山东省莒县人民法院
民 事 判 决 书
（2014）莒民初字第1678号
原告：山东省莒县彩印有限公司，住所地莒县县城振兴路西首。
法定代表人：陈玉彬，男。
委托代理人：王超峰，山东隆诚律师事务所律师。
被告：日照万通机械有限公司，住所地莒县振兴西路。
法定代表人：史文峰，男。
委托代理人：邢世栋，日照莒县天援法律服务所法律服务工作者。
原告山东省莒县彩印有限公司与被告日照万通机械有限公司排除妨害、财产损害赔偿纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告山东省莒县彩印有限公司的委托代理人王超峰，被告日照万通机械有限公司的法定代表人史文峰及其委托代理人邢世栋到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告山东省莒县彩印有限公司诉称：2004年4月28日，原告与莒县国土资源局签订协议，莒县国土资源局将莒县振兴路北侧原告原厂区后边10809平方米的土地出让给原告，原告已经支付了土地出让金及拆迁补偿费等各项费用。2004年6月15日，莒县人民政府为原告办理了该宗土地的国有土地使用证。原告受让土地后，被告占用原告2662.42多平方米的土地进行厂房、院墙等违法建设（不含院内平房及用地170.82平方米）。2013年6月，被告又将位于原告东院墙以东的土地2000.01平方米占用，被告的行为侵犯了原告的土地使用权。请求法院判令被告停止侵害、排除妨碍，立即清除在原告土地上的厂房、院墙等地上附属物，将侵占的4662.43平方米的土地返还给原告；判令被告赔偿原告经济损失753986.36元；诉讼费由被告负担。
被告日照万通机械有限公司辩称：第一，本案土地使用权属存在争议，不属于人民法院受理范围。被告现在所使用的土地包括1991年10月莒县人民政府批准给被告使用的208平方米的集体建设用地，而原告于2004年6月15日才取得的土地使用权证，原告取得的土地使用权的范围包含了被告有权使用的208平方米的土地，故原、被告双方争议的土地使用权发生权属争议，应当先由人民政府处理，后通过行政诉讼解决，所以本案不属于人民法院受理民事案件的范围，应当驳回原告的诉讼请求；第二，原告从来没有给被告方任何拆迁安置补偿，拆迁失败。本案中，原告方逃避拆迁安置义务，利用民事诉讼的方式而获得没有付出任何对价的土地使用权利，其诉讼请求不应得到支持；第三，被告方的土地利用现状是历史形成的。被告方现在所使用的土地除了由莒县人民政府批准的集体建设用地外，还包括被告方和村委会书面协议承包而来的，亦包括被告和个人协议受让而来的，以上土地的实际使用权都是在原告发证之前取得的。被告已经对上述土地形成了土地利用现状，对于以上土地，被告从未取得任何原告方的拆迁安置补偿；第四，从诉讼时效来看，原告的诉讼请求已超过诉讼时效。从2004年6月15日发证至今已接近十年之久，根据民事诉讼法诉讼时效两年的规定，原告起诉已超过诉讼时效；第五，被告将提起行政诉讼，要求撤销原告取得的土地使用权证书，要求中止民事审理。
经审理查明：2004年4月28日，原告山东省莒县彩印有限公司与莒县国土资源局签订国有土地使用权出让合同，约定莒县国土资源局将位于莒县振兴路北侧原告原厂区以东的土地10809平方米（编号：2004-11）让与原告供工业使用，期限50年，价格为每平方米112.9元。后莒县国土资源局与莒县城阳街道孙家村村民委员会签订征用土地协议书，约定征用的土地补偿费为每亩土地12000元、安置补助费每亩18000元。现原告所受让的10809平方米土地已经山东省人民政府批准，并由莒县人民政府颁发国有土地使用证。原告山东省莒县彩印有限公司征用上述土地时，被告日照万通机械有限公司原有厂房院落（含史文峰父亲史某的宅基地一处）在原告征用范围内。被告日照万通机械有限公司及史文峰未签订拆迁补偿协议，亦未领取安置补偿款。后被告陆续将公司占地面积扩建至约4662平方米，原告认为被告的行为系侵占了原告已经取得土地使用权的土地，故要求被告停止侵害、排除妨害。
原告为证实自己的主张，提供如下证据：
1、2004年6月15日颁发的国有土地使用权证一份，证实原告通过受让的方式获得位于莒县县城振兴西路以北的土地10809平方米的土地使用权。
2、原告与莒县国土资源局签订的国有土地使用权出让合同，证实原告获得土地的方式为出让，出让金为每平方米112.9元，总额1220725.2元。
3、莒县国土资源局与莒县城阳街道孙家村签订的征用土地协议书一份，证实为提供莒县彩印公司建设用地，莒县国土资源局征用位于莒县振兴路北侧的土地10809平方米，土地补偿费每亩平均12000元，安置补助费每亩平均18000元。
4、2004年5月31日莒县人民政府作出的关于山东省莒县彩印有限公司使用国有土地的批复一份，证实莒县人民政府同意将位于莒县城阳街道孙家村的土地10809平方米的土地使用权出让给原告用于厂房建设，出让年限为50年。
5、2002年10月10日莒县城乡建设委员会的建设用地规划许可证一份，证实原告扩建已获得行政许可。
6、交费单据12张，证实原告已按照规定足额支付了土地出让金、土地补偿费及耕地占用税及登记费、测估费等。
7、征用土地图一份，证实原告征用土地的位置、面积及当时建筑物所在的实际范围。
被告日照万通机械有限公司对原告提供的获得土地使用权的手续有异议，认为原告所持有的土地使用证系无效的，通过原告的证据更进一步说明原告与被告间并未达成拆迁安置协议。
被告日照万通机械有限公司提供如下证据：
1、1991年10月21日，由莒县土地管理局颁发的土地使用证一份，证明莒县城阳街道孙家村的史某（史文峰之父）用地面积208平方米，用途为住宅。
2、1998年3月26日颁发的城镇私房所有权证书一份，证实房屋所有权人为史尧，房屋用途为住宅。
3、1996年6月3日莒县城阳街道孙家村与史某签订的承包协议一份，证实史某承包其宅基地东、振兴路北空闲地一处，长12米，宽15米，计0.27亩，承包费每年27元。
4、1997年1月19日史某与莒县城阳街道孙家村签订的土地承包协议及承包费交纳收据，证实史某承包了其居住地后的汪塘，东至本村大路，西至本村，东西长49米，南北长约33米，合计约2.5亩，承包费为每年每亩120元。承包费收据载明2000年2月8日，史某向村委会交纳承包费900元。
5、1998年12月5日，史某与莒县城阳街道孙家村签订的土地承包协议，证实史某承包了位于宅基地后的集体空闲汪塘，东西22米，南北12米，承包价格为每亩300元，承包期限为3年，承包到期后史某清除地上物上交集体另作处理。
6、1998年3月17日莒县城阳街道孙家村村民委员会出具的证明一份，证实该村委会同意史某在其房屋邻侧承包的土地院内套一小院，临时使用大约为三年。
7、2003年3月19日，莒县城乡建设委员会颁发的临时建设工程规划许可证一份，证实莒县城阳镇孙家村史某在振兴路以北、西环路以东200米左右建设厂棚，面积为133.34平方米。该许可证载明本证自核发之日起至2005年3月19日止，到期本证自行失效。使用期满后，使用单位和个人应在三十日内自行拆除、清场，并到城市规划行政主管部门办理相应手续。
8、日照万通机械有限公司企业变更情况，证实2004年7月8日，日照万通机械有限公司是由莒县农乐拖拉机制造有限公司变更而来，2004年7月16日，日照万通机械有限公司的法定代表人由史某变更为史文峰。
9、2012年5月30日，莒县城阳街道孙家村村委出具的证明一份，该证明载明莒县彩印有限公司进行彩印厂扩建项目，征用我村土地，征地款村委已于2005年7月份从莒县国土资源局支取。该项目用地拆迁已委托莒县建鑫房屋拆迁有限公司办理，拆迁公告要求2003年7月10日前拆迁完毕，通过拆迁公司两次公告后，现在仍有数户没有达成拆迁协议，至今该项目一直未动工。
10、证人左某出庭作证，该证人自1994年至2010年任孙家村村支部书记，陈述彩印公司在征地之前就已经将地租给万通机械公司了。
11、税务机关关于土地使用税的回执单的复印件22份，证实被告方日照万通机械有限公司现有使用土地权，并依法交税。
原告莒县彩印公司对被告提供的证据质证意见如下：被告所提供证据均是在2004年6月15日原告取得国有土地使用证之前，原告获得国有土地使用权证后被告在原来土地上形成的权利一切消灭；被告提供的土地证、房产证均是颁发给史某的，并不是颁发给被告的；被告提供的临时建设许可证有限期截止到2005年3月19日，现已自动失效。交税回执单系被告方自行申报交纳税收不能说明其享有土地使用权。
还查明：2004年原告获得位于莒县城阳街道孙家村的土地使用权时，被告及周边村民的建筑物在征地范围内的面积为777平方米。2003年3月19日，莒县城乡建设委员会颁发的临时建设工程规划许可证载明，莒县城阳镇孙家村史某在振兴路以北、西环路以东200米左右建设厂棚，面积为133.34平方米。后被告方陆续与厂棚周边村民签订土地转让、承包协议等，从村民手中获得777平方米范围内的土地使用权，并在土地上套院使用。2013年被告又从周边村民手中获得更多土地，且实际占用上述土地，现在被告所实际占用的土地面积远超过777平方米。
本案在审理过程中，原告山东省莒县彩印有限公司放弃请求被告赔偿经济损失753985.36元的诉讼请求，保留另行起诉的权利，只要求被告停止侵害、排除妨碍，并清除涉案土地上的地上附属物。
以上事实，有当事人陈述、国有土地使用权证复印件、国有土地使用权出让合同复印件、征用土地协议书复印件、莒县人民政府的批复复印件、建设用地规划许可证复印件、单据复印件、承包合同复印件、宅基证复印件等证据在卷为凭，应当认定。
本院认为：根据原告山东省莒县彩印有限公司提供的国有土地使用权证、国有土地使用权出让合同、征用土地协议书、莒县人民政府的批复、建设用地规划许可证等证据，足以证实原告已合法取得莒县振兴路北侧原告原厂区以东的10809平方米（编号：2004-11）土地的使用权。原告依法对该土地享有占有、使用和收益的权利，任何组织和个人不得侵害。本案被告日照万通机械有限公司现所占用土地包含于上述10809平方米土地中。被告日照万通机械有限公司于2003年3月19日取得的临时建设工程规划许可证有效期至2005年3月19日，到期后未续期，已经失效。2004年6月15日原告山东省莒县彩印有限公司取得了包含被告占用范围内的土地使用权，莒县国土资源局与莒县城阳街道孙家村已签订征用土地协议书，莒县国土资源局征用包含日照万通机械有限公司占地在内的土地10809平方米，故被告日照万通机械有限公司应当将上述土地交付给原告。另外，原告获得上述土地使用权时，原告与该范围内的村民已达成拆迁补偿协议，村民已支取补偿款，后被告日照万通机械有限公司陆续地从村民手中所获得的土地实际侵犯了原告的合法权益，应当承担侵权的民事责任。本案中，日照万通机械有限公司院内包含史某的宅基地一处，原告山东省莒县彩印有限公司起诉时未主张该部分，本案不予处理。同时，对于被告辩称的史某宅基地所占208平方米与原告所受让土地发生权属重合，属于土地权属争议，不属于民事案件受理范围，因本案未处理上述宅基地部分，本案对除上述宅基地部分的土地作为侵权争议案件受理，并无不当；被告辩称原告起诉已过诉讼时效，因本案属于物权侵权纠纷，原告行使停止侵害、排除妨害请求权，不受诉讼时效制度的限制，故对被告关于原告的起诉超过诉讼时效的抗辩，本院不予支持；被告称将提起行政诉讼，其是否提起行政诉讼不影响本案审理，本院对被告要求中止诉讼的意见不予采纳；本案在审理过程中，原告放弃请求被告赔偿经济损失的诉讼请求，保留另行起诉的权利，系其对自身部分权利的自由处分，本院予以准许。原告放弃对该诉讼请求的主张，对于相应的诉讼费应当予以退回。
综上，原告请求被告停止侵害、排除妨害符合法律规定，本院予以支持。被告应当及时将占用的原告的土地归还原告，并将所套院落内（除宅基地外）的建筑、厂房等地上附属物予以清除；案经多次调解无效，依照《中华人民共和国民法通则》第一百零六条第二款、《中华人民共和国土地管理法》第十一条第三款、《中华人民共和国物权法》第三十五条、三十七条，《中华人民共和国侵权责任法》第二条、第六条、第十五条之规定，判决如下：
一、被告日照万通机械有限公司于本判决生效后六十日内将公司实际占用的土地（院内史某的宅基地除外）交付给原告山东省莒县彩印有限公司，并停止侵害、排除妨碍，清除涉案土地上的建筑物等地上附属物，不得继续侵害原告的土地使用权；
二、驳回原告山东省莒县彩印有限公司的其他诉讼请求。
案件受理费100元，由被告日照万通机械有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省日照市中级人民法院。
审 判 长 张兴奎
审 判 员 王晓飞
人民陪审员 马振峰
二〇一四年八月二十六日
书 记 员 蒋立莉