广西壮族自治区柳州市城中区人民法院
民 事 判 决 书
（2014）城中民二初字第148号
原告何盛辉，男，住柳州市。
委托代理人周明，广西通华律师事务所律师
被告南宁信托置业柳州公司，住所地：柳州市。
法定代表人蔡文辉。
被告曾玉娟，女，住柳城县。
委托代理人李家意，柳北区沙塘法律服务所法律工作者。
委托代理人沈乘宇，男，住柳州市。
原告何盛辉诉被告南宁信托置业柳州公司（以下简称信托公司）、曾玉娟房屋买卖合同纠纷一案，本院立案受理后，依法适用普通程序，组成由审判员周芷宇担任审判长，人民陪审员田梅、杨春鸿参加的合议庭，并分别于2014年8月5日、2015年5月21日公开开庭进行了审理。原告的委托代理人周明、被告曾玉娟的委托代理人沈乘宇到庭参与诉讼，被告信托公司经本院合法传唤，无正当理由拒不到庭参加诉讼，本院依法缺席审理。本案现已审理终结。
原告诉称，被告信托公司一房二卖，即卖给原告，又卖给被告曾玉娟，1995年6月11日，原告与被告信托公司签订《某某大厦商铺销售暨五年包租合同书》（以下简称：《销售合同》）。“销售合同”第二条规定：原告购买被告信托公司在某某大厦地面某某号商铺，面积11.4平方米，单价8380元／平方米，总价96515.8元。原告根据“销售合同”第七条的规定付清全部款项96515.8元。由于被告信托公司违反“销售合同”第六条规定，1998年10月19日原告起诉状告被告信托公司，一审法院判决：继续履行合同，被告信托公司支付违约金、赔偿金。
被告信托公司不服（1998）城民初字第639号判决书上诉，1999年6月25日二审法院判决：“驳回上诉，维持原判”。2005年8月25日，被告信托公司将某某大厦的物业管理权移交给柳州市某某物业管理公司（以下简称某某公司）。2006年3月9日，某某公司与原告签订委托协议，该协议规定：原告委托某某公司将自己购买的某某大厦某某号商铺对外出租，由某某公司代原告收取该商铺租金后再交给原告。2006年10月23日，某某公司的负责人告知原告：根据某某公司与被告信托公司签订的“协议”，某某大厦1-3层重新进行测绘后，已经通过消防部门的验收。该负责人还说：原告的三层原17号商铺经过重新测绘后变更为某某号商铺，建筑面积也变更为11.89平方米，并要求原告承担消防整改费。某某公司的负责人还要求原告在其打印好的“确认书”上签字。2008年4月3日，某某公司根据原告签字的“确认书”内容，收取了原告的消防整改费1625元。
2006年12月至2008年4月期间，某某公司的法定代表人是被告曾玉娟。虽然被告信托公司至今没有为原告办理房产证。但是原告从2006年起至今一直管理、出租某某号商铺（即某某号商铺），并收取该商铺的租金。2013年10月，被告曾玉娟突然告知原告：某某大厦某某号（原17号）商铺的产权人是其，被告曾玉娟想将原告商铺的承租人赶走，以后商铺租金由被告曾玉娟收取。
2013年11月20日，原告状告柳州市房产局（以下简称房产局）和被告曾玉娟。2013年12月4日，房产局提交的部分证据可证明被告信托公司一房二卖，即卖给原告，又卖给被告曾玉娟。但被告曾玉娟根本没有支付购房款。被告信托公司一房二卖的行为导致原告长达十几年办不了某某号（原某某号）商铺的产权证。被告信托公司应依法应承担不超过原告已付购房款一倍的赔偿责任。原告为维护其合法权益，诉至法院，请求判令：一、确认被告信托公司与被告曾玉娟签订的房屋买卖合同无效；二、确认某某大厦某某号商铺（11.89㎡）的产权为原告所有；三、被告信托公司为原告办理房产登记手续；四、被告信托公司承担违约金53864.1元；五、被告信托公司承担赔偿金36384.71元。
原告为支持其主张，在举证期限内向本院提供如下证据：
1、1995年原告与被告信托公司签订的《销售合同》一份，证明原告与被告信托公司签订了购房协议；
2、1995年至1997年、1995年9月至11月、1995年6月至8月的收款收据三份，证明原告根据合同的规定已经支付了全部购房款；
3、1998年10月19日的（1998）城民初字第639号判决书一份；
4、1999年6月25日的（1999）柳市民终字第56号判决书一份，证据3、4共同证明法院审理过该案，确认合同是合法有效的；
5、2005年8月25日被告信托公司与某某公司签订的协议书一份，证明某某大厦的商铺由某某公司负责物业管理，被告曾玉娟是当时某某公司的法定代表人；
6、2006年3月9日的某某公司与原告签订的委托协议一份，证明涉案房屋由原告委托某某公司对外出租并帮原告收取租金；
7、2006年10月23日的确认书一份，证明某某大厦测绘后，涉案房屋房号变更为某某号，某某公司要求原告缴纳消防整改费；
8、2008年4月3日的消防整改费收据一份，证明原告已经按照某某公司的要求缴纳了消防整改费；
9、某某公司工商档案一份，证明被告曾玉娟曾经是某某公司的法定代表人；
10、2008年5月1日的某某大厦商铺租赁合同一份；
11、2010年5月1日的某某大厦商铺租赁合同一份；
12、2012年5月1日某某大厦商铺租赁合同一份，证据10-12证明原告将涉案房屋对外出租并收取租金的事实；
13、2013年11月20日的行政起诉书一份，证明原告起诉房产局及被告曾玉娟的事实；
14、2006年7月21日曾玉娟填写的《柳州市私有房屋所有权登记申请表》一份；
15、2006年7月21日的被告信托公司与曾玉娟签订的《商品房买卖合同》一份；
16、2007年9月16日的曾玉娟办理房产证的“发票”一份；
17、2007年11月13日的曾玉娟在某某号（某某号）商铺的产权证存根一份，证据14-17证明涉案房屋已经在2007年被告曾玉娟登记在其名下；
18、2013年12月12月10日的工商局电脑咨询单一份，证明被告信托公司被工商局吊销执照，由清算组进行清算，目前清算尚在进行中；
19、2014年1月行政案件的裁定书一份，证明原告所诉的行政案件暂时中止审理，待民事案件审结后再审理；
20、原告主张违约金和赔偿金的计算方法一份，证明原告所主张的违约金和赔偿金的计算方法；
21、2013年12月25日的柳南区地方税务局的协查复函一份，证明被告曾玉娟提供的购房发票不是税务局开具的，所以发票是虚假的。
被告曾玉娟的质证意见如下：对证据5、6、9、14-19的真实性没有异议；对证据1、2的真实性无法确认，且合同中所载明的内容和现实存在差异，证明目的有异议；对证据3、4的真实性没有异议，但是恰好证明了原告所诉的标的物并不一致；对证据7、8，因为是原告单方签字，对其真实性不予认可；对证据10-12，与本案无关，也无法确认其真实性；对证据13的真实性没有异议，但是原告不能用此证明其撤销房产证的依据；对证据20，因为原告的关于违约金合同赔偿金的诉请并没有涉及到被告曾玉娟，所以对此证据不发表意见；对证据21的真实性没有异议，但是其内容是该局没有“代开”，并不能说明购房发票是假发票。
被告曾玉娟辩称：一、争议的标的物存在差异，面积和门面的号码不一致，法院的判决书已经明确标的物不一致。二、本案争议的标的物是被告曾玉娟与房产局交换所得，只有支付了对等的价格，因此才能进行房产登记。原告说的出租行为就能证明产权是其所有的没有依据，被告曾玉娟之所以现在才主张，是因为其在大厦有很多门面，是后来发现房屋被侵占。三、原告应该依据物权法19条进行异议登记，且原告也走过该程序但是终止了。四、原告的诉讼没有法律和事实依据。房屋登记后申请撤销是没有依据的，如果可以撤销，被告信托公司就不是适格主体。本案是买卖合同，被告曾玉娟也不是适格主体。五、即使本案的诉讼依法可以进行，也已经超过诉讼时效，原告至少在1998年10月前知道其合法权益被侵犯。六、被告信托公司已经注销，原告的起诉没有法律依据。请求驳回原告对被告曾玉娟的诉请。
被告曾玉娟为支持其主张，当庭向本院提供如下证据：
1、说明一份，证明铺面的来历；
2、1991年7月16日协议书一份，证明房产局得到的回迁房中包含涉案房屋；
3、2006年7月21日协议书一份，证明柳州市某某开发总公司（以下简称某某公司）从被告信托公司那里分到了房子，这个房子就是本案的涉案房屋；
4、1998年11月3日催收函一份，证明这个涉案房屋是房产局向某某开发公司追索应得的回迁房；
5、2001年3月6日协议书一份，证明柳州市某某房地产开发有限责任公司（以下简称某某房开）跟房产局对换房子是得到了某某公司的同意；
6、2001年9月18日协议书一份，证明某某公司用自己的房屋与房产局对换；
7、2001年移交函，证明某某公司向房产局移交了房屋包括了本案的涉案房屋；
8、2001年5月10日房屋产权办证协议书，证明某某公司同意被告信托公司办证的时候以某某开发公司的名义到税务局开具发票；
9、2001年12月24日企业变更登记通知书，证明某某房开变更为柳州市某某房屋开发有限责任公司（以下简称某某房开）。
原告的质证意见如下：证据1与本案无关，过了举证期限，不予质证；证据2、4、5、6、7与本案无关，因为里面的两个公司都不是本案的当事人；证据3与本案无关，因为是两个公司之间分配房子的问题；证据8的被告信托公司的公章真实性有异议，与被告信托公司的协议也是与本案无关的；证据9的变更与本案无关。以上证据都已过举证期限，都不予质证。
被告信托公司未出庭参加诉讼，在举证期限内也未向本院提交任何证据及书面答辩材料，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第十二条、第十三条第二款、第六十四条、第六十八条及最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第三十四条第一款的规定，视为被告信托公司放弃答辩、举证和质证的权利。
原告对二被告于2006年7月21日签订的《商品房买卖合同》中第14页上所盖的被告信托公司的印文的真实性有异议，故申请对上述印文与样本文件内同名印文是否为同一印章所留进行鉴定。
2014年12月12日，广西公明司法鉴定中心得出结论：检材落款时间2006年7月21日《商品房买卖合同》内第14页上所盖的”南宁信托置业柳州公司”与样本文件内同名印文不是同一印章所留。
经质证，原告对广西公明司法鉴定中心的鉴定意见质证无异议。
二被告经本院合法传唤，无正当理由拒不到庭参加质证，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第十三条第二款、第六十八条的规定，视为二被告放弃质证的权利。
综合庭审核实原告提交的证据，本院认证如下：被告曾玉娟对原告提交的证据1-6、9、13-19、21的真实性无异议，本院对于上述证据的真实性予以确认，是否能达到其证明目的，本院将在下文详述。被告曾玉娟对原告提交的证据7、8、10-12的真实性均不予认可，但未提供相反证据予以佐证，故本院对前述证据的真实性予以确认，是否能达到其证明目的，本院将在下文详述。原告对被告曾玉娟提交的证据1-9均认为与本案无关，且认为被告曾玉娟提交时已超过举证期限，不予质证，前述证据是否与本案有关，本院将在下文详述。
依据庭审笔录及当事人提交的证据，可以确定以下法律事实：
1995年6月11日，原告与被告信托公司签订《销售合同》，约定：原告向被告信托公司购买某某大厦地面某某号商铺并由被告信托公司承租，面积11.4平方米，单价8380元／平方米，总价人民币96515.8元；建筑面积的实际数量以竣工后测量的实际面积为准；承租期限为五年，自1996年5月1日至2001年4月30日止，被告信托公司在此期间每年向原告支付购房款的25%即24129元作为租金；承租期满后，被告信托公司将该商铺交付原告，原告可自由处置；付款方式：原告先支付5万元（包括定金8000元），以后从8月开始，8-11月各交1万元，如不足最少5000元，余款6515.8元于12月底付清。
原告于1995年6月4日向被告信托公司支付某某号商铺的订金8000元，于1995年6月11日支付42000元，于1995年6月15日至1995年12月20日向被告信托公司支付款项共计46515.8元。1997年1月31日，被告信托公司向原告开具《收款收据》载明：收到原告交来1996年5月1日至1996年10月30日的租金税2050.96元。
原告于1998年向柳州市城中区人民法院起诉被告信托公司，要求判令：解除双方所签订的《销售合同》，被告信托公司退还原告所交的房款96515.8元、支付违约金7818元、赔偿经济损失24194.5元、租金损失108580.5元及双倍返还定金16000元。被告信托公司提起反诉，要求原告返还租金10013元。柳州市城中区人民法院于1998年10月19日作出（1998）城民初字第639号民事判决书判决如下：一、原告与被告信托公司于1995年6月11日签订的《销售合同》继续履行；二、被告信托公司支付原告违约金8373.78元（从1996年6月1日起至1998年10月11日止，按每日万分之一计算，以后的违约金亦按此比率计算）；三、被告信托公司支付给原告赔偿金10757元（从1996年6月1日起至1998年10月4日止，按银行的同期利率分段计算，已扣除被告信托公司应支付的违约金8373.78元，以后的利息按银行同期利率计付）；四、驳回原告关于解除合同，退房退款、赔偿租金损失、双倍返还定金的诉讼请求；五、驳回被告信托公司的反诉诉讼请求。
被告信托公司不服（1998）城民初字第639号民事判决书上诉至柳州市中级人民法院，柳州市中级人民法院于1999年6月25日作出（1999）柳市民终字第56号民事判决书判决：驳回上诉，维持原判。
2005年8月15日，被告信托公司与某某公司签订《协议书》，载明：为妥善解决柳州某某大厦的遗留问题，达成如下协议：某某公司以风险承包方式直接参与某某大厦消防楼梯的整改及报批工作；某某大厦增设户外疏散楼梯，施工所需资金由某某公司垫付；某某大厦消防整改完成，取得消防部门颁发消防安全合格证后，被告信托公司将有关的商场物业管理及大厦物业管理工作全部移交某某公司接管，交接后十个工作日内被告信托公司一次性支付某某公司40万元。
2006年3月9日，原告与某某公司签订《委托协议书》，载明：根据《某某大厦商场铺面业主第二次大会决议书》有关商场统一策划和招租的原则，现原告委托某某公司全权代理何盛辉将某某大厦某某号（编号暂以原购房合同为准）商铺对外出租。
2006年10月23日的《确认书》载明：某某商场消防整改工程，年初由业主委托某某公司代行负责组织实施，2006年4月25日竣工，该项工程正式通过消防部门验收，2006年5月1日商场投入使用。经业主代表反复审核确认，商场内部铺面工程平均造价为301.69／㎡。某某号房产局核定的建筑面积为11.89㎡（具体以房产证核定的面积为准），应承担的费用为3587.09元，本铺面业主予以确认，并同意在签字15天内支付。原告在“确认人签字”处签名。
被告曾玉娟与被告信托公司于2006年7月21日签订的《商品房买卖合同》，载明：曾玉娟向被告信托公司购买某某大厦某某号商铺，建筑面积11.89㎡，单价为1500元／㎡，总价17835元；本合同签订之日起三日内一次性付清全部购房款；被告信托公司应在1999年12月31日前在买受人付清全部房款时将商品房交付被告曾玉娟使用。被告曾玉娟的签章时间为2006年7月21日，被告信托公司的签章时间为2006年10月23日。该被告信托公司的印文经司法鉴定，鉴定结论为：“南宁信托置业柳州公司”与样本文件内同名印文不是同一印章所留。
被告曾玉娟述称其于2007年9月16日交纳了购买某某号商铺的相关税费，并取得了编号为某某的《广西壮族自治区柳州市地方税务局通用发票》，但根据柳州市柳南区地方税务局的协查回复：该局通过《广西地税信息系统》查询，该局于2007年未代开该号码的发票。
2007年11月13日，被告曾玉娟取得了小南路1号某某大厦某某号房屋的所有权证，附注注明：向被告信托公司购买。
2008年4月3日的《收据》载明：收到原告交来某某号消防整改费1625元。某某公司在该收据上盖上其财务专用章。
2008年5月1日至2012年5月1日，原告与他人签订租赁合同，将涉诉商铺某某号（某某号）出租给他人。
另查明，1991年7月16日，某某公司与房产局签订《共建某某综合大楼协议书》约定：双方共建的“某某综合大楼”位于某某路，中山西路汇交路口一侧，占地面积1000㎡，建筑面积5800㎡；房产局负责大楼建设范围内的小南路某某号，中山西路某某号、某某号和某某号五个门牌的拆迁安置；大楼建成后，房产局拥有900㎡的商场面积和1700㎡的住宅面积，大楼其余3200㎡归某某公司；由某某公司负责办理全部房屋所有权证。
1998年11月3日，房产局向某某公司出函，载明：按照《共建某某综合大楼协议书》及某某大厦后期拆迁又增拆了该局7#、9#、11#、13#公房，又根据该局1993年7月3日与某某公司、被告信托公司签订的协议书，该局应在某某大厦拥有产权面积为3174.49㎡（其中非住宅1123.24㎡，住宅2051.25㎡），要求某某公司与被告信托公司协调，将该局在某某大厦应有的产权面积在1998年11月底前划归该局。
2001年，某某公司向房产局发函，载明：某某公司将属于房产局所有的某某大厦产权房屋移交给房产局，具体楼房：1、住宅……共计19套；2、非住宅1123.24㎡，其中1楼550㎡，2楼573.24㎡。
2001年3月6日，某某房开与某某公司签订《协议书》，约定：房产局同意以其在某某大厦的住宅和非住宅与某某房开的其他区域的住宅和非住宅产权等价面积互换，某某公司同意。
2001年9月18日，某某房开与房产局签订《房屋产权互换协议书》约定：房产局在某某大厦拥有房屋总建筑面积3174.49㎡（其中非住宅1123.24㎡，住宅2051.25㎡），某某公司委托某某房开处理房产局在某某大厦房屋的回迁事宜；双方同意将房产局回迁到某某大厦的房产权面积3174.49㎡与某某房开的跃进路61-1号门牌××其中住宅房屋总建筑面积2522.02㎡、4号楼临街1、2楼非住宅用房总建筑面积1545.59㎡、地下层车库B区建筑面积280㎡）进行产权互换。
2006年7月21日，被告信托公司与某某公司签订《协议书》，约定：被告信托公司应向某某公司进行实物分配，某某公司所得实物为商铺，建筑面积约1213.98㎡。但因消防整改及房产测绘部门重新测量，原道路及商铺编号发生变化，其中某某号商铺属于某某公司……
再查明，被告信托公司成立于1993年5月27日，注销于2001年9月10日。
2006年10月16日，某某公司的法定代表人由马某某变更为被告曾玉娟，其营业期限从2005年6月29日至2015年6月30日。
2001年12月24日，某某房开变更为某某房开。某某房开出具《关于曾玉娟某某大厦铺面的说明》一份，载明：被告曾玉娟在某某大厦商场的某某号商铺来自于某某房开股份投资分配所得。
双方的争议焦点在于：1、原告所购买的某某大厦某某号商铺与消防整改后的某某大厦某某号商铺是否为同一标的物；2、某某大厦某某号商铺的所有权人应该是谁；3、原告的诉讼是否已超过诉讼时效。
关于争议焦点1，原告所购买的某某大厦某某号商铺与消防整改后的某某大厦某某号商铺是否为同一标的物。根据原告与被告信托公司于1995年6月11日签订的《销售合同》，原告购买的是某某大厦某某号商铺，面积11.4㎡，原告主张由于消防整改，原来的某某号商铺的编号变更为某某号商铺，且建筑面积也变更为11.89㎡。被告曾玉娟主张原告所购买的某某大厦某某号商铺与消防整改后的某某大厦某某号商铺的编号和面积均不相同，不是同一标的物。首先，关于某某大厦是否发生过消防整改，消防整改是否会导致原来铺面的编号和面积发生变化的问题。第一，根据被告信托公司与某某公司于2005年8月15日签订的《协议书》中载明：某某公司以风险承包方式直接参与某某大厦消防楼梯的整改及报批工作。被告曾玉娟亦认可某某大厦发生过消防整改。第二，原告与某某公司于2006年3月9日签订的《委托协议书》第一条约定：原告委托某某公司全权代理原告将某某大厦某某号（编号暂以原购房合同为准）商铺对外出租。由于消防整改的原因，原告与某某公司预计某某大厦的编号可能会因此发生编号，所以在签订协议的时候特别注明“编号暂以原购房合同为准”。被告信托公司与某某公司于2006年7月21日签订《协议书》中亦载明：因消防整改及房产测绘部门重新测量，原道路及商铺编号发生变化。因此，某某大厦确实发生过消防整改，且因为消防整改导致原来铺面的编号和面积发生了变化，本院予以确认。其次，原告在某某大厦只购买过一套房产即某某号商铺，该商铺于2006年3月9日时原告委托某某公司出租，某某公司以风险承包方式直接参与某某大厦消防楼梯的整改及报批，且多伦公司管理的是某某大厦商场及住宅的全部物业，故某某大厦业主的消防整改费是由某某公司代收。原告于2008年4月3日向某某公司交纳了消防整改费，并由某某公司开具了相关收据，并注明“某某”。根据以上证据可推论出原告所购买的某某大厦某某号商铺与消防整改后的某某大厦某某号商铺是同一标的物，本院予以确认。
关于争议焦点2，某某大厦某某号商铺的所有权人应该是谁。首先，某某大厦某某号商铺的房产证所登记的房屋所有权人为被告曾玉娟，而其提供给房产局据此办理该房产证的相关依据1：其与被告信托公司于2006年7月21日签订的《商品房买卖合同》，其中第14页上所盖的“被告信托公司”的印文与样本文件内同名印文不是同一印章所留，即被告信托公司的签章是假的。且在该《商品房买卖合同》中曾玉娟购买某某号商铺的购买单价仅为1500元／㎡，总价仅17835元，原告于1995年购买时单价都为8380元／㎡，十年后的价格比十年前的还便宜，与市场价格不符，且被告曾玉娟未提供支付购房款的相关证据。该《商品房买卖合同》被告曾玉娟的签章时间系2006年7月21日，但合同中约定“被告信托公司应在1999年12月31日前在买受人付清全部房款时将商品房交付曾玉娟使用”，相互矛盾。故该《商品房买卖合同》的真实性本院不予认可。依据2：编号为某某的2007年9月16日开具的《广西壮族自治区柳州市地方税务局通用发票》，被告曾玉娟作为其购买某某大厦某某号商铺已交相关税费的证明。但根据柳州市柳南区地方税务局的协查回复：该局通过《广西地税信息系统》查询，该局于2007年未代开该号码的发票。被告曾玉娟亦未提供其他证据证实其交纳了相关税费。根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十条：“买受人以出卖人与第三人恶意串通，另行订立商品房买卖合同并将房屋交付使用，导致其无法取得房屋为由，请求确认出卖人与第三人订立的商品房买卖合同无效，应予支持。”的规定，原告要求确认被告信托公司与被告曾玉娟签订的《商品房买卖合同》无效有事实和法律依据，本院予以支持。其次，被告曾玉娟述称其之所以取得某某大厦某某号商铺是因为该涉诉商铺是房产局回迁所得，而某某房开用其所有的跃进路的非住宅与房产局产权交换所得，曾玉娟是某某房开的股东之一，该套商铺是由某某房开股份投资分配所得。根据某某公司与房产局于1991年7月16日签订的《共建某某综合大楼协议书》、房产局于1998年11月3日向某某公司发出的催交函及某某公司于2001年向房产局发的函，房产局确实从某某房开回迁了某某大厦的部分住宅和非住宅，但只约定了具体楼层和面积：“1、住宅……共计19套；2、非住宅1123.24㎡，其中1楼550㎡，2楼573.24㎡。”未约定具体编号，且涉诉的某某号商铺属于三楼，不在房产局取得的回迁楼层范围内。某某房开与房产局的产权交换与某某号商铺无关，被告曾玉娟也不能依据前述产权交换取得涉诉房屋。而原告签订了相应的购房合同，足额支付了购房款，且实际占有使用了该商铺，因此某某大厦某某号商铺的所有权人应为原告，本院予以确认。根据原告与被告信托公司签订的《销售合同》第十二条的约定：被告信托公司代原告到房产管理部门办理房产登记手续。故原告要求被告信托公司为原告办理房产登记手续，本院予以支持。
关于争议焦点3，原告的诉讼是否已超过诉讼时效。原告主张被告曾玉娟于2013年才告知原告涉诉房屋已登记在被告曾玉娟名下，在此之前一直由原告占有并出租给他人。被告曾玉娟主张由于其拥有的某某大厦的商铺众多，故是之后才发现登记在其名下的涉诉房屋被原告侵占，原告至少在1998年10月前知道其合法权益被侵犯。首先，涉诉房屋自原告购买后，由原告占有并出租给他人，有原告提供的证据《销售合同》、被告信托公司于1997年1月31日向原告开具收到原告所交纳的租金税的《收款收据》、原告与某某公司于2006年3月9日委托某某公司出租涉诉房屋所签订的《委托协议书》及三份涉诉房屋从2008年至2014年的租赁合同予以证实。被告曾玉娟于2007年11月13日取得涉诉房屋的房屋所有权证，曾玉娟未提供证据证明在此之后由其占有使用该房屋。其次，原告主张其是于2013年才知道其购买的涉诉房屋已登记在他人名下，被告曾玉娟主张原告于1998年10月知道或应当知道原告其合法权益受到侵害，原告于1998年已经向法院起诉过被告信托公司，但其主张的权益和被告曾玉娟将涉诉房屋登记在其名下无关，被告曾玉娟未提供证据证明其主张，本院不予采信。原告提供了以上证据证明2012年时涉诉房屋还处于原告占用出租，被告曾玉娟不认可原告所提供的租赁合同，但其未提供其占有涉诉房屋的证据，亦未提供证据证明原告知道或应当知道的时间在原告向本院起诉之日的两年前，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条：“当事人对自己提出的诉讼请求……由负有举证责任的当事人承担不利后果”的规定，本案未超过诉讼时效，本院予以确认。
关于违约金。原告与被告信托公司签订的《销售合同》第十二条约定：合同签订后，被告信托公司代原告到房产管理部门办理房产登记手续。被告信托公司没有按照合同约定履行该义务应承担相应的违约金，故原告要求被告信托公司支付违约金53864.1元（以96515.8元为基数，按照每日万分之一计算，自1998年10月12日起计至2013年12月31日止，之后的违约金自2014年1月1日起计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止），本院予以支持。
关于赔偿金。原告要求被告信托公司承担赔偿金的依据是《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第八条的规定：商品房买卖合同订立后，出卖人又将该房屋出卖给第三人……可以请求出卖人承担不超过已付购房款一倍的赔偿责任。但在本案中被告曾玉娟与被告信托公司签订的《商品房买卖合同》中，被告信托公司的印文是假的，原告未提供其他证据证实被告信托公司一房二卖，故本院不予支持该诉讼请求。
关于鉴定费，本院采用广西公明司法鉴定中心作出的司法鉴定意见，故对鉴定费及鉴定取证差旅费共计4500元应由被告曾玉娟承担。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第五十二条、第六十条、第一百零七条、第一百一十条、第一百一十四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十四条、《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、确认被告南宁信托置业柳州公司与被告曾玉娟于2006年7月21日签订的《商品房买卖合同》无效；
二、确认柳州市小南路某某号某某大厦某某号房产的产权为原告何盛辉所有；
三、被告南宁信托置业柳州公司于本判决生效之日起十日内配合原告何盛辉办理柳州市小南路某某号某某大厦某某号房屋的房产登记手续；
四、被告南宁信托置业柳州公司向原告何盛辉支付违约金53864.1元（以96515.8元为基数，按照每日万分之一计算，自1998年10月12日起计至2013年12月31日止，之后的违约金自2014年1月1日起计至本案生效判决规定的履行期限最后一日止）；
五、驳回原告何盛辉其他诉讼请求。
本案案件受理费3175元（原告已预交），保全费1120元，公告费1400元，邮寄费150元，共计5845元，由原告何盛辉负担709元，由被告南宁信托置业柳州公司、曾玉娟共同负担5136元；鉴定费及鉴定取证差旅费共计4500元，由被告曾玉娟负担。
上述应付款项，义务人应于本案判上述应付款项，义务人应于本判决生效之日起十日内履行完毕，如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。权利人可在本案生效判决规定的履行期限的最后一日起二年内，向本院申请执行。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于柳州市中级人民法院。
审 判 长 周芷宇
人民陪审员 田 梅
人民陪审员 杨春鸿
二〇一五年七月十五日
代书 记员 戴秋雯