山东省济南市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）鲁01民终3510号
上诉人（原审被告）：济南东拓置业有限公司，住所地济南市。
法定代表人：刘金辉，董事长。
委托诉讼代理人：王玉亮，北京市观韬（济南）律师事务所律师。
委托诉讼代理人：樊兆杰，山东豪才律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：刘国栋，男，1956年1月13日出生，汉族，住济南市。
委托诉讼代理人：张敏，山东康桥律师事务所律师。
委托诉讼代理人：仪江勇，山东康桥律师事务所律师。
上诉人济南东拓置业有限公司（以下简称东拓置业）因与被上诉人刘国栋房屋买卖合同纠纷一案，不服济南高新技术产业开发区人民法院（2015）高民初字第2052号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年4月26日立案后，依法组成合议庭，不开庭进行了审理。本案现已审理终结。
东拓置业上诉请求：1.依法改判调减一审判决第一项认定的逾期交房违约金21268.34元；2.依法改判调减一审判决第二项认定的逾期交付车位违约金1663.21元；3.撤销一审判决第三项，改判驳回刘国栋关于逾期办证违约金的诉求；4.一、二审诉讼费用依法分担。事实和理由：一、一审法院未依法查明刘国栋逾期付款天数并在计算逾期交房违约金时依约扣除属于认定事实不清。涉案《商品房买卖合同》第九条第2项约定：“如买受人逾期付款，逾期交房的时间从合同约定交房日顺延至累加逾期付款期限后开始计算”。本案中，刘国栋于2011年10月14日签订合同后并没有按照约定将贷款资料提交银行并将贷款委托支付给东拓置业，直到2012年1月4日贷款才支付到位，累加逾期付款天数为75天，在计算逾期交房天数时应当将上述逾期付款天数予以扣除，但一审法院计算逾期交房时间时并没有扣除，导致逾期交房违约金多计算21268.34元。二、一审判决以东拓置业未对涉案车位租赁费申请司法鉴定等为由没有支持东拓置业要求调减逾期交车位违约金的主张适用法律错误。本案中，刘国栋没有提供证据证明逾期交付车位实际损失的情况下，应当按照法定损失作为认定约定违约金是否过高的依据。关于法定损失的确定，参照《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十七条规定，并不是只有评估机构评定的租金标准可以作为依据，有关主管部门公布租金标准也可以作为依据。依据济南市物价局、市住房保障和房产管理局于2012年8月1日实施的济价费字[2012]77号文件公布的住宅小区车位租赁费的价格，涉案车位租赁费的实际损失没有司法鉴定的必要。因此，本案逾期交付车位违约金应按照该政府指导价即8.06元/个·日×1.3倍作为计算调减违约金的依据。三、一审法院对刘国栋就涉案房屋进行违法建设的事实未依法查明，且该事实与东拓置业无法办理房屋所有权初始登记存在法律上的因果关系。1.一审中，东拓置业已提交了XX小区物业部门的装修整改通知证实刘国栋在收房后违反规划对房屋进行建设，对此，物业部门曾要求其限期恢复原状并上报给了城管执法部门，一审法院对此并没有依法审查。2.东拓置业因客观原因无法调取城管执法部门的责令限期整改通知，故依法申请调取，一审法院未依法调取适用法律错误。3.依据《济南市房屋登记条例》第十四条、十六条、二十七条规定以及《山东省实施〈房屋登记办法〉细则》第二十八条规定，因存在违法建设的房屋，东拓置业无法申报办理房屋所有权初始登记，也就无法通知业主进行房产证办理，两者存在法律上因果关系。因此，刘国栋因违建原因导致房产证无法办理责任不应归属于东拓置业，故其逾期办证违约金的诉求应当予以驳回。
刘国栋辩称，一、东拓置业称一审法院“未依法查明刘国栋逾期付款天数并在计算逾期交房违约金时依约扣除属于认定事实不清”没有任何依据。刘国栋不存在逾期付款的情形，签订《商品房买卖合同》后，刘国栋依据合同第五条的约定支付了首付款，并在约定期限内提交按揭贷款资料，并委托银行将贷款直接支付给东拓置业，银行在收到资料后哪天发放贷款不是刘国栋能决定的，且合同中没有约定银行发放贷款的最后期限，因此，刘国栋不存在逾期付款的情形。二、一审法院关于逾期交付车位违约金的认定是正确的。1.东拓置业与刘国栋签订的《地下车位使用权转让协议》系双方的真实意思表示，不违反法律、法规的强制性规定，该合同合法有效，而且该合同是东拓置业单方提供的格式文本，违约金的计算方式也是其主动写在合同上的，东拓置业作为专业的房地产开发商，在签订合同时应当预见到自己逾期交付车位应当承担的违约责任。2.《关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十七条规定：“商品房买卖合同没有约定违约金数额或者损失赔偿额计算方法，违约金数额或者损失赔偿额可以参照以下标准确定：逾期交付使用房屋的，按照逾期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者有资格的房地产评估机构评定的同地段同类房屋租金标准确定”。而本案逾期交付车位有明确约定的违约金计算方法，不应该参照该司法解释第十七条的规定。东拓置业要求依据济南市有关文件来降低车位违约金没有事实和法律依据。三、一审法院关于逾期办证违约金的认定是正确的。1.《商品房买卖合同》第15条明确约定，东拓置业应当在房屋交付后270天内，将办理权属登记需由东拓置业提供的资料报登记机关备案并书面通知刘国栋向房管部门申请办理房屋所有权证，否则东拓置业自逾期第一天起按日向刘国栋支付已交付房价款万分之一的违约金。2.办证的前提是东拓置业先将办理权属登记的资料报登记机关备案并书面通知刘国栋向房管部门申请办证，而东拓置业至今没有履行备案和通知义务，东拓置业连最基本的购房发票都没有开具，更不用说去备案了。3.XX装修整改通知书是物业公司发给业主的，与本案无关。且不管业主是否有乱搭乱建行为物业公司都给每户业主下发该通知书，若由业主违法建设导致无法办证，房屋登记机构会给业主下发书面通知予以说明，而不是由物业公司给业主下发整改通知，是否符合办证条件不是物业、城管部门界定的，而是房管部门界定的。因此，东拓置业提交XX装修整改通知书证明逾期办证是由刘国栋违建导致是没有事实和法律依据的。
刘国栋向一审法院起诉请求：1.东拓置业支付逾期交房违约金75747元；2.东拓置业支付逾期交付车位违约金2952元；3.东拓置业支付逾期办理房屋所有权证的违约金至东拓置业将办理权属登记的资料报产权登记机关备案并书面通知刘国栋向房管部门申请办理房屋所有权证止（暂计算至2015年7月13日止为146773元）；4.东拓置业承担本案的诉讼费。
一审法院认定事实：2011年10月14日，刘国栋（买受人）与东拓置业（出卖人）签订《商品房买卖合同》（合同编号：销售（字）DTZY-02-2010-LYB-
XXXX）一份，约定刘国栋购买东拓置业开发的位于高新区“XX”小区X区X-
XXXX商品房及储藏室；建筑层数地上4层，地下1层；该商品房建筑面积共259平方米，储藏室建筑面积130.53平方米；该商品房每平方米6791元，金额1758925元；储藏室每平方米2251元，金额293850元，以上总价款共计2052775元。合同第五条约定：买受人以银行按揭贷款方式支付购房款，须在本合同签订之日首付房屋总价款的59.57%，即人民币1222775元；且买受人须在本合同签订之日起7日内将银行要求提交的按揭贷款资料备齐并提交，并委托贷款银行将全部贷款直接支付给出卖人。若银行不批准给予贷款，买受人应在收到出卖人通知之日起10日内将剩余房款向出卖人一次性付清，逾期视为违约；若银行批准的贷款额不足，买受人应在收到出卖人通知之日起10日内将不足部分向出卖人一次性付清。合同第八条约定：出卖人应当在2012年6月30日前，依照国家有关规定，将取得《综合验收备案证明》的商品房交付买受人使用。但如遇下列特殊原因，出卖人可以据实予以延期：1、遭遇不可抗力；2、因政府部门对项目进行调整造成工期顺延的；3、市政府配套设施批准与安装的延误（因出卖人过失的除外）；4、因政府行为或法律法规发生变化等非出卖人的原因造成工期延长的。合同第九条约定：出卖人如未按本合同规定的期限将该商品房交付买受人使用，按下列约定处理：（1）逾期不超过60日，自本合同约定的最后交付期限的第二天起至实际交付之日止，出卖人按日向买受人支付已付房价款万分之二的违约金，合同继续履行；（2）逾期超过60日后，买受人有权解除合同，但必须提出书面通知，出卖人应在接到通知书之日起30日内退还买受人已付房款本金，并按买受人已付房款的千分之十五向买受人支付违约金。若买受人要求继续履行合同，合同继续履行，自本合同约定的最后交付期限的第二天起至实际交付之日止，出卖人按日向买受人支付已付房价款万分之三的违约金。合同第十五条约定：出卖人应当在商品房交付后270日内，将办理权属登记需由出卖人提供的资料报产权登记机关备案并书面通知买受人向房管部门申请办理房屋所有权证。否则，若买受人不退房，出卖人自逾期第一天起按日向买受人支付已交付房价款万分之一的违约金。同时，双方在附件四：补充协议中第三条第二款中约定：在产权登记测量完成后，出卖人将向买受人出示产权登记测量结论，双方应当按照该测量结果办理面积差异款结算手续。该结算手续完成后，买受人才有权要求出卖人交付房屋和协助办理产权登记。同日，刘国栋（买受人）与东拓置业（出卖人）签订《地下车位使用权转让协议》一份，协议约定买受人向出卖人购买B区B11车库11-XXXX号车位使用权；地下停车位以个为单位进行计价，停车位单价80000元/个，总价为80000元。协议第三条约定：本协议签订时，买受人一次性付清全部车位款。协议第四条约定：出卖人应当在买受人付清全部价款后，于2012年6月30日前将地下车位交付买受人使用。届时双方办理交接手续。如遇下列特殊原因，除双方同意解除合同或变更合同外，出卖人可据实予以延期：1、遭遇不可抗力如地震、水灾等导致工期延长；2、遭遇非技术所能解决的问题导致工期延长；3、经规划部门批准或设计单位同意的变更导致工期延长；4、因政府部门对项目进行调整造成工期顺延的；5、市政配套设施的批准与安装的延误（因出卖人的过失除外）；6、因政府行为或法律法规发生变化等非出卖人原因造成工期延长。协议第八条约定：买受人逾期付款的违约责任适用双方签订的《商品房买卖合同》第六条的计算方式处理，出卖人逾期交付该车位的违约责任适用双方签订的《商品房买卖合同》第九条的计算方式处理。上述合同签订后，刘国栋依约向东拓置业付清房价款2052775元，车位款80000元。
2012年10月31日，刘国栋（乙方）与东拓置业（甲方）签订《房屋及车位交接单》一份，载明：“乙方购买“XX”X区X号楼X单元1层XXX室商品房（以下简称该商品房），B11号车库XXXX车位，现乙方自愿办理该商品房及车位的交接手续，签订本交接单，并确定如下事宜：1、乙方确认该商品房及车位已具备交付条件；2、甲方承诺在商品房交付乙方后，依据《住宅质量保证书》承担保修义务；3、甲方已经向乙方交付商品房及车位，乙方已经接受并承担自接收之日起作为该房屋所有权人及车位使用权人所应承担的权利义务”。
本案审理过程中，刘国栋明确逾期交房天数自2012年7月1日至2012年10月31日，逾期共计123天。逾期交房违约金为75747元（2052775元×123天×3/10000）；逾期交付车位天数自2012年7月1日至2012年10月31日，逾期共计123天，逾期交付车位违约金为2952元（80000元×123天×3/10000）。逾期办证违约金为自2012年11月1日起，扣除270天，按日万分之一计算至东拓置业将办理权属登记的资料报产权登记机关备案并书面通知刘国栋向房管部门申请办理房屋所有权证之日止。东拓置业公司抗辩双方合同中约定的违约金过高，要求予以调整。
诉讼中，东拓置业提出鉴定申请，要求对刘国栋的实际损失进行鉴定。一审法院通过山东省济南市中级人民法院技术室委托山东中新资产评估有限公司对2012年1月1日至2016年6月30日期间，济南市高新区XX小区B区同地段同类房屋每天每平方米租金价格进行了评估。该评估结论为：一、2012年房地租金日租金年度区间价格为0.42-0.69元/日/平方米（所在楼层-1、1、2）；0.34-0.59元/日/平方米（所在楼层3、4）。刘国栋对该鉴定结论不予认可，但对东拓置业因逾期交房的违约事实给其造成的实际损失未向一审法院提供相关证据。
一审法院认为，刘国栋与东拓置业于2011年10月14日所签订的《商品房买卖合同》、《地下车位使用权转让协议》，均系双方当事人的真实意思表示，且不违背法律、法规的强制性规定，为有效合同。双方当事人均应依照合同约定全面履行自己的义务。刘国栋依照合同约定履行了支付购房款、车位款的合同义务，东拓置业亦应依照合同约定于2012年6月30日前将本案房屋及车位交付于刘国栋。东拓置业于2012年10月31日将涉案房产及车位移交给刘国栋，且未就逾期交付房及车位提出正当事由，已构成违约。刘国栋主张东拓置业支付逾期交房及车位违约金的诉讼请求，事实清楚，证据充分，一审法院应予支持。依据合同第九条约定，逾期交房违约期限应自“自本合同约定的最后交付期限的第二天起至实际交付之日止”，一审法院确定本案逾期交房期间为自2012年7月1日起至2012年10月31日止，共计123天。刘国栋要求东拓置业按照合同约定支付其违约金，东拓置业抗辩双方合同中约定的违约金过高，要求予以调整。《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第二款规定：……约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少；《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十九条的规定：当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决；当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的“过分高于造成的损失”。本案中，刘国栋、东拓置业双方合同中约定的违约金标准为“按日支付已付房价款的万分之三”，根据上述合同法及司法解释的相关规定精神，刘国栋主张的违约金应以其实际损失为基础予以调整。鉴于因东拓置业的违约，造成了诸多业户先后起诉，为给当事人节约诉讼成本及防止给当事人造成不必要的“诉累”，在刘国栋未能举证证明其实际损失的情况下，经东拓置业的申请，一审法院通过山东省济南市中级人民法院技术室委托山东中新资产评估有限公司对2012年1月1日至2016年6月30日期间，济南市高新区XX小区B区同地段同类房屋每天每平方米租金价格进行了评估。该评估公司评估结论为：一、2012年房地租金日租金年度区间价格为0.42-0.69元/日/平方米（所在楼层-1、1、2）；0.34-0.59元/日/平方米（所在楼层3、4）。刘国栋虽对该鉴定结论不予认可，但对东拓置业的违约事实给其造成的实际损失并未向一审法院提供相关证据证实。山东中新资产评估有限公司系一审法院通过山东省济南市中级人民法院技术室委托，具有相关资质，鉴定程序合法，一审法院予以采信。综合考虑东拓置业违背诚实信用原则造成逾期交付房屋的违约事实，结合刘国栋所购房屋的价格及实际损失等公平因素，一审法院参照上述鉴定意见，根据各楼层日租金价格取其平均值酌情确定东拓置业逾期交房给刘国栋造成的实际损失为2012年日租金为0.56元/日/平方米。一审法院依据该标准，依法按照130%支持刘国栋主张的逾期交房违约金。综上，一审法院认定东拓置业应支付刘国栋的逾期交房违约金为（0.56元/日/平方米×389.53平方米×123天×130%）=34880.07元。关于刘国栋主张的逾期交付车位违约金，东拓置业辩称刘国栋主张的逾期交付车位的违约金过高，应根据《济南市物价局、市住房保障和房产管理局关于公布我市市内各区住宅小区共用车库内车位租赁费基准价格等有关问题的通知》（济价费字[2012]77号）的有关规定，“住宅小区共用车库内的车位租赁费实行政府指导价。车位租赁费基准价格为220元/个·月，可上浮10%，下浮不限”，刘国栋的逾期交付车位损失最高按照该标准上浮10%即242元/月计算，即每日不超过8.07元予以调整。一审法院认为，东拓置业提交的该份证据为复印件，且即便该规定真实存在亦是有关部门为规范物业部门的收费行为所制定的指导性文件。针对本案来讲，刘国栋、东拓置业双方已在涉案的《地下车位使用权转让协议》第八条中就违约责任作出约定，且东拓置业亦未申请对涉案地段车位租赁费申请司法鉴定，故对于东拓置业的该项抗辩，一审法院不予采纳。综上，一审法院认定东拓置业应支付刘国栋的逾期交付车位违约金为（80000元×3/10000×123天）=2952元。东拓置业辩称根据购房合同补充协议第三条第2项约定，在双方未办理完结算手续前，刘国栋无权要求东拓置业交付房屋及承担违约责任。一审法院认为，东拓置业未提交证据证实刘国栋拒绝与其办理差异款结算手续，且东拓置业亦在2012年10月31日将房屋交付给刘国栋。同时，该款项的约定并未否定主合同中关于房屋交付期限及违约责任的相关约定，故对于东拓置业的该项抗辩，一审法院不予采纳。东拓置业提出的诉讼时效应自东拓置业违约行为发生之日即2012年7月1日起计算，刘国栋于2015年7月24日向法院提起诉讼，已过诉讼时效的抗辩理由，根据《中华人民共和国民法通则》第一百四十条之规定，诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。本案中存在刘国栋诉讼时效中断重新起算的情形，故对东拓置业的该抗辩理由，一审法院不予采纳。关于刘国栋主张的逾期办证违约金，东拓置业虽辩称刘国栋存在违章建筑等原因，导致东拓置业无法办理产权登记，但未提交有效证据证实刘国栋对办理产权登记有过错，故一审法院对东拓置业提出的抗辩理由不予采信。依据合同第十五条之约定，东拓置业应在商品房交付之日后270日内，将需提供的资料报产权登记机关备案并书面通知买受人办理相关手续，但东拓置业自2012年10月31日交付房屋后，至今未办理产权登记备案，故一审法院认定东拓置业的逾期办证违约期间应自商品房交付之日后270日的次日即2013年7月29日起计算。刘国栋要求逾期办证违约金计算至东拓置业将办理权属登记费资料报产权登记机关备案并书面通知刘国栋向房管部门申请办理房屋所有权证之日止，因至今尚未办理上述备案，逾期办证违约金的截止日期尚未确定，故一审法院认定刘国栋的逾期办证违约金应以2052775元为基数，自2013年7月29日起至判决生效之日止，按照日万分之一计算。据此，判决：一、济南东拓置业有限公司于判决生效之日起十日内支付刘国栋自2012年7月1日至2012年10月31日期间的逾期交房违约金34880.07元（0.56元/日/平方米×389.53平方米×123天×130%）。二、济南东拓置业有限公司于判决生效之日起十日内支付刘国栋逾期交付车位违约金2952元（80000元×3/10000×123天）。三、济南东拓置业有限公司于判决生效之日起十日内支付刘国栋逾期办证违约金（以2052775元为基数，自2013年7月29日起至判决生效之日止，按照日万分之一计算）。四、驳回刘国栋的其他诉讼请求。如果济南东拓置业有限公司未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费4682元，由刘国栋负担848元，济南东拓置业有限公司负担3834元。
本院二审期间，当事人围绕上诉请求依法提交了证据。本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人二审争议的事实，本院认定如下：
二审期间，东拓置业提交如下证据：1.济南市物价局、济南市住房保障和房产管理局于2012年7月25日印发的《关于公布我市市内各区住宅小区共用车库内车位租赁费基准价格等有关问题的通知》（济价费字[2012]77号）文件原件1份，欲证明济南市包括高新区住宅小区共用车库内的车位租赁费实行政府指导价，车位租赁费最高价为242元/个·月，即每个车位日租金为8.06元，应以此为据确定涉案逾期交付车位违约金并进行调整；2.济南高新技术产业开发区城市管理行政执法局于2017年5月10日给本案业主下达的《责令限期改正通知书》原件1份，欲证明东拓置业在一审中提交的XX小区物业管理公司的《XX装修整改通知书》的所证事实，即刘国栋对涉案房屋存在违建的事实；3.济南市不动产登记中心于2017年5月24日出具的《不予登记通知单》，该通知单载明：高新区XX路XXX号XX住宅小区二区X号楼、X号楼、X号楼至XX号楼因存在加建情形，不符合不动产登记的规定，无法为其正常办理登记手续。欲证明东拓置业无法为涉案房屋办理登记手续；4.《银行凭证》原件1份，欲证明刘国栋因购买涉案房屋的按揭贷款于2012年1月4日才支付给东拓置业，已违约75天；5.XX业主任永利《住房公积金贷款》原件1份，欲证明作为同类按揭贷款在签订合同即到位的事实，用以佐证刘国栋存在逾期付款的行为。
刘国栋对上述证据的真实性并无异议，但对证明目的有异议，证据1的文件不适用本案，《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十七条规定，商品房买卖合同无约定违约金数额或计算方式的才可能参照鉴定的租金或有关主管部门公布的租金，而本案逾期交付车位违约金的计算方式约定明确，因此不能参照该司法解释第十七条。证据2与本案无关，是否符合办证条件不是由城管执法部门界定，而应由房管部门来界定。证据3在一审并未提供，申请首次登记的时间也晚于合同约定的办证时间，该证据并未载明是由房屋所有人加建，实际是由东拓置业改变规划所致。证据4只能证明在2012年1月4日银行将贷款发放给东拓置业，并不能证明刘国栋未在合同约定的时间内将贷款资料递交银行，不能证明刘国栋有违约付款的行为。证据5与本案无关，银行对不同客户发放贷款的时间不一样，因此用该证据佐证本案无事实依据。
本院经审查认为，东拓置业提交的证据1没有标明是本案涉案小区的车位使用费，在东拓置业未对涉案地段车位租赁费申请司法鉴定的情况下，本院难以认定该证据与本案具有关联性。结合现场查看的事实，本院对证据2、3的真实性予以采信。虽然东拓置业在一审中提交了XX小区物业管理公司于2015年1月15日出具的《XX装修整改通知书》，但该通知书中并无业主的签字确认，且物业管理公司与东拓置业具有利害关系，故本院认定刘国栋对涉案房屋擅自加建的时间以济南高新技术产业开发区城市管理行政执法局下达《责令限期改正通知书》的时间（2017年5月10日）为准。证据4只能证明在2012年1月4日银行将刘国栋申请的贷款由银行发放给东拓置业。证据5中载明的业主贷款发放的时间为2010年12月2日，而该业主与东拓置业签订商品房买卖合同的时间为2010年12月10日，存在未签订合同而先行发放贷款的事实。
以上事实由东拓置业在一、二审提交的证据、二审调查笔录等在案为凭。本院对一审查明的其他事实予以确认。
本院认为，东拓置业与刘国栋签订的《商品房买卖合同》、《地下车位使用权转让协议》，均系双方当事人的真实意思表示，且不违背法律、法规的强制性规定，为有效合同。本案二审争议的焦点：一是刘国栋是否存在逾期交付涉案房款的问题；二是逾期交付涉案车位的违约金问题；三是逾期办理涉案房屋产权初始登记的违约金问题。
关于焦点一，刘国栋是否存在逾期交付涉案房款的问题。本院认为，双方签订的《商品房买卖合同》中对交付首付款及向银行提交按揭贷款资料的时间作出约定，但对银行何时发放贷款的时间并未约定。刘国栋按约向东拓置业交付首付款并向银行递交按揭贷款资料，银行根据程序审批发放贷款的时间无法由刘国栋所控制，东拓置业在二审中主张刘国栋在签订合同的同时银行未发放贷款应认定刘国栋逾期交付房款的违约事实，证据不足，本院不予支持。
关于焦点二，逾期交付涉案车位的违约金问题。本院认为，刘国栋与东拓置业于2011年10月14日签订的《地下车位使用权转让协议》中对2012年6月30日前交付车位的时间及出卖人逾期交付车位的违约责任均作出明确约定。逾期交付车位自本合同约定的最后交付期限的第二天起至实际交付之日止，出卖人按日向买受人支付已付房价款万分之三的违约金。东拓置业于2012年10月31日逾期交付涉案车位，应当按约定向刘国栋承担违约责任。在上述合同对逾期交付车位违约金进行明确约定，且东拓置业亦未对涉案地段车位租赁费申请司法鉴定的情况下，其主张逾期交付车位违约金的计算方式根据济南市物价局、济南市住房保障和房产管理局公布的济价费字[2012]77号通知内容来计算，证据不足，本院不予支持。
关于焦点三，逾期办理涉案房屋产权初始登记的违约金问题。本院认为，根据刘国栋与东拓置业于2011年10月14日签订的《商品房买卖合同》关于办理产权登记的约定，刘国栋依照合同约定履行了支付购房款的合同义务，东拓置业理应依合同约定于双方交付房屋后270日内，将办理权属登记的相关资料报产权登记机关备案并书面通知刘国栋向房管部门申请办理房屋所有权证。而东拓置业未在规定期限内通知刘国栋办理房屋产权登记，已构成违约，应承担违约责任。东拓置业在二审中提交了济南高新技术产业开发区城市管理行政执法局于2017年5月10日下达的《责令限期改正通知书》、济南市不动产登记中心于2017年5月24日出具的《不予登记通知单》，《责令限期改正通知书》中载明涉案房屋业主存在擅自加建，恢复原貌的内容。《不予登记通知单》中载明经现场调查，发现该楼实际现状存在加建情形，不符合不动产登记的制度，无法为其正常办理登记手续。因此，东拓置业应按照合同约定承担2013年7月29日至2017年5月9日期间（共计1380天）因未办理房屋产权登记手续的违约责任，即逾期办理房屋产权初始登记的违约金为283282.95元（2052775元×1／10000×1380天）。2017年5月10日后仍不能办理涉案房屋的所有权登记手续的原因系刘国栋存在擅自加建的情形所致，在该情形消除之前，刘国栋将涉案房屋不能办理所有权登记手续的原因全部归责于东拓置业与事实不符，本院不予支持。
关于东拓置业在二审诉讼中提出本案超过诉讼时效的问题。本院认为，因刘国栋于2015年7月24日向一审法院提起本案诉讼之前，存在诉讼时效中断而需重新起算的事实，故一审法院认定本案未超出诉讼时效并无不当，本院予以确认。
综上所述，东拓置业的上诉请求部分成立。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、维持济南高新技术产业开发区人民法院（2015）高民初字第2052号民事判决第一、二项及案件受理费负担；
二、撤销济南高新技术产业开发区人民法院（2015）高民初字第2052号民事判决第三、四项；
三、济南东拓置业有限公司于本判决生效之日起十日内支付刘国栋逾期办理房屋产权初始登记的违约金283282.95元（以2052775元为基数，自2013年7月29日起至2017年5月9日止，共计1380天，按照日万分之一的标准计算）；
四、驳回刘国栋的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
二审案件受理费3694元，由济南东拓置业有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 闫振华
审判员 黄宏伟
审判员 李 静
二〇一七年七月六日
书记员 孙 娜