河南省安阳市文峰区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）豫0502民初2209号
原告：河南龙达建设集团有限公司，住所地安阳市文峰区邱家沟19号，现经营地安阳市高新区弦歌大道西段科创大厦五楼。
法定代表人：李昀龙，职务：董事长。
委托诉讼代理人：刘海涛，河南勇为律师事务所律师。
被告：安阳市城房置业有限公司，住所地安阳市文峰区灯塔路与永明路交叉口东北角。
法定代表人：胡思哲，职务：董事长。
委托诉讼代理人：王永彬，河南上合律师事务所律师。
原告河南龙达建设集团有限公司诉被告安阳市城房置业有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院2017年7月11日立案受理后，依法适用简易程序公开开庭进行了审理。原告河南龙达建设集团有限公司及其委托诉讼代理人刘海涛，被告安阳市城房置业有限公司及其委托诉讼代理人王永彬到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告河南龙达建设集团有限公司向本院提出诉讼请求：1.判令被告支付原告“香格里拉”小区22#楼工程款176478.51元及逾期付款违约金（违约金计算方法按年利率6%，计算至被告支付完毕之日止；分两笔计算，其中第一笔81060.44元从2015年2月5日起，第二笔质保金95418.07元，共计176478.51元；其中第二笔质保金分三个阶段计算，第一阶段2011年11月26日，基数66792.65元，第二阶段2012年11月26日，基数19083.61元，第三阶段2015年11月26日，基数9541.8元）；2、本案诉讼费由被告承担。事实与理由：2008年4月8日，原告与被告签订了一份《工程施工协议》，协议约定由原告施工承建被告开发的“香格里拉城市花园”小区的8#、10#、14#、16#、20#、22#楼的工程项目。协议签订后，因被告方的原因8#、10#、14#楼未让原告施工，16#、20#楼的工程款在工程完工后双方进行了工程结算。22#楼于2010年11月26日通过了竣工验收，2014年12月5日被告委托河南齐越工程管理咨询有限公司对工程造价进行了审核，审定的22#楼工程造价为3180602.47元，被告目前已付工程款为3004123.96元，尚欠176478.51元工程款原告多次催要被告至今未付。综上所述，原、被告之间的工程施工协议合法有效，双方均应按照协定约定履行，现在原告施工的22#楼工程已经施工完毕，工程造价也已确定，被告应当支付所欠工程款并承担逾期付款的违约责任，为维护原告的合法权利，原告特请求人民法院依法支持诉请。
被告安阳市城房置业有限公司辩称，1、本案工程款已经结清，答辩人不再欠原告任何款项，被告已经支付3104123.96元，剩余款项已经用于支付审计费、垃圾清运费、工程质量维修使用；2.原告的起诉已经超过诉讼时效，根据原告诉请中的时间支付节点至原告起诉之日，早已超过法律规定的两年时间，因此对其诉请应予驳回。
原、被告围绕诉讼请求提交了如下证据：原告提供的有工程施工协议、工程结算书、造价确认表、“香格里拉”22#楼收支明细、竣工验收意见、2016年4月20日发票。被告提供的有工程结算书（和原告一样，不再提交）、造价确认表（和原告一样，不再提交）及审计费的发票、补充协议、编号为01970511、01970512的发票、香格里拉工程建筑发票明细、编号为00696277的发票、及转账凭证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。
根据当事人陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：2008年4月8日，原告与被告签订了《工程施工协议》，协议约定由原告施工承建被告开发的“香格里拉城市花园”小区的部分工程项目，协议第七条约定3%作为工程保修金，工程保修为五年，竣工验收满一年退还保修金70%，两年退还20%，五年退还10%。2008年5月20日，原、被告又签订了《建设工程施工合同》，约定由原告施工承建被告开发的“香格里拉城市花园”部分楼的工程项目，上述协议与合同中均包括22#楼，后22#楼于2010年11月26日通过了竣工验收，2014年12月5日河南齐越工程管理咨询有限公司对22#楼出具了审核造价确认表，该表显示送审造价3584936.64元，审定造价为3180602.47元，核减金额-404334.17元，核减率11.28%。2010年6月24日原、被告签订《补充协议》约定原告报审工程结算价与双方认定工程结算价误差在5%范围内，乙方不承担结算审核费；报审工程结算价与双方认定工程结算超过5%，超出部分乙方（本案原告）向甲方（本案被告）委托第三方按审减额的2.5%支付结算审核费。本案中按审定造价3180602.47元的3%即95418元是该工程的保修金。按《补充协议》约定的审核费承担比例，原告应承担审核费用为5627.18元=（404334.17元-3584936.64元*5%。）*2.5%。现被告方已支付给原告共计3104123.96元。
另查明，被告提供的农业银行转账支票存根，出票日期为2010年4月30日，金额为￥100000，用途为22#楼补偿款。编号为NO.0041774的收据二联单显示的内容是22#楼停工补偿款￥100000。其他相同的支付凭证用途均显示的是工程款。
本院认为，民事活动应当遵循自愿、公平、等价有偿、诚实信用原则。原、被告签订了施工合同、施工协议及补充协议，当事人应当按照合同约定全面履行自己的权利义务。原告已经完成了工程，被告应当支付工程款，至原告起诉时，保修金已超过了约定的五年，被告应该全部退还原告。根据2008年5月20日原、被告签订的《建设工程施工合同》第二条工程承包范围中约定内容显示，承包人（本案原告）作为本工程的总承包单位应负责总包单位的全部责任和义务，根据诚实信用原则，本院对被告辩称的垃圾清运费由原告负担，本院予以认可，但被告未提供垃圾清运费票据的证据，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据，没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果，故本案中扣除垃圾清运费3992元因为证据不足，本院不予采纳被告的意见。被告对审计费计算方法6132.6元=（404334.17-3180602.47*5%）*2.5%，本院认为是被告对补充协议约定的计算方法的误解，本院不予采纳。原告的计算方法与约定意思相符，故本院认为原告应当支付5627.18元的审计费用。根据原告提供的日期分别为2010年4月29日和2010年4月30日显示用途为22#楼补偿款100000元的票据，本院采信原告所述的因被告方停工，经原、被告协商被告支付给原告的停工损失费100000元，不应计算在工程款内的意见。被告支付给原告22#楼共计的3104123.96元，其中包括补偿款100000元，除去补偿款和审计费用，被告应再支付原告3180602.47元-（3104123.96元-100000元）-5627.18元=170851.33元。因2014年12月5日，原、被告双方对工程造价进行了认可，2016年4月20日，原告为被告开具了工程款的发票，本院对原告诉称的超过诉讼时效的意见不予采纳。对原告诉求的违约金计算方法按年利率6%，本院予以支持，但对原告诉求的第一个计算利息的基数81060.44元不予认可，应当以扣除了审计费的75433.26元为基数；对原告诉求质保金分三个阶段计算，第一阶段自2011年11月26日起，基数66792.65元，第二阶段自2012年11月26日起，基数19083.61元，第三阶段自2015年11月26日起，基数9541.8元的诉求，因原、被告《施工协议》第七条有关于质保金和退还比例的明确约定，故对原告该诉求，本院依法予以支持。
依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零九条、第二百六十九条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第六十五条规定，判决如下：
一、被告安阳市城房置业有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告河南龙达建设集团有限公司工程款170851.33元及逾期付款违约金（第一笔违约金以75433.26元为基数自2015年2月5日起，第二笔以66792.65元为基数自2011年11月26日起，第三笔以19083.61元为基数自2012年11月26日起，第四笔以9541.8元为基数自2015年11月26日起，以上违约金均以年利息6%计算至本判决实际履行之日止）；
二、驳回原告河南龙达建设集团有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费3830元，减半收取1915元，由被告安阳市城房置业有限公司负担。
如不服本判决，可以在本判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人或代表人的人数提出副本，上诉于河南省安阳市中级人民法院。
审判员 殷存霞
二〇一七年九月二十日
书记员 晁 丹