吉林省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）吉民终536号
上诉人（原审被告、反诉原告）：白山和丰置业有限公司，住所地吉林省白山市浑江区。
法定代表人：何亮，该公司董事长。
委托诉讼代理人：马力，北京盈科（长春）律师事务所律师。
委托诉讼代理人：刘怀伟，北京盈科（长春）律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：江苏南通二建集团有限公司，住所地江苏省启东市。
法定代表人：杨晓东，该公司董事长。
委托诉讼代理人：丁小建，男，1984年12月15日出生，汉族，该公司工作人员。
委托诉讼代理人：张治学，吉林龙达律师事务所律师。
上诉人白山和丰置业有限公司（以下简称和丰置业公司）因与被上诉人江苏南通二建集团有限公司（以下简称南通二建公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服吉林省白山市中级人民法院（2016）吉06民初3号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年10月31日立案后，依法组成合议庭，开庭进行了审理。上�人和丰置业公司的委托诉讼代理人马力，被上诉人南通二建公司的委托诉讼代理人丁小建、张治学到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
和丰置业公司上诉请求：一、撤销一审判决第五项，依法发回重审；二、上诉费由南通二建公司承担。
事实和理由：和丰置业公司在一审时提出反诉，反诉请求第一项是要求南通二建公司承担房屋维修费10万元。为此，和丰置业公司于2016年3月14日向一审法院递交了《工程质量鉴定申请书》，但一审法院没有委托司法鉴定机构对和丰置业公司申请鉴定事项进行鉴定。一审法院以和丰置业公司未在规定时间交纳鉴定费用而导致无法鉴定，应承担举证不能的法律后果为由，判决驳回和丰置业的该项反诉请求。在双方当事人没有选取鉴定机构前，一审法院无权要求和丰置业公司交纳鉴定费用�这一做法程序违法，剥夺了和丰置业公司的诉讼权利。
南通二建公司辩称，关于交纳鉴定费用一事，一审法院的认定并无不当，应驳回和丰置业公司的上诉请求。
南通二建公司向一审法院起诉请求：一、和丰置业公司支付其拖欠的工程款27,742,633.03元；二、承担欠款利息10,128,206.25（计算至2015年12月30日）；三、和丰置业公司承担本案诉讼费用。
和丰置业公司向一审法院反诉请求：一、南通二建公司承担房屋维修费10万元（最终以鉴定意见为准）；二、南通二建公司出具3400万元的工程款发票；三、南通二建公司提交完整的竣工验收备案资料（资料名称详见附件一）；四、反诉案件受理费和鉴定费由南通二建公司负担。
一审法院认定事实：2010年3月1日，和丰置业公司（甲方）与南通二建公司（乙方）签订《建设工程施工合同》，约定：一、工程名称：春江花园二期。三、工程承包方式及内容：1．乙方以包工、包料、包质量、包安全、包验收的方式承包；2．按甲方提供的施工图纸、设计文件、设计说明、设计变更、图纸会审记录等规定内容进行施工，除甲方明确直接发包工程外，均由乙方负责施工，具体内容如下：（1）建筑工程：土石方工程、基础工程（包括桩基础工程）、主体结构工程（含地下室）、砌筑工程、屋面工程、防水工程、门窗工程、楼地面工程、室内初装饰工程、室外装饰工程、外墙保温、外墙装饰工程、金属结构工程及其它等；（2）安装工程：电气系统、给排水、消防、采暖、通风系统，防雷系统等安装工程。五、施工工期：1．开工日期：现场具备开工条件后，以甲方发出的开工通知书内的开工日期为准；2�竣工日期：自开工日期之日起多层部分240天，高层部分490天；3．多层部分，2010年12月31日前一半工程（11栋）竣工完成；高层部分必须于2010年5月前开工；4．上述总工期、相应节点工期不含施工冬歇期，施工冬歇原则上控制在每年的11月1日至3月31日。六、工程进度款的确定及支付：1．乙方先期施工11栋多层部分及栋高层部分。多层、高层累计完成施工产值达到6千万时，甲方支付第一期进度款为完成总产值的70%；2．暂定单方平米造价（在双方正式预算未确定之前，涉及到进度款计算及工程造价的均按此执行）：多层结构一次结构含安装预埋工作按照每平750元，总造价按每平1200元；高层结构一次结构含安装预埋工程按照每平800元，总造价每平按1400元计算；地下室一次结构含安装预埋工作按照每平1800元计算；3．以后各期进度款支付：按月实际完成进度申报，乙方�在每月25日上报完成工程（包括已完工并且其补充预算已经审核的工程变更）形象进度申请表，监理单位在3个工作日内审核完毕并报甲方，甲方应在7天内审定并支付给乙方本期完成产值的70%；4．甲方应按本协议约定时间及时向乙方支付工程款，如甲方拖欠15个工作日后支付工程进度款，则每期未付款违约部分按每天2‰计算罚息至款付清止，若甲方拖欠二个月仍未能支付进度款，则按承建房产销售价的70%抵偿给乙方；5．工程达到初验条件或通过甲方、监理、乙方验收，则甲方支付乙方工程款至总造价的90%；6．竣工验收完毕后，甲方支付乙方工程款至总造价的97%；7．保修金支付：工程质量保修金为结算总造价的3%，甲方可用承建小区的房产抵偿。七、工程结算：1．合同暂定总价3.42亿元；4．因乙方垫资施工，甲方考虑乙方的各项投入，补偿乙方50�/平方米，该50元/平方米亦按当期进度款同比例支付乙方；6．如甲方在收到乙方决算书（决算资料齐全之日算起）之日的60天后未审计完毕，则此结算总价款暂时按照乙方提供的结算总价款执行。十、甲方分包项目：1．甲方指定分包工程，乙方除按以下标准收取配合管理费（含税金）外，不另外计取任何其它费用。甲方分包项目以分包结算总价格为计费基数，收取配合费6%。十二、临时设施费用：甲方提供施工现场电源及自来水接头，接至各现场的所有费用由乙方自行承担。施工用的水电费由乙方自行缴纳。
2010年3月6日，南通二建公司（乙方）与和丰置业公司（甲方）签订《建设工程施工合同补充条款》，约定：就甲、乙双方于2010年3月4日在和丰置业公司会议室签署的《建设工程施工合同》（详见合同）所例示的部分内容做补充说明。该说明为合同的补充部分，同原合同具有同等法律效力。一、第七条第2款结算依据：原合同条款为“工程量按《吉林省建筑、装饰工程消耗量定额》（2004年）、《吉林省建筑、装饰工程基价表》（2006年）及与之相关的有关文件执行，计价按照定额人工费（包括机械费中的人工费）调整为建筑、安装工程52元/工日，装饰工程62.5元/工日；定额机械费调整为原定额机械费的118%；定额材料费按照当地主管部门发布的分结构和装饰二个阶段的平均信息价格调整（如出现信息价格明显不合理的或造价信息中无材料价格的，按甲方签证价格为准），调整后的人工费+调整后的机械费+调整后的材料之和作为调整后直接工程费，调整后直接工程费取综合费率120%作为结算总价。考虑本项目工期较长，人工、机械单价如果吉林省有新的调价文件则按新文件单价执行。”�将其中的“调整后直接工程费取综合费率120%作为结算总价”内容改为“工程造价=调整后直接工程费×1.2，不再计取其他任何费用”，其他不变。二、第九条材料供应：第一条结算方式按甲方指定单价与工程量的乘积形成直接工程费，该项工程造价=直接工程费×1.2，不再计取其他任何费用。三、第十一条第一款保修期：执行《房屋建筑工程质量保证书》中约定的期限。
2010年10月25日，南通二建公司（乙方）与和丰置业公司（甲方）签订《建设工程施工合同补充条款二》,约定：甲方同意按乙方要求更改为：1．2010年开工多层，即三期2号、3号、8号、9号、15号、16号、18号、19号楼主体，完成甲方支付第一期进度款为完成产值的70%，2011年竣工后支付至暂定价的95%；2．其余新开工程乙方累计完成施工产值达到6千万时，甲方支付第一期进�款为完成产值的70%。
2011年3月10日的《施工现场签证单》载明：1．因为施工情况和材料、人工价格变化，南通二建公司要求和丰置业公司给予补贴，并对人工单价和材料信息价格进行调整。和丰置业公司予以确认。2．双方确认2号、3号、8号、9号、15号、16号、19号、20号楼在竣工初验后10天内支付造价的95%作为工程款；其余新开工楼号在开工四个月后的一周内按合同比例支付第一期工程款（即70%），其后按每月工程量的70%支付工程款。
2012年2月26日，白山市建设工程质量监督站向和丰置业公司发出《关于春江花园三期工程存在质量问题的整改通知》，第二条载明：针对以上质量问题，现提出如下要求：1．要求建设单位立即停止办理入户手续，已入户的立即清出现场。……。
2012�3月9日，南通二建公司向和丰置业公司出具的《工作联系单》载明：第三条、现已有住户进入现场，本着安全第一的原则禁止住户随意进出现场，2号、8号、15号、19号楼北侧及3号、9号、16号、20号楼南侧需搭设人行防护通道，望贵单位批准并提供经济估算单，如不进行搭设，监理、安检部门恐不允正常开工。第四条、现7号楼与14号楼之间原施工道路已被贵单位作为入住用户的通行道路，待裙房开始施工将处于无施工道路的状况，望贵单位提供适宜的施工道路。
2014年9月13日，南通二建公司与和丰置业公司签字确认的《白山春江花园二期结算审核报告》载明：双方核对审定结果如下，无争议部分合计结算造价为90,886,199元。有争议部分详见《白山春江花园结算问题》。《白山春江花园结算问题》载明：双方当事人对共性问题14项、高层部分4幢3项、多层部分16幢4项的屋面部分、天棚及其它5项等工程款存在争议。
南通二建公司认可截止2015年6月30日其已收和丰置业公司工程款总金额70,246,980元。
2011年7月19日的《白山和丰置业有限公司联系函（第10号）》记载：和丰置业公司同意确认新开工楼号5号、11号、14号、18号、22号、23号（23号楼没有实际施工，实际施工的是33号楼），定额工日单价增加15元。
双方核对案涉工程5号楼的定额工日为8364.12工日，11号楼的定额工日为10,772.65工日；14号楼的定额工日为28,762.93工日；18号楼的定额工日为27,715.89工日；22号楼的定额工日为8003.89工日；33号楼的定额工日为5289.03工日。
2016年7月25日，双方经核对确认对工程款有争议部分中的材料信息价计算调差中按照结构、装饰分阶段平均�价，二者造价相差额为197万元；和丰置业公司对外分包工程总造价为1697.43万元，按照双方约定的6%配合费率，和丰置业公司应支付南通二建公司101.85万元的分包配合费。
经双方核对，白山春江花园二期结算1号楼混凝土用量为3435.3立方米，7号楼混凝土用量为3716.76立方米，14号楼混凝土用量为3555.42立方米，18号楼混凝土用量为3346.94立方米，以上总用量为14,054.43立方米。根据双方约定，混凝土结算应当按照自拌混凝土套项，按商品混凝土信息价调差，而无争议部分是用商品混凝土套项并调差，二者差异为每立方55元，加上20%综合取费率，共计应该调增927,592.24元。
双方核对确认的《建设工程结算审核定案表》中载明南通二建公司施工工程总建筑面积为85,654.07平方米。
南通二建公司认可向�丰置业公司提供部分施工资料，其他的资料主张不是其施工的，故无法提供。其提供的施工资料如下：一、质量评定记录：1.混凝土基础子分部工程质量验收记录，2.混凝土结构子分部工程质量验收记录，3.砌体基础子分部工程质量验收记录，4.砌体结构子分部工程质量验收记录，5.卷材防水屋面子分部工程质量验收记录，6.地面子分部工程质量验收记录，7.抹灰子分部工程质量验收记录，8.细部子分部工程质量验收记录，9.模板安装分项工程质量验收记录，10.模板拆除分项工程质量验收记录，11.钢筋加工分项工程质量验收记录，12.钢筋安装分项工程质量验收记录，13.混凝土原材料及配合比设计分项工程质量验收记录，14.现浇结构外观尺寸允许偏差分项工程质量验收记录，15.混凝土施工外观尺寸允许偏差分项工程质量验收记录，16.砌体分项工程质量验收记录，17.模板安�分项工程质量验收记录（主体），18.模板拆除分项工程质量验收记录，19.钢筋加工分项工程质量验收记录，20.钢筋安装分项工程质量验收记录，21.混凝土原材料及配合比设计分项工程质量验收记录，22.现浇结构外观尺寸允许偏差分项工程质量验收记录，23.砖砌体分项工程质量验收记录，24.室外抹灰分项工程质量验收记录，25.室内抹灰分项工程质量验收记录，26.水泥砂浆地面分项工程质量验收记录，27.水泥混凝土地面分项工程质量验收记录，28.卷材防水分项工程质量验收记录，29.模板安装工程检验批质量验收记录表（基础），30.模版拆除工程检验批质量验收记录表，31.钢筋加工工程检验批质量验收记录表，32.钢筋安装工程检验批质量验收记录表，33.混凝土原材料及配合比设计分项工程检验批质量验收记录表，34.现浇结构外观及尺寸偏差工程检验批质量验收记录表，35.混凝土施工检验批质量验收记录表，36.砖砌体工程检验批质量验收记录表，37.模板安装工程检验批质量验收记录表，38.模板拆除工程检验批质量验收记录表，39.钢筋加工工程检验批质量验收记录表，40.钢筋安装工程检验批质量验收记录表，41.混凝土原材料及配比设计工程检验批质量验收记录表，42.混凝土施工检验批质量验收记录表，43.现浇结构外观及尺寸偏差工程检验批质量验收记录表，44.砖砌体工程检验批质量验收记录表，45.水泥砂浆地面面层检验批质量验收记录表，46.一般抹灰工程检验批质量验收记录表，47.水泥混凝土垫层检验批质量验收记录表，48.找平层检验批质量验收记录表，49.屋面找平层检验批质量验收记录表，50.细部构造检验批质量验收记录表。二、隐秘工程检查施工记录：1.钢筋基础工程隐蔽验收记录，2.基础隐蔽工程检查验收记录，3.屋面淋水（蓄�）试验记录，4.防水地面蓄水试验记录，5.建筑物垂直度、标高、全高测量记录，6.通风烟道、垃圾道检查记录，7.混凝土搅拌记录，8.混凝土浇筑检查记录，9.技术交底记录，10.测量放线检查记录，11.沉降观测记录。三、施工材料、质量证明材料及复试报告：1.检验报告：烧结砖、水泥产品合格证、强度报告、刚进质量证明书、苯板合格证及薄抹灰外墙保温系统（只提供2号、3号、8号、9号、15号、16号、19号、20号）、网格布，2.实验室报告：砂、石、砖、水泥、钢材、卷材、砂浆配比、砂浆试块、混凝土配比、混凝土试块，3.砂浆试块报告统计台账，4.混凝土试块报告统计台账，5.混凝土施工配合比下料单。四、采暖产品质量合格证、隐蔽工程检查记录：1.检验报告：铜球阀、封闭式铜锁闭阀、焊管、PE-
Xa管材合格证、分水器合格证，2.隐蔽工程检查验收记录，3.施工检�记录。五、给排水产品质量合格证、施工试验记录：1.检验报告、PVC-
u管材备案证明、保险证书、卫生许可证、合格证，2.隐蔽工程检查验收记录，3.各管道记录。六、建筑电气材料合格证、灯具安装：1.检验报告（电工套管、安装盒、配电箱），2.隐蔽工程检查验收记录，3.施工检查记录，4.各电气、电阻绝缘、电气插座、通电运行记录。七、建筑电气工程质量验收记录：1.报验申请表，2.电气照明安装子分部工程质量验收记录，3.分项工程质量验收记录、4.工程检验批质量验收记录表。八、暖卫工程质量检查验收记录：1.室内给水管道及配件安装工程报验申请表，2.给排水管道及配件安装工程报验申请表，3.雨水管道及配件安装工程报验申请表，4.室内采暖管道及配件安装工程报验申请表，5.采暖系统水压试验及调试报验申请表，6.室内给水（排水）系统分部（子分部）工程质量验收记录表，7.室内给排水管道及配件安装分项工程质量验收记录，8.雨水管道及配件安装分项工程质量验收记录，9.采暖管道及配件安装分项工程质量验收记录，10.系统水压试验及调试安装分项工程质量验收记录，11.室内给水（排水）管道及配件安装工程验收批质量验收记录表，12.雨水管道及配件安装工程验收批质量验收记录表，13.室内采暖管道及配件安装工程验收批质量验收记录表，14.系统水压试验及调试安装工程验收批质量验收记录表。九、竣工图纸。
南通二建公司于2010年6月18日至2012年9月30日期间，经白山市建设工程监理中心审查，通过其关于2号、3号、8号、9号、15号、16号、19号、20号；4号、5号、10号、11号、17号、21号；1号、7号、14号、18号楼的定位测量线工作、土方开挖工作；楼阁楼层顶梁、板、柱砼浇筑工作；工程东立面外墙抹灰工作；工程屋面保护层工作。
2010年8月21日的《中标通知书》载明：南通二建公司中标和丰置业公司建设的和丰·春江花园三期高层（1、7、14、18）工程，中标价格3779.86万元，中标工期自2010年8月23日起至2011年12月30日（495日历天），中标工程范围为建筑、装饰装修、安装工程。
2010年8月20日,南通二建公司与和丰置业公司签订《建设工程施工合同》，约定:工程名称为和丰·春江花园三期高层（1号、7号、14号、18号），合同开工日期为2011年8月23日，竣工日期为2011年12月30日，合同价款为37,798,655元。于2010年9月20日备案。
2011年8月9日的《中标通知书》载明：南通二建公司中标和丰置业公司建设的和丰·春江花园三期多层（5号、11号、22号、23号、24号、27号及地下室）工程，中标价格2622.8093万�，中标工期为2011年8月20日至2012年7月25日（341日历天），中标工程范围为建筑、装饰装修、安装工程。
2011年8月10日，南通二建公司与和丰置业公司签订《建设工程施工合同》，约定：工程名称为和丰·春江花园三期多层（5号、11号、22号、23号、24号、27号）及地下室，合同开工日期为2011年8月20日，竣工日期为2012年7月25日，合同价款为26228,090元。于2011年8月18日备案。
2011年11月15日，南通二建公司给和丰置业公司开具《建筑业统一发票》，工程款数额为1000万元。2012年6月6日，南通二建公司给和丰置业公司开具《建筑业统一发票》，工程款数额为1000万元。2012年8月15日，南通二建公司给和丰置业公司开具《建筑业统一发票》，工程款数额为17,291,107元。开具工程款发票数额总计37,291,107元。
一审法院认为，（一）关于南通二建公司实际施工工程款数额问题。1．和丰置业公司与南通二建公司于2014年9月13日进行结算，双方确认无争议部分的工程款为90,886,199元。
2．根据2010年3月1日双方签订的《建设工程施工合同》第七条第4项约定，因南通二建公司垫资施工，和丰置业公司考虑各项投入，补偿50元/平方米，该50元/平方米亦按当期进度款同比例支付。虽和丰置业公司抗辩称，该合同不属招投标合同，而双方达成的招投标合同没有该项约定，该费用不应支付。因双方达成的招投标合同就该项费用没有进行约定，而双方2010年3月1日签订的《建设工程施工合同》进行了约定，两份合同并不存在冲突，故南通二建公司主张每平方米补偿50元，计4,282,703.5元（85,654.07平方米×50元/平方米），符合双方约定，应在南通二建公司与和丰置业公司结算无争议�工程款基础上予以增加。
3．2010年3月1日双方签订的《建设工程施工合同》第十条和丰置业公司分包项目约定，和丰置业公司另行分包工程，南通二建公司按工程总价款的6%收取配合费，双方于2016年7月25日核对和丰置业公司分包工程造价为1697.43万元，南通二建公司应收取配合费为1,018,458元（1697.43万元×6%）。虽和丰置业公司抗辩称，外委分包工程系南通二建公司甩项后由其发包的，但是对于具体发包时间未能明确，亦未提供证据予以证明，故其抗辩主张不能成立，不予支持。根据上述约定，该笔配合费1,018,458元，应由和丰置业公司支付给南通二建公司。
4．根据2010年3月6日双方签订《建设工程施工合同补充条款》第七条第二款约定，定额材料费按照当地主管部门发布的分结构和装饰二个阶段的平均信息价格调整（如出现信息价格明显不合理的或造价信息中无材料价格的，按甲方签证价格为准），调整后的人工费+调整后的机械费+调整后的材料之和作为调整后直接工程费，调整后直接工程费取综合费率120%作为结算总价。虽和丰置业公司有异议，认为应按照施工期平均价调差，但其未提供证据证明，且与双方上述约定不符，故南通二建公司依据上述约定，主张按结构、装饰分阶段平均调差，应在南通二建公司与和丰置业公司结算无争议的工程款基础上加197万元工程款，应予支持。
5．2011年7月19日的《白山和丰置业有限公司联系函（第10号）》记载：和丰置业公司同意确认新开工楼号5号、11号、14号、18号、22号、23号楼定额工日单价增加15元。虽和丰置业公司公司有异议，但是其对于该联系函真实性予以认可。另因23号楼未施工，南通二建�司主张施工的33号楼工日单价应按上述约定增加15元，没有依据，且和丰置业公司对此有异议，故对上述施工楼除23号楼外的工日单价应增加15元。另根据2010年3月6日双方签订的《建设工程施工合同补充条款》约定，工程造价=调整后直接工程费×1.2，因人工费属直接工程费，故南通二建公司主张增加的每工日15元，亦应增加20%费率。经双方核对，5号、11号、14号、18号、22号楼工日数为83,619.48工日，工日增加的费用为1,505,150.64元（83,619.48工日×15元/工日×120%），应在双方结算无争议的工程款基础予以增加。
6．南通二建公司主张混凝土结算，按照自拌混凝土套项，按商品混凝土信息价调差，而双方结算无争议部分工程款是用商品混凝土套项并调差，虽然双方当事人核对了混凝土用量，但是南通二建公司针对其提出的二者之间的差异为每立方55元没有提供证据予以证明，且和丰置业公司有异议，故对此主张不予支持。
另外，南通二建公司对于双方其他存有争议工程款数额申请司法鉴定，但因其未在规定的时间内向鉴定机构交纳鉴定费用，鉴定机构未对其委托申请事项作出鉴定意见，因此其应承担举证不能的法律后果。
综上，南通二建公司施工工程总造价应为99,662,511.14元（90,886,199元+4,282,703.5元+1,018,458元+1,970,000元＋1,505,150.64元）。
（二）关于和丰置业公司已付工程款数额问题。南通二建公司与和丰置业公司均认可已支付工程款70,116,980元。虽和丰置业公司主张其另付管理费、电费、以房抵顶工程款、工程维护费用等费用，应视为已支付的工程款，但因其未提供相关证据予以证明，且南通二建公司亦不认可，故对其该项主张不予支持。
综合以上（一）（二）项，和丰置业公司尚欠南通二建公司工程款为29,415,531.14元。因南通二建公司诉讼主张为27,742,633.03元，低于尚欠工程款，故对其主张予以支持。关于其他工程款，可另行处理。
（三）关于南通二建公司诉求利息问题。1．关于利息计算起始时间。虽然双方在合同中约定了工程款的支付时间，但因双方对于南通二建公司各个阶段施工的工程款数额没有达成一致，而双方于2014年9月13日对工程价款进行了结算审核，确定了双方无争议的工程款数额及有争议的问题，自此，和丰置业公司应当向南通二建公司支付工程款，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条关于“利息从应付工程价款之日计付”的规定，和丰置业公司应自2014年9月14日起向南通二建公司承担工程款利息。
2．关于利率。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条关于“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理”之规定，本案双方当事人在合同中约定每期付款违约部分按每天2‰计算罚息至款项付清，但因和丰置业公司提出该约定过高，而南通二建公司在庭审中亦主张将利率下调至按照年利率9%计算，南通二建公司主张以该利率标准计利息，是在双方约定的范围内对自己权利的处分，不违反法律规定，应予支持。
（四）关于和丰置业公司要求南通二建公司承担房屋维修费10万元的问题。和丰置业公司申请进行鉴定，但因其未在规定时间内交纳鉴定费用，导致无法鉴定。由于和丰置业公司未提供证据证明房屋是否不合格、不合格的成因以及所需维修费用等，其应承担举证不能的法律后果，故对其该项诉讼请求不予支持。
（五）关于和丰置业公司主张由南通二建公司出具工程款发票的问题。南通二建公司同意按照实际支付工程款数额开具发票。因和丰置业公司认可已开具37,291,107元的工程款发票，对于未开具32,955,873元数额的发票，南通二建公司应于判决生效之日立即向和丰置业公司开具。对于其他数额的工程款发票，南通二建公司亦应依法给付。
（六）关于和丰置业公司要求南通二建公司提交完整的竣工验收备案资料的问题。南通二建公司对于和丰置业公司主张的资料部分能够提供，对于其他资料因不是其施工的，故无法提供。和丰置业公司对于南通二建公司同意提供的资料予以认可。故对于南通二建公司向和丰置业公司能够提供的验收资料（详见查明事实部分）予以确认。
综上，和丰置业公司与南通二建公司于2010年3月1日签订的《建设工程施工合同》、于2010年3月6日签订的《建设工程施工合同补充条款》、于2010年10月25日签订的《建设工程施工合同补充条款二》、于2010年8月20日签订的《建设工程施工合同》、于2011年8月10日签订的《建设工程施工合同》系双方真实意思表示，并不违反法律、行政法规的强制性规定，合法有效，双方应依合同各自履行约定的权利义务。南通二建公司本诉主张由和丰置业公司支付尚欠工程款的诉讼请求，符合双方约定及法律规定，应予以支持；和丰置业公司的部分反诉主张符合双方约定及法律规定，亦应予以支持。根据《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释�第十七条、第十八条及《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条规定，判决：一、和丰置业公司于本判决生效之日给付南通二建公司工程款27,742,633.03元及利息（自2014年9月14日起至实际给付之日止，利率按照年利率9%计算）；二、南通二建公司于本判决生效之日给付和丰置业公司32,955,873元数额的工程款发票；三、南通二建公司于本判决生效之日给付和丰置业公司竣工验收备案资料（具体详见审理查明事实部分）；四、驳回南通二建公司的其他诉讼请求；五、驳回和丰置业公司的其他诉讼请求。本诉案件受理费231,155元、反诉案件受理费1150元、保全费5000元，由和丰置业公司负担。
二审中，当事人没有提交新证据。
本院对一审法院查明的事实予以认定。
本院认为，（一）南通二建公司已经将案涉工程交付给和丰置业公司，房屋买受人等已经开始装修、使用房屋。在此情况下，和丰置业公司主张部分房屋存在漏水的问题，却没有提交足够的证据证明漏水问题的存在，也没有提交证据证明其所主张的漏水问题是因南通二建公司工程质量存在问题造成的。因此，对和丰置业公司申请工程质量鉴定不予准许。
漏水问题如果确实存在，和丰置业公司可以依建筑法的规定和保修条款的约定，通知南通二建公司予以确认并修复。如南通二建公司拒绝修复或不能修复，和丰置业公司可以另行主张权利。
（二）根据《中华人民共和国招标投标法》第三条的规定，参照《工程建设项目招标范围和规模标准规定》第三条、第七条的规定，考虑到�涉工程的性质及工程款额度，案涉工程为必须进行招标的工程建设项目。双方当事人未经招标投标签订的2010年3月1日的《建设工程施工合同》、2010年3月6日的《建设工程施工合同补充条款》、2010年10月25日的《建设工程施工合同补充条款二》等均为“黑合同”，依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条第三项的规定，均为无效合同。双方当事人经过招标投标签订了两份《建设工程施工合同》，但双方当事人违反了《中华人民共和国招标投标法》第五十五条的规定，不仅在招标投标前进行违规谈判，而且签订建设工程施工合同并进行施工，影响中标结果，中标无效。依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条第三项的规定，两份经招标投标而签订的《建设工程施工合同》亦为无效合同。
虽然双方当事人签订的合同均为无效合同，但因案涉工程已经施工完毕，并交付使用，故依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条的规定，当事人可以参照合同约定决算、支付工程价款。因此，虽然一审判决对案涉合同的效力认定存在错误，但参照合同约定，根据双方当事人的决算情况，确定工程价款是正确的，双方当事人也未对此提出上诉，故依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第三百三十四条的规定，维持原判。
综上所述，和丰置业公司的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费2300元，由白山和丰置业有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 虞大江
代理审判员 宋雨洛
代理审判员 许家娟
二〇一六年十二月二十六日
书 记 员 范丽丽