厦门海事法院
民 事 判 决 书
（2016）闽72民初468号
原告：龙海兆龙仓储有限公司，住所地福建省龙海市港尾镇。
法定代表人：曾国杰，执行董事。
委托诉讼代理人：宁新发，福建信海律师事务所律师。
被告：中交第三航务工程局有限公司，住所地上海市平江路139号。
法定代表人：方彦，董事长。
委托诉讼代理人：庄瑞明，福建明嘉律师事务所律师。
委托诉讼代理人：邱思盛，中交第三航务工程局有限公司厦门分公司职员。
第三人：厦门市华恒益建筑劳务有限公司，住所地福建省厦门市湖里区嘉禾路488号怡鹭大厦1506室。
法定代表人：田洪芳，总经理。
委托诉讼代理人：范大庞，福建聚泰律师事务所律师。
委托诉讼代理人：薛佳希，福建聚泰律师事务所实习律师。
原告龙海兆龙仓储有限公司（下称兆龙公司）诉被告中交第三航务工程局有限公司（下称三航公司）、第三人厦门市华恒益建筑劳务有限公司（下称华恒益公司）码头建造合同纠纷一案，本院于2016年5月26日立案受理。本院受理后，依法组成合议庭于2016年7月26日，2017年5月4日公开开庭进行了审理。原告兆龙公司委托诉讼代理人宁新发、被告三航公司委托诉讼代理人庄瑞明、邱思盛、第三人华恒�公司委托诉讼代理人范大庞、薛佳希到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告兆龙公司向本院提出诉讼请求，请求判令：1、确认龙海兆龙仓储有限公司多用途码头工程施工整改修复工程款为345.5万元(人民币,下同)，并判令将该整改修复工程款从原告应付给被告的工程款中扣除或立即将该整改修复款支付给原告。2、由被告承担本案诉讼费用。事实与理由：被告是原告多用途码头的施工单位。2014年1月24日，原告与被告签署了一份《关于龙海兆龙仓储有限公司多用途码头工程施工整改修复及第八期工程款支付协议书》（下称整改支付协议）。协议书第二条约定：对工程遗留问题按2014年1月13日《龙海兆龙仓储有限公司多用途码头工程抛石基床研讨会》（下称研讨会）的内容，施工单位承诺在2014年3月1日进场进行整改修复，整改修复�期为45天，若施工单位在2014年4月15日前不能整改修复完毕，建设单位将中止本协议，自行组织施工，所需整改修复的一切费用，将从工程款中扣除。协议书签署后，原告按协议书第五条第1项的约定将第一期工程款100万元支付给了被告，但被告并没有按协议书约定对工程进行整改修复。原告被迫按约定自行组织整改修复工程施工。由此，原告将上述整改修复工程交由林国清、林惠金承包施工，并于2014年5月1日与林国清签署了《龙海兆龙仓储有限公司关于设计3000吨码头前沿水域整改清淤施工合同》，将整改修复施工中的清淤工程交由林国清承包施工；于2014年5月1日与林惠金签署了《龙海兆龙仓储有限公司关于设计3000吨码头前沿停泊水域、回旋水域整改施工合同》，将整改修复工程中除清淤施工外的工程交由林惠金承包施工。上述两份整改修复施工合同签订后，承包人林国清、林惠金按约定完成了整改修复施工。原告指示公司实际负责人施瑞骅通过其个人银行账户将整改修复工程款分别支付给承包人林国清、林惠金。2016年4月30日，承包人林国清、林惠金分别出具关于整改修复工程的建筑业统一发票给原告。
被告三航公司辩称：一、原告的诉讼请求已超过诉讼时效。根据《整改支付协议》的约定，施工单位于2014年4月15日前不能整改修复完毕的，建设单位将自行组织施工，所需整改修复费用将从工程款中扣除。根据原告提供的证据和陈述，原告于2014年5月1日签订了整改修复的施工合同，如原告所述真实，则此时整改修复的费用已明确，开始计算诉讼时效，但在2015年的（2015）厦海法商初字第514号和（2015）厦海法商初字262号二案中，原告只是主张根据《整改支付协议》的约定，第八期工程款的付�条件未成就，而未主张扣减整改修复的费用，直到2016年5月20日才提起本案诉讼，提出扣减整改修复费用的请求，因此原告的诉讼请求已超过二年的诉讼时效。二、《整改支付协议》是原告拖延支付工程进度款，利用接近年关，第三人急于取得工程款以支付农民工工资，而迫使第三人和被告接受的。协议所依据的《研讨会》整改内容第一项、第四项并不是原告与被告签订的施工合同项下义务。施工合同专用条款第19.1.1条规定：“港池疏浚工程无缺陷责任期”，工程完工后产生的回淤非施工方合同义务。施工合同工程量清单中港池（停泊水域）并没有炸礁工程量。在被告施工过程中发现，港池（停泊水域）存在礁石需要炸礁，原告原计划将该部分炸礁及将码头提升至10000吨级的加深工程以补充协议的方式交被告施工，但最终却将此部分工程直�发包给第三人施工，因此，港池（停泊水域）的炸礁并不是被告的义务。第二、三项整改内容为基床顶面存在块石大约80m3需清除、基肩需补抛大约150m3。第三人曾就4个整改项目通过被告向原告报价，费用预估在20多万元。第三人也聘请了潜水员潜水探摸水下情况，运载空压机等设备进场，购买了施工所需钢管等用具，准备开始实施整改施工，但因原告未按《支付协议》支付第二期的工程款，第三人停止了整改工作。三、原告自行委托整改施工，真实性存疑，即使有整改，整改费用也明显偏高。1、清淤不属于被告的义务，因此，不论原告是否清淤，该费用应由原告自行承担。而且原告在2013年3月已经对回旋水域、港池进行了清淤，2015年又再次清淤，也不符合常理。2、原告只提供了施工合同及发票，不足以证明实际进行了整改施工。首先，如第一点所述如果原告确实�行了整改，原告在（2015）厦海法商初字第514号和（2015）厦海法商初字262号二案中必定会直接提出要扣减相应的工程款，而无必要在付款条件是否具备问题上进行争论；其次，原告提供的施工合同没有具体的工程量，也没有具体的单价，也没有进行竣工验收，明显不符合工程施工合同的基本形式及施工活动的通常做法；再次，整改内容涉及礁石的清除，炸药品是管制物品，个人进行承包完全没有可能；最后，从原告在本案及与第三人的另案所陈述的事实，深度不够不仅仅是按3000吨级标准，也包括10000吨级的标准，这二部分的施工内容完全一致，但根据原告提交的证据却是分别交给二个不同主体进行施工，不仅内容重复，在现实中也不符合常理。3、原告与被告的施工合同中，港池挖泥的工程造价总共才1877486元，原告的修复整改费用就高达227.5万元（未包括清淤），�完成整个港池（含停泊水域、回旋水域）挖泥的总工程造价还高，完全不符合常理。综上所述，原告的诉讼请求超过诉讼时效，整改修复内容的第一、四项不属于被告的义务，第三、四项整改内容，原告是否实际整改存疑。即使原告有整改，整改费用明显过高，不是真实的整改费用。为此，请求驳回原告的诉讼请求。
第三人陈述意见为：本案工程于2014年1月22日验收合格进入保修期，《整改支付协议》涉及的部分整改超出原合同施工范围，整改产生的费用不应以原合同第八期工程款为对价，原告应另行支付超出原合同施工范围的工程款，不应从工程进度款中扣减。其他意见同被告。
原告兆龙公司为证明其主张，提供了如下证据为凭：
证据1、《整改支付协议》，用以证明该协议书第二条约定，若施工单位在2014年4月15日前不能整改修复完毕，建设单位将中止本协议，自行组织施工，所需整改修复的一切费用，将从工程款中扣除。
证据2、《研讨会》，用以证明2014年1月13日，原被告双方、设计单位、监理单位召开了施工整改技术研讨会并形成了会议纪要，该纪要记载了工程存在问题及整改意见。
证据3、《龙海兆龙仓储有限公司关于设计3000吨码头前沿水域整改清淤施工合同》，用以证明2014年5月1日，原告与林国清签署的整改修复施工中的清淤施工合同总价118万元。
证据4、《龙海兆龙仓储有限公司关于设计3000吨码头前沿停泊水域、回旋水域整改施工合同》，用以证明2014年5月1日，原告与林惠金签署的整改修复工程中除清淤外的工程施工合同总价227.5万元。
证据5、整改修复工程款付款明细表（林国清）及九份银行转账凭证，用以证明原告已付给林国清整改修复工程款。
证据6、整改修复工程款付款明细表（林惠金）及四份银行转账凭证，用以证明原告已付给林惠金整改修复工程款107万元，尚余120.5万元未付。
证据7、编号为00176387建筑业统一发票，用以证明整改修复工程清淤工程款发票金额为118万元。
证据8、编号为00176388建筑业统一发票，用以证明整改修复工程款（除清淤）发票金额为227.5万元。
证据9、龙海兆龙仓储有限公司关于由施瑞骅先生个人银行账户支付整改修复工程款的说明，用以证明原告对由�瑞骅支付部分整改修复工程款所作的说明。
证据10、疏浚施工合同及结算业务申请书，用以证明：1、2013年3月15日原告与泉州市泉港海鹏实业开发有限公司签订了《疏浚施工合同》，委托其进行清淤，工程总价款108万元。清淤完成后，原告支付了该工程款108万元。2、上述清淤工程与本案的清淤工程在清淤范围上是一致的，均是因未及时完成相关工作而发生自然回淤，为继续完成相关工作必须进行清淤。因此，上述《疏浚施工合同》的清淤工程量及工程价款可作为本案清淤工程量及工程价款的参照。鉴于本案清淤合同还包括了扫海探测费用，因此，本案清淤合同的工程款为118万元是合理的。
证据11、《龙海兆龙仓储有限公司多用途码头疏浚工程量计算书》，用以证明福建省地质工程研究院于2013年4月出具该工程量计算书，该计算书记载，算至-6.5m尚有1419m³礁石（强风化岩及岩体）未疏浚，即本案应当清除的礁石工程量为1419m³。
证据12、《龙海兆龙仓储有限公司多用途码头前沿水域升级疏浚施工合同》，用以证明原告与案外人李永光于2014年9月20日签订的合同中砸除礁石的单价为959.1元/m³，参照该单价，案涉清除礁石工程款为136万元。
证据13、施工合同监理方出具的说明，用于证明案外人完成了整改修复施工。
被告三航公司对原告的证据质证认为，证据1真实性无异议，但该协议文本系原告提出，因接近年关，第三人急于取得工程款以支付农民工工资而不得不签署该协议。该协议之所以以《研讨会》记载作为整改的�容，系因原告与被告之间的施工合同除沉箱预制、安装以外的项目及原工程外港池炸礁和加深工程均由第三人施工。如果第三人进行整改，则二个部分都由第三人进行整改。证据2真实性无异议，研讨会的到会人员中包括了第三人项目负责人王建法，研讨会的内容包括了由第三人单独承包的原工程中港池炸礁和加深工程。施工整改意见中第1项不属于被告的义务，第4项不属于原告与被告施工合同的范围。证据3真实性无法确认。清淤工程不可能由个人承包，合同条款也不规范，是否实际进行施工存疑，验收前的清淤已不属于被告的责任，验收之后的回淤更不属于被告的责任，且清淤的费用偏高；被告曾报价33.6万元，原告未同意。证据4真实性无法确认，该工程涉及炸礁不可能由个人承包，合同条款也不规范，是否实际进行施工存疑；如果有进行实际施工，原告应提供相应的施工资料加以证明；同时，该工程施工内容与原告另案起诉第三人的施工内容一致，只不过进行了加深，同一区域不同深度的施工内容分包给不同的人施工也有悖常理。证据5、6中的转款事实无异议，但该款项是否为工程款存疑；原告通过私人账户进行付款与原告之前支付工程款的习惯不符。证据7、8真实性无异议，但该发票不能证明施工行为和支付款项性质；任何人只要提供合同和缴纳税款都可以开出发票，不排除为主张高额整改费用而牺牲税款的可能性。证据9系原告单方陈述，且也不符合常理。证据10不能证明本案的清淤费用。证据11的真实性不予确认，根据该证据的表现形式该证据形成于2013年4月份，原告主张根据该证据至-6.5m还有1400多立方米礁石未砸除，与本案的其他证据所体现的事实严重不符；质量研讨会的问题第4项并没有反映1400多立方米的礁石，况且研讨会和工程验收都是在该证据形成时间之后，如果仍存在1400多立方米礁石未砸除，则研讨会必定会体现，也不可能通过竣工验收。证据12不能证明清除礁石的单价，每立方900多元，不符合行情；正常行情是用挖斗船清淤单价为约20元，用其他的方式清淤单价约100多元。证据13是虚假的证明，工程已经竣工，监理已经撤场，监理不可能知道原告的整改工作。
第三人对原告的证据质证认为，证据1真实性予以确认，证明内容有异议。证据2真实性予以确认，证明内容有异议，1、整改意见第1点不属于施工方的合同义务，且协议书明确不作为原合同的补充。因此原告要求施工方清淤，应当另行支付清淤费用，不能以第八期工程款作为对价。2、整改意见第2、3点属于原告未经竣工验收，擅自使用产生的问题。前已述及原告竣工前自行委托�勘，对抛石基床取孔导致基床不平整，需要补抛同时去除取孔遗留的石块；经第三人测算，基床顶面存在块石大约80m³、基肩处补抛大约150m³。而原告另请他人施工却未注明工程量及单价。3、整改意见第4点，原施工合同不存在停泊水域的炸礁工程量，该项目超出原合同施工范围，而且整改内容不明确，只说明需要进一步探摸，是否炸礁及增加多少炸礁工程量均未体现。证据3、4真实性无法确认，且与本案无关。证据5、6、真实性无法确认，与本案不具有关联性，证明内容有异议。证据7、8真实性无法确认，可能为配合虚假合同开具，发票金额即便与合同金额对应，也因整改超出原合同施工范围，与本案不具有关联性。证据9真实性无法确认，证明内容有异议。证据10不予认可，与本案没有关联性。证据11真实性不予确认，原告自行委托，不能证明本案的事实。证据12真实性不确认，且价格远超出原告与第三人签订的合同单价，原告也承认这份合同是起诉前才准备的。证据13不具有真实性，是虚假的。
被告三航公司为证明其主张，提供了如下证据为凭：
证据1、《建设工程施工合同》及《龙海兆龙仓储有限公司多用途码头工程施工合同补充协议（一）》，用以证明原被告之间施工合同权利与义务。工程量清单中除基槽有炸礁外，其他施工范围（港池、回旋）没有炸礁工程量，而且港池（含停泊水域、回旋水域）挖泥的工程造价总共才1877486元，可以说明原告整改费用明显不合理。
证据2、《龙海兆龙仓储有限公司多用途码头工程施工合同》及《变更补充协议》，用以证明被告通过其厦门分公司将案涉工程除沉箱预制、安装以外的项目分包给华恒益公司施工。
证据3、《关于龙海兆龙仓储有限公司多用途码头工程施工整改修复及第八期工程款支付承诺书》，用以证明华恒益公司承诺承担工程整改修复工作。
证据4、工程例会（第034次），用以证明在施工过程中发现港池、回旋水域存在礁石，同时因原告决定提高码头吨位，加深港池、回旋水域，会议决定以补充协议将港池、回旋水域原施工区域需炸礁的工程量及加深的工程量以补充协议的方式由被告承包。
证据5、《施工合同》，用以证明原告将034次例会准备以补充协议方式交由被告施工的工程内容直接发包给华恒益公司施工。
证据6、龙海兆龙仓储有限公司多用途码头工程预验收报告，用以证明原告组织对案涉工程进行预验收，结论为合格。
证据7、水运工程质量安全监督意见书、兆龙码头质量核验内业资料存在的其他问题、水运工程质量安全监督意见整改回复，用以证明水运工程质量安全监督意见书所反映的问题已完成整改。
证据8、关于龙海兆龙仓储有限公司多用途码头工程质量鉴定的意见，用以证明案涉工程已验收合格。
证据9、岩土工程勘察报告，用以作为证据10的对照。
证据10、证据目录、疏浚施工合同、施工阶段补充地质勘察报告，用以证明原告在2013年3月对回旋水域、港池进行了清淤。补充勘察报告与岩土工程勘察报告存在矛盾，而且补充勘察报告是以加深后的设计为标准。补充勘�报告也只是表明极少数标高不足。
证据11、（2015）厦海法商初字第514号和（2015）厦海法商初字第262号民事判决书，佐证相关事实。
证据12、（2016）闽72民初509号案材料，用以证明该案所涉工程系本案所涉工程的加深部分及被告承包区域内需炸礁部分，与本案所涉工程系一个整体，不可能由不同的施工人进行整改修复。
原告对被告的证据质证认为，证据1、2真实性、合法性没有异议，但不具有关联性。证据3真实性没有异议，可以进一步证明在出具该承诺书的2014年1月26日案涉码头仍未完工，原告拥有将自行整改费用从工程款中扣除的权利。证据4不具有真实性，系被告在例会之后自行制作，未得到与会方的认可，不具有法律效力，也与本案不具有关联性。证据5�真实性、合法性没有异议，但该证据是万吨码头升级工程的施工合同，与本案不具有关联性。证据6表面真实性没有异议，但该证据不是码头工程完工的合法证明文件，不能证明案涉码头工程已完工并合格。证据7中的“水运工程质量安全监督意见书”的真实性、关联性、合法性没有异议，它可证明案涉码头工程没有完成；“兆龙码头质量核验内业资料存在的其他问题”是关于内业资料的问题，与本案不具有关联性；“水运工程质量安全监督意见整改回复”不具有真实性，实际上被告并没有对“水运工程质量安全监督意见书”上存在问题进行整改。证据8的表面真实性没有异议，但该证据内容不具有真实性，不能证明被告已按约定完成了案涉码头的全部工程。证据9的�实性、合法性没有异议，但对证明对象有异议。证据10真实性、合法性无异议，但与本案不具有关联性。证据11真实性、合法性、关联性无异议，但两份判决均处于上诉状态，未发生法律效力，对判决书中不利于原告方的认定不予认可。证据12的真实性、合法性、关联性无异议，但不能证明被告待证内容。
第三人对被告的证据质证认为，证据1至9,11无异议。证据10中的疏浚施工合同与补充地勘报告均未通知被告及第三人，真实性无法确认。证据12（2016）闽72民初509号案材料真实性确认，但证明内容有异议。
第三人为证明其主张，提供了如下证据为凭：
证据1、施工进场照片及相关潜水费用收条，用以证明为履行《整改支付协议》，第三人按合同要求于2014年3月进�，聘请潜水员潜水探摸水下情况，通过手扶拖拉机运载租赁的空压机等设备进场，还购买了施工所需钢管等用具。第三人向潜水员支付费用。第三人进场时已通知原告与监理，原告明知施工单位进场，却以第三期付款条件未满足为由，拒付第二期的100万元，导致第三人缺乏资金，后续施工无法继续开展。
证据2、网站新闻，用以证明厦门市港口管理局新闻显示2014年3月12日，码头已顺利通过交工验收；原告在2014年1月已对兆龙码头进行使用；码头在验收前即已使用。
证据3、码头现状的照片，用以证明码头于2014年1月投入运营。
证据4、龙海市地税局港尾分局调取的开票资料，用以证明税票内容不真实，不能作为证据。
原告对第�人的证据质证认为，证据1真实性无法确认，也无法证明其证明对象。证据2表面真实性无异议，但证明对象有异议，是否经过验收不能以新闻为依据，应该以验收文件为准。证据3、4表面真实性无异议，但不能证明其证明对象。
被告对第三人的证据质证认为，对证据无异议。
经庭审质证，本院对双方的证据认证如下：
原告证据1、2、7、8的真实性，被告没有异议，依照《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十二条第一款的规定，依法可以作为认定本案事实的依据，可以证明整改支付协议、研讨会的相关内容以及开具税票的情况。证据3、4、9、10、11、12、13的真实性，被告不予确认，本院认为，原告提交该等证据的目的在于证明整改修复的费用金额等情况，在下文中结合争议焦点予以分析认定。
被告提交的证据除证据4原告对其真实性有异议外，其余证据的真实性均无异议，依照《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十二条第一款的规定，依法可以作为认定本案事实的依据，可以证明案涉工程施工的情况。证据4，原告虽有异议，但能与其他证据相印证，因此其真实性予以确认，可以证明案涉工程施工过程中各方的协商情况。
第三人证据2、3、4，原告对真实性无异议，依照《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十二条第一款的规定，依法可以作为认定本案事实的依据，可以证明案涉码头的交工验收等情况。证据1的真实性，原告有异议，但未提供相反的证据予以否定，且该证据与整改支付协议的内容能够印证，因�其真实性予以确认，可以证明第三人在整改支付协议签订后，进场施工，委托他人对码头施工水域进行潜水探摸。
结合各方当事人的举证和质证，本院对证据的认证，以及庭审笔录，本院对本案事实查明如下：
2014年1月13日的《研讨会》记载：为确保工程施工质量及使用安全，业主委托中国有色金属长沙勘察设计研究院有限公司对码头前沿水域进行了重新钻探，勘察单位出具了相关报告。一、本次研讨会，首先是设计单位根据测量及钻探资料，发现施工质量存在以下问题，并进行了陈述，1、码头前沿水域回淤量较大；2、码头断面K0-K40、K58-79，3、码头断面K40-K50、K90-195,基肩处局部抛石基床不足；4、码头断面K165、K185-195，前沿炸礁未达到设计要求。二、各方讨论达成以下施工整改意见。1、对高�-6.5米（厦门理基）以上进行清淤施工。2、对基床顶面-9.3米（厦门理基）以上存在的抛石进行挖除。3、对基肩处抛石基床的局部不足部分进行补抛、补强。4、对炸礁未达到设计要求的停泊水域基槽炸礁部分进一步进行探摸，并施工清除。
2014年1月24日，兆龙公司作为建设单位与三航公司作为施工单位共同签署《整改支付协议》。该协议书记载：为确保码头工程通过国家相关部门验收合格及整改修复最终完成。经协商一致，签订协议书。具体条款如下：一、施工单位应抓紧做好厦门港水运工程质量安全监督站于2013年12月13日对本工程提出的相关内容的整改修复、补充和完善工作，将整改和补充完整的资料反馈给该站。二、对工程遗留问题按2014年1月13日《研讨会》的内容，施工单位承诺在2014年3月1日进场进行整改修复，工期为45天。�施工单位在2014年4月15日前不能整改修复完毕，建设单位将中止本协议，自行组织施工，所需整改修复的一切费用，从工程款中扣除。三、鉴于工程需要整改修复和遗留的部分内容，未在厦门港水运工程质量安全监督站核验资料上体现，针对该部分内容，施工单位不得以验收合格为由，拒不履行整改修复工作。只有相关整改修复工作经过相关单位验收合格后，才视为工作完成。四、本协议签订时同时签订确认第八期工程款支付申请表。五、第八期工程款总金额6095035元。根据整改修复的实际进度，按以下节点分期支付。1、第一期在收到施工单位签订的本协议后支付100万元；2、第二期在接到施工单位施工进场通知书后，在2014年2月28日前支付100万元等。
另查明，前述研讨会以及整改支付协议来源于2009年11月27日，兆龙公司（发包人）�建设其位于九龙江入海口南岸漳州龙海市的多用途码头工程，与三航公司（承包人）签订的一份总包合同。双方因该总包合同产生争议并导致诉讼。2016年12月27日，福建省高级人民法院针对该总包合同纠纷作出（2016）闽民终526号民事判决，并已发生法律效力。
前述生效判决查明以下事实：
总包合同约定：工程规模为3000吨级多用途和500吨级件杂货泊位各一个，陆域总面积约50295㎡；合同总价款为3529万元，施工期为365个自然日，工程质量等级合格。合同专用条款部分内容为：第17.3条约定，承包人施工完成合同协议的全部内容并验收合格，发包人支付至合同总价的90%；工程交工后，经双方以及质量监督部门验收合格并取得合格证书，14日内承包人退场，支付至结算总价的95%；剩余5%作为�修金，在缺陷责任期满后14天内支付。第25.3条约定开工日期以发包人开工令为准。合同通用条款部分内容为：第18.3.2条约定，监理收到承包人竣工验收申请报告审查后认为已具备竣工验收条件的，应在收到报告后的28天内提请发包人进行工程验收。第18.3.5条约定，经验收合格工程的实际竣工日期，以提交竣工验收申请报告的日期为准。第18.3.6条约定，发包人收到竣工验收报告56天后未进行验收的，视为验收合格，实际竣工日期以提交竣工验收申请报告的日期为准。合同所附的工程清单中码头工程项下涉及基槽挖土、挖泥、松动、炸礁，港池挖泥（含停泊水域），基床抛石等。双方约定缺陷责任期为一年，从工程竣工之日起算，港池疏浚工程无缺陷责任期。
前述总包合同签订后，三航公司通过其厦门分公司将除沉箱预制、安装以外�项目转包给华恒益公司。
兆龙公司在案涉工程施工过程中，将原停泊水域设计底高程由-6.5m变更为-9.3m，回旋水域底高程由-4.0m变更为-5.5m。2010年10月28日，兆龙公司、三航公司、监理召开第34次工程例会，决定港池和回旋水域增加工程量部分将以补充协议方式确定。补充协议的要点为：所有费用简化为挖泥和炸清礁两项内容，分别是挖泥单价18.75元、工程量26000m3，炸清礁单价265元、工程量23667m3，完成设计要求后监理与业主及时验收，该部分完成后至本工程总体验收时所产生的回淤将不再清理，业主表示同意。但其后，兆龙公司于2010年11月11日与华恒益公司签订《施工合同》将该部分加深的工程直接交由该公司施工。
2011年12月1日，三航公司发出第062号工程业务联系单，提出根据当日工程周例会精�，业主需对港池、停泊及回旋水域进行硬式扫床，要求对产生的回淤进行清除，施工方报价清淤产生的费用预算为3362176元。监理和业主均批复不同意。
2013年1月17日，三航公司提交了《交工申请报告单》，表示4个单位工程质量自检合格、内业资料符合要求，工程质量均评定为合格等级，符合竣工验收条件申请交工验收。次日，监理签署了同意交工验收申请的意见。兆龙公司于2013年9月23日在该《交工申请报告单》签署“以上水工主体工程基本完成，但整体分部：通航水域疏浚工程和停泊水域疏浚工程分项均还没完成，实际完成日期为2013年9月17日。另内业归档资料，请尽快交付监理整理，送交工验收申请”。
2013年3月15日，兆龙公司与泉州市泉港海鹏实业开发有限公司签订《疏浚施工合同》，工程内容为案涉多用途码头停泊水域及部分港池清淤及外抛。工程总价款为108万元。
2013年4月，兆龙公司与福建省地质工程研究院厦门勘测研究分院签订一份《建设工程勘察合同》，委托后者对案涉工程施工阶段地质补充勘察。勘察结束后，勘测单位出具了《补充地质勘察报告》，得出结论：设计疏浚区的大部分区域已进行过疏浚施工，在东部大部分区域还进行过炸礁施工，局部已炸至设计要求的位置；在疏浚区东部的炸礁施工中，存在局部未炸到设计要求的区域；局部区域地质变化很大，该差异可能造成炸礁工程量比原设计增大。
2014年1月22日，厦门水工质监站出具案涉码头《工程质量鉴定的意见》及《水运工程质量鉴定证书》，确认案涉工程质量符合《水运工程质量检�标准》检验合格规定。根据前述文件，工程概况为3000吨级多用途和500吨级杂货泊位各一个（水工结构受力按10000吨级杂货船舶设计），岸线总长195m，为重力式沉箱结构，码头底高程-9.5m。停泊水域设计底高程-6.5m，宽36m，回旋水域为圆形，直径216m，底高程为-4.0m。陆域布置杂货堆场、集装箱堆场、仓库、道路及生产生活辅助区等，面积约5万㎡。驳岸为半直立式挡墙斜坡抛石堤结构。开工时间为2010年4月26日，完工时间为2013年9月5日，交工质量鉴定时间为2014年1月22日。
2014年3月12日，案涉码头顺利通过交工验收。2014年10月10日，三航公司向监理提交《工程结算书》，要求结算工程总价40913722元。监理于2014年12月10日以“不满足结算条件”为由不予办理结算。
前述生效判决认�，对于属于三航公司施工范围的停泊水域底标高为-6.5m，回旋水域底标高为-4m，该部分工程已于2011年8月28日前完工，三航公司自行扫海自检合格后向监理提交了验收记录表，监理批复同意验收。兆龙公司在该完工时间后进行的清淤以及扫海的相关费用应由其自行承担，其主张由三航公司承担清淤扫海费用不能成立；还认为，兆龙公司以整改支付协议主张第八期工程款的支付条件未成就不能成立，并判决兆龙公司向三航公司支付剩余工程款6518708.1元。
还查明，原告提交的落款时间均为2014年5月1日的其与林国清的《龙海兆龙仓储有限公司关于设计3000吨码头前沿水域整改清淤施工合同》，其与林惠金的《龙海兆龙仓储有限公司关于设计3000吨码头前沿停泊水域、回旋水域整改施工合同》中，均未记载具体的工程量以及合同单价，但记载有施工时间分别为2014年5月1日至5月19日，2014年5月5日至6月25日。庭审中，原告陈述该二份合同系2016年4月补签，委托林国清、林惠金施工前，未告知被告。
本院认为，本案立案时案由为海洋工程建设纠纷，具体而言为码头建造合同纠纷。本案中，双方争议的焦点在于：1、原告的诉讼请求是否超过诉讼时效；2、属于三航公司施工范围的停泊水域底标高为-6.5m，回旋水域底标高为-4m，该部分工程整改修复的工程范围及其对应的工程款金额如何认定。
一、原告的诉讼请求是否超过诉讼时效
原告认为，根据其与林惠金的合同，2014年6月25日才完工，因此其起诉未超过二年的诉讼时效。
被告及第三人认为，原告与案外人的合同2014年5月1日就签订，此时诉讼时效就应起算，因此至原告2016年5月21日起诉，诉讼时效已超过。
本院认为，原告于2016年5月21日向本院起诉，是否超过诉讼时效需要审查相应的诉讼时效起算点。原被告双方的整改支付协议中约定，“若施工单位在2014年4月15日前不能整改修复完毕，建设单位将中止本协议，自行组织施工，所需整改修复的一切费用，从工程款中扣除”。因此原告自行委托他人进行整改修复所发生的费用，应在施工完毕，费用数额明确之后才能确定。施工完成前，即使合同中约定了工程款数额，也因工程未完工，工程款未结算而数额不能确定。故原告诉讼请求的时效起算点，应从原告实际委托他人施工完毕及结算后开始起算。如原告未实际委托他人进行整改修复，那么就整改修复提出的诉讼请求，其时效起算点应为被告承诺修复完成的时间2014年4月15日之后加上协议给予的修复时间45天，即从2014年5月31日开始起算诉讼时效。因此原告的起诉未超过诉讼时效。
二、整改修复的工程范围及其对应的工程款金额如何认定
原告认为，整改修复的工程范围为研讨会记载的内容，对应的工程款金额为林国清施工的清淤项目工程款118万元；林惠金施工的除清淤外项目的工程款227.5万元。
被告认为，研讨会记载的整改修复内容第一项、第四项不属于其施工的范围；第二、三项的整改内容，基床顶面存在块石约80立方米，基肩补抛约150立方米；四个项目第三人曾报价20多万元，并进场施工，但因原告拒绝支付整改支付协议约定第二期款，以致第三人停止整改；原告的证据不足以证明其实际委托他人进行整改修复。
第三人认为，原告违约未支付约定的第二期款项，因此无权主张整改修复费用；研讨会未明确具体的整改修复工程量及其对应的工程款金额，其预估费用仅为20多万元；原告未告知第三人其委托案外人施工的情况，且所谓的委托案外人整改修复施工的合同系补签，没有具体的工程量，也没有具体的施工记录，因此没有充分的证据予以证明。
本院认为，整改修复的工程范围从整改支付协议名称可以看出，属于部分、局部的整改修复。该协议虽同时约定了工程款的分期支付事项，但在双方均未再履行该整改支付协议的情况下，原告有权就整改修复的费用向被告主张。从整改支付协议签订的时间及其内容看，在协议签订时间2014年1月13日之前，实际施工人以及加深工程�承包人华恒益公司已就全部工程（包括加深后的工程）进行了施工，研讨会前相关的检测势必只能针对现场当时的情况进行，因此检测的内容涵盖了加深后的工程，施工整改意见也包含了部分加深后的工程如第4项停泊水域的炸礁；对于被告无异议的研讨会记载的整改意见第2、3项，没有记载具体的工程量及对应的费用数额。因此原告主张加深前工程的整改修复费用，应举证证明被告应承担的整改修复工程的具体工程量及其对应的费用数额。
原告提供其与林国清的《龙海兆龙仓储有限公司关于设计3000吨码头前沿水域整改清淤施工合同》，其与林惠金的《龙海兆龙仓储有限公司关于设计3000吨码头前沿停泊水域、回旋水域整改施工合同》，证明其实际支出的整改修复费用为清淤费用118万元，其他费用227.5万元。但未提交证据如具体的施工及其工程量记录，开工、完工、验收记录等，以证明前述二个合同有实际履行。况且，原告陈述该二份超过百万元金额的合同系经过近二年后，才于2016年4月补签也不符合常理。再者，原告委托林国清、林惠金施工前，未告知被告，给予被告了解和质询的机会，因此即使该二个合同为真实存在的施工合同，原告仍负有举证证明该合同体现的价款符合市场合理价格的义务，显然原告就此也未举证予以证明。故前述二个合同，不能作为认定整改修复工程量及其对应费用数额的依据。
因此，原告不能提供充分的证据证明被告应承担的整改修复工程量及其对应费用数额，应承担举证不能的后果。此外，根据原被告双方之间合同的约定，以及福建省高级人民法院（2016）闽民终526号生效判决的认定，案涉工程施工完成后，清除淤泥的费用�不应由被告承担。
综上，原告的诉讼请求没有事实与法律依据，依法应予以驳回。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法(?javascript:SLC(183386,0)?)〉的解释》第九十条的规定，判决如下：
驳回原告龙海兆龙仓储有限公司的诉讼请求。
案件受理费34440元，由原告负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于福建省高级人民法院。
审 判 长 邓金刚
代理审判员 王端端
代理�判员林倩
二〇一七年五月二十四日
代书 记员 唐蓉芳
附本案所适用的主要法律条文：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第六十四条当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法(?javascript:SLC(183386,0)?)〉的解释》
第九十条当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实�应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。
在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。