广西壮族自治区北海市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）桂05民终1193号
上诉人(原审被告、反诉原告)：北海国发海洋生物产业股份有限公司，住所地广西北海市北部湾中路3号。统一社会信用代码：91450500198228069W。
法定代表人：潘利斌，总经理。
委托诉讼代理人：董庆江，广西桂三力（北海）律师事务所律师。
被上诉人(原审原告、反诉被告)：广西联友建设工程有限公司，住所地广西北海市西南大道世纪光华商业街22号第三层。统一社会信用代码：914505006670008180。
法定代表人：张庆友，总经理。
委托诉讼代理人：李满穗，广西海鑫律师事务所律师。
委托诉讼代理人：郭春媚，广西海鑫律师事务所律师。
上诉人北海国发海洋生物产业股份有限公司（以下简称国发公司）因与被上诉人广西联友建设工程有限公司（以下简称联友公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服广西壮族自治区北海市海城区人民法院（2016）桂0502民初500号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年10月27日立案后，依法组成合议庭，公开开庭进行审理。上诉人国发公司的委托诉讼代理人董庆江，被上诉人联友公司的的委托诉讼代理人李满穗、郭春媚到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
国发公司上诉请求：一、撤销一审民事判决第一项、第二项、第五项，依法驳回联友公司的诉讼请求，支持国发公司的反诉请求；二、维持一审民事判决第三项、第四项；三、诉讼费用由联友公司承担。上诉理由：一、一审判决查明事实不清，认定事实错误，纯属违法判决。1.一审判决无视国发公司与联友公司双方订立的合同条款，片面采纳联友公司申请鉴定的《司法鉴定报告书》结论，严重违反了《中华人民共和国合同法》（以下简称《合同法》）第八条规定。同时广西达华工程造价咨询有限责任公司（下称达华公司）作出的司法鉴定报告存在严重错误，国发公司不予认可。根据双方签订的《建设工程施工合同》第一部分协议书条款中的第一条工程承包范围约定：含发包人提供设计图纸的全部内容(厂房二层、办公楼三层、道路、水电、排污等内容)和第四条签约合同价与合同价格形式：（1）签订合同价为单价包干；（2）合同价格形式：固定单价合同。上述协议书约定合同条款已经明确合同范围和结算形式，并且涉案争议的室外道路工程、排污排淤工程、室外水电工程、室外消防工程、绿化带工程均属于主体工程厂房办公楼的附属工程，其价值已融入到厂房办公楼结算价格中。一审法院判决将该部分工程与主体工程切割作为两部分结算，没有事实和法律依据，严重违反了民法上当事人意思自治原则，也违反了《合同法》规定。故二审法院应当依法撤销一审法院采纳申请鉴定的《司法鉴定报告书》结论，双方应当按合同约定结算。2.一审法院认定涉案合同中约定的厂房及办公楼造价为617.9万元存在错误。根据《建设工程施工合同》第一部分协议书条款中第四条第一项：签订合同价为单价包干；(1)厂房1200元／㎡(每㎡壹仟贰佰元整)；(2)办公楼1300元／㎡(每㎡壹仟叁佰元整)；(3)厂房：约479.89万元，办公楼：约138.01万元，合计：约617.90万元，以实际面积为准。依据双方在诉讼前曾委托达华公司对厂房办公楼实际面积的测算，厂房实际面积3886.06㎡(固定单价1200元／㎡)，办公楼实际面积l047.8㎡(固定单价1300元／㎡)。同时庭审中，国发公司向法院提交了建设单位、设计单位确认的施工平面图，施工图中也清晰显示施工厂房面积为3886.06㎡，办公楼面积为1047.8㎡，总计工程款应为6025412元。故不存在一审判决所说双方都没有提供确实施工的证据，判决在双方提供众多工程造价佐证的情形下强制适用合同估价，没有事实及法律依据。3.一审法院判决存在重复计算结算款问题。根据达华公司作出的结算范围包括签证单、图纸注明室内增加及变更工程，而一审判决再次将4张签证单共计30250元计入到合同价款当中去，属重复计算。故应予撤销原判决。4.违约金约定问题。首先，多次变更设计图纸是在签订合同前，这对延期没有什么影响。联友公司不能按合同约定于2014年3月29日完成对国发医药物流园的竣工，按合同约定联友公司应支付国发公司延误违约金4.63万元。其次，由于联友公司不能于原定日期2014年3月29日竣工，双方于2014年4月1日签订了《协议书》作为《建设工程施工合同》的附件内容。双方约定，联友公司应按照《北海国发医药物流园工程施工进度表》完成工程项目，竣工日期为2014年5月30日，每延迟一天罚款5万元。因联友公司实际完成工程日期为2014年6月13日（一审法院认为2014年5月28日完工没有任何证据，仅凭当事人陈述认定是错误的），共延迟13天，应付违约金65万元。以上两项违约金共计69.63万元，一审认定中忽略了相关事实和《协议书》中的约定，存在错误。另外，国发公司已经向联友公司支付650万元。由于工程未验收且未实际结算，质量保证期未起算，仍未达到支付至合同价款95％的条件，而国发公司已经提前将近95％的款项支付给联友公司，已经超额支付，故不存在违约的情形，不应向联友公司支付违约金。
二、一审判决存在程序错误问题。1.一审判决无视合同约定的前置程序，强制国发公司适用审判程序违背合同双方约定。根据《建设工程施工合同》23.1条款：“合同价款争议问题涉及工程计价依据的，由双方共同就争议问题以书面形式提请我区工程造价管理机构进行解释和认定。友好协商不成，以及发承包双方或一方在收到工程造价管理机构书面解释后仍不服的，可向北海市人民法院提起诉讼。”该条款已明确表明，双方对价款存在争议，应优先提交广西区工程造价管理机构进行解释和认定，对此解释不服再行起诉。一审判决对国发公司以合同内容为依据的抗辩不予采纳系忽视事实依据及双方当事人约定，属认定事实错误。2.联友公司拖延验收，因国发公司是北海市的最大的医院配送药品批发业务的公司，也是北海市唯一的医院配送批发业务的上市公司，更是北海市唯一一家担负起毒麻药品供应以及医院临床急救的公司，为保证人民群众安全用药承担着重要的社会责任，而且国家GSP对医药仓库有很严格的标准，不能随便存放药品，加上原来存放药品的旧仓库合同已经过期多时，不可能再拖延，在这些因素的促使下，国发公司被迫提前入驻。因工程仍未经验收，质量保证期应从验收合格之日起算一年，一审判决认定质量保证期已过没有事实依据。根据《建设工程施工合同》专用条款第17.4.2：“质量保修金比例，本工程结算总价的5％。”和17.4.3条约定：“质量保修金在发包人在工程竣工验收合格之日起满一年后14天内将保修金一次性返还给承包人。”首先，双方签订合同中已经明确约定工程经竣工验收合格后才起算质量保修期。即便国发公司提前使用，工程仍需要经有关部门验收并通过质量检测达到合格标准。一审判决认为工程提前使用等同于验收合格系双方合同约定条款的曲解以及对《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条第一款的错误适用。其次，工程拖延验收以及国发公司提前入驻的责任在于联友公司。该工程在内部验收时被发现质量问题后，监理方即向联友公司下达了《监理工程师通知单》，要求修补施工的质量缺陷，但是联友公司至今未履行合同修复义务，同时其也不配合验收工作的开展，亦没有向发包方重新提交竣工验收报告。验收是合同双方的共同义务，在联友公司不予配合的情形下，国发公司无法单独完成验收工作。故并非国发公司擅自入驻、拖延验收，而是联友公司施工自始存在质量问题并且久拖不决，导致国发公司在营运需求压力下被迫提前入驻厂房办公室。因此，该工程未经验收合格前，质量保修期均未起算，国发公司不应向联友公司返还质量保证金。3.一审判决认定联友公司没有主观故意违约拖延情形，从而将工程延误责任归于国发公司毫无依据。首先，一审庭审中没有证据证明联友公司没有主观故意违约拖延情形。在施工过程中，按合同约定完成约定工程是联友公司的义务，在不存在不可抗力等免责条款的情况下，联友公司未能按时完工即为违约，是否有主观故意不是构成违约的必要或充分条件，一审判决将联友公司没有主观违约故意作为免责依据完全没有事实及法律依据。另一审中没有证据显示国发公司逾期签发开工令这一事实，其以此将逾期竣工责任归于没有证据证明的所谓“迟延签发开工令”以及“多次更改设计图纸”的国发公司一方亦没有依据。按照法律规定，变更设计图纸要有设计院的“设计变更通知单”并加盖“出图章”才视为有效，联友公司没有证据证明国发公司多次变更。其次，2014年3月29日系合同约定的双方完工日期，由于联友公司未能在约定期间内完工，双方在联友公司在未能按时竣工的情况下补充签订了《协议书》，并附件详细的工程进度计划表，即联友公司系在既有的设计图上对工期以及违约金做出新的承诺。根据补充签订的《协议书》中约定：“竣工日期为2014年5月30日，每延迟一天罚款5万元。”联友公司实际完成工程日期为2014年6月13日，期间国发公司未对工程及设计做出其他变更，然承包人亦然逾期完工，违反了双方在《协议书》中的约定。因此，联友公司应对国发公司承担逾期竣工的违约责任，共迟延13天，向国发公司支付违约金65万元符合合同约定。一审认定中忽略了《协议书》中的约定及相关事实。4.一审判决要求国发公司承担本诉案件受理费26734元，反诉案件受理费10903元，鉴定费用37376元，鉴定人出庭费l600元，共计76613元，违反了最高人民法院诉讼费承担的规定。该案中联友公司的主张并没有得到法院判决支持，要求国发公司承担全部费用没有依据。5.关于反诉被告联友公司应对涉案工程出现的质量问题进行维修。国发公司认为联友公司应承担所产生的维修费用348988.5元。
三、一审判决对相关法律适用错误，混淆概念。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条第一款规定：“建设工程未经竣工验收后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。”首先，发包人使用并不能免除使用前即发生的质量修复责任。在内部验收前，工程已经出现严重质量问题，而联友公司未对该质量问题进行修复，并且在未通过内部验收时也没有重新提交竣工验收报告，违背合同义务，应对验收拖延、及拖延验收期间工程发生的质量问题承担修复责任，发包人使用工程不能免除使用前产生的质量责任。国发公司要求联友公司对涉案工程在内部验收中发现的质量问题进行维修，并承担所产生的维修费用34.9万元。其次，该条款也并未免除联友公司的验收义务，发包人使用并不能等同于竣工验收合格。该验收合格是行政部门的检测标准，联友公司应配合履行验收义务以达到各部门验收合格的要求。另根据合同明确约定保修期也应从有关部门认定验收合格之日起算，因此一审判决以本条法律适用于质量保证期的起算系法律适用错误。综上，一审判决违背双方约定适用诉讼程序；在具有面积数据的情形下适用合同估价；错误计算质量保证期间；错误归责逾期竣工责任以及错误法律适用，导致实体处理有误，请求二审法院支持国发公司的上诉请求，维护国发公司的合法权益。
联友公司辩称：一审时，经审判员当庭释明，双方对于建设工程施工关于办公楼、厂房单价包干双方均予以认可，所以双方放弃了对厂房和办公楼的造价。如果国发公司认为涉案工程厂房、办公室的工程量都存在问题，就应当向二审法院就厂房、办公室、绿化等进行总体的造价。国发公司在肯定合同价的形式为固定单价不可变的基础上，却又否定了部分工程量显然是不合理的。一审判决依据双方合同、《司法鉴定报告书》等确定工程造价以及国发公司已经全面使用涉案工程的事实作出的判决是没有问题的。请求驳回上诉，维持原判。
联友公司向一审法院起诉请求：一、国发公司支付拖欠工程款2491767.6元给联友公司；二、国发公司承担延迟支付工程款违约金68523.61元（违约金计算：以2491767.6元为基数，按日利率0.01%自2015年4月9日起暂计至2016年1月10日，以后另计）；三、确认联友公司对上述诉请工程款享有优先受偿权。
国发公司同时向一审法院提出反诉请求：一、联友公司对北海国发医药物流园项目进行验收；二、联友公司对涉案工程出现的质量问题进行维修，并承担所产生的费用共348988.5元；三、联友公司对国发公司已支付的工程款项目款项6105662元开具增值税发票（庭审中国发公司已撤回）；四、联友公司返还国发公司已支付的超出应付数额部分款项394338元；五、联友公司就其竣工迟延违反《建设工程施工合同》承担违约责任，支付违约金4.63万元；六、联友公司就其竣工迟延违反《协议书》承担违约责任，支付违约金65万元并赔偿反诉人经济损失390000元；七、联友公司支付因其公司工人闹事导致国发公司无法正常运营的经济损失6万元；八、本案的诉讼费用由联友公司承担。
一审法院审理查明以下事实：2013年11月，原、被告签订《建设工程施工合同》一份，约定：发包人为国发公司，承包人为联友公司；承包范围为北海市工业园区北海国发科技园西侧北海国发医药物流园，包含国发公司提供设计图纸的全部内容（厂房二层、办公楼三层、道路、水电、排污等内容）；合同工期为2013年11月17日；计划竣工时间为2014年3月29日；签约合同价为单价包干；厂房1200元/㎡；办公楼1300元/㎡；厂房约479.89万元，办公楼约138.01万元，合计617.9万元，以实际面积为准；国发公司承诺按照规定履行项目审批手续、筹集工程建设资金并按照合同约的期限和方式支付合同价款；联友公司承诺按照法律规定及合同约定组织完成工程施工，确保工程质量和安全，并在缺陷责任期及保修期内承担相应的工程维修责任；监理人应在开工日期7天前向承包人发出开工通知，监理人在发出开工通知前应获得发包人同意。工期自监理人发出的开工通知中载明的开工日期起计算，承包人应在开工日期后尽快施工；在履行合同过程中，由于发包人的原因造成工期延误的，承包人有权要求发包人延长工期或增加费用，并支付合理利润；因发包人原因造成工程质量达不到合同约定验收标准的，发包人应承担由于承包人返工造成的费用增加和（或）工期延误，并支付承包人合理利润；工程接收证书颁发后，承包人应按专用合同条款约定的份数和期限向监理人交竣工付款申请单，并提供相关证明材料，除专用合同条款另有约定外，竣工付款申请应包括竣工结算合同总价、发包人已支付承包人的工程价款、应扣留的质量证金、应支付的竣工付款金额；监理人在收到承包人提交的竣工付款申请单后的14天内完成核查，提出发包人到期应支付给承包人的价款送发包人审核并抄送承包人。发包人应在收到后14天内审核完毕，由监理人向承包人出具经发包人签认的竣工付款证书；发包人应在监理人出具竣工付款证书后的14天内，将应付款支付给承包人。发包人不按期支付的，按专用合同条款的约定支付逾期付款违约金；承包人完成了全部合同工作后，发包人按合同要求进行验收；监理人审查后认为尚不具备竣工验收条件的，应在收到竣工验收申请报告后的28天内提请发包人进行工程验收。发包人经过验收后统一接受工程的，应在监理人收到竣工验收申请报告后的56天内，由监理人向承包人出具经发包人签认的工程接收证书，发包人验收后同意接收工程但是提出整修和完善要求的，经发包人同意后，再向承包人出具工程接收证书；发包人验收不同意接收工程的，监理人应按照发包人的验收意见发出指示，要求承包人对不合格的工程认真返工重做或进行补救处理，并承担由此产生的费用；承包人在完成不合格工程的返工重做或补救工作后，应重新提交竣工验收申请报告；发包方在收到承包人竣工验收申请报告56天后未进行验收的，视为验收合格，实际竣工日期以提交竣工验收申请报告的日期为准，但发包人由于不可抗力不能进行验收的除外；由于承包人原因造成不能按期竣工的，在按合同约定确定的竣工日期后28天内，监理人应当按通用合同条款第23.4.1项的约定书面通知承包人，说明发包人有权得到按本款约定的下列标准和方法计算的逾期竣工违约金，但最终违约金的金额不应超过本款约定的逾期竣工违约金最高限额。逾期竣工违约金的计算标准：按合同价款的0.04%/天计算延误违约金；逾期竣工违约金的计算方式：按合同价款的0.01%/天计算延误违约金；逾期竣工违约金最高限额：合同价款4%；工程进度付款：主体封顶（厂房、办公楼）后三个工作日内，支付工程款2000000元（不得超过完成工程量总价款的60%的进度款）；工程完工后三个工作日内，支付至实际完成工程量总价款的85%的进度款；工程竣工验收合格后一个月内办理完成结算审计并支付至结算总价的95%，余结算总价5%作为质量保证金，待工程质量保修期满后14天内一次性返还给承包人；发包人未能按上述约定期限支付工程款的，按应付未付款项的0.01%/天向承包人支付违约金，违约金最高限额为4%；质量保修金的比例：本工程结算总价的5%；质量保修金在发包人在工程竣工验收合格之日起满一年后14天内将保修金一次性返回给承包人；因合同引起的或与本合同有关的任何争议，先由合同双方友好协商。合同价款争议问题涉及工程计价依据的，由双方共同就争议问题以书面形式提请我区工程造价管理机构进行解释和认定。友好协商不成，以及发承包双方或一方在收到工程造价管理机构书面解释后认定后仍不服的，可以选择向北海市人民法院提起诉讼；补充条款约定，发包人一次性补贴承包人材料差价为50000元，此费用由发包人在第一次支付工程款时支付给承包人，承包人不得再就工程所有的材料差价向发包人主张结算差价。对于合同还约定了其他相关条款。2013年8月至2013年10月期间，涉案工程的设计图纸多次修改及变更。上述合同签订后，因报建审批及修改涉案工程图纸等原因，联友公司于2013年12月1日进场施工，于2014年5月28日完成了对涉案工程的施工。2014年4月25日，国发公司已经实际使用涉案厂房；2014年6月，国发公司实际使用涉案工程的办公楼。2014年3月13日，经双方确认的签证单，改电梯井，增加金额为6750元；2014年4月13日，经双方确认的签证单，改电梯井洞口，增加金额为8250元；2014年4月24日，经双方确认的签证单，改电梯设计，增加金额为8250元；2014年5月8日，经双方确认的签证单，改电梯井，增加金额为7000元；以上共30250元。2014年1月27日至2015年2月10日期间，国发公司共向联友公司支付了6500000元款项。联友公司与国发公司就涉案工程总造价等争议事由于2015年3月26日共同委托达华公司就涉案工程进行结算，达华公司对涉案工程作出的工程造价为6352091.93元。原告联友公司认为该总造价未包含室外道路工程、排污排淤工程、室外水电工程、室外消防工程、绿化带工程、厂房天面防水工程的造价2491767.6元，因国发公司未向联友公司支付2491767.6元工程款，原告为此诉至一审法院，提出上述诉讼请求。案件在审理过程中，联友公司向法院申请对北海国发海洋生物产业股份有限公司以下项目进行司法鉴定：1.室外道路工程、排污排淤工程、室外水电工程、室外消防工程、绿化带工程、厂房天面防水工程；2.签证单、图纸注明室内增加及变更工程。经联友公司、国发公司共同委托达华公司对以上项目进行鉴定。达华公司经施工现场勘查、比对核实，依据施工图纸，分析图纸中结构构件，建筑的合理布置，核查结果为厂房天面防水工程是主体结构中的分项构件，应该在包干价1200元/㎡内，不应重复计价；室外道路、排污排淤、室外水电、绿化带、室外消防，签证单、图纸注明室内增加等工程应按实际施工内容分别进行计价。达华公司并作出达华司法鉴定[2017]造价鉴字第05号司法鉴定报告书，鉴定结果为：1.室外道路工程、排污排淤工程，室外消防管道工程，室外给水工程鉴定价为584157.55元；2.室外电气工程鉴定价为36584.47元；3.绿化带工程鉴定价为9914.35元；4.土建工程签证鉴定价为92659.43元；5.拆除工程签证鉴定价为5520.61元；6.厂房新增配管及灯签证鉴定价为21100.51元；7.人工费用签证鉴定价为23250元，合计773185.92元；综上，鉴定人认为厂房、办公楼单价包干外，室外道路工程、排污排淤工程、室外水电工程、室外消防工程、绿化带工程，签证单、图纸注明室内增加及变更工程总造价773185.92元，鉴定人员还认为厂房防水工程的工程造价应包含在厂房单价包干内，不应计算该项目工程造价。第二次开庭前，国发公司向本院申请达华公司的鉴定人出庭接受质询。在第二次开庭审理时，达华公司的法人代表徐维广、鉴定人林红红按本院的通知要求到庭接受了联友公司、国发公司的质询。案件在审理过程中，国发公司主张联友公司逾期竣工，并主张承包的涉案工程存在质量问题。但联友公司认为逾期竣工的责任在于国发公司，且联友公司承建的涉案工程存在的质量问题已经修复完毕。
一审法院认为：一、本诉。涉案的《建设工程施工合同》是签约当事人的真实意思表示，内容没有违反法律法规的强制性规定，合法有效。关于原告联友公司向法院起诉是否符合涉案合同约定的问题。涉案的合同约定如合同在履行过程中出现争议，原、被告协商不成，一方当事人可以向人民法院起诉，原告联友公司向本院起诉符合涉案合同的约定。故本院对被告国发公司抗辩称工程结算应以合同约定的计价方式及相关签证单据为依据，且合同约定优先提交广西区工程造价管理机构进行解释和认定的此抗辩理由不予采纳。关于涉案合同的单价是否包含厂房天面防水工程、室外道路、水电、排淤排污工程的问题。原告联友公司认为厂房天面防水工程、室外道路、水电、排淤排污工程不应包括在合同的单价里面；被告国发公司认为应包含在合同单价包干范围内，不应分割单独计价。经一审法院委托达华公司对涉案厂房天面防水工程、室外道路、水电、排淤排污工程进行司法鉴定。达华公司具备承担检测涉案工程检测的资质，达华公司对涉案厂房天面防水工程、室外道路、水电、排淤排污工程作出的《司法鉴定报告书》具有客观性、科学性、权威性，符合法律规定，一审法院对涉案司法鉴定报告书予以采纳。故该案中，厂房防水工程的工程造价应包含在厂房单价包干内，不应计算该项目工程造价；另，室外道路、排污排淤、室外水电、绿化带、室外消防，签证单、图纸注明室内增加等工程应按实际施工内容分别进行计价。关于涉案工程总造价实际为多少；被告国发公司在履行涉案《建设工程施工合同》中是否存在拖欠工程款的情形；若存在，被告国发公司还应向原告联友公司支付的工程款实际为多少的问题。因原、被告未能向法院提供双方确认实际施工面积的证据，故本院结合涉案合同中约定的厂房及办公楼造价6179000元、双方盖章确认的4张签证单共计30250元以及达华公司于2017年6月2日作出《司法鉴定报告书》中确定的室外道路工程、排污排淤工程、室外水电工程、室外消防工程、绿化带工程，签证单、图纸注明室内增加及变更工程总造价为773185.92元，故涉案工程总造价为6982435.92元，被告国发公司应向原告联友公司支付工程总造价的95%的工程款（6982435.92元*95%=6633314.12元），余5%作为质保金(6982435.92元*5%=349121.8元)。因被告国发公司已向原告支付了6500000元款项，根据合同约定，被告国发公司应向原告联友公司支付50000元材料费的；故被告国发已向原告联友公司支付的工程款为6450000元，被告国发公司尚欠原告联友公司183314.12元工程款未支付，其行为已构成违约，应承担违约责任，被告国发公司应向原告联友公司支付工程款及违约金。虽涉案工程未经验收，但被告国发公司于2014年4月使用涉案厂房、于2014年5月28日使用涉案工程的办公楼，根据涉案合同约定，涉案工程的质量维修期为一年，故一审法院认定涉案工程已经超过合同约定的一年质量维修期，故被告国发公司应返还质量保证金349121.8元给原告联友公司。该案中，被告国发公司应向原告联友公司支付的工程款为183314.12元；其应向原告联友公司支付的违约金可按以下标准及时间计算：以183314.12元为计算基数，按日利率0.01%的标准（涉案合同约定的违约金计算标准），自2015年4月9日（原告主张违约金的起算时间符合法律规定）起计算至付清款项之日止。另，被告国发公司还应返还质量保证金349121.8元给原告联友公司。关于原告联友公司对涉案工程是否享有优先受偿权的问题。涉案工程于2014年5月28日竣工，原告联友公司对涉案工程享有优先受偿权的期限为自竣工之日起6个月，现已超过对涉案工程享有优先受偿权的法定期限，故原告联友公司要求对涉案工程享有优先受偿权的请求，不符合法律规定，一审法院不予支持。
二、反诉。1.关于反诉原告国发公司要求反诉被告联友公司对涉案工程项目进行验收的问题。涉案工程已竣工，且已经交付使用，故涉案工程已经具备验收的条件，反诉被告联友公司（承包人）应向监理人报送竣工验收申请报告，协助反诉原告国发公司对涉案工程进行验收。反诉原告国发公司要求反诉被告联友公司对涉案工程进行协助验收的请求，合法有据，一审法院予以支持。2.关于反诉被告联友公司是否应对涉案工程出现的质量问题进行维修，并承担所产生的维修费用348988.5元的问题。反诉原告国发公司向法院提交《关于要求修补屋顶漏水的通知》、2014年12月23日《北海国发医药物流园项目工程竣工内部验收会议纪要》以此来证明涉案工程存在质量问题；但反诉被告联友公司对此不予认可，认为反诉被告联友公司已对涉案工程存在质量问题进行修复。一审法院认为，无充分证据证明《北海国发医药物流园项目工程竣工内部验收会议纪要》中记载的质量问题是涉案工程在施工过程中或是在涉案工程使用过程中出现的质量问题。另，反诉原告国发公司虽向法院提交了《天面防水改造工程预算书》，但该费用未经过反诉被告联友公司和监理方的确认。再根据因反诉原告国发公司未在涉案工程验收后于2014年4月使用涉案厂房、于2014年6月使用涉案工程的办公楼。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条第一款，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持。故反诉原告国发公司要求反诉被告联友公司对涉案工程出现的质量问题进行维修，并承担维修费用的请求缺乏充分的依据，一审法院不予支持。3.关于反诉原告国发公司向反诉被告联友公司支付的款项是否已经超过涉案工程款的问题。因涉案工程总造价为6982435.92元，反诉原告国发公司应向反诉被告联友公司支付总价款的95%工程款（6633314.12元）给被告联友公司，现反诉原告国发公司已向原告支付了6450000元工程款，尚欠原告联友公司183314.12元工程款未支付。反诉原告国发公司未超额向反诉被告联友公司支付工程款，故反诉原告国发公司要求反诉被告联友公司返还已支付的超出部分工程款的请求，缺乏依据，一审法院不予支持。4.关于反诉被告联友公司是否应承担迟延竣工的违约责任的问题。根据涉案合同约定，反诉原告国发公司未按合同约定及时向反诉被告联友公司发放开工令致反诉被告联友公司未能按合同约定的时间进场施工；且在涉案工程施工过程中，涉案工程的施工图纸多次修改及变更，反诉被告联友公司没有存在故意违约拖延竣工的主观故意情形。故反诉原告国发公司要求反诉被告联友支付违约金及赔偿经济损失的诉讼请求不符合法律规定，一审法院不予支持。5.关于反诉被告联友公司是否应支付工人闹事导致反诉原告国发无法正常运营的经济损失费用的问题。案件在审理过程中，无充分证据证明工人闹事与反诉被告联友公司存在关联性，故反诉原告国发公司要求反诉被告联友公司支付因工人闹事导致反诉原告国发公司无法正常运营的经济损失的请求，缺乏依据，一审法院不予支持。关于鉴定人出庭费问题。鉴定人出庭费主要是指鉴定人员在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴。在我国，法律对于具体的鉴定人出庭作证费用支付问题没有进行明确的规定，故该案中，一审法院酌情认定鉴定人出庭费1600元，由被告（反诉原告）国发公司支付。综上，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百零九条、《中华人民共和国民事诉讼法》第七十四条、第六十四条第一款、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条第一款、《诉讼费缴纳办法》第六条、第十一条的规定，判决如下：一、被告（反诉原告）北海国发海洋生物产业股份有限公司支付工程款183314.12元及违约金（违约金计算：以183314.12元为计算基数，按日利率0.01%的标准，自2015年4月9日起计算至付清款项之日止）给原告（反诉被告）广西联友建设工程公司；二、被告（反诉原告）北海国发海洋生物产业股份有限公司返还质量保证金349121.8元给原告（反诉被告）广西联友建设工程公司；三、驳回原告广西联友建设工程公司的其他诉讼请求；四、原告（反诉被告）广西联友建设工程公司协助被告（反诉原告）北海国发海洋生物产业股份有限公司对涉案工程北海国发医药物流园项目进行验收。五、驳回被告（反诉原告）北海国发海洋生物产业股份有限公司的反诉请求。本诉案件受理费26734元，反诉案件受理费10903元，鉴定费用37376元，鉴定人出庭费1600元，共计76613元，由被告（反诉原告）北海国发海洋生物产业股份有限公司负担。
上诉人国发公司二审期间向法院提交了五组证据：
一、《企业投资项目备案证》、《土地使用权证》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》，该组证据充分证明了涉案工程是依法取得了合法的施工手续，同时证明了被上诉人主张涉案工程没有取得合法施工手续是错误的。在此进一步说明的是涉案工程是北海市唯一的供应医院手术麻醉药仓库，与北海市的民生息息相关。被上诉人不配合办理竣工验收手续己严重影响了上诉人下属的北海国发医药公司的经营。
二、《工程监理月报》、《会议纪要》，该组证据进一步证明了上诉人在原审反诉中主张被上诉人承担违约金65万元事实，按照《北海国发医药物流园工程施工进度表》（附件1）完成工程项目，竣工日期为2014年5月30日，每延迟一天罚款5万元，而通过该组证据结合双方在庭审过程中查明的事实，被上诉人在2014年6月30日前完成了全部工程。但上诉人方确认完成工程日期为2014年6月13日，请求按迟延13天交工主张被上诉人支付违约金65万元，不再主张其他迟延违约金。
三、《协议书》、《承诺书》，该组证据进一步证明了2015年经核算上诉人与被上诉人双方当时初步按合同价617.9万元结算，扣除前期已支付527万元后，再扣除5％质保金31万元，再加上合同约定5万元材料款差价，上诉方再支付给被上诉人的工程尾款65万元的事实，进一步证明了涉案工程合同单价包括道路绿化、排水等一切室外工程。
四、《投标简表》、《投标总价》、《总说明》，该组证据进一步证实了在工程招投标过程中被上诉人的项目经理黄林钊出具的项目工程固定价为1200元／㎡，办公楼1350元／㎡，与双方签订的合同基本吻合的事实。在投标总价表说明中“工程概况：…总建筑面积6835.97㎡,…办公楼总面积1052.39㎡,…厂房面积5783.58㎡…”，在投标报价汇总表中确定“办公室总金额908957.57元，厂房总金额4990331.48元”，根据以上面积和总金额，通过折算办公室面积单价每平方为908957.57÷1052.39=863.39元，厂房面积单价每平方为4990331.48÷5783.58=862.85元。现根据双方签订合同及各方确认的施工总平面图，涉案工程实际面积：厂房面积为3886.06㎡，办公楼面积为1047.8㎡。参照被上诉人投标价格核算，涉案工程厂房总金额为3886.06÷862.85=3353086.87元，办公室总金额为1047.8÷863.39=904660.042元。由此推算出涉案工程总价款为厂房总金额3353086.87元+办公室总金额904660.042元＋工程鉴定道路、绿化及签证等773185.92元＝5030932.83万元。通过以上证据数字分析，上诉人完全有理由证明上诉人与被上诉人签订的合同结算条款中合同单价已经包括道路绿化、排水等一切室外工程。
五、《授权委托书》、身份证，该组证据主要证明了黄林钊是涉案工程的实际施工人，并且被上诉人在涉案工程中己授权黄林钊办理相关业务。被上诉人代理人否认黄林钊在本案中签署的各类文件是与事实不符的。
联友公司针对上述证据发表质证意见为：
一、证据一恰恰证明了涉案工程在招投标以及进场施工之时，均没有办理合法的报建手续，无法依约按时签发开工令，延误工期的责任在于上诉人。2004年7月21日的《土地使用权证》以及2013年9月18日的《建设用地规划许可证》无原件核对，无法核实其真实性，与本案无关联。
二、证据二无法证实被上诉人存在延误工期的事实，2014年6月30日的《会议纪要》第三点监理意见恰恰证明了被上诉人已经按时完成了施工质量的整改问题，上诉人以工程存在质量问题延迟支付工程款是没有事实依据的。
三、证据三中《承诺书》无原件核对，对该份证据的三性均有异议。该份证据一审已经提交并质证。涉案工程2014年5月已经全部交付上诉人使用，上诉人拖欠工程款导致施工工人无法按时领取工资，才会激化矛盾引发闹事，被上诉人并没有参与组织。并且该份证据与本案的工程款结算以及工程量计算也无关联。
四、证据四无原件核对，三性均有异议。该份《投标总价》显示的时间是2014年6月，有一份2013年最原始的《投标总价》，上诉人刻意隐藏并未提供。依据上诉人提交给被上诉人的施工《总平面图》，其中厂房面积就已经为5673.9㎡，被上诉人是按原始的施工总平面图做了厂房三层楼的地基，后因上诉人的原因厂房改建两层，但厂房的基础被上诉人已经按三层施工，实际工程量厂房已经超过4026.66㎡，所以上诉人主张厂房面积为3886.06㎡，显然是在歪曲事实。并且也正是因为双方仅对道路、水电、排污等分项工程的工程量和工程款存在争议，在一审法院的主持下才对有争议部分进行了鉴定评估，上诉人对此也是当庭表示同意认可的。上诉人在未依法向二审法院提请就涉案工程项目即厂房、办公室、道路、水电、排污等进行整体鉴定的情况下，通过否认未申请鉴定部分的工程量来否认涉案工程整体的实际施工总量，减少整体工程的工程款显然是没有事实与法律依据的。
五、对证据的关联性有异议。被上诉人是有资质的建筑施工单位，是《建设工程施工合同》的相对方，主体资格适格，上诉人应按合同的约定向被上诉人履行合同义务。且该份证据只能证明案外人黄林钊的委托事项内容，不能证明其就是涉案工程的实际施工人，其与本案无利害关系。
联友公司二审期间无新证据提交。
本院认为，上述证据有原件核实的，可以作为证据使用；没有原件核实，联友公司对其真实性亦不予认可的，不可以作为证据使用。
对一审查明的事实，国发公司提出以下异议：一、一审认定的完工时间是2014年5月28日有误。实际完工时间是2014年6月13日，进场施工时间是2013年12月初进场。进场原因是联友公司施工慢，且施工期间都是逼上诉人给钱，双方于2014年4月签订了进度协议。一审法院认定国发公司于2014年6月已实际使用办公楼，恰恰说明国发公司对厂房急用，并于6月13日交给国发公司使用。二、一审对联友公司诉状的说明不是法院查明事实。三、一审鉴定并非双方共同委托，是被上诉人进行的委托，国发公司只是配合法院选定鉴定机构，在没有起诉的时候国发公司找过鉴定公司，但是在司法鉴定方面没有委托。四、对绿化造价的鉴定不认同。五、对一审判决第13页第3段中“但联友公司认为逾期竣工的责任在于国发公司，且联友公司承建的涉案工程存在的问题已经修复完毕”不应当放在查明事实中。联友公司认为完成涉案工程的时间并非一审查明的2014年5月28日，而是2014年的4月25日。本院认为，双方对使用工程的时间有争议，联友公司主张为2014年4月25日，这与其起诉状的陈述相矛盾。但根据一、二审双方提交的证据来看，国发公司主张2014年6月13日为交付日期的更具有证据优势，本源予以采信。一审认定的时间缺乏证据支持，本院予以纠正。除此之外，一审查明的其他事实正确，本院予以确认。
综合双方诉辩意见，归纳本案的争议焦点为：一、联友公司的起诉是否符合法定程序；二、涉案工程的总造价应是多少；三、双方在履行合同中是否有违约行为，双方应否承担相应的违约责任。
针对第一个争议焦点即联友公司的起诉是否符合法定程序的问题。《建设工程施工合同》约定了双方就工程计价产生争议时可以提请广西区工程造价管理机构进行解释和认定，仍不服的可以向法院提起诉讼。本院认为，诉权是当事人的基本权利，任何人不能剥夺。对诉权的限制除了法律有明文规定的情形之外，合同有关诉权的限制约定不能强行要求合同任何一方遵守。本案中联友公司不选择依约提请广西区工程造价管理机构解释后就起诉是其行使诉权的自由，并未违反法律、行政法规的强制性规定，本院予以支持。
针对第二个争议焦点即涉案工程的总造价是多少的问题。《建设工程施工合同》约定厂房和办公楼的计价方式为单价包干，但对施工面积双方存有争议。由于双方确认工程已经竣工交付，则厂房和办公楼的施工面积应有竣工图予以明确。在案证据显示，2015年11月13日联友公司制作了《竣工图》，该图经国发公司和广西城市设计有限公司盖章确认。《竣工图》上记载厂房的施工面积为3886.06㎡，办公楼的施工面积为1047.8㎡，上述面积为双方确认的施工面积，应予以确认。联友公司抗辩厂房面积超过4026.66㎡，但没有提交证据证实，本院不予采信。则厂房造价为3886.06㎡×1200元=4663272元，办公楼造价为1047.8㎡×1300=1362140元。一审法院以双方未能确认实际施工面积则为由而采用合同估算价6179000元不当，本院予以纠正。对于室外道路、排污排淤、室外水电、绿化带、室外消防、签证单、图纸注明室内增加及变更等争议工程，达华公司出具编号为DHSFJD1705《司法鉴定》明确上述工程应按照施工内容分别计价。国发公司虽对上述结论提出异议，但未能提供证据推翻报告的真实性、合法性，对其主张本院不予支持。则室外道路、排污排淤、室外水电、绿化带、室外消防、签证单、图纸注明室内增加及变更工程的造价应另行计价为773185.92元。四张签证单30250元国发公司在提起上诉后，表示认可该费用，本院予以确认。除此之外，双方没有异议的材料价差50000元，本院亦予以确认。综上，涉案工程的总造价应为4663272元+1362140元+773185.92+30250+50000=6878847.92元。
针对第三个争议焦点即双方在履行合同中是否有违约行为，双方应否承担相应的违约责任的问题。
（一）支付工程款的问题。《建设工程施工合同》约定竣工验收合格后一个月内双方办理完成结算审计并支付总价的95%。因国发公司在未经验收就提前使用，依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条第三款“发包人擅自使用未竣工验收工程，竣工日期提前至移转占有之时”的规定，讼争工程转移占有之日为竣工日期。国发公司抗辩即使交付视同竣工，但不等于验收合格，联友公司要求支付工程款的条件仍未成就。本院认为，《中华人民共和国建筑法》第六十一条：“建筑工程竣工经验收后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。”及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条：“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。”的规定，表明在建设工程未经过竣工验收或者验收未通过的情况下，发包人违反法律规定，擅自或强行使用，即可视为发包人对建筑工程质量是认可的，或者虽然工程质量可能不合格但其自愿承担相应的质量责任。因此，工程交付之日视同工程竣工验收合格之日，国发公司的抗辩不符合法律规定，联友公司要求支付工程款的主张合法有据应予支持。对于交付日期双方亦存在争议，联友公司主张涉案工程于2014年5月28日全部交付使用，国发公司抗辩涉案工程全部交付日期为2014年6月13日。因涉案工程的交付双方没有制作交接清单，本院仅能从双方提供的其他证据进行分析。联友公司认为工业园区的会议纪要可以证实，但未能提供该证据予以证实。国发公司提供了讼争项目的监理公司即广州穗峰建设工程监理有限公司北海分公司提供的《工程监理月报》，2014年5月的《工程监理月报》记载办公楼和厂房的工程基本完成，室外工程需加快进度。对办公楼、厂房进行缺陷修补和质量整改，督促施工单位加快项目收尾进度。2014年6月的《工程监理月报》显示该月完成室外配套工程及绿化种植，厂房、办公楼完成室内垃圾清理、清洁和其他零星工程，厂房电气安装工程施工完成。因雨天影响，该月计划的竣工验收事宜未能开展。从上述记录可知，2014年6月厂房、办公楼工程的施工才全部完成，才存在可以交付的基础，因此，国发公司的抗辩更符合实际情况，本院予以支持。讼争工程的交付日期为2014年6月13日，一审认定为2014年5月28日缺乏证据支持，本院予以纠正。依约国发公司应在2014年6月13日后一个月内支付总价的95%，即6878847.92×95%=6534905.524元，国发已付款为6500000元，则未付款为34905.524元。国发公司至今未向联友公司支付存在逾期付款违约行为，应承担逾期付款的违约责任。《建设工程施工合同》约定逾期付款应支付未付款项的0.01%/天向承包人支付违约金，则国发公司应在2014年7月13日内以34905.524元为基数，按日利率0.01%的标准向联友公司支付违约金，但联友公司主张违约金的计算从2015年4月9日开始，本院予以支持。
（二）交付工程的问题。国发公司反诉称双方签订的《协议书》明确工程最迟要在2014年5月30日全部交付，而联友公司迟延至2014年6月13日才交付全部工程，存在逾期交付工程的违约行为。本院认为，《协议书》所附的《北海国发医药物流园工程施工进度表》明确2014年4月2日至2014年5月30日的具体施工进度，并要求2014年5月30日前全部完工交付验收使用（除绿化）。但根据联友公司提供的2014年4月24、5月8日、5月19日、5月20日四张签证单记载，国发公司在《协议书》约定的施工进度内仍存在要求设计变更及工程改建的问题。即使二审根据双方举证情况确定工程交付的时间为2014年6月13日，由于联友公司存在合理的迟延交付事由，不能要求联友公司仍在约定的2014年5月30日前交付除绿化外的其他工程。国发公司反诉联友公司逾期交付工程的事实和法律依据不足，本院不予支持。
（三）支付维修费用的问题。国发公司上诉称交付的工程存在质量问题，所产生的348988.5元预算维修费应在质量保修金中予以扣除。本院认为，根据2014年12月23日《北海国发医药物流园项目工程竣工内部验收会议纪要》记载，双方确认交付的工程存在渗水和裂缝等其他质量问题，合同约定防水工程保修期为5年，国发公司主张的质量问题仍在保修期限内，应由联友公司负责维修。根据《建设工程质量管理条例》第三十九条：“建设工程实行质量保修制度。建设工程承包单位在向建设单位提交工程竣工验收报告时，应当向建设单位出具质量保修书。质量保修书中应当明确建设工程的保修范围、保修期限和保修责任等”规定，竣工验收合格开始计算工程质量保修期，即工程竣工验收合格并不能免除联友公司在保修期内应承担的质量保修责任，一审认为工程交付后发包人不能主张质量问题属适用法律错误，本院予以纠正。联友公司认为其已经完成了上述维修义务，不需要支付任何维修费用，但未能提供相应的证据予以证实，本院不予采信。依约联友公司在经通知不维修后，国发公司可以委托他人维修。但至今国发公司并未委托他人维修，而是委托案外公司制作了《天面防水改造工程预算书》拟证明修复上述质量问题的预算费用，因该费用联友公司不予认可，费用亦未实际产生，故国发公司要求联友公司在本案支付或者在质量保修金内扣除该费用依据不足，本院不予支持。
（四）返还质量保修金的问题。《建设工程施工合同》约定质量保修金为工程结算总价的5%，则本案的质量保修金为6878847.92×5%=343942.396元。合同还约定，质量保修金在发包人在工程竣工验收合格之日起满一年后14天内将保修金一次性返回给承包人。如前所述，讼争工程在交付之日即等同于竣工验收合格之日，工程于2014年6月13日交付，则国发公司依约应在2015年6月13日-2015年6月27日内将保修金343942.396元一次性返还联友公司。国发公司至今未返还，应承担一次性返还的责任。
综上所述，一审查明基本事实正确，但适用法律部分有误，导致实体判决错误，本院予以纠正。国发公司的上诉主张部分合法有据，本院对该部分予以支持。依照《中华人民共和国建筑法》第六十一条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三、十四条，《建设工程质量管理条例》第三十九条以及《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第（二）款规定：
一、维持北海市海城区人民法院（2016）桂0502民初500号民事判决的第三、四、五项；
二、变更北海市海城区人民法院（2016）桂0502民初500号判决第一项为：上诉人北海国发海洋生物产业股份有限公司支付工程款34905.524元及违约金（违约金计算：以34905.524元为计算基数，按日利率0.01%的标准，自2015年4月9日起计算至付清款项之日止）给被上诉人广西联友建设工程有限公司；
三、变更北海市海城区人民法院（2016）桂0502民初500号判决第二项为：上诉人北海国发海洋生物产业股份有限公司返还质量保证金343942.396元给被上诉人广西联友建设工程有限公司。
一审本诉案件受理费26734元，反诉案件受理费10903元，鉴定费用37376元，鉴定人出庭费1600元；二审案件受理费26734元，合计为103347元，由上诉人北海国发海洋生物产业股份有限公司负担52116.1元，广西联友建设工程有限公司负担51230.9元。
本判决为终审判决。
审 判 长 文 全
审 判 员 杨雪云
审 判 员 叶 萍
二〇一八年四月十日
法官助理 庞晓湖
书 记 员 曾 荣