贵州省毕节市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）黔毕中民初字第161号
原告四川金海建设有限公司，住所地四川省泸州市泸县牛滩镇。
法定代表人冯建华，系该公司董事长。
委托代理人周振国，贵州衡瑞律师事务所律师。
被告毕节市龙鑫家业房地产开发有限公司，住所毕节市七星关区环东路。
法定代表人吉宓，系该公司总经理。
委托代理人张竸，贵州圣谋律师事务所律师。
委托代理人查杰，贵州圣谋律师事务所律师。
原告四川金海建设有限公司（以下简称金海公司）和被告毕节市龙鑫家业房地产开发有限公司（以下简称龙鑫公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院依法组成合议庭公开开庭审理了本案，原告的委托代理人周振国，被告的法定代表人吉宓及其委托代理人张竸、查杰到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告向本院诉称，原告、被告在公平、自愿协商一致的条件下，于2013年10月12日，签订了关于毕节东城印象小区12号、13号楼的《毕节东城印象小区12号、13号楼建设施工合同》。原告按合同的约定履行了自己的义务；但被告却不完全履行自己的义务，支付给原告相应的工程款。原、被告双方于2015年4月24日，签订《施工合同补充协议》，该协议约定：被告尚欠原告工程款14326586元；被告用13号楼的三层、第四层商业楼及部分住宅楼抵扣欠原告相应工程款。被告将第四层商业楼（1017.1㎡，总价4068400元）过户给原告；住宅部分，被告销售所得款项，被告不按约定将100万元在两个工作日内转至原告指定的账户。《施工合同补充协议》同时约定：本协议签订之日起，2012年元月21日签订的原《东城印象小区建设施工合同》中约定的“总承包建筑面积13万平方米”的总承包合同不再履行；甲、乙双方必须严格执行上述条款，任何一方违约，须支付对方违约金5000000。被告的行为，违反《中华人民共和国合同法》第六十条的规定，应当依约向原告支付工程款；依法应当向原告支付违约金。请求判决：1、判令被告支付原告工程款人民币6800446元。2、判决被告支付原告违约金5000000元。3、判决被告承担诉讼费及财产保全费等费用。
被告答辩称，一、关于事实部分，原被告双方经协商一致达成《东城印象小区建设工程施工合同》（总承包合同，承建龙鑫公司东城印象一期、二期工程，东城印象小区12号、13号楼即二期工程），2013年10月12日，原被告双方就东城印象小区12号、13号楼的施工事宜签订施工合同，东城印象一期、二期工程款共计125848434.43元（以最终确认的审计审核价为准），一期工程款已经结清，二期工程造价暂定66377831.2元，根据《毕节东城印象小区12号、13号楼建设施工合同》的约定，东城印象小区12号、13号楼工程款按工程进度支付，竣工验收合格后，支付至合同价款的90%，办理完竣工结算后，扣除竣工结算价款3%为质量保修金，余款一次性支付，但时至今日，东城印象小区12号、13号楼工程尚未竣工验收。由于金海公司称其资金困难，考虑双方长期以来合作愉快，同时体恤金海公司作为施工方存在的困难，故双方经协商后于2015年4月24日达成《施工合同补充协议》，答辩人公司以东城印象小区13号楼第三、四层商业楼及部分住宅楼（17套住宅楼）抵扣所欠金海公司相应工程款，也相当于答辩人公司按《毕节东城印象小区12号、13号楼建设施工合同》的约定提前支付金海公司工程款。二、《施工合同补充协议》系答辩人与金海公司的真实意思表示，以房抵债系《施工合同补充协议》的合同目的，被答辩人请求答辩人给付6800446元工程款无事实及法律依据，本案应当按照《施工合同补充协议》继续履行。首先，答辩人与金海公司达成的《施工合同补充协议》的前提及基础是根据《毕节东城印象小区12号、13号楼建设施工合同》的约定，未到工程款支付期限，而金海公司作为施工方存在资金困难，答辩人公司存在资金支付困难，双方互谅互让。施工合同补充协议的合同目的即实现金海公司能够提前取得工程款、答辩人公司房屋能够尽早变现，达到解决双方公司资金困难问题的双赢的目的。故根据双方的合同目的，应当按照《施工合同补充协议》继续履行。其次，东城印象一期、二期工程款共计125848434.43元，二期工程款暂计66377831.2元，《施工合同补充协议》签订时答辩人公司仅欠金海公司14326586元，施工合同补充协议签订后，东城印象13号楼第三、四层已实际交付给金海公司，金海公司也已张挂广告进行出租、出售，且东城印象13号楼第四层早已备案登记给金海公司代理人王健、姚治强，用于抵扣工程款的17套房屋，答辩人公司已代金海公司销售完毕，目前答辩人公司收到的房屋款项共计3847546元，其中已支付房屋款项共计3488378元给金海公司，因金海公司就本案提起诉讼并申请贵院查封、冻结答辩人公司账户，答辩人公司代为收取的房款尚有359168元未支付给金海公司，又因尚有三套房屋银行抵押贷款尚未办理成功，至今该三套房屋银行抵押贷款共计555000元尚未到达辩护人公司账户。根据前述事实，答辩人公司已履行了《施工合同补充协议》项下的大部分义务，且就施工合同关于付款的约定，答辩人公司亦属于提前付款、提前履约，不存在金海公司起诉称的被告不完全履行自己的义务，支付原告相应工程款。第三、因前述17套房屋属答辩人公司代理金海公司代售、代收款项，该17套房屋代售事宜属代理关系，与本案建设工程施工合同纠纷不属于同一法律关系，不属于金海公司诉请给付工程款的范畴。第四、原告金海公司起诉的6800446元工程款无相应的计算依据。三、被答辩人应当依法为答辩人开具46969388.43元工程款的建筑业统一发票，并承担相应违约责任。根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定及施工合同补充协议第5条的约定，金海公司应该在2015年8月15日完成相应工程款全部完税手续，但截至目前尚有43969388.43元工程款金海公司未开具建筑业统一发票给答辩人公司，违反合同约定和法律规定，使答辩人公司报税困难，面临187.87万元税款损失，且税务机关正在追究答辩人公司责任，金海公司应当尽快为答辩人开具发票。其次、根据施工合同补充协议第9条的约定，金海公司应当支付违约金5000000给答辩人公司。四、答辩人诉请的5000000违约金明显过高，且不具备支付的事实及法律依据。首先答辩人未按期为金海公司办理13号楼第三层商铺备案手续给金海公司未造成巨大损失。工程未竣工验收，不可能办理物权变更登记手续，故答辩人未按期为金海公司办理13号楼三层商铺备案手续并不涉及损害金海公司的实质利益。即使以同地段租金计算金海公司自2015年7月1日后的租金损失，也不过几万元，金海公司诉请答辩人公司支付5000000违约金不仅明显过高，且不具备支付的事实及法律依据。其次，金海公司未为答辩人开具发票严重违约。导致答辩人公司187.87万元税款无法抵扣，同样违反《施工合同补充协议》第5条约定，答辩人同样有权要要求金海公司支付5000000的违约金损失。相比之下，答辩人公司面临的风险更大，损失更大。请求驳回金海公司的诉讼请求。
原告金海公司为证明自己的主张，提交了以下证据：
第一组证据：原告《营业执照》副本复印件、《组织机构代码证》复印件及原告法定代表人冯建华的《身份证》复印件。证明原告的诉讼主体资格适格，同时也证明了原告有资格与被告签订建设工程施工合同，所签订的合同受法律的保护。
被告质证认为无异议。
第二组证据：原、被告于2012年1月21日签订的东城印象小区《建设工程施工合同》复印件；于2013年签订的毕节东城印象小区12号、13号楼《建设施工合同》复印件。证明原告与被告所签订的合同是在协商一致、平等自愿、符合国家法律规定的基础上签订，原告依约定履行了相应的义务。
被告质证认为对三性不持异议，但认为达不到原告方证明目的。
第三组证据：原、被告于2015年4月24日签订的毕节东城印象小区12号、13号楼《施工合同补充协议》复印件。证明目的：1、被告由于资金不到位，无力支付原告承建的12号、13号楼的工程款，经双方结算被告尚欠原告工程款14326586.00元，被告用13号楼的第三层、第四层商业楼及17套住房抵扣所欠原告工程款14326586.00元；2、被告未按该协议约定，在2015年7月1日前，将13号楼第三层商业楼备案登记给原告指定代理人姚治强、王健；被告也未按该协议约定，将住房部分出售所得的款项944799元，在出售后的两个工作日内转至原告指定的账户；被告的行为已经构成了违约，应当按照该补充协议第9条的约定，支付给原告违约金5000000，以弥补给原告造成的损失。3、因原告与被告协商一致，本协议签订之日起，2012年元月21日签订的原《东城印象小区建设施工合同》中的“总成包建筑面积13万平方米”的总承包合同不再履行；那么，原合同已经解除，被告就应当履行2015年4月24日签订的毕节东城印象小区12号、13号楼《施工合同补充协议》，将13号楼第三层商业楼（与第四层商业楼面积一致，第四层已经备案登记给原告指定代理人姚治强、王健，面积为1017.10㎡）在约定的时间内备案登记给原告指定的代理人，但被告却违约将13号楼第三层商业楼备案登记给了他人；被告要履行该约定已经不可能，那么，被告就应当将第三层商业楼所抵扣的工程款支付给原告，金额为1017.1㎡×5000元=5085500元，再加上第三层商业楼多抵扣79.4㎡×5000元=397000元，以及第四层商业楼多抵扣的79.4㎡×4000元=317600元，总计5800100.00元；住房部分被告应当支付给原告944700元，再加上住房部分多抵扣的80.51㎡×2380元=191613.8元，为1136313.8元；被告应当支付给原告工程款6936413.8元。
被告质证认为对三性不持异议，但达不到证据目的。当时签合同的背景不仅是由于资金问题，对12号、13号楼的建造，双方约定付款是在工程竣工之后支付10%，是按照工程进度付款，其中有3%是质保金。目前为止没有进行竣工验收。补充协议的签订，被告是可以不签署的，但考虑到对方资金困难，双方是在互相体谅的情况下签署的，不只是我方存在资金问题。根据补充协议第四条的约定，其实是一个代理销售关系，我们是以17套房抵偿工程款，实际是被告代为销售。以房抵偿属于合同支付方式，在合同里面有明确约定。相关款项没有收到不属于本案争议关系。其实是原告方申请保全，房贷事宜才不能继续完成。关于原告提到的违约金，不仅诉请过高，且无法律依据。被告在合同履行过程中没有实质性违约行为。合同第9条约定违约金，原告未开具发票的行为其实才构成违约，被告才更该有理由请求支付违约金。就原告提出的数据6936413.8元不属实，因为合同里面约定了以房抵债。
第四组证据：毕节东城印象小区1、2号楼《施工合同补充协议》复印件。证明是与毕节东城印象小区12号、13号楼《施工合同补充协议》同日签订，被告方由于资金不到位，用1号楼第三层商业楼抵扣所欠原告1、2号楼的工程款，每平方米按5000元计算；抵扣给原告的13号楼第三层、第四层商业楼因是同面积的，第三层每平方米5000元、第四层每平方米4000元，双方约定均价按每平方米4500元计算，现因13号楼第三层商业楼被告已经不能依约履行备案登记给原告，而13号第三层商业楼的地段、楼层与1号楼相同，因此，13号楼第三层商业楼的单价应当为每平方米5000元。
被告质证认为真实性无异议，但达不到证明目的，不能以第1、2号楼的单价推定第12、13号楼的单价。双方也明确约定了第12、13号楼的单价，而且同一天签订的合同出现价格不相同的情况正说明了是原告的真实意思表示，所以达不到原告方证明目的。
第五组证据：已经依约定备案登记给原告指定代理人姚治强、王健的13号楼第四层商业楼的《备案登记证》、商品房买卖合同一份、第13号楼第四层商业楼备案登记表。证明13号楼第三层、第四层的面积是相等的，每层的面积比补充协议上面积少了79.4㎡，这部分的工程款被告也应当支付给原告。
被告质证认为真实性无异议。达不到证明目的，因为最终验收、测算都还没有进行，补充协议里面也说了都是暂定价，以房抵债。
第六组证据借款合同及相关融资成本材料、票据，证明被告占用资金导致的损失。
被告质证认为真实性由法庭核实，但我方认为与本案无关。这是对方与案外人的接触，达不到原告的证据目的。原告资金是否充足而去借贷款项与被告无关，也体现出合同签订的背景是当时原告资金缺乏，合同也明确约定以房抵债，已解决双方的问题。
被告为证明自己的抗辩主张，提交了以下证据：
第一组：营业执照、法定代表人身份证明书，证明内容：被告毕节市龙鑫家业房地产开发有限公司于2009年7月9日成立，系有限责任公司（自然人独资），法定代表人吉宓，任被告公司总经理职务。证明目的：被告诉讼主体资格适格。
原告质证认为对三性无异议。
第二组：东城印象小区建设工程施工合同、毕节东城印象小区12号、13号楼建设施工合同、施工合同补充协议（两份）、现场照片，证明内容：1、2012年1月21日，原、被告就东城印象小区建设工程施工事项经协商一致达成《东城印象小区建设工程施工合同》（总承包合同，承建龙鑫家业公司东城印象一期、二期工程，东城印象小区12号、13号楼即二期工程）；2、2013年10月12日，原、被告就东城印象小区12号、13号楼的施工事宜（即二期工程）签订《毕节东城印象小区12号、13号楼建设施工合同》，约定东城印象小区12号、13号楼工程款按工程进度支付，竣工验收合格后，支付至合同价款的90%，办理完竣工结算后，扣除竣工结算价款3%为质量保修金（质量保修金的返还按国家有关规定执行），余款一次性支付（详见第3页及第66至67页）；3、2015年4月24日，原、被告双方签订《施工合同补充协议》，约定被告以东城印象小区13号楼第三、四层商业楼及部分住宅楼（17套住宅楼）抵扣所欠原告相应工程款；4、原告张贴出租、出售东城印象小区13号楼第三、四层商业楼的广告。证明目的：1、就东城印象小区12号、13号楼工程款余款支付事宜，原、被告双方已达成以房抵债的合意，应当按照《施工合同补充协议》约定继续履行；2、根据《毕节东城印象小区12号、13号楼建设施工合同》的约定，原、被告双方达成的《施工合同补充协议》属被告提前履行合同义务、提前支付工程对价；3、东城印象小区13号楼第三、四层商业楼已交付原告占有、使用。
原告质证认为对真实性无异议，但不能到达证明目的。以房抵债，第三层已经履行不能，无法登记备案给原告，我方要求支付工程款。第3、4号楼已经交还给原告与客观事实不符，第13号楼第三层已经抵押登记给他人了。
第三组：借款协议、毕节市商品房预售合同备案登记表（两份，预售合同登记号分别为：2014-11423、2014-11424），证明内容：1、2015年1月24日，被告公司法定代表人吉宓与宋帮伟签订《借款协议》，约定：吉宓向宋帮伟借款10000000.00元，为确保借款资金安全，吉宓以东城印象13号楼一、二、三、四层商铺，约3600平方米，抵押给宋帮伟作为担保，还本付息之日，宋帮伟与被告2015年1月20日签订的《商品房买卖合同》自动作废，且宋帮伟无条件配合乙方到房产部门撤销合同备案；2、2015年1月20日，毕节市东城印象13号楼二、三楼商铺备案登记给宋帮伟。证明目的：《借款协议》系吉宓私自与宋帮伟签订，宋帮伟与被告公司签订的相关《商品房买卖合同》实质是吉宓与宋帮伟借款合同的从合同，即担保合同，《借款协议》及相关《商品房买卖合同》《毕节市商品房预售合同备案登记表》均不可能产生买卖东城印象13号楼第二、三楼的法律效力，且担保物权未依法设立，故而不影响原、被告双方之间的《施工合同补充协议》的履行。
原告质证认为对真实性无异议，达不到证据目的，反而证明了被告方已经违约，已经不能将涉案房屋在2015年7月15日前登记备案给原告。故我方请求支付工程款。对方存在欺骗行为。
第四组：抵押给施工方房源收支情况，证明内容：《施工合同补充协议》项下用于抵扣工程款的17套房屋，被告已代理原告销售完毕，现目前被告收到的房屋款项共计3847546.00元，其中已支付房屋款项共计3488378.00元给原告，因原告就本案提起诉讼并申请贵院查封、冻结被告公司账户，被告代为收取的房款尚有359168.00元未支付给原告，又因尚有三套房屋银行抵押贷款未办理成功，至今该三套房屋银行抵押贷款共555000.00元尚未到达被告公司账户。证明目的：被告公司依约为原告代理销售抵偿工程款的17套房屋，另说明：该17套房屋代售事宜属代理合同关系，与本案建设工程施工合同纠纷不属于同一法律关系，不属于金海公司诉请给付工程款的范畴。
原告质证认为达不到证明目的。仅有被告提供的表格不能证明事实，对于原告所说的并不是代理关系，是抵扣工程款，原告无权处理和授权他人处理房产。其就是合同项下的一个子项，应该按照合同约定按时支付工程款，未支付已构成违约。
本院结合双方陈述及质证意见，对双方提交的证据认定如下：
对原告提交的证据。被告对第一组证据无异议，予以确认。第二组证据、第三组证据、第四组证据、第五组证据，被告对真实性无异议，这几组证据与待证事实相关联，来源合法，予以确认。第六组证据借款合同及相关融资成本材料、票据与其要证明被告给其造成的损失之间没有关联性，不予确认。
对于被告提交的证据。第一组，原告无异议，予以确认。第二组、第三组，原告对真实性无异议，这两组证据内容与本案相关联，来源合法，予以确认。第四组证据反映的销售情况原告未否认，但其反映的银行放贷情况与实际放贷情况不符，因此仅认定其对涉案房源销售情况的证明力。
本院审理查明，2012年1月21日，原被告签订总承包合同《东城印象小区建设工程施工合同》，约定原告承建被告东城印象小区项目。同日双方就一期工程即1、2号楼签订《东城印象一期建设工程施工合同》，合同签订后，原告进场施工。2013年10月12日，原被告双方就东城印象小区二期工程即12号、13号楼签订《毕节东城印象小区12号、13号楼建设施工合同》，约定工程价款暂定为5000万元，工程实际价款待工程竣工验收合格后按照图纸、变更签证以发包人和监理方共同认可的工程计算；支付方式为按工程进度支付80%的工程款，竣工验收合格后支付10%的工程款，结算完成后支付7%的工程款，剩余3%的工程款扣为质量保修金。《毕节东城印象小区12号、13号楼建设施工合同》签订后，原告进场施工，该工程至今未竣工验收。
2015年4月24日，双方就东城印象小区1、2号楼签订《施工合同补充协议》，对1、2号楼工程价款进行了清算。同日原告作为乙方、被告作为甲方，双方就12号、13号楼亦签订《施工合同补充协议》，约定：1、东城印象小区12号、13号楼工程造价按照原合同条款，以最终确认的审计审核价为准；现该项目工程造价暂按每平方米1490元乘以该项目工程图纸设计建筑面积（44548.88㎡）计，工程造价暂为66377831.2元，根据合同扣除3%的质保金（质保金按原合同相关条款执行），乙方暂得工程款为64386496.26元，加上一期（1号、2号）转至二期（12号、13号）工程履约担保金200万元，甲方暂支付乙方工程款为66386496.26元，甲方现已支付乙方工程款为51132676元，减去一期抵扣差额207034元，再减去由甲方直接支付的内墙漆工程款257000元和吊顶工程款147000元和防盗门工程款316200元（其中一期42600元、二期273600元）；还应支付乙方工程款14326586元；为确保乙方收益，甲方用13号楼第三层、第四层商业楼及部分住宅楼抵扣所欠乙方相应工程款。2、13号楼第三、第四层商业楼单价按4500元／㎡，商业楼面积暂以2193㎡（暂以图纸所示面积1096.5㎡／层，最终以房权证所示建筑面积为准）计，总值暂定9868500元。3、住宅每平方米单价按2380元，抵扣住宅建筑总面积为1873㎡，总值为4458086元，具体房源为：12-2001、12-1201、12-1405、12-1202、21-2803、12-1806、12-1003、12-2603、13-803、13-1904、13-2303、12-1406、12-2601、12-1706、13-2104、12-805、12-905，以上房源共计17套，1792.49㎡。双方根据选中房源总面积价格多退少补，以上房屋均应使用电梯上下。4、上述房屋二期13号楼三层、四层商业楼由甲方办理房产过户手续给乙方的指定代理人：姚治强和王健，2015年7月1日前办理完网签备案；二期抵扣的住宅房产过户由乙方落实具体买房人后办理过户手续，根据房屋的情况，能直接过户的就直接过户，能办理备案网签的办理备案网签，由乙方提供应当提供的办房手续给甲方，由甲方负责具体完善，若乙方将住房出售，所得款项甲方在两个工作日内转至乙方指定账户。5、乙方承诺2015年8月15日前完成相应工程款全部税收手续。6、乙方对本项目工程按照甲方要求及时完成施工，全力配合甲方对本项目工程竣工验收备案工作，如不按要求及时配合，所造成的损失由乙方全部承担，甲方应加强消防、强电、弱电的施工管理全力配合乙方的施工工作，如不按要求及时配合，所造成的损失由甲方全部承担。7、甲、乙双方在上述抵扣过程中，甲方按出售方承担相应的卖方税费，乙方按购买方承担相应的买方税费。8、待竣工结算（竣工验收合格一个月内乙方向甲方报送结算资料）按最终确认的审计核价进行调整；甲乙双方在审核价确认一个月内完成差额价款调整、多退少补。9、甲乙双方必须严格执行上述条款，任何一方违约，须支付对方违约金5000000；10、本协议自签订之日起，2012年1月21日签定的原《东城印象小区建设施工合同》中约定的“总承包建筑面积13万平方米”的总承包面积不再履行。双方约定，由乙方按相关规定履行保修责任，完善手续后，1、2号楼质保金于2016年6月30日前退还，12、13号楼质保金于2016年12月30日前退还。11、本补充协议签订之时起，乙方修建东城印象12、13号楼的所有工程款项目基本结清，若因乙方和各施工班组及各原材料供应商产生债权债务方面的纠纷，造成甲方的损失，由乙方全权负责。
12号、13号楼的《施工合同补充协议》签订后，被告将第四层商业楼交付给原告并办理备案登记，但并未将第三层商业楼交付原告并办理备案登记，而是就第三层商业楼与案外人宋帮伟、戴娇签订商品房预售合同并办理了预售合同备案登记。第三层商业楼与第四层商业楼面积相同。17套用于抵扣工程款的住房已经以被告方名义销售完毕，销售总价4402564元，截至法庭辩论终结前，被告共计收到购房款4062546，已向原告支付的售房款共计3488378元。
原告以被告未按《施工合同补充协议》约定将第三层商业楼登记备案给原告指定的代理人，未按约定支付原告售房款，已构成违约为由，诉来本院。
本院认为本案的争议焦点一是被告应向原告支付多少工程款；二是双方在履行合同过程中是否存在违约行为及应否支付违约金。
对于焦点一：原被告双方就12号、13号楼自愿签订的《施工合同补充协议》（以下简称补充协议）系合法有效的合同，各方均应依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款“当事人应当按照约定全面履行自己的义务”的规定，信守承诺，履行合同义务。从补充协议约定的内容看，双方就12号、13号楼工程先以工程总价款为66377831.2元进行结算，经结算被告欠原告工程款14326586元，并以13号楼第三、四层商铺及17套房屋住房予以抵扣，待最终竣工结算后双方再就差价进行补偿。可见，双方签订的补充协议分为两个履行阶段，第一阶段为竣工验收前的阶段，即暂将工程以总价款66377831.2元进行结算付款阶段；第二阶段为竣工验收后的阶段，即根据最终的竣工结算情况进行差价补偿阶段。由于涉案的12号、13号楼现尚未竣工验收，因此补充协议处于第一个履行阶段，现双方就第一阶段的履行发生争议。按补充协议约定，在这一阶段中，被告应支付原告工程款14326586元，以13号楼第三、四层商铺及17套房屋住房予以抵扣。
就商铺抵扣部分。被告在补充协议签订后就其中第三层商铺与案外人签订了预售合同，并办理了备案登记，因此第三层商铺已不能用于抵扣。对于被告辩称应当继续以第三层商铺抵扣工程款的理由，原告庭审中表示如被告能够消灭预售合同及备案登记，愿意接受继续以第三层商铺抵扣工程款，但是被告至今未能有效终止预售合同并撤销备案登记，故对被告的该抗辩理由不予采纳。欠付工程款之债属于金钱债务，支付金钱是履行金钱债务原本的、当然性的履行方式，以房抵扣工程款是双方约定的特殊的金钱债务履行方式，这一约定仅赋予被告以这种特殊方式履行债务的权利，现被告方因自身的行为造成第三层商铺不能用于抵扣，丧失了以第三层商铺抵扣工程款的权利，被告就应当按照履行金钱债务的原本的履行方式履行债务，即直接以金钱支付原告工程款，故原告要求被告支付工程款的主张成立。按照补充协议第2条“13号楼第三、第四层商业楼单价按4500元／㎡，商业楼面积暂以2193㎡（暂以图纸所示面积1096.5㎡／层，最终以房权证所示建筑面积为准）计，总值暂定9868500元”的约定，第三层商铺抵扣的工程款为4934250元（9868500／2），被告即应直接支付原告4934250元工程款。
就17套住房抵扣部分。补充协议约定该部分抵扣的工程款为4458086元，原告自行落实购房人后，由被告直接办理相关手续，所得房款被告于收到后两日内支付给原告。现17套住房已经以被告名义全部出售，售价总计4402564元，截止法庭辩论终结前，被告共计收到购房款4062546元。其中尚未收到的购房款涉及两套住房，对该两套住房的购房人，原告方否认是其联系的购房人，被告方也无证据证明，因此应当认定为该两套住房系被告方所出售，据此被告方应当按售价支付原告相应价款。现被告已支付原告共计3488378元，尚欠914186元（4402564-3488378）。被告辩称其与原告就17套房屋之间是代售关系，销售款项不属于原告诉请给付工程款的范围，对此，原告将该款项计入其诉请的工程款中予以主张虽然表述上有瑕疵，但是就本案来说，补充协议的核心是以房抵扣工程款，约定的原告自行落实购房人后由被告直接办理相关手续并由被告将所得售房房款于收到后两日内支付给原告，这是被告履行抵扣义务的具体操作方式及抵扣过程中的附随义务，是被告完成抵扣应尽的义务，也即被告履行工程款债务应尽的义务，原告将其计入工程款一并主张正当，应予支持。据此，被告应当支付原告914186元。
另外，因为双方约定待竣工结算后按最终确认的审核价进行差额调整，多退少补，并且用于抵扣的商铺及住房的面积尚不最终确定，因此，对于原告现在就基于商铺及住房面积差异主张的抵扣差额，本院暂不予支持，双方可待工程竣工验收后，按照最终确认的工程价款，根据用于抵扣的商铺及住房的准确面积再进行差价调整。
综上论述，被告应付给原告的工程款为5848436元（4934250元＋914186）。
对于焦点二：被告就用于抵扣工程款的第三层商铺与他人签订预售合同并办理了备案登记，造成第三层商铺不能用于抵扣工程款，已经违反双方补充协议的约定，构成违约。被告未将售房款及时支付给原告，亦构成违约。根据《中华人民共和国合同法》第一百零七条“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任”的规定，被告应当向原告承担违约责任。对于被告抗辩称原告未向其开具发票，构成违约，给其造成损失的抗辩理由，补充协议约定原告开具发票的时间是在被告履行抵扣义务时间之后，在被告尚未完全履行自己的抵扣义务情况下，原告未履行自己的义务属正当，故对其抗辩理由不予采纳。原告主张违约金5000000，被告抗辩称违约金过高，对此，虽然双方补充协议约定的违约金为5000000，但是因本案欠付的是工程款，通常造成的损失是资金占用损失，具体表现为利息损失，现原告没有充足的证据证明其还有其他损失，依照《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十九条第二款“当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的'过分高于造成的损失'”以及《中华人共和国合同法》第一百一十四条第二款“约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少”的规定，原告现按双方约定的违约金数额主张违约金明显过高，被告的抗辩主张成立，本院只支持按中国人民银行同期同类贷款基准利率的1.3倍计算的利息损失。具体计算为：1、因补充协议约定被告将第三层商铺交付并办理网签备案的时间是2015年7月1日，因此，未抵扣的4934250元工程款自2015年7月1日起按中国人民银行同期同类贷款利率的1.3倍计算至还清之日止。2、原告计入工程款一并主张的售房款914186元，因原告未具体说明被告收到购房款的时间以及尚未收到的购房款涉及的两套住房的出售时间，本院现只能确认是在法庭辩论终结前，因此违约金只能自法庭辩论终结的时间2015年11月5日起按中国人民银行同期同类贷款利率的1.3倍计算至还清之日止。前述两项最高不超过5000000。
综上，本院对原告的第一项诉讼请求只支持5848436元；对第二项诉讼请求，本院只支持5848436元中4934250元自2015年7月1日起按中国人民银行同期同类贷款利率的1.3倍计算至还清之日止的利息，914186元自2015年11月5日起按中国人民银行同期同类贷款利率的1.3倍计算至还清之日止的利息，共计不超过5000000。据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十四条第二款、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十九条第二款的规定，判决如下：
被告毕节市龙鑫家业房地产开发有限公司自本判决生效之日起15日内支付原告四川金海建设有限公司5848436元及利息（利息计算为：4934250元自2015年7月1日起按中国人民银行同期同类贷款利率的1.3倍计算至还清之日止的利息，914186元自2015年11月5日起按中国人民银行同期同类贷款利率的1.3倍计算至还清之日止的利息。共计不超过5000000元）。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费92602元，由原告四川金海建设有限公司承担37041元，被告毕节市龙鑫家业房地产开发有限公司承担55561元；财产保全费5000元由被告毕节市龙鑫家业房地产开发有限公司承担。
如不服本判决，可自判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人人数提出副本，上诉于贵州省高级人民法院。
审判长 李 可
审判员 陈红梅
审判员 徐 洪
二〇一五年十二月十四日
书记员 任云娇