，已构成根本违约；
证据三十六、1、《结算表》、2、《大地十二城E区1－8号楼付款总表》、3、先行房地产公司为中建六局土木公司垫付款项的明细表、4、先行房地产公司为中建六局土木公司垫付的工程质量监督费、散装水泥专项基金、墙改基金缴款书、5、先行房地产公司代中建六局土木公司垫付水电费明细、6、中建六局土木公司签署确认的《中建六局土木公司水、电费结算》、7、《中建六局土木公司大地十二城项目水、电费确认单》28份、8、先行房地产公司为中建六局土木公司垫付的水、电费发票45张、9、2009年4月9日中建六局土木公司人员确认并签收的《E4＃变压器损坏赔偿通知》，证明先行房地产公司在已付工程款之外，为中建六局土木公司垫付的款项共计1948053.99元，该款应增加在已付款中，即先行房地产公司实际已付工程款为191876831元；
证据三十七、2008年5月23日先行房地产公司给中建六局土木公司的《关于要求重新鉴定的确认函》，证明因中建六局土木公司提出的E区4—8号楼砌体强度鉴定报告未经过先行房地产公司和监理公司的确认，且与实地察看的结果出入较大，先行房地产公司要求对大地12城E区2—8号楼工程重新进行质量鉴定；
证据三十八、2010年6月13日中建六局土木公司、天津市信宝达建筑劳务有限公司给先行房地产公司的《承诺书》及2011年12月3日中建六局土木公司要求支付质保金的《函》，证明截止到2010年6月13日，双方结算工作正在进行中，结算工作尚未完成；截止到2011年12月3日，双方就图纸内容已作结算，就图纸内容之外，尚有洽商变更及补偿部分没有作结算，即先行房地产公司和中建六局土木公司一直未最终结算；
证据三十九，《建设工程施工许可证》（2份），证明诉争工程颁发施工许可证的时间是2007年3月及2007年6月，中建六局土木公司于2007年3月开工；
证据四十、现场签证单，证明施工当中发生了变更；
证据四十一、2009年7月2日中建六局土木公司上海部给先行房地产公司的《工作联系单》、《分部分项工程工程量清单》、《计价清单》，载明：“E区25—30号楼外槽还土、室外台阶…从施工范围内拿出”，以此证明诉争工程存在减项，相应的结算款项应从工程款中扣除；
证据四十二、《延期入住赔偿协议书》，证明因施工工期延误，先行房地产公司向业主赔付的款项，该笔费用应由中建六局土木公司承担；
证据四十三、《变更签证汇总表》、签证25份及施工图预算，证明施工中发生图纸变更。
中建六局土木公司的质证意见为：对先行房地产公司的证据一、二、三、五、六、七、九、十、十一、十二、二十、二十九、三十、三十一、三十二、三十三、三十四、三十五、三十六、三十七、三十八、三十九的真实性认可，证明目的均不认可。对证据四、八合同中没有改动的内容予以认可。对于先行房地产公司提供的证据十三至证据二十八的真实性及证明目的均不予认可。对证据四十至四十三，未发表质证意见。
本院经审查原告提交的证据后认为：对先行房地产公司提供的证据一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、十一、十二、二十、二十一、二十二、二十三、二十四、二十五、二十六、二十七、二十八、二十九、三十、三十一、三十二、三十三、三十四、三十五、三十六、三十七、三十八、三十九、四十、四十一、四十二、四十三的真实性、关联性予以确认，对证据十三至十九的真实性不予确认。
中建六局土木公司为证实其本诉反驳理由及反诉主张，提供如下证据：
证据一、1、编号为2007035024号的《天津市建设工程施工合同》，证明中北镇居住区E1、3区住宅的工程内容、合同工期、质量标准、合同承诺内容、合同违约条款约定和争议处理条款等内容；
2、《大地十二城E区9＃、13＃、15＃、25＃—30＃、地下车库AB部分增补协议》，证明诉争工程由于设计变更、签证等增加工作量，实际合同金额调整为167554051元；
证据二、1、编号为2007705018号的《天津市建设工程施工合同》，证明中北镇居住区E2、4区F1区2标段的工程内容、合同工期、质量标准、合同承诺内容、合同违约条款约定和争议处理条款等内容；
3、《大地十二城E区2＃－8＃、青年公寓增补协议》，证明诉争工程由于设计变更、签证等增加工作量，实际合同金额调整为46643768元；
证据三、单位（子单位）工程质量竣工验收记录，证明诉争工程竣工验收合格，工程实际开工日期为2007年8月12日、2007年5月12日、2007年5月15日，竣工日期为2009年6月29日、2009年7月21日、2009年7月30日；
证据四、《大地十二城项目已付款确认表》，证明截止2011年4月14日，双方确认已付款为189928778元；
证据五、《结算证明》及其《结算证明说明》，证明双方按照合同补充协议的内容进行的竣工备案结算金额；
证据六、中建六局土木公司已收款、开票金额汇总表，证明先行房地产公司违约拖欠付款的事实及未按约定支付工程款的事实；
证据七、施工日志，证明因拖欠工程款造成的停工损失。
证据八、《天津市建设工程施工劳务分包合同》两份，证明中建六局土木公司将诉争之工程的劳务分包给四川恒筑建工劳务有限公司及天津市信宝达建筑劳务有限公司进行施工。
对于中建六局土木公司提供的证据，先行房地产公司的质证意见为：对证据一、二、三、四、五、六、八的真实性予以认可，对其证明目的不予认可，对于证据七的真实性和证明目的均不予认可。
本院经审查中建六局土木公司提交的证据后认为，先行房地产公司对中建六局土木公司提交的证据一、二、三、四、五、六、八的真实性、关联性不持异议，本院予以确认。对于证据七的真实性，本院不予确认。
本院经审理查明，原告（反诉被告）天津市先行房地产开发有限公司为发包人，被告（反诉原告）中建六局土木工程有限公司为承包人，双方于2007年2月27日、2007年7月6日分别签订两份《天津市建设工程施工合同》，并先后于同年的3月22日、7月12日备案。合同主要约定：由中建六局土木公司承建先行房地产公司开发的位于天津市西青区“中北镇居住区E1、3区住宅、公建2标段”工程及“中北镇居住区E2、4区F1区2标段”工程。施工范围包括：土建（含桩基）、主体、给排水、采暖、电气、照明、弱电、预留、预埋工程。工期分别为2007年3月15日至2008年8月30日、2007年6月30日至2008年8月30日。合同价款采用固定价格合同，金额分别为129554051元和21643768元，共计151197819元。合同价款中包括的风险范围：政策性调价文件截止到天津市建委发布的建筑（2006）795号文件，以后发生不再调整，执行天津市2004建筑工程预算基价和天津市设备安装工程预算基价。同时还约定了工程预付款的给付时间、标准、质保期及违约责任。
2007年7月12日，双方分别签订三份《合同补充条款》，将前述二份《备案合同》施工内容拆分为三部分，并将工程价款的计价方法约定为，E区9、13、25-28号框架结构高层住宅土建依据天津市建筑、装饰工程执行2004年预算基价总价三类取费下浮15%。15、29、30号框架结构高层住宅土建依据天津市建筑、装饰工程执行2004年预算基价总价二类取费下浮18%；E区2-8号砖混结构住宅执行平米包干，单价每平方米830元，一次包死；E区青年公寓、幼儿园依据天津市建筑、装饰工程执行：直接费＋企业管理费×0.3＋税金。三份《合同补充条款》还约定，关于总包服务费，双方约定：总包服务费及管理费按分包工程总价的1％计取，具体项目为包括打桩、消防、电梯安装等，其他各专业的总包服务费及管理费按分包价格的2％计取。关于工程款支付，双方约定：每次付款依据相关考核指标包括工程质量、进度、安全生产、工程档案资料、文明施工及总包配合。上述考核指标全部满足后，按照已完部位的百分比付款。并约定工程备案完成后，工程款付至工程结算造价的95％。至诉讼止，先行房地产公司已实际支付中建六局土木公司工程款189928778元。
2007年3月，中建六局土木公司进场施工。2007年4月6日，中建六局土木公司出具《承诺书》，承诺：“不另行转包、分包。如有违约，先行房地产公司有权单方终止合同，中建六局土木公司按总造价的5％－10％赔偿先行房地产公司。
2007年5月11日，中建六局土木公司与案外人四川恒筑建工劳务有限公司及天津市信宝达建筑劳务有限公司签订《天津市建设工程施工劳务分包合同》，将先行房地产公司开发的位于天津市西青区中北镇居住区E区的主体、装修的模板、钢筋、混凝土、砌筑、抹灰分包给四川恒筑建工劳务有限公司，将天津市西青区中北镇居住区E区25－30号楼的主体结构分包给天津市信宝达建筑劳务有限公司。
2009年9月24日除车库工程外，其他工程竣工备案，车库工程于2010年1月12日进行竣工备案。2009年8月8日，双方签订《结算证明》载明：中北镇E区2－8、9、13、15号楼、青年公寓、幼儿园、地下车库工程已与中建六局土木公司结算完毕，结算造价为89995067元。2009年8月18日，双方签订的《结算证明》载明：中北镇E区25－30号楼、地下车库工程已与中建六局土木公司结算完毕，结算造价为113488112元。结算价共计203483179元。上述《结算证明》作为竣工备案资料存档。后，双方签订《关于结算证明的说明》载明：中建六局土木公司承建的中北镇工程，目前双方已在做结算工作，结算证明书中的结算件113488112元及89995067元为暂估价，该结算值只作竣工备案用，不作为结算依据，最终结算价按双方协议约定的结算造价为准。
中建六局土木公司提供《增补协议》两份，其中《大地十二城E区2＃－8＃、青年公寓增补协议》主要内容为：“为满足开具正式发票的要求，经甲乙双方协商在原签订合同金额2164.3768万元的基础上增加2500万元，实际合同金额调整为4664.3768万元”。《大地十二城E区9＃、13＃、15＃、25＃－30＃、地下车库AB部分增补协议》主要内容为：“为满足开具正式发票的要求，经甲乙双方协商在原签订合同金额12955.4051万元的基础上增加3800万元，实际合同金额调整为16755.4051万元”。上述协议上加盖了原、被告双方的合同专用章。天津市西青区地税局津西税务所的《建筑业工程项目情况登记表》载明：中北镇居住区E1、3区住宅、公建2标段工程的项目预算金额为46643768元；项目管理起始时间为2008年1月1日；登记时间为2008年8月6日；该合同项下首笔税务发票开具的时间为2009年10月26日。中北镇居住区E2、4区F1区2标段的预算金额为167554051元；项目管理起始时间为2008年1月1日；登记时间为2008年1月25日；该合同项下首笔税务发票开具的时间为2008年1月28日。
对于《增补协议》的性质，原告先行房地产公司称只是为了满足开具发票的需要，并不是双方关于工程的结算件，至诉讼止，双方并未完成结算，向本院递交《工程造价鉴定申请书》，申请就天津市西青区中北镇居住区E2、4区F1区2标段工程的备案合同造价范围外的增减项签证、设计变更调整后的工程造价进行鉴定。为佐证其该观点，先行房地产公司提供2010年6月13日中建六局土木公司、天津市信宝达建筑劳务有限公司出具的《承诺书》载明：“由我中建六局土木公司承建的大地十二城E区25－30号楼及AB地库工程（天津市信宝达建筑劳务有限公司分包）已竣工验收完毕，结算工作正在进行中，因现场维修等事宜请建设单位在合同约定产值外再支付2000000元。我公司承诺，在结算完成之前不再请款，另外承诺此次请款后的所有工程尾款全部以抵房形式支付。”2011年12月3日中建六局土木公司给先行房地产公司的《函》载明：“由贵方投资我公司施工建设的中北镇居住区E区1－8号楼、9、13、15号楼及地下车库工程业主入住已经两年有余，质保期已满，按合同规定贵司应于2011年8月支付我方质量保证金，但贵司至今没有支付，并且双方除图纸内容已做结算外，还有洽商变更及补偿部分未做结算，我司已将有关材料上报贵公司，且两年多来我方反复多次催促，但贵司一直没有给予明确答复。现我公司就上述原因向贵司再次提出：1、贵司应支付我司洽商变更及补偿款项18620000元（详见附表）……”附表载明：“土建工程签证变更2320890元、安装工程签证变更734284元、小砖楼平米包干调价948268元、小砖楼地下室调价1419134元、小砖楼甲控材料调价705313元、钢筋、混凝土、人工费调价1884081元、因拖欠工程款造成的停工损失3405600元、因抵房造成的税金损失662183元、因抵房差价造成的损失510985元、因起诉案件造成的损失527048元、海河大道抵房价差913951元。”
另查，施工中发生水电费合计1620827.12元，由先行房地产公司垫付，现双方认可中建六局已给付115480.74元。施工中，中建六局土木公司使用的E4号315KVA-0.4／10变压器发生熔断器损坏，更换发生的拆装费5500元，中建六局土木公司同意承担。先行房地产公司向主管部门缴纳的文明施工费781800元已由中建六局土木公司从主管部门全部领取，该款已计入先行房地产公司已付工程款中。因诉争工程未能按期竣工交付，先行房地产公司未能按照《天津市商品房买卖合同》的约定交付房屋，为此赔偿业主435610元。
本院认为，先行房地产公司与中建六局土木公司签订的《建设工程施工合同》，是双方当事人的真实意思表示，符合法律规定，本院予以确认。双方当事人均应按照合同约定，履行各自的义务。现工程已竣工验收合格，先行房地产公司应给付中建六局土木公司工程款。关于先行房地产公司是否欠付或超付工程款问题，虽然，双方在施工过程中签订了《增补协议》，但对签订协议的用途双方存在极大争议，在此基础上，中建六局土木公司应按照“谁主张，谁举证”的法律规定就先行房地产公司欠付工程款的事实继续进行举证，但中建六局土木公司未能提供需要大幅度增加工程款的相关证据，因此，仅凭《增补协议》不能形成对工程价格的修改。虽然双方均认可工程存在增项，但因先行房地产公司已在备案合同基础上多付了32946914元，而中建六局土木公司经法庭释明后仍不申请在备案的《建设工程施工合同》基础上进行增项鉴定，故其不能有效证明工程款欠付事实存在，应承担举证不能的法律后果，其主张先行房地产公司欠付工程款的反诉主张，本院不予支持。现先行房地产主张，在履行上述合同过程中，先行房地产公司已超付工程款32946914元，要求中建六局土木公司予以返还。中建六局土木公司则主张，按照双方签订的《增补协议》的约定，先行房地产公司扣除先行房地产公司已支付的工程款外，其还欠付中建六局土木公司工程款24062794.35元。本院认为，通过庭审及审查双方当事人提交的证据可以认定，双方在施工过程中实际是按照《合同补充条款》履行的，而该《合同补充条款》已对备案的《建设工程施工合同》的计价标准及付款形式进行了实质性的变更，但先行房地产公司在明知的情况下自愿付款，且诉争工程也已交付使用，故先行房地产公司要求中建六局土木公司返还超付工程款的主张依据不足，本院不予支持。
关于先行房地产公司主张的逾期竣工的违约责任问题，对于开工时间和完工时间，双方均没有直接证据证明，间接证据又相互矛盾，且没有证据证明在扣除以房抵债导致中建六局土木公司资金不畅、局部设计变更、增减项等因素所导致的工期合理延长后仍存在延期，故中建六局土木公司逾期竣工构成违约的事实不能成立，先行房地产公司主张逾期交房的经济损失537903元的主张，不予支持。关于先行房地产公司主张的中建六局土木公司违反承诺将工程转包、分包的问题，尽管中建六局土木公司存在将工程劳务分包的情形，但通过本案的证据可以证实先行房地产公司对此在工程施工中即已知晓并未表示异议，亦未就此行使《承诺书》确定的单方解除权，或要求中建六局土木公司依据承诺承担赔偿责任，现合同已履行完毕且交付使用，先行房地产公司亦未主张存在质量问题，故先行房地产公司要求中建六局土木公司予以赔偿，本院不予支持。
关于中建六局土木公司提出的应从先行房地产公司给付的工程款189928778元减除拆迁费470000元、总包服务费52800元、文明施工费781800元问题。其中，文明施工费781800元，已由中建六局土木公司从主管部门收取，其在本案中再行主张明显不能成立。即使中建六局土木公司其他主张全部成立，其总价款129554051元＋21643768元＋522800元（470000元＋52800元）＝151720619元，也未超出先行房地产公司已给付的工程款189928778元。且中建六局土木公司应对先行房地产公司仍欠付工程款负有举证责任，因此其主张不能支持。关于中建六局土木公司主张的要求先行房地产公司支付逾期付款违约金及利息的问题，因其不能证明先行房地产公司仍欠付工程款，故中建六局土木公司该项反诉主张，本院不予支持。关于中建六局土木公司主张先行房地产公司给付逾期支付工程款预付款的违约责任问题，因双方在《合同补充条款》中对于付款形式进行了变更，即不再履行预付款的约定，只是按约定分部位支付进度款，而实际履行的过程中双方亦认可系按照《合同补充条款》实际履行的，另外，自中建六局土木公司所主张的逾期利息的截止时间为2007年8月16日至其提出反诉，期间没有证据显示其提出过主张，先行房地产公司就此又明确提出时效抗辩，故其该项主张，本院不予支持。
综上所述，依据中华人民共和国合同法》第四十四条、第二百七十九条第一款，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条，最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、驳回原告（反诉被告）天津市先行房地产开发有限公司的诉讼请求；
二、驳回被告（反诉原告）中建六局土木工程有限公司的反诉请求。
本诉案件受理费213713元，保全费5000元，合计218713元，由原告（反诉被告）天津市先行房地产开发有限公司负担；反诉案件受理费175746元，由被告（反诉原告）中建六局土木工程有限公司负担。
如不服本判决，可在本判决送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于天津市高级人民法院。上诉人递交上诉状后，应于七日内交纳诉讼费用，逾期不交纳，则视为放弃上诉权利。
审 判 长 陈 健
审 判 员 吴狄红
人民陪审员 江 洋
二〇一四年六月六日
书 记 员 刘继永
速 录 员 李晓旭