贵州省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）黔高民初字第132号
原告：广厦建设集团有限责任公司。住所地：浙江省东阳市白云街道东义路***号*楼。
法定代表人：ＸＸ，该公司董事长。
委托代理人：ＸＸ前，贵州黔坤律师事务所。
委托代理人：袁仲锜，贵州黔坤律师事务所。
原告：广厦建设集团有限责任公司贵州分公司。住所地：贵阳市花溪大道北段***号**楼。
法定代表人：吴海潮，该公司总经理。
委托代理人：ＸＸ前，贵州黔坤律师事务所。
委托代理人：袁仲锜，贵州黔坤律师事务所。
被告：都匀开发区天佑房地产开发有限公司。住所地：都匀开发区。
法定代表人：陈贵阳，该公司经理。
委托代理人：张凌，贵州玉顺律师事务所。
广厦建设集团有限责任公司（以下简称广厦集团公司）、广厦建设集团有限责任公司贵州分公司（以下简称广厦贵州分公司）诉都匀开发区天佑房地产开发有限公司（以下简称都匀天佑公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，于2016年9月23日对本案进行了公开审理，原告广厦集团公司、广厦贵州分公司委托代理人ＸＸ前、袁仲锜，被告都匀天佑公司经理陈贵阳、委托代理人张凌到庭参加诉讼，本案现已审理终结。
广厦集团公司、广厦贵州分公司诉讼请求：1.判决被告向原告立即支付其所欠工程款13474821.05元；2.判决被告向原告立即返还5号楼工程保修金753336.45元（5号楼工程结算总价37666822.50元*2%=753336.45元）；3.判决被告向原告立即返还履约保证金200万元；4.判决被告向原告立即支付工程款逾期付款违约金6791309.8元（工程款以13474821.05元为基数，按每天1‰计，从2014年5月1日起暂算至2015年9月15日，共504天，计算到被告付清欠款为止）；5.判决被告向原告立即支付5号楼工程保修金逾期付款违约金104713.77元（5号楼工程保修金以753336.45元为基数，按每天1‰计，从2015年5月1日起暂算至2015年9月15日，共139天，计算到被告付清欠款为止）；6.判决被告向原告立即支付履约保证金逾期付款违约金100.8万元（履约保证金以200万元为基数，按每天1‰计，从2014年5月1日起暂算至2015年9月15日，共504天，计算到被告付清欠款为止）；7.案件受理费及保全相关费用由被告承担。
主要事实及理由：2010年3月16日，原告广厦集团公司与被告都匀天佑公司签订了《建设工程施工合同》（丽景天城3号楼），合同约定由原告负责施工位于都匀市开发区龙山大道与207国道交汇的“都匀市丽景天城3号楼”工程项目。2012年5月18日，勘查、设计、施工、监理、建设单位对“都匀市丽景天城3号楼”工程项目进行了竣工验收，并评定为合格工程。2011年4月11日，原告与被告签订了《建设工程施工合同》（丽景天城5号楼），合同约定由原告负责施工位于都匀市开发区龙山大道与207国道交汇的“都匀市丽景天城5号楼”工程项目。2014年4月25日，“都匀市丽景天城5号楼”工程项目竣工并经建设、施工、勘察、设计、监理、质检单位验收，评定为合格工程。2014年1月13日，原告与被告签订了《协议书》，对都匀市丽景天城3号楼、5号楼工程项目进行了结算，协议约定“四、甲、乙双方对丽景天城3#楼、5#楼工程不再另行进行决算，以本协议一、二条约定的总价为74426978.58元。、五、甲方将丽景天城3#楼、5#楼工程应支付给乙方工程款（5#楼的工程保修金一年内归还）于2014年4月30日前一次性结清给乙方，如果甲方不能按时支付，承担每天1‰的违约金。七、乙方交甲方履约保证金200万元，在2014年4月30日前退回，如不退还，甲方愿承担每天1‰的违约金。”自都匀市丽景天城3号楼、5号楼工程项目结算以来，截至目前，被告一直拖欠原告工程款13474821.05元，5号楼工程保修金753336.45元,履约保证金200万元，经原告多次催告，被告均以各种理由推诿、拒绝支付,给原告造成了巨大的损失。
被告都匀天佑公司答辩认为：1、原被告双方合同关系没异议，造成工程款没有结算的原因是被告造成，5号楼没有进行竣工验收，进行备案登记，责任在原告，原告违约在先。2、原告的施工款计算有误，项目经理黄云汉为了解决农民工工资，我方已向他的账户打了350万元给黄云汉，原告没有计算在内。3、原告诉请3、4、5没有法律依据。
广厦集团公司、广厦贵州分公司为支持其诉讼主张，向本院提交如下证据：
第一组证据：原、被告身份信息共七份，证明原、被告民事主体及诉讼主体资格均合法有效。
被告质证意见为：对三性均予以认可。
第二组证据：《建设工程施工合同》（丽景天城3号楼）、《建设工程施工合同》（丽景天城5号楼），证明原被告双方的合同权利义务。
被告质证意见为：真实性无异议，有一部分支付给员工的工资由当地政府支持打给黄云汉，应该计算在内。
第三组证据：丽景天城3号楼的《竣工验收备案表》、《3#楼竣工资料移交清单》，证明原告施工建设的丽景天城3号楼经被告等多方验收合格，并将所有竣工资料交付被告。
第四组证据：丽景天城5号楼的《建设工程竣工验收会议记录》、竣工资料移交的《卷内目录》，证明原告施工建设的丽景天城5号楼经被告等多方验收合格，并将所有竣工资料交付被告。
被告对两组证据的质证意见为：真实性没有异议，3#号楼可以确认已经验收，5#楼没有收到原始资料，资料不齐，导致没有备案登记，产权证没有办到，就不认可验收。
第五组证据：《关于我司“丽景天城”5号楼申请组织竣工验收的报告》，证明1、5#楼已经完工；2、建设方天佑房开已经对5#楼进行了初验；3、竣工验收的组织方是天佑房开。
被告质证意见为：真实性无异议，《合同》通用条款三十二条，明确约定的合同责任是承包人，不能转移合同责任。
第六组证据：2014年1月13日签订的《协议书》，证明原被告对丽景天城3号楼、5号楼工程项目进行竣工结算，确认结算总价为74426978.58元、履约保证金200万元及相应违约责任。
被告质证意见为：对真实性、合法性、关联性没有异议，对证明目的也没有异议。需要注意《协议书》第三条合同义务的约定。
原告方第七组证据：《丽景天城项目进账明细》及相关收款凭证，证明被告至今拖欠原告工程结算款13474821.05元，已付工程结算款为60198821.06元。补充一点，从银行回执凭证可以看出，收到的多笔款项都是我方的同一个账户收取的。
被告质证意见为：对真实性没有异议，但是少算了三笔钱，2011年1月19日支付给黄云汉150万元，2011年1月19日支付给李唯良50万元，2011年1月20日支付给李唯良150万元。
第八组证据：2015年2月6日原被告之间的签订的《协议》，证明天佑房开拖欠工程款，造成我方的损失。
被告质证意见为：对真实性没有异议，但是与本案无关。
本院认证意见为：依照《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六十四条、第六十六条、第七十条、第七十二条第一款之规定，被告方对原告方提供的证据的真实性各方均无异议，本院予以确认。就双方在证明目的上有争议的第四、五、七、八组证据，分别认证如下：
第四组证据的证明目的问题，本院认为，丽景天城5号楼的《建设工程竣工验收会议记录》的真实性被告方无异议，从该证据的内容来看，2014年4月25日，各方已经对项目进行了验收，据此可以认定丽景天城5号楼已完成了竣工验收的事实，是否完成备案登记并不改变各方对竣工验收结果的认可。
第五证据的证明目的问题，本院认为，第四组证据已经明确丽景天城5号楼已完成了竣工验收的事实，故对本组证据的证明目的问题不再赘述。
第七组证据的证明目的问题。因涉及被告第二组证据，本院在对被告证据的认证中综合论述。
第八组证据的证明目的问题，本院认为，本组证据反映了被告代为支付原告的工人工资问题，并不能完全反映原告的损失及具体数额，也与原告的具体诉讼请求内容无关，故对本组证据的证明目的，本院不予采信。
被告都匀天佑公司为证实其主张向本院提交下列证据：
第一组证据：5号楼的施工合同，证明目的办理竣工验收义务是承包方，施工中未能完成该义务。
第二组证据：代为支付民工工资的350万元的支付凭证，证明已经向原告支付了一定的款项，应该计算在内。
原告质证意见为：对第一组证据合同真实性、合法性没有异议，不认可证明目的，竣工验收的主体是建设方。对第二组证据真实性认可，与本案无关，1、李维良是什么人，我方不清楚，被告支付的款项是什么性质的款项也不清楚，2、原被告双方在《合同》中对支付的履行方式是约定的很清楚，在《合同》中第二十六条有明确约定。因此我方不认可350万是支付给原告的工程款。
本院认证意见为：依照《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六十四条、第六十六条、第七十条、第七十二条第一款之规定，被告提交的2份证据，原告方对真实性均无异议，本院予以确认，对证明目的问题，第一组证据，本院已在对原告方的第四组证据的认证意见阐述清楚，不再赘述。对第二组证据的证明目的，本院认为，该组证据中的《收条》、广厦贵州分公司丽景天城项目部的多份《承诺书》均可反映出都匀天佑公司借支黄云汉350万元，且该借支行为获得了广厦贵州分公司的指令，以作为工程款项以支付民工工资的事实，故该350万元应从广厦贵州分公司的应得工程款中予以抵扣。
结合双方诉辩请求，双方举证、质证和本院认证情况，本院确认以下案件事实：
2010年3月16日，都匀天佑公司为发包人，广厦集团公司为承包人，签订了《建设工程施工合同》，双方约定：1、工程名称为都匀市丽景天城3号楼。2、工程地点：贵州省都匀市开发区龙山大道与207国道交汇。3、工程内容：房屋建筑，建筑面积25688㎡，地下一层地上三十层，框剪结构。4、工程承包范围：设计施工图纸内的土建、水电安装工程。5、合同工期：开工日期2010年3月20日，竣工日期2011年5月30日，合同工期总日历天数435天。6、质量标准：达到《建筑工程施工质量验收规范》的合格标准。7、合同价款：金额（大写）贰仟贰佰陆拾万元整（人民币），￥22600000.00元。合同的专用条款约定：1、第一条第7款约定项目经理为赵余敏、黄云汉。2、第六条第23款第（2）项约定本合同价款采用可调价格方式确定。（1）合同价款计取：土建和水电执行贵州省2004定额，并执行与之相关的调价文件；承包方除主材（钢筋、水泥、木材）和税金外下浮3%优惠发包人。（2）合同价款调整：允许调价的材料为钢材、水泥、木材、砂石、石灰膏、水电等相关材料；所有允许调价的材料均按现场双方确认的签证为依据进行调整，并进入决算，采购保管费用按贵州省有关规定计算。3、第六条第26款约定工程款（进度款）支付的方式和时间，发包人工程款支付必须汇入承包人指定账户，否则承包人不予认可。此外，合同的通用条款及专用条款对履约保证金的交纳、违约责任等进行了约定。
2011年4月11日，都匀天佑公司为发包人，广厦集团公司为承包人，签订了《建设工程施工合同》，双方约定：1、工程名称为都匀市丽景天城5号楼。2、工程地点：贵州省都匀市开发区龙山大道与207国道交汇。3、工程内容：房屋建筑，建筑面积25837㎡，地下一层地上三十层，框剪结构。4、工程承包范围：（1）发包人提供设计施工图范围土建、水电安装工程（建筑给水与排水和电线路）的包工包料。（2）不包括发包人另行发包的如下分部分项工程（另行发包的分部分项工程仍由承包人总承包管理）：a、智能化系统及设备安装工程（含单元门安装）；b、电梯安装；c、消防安装；d、二次给水系统的泵房内系统设备及设施安装工程；e、外墙漆、门窗及阳台栏杆扶手安装工程。5、合同工期：开工日期为取得《施工许可证》，按批准的开工令日期，竣工日期待定，合同工期总日历天数435天。6、质量标准：达到《建筑工程施工质量验收规范》的合格标准。7、合同价款：金额（大写）贰仟陆佰万元（人民币），￥26000000.00元。合同的专用条款约定：1、第一条第7款约定项目经理为赵余敏、黄云汉。2、第六条第23款第（1）项、第（2）项约定本合同价款采用可调价格方式确定。（1）计算依据及标准：按2004年《贵州省建筑工程计价定额》、《贵州省装饰装修工程计价定额》、《贵州省安装工程计价定额》及定额解释和相关配套文件计算；承包人除主材（钢筋、水泥、木材）和税金外下浮16.6%优惠发包人。（2）合同价款调整：允许调价的材料为钢材、水泥、木材、砂石、石灰膏、水电等相关材料；所有允许××材料均按贵州省《贵州省建筑工程造价信息》都匀地区上披露的同期价格进行加权（以时间为权数）平均计算，且该价格为最终结算价。当出现《贵州省建筑工程造价信息》中缺项材料或设备时，按照发包人签证价执行。3、第六条第26款约定工程款（进度款）支付的方式和时间，发包人工程款支付必须汇入承包人指定账户，否则承包人不予认可。4、第九条约定工程在具备竣工验收标准条件后，承包人向发包人提供完整竣工资料及竣工验收报告，发包人组织有关单位验收，承包人负责收集汇总分包人资料，并报送有关部门，通知分包人做好竣工验收准备工作，组织项目整体验收工作，工程竣工验收合格后，竣工资料交发包人审查合格后开始办理结算。双方在竣工验收合格承包人提供壹套完整的结算资料后2个月内办理完结算，承包人在质量监督站办理完工程竣工备案表交发包人后15日内，发包人按结算总价扣除已付工程款和结算总价2%的质量保证金后，付清剩余工程款。此外，合同的通用条款及专用条款对履约保证金的交纳、违约责任等进行了约定。
2012年5月18日，都匀天佑公司、贵州有色地质工程勘察公司都匀分公司、中国华西工程设计建设有限公司、广厦贵州分公司、贵阳新宇建设监理公司在《贵州省建设工程竣工验收备案表》上签章，载明：1、工程名称：丽景天城3号楼。2、开、竣工日期：开工2010年3月20日，竣工2011年5月30日。3、竣工验收日期：2012年5月18日。4、施工图审查意见：合格。
2014年1月13日，广厦贵州分公司与都匀天佑公司就丽景天城项目3号、5号楼工程结算及解决农民工资问题签署了《协议书》，双方约定：1、以设计图纸中的建筑面积为依据，参照贵州工程造价信息和3#楼建设标准，确定5#楼的工程结算的总价为：27901.35㎡×1350元/㎡=37666822.50元（5#楼总建筑面积为27901.35㎡，其中地上建筑面积25867㎡。地下室建筑面积2064.35㎡，1350元/㎡为乙方所施工全部工程内容的总价包干）。2、3#楼工程按照土建部分结算价33795549.52元和3#楼及一期地下室水电安装部分结算价2964606.06元进行工程结算，结算总价为36760155.58元。3、乙方保证在2014年1月18日前5#楼工程全部完工并在14年3月15日前竣工验收合格，如不能如期完工并如期验收合格，乙方每日按照本协议第四条约定的总造价的万分之二向甲方支付违约金。4、甲、乙双方对丽景天城3#楼、5#楼工程不再另行进行决算，以本协议一、二条约定的总价为74426978.58元。5、甲方将丽景天城3#楼、5#楼工程应支付给乙方工程款（5#楼的工程保修金一年内归还）于2014年4月30日前一次性结清给乙方，如果甲方不能按时支付，承担每天1‰的违约金。6、2014年春节前，涉及支付农民工工资的问题由乙方协助解决。7、乙方交甲方履约保证金200万元，在2014年4月30日前退回，如不退还，甲方愿承担每天1‰的违约金。
2014年4月25日，都匀天佑公司、贵州有色地质工程勘察公司都匀分公司、中国华西工程设计建设有限公司、广厦贵州分公司、贵阳新宇建设监理公司在《建设工程（竣工）验收会议记录》上签章，质检单位都匀市质安站签字，载明：1、工程名称：丽景天城5号楼。2、验收时间：2014年4月25日。上述单位在验收意见中均签署了同意验收等内容。
另查明，2010年12月21日至2014年1月21日期间，都匀天佑公司以转账方式向广厦集团公司、广厦贵州分公司支付工程款共计60198821.06元。
2011年1月19日，广厦贵州分公司丽景天城项目部出具《承诺书》，内容为：今有广厦建设集团贵州分公司丽景天城项目部向都匀市天佑房地产开发有限公司领取工人工资款叁佰伍拾万元整，请打入黄云汉工行卡，（卡号：黄云汉身份证号码），于2011年4月前还回，与广厦建设集团贵州分公司账做平。所有责任与天佑房产公司无涉。
同日，案外人黄云汉出具《收条》，内容为：今收到都匀天佑房地产开发有限公司工人工资款350万元整，大写：叁佰伍拾万元整。
都匀天佑公司以转账支票方式向本案工程项目经理黄云汉支付工程款150万元、向案外人李维良支付工程款50万元。2011年1月20日，都匀天佑公司以转账支票方式向案外人李维良支付工程款150万元。
2012年7月25日，广厦贵州分公司丽景天城项目部出具《承诺书》，内容为:今有广厦建设集团贵州分公司丽景天城项目部向都匀市天佑房地产开发有限公司领取工人工资款叁佰伍拾万元整，蔡国中身份证号：（330724196302281411）。此款须与广厦建设集团贵州分公司财务账目做平。
同日，广厦贵州分公司丽景天城项目部出具《借款转让》，内容为：2011年元月19日，由广厦建设集团贵州分公司都匀丽景天城项目部黄云汉借到天佑房地产开发有限公司工人工资款，叁佰伍拾万元整现转入广厦建设集团贵州分公司丽景天城项目部蔡国中工程款支付，望天佑公司同意为盼。在该份文件上，手写加注蔡国中身份证号码。都匀天佑公司签署意见为：同意将黄云汉借款转为蔡国中借款。
本案工程已交付都匀天佑公司使用。
综合双方诉辩情况，本案的争议焦点归纳如下：1、本案所涉的丽景天城项目5号楼是否达到工程款支付条件；2、都匀天佑公司欠付的工程款、保修金、履约保证金的数额；3、都匀天佑公司应否支付欠付工程款、保修金及履约保证金的违约金及其数额。
对于第一个争议焦点即本案所涉的丽景天城项目5号楼是否达到工程款支付条件的问题。本院认为，本案中已具备工程款支付条件。理由：本案中，双方2011年4月11日的关于丽景天城5号楼《建设工程施工合同》约定的结算条款为：“工程在具备竣工验收标准条件后，承包人向发包人提供完整竣工资料及竣工验收报告，发包人组织有关单位验收，承包人负责收集汇总分包人资料，并报送有关部门，通知分包人做好竣工验收准备工作，组织项目整体验收工作，工程竣工验收合格后，竣工资料交发包人审查合格后开始办理结算。双方在竣工验收合格承包人提供壹套完整的结算资料后2个月内办理完结算，承包人在质量监督站办理完工程竣工备案表交发包人后15日内，发包人按结算总价扣除已付工程款和结算总价2%的质量保证金后，付清剩余工程款”，从本院审理查明的事实可知，2014年1月13日，广厦贵州分公司与都匀天佑公司就丽景天城项目3号、5号楼工程结算及解决农民工资问题签署了《协议书》第4条约定：甲、乙双方对丽景天城3#楼、5#楼工程不再另行进行决算，以本协议一、二条约定的总价为74426978.58元。双方于2012年5月18日、2014年4月25日对案涉的3号楼、5号楼进行了工程竣工验收，至于都匀天佑公司主张原告为按合同约定提供竣工验收备案表故达不到支付条件的辩解，本院认为，案涉的丽景天城5号楼实质性的竣工验收已经完成，竣工验收备案工作属于程序性的报备行为，依照《建设工程质量管理条例》第四十九条第一款“建设单位应当自建设工程竣工验收合格之日起15日内，将建设工程竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或者准许使用文件报建设行政主管部门或者其他有关部门备案”之规定，对竣工工程报备的主体为建设单位，故对被告的抗辩不予支持。综上，本案案涉工程已经达成工程款支付条件。
关于第二个争议焦点即都匀天佑公司欠付的工程款、保修金、履约保证金的数额的问题。
首先，关于欠付工程款的数额问题。本院认为，如前所述，本案案涉工程已经达到支付条件，都匀天佑公司应依照双方协议约定支付工程价款，双方2014年1月13日的《协议书》中对丽景天城项目3号楼、5号楼工程总价款明确为74426978.58元，另根据本院查明的事实，双方无争议的已付工程价款为60198821.06元，对于双方争议的都匀天佑公司借支给黄云汉350万元的性质问题，本院已在对证据的认证意见中认定为都匀天佑公司向广厦贵州分公司的工程款支付，故本案中，都匀天佑公司尚欠的工程款为74426978.58元－60198821.06元－350万元=10728157.52元。
其次，关于保修金数额问题。本院认为，依照双方2011年4月11日关于丽景天城5号楼的《建设工程施工合同》第九条约定“工程在具备竣工验收标准条件后，承包人向发包人提供完整竣工资料及竣工验收报告，发包人组织有关单位验收，承包人负责收集汇总分包人资料，并报送有关部门，通知分包人做好竣工验收准备工作，组织项目整体验收工作，工程竣工验收合格后，竣工资料交发包人审查合格后开始办理结算。双方在竣工验收合格承包人提供壹套完整的结算资料后2个月内办理完结算，承包人在质量监督站办理完工程竣工备案表交发包人后15日内，发包人按结算总价扣除已付工程款和结算总价2%的质量保证金后，付清剩余工程款”之约定，保修金为工程总价款的2%。另依照双方2014年1月13日的《协议书》第五条“5、甲方将丽景天城3#楼、5#楼工程应支付给乙方工程款（5#楼的工程保修金一年内归还）于2014年4月30日前一次性结清给乙方，如果甲方不能按时支付，承担每天1‰的违约金”，案涉的5号楼工程竣工验收时间为2014年4月25日，应退保修金时间为2015年5月26日。故保修金应计算在工程价款中一并予以支付，而本院在第一个争议焦点中已经就所有的工程价款进行了计算，故对于原告要求再行返还工程保修金的诉讼请求不予支持，所涉及的工程款利息分段计算问题在第三个争议焦点中予以论述。
第三，关于履约保证金的问题。本院认为，依照双方2014年1月13日的《协议书》第七条“乙方交甲方履约保证金200万元，在2014年4月30日前退回，如不退还，甲方愿承担每天1‰的违约金”之约定，都匀天佑公司应在2014年4月30日前退还履约保证金200万元，但从双方确认的工程已付款项中并未有退还履约保证金的事实，故依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款“当事人应当按照约定全面履行自己的义务”之规定，都匀天佑公司应当退还履约保证金200万元。
关于第三个争议焦点即都匀天佑公司应否支付欠付工程款、保修金及履约保证金的违约金及其数额的问题。
本院认为，结合本院第一个争议焦点和第二个争议焦点的论述，都匀天佑公司尚欠的工程款项为10728157.52元，依照双方2014年1月13日的《协议书》第五条“5、甲方将丽景天城3#楼、5#楼工程应支付给乙方工程款（5#楼的工程保修金一年内归还）于2014年4月30日前一次性结清给乙方，如果甲方不能按时支付，承担每天1‰的违约金”之约定，都匀天佑公司未在约定的期间内支付原告剩余工程价款，依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款“当事人应当按照约定全面履行自己的义务”、第一百零七条“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任”、第一百一十四条第二款“约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少”之规定，本案中，都匀天佑公司未按照双方协议约定足额支付工程价款及退还履约保证金，应依照双方协议约定承担违约责任。庭审中，被告虽申请本院对违约金进行调减，但并未提供违约金过分高于实际损失的证据予以佐证，故对于被告要求调减违约金数额的辩解，本院不予支持。另，根据双方协议的约定，丽景天城5号楼的工程保修金753336.45元（37666822.50元×2%=753336.45元）退还时间为2015年5月26日，则都匀天佑公司尚欠的工程款项为10728157.52元的违约金应按照如下基数计算：2014年5月1日起按照10728157.52元－753336.45元=9974821.07元，2015年5月1日起按照10728157.52元计算。
其次，关于保修金的违约金问题。结合本院前面的论述，保修金已经计算入工程欠付款项并计算违约金，对原告此项诉讼请求，本院不予支持。
第三，关于履约保证金的问题。如前本争议焦点第一部分的论述，对履约保证金的违约金不予调整，则依照双方2014年1月13日的《协议书》第七条约定，都匀天佑公司应从2014年5月1日起按照每日1‰支付违约金。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十二条之规定，判决如下：
一、都匀开发区天佑房地产开发有限公司在本判决生效后15日内支付广厦建设集团有限责任公司工程款10728157.52元及违约金（违约金从2014年5月1日起以9974821.07元为基数按每日1‰计算至2015年4月30日，2015年5月1日起以10728157.52元为基数按每日1‰计算至本院确定的履行期限届满之日止）；
二、都匀开发区天佑房地产开发有限公司在本判决生效后15日内退还广厦建设集团有限责任公司履约保证金200万元并承担违约金（违约金以200万元为基数，从2015年5月1日起按每日1‰计算，截止日期为本院确定的履行期限届满之日）；
三、驳回广厦建设集团有限责任公司、广厦建设集团有限责任公司贵州分公司的其他诉讼请求。
一审案件受理费162460.91元，由广厦建设集团有限责任公司、广厦建设集团有限责任公司贵州分公司负担20000元，由都匀开发区天佑房地产开发有限公司负担142460.91元。财产保全费5000元，由都匀开发区天佑房地产开发有限公司负担。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于最高人民法院。
审 判 长 伍静
审 判 员 罗二
代理审判员 田宇
二〇一七年二月十五日
书 记 员 黄义