广东省东莞市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）东中法民一终字第2818号
上诉人（原审被告）：东莞市企石镇下截股份经济联合社。住所地：广东省东莞市。
诉讼代表人：姚海棠，该社主任。
委托代理人：张吉繁，广东名道律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：东莞市港粤建筑工程有限公司。住所地：广东省东莞市莞城区运河西桃运城。
法定代表人：徐建新，该公司总经理。
委托代理人：李进，广东昊法律师事务所律师。
委托代理人：陈佩芳，广东昊法律师事务所律师。
上诉人东莞市企石镇下截股份经济联合社（以下简称企石联合社）因与被上诉人东莞市港粤建筑工程有限公司（以下简称港粤公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服广东省东莞市第一人民法院（2014）东一法民二初字第475号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后，依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
2014年10月29日，港粤公司向原审法院提起诉讼，请求法院判令：1、企石联合社立即向港粤公司支付工程款6690666.76元、暂计至2014年9月26日的违约金988473.53元（计至2014年9月26日工程款和违约金合计为7679140.29元）及自起诉之日起至偿清工程款之日的违约金（标准按同期银行贷款利率计算）。2、企石联合社承担本案的全部诉讼费用。
经审理查明，2007年8月8日，港粤公司与东莞市企石镇下截村村民委员会签订了一份《下截村工业厂房、宿舍工程施工合同》，该合同包含以下约定：第一、工程工期。港粤公司负责施工，工程工期为十个月，即从打完桩验收合格后开始计算，延迟一天港粤公司承担违约金2000元／天；第二、付款方式。为港粤公司进场施工，完成厂房及员工宿舍首层后，企石联合社支付给港粤公司总工程合同款的10%，完成厂房及员工宿舍二层后，支付总工程款的10%，完成员工宿舍四层后，支付总工程合同款的10%，厂房、员工宿舍主体工程全部封顶后支付总工程款的10%，工程竣工验收合格后付总工程款的5%，剩余款项从工程竣工验收合格日起两年内付清（无利息）。合同履行期间，港粤公司、企石联合社与东莞市企石镇下截村村民委员会协商约定东莞市企石镇下截村村民委员会在该合同中的权利义务由企石联合社承接。2009年7月29日，双方对该工程进行结算，确定结算价为14164161元，未付工程余款为8679166元。根据合同约定，企石联合社应于工程竣工验收合格后付至总工程款的45%即于2009年7月29日支付6373872.45元，于工程竣工验收合格起两年内即于2011年7月28日前支付完剩余的工程款。企石联合社至2009年7月28日共支付了工程款5409000元，于2009年8月25日支付了275995元、2009年9月25日支付了150000元、2010年1月11日支付了600000元、2010年4月2日支付了200000元、2010年5月21日支付了100000元、2010年6月12日支付了100000元、2010年6月30日支付了100000元、2010年7月27日支付了500000元、2010年9月1日支付了200000元、2010年10月26日支付了200000元、2010年12月28日支付了200000元、2011年1月24日支付了300000元、2011年5月31日支付了100000元、2011年6月23日支付了610000元、2011年11月14日支付了200000元、2012年1月17日支付了500000元、2012年4月13日支付了400000元、2013年1月30日支付了700000元、2013年10月26日支付了545229.24元。
2009年11月18日，港粤公司、企石联合社签订了一份《下截村深坑厂房道路工程补充合同》，该合同包含以下约定：第一、该工程总工期为30天，如遇人为不可抗力的因素，可凭发包方及监理签证延长工期，如由于承包方的原因导致本工程不能如期竣工，发包方将按每天超期一天扣除1000元作为违约金，此违约金直接从工程款中扣除。第二、港粤公司负责东莞市企石镇下截村深坑厂房道路附属工程及水渠工程，该工程付款方式为60%不带资部分，分四次付款如下：1、做好土方路基付总工程款的10%；2、做好石粉路基付总工程款的10%；3、混凝土路面完成一半付总工程款的20%；4、工程竣工验收合格后付总工程款的20%。带资总工程为40%，带资部分从竣工验收合格之日起1年内付20%，剩余20%工程款在两年内付清（无利息）。2010年3月5日，双方对该工程进行了结算，确定结算价为952998元，未付工程余款为450967元。港粤公司确认企石联合社至2012年3月5日共计已支付了工程款800000元。
2010年7月26日，港粤公司、企石联合社签订了一份《下截村工业厂房、宿舍工程施工合同》，约定工程具体要求按照工程投标说明执行，该投标说明包含如下规定：第一、工期要求。1、基础打桩工程应在合同签订后一个月内完工，每超期一天罚款1000元。2、全部工程应在2011年春节（即2011年2月3日前）前完成（如遇天气问题，可经发包方及监理的签证延长工期，由于承包方的原因导致本工程不能如期竣工，发包方将按每超期一天扣除2000元作为违约金，直接从工程款中扣除）。第二，付款方式。港粤公司完成厂房主体首层后，企石联合社支付总工程合同款10%；完成厂房二层后，企石联合社支付总工程合同款的10%；厂房、宿舍主体工程全部封顶后，支付总工程合同款的15%；工程竣工验收合格后付总工程款的15%；剩余款项从工程竣工验收合格之日起，三年内付清（无利息），港粤公司总带资为50%。2011年3月1日，港粤公司、企石联合社签订了一份补充协议，约定宿舍工程增加22885元，厂房工程增加244604元，合计267489元。2011年7月5日，双方对该工程进行了结算，确定结算价为10042541元，未付工程余款为5892541元。根据合同约定，企石联合社应于工程竣工验收合格后付总工程款50%即于2011年7月5日支付工程款5021270.50元，于工程竣工验收合格之日起三年内付清剩余工程款即于2014年7月4日前支付完剩余的工程款。企石联合社至2011年6月3日共支付了4150000元、于2011年7月13日支付了150000元、于2011年8月15日支付了100000元、于2011年8月17日支付了250000元、于2011年8月26日支付了100000元、于2011年9月9日支付了150000元、于2011年10月19日支付了50000元、于2011年11月24日支付了100000元、2012年1月13日支付了300000元、2012年4月12日支付了200000元、2012年8月21日支付了100000元、2012年9月24日支付了50000元、2013年1月30日支付了200000元、2013年2月4日支付了50000元、2013年5月31日支付了100000元、2014年1月24日支付了650000元、2014年2月27日支付了100000元、2014年5月4日支付了200000元、2014年5月9日支付了60000元。
2011年5月16日，港粤公司、企石联合社签订了一份《下截村工业厂房、宿舍工程补充协议》，约定港粤公司负责东莞市企石镇下截友通厂前铺位工程施工，工程具体要求按照工程投标说明执行，但港粤公司未能提供该投标说明。2011年6月23日，港粤公司、企石联合社就友通厂门前铺位的进度和配套设施建设签订了一份补充协议，约定水渠每米造价140元，增加水泥道路每立方米造价547元。2011年8月23日，双方对该工程进行了结算，结算价为172648元，未付工程余款为172648元，在结算明细表上载明总工程款按合同验收支付50%即86324元。港粤公司称企石联合社应于2011年8月24日支付86324元、于2012年8月22日支付86324元，但企石联合社至今未支付该款。
2011年6月8日，港粤公司、企石联合社签订了一份《下截村工业厂房、宿舍工程补充协议》，约定：港粤公司负责东莞市企石镇下截村深坑二期厂房附属工程施工，企石联合社应在工程完工后支付总工程款的50%，自工程竣工验收合格之日起两年内付清全部工程款。2011年7月23日，港粤公司、企石联合社签订了一份《下截村厂房宿舍工程补充协议》，约定增加的三项工程合计金额为21922元。2011年9月2日，双方对该工程进行了结算并验收，结算价为446137元，未付工程款为446137元。根据合同约定，企石联合社应于2011年9月2日支付工程款223068.50元，于2013年9月1日支付完剩余工程款。2012年2月26日，企石联合社支付了工程款100000元。
2011年2月25日，港粤公司、企石联合社签订了一份《下截村安琦厂办公楼工程施工合同》，约定：港粤公司负责东莞市企石镇下截村安琦厂区内新建一栋办公楼工程施工，工程具体项目要求按该工程投标说明执行。该投标说明包含以下内容：第一、工程工期。港粤公司应在2011年6月1日前完成全部工程（如遇天气问题，可经发包方及监理的签证延长工期，由于承包方的原因导致本工程不能如期竣工，发包方将按每超期一天扣除2000元作为违约金，直接从工程款中扣除）。第二、付款方式。港粤公司完成办公楼首层后，企石联合社应支付港粤公司总工程合同款的10%；完成厂房二层后，企石联合社支付港粤公司总合同款的10%；完成三层付10%；主体工程完成后付10%；工程竣工验收合格后付总工程合同款的10%；剩余款项从工程竣工验收合格日起两年内付清（无利息），乙方总带资为50%。2011年6月23日，港粤公司、企石联合社签订了一份《安琦厂办公楼工程补充协议》，约定增加工程的款项为58110元；厂房四周道路每立方米造价为547元，花槽和路沿石每米造价110元，水渠每米造价为140元，完工后按实际丈量面积结算；办公楼场地平整费用6175元。2011年8月23日，双方对该工程进行了结算，结算款为1112406元，未付工程余款为812406元。根据合同约定，企石联合社应于2011年8月23日支付工程款556203元，于2013年8月22日支付完剩余工程款。企石联合社于2011年4月29日前支付了300000元、于2011年11月1日支付了150000元、于2011年11月9日支付了50000元、于2012年1月17日支付了150000元。
2014年8月25日，企石联合社向港粤公司出具了一份《东莞市农村集体工程款对账单》，载明企石联合社确认至2014年8月25日，尚欠港粤公司工程款本金6890666.76元。其中欠下截村工业厂房、员工宿舍工程款2773936.76元，下截村深坑厂房道路工程款152998元，下截村工业厂房、员工宿舍工程款2982541元，友通厂前铺位工程款172648元，友通二期厂区内道路346137元，下截村安琦厂办公楼工程462406元。港粤公司称企石联合社至起诉之日欠港粤公司下截村工业厂房、员工宿舍工程款2573936.76元未付，其余工程未付工程款与对账单记载的金额一致；港粤公司并称双方于2015年1月10日办理了200000元的抵款手续，企石联合社现欠工程款6490666.76元。企石联合社对港粤公司的提供的证据无异议，但认为港粤公司有几项工程延期完工，逾期完工的违约金应按合同约定从涉案工程的工程款中抵扣。港粤公司则称其没有逾期完工，涉案工程工期长于合同约定是因为企石联合社不能提供施工场地等原因，故逾期完工的责任不在于港粤公司，且企石联合社的主张已超过了诉讼时效。
以上事实，有由港粤公司提供的工程款对账单，下截村工业厂房、宿舍工程施工合同，下截村村委会深坑厂房工程结算表，下截村深坑厂房道路工程补充合同，下截村村委会深坑厂道路工程结算表，统计表，支票及收据，下截村工业厂房、宿舍工程施工合同，友通厂二期厂房宿舍工程补充协议，下截村村委会深坑二期厂房工程结算表，统计表，收据，建筑业统一发票，通用发票，下截村工业厂房、宿舍工程补充协议，友通厂门前铺位工程补充协议，下截村村委会友通厂铺位工程结算表，下截村工业厂房、宿舍工程补充协议，下截村村委会友通二期厂区内道路工程结算表，收款收据，下截村安琦厂办公楼工程施工合同，下截村村委会安琦厂办公楼工程结算表，安琦厂办公楼工程补充协议等证据和原审法院的庭前会议笔录、庭审笔录等附卷为证。
原审法院认为，港粤公司、企石联合社之间的合同没有违反法律法规的规定，双方的涉案合同合法有效。企石联合社对港粤公司在举证期限内提交的证据无异议，原审法院予以确认。对于港粤公司超过举证期限提交的投标说明，由于该证据与查明本案事实具有重要证明关系，原审法院故予以采纳。
本案争议的焦点：1、涉案工程是否存在逾期完工，若存在，港粤公司是否应承担相应的违约责任。2、港粤公司诉请的违约金计算时间和标准是否合理，是否存在违约金计算标准过高。
关于第一个争议焦点。企石联合社认为，2007年8月8日《下截村工业厂房、宿舍工程施工合同》中的工程约定工期为十个月即从打完桩验收合格后开始计算，而《下截厂房、宿舍工程投标说明》约定打桩工程应当在合同签订后一个月内即2007年9月9日前完工，故前述工程应当于2008年7月10日前完工。而港粤公司、企石联合社于2009年7月29日验收并结算。2009年11月18日《下截村深坑厂房道路工程补充合同》中的工程约定工期为30日即于2009年12月19日前完工，而港粤公司、企石联合社于2010年3月5日验收并结算。2011年2月25日《下截村安琦厂办公楼工程施工合同》中的工程，该工程投标说明约定完工时间为2011年6月1日前，而港粤公司、企石联合社于2011年8月17日验收并结算。因此，企石联合社认为港粤公司逾期完工，应按合同约定每超期一天扣除2000元作为违约金并在工程款中抵扣。港粤公司认为，开工时间应当以开工令的时间作为计算标准，不应按合同签订时间起算；而且，涉案工程工期长于合同约定是因为企石联合社不能提供施工场地等原因，故逾期完工的责任不在于港粤公司。对此，原审法院认为，首先，根据合同约定的时间及港粤公司、企石联合社验收结算的时间可知，前述三项工程的完工时间确实迟于合同约定的期限。港粤公司认为逾期完工的责任在于企石联合社应举证证明，但港粤公司未能提供证据予以证实其主张，原审法院对港粤公司的该项抗辩不予采纳。其次，2007年8月8日合同的工程于2009年7月29日验收，2009年11月18日合同的工程于2010年3月5日验收，2011年2月25日合同的工程于2011年8月17日验收，企石联合社分别应于2011年7月30日、2012年3月6日、2013年8月18日前向港粤公司主张逾期完工的责任，但企石联合社没有向原审法院提交证据证明其在前述时间内向港粤公司主张过权利，也没有举证证明存在诉讼时效中止、中断或延长事由。因此，企石联合社要求逾期完工按每逾期一天扣除2000元违约金的主张，已过诉讼时效，原审法院不予支持。
关于第二个争议焦点。第一，根据港粤公司的证据及陈述，企石联合社欠港粤公司工程款6490666.76元未付，原审法院予以确认。企石联合社称已与港粤公司达成口头约定，双方约定企石联合社每年向港粤公司支付100多万工程款，港粤公司对此不予确认，企石联合社亦无其他证据予以佐证，故原审法院对企石联合社的该项抗辩不予采信，企石联合社应按合同约定向港粤公司支付工程款。根据合同约定，涉案未付工程款的付款期限均已届满，故港粤公司诉请企石联合社支付工程款6490666.76元，合法有据，原审法院予以支持。第二，企石联合社主张付款时间应以双方最后对账时间即2014年8月25日为准，港粤公司不予确认，认为应按合同约定的付款时间为准。原审法院认为，2014年8月25日的对账单是企石联合社单方向港粤公司作出确认尚欠未付工程款的金额，并非双方的对账时间，故原审法院对企石联合社的该项抗辩不予采纳，涉案工程款的付款时间按合同约定时间进行支付，根据企石联合社的付款情况可知，企石联合社并未按合同约定的时间进行足额付款，港粤公司诉请企石联合社支付逾期付款违约金，合法有据，原审法院予以支持。第三，港粤公司主张按银行同期贷款利率计算违约金，企石联合社认为港粤公司主张的违约金标准过高，应予以调整。原审法院认为，按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条的规定，港粤公司、企石联合社对欠付工程款利息计付标准没有约定，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。而港粤公司在本案中主张的违约金，其计算标准即按银行发布的同期同类贷款利率标准进行计算，并无过高，故原审法院对企石联合社的该项抗辩不予采纳。第四，根据企石联合社的付款时间及支付的金额，逾期付款违约金的计算如下：1、2007年8月8日合同之工程的违约金。以964872.45元为基数从2009年7月31日起计至2009年8月25日共26天，按6个月内的年利率4.86%计算为3340.31元；以688877.45元为基数从2009年8月26日起计至2009年9月25日共31天，按6个月内的年利率4.86%计算为2843.46元；以538877.45元为基数从2009年9月26日起计至2010年1月11日共108天，按6个月内的年利率4.86%计算为7749.21元；以5119166元为基数从2011年7月29日起计至2011年11月14日共109天，按6个月内的年利率6.1%计算为93252.97元；以4919166元为基数从2011年11月15日起计至2012年1月17日共64天，按6个月内的年利率6.1%计算为52614.86元；以4419166元为基数，从2012年1月18日起计至2012年1月29日共12天，按6个月至1年的年利率6.1%计算为8838.33元；以4419166元为基数，从2012年1月30日起计至2012年4月13日共75天，按6个月至1年的年利率6.56%计算为59405.18元；以4019166元为基数从2012年4月14日起计至2013年1月30日共292天，按一年至三年内的年利率计算，其中2012年4月14日起计至2012年6月7日共55天、按6个月至1年的年利率6.56%计算为39620.63元，2012年6月8日计至2012年7月5日共28天、按6个月至1年的年利率6.31%计算为19401.81元，2012年7月6日计至2012年7月29日共24天、按6个月至1年的年利率6.0%计算为15813.11元，2012年7月30日计至2013年1月30日共185天、按一年至三年的年利率6.15%计算为125282.36元；以3319166元为基数从2013年1月31日起计至2013年10月26日共269天，按一年至三年内的年利率6.15%计算为150440.06元；以2773936.76元为基数，从2013年10月27日起计至2014年7月29日共276天，按一年至三年的年利率6.0%计算为125853.13元；以2773936.76元为基数，从2014年7月30日起计至2014年9月5日共38天，按三至五年的年利率6.4%计算为18482.78元；以2573936.76元为基数，从2014年9月6日起计至2014年9月26日共21天，按三年至五年的年利率6.4%计算为9477.73元；以2573936.76元为基数，从2014年9月27日起计至2014年11月21日共56天，按三年至五年的年利率6.4%计算为25273.94元；以2573936.76元为基数，从2014年11月22日起计至2015年1月10日，按三年至五年的年利率60%计算为21155.64元；以2373936.76元为基数（以2573936.76元扣除2015年1月10日港粤公司、企石联合社双方办理200000元抵款金额为基数），从2015年1月11日起按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止。2、2009年11月18日合同之工程的违约金，以152998元为基数，从2012年3月6日起计至2012年6月7日共94天，按6个月内的年利率6.1%计算为2396.97元；以152998元为基数，从2012年6月8日起计至2012年7月5日共28天，按6个月内年利率5.85%计算为684.73元；以152998元为基数，从2012年7月6日起计至2012年9月6日共63天，按6个月内的年利率5.6%计算为1474.80元；以152998元为基数，从2012年9月7日起计至2013年3月6日共181天，按6个月至1年的年利率6.0%计算为4552.21元；以152998元为基数，从2013年3月7日起计至2014年9月26日共569天，按一年至三年的年利率6.15%计算为14668.32元；以152998元为基数，从2014年9月27日起计至2014年11月21共56天，按一年至三年的年利率6.15%计算为1443.63元；以152998元为基数，从2014年11月22日起计至2015年1月10日，按一年至三年的年利率6.0%计算为1257.52元；以152998元为基数，从2015年5月11日起，按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止。3、2010年7月26日合同之工程的违约金，其中2011年7月6日应当支付工程款而产生的违约金部分，企石联合社所主张的年利率为5.31%，低于中国人民银行同期同类贷款利率，基于该利率为港粤公司真实意思表示且有利于企石联合社，故原审法院予以确认，以871270.50元为基数，从2011年7月7日起计至2011年7月13日共7天，按5.31%计算为887.26元；以721270.5元为基数，从2011年7月14日起计至2011年8月15日共33天，按5.31%计算为3462.69元；以621270.5元为基数，从2011年8月16日起计至2011年8月17日共2天，按5.31%计算为180.76元；以371270.5元为基数，从2011年8月18日起计至2011年8月26日共9天，按5.31%计算为486.11元；以2712705元为基数，从2011年8月27日起计至2011年9月9日共14天，按5.31%计算为552.50元；以121270.5元为基数，从2011年9月10日起计至2011年10月19日共40天，按5.31%计算为705.69元；以71270.5元为基数，从2011年内11月20日起计至2011年11月24日共36天，按5.31%计算为373.26元；以2982541为基数，从2014年7月5日起计至2015年1月10日共190天，按年利率5.6%计算为86943.11元；以2982541元为基数，从2015年5月11日起按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止。4、2011年5月6日合同之工程的违约金，以86324元为基数，从2011年8月25日起计至2012年2月25日共185天，按6个月的年利率6.1%计算为2668.95元；以86324元为基数，从2012年2月26日起计至2012年6月7日共103天，按6个月到1年的年利率6.56%计算为1593.64元；以86324元为基数，从2012年6月8日起计至2012年7月5日共28天，按6个月至1年的年利率6.31%计算为416.71元；以86324元为基数，从2012年7月6日起计至2012年8月25日共51天，按6个月至1年的年利率6.0%计算为721.73元；以86324元为基数，从2012年8月26日起计至2014年8月25日共730天，按一年至三年的年利率6.15%计算为10617.85元；以86324元为基数，从2014年8月26日起计至2014年9月26日共32天，按三年至五年的年利率6.4%计算为484.36元；以86324元为基数，从2014年9月27日起计至2014年11月21日共56天，按三年至五年的年利率6.4%计算为847.63元；以86324元为基数，从2014年11月22日起计至2015年1月10日共50天，按三年至五年的年利率6.0%计算为709.51元；以86324元为基数，从2015年1月11日起按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止；以86324元为基数，从2012年8月23日起计至2013年2月23日共185天，按6个月内的年利率5.6%计算为2450.18元；以86324元为基数，从2013年2月24日起计至2013年8月23日共181天，按6个月至1年的年利率6.0%计算为2568.43元；以86324元为基数，从2013年8月24日起计至2014年9月26日共399天，按一年至三年的年利率6.15%元为基数计算为5803.46元；以86324元为基数，从2014年9月27日起计至2014年11月21日共56天，按一年至三年的年利率6.15%计算为814.52元；以86324元为基数，从2014年11月22日起计至2015年1月10日共50天，按一年至三年的年利率6.0%计算为709.51元；以86324元为基数，从2015年1月11日起按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止；5、2011年6月8日合同之工程违约金，以223068.5元为基数，从2011年9月5日起计至2012年2月26日共175天，按6个月内的年利率6.1%计算为6523.99元；以123068.5元为基数，从2012年2月27日起计至2012年3月5日共8天，按6个月内的年利率6.1%计算为164.09元；以123068.5元为基数，从2012年3月6日起计至2012年6月7日共94天，按6个月至1年的年利率6.56%计算为2073.47元；以123068.5元为基数，从2012年6月8日起计至2012年7月5日共28天，按6个月至1年的年利率6.31%计算为594.09元；以123068.5元为基数，从2012年7月6日起计至2012年9月5日共62天，按6个月至1年的年利率6.0%计算为1250.86元；以123068.5元为基数，从2012年9月6日起计至2014年9月5日共730天，按一年至三年的年利率6.15%计算为15137.43元；以123068.5元为基数，从9月6日起计至2014年9月26日共21天，按三年至五年的年利率6.4%计算为453.16元；以123068.5元为基数，从2014年9月27日起计至2014年11月21日共56天，按三年至五年的年利率6.4%计算为1208.43元；以123068.5元为基数，从2014年11月22日起计至2015年1月10日共50天，按三年至五年的年利率6.0%计算为1011.52元；以123068.5元为基数，从2015年1月11日起按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止；以223068.5元为基数，从2013年9月3日起计至2014年3月3日共182天，按6个月内的年利率5.6%计算为6228.81元；以223068.5元为基数，从2014年3月4日起计至2014年9月3日共184天，按6个月至1年的年利率6.0%计算为6747.06元；以223068.5元为基数，从2014年9月4日起计至2014年9月26日共23天，按一年至三年的年利率6.15%元计算为864.47元；以223068.5元为基数，从2014年9月27日起计至2014年11月21日共56天，按一年至三年的年利率6.15%计算为2104.79元；以223068.5元为基数，从2014年11月22日起计至2015年1月10日共50天，按一年至三年的年利率6.0%计算为1833.44元；以223068.5元为基数，从2015年1月11日起按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止。6、2011年2月25日合同之违约金，以56203元为基数，从2011年8月25日起计至2012年1月17日共146天，按6个月内的年利率6.1%计算为1371.35元；以462406元为基数，从2013年8月23日起计至2014年2月23日共185天，按6个月内的年利率5.6%计算为13124.73元；以462406元为基数，从2014年2月24日起计至2014年8月23日共181天，按6个月至1年的年利率6.0%计算为13758.16元；以462406元为基数，从2014年8月24日起计至2014年9月26日共34天，按一年至三年的年利率6.15%计算为2649.02元；以462406元为基数，从2014年9月27日起计至2014年11月21日共56天，按一年至三年的年利率6.15%计算为4363.09元；以462406元为基数，从2014年11月22日起计至2015年1月10日，按一年至三年的年利率6.0%计算为3800.60元；以462406元为基数，从2015年1月11日起按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止。综上，计至2015年1月10日，违约金合计为1014584.11元。从2015年1月11日起，产生的违约金应按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止，且应依各合同应当付款的日期而选择利率类型。港粤公司诉求的违约金超出原审法院认定的部分，原审法院对该部分不予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百零九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条和《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百四十二条的规定，原审法院于2015年9月1日作出判决：一、东莞市企石镇下截股份经济联合社应于判决发生法律效力之日起七日内向东莞市港粤建筑工程有限公司支付工程款6490666.76元。二、东莞市企石镇下截股份经济联合社应于判决发生法律效力之日起七日内，向东莞市港粤建筑工程有限公司支付逾期付款违约金（计至2015年1月10日的违约金为1014584.11元，之后的违约金分别以2373936.76元，152998元，2982541元，86324元、86324元，123068.5元、223068.5，462406元为基数，从2015年1月11日起按中国人民银行同期同类贷款利率计至实际清偿之日止）。三、驳回东莞市港粤建筑工程有限公司的其他诉讼请求。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案一审受理费65553.98元，已由东莞市港粤建筑工程有限公司预交，由东莞市企石镇下截股份经济联合社负担。
上诉人企石联合社不服原审判决，向本院提起上诉称：原审认定事实不清，适用法律错误。（一）企石联合社和港粤公司在系列《施工合同》中明确约定因承包方逾期竣工的，违约金可以直接从工程款中抵扣。该约定是双方之间的真实意思表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合法有效，依法应受法律保护。而经过一审庭审双方对承包方在案涉合同中逾期完工的事实已经确认，按照合同约定违约金应从工程款中抵扣。且企石联合社都曾与港粤公司就逾期完工及支付工程款的相关问题沟通过，双方已经初步达成口头协议并按照口头约定履行。因双方签署多份的《施工合同》，企石联合社在付款过程中存在交叉行为。因此，双方于2014年8月25日重新对工程款进行了结算，并对港粤公司逾期完工产生的违约金问题进行了充分的讨论。原审既然认定了港粤公司违约事实存在，却又以已过诉讼时效为由驳回企石联合社的主张，显然不符合事实和法律要求，属于偏袒港粤公司的表现。（二）港粤公司认可了案涉《对账单》并将该对账单作为本案重要证据向法院提交。原审依据对账单综合受理了案涉的数个施工合同纠纷并进行了合并审理。如非因双方于2014年8月25日重新对案涉几项工程的全部未付工程款进行了综合的对账和结算行为，未付工程款6490666.76元这一数据将不能作为本案的请求标的，港粤公司依据任何单独的一份合同均不能得出该数据。同时，依据合同的独立性，原审法院结合审理数单毫无联系的施工合同纠纷，已严重违反民诉法的法律程序，依法应驳回港粤公司的诉讼请求，并告知港粤公司应按照合同的独立性分开起诉，分开审理。故双方于2014年8月25日重新对案涉几项工程的全部未付工程款进行了综合的对账和结算行为是本案受理以及原审法院合并审理的重要事实依据。企石联合社主张综合对账结算时间应以双方最后综合对账结算时间即2014年8月25日为准具备事实和法律依据。逾期付款应以此作为起算点，依法计算违约金。再考虑到企石联合社的经济压力，截至2014年8月25日止，双方达成的口头付款约定是企石联合社每年向港粤公司支付工程款不少于100万元，并且双方一直按照该约定履行至本案起诉前。企石联合社不存在故意拖延付款的行为，不存在依法应向港粤公司支付违约金的事实和理由。原审法院忽略此重要事实，草率判决企石联合社支付2015年1月10日前违约金1014584.11元，这显然不利维护法律的公平、公正性及双方的合法权益。据此，企石联合社请求本院：1、依法撤销原审判决第二项及诉讼负担部分。2、依法改判港粤公司应向企石联合社支付逾期完工的违约金337000元，并判令该违约金在企石联合社的未付工程款6490666.76元中抵扣以及企石联合社无须向港粤公司支付2015年1月10日前逾期付款违约金1014584.11元。3、本案诉讼费用全部由港粤公司承担。
被上诉人港粤公司答辩称：企石联合社的上诉请求没有任何事实依据，应当驳回其上诉请求，维持原判。
本院经审理查明，在诉讼中，企石联合社对港粤公司在一审提交计算逾期付款违约金的计算清单一至六反映的付款时间、金额及对应付款的合同无异议，本院对此予以确认。对于逾期完工的情况，企石联合社主张港粤公司在履行2007年8月8日的合同逾期了50天、2009年11月18日的合同逾期81天、2011年2月25日的合同逾期78天，其余合同均无逾期完工。港粤公司主张所有合同的工程均无逾期完工，但无提供证据佐证。对于企石联合社所称的上述三份逾期完工的合同中，只有2009年11月18日签订的合同中有约定逾期完工的，逾期完工的违约金可从工程款中扣除。对于竣工验收问题，企石联合社在诉讼中确认因为六个工程项目没有办理完善报建规划手续，故均没有组织有关验收职能部门对案涉工程进行验收，只是由企石联合社与港粤公司双方对工程进行办理验收、结算和交付手续，其中2011年6月8日、2011年2月25日的合同双方有填写竣工验收表，其余合同没有填写竣工验收表，双方的结算明细表视为已验收。港粤公司对此予以确认。其余事实，原审查明清楚，本院予以确认。
本院认为，本案为建设工程施工合同纠纷。根据企石联合社上诉提出的请求及陈述的理由，本案争议的焦点是：1、企石联合社主张港粤公司应向其支付逾期完工的违约金337000元，及该违约金在企石联合社的未付工程款6490666.76元中抵扣能否支持；2、港粤公司诉求企石联合社支付逾期支付工程进度款的利息能否支持。对此，本院分析如下：
一、关于是否存在逾期完工的违约金及该违约金能否从未付工程款中扣除问题。首先，在企石联合社与港粤公司签订的《下截村工业厂房、宿舍工程施工合同》及《下截村深坑厂房道路工程补充合同》等6份工程合同中，企石联合社主张有3份合同存在逾期完工，在其主张的3份逾期完工合同中，2007年8月8日的合同及2011年2月25日的合同均没有约定逾期完工的违约金可从未付工程款中扣除，且企石联合社并没有就此违约金提起反诉，故上述两份合同履行中是否存在逾期完工及违约金的处理问题，不属于本诉讼的处理范围，双方可另行解决。原审对此处理不当，本院予以纠正。其次，2009年11月18日的合同虽然双方有约定逾期完工违约金可从工程款中扣除，但案涉当事人对该合同从哪天开始计算工期没有明确约定亦未能达成一致意见，致逾期的天数无法确定。退一步来说，即使按企石联合社主张认定该工程逾期完工81天，因双方于2010年3月5日在对该工程项目进行结算时，结算单无反映该项工程有逾期完工的违约金，双方亦无对该项工程的逾期完工违约金从工程款中扣除。在诉讼中，企石联合社亦没有证据证明其在结算后至港粤公司起诉前，有向港粤公司主张扣除逾期完工违约金的证据，现港粤公司以企石联合社主张的逾期完工违约金已过诉讼时效符合法律规定，本院予以采纳。企石联合社要求对2009年11月18日签订的合同项目所产生的逾期完工违约金应从未付港粤公司的工程款中扣除缺乏依据，本院予以驳回。
二、关于港粤公司诉求企石联合社支付逾期支付工程进度款的利息问题。从案涉当事人提供的合同及付款情况表来看，企石联合社确实有违反合同约定逾期支付工程进度款，企石联合社应承担违约责任，向港粤公司支付逾期付款的违约金。二审诉讼时，企石联合社并无指出原审法院认定其逾期付款的金额及逾期付款的时间存在错误，只是主张应以双方最后综合对账结算时间即2014年8月25日为准计算逾期付款的起算点，港粤公司对此不予同意，则本案的逾期支付进度款产生的违约金应按合同约定或法律规定处理。因为2014年8月25日并非案涉合同的结算时间，只是工程款结算后起诉前的双方的对账时间。原审法院参照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条的规定，认定逾期支付工程款的利息按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算是正确的，本院予以支持。企石联合社对此项的上诉理据不足，本院予以驳回。
综上所述，企石联合社上诉理据不充分，本院予以驳回。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项的规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费16964.26元，由东莞市企石镇下截股份经济联合社负担（已预交）。
本判决为终审判决。
审 判 长 邝子球
审 判 员 黎淑娴
代理审判员 杨 浩
二〇一六年一月二十九日
书 记 员 罗锦婵
附相关法律条文（节选）：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
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