北京市昌平区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）昌民初字第16027号
原告（反诉被告）:北京振夏空调净化设备有限公司，住所地北京市朝阳区望京广顺北大街星源公寓D座26层03号。
法定代表人：金振华，总经理。
委托诉讼代理人：史光辉，北京正尊律师事务所律师。
委托诉讼代理人：唐晓英，北京正尊律师事务所实习律师。
被告（反诉原告）：乐普药业（北京）有限责任公司，住所地北京市昌平区。
法定代表人：张霞，总经理
委托诉讼代理人：韩应宏，男，1978年3月29日出生，汉族，本公司总经办副主任。
委托诉讼代理人：郑德荣，北京市威正律师事务所律师。
原告（反诉被告）北京振夏空调净化设备有限公司（以下简称振夏空调公司）与被告（反诉原告）乐普药业（北京）有限责任公司（以下简称乐普药业公司）建设工程合同纠纷一案，本院受理后，依法适用普通程序，由审判员徐连森担任审判长，与人民陪审员张蕊芬、赵振超组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告振夏空调公司的法定代表人金振华及其委托诉讼代理人史光辉、被告乐普药业公司的委托诉讼代理人韩应宏、郑德荣到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
本诉原告振夏空调公司诉称：2012年6月16日，被告（发包方）与原告（承包方）签订《项目合同书—净化工程》（以下简称《项目合同书》）。约定：工程名称：北京永正制药有限责任公司（以下简称永正制药公司）洁净厂房施工项目，地点北京市昌平区某某镇1000号，承包总价为630万元，本项目一次性通过GMP认证，甲方将奖励乙方10万元；总工期为70天，自2012年6月20日进场开工至2012年8月30日竣工验收；本合同签订后，本项目工程施工结束，双方组织人员验收并提请具有相关资质的第三方中介进行检测并出具检测合格报告，经北京市药品监督管理局认证中心认证通过后，付工程总价的20%，此后每年支付总款的20%，直到付清工程款。同时约定了竣工验收的依据和标准。合同签订后，原告依约进场施工。施工过程中，因工程量增加，双方在2012年7月30日签订《北京永正制药有限责任公司洁净厂房施工合同补充协议》（以下简称《补充协议一》），约定因固体制剂车间钢结构厂房屋下面无法吊挂载荷，需制作钢架，钢架制作安装过程作为施工增项，造价25万元，协议签订后，甲方支付乙方20万元，余款按合同约定付款。2012年8月23日，双方签订《北京永正制药有限责任公司洁净厂房施工合同补充协议》（以下简称《补充协议二》），约定应甲方要求，增补室外电缆、实验室隔墙、工艺管道等采购安装工程，造价552000元，优惠后工程造价37万元，协议签订后，甲方应于3日内给付乙方。因为补充协议所涉工程影响后续工程施工，合同书项下工程项目于2012年10月19日一次性通过第三方中介北京百吉京耀净化检测服务中心检测，并于2013年2月5日取得GMP证书。至此，原告完成了合同约定的全部义务，但是被告仅付款2036935元，其中补充协议项下的工程款62万元已经支付完毕，仍欠工程款4883065元以及10万元奖励金，一直没有支付。原告认为，被告未能按照合同约定支付款项的行为已经构成根本违约，故起诉至法院，请求判令：1、被告支付原告工程款4883065元；2、被告支付原告奖励金10万元；3、被告支付原告逾期支付工程款利息203356元；以上合计5186421元；4、诉讼费用由被告承担。
本诉被告乐普药业公司辩称：第一、双方签订的《项目合同书》真实有效，应当按照合同约定履行各自义务，合同总工程款为692万元，被告已支付2036935万元，按照合同约定，振夏空调公司的项目经理到岗率未达到60%，被告有权扣除工程款31.5万元，且原告存在私自转分包情况，被告有权扣除工程款63万元；原告在施工过程中未按照招标时提供的工程报价表中约定材料进行安装，存在未安装或少安装情况，其中变风量阀数量、不锈钢传递口数量、实验室彩钢板门数量、微压差计（指针式）数量、防爆开关数量、自控系统配置与《工程报价20120602》不符，净化工程操作间房门所用材质、纯化水用不锈钢管直径、PVC地板材质与《工程报价20120602》不符，且《工程报价20120602》中约定的“增加实验室围护吊顶项目”原告未施工，以上应在工程款中扣除未安装材料费共计117.0567元；第二、2015年被告已替原告偿还借款409.1万元，根据合同法规定，双方对于原告起诉被告偿还工程款的金钱债务已抵销。因原告施工的项目存在多处违约行为，导致双方至今没有按照合同约定办理验收手续及工程款结算。如经法庭认定被告最终应支付原告工程款数额，被告主张用已替原告偿还借款抵销此笔等额工程款，多出部分的担保款被告仍保留另案追偿的权利。综上，被告因净化工程应支付原告工程款276.7498万元，被告已替原告偿还借款409.1万元，双方的等额债务已抵消，请法院查清事实后，依法支持被告的答辩理由。2016年4月，北京新永正置业投资有限公司起诉本案原告法定代表人及被告要求原告法定代表人偿还1000万元的借款，本案被告承担连带责任，被告已经把工程款支付给新永正置业公司，不应当再向原告支付。
反诉原告乐普药业公司诉称：2012年6月16日反诉人与被反诉人签订《项目合同书》，双方分别于2012年7月30日、8月23日签订两份补充协议，总工程款为692万元。《项目合同书》及两份补充协议约定的工期为70天（自2012年6月20日至2012年8月30日），工程实际结束时间为2012年10月15日，被反诉人已经构成违约，按照《项目合同书》约定，工程延期的，承包方继续履行合同，向发包方支付违约金每延期一天支付工程总价的0.5%，工程延期时间共计46天，被反诉人应向反诉人支付工程延期违约金144.9万元。被反诉人的严重违约侵害了反诉人的合法权益，故反诉人反诉至法院，请求判令：1、被反诉人向反诉人支付工程延期违约金144.9万元；2、反诉人承担诉讼费用。
反诉被告振夏空调公司辩称：《项目合同书》项下工程的工期延期，是被答辩人单方原因造成的，与答辩人无关。答辩人有权主张工期顺延，被答辩人无权主张逾期违约金。两份补充协议约定的施工内容，均不在《项目合同书》约定的施工范围内，两份补充协议约定的施工内容，属于工程量增加，必然要影响施工进度，其中2012年7月30日的《补充协议》，约定另制作固体制剂车间钢结构厂房房屋下的钢架，施工原因是原钢结构无法吊挂荷载（吊板顶、风管等）。根据《项目合同书》约定，空调系统的安装必然涉及到风管、电缆的吊挂。固体制剂车间钢结构厂房房屋下面的原钢结构无法吊挂荷载，必然导致空调通风系统的安装无法进行，导致工期顺延。原来合同中第十一条第二款约定的关于工程延期的违约金是每天支付工程总价的千分之五，假设原告在施工中存在逾期行为，合同约定的标准也太过了，不应当支持。故请求法院驳回被答辩人的全部诉讼请求，反诉诉讼费用由反诉原告负担。
经审理查明：
2012年6月16日，永正制药公司（甲方、发包方）与振夏空调公司（乙方、承包方）签订《项目合同书》，约定：工程名称为永正制药公司洁净厂房施工项目，工程地点为北京市昌平区某某镇1000号，承包范围和内容为根据发包方提供的厂房招标需求及补充说明进行设计、施工，协助验收，内容见《招标文件》；承包方就以上内容全部施工设计、造价、质量、运输、工期、文明安全施工实行承包；施工过程中发包方如有需要对承包范围和内容进行调整，须书面通知承包方；承包总价为630万元，此承包总价包括了承包方严格履行本合同，完成合同、招标文件及施工过程中补充资料；施工图纸、招标过程中承包方承诺等规定范围和内容的全部工程的一切费用；本项目一次性通过GMP认证，甲方将奖励乙方10万元，如不能一次性通过，乙方须向甲方交罚金10万元；总工期为70天，自2012年6月20日进场开工至2012年8月30日竣工验收；如遇下列情况，经发包方现场代表签证后，工期相应顺延：1、按施工准备规定，不能提供施工场地的水、电源，影响进场施工；2、不属于施工图纸范围内的重大设计方案修改，造成较大工程量的增加，导致施工无法进行而影响进度；3、人力不可抗拒的因素而延误工期；本合同签订后，本项目工程施工结束，双方组织人员验收并提请具有相关资质的第三方中介进行检测并出具检测合格报告，经北京市药品监督管理局认证中心认证通过后，付工程总价的20%；此后每年支付总款20%，直到付清工程款（发包方也可根据资金情况酌情调整付款节奏），如在施工期间发生工程量变更等原因产生的工程款，在施工结束验收后一次性支付；承包方交付设计图纸、说明和有关技术资料，经发包方确认后作为施工的有效依据，开工前，由承包方组织设计交底，任何设计交底补充文件均作为施工的补充依据；承包方驻工地项目经理为周建荣，主要项目成员以投标文件所列为准。项目经理及主要项目成员到岗率必须达80%以上，如实际施工过程中项目经理及主要项目成员到岗率与承诺存在5%差距，发包方有权直接扣除工程合同总价款的2%，同时未经发包方同意，承包方不得自行调换项目经理及主要成员（项目经理到岗率未达到60%的视为自行调换项目经理），一经发现，发包方有权直接扣除工程合同总价款的5%，并有权解除合同；合同工程未经发包方同意，不得分包和转让，如承包方进行转分包，经发包方发现并证实，发包方有权直接扣除工程总价款的10%，并有权解除合同；承包方应在工程施工结束后具备验收条件时向发包方提交竣工验收资料及竣工报告，竣工资料应至少包含以下资料：竣工蓝图六套、工程量变更单、工艺管道检测报告及图片、工艺用水管道各焊接点内窥镜检测报告及图片、每个高效口安装后检漏报告及图片、净化工程洁净室测试报告、厂房设施验证方案等；因承包方原因未按期完成工程或合同期内完成的工程没有通过验收的，均视为未按期完工，无论是否解除合同，承包方应承担以下违约责任，工程延期的，承包方应继续履行合同，向发包方支付违约金每延期一天支付工程总价的0.5%；本合同的附件包括工程要求及说明、发包方的招标文件及补充说明、承包方投标文件及补充承诺；合同还约定了双方的其他权利和义务。合同签订后，振夏空调公司进场施工。
2012年7月30日，永正制药公司（甲方）与振夏空调公司（乙方）签订《补充协议一》，约定因固体制剂车间钢结构厂房屋面下无法吊挂载荷（吊板顶、风管等），车间内需要另制作钢架，钢架制作安装过程作为施工增项，造价为25万元；本协议签订后，甲方应于三日内付给乙方20万元，余款按照合同约定的付款方式付款。
2012年8月23日，永正制药公司（甲方）与振夏空调公司（乙方）签订《补充协议二》，约定：应甲方要求，增补室外电缆、实验室隔墙、工艺管道等采购安装工程，造价552000元，优惠价为37万元，本协议签订后，甲方应于三日内付给乙方37万元。
2012年10月15日，振夏空调公司将涉案工程交付永正制药公司。永正制药公司就涉案工程，曾分多次向振夏空调公司支付工程款203.6935万元，其中两份补充协议约定的工程款共计62万元已经全部支付，《项目合同书》约定的剩余工程款未支付。双方就工程款支付及工程存在问题产生争议，经多次协商未果，2015年8月，振夏空调公司起诉至法院，诉如所请。2015年10月，永正制药公司向本院提出反诉。在本院庭审过程中，振夏空调公司将第三项诉讼请求变更为：被告按照同期银行贷款利率支付工程款利息至付款之日止。
庭审中，乐普药业公司主张振夏空调公司未按照《工程报价20120602》中约定的材料进行安装，存在未安装或少安装情况，按照其现有安装材料，应扣除未安装材料费117.0567万元，其中：1、应安装变风量阀106个，实际安装0个，应扣除材料费69.44万元；2、应安装不锈钢传递口9个，实际安装1个，应扣除材料费1.05万元；3、应安装彩钢板门17樘，实际安装4樘，应扣除材料费1.248万元；4、应安装微压差计（指针式）36个，实际安装13个，应扣除材料费1.564万元；5、应安装防爆开关13个，实际安装0个，应扣除材料费0.234万元；6、自控系统应配备打印机一台、UPS一套，原告实际配备0个，应扣除材料费0.21万元；7、净化工程操作间应安装不锈钢材质房门37樘，实际安装钢质门28个，应扣除材料款差额5.556万元；8、纯化水用不锈钢管应使用管径为DN25的卫生级304不锈钢钢管580米，实际使用管径为DN20的卫生级304不锈钢钢管，应扣除材料款差额1.914万元；9、PVC地板材质应使用不小于1.8mm的同质透心材质2287平方米，实际使用的为1.8mm厚度的非同质透心PVC地板，应扣除材料款差额2.287万元；10、增加实验室围护吊顶项目并未施工，应扣除工程款33.5537万元。针对乐普药业公司的主张，振夏空调公司认为：1、振夏空调公司安装了109个自控密闭阀，价值23932元，后来应对方要求，替换了妥思阀54个，价值257093元；2、实际安装不锈钢传递口2个，价值3960元；3、实际安装彩钢板门4樘，钢质门42樘，其余为防火门和木门共计134樘，超过合同约定的范围；4、自动系统已经实际采供并交付永正公司；5、微压差计、防爆开关、纯化水不锈钢管相关材料未找到，只能当场勘验；6、PVC地板安装的就是约定的1.8mm厚度的同质透心PVC地板，且防爆间安装的是防静电地板，可现场勘验确认；7、实验室围护吊顶项目已施工，早已经付使用，该项目可现场勘验确认。同时，乐普药业公司向本院提交了振夏公司与北京仕格玛科技有限公司（以下简称仕格玛公司）签订的《合同补充协议》及永正制药公司、振夏空调公司与仕格玛公司签订的《三方协议》证明振夏空调公司在工程施工中存在转包行为，未经其同意，应当按照合同约定，扣除总工程款的10%，即63万元；振夏空调公司对此予以否认，并提交了其与仕格玛公司的《购销合同》，证明振夏公司与仕格玛公司是设备采购关系，并未进行转包。
2012年10月19日，永正制药公司的普通固体制剂车间、头孢固体制剂车间经北京百吉京耀净化检测服务中心检测，检测结论为：悬浮粒子、浮游菌、沉降菌、换气次数、静压差、温度、相对湿度、照度、噪声等各项指标的检测结果均符合药品生产质量管理规范（2010年修订）及医药工业洁净厂房设计规范（GB50457-2008）中（10000级）洁净室的标准。同日，永正制药公司的微生物室经北京百吉京耀净化检测服务中心检测，检测结论为：悬浮粒子、浮游菌、沉降菌、换气次数、风速、静压差、温度、相对湿度、照度、噪声等十个项目的检测，除微生物室-
超净台的噪声未达到标准外，其余各项指标的检测结果均符合药品生产质量管理规范（2010年修订）及医药工业洁净厂房设计规范（GB50457-2008）中C级（10000级）、A级（100级）洁净室（区）的标准。
2013年2月5日，永正制药公司经北京市药品监督管理局审查，符合中华人民共和国《药品生产质量管理规范》要求，发放药品GMP证书。
2015年10月23日，中望远东（北京）投资有限公司向本院出具《情况说明》，内容为：1、我公司与振夏空调公司虽在2014年6月9日签订《借款协议》，但并未实际发生债权债务关系；2、永正制药公司向我司支付过款项，但我司并不能确认其支付的款项与振夏公司有关系；3、对《收款证明》相关内容未尽审慎审查，我司深表歉意。
2017年1月10日，乐普药业公司向本院提出评估申请书，请求法院依法委托评估机构依据《工程报价20120602》报价表中的材料、数量、品牌对振夏公司所施工工程的变风量阀数量及品牌、不锈钢传递口数量、实验室彩钢板门数量、微压差计（指针式）数量、防爆开关数量、自控系统配置、净化工程操作间房门所用材质、纯化水用不锈钢管直径、PVC地板材质、新增加实验室围护吊顶项目进行鉴定、评估。经我院委托，北京中平建工程造价咨询有限公司（以下简称中平建公司）承担了本次鉴定。鉴定过程中，中平建公司向我院出具《疑问函》，认为乐普药业公司所申请的评估内容中有部分内容为工程质量鉴定内容，不属于工程造价鉴定范畴，并要求就鉴定的其它相关事宜进行明确。经本院与振夏空调公司、乐普药业公司以及中平建公司多次沟通，乐普药业公司明确最终申请评估的内容为：依据招投标时提供的《工程报价20120602》报价表，对振夏空调公司施工工程的德国妥思变风量阀数量、品牌、价格及原告有无新增加实验室围护吊顶项目进行鉴定，同时提出其他的申请事项由法院依据举证责任及已查明的事实进行认定。2017年9月，中平建公司向本院出具鉴定报告，鉴定结论为：一、关于振夏空调公司所施工工程的德国妥思变风量阀数量、品牌、价格，经现场勘查鉴定：德国妥思阀安装于厂房一车间、二车间吊顶夹层内，吊顶夹层空间狭小，且建设单位已对一车间、二车间通风空调系统变风量阀进行改造，鉴定人员不能进入吊顶夹层内部一一核查全部数量。在一车间、二车间吊顶夹层入口处可分别看见德国妥思变风量阀各1个，在车间地面看见从一车间、二车间吊顶夹层内拆卸下来的德国妥思变风量阀（执行器）19个。招投标时振夏空调公司提供的《工程报价20120602》报价表中：德国妥思变风量阀106个，工程造价金额为876081.56元。二、关于振夏空调公司有无新增加实验室围护吊顶项目：经现场勘查鉴定：无新增加实验室围护吊顶项目，招投标时振夏空调公司提供的《工程报价20120602》报价表中：工程造价金额为335537.72元。乐普药业公司为此支付鉴定费用36000元。
2017年3月7日，振夏空调公司向本院申请先予执行，请求先予执行工程款350万元。本院受理后，依法作出（2015）昌民初字第16027号民事裁定书，裁定先予执行乐普药业公司银行存款150万元，以偿还其所欠振夏空调公司的部分欠款。
2017年7月17日，乐普药业公司向本院提出《关于变风量阀点位情况的说明》，认为根据评估现场时在其电脑原始数据上记载，有33个变风量阀，但不能确定品牌。振夏空调公司对此不予认可，称对方一开始认为一个都没有安装，后来现场勘验找到了部分，在评估报告中也明确写明妥思阀在吊顶夹层内，不能一一清点，且对方擅自改造通风系统，工程现状并非交付时候状态，自己实际安装了54个变风量阀。
再查明：2012年4月，永正制药公司就涉案工程进行招标，振夏空调公司共向永正制药公司进行两次工程报价，分别为：2012年4月7日的工程报价，金额为5135000元；2012年6月2日的工程报价，金额为7298882.52元。庭审中，双方均认可最终确认的工程报价为2012年6月2日的工程报价，但振夏空调公司认为该报价高于最终合同签订价，相应的报价项目有所减少，且合同价并未有施工清单；永正制药公司认为《项目合同书》已明确约定了招标文件及对方的投标文件为合同的附件，故应当按照2012年6月2日的工程报价对振夏空调公司未施工的项目，予以扣除相应款项。
另查明：永正制药公司于2016年10月27日经北京市工商行政管理局昌平分局核准，名称变更为乐普药业公司。
本案在审理过程中，本院曾多次组织双方当事人进行调解，但双方并未达成一致意见。
上述事实，有《项目合同书》、《补充协议一》、《补充协议二》、《洁净厂房装修施工项目招标文件》、厂房设计需求、施工组织设计、工程报价、净化工程预验收存在的问题、整改意见、空调系统改进要求、检测报告、鉴定报告、（2015）昌民初字第16027号民事裁定书、《购销合同》、GMP证书、发票及双方当事人陈述等相关证据在案予以佐证。
本院认为：
依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。振夏空调公司与永正制药公司签订的《项目合同书》及《补充协议一》、《补充协议二》系双方当事人真实意思表示，且未违反法律的强制性规定，应予认定合法有效，对双方当事人具有法律约束力，当事人在依合同约定享有相应权利的同时，均应全面履行各自合同义务。
关于本诉，振夏空调公司实施并将涉案工程交付给永正制药公司，永正制药公司应当支付工程款。因双方在《项目合同书》中明确约定招标文件及承包方的投标文件为合同的附件，故对振夏空调公司认为《项目合同书》并无施工清单明细的主张，本院不予采信，对永正制药公司要求振夏空调公司按照工程报价（20120602）进行施工的答辩意见，本院予以釆信。
建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持。永正制药公司于2012年10月15日接收涉案工程，并进行生产经营活动，故其不能再以质量问题不符合约定为由主张相应权利，但对于振夏空调公司未按照要求少安装的材料款及未施工的工程款，应当予以扣除。
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。永正制药公司接收涉案工程后，主张振夏空调公司未按照工程报价（20120602）清单予以扣减未安装材料款项，故其应承担相应的举证责任。永正制药公司曾就其主张应当予以扣除的未安装材料进行造价鉴定，本院依法委托中平建公司负责本次鉴定事宜，因其申请部分事项涉及工程质量鉴定，永正制药公司对申请鉴定的内容进行了变更。根据鉴定结论：第一、因德国妥思阀安装于车间吊顶夹层内，空间狭小，无法一一清点，且建设单位已对车间通风空调系统变风量阀进行改造，故本院对乐普药业公司称未安装德国妥思阀或安装了33个变风量阀，不知道什么品牌的答辩意见，不予采信；振夏空调公司现自认仅安装了54个德国妥思阀，按照约定，应当安装106个，对其未安装的52个德国妥思阀，应当予以扣减相应的款项；第二、无新增加实验室围护吊顶项目，应当将相应的款项予以扣除。关于不锈钢传递口数量，因乐普药业公司并无证据证明安装数量，现振夏空调公司自认安装2个，且提交了相应的进货单据，故本院认定安装2个；关于乐普药业公司主张的实验室彩钢板门数量、微压差计、防爆开关数量、自控系统配置、净化工程操作间所用房门材质、纯化水用不锈钢管直径、PVC地板材质与《工程报价20120602》不符，因无相关证据予以证明，本院不予采信。
双方签订的《项目合同书》约定的价格为630万元，但振夏空调公司的工程报价（20120602）中的投标价为7298882.52元，二者数额差距较大，考虑到公平原则，本院对按照工程报价（20120602）应当扣除的款项数额予以酌减。综上，本院认定应当扣除的材料款及工程款为675450.21元，考虑到本案审理过程中，振夏空调公司已经申请先予执行工程款150万元，故乐普药业公司还应向振夏空调公司支付剩余工程款2707614.72元。
关于永正制药公司称振夏空调公司项目经理到岗率未达60%，应当予以扣除工程款31.5万元的答辩意见，因现有证据不足以认定振夏空调公司的项目经理到岗率不足60%，故本院不予采信；因振夏空调公司与仕格玛公司之间存在购销合同关系，现有证据不足以认定二者之间存在转分包情形，故永正制药公司要求扣除工程款63万元的答辩意见，本院不予采信。
当事人互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或者按照合同性质不得抵销的除外。永正制药公司要求抵销其代替振夏空调公司偿还的中望远东（北京）投资有限公司款项409.1万元的答辩意见，因两笔款项隶属不同的法律关系，且现有证据不足以认定振夏空调公司与中望远东（北京）投资有限公司之间存在借款关系，故对该项答辩意见，本院不予采信，双方若就此存在争议，可另行解决。永正制药公司主张其曾为振夏空调公司法定代表人金振华偿还借款及利息，因金振华与振夏空调公司系不同的法律主体，其要求在本案工程款中予以处理的答辩意见，本院不予采信。
双方在合同中明确约定项目一次性通过GMP认证，永正制药公司一次性奖励振夏空调公司10万元，故振夏空调公司要求永正制药公司支付10万元奖励的请求，本院予以支持。
关于振夏空调公司要求永正制药公司支付逾期工程款利息的请求，因为双方交付工程后，对永正制药公司对涉案工程存在争议，并多次进行书面沟通，且双方合同并无此项约定，故本院不予支持。
关于反诉，永正制药公司主张振夏空调公司工程延期，因为《项目合同书》签订后，双方陆续签订两份补充协议，虽然并未对工期进行约定，但根据补充协议的内容，新增工程的施工势必会对工期造成延长，故永正制药公司要求振夏空调公司支付工程延期违约金的请求，本院不予支持。永正制药公司将名称变更为乐普药业公司，故永正制药公司应承担的责任由乐普药业公司承担。乐普药业公司关于本诉答辩意见，其合理部分，本院予以采信；振夏空调关于反诉答辩意见，其合理部分，本院予以采信。综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第八条、第九十九条、第二百六十九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、本诉被告乐普药业（北京）有限责任公司于判决生效之日起七日内支付本诉原告北京振夏空调净化设备有限公司剩余工程款2707614.72元；
二、本诉被告乐普药业（北京）有限责任公司于判决生效之日起七日内支付本诉原告北京振夏空调净化设备有限公司奖励金10万元；
三、驳回本诉原告北京振夏空调净化设备有限公司其他的诉讼请求。
四、驳回反诉原告乐普药业（北京）有限责任公司的反诉诉讼请求.
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付延迟履行期间的债务利息。
案件受理费48105元，由原告北京振夏空调净化设备有限公司负担7644元，于判决生效之日起七日内交纳；由被告乐普药业（北京）有限责任公司负担40461元，已交纳。反诉案件受理费8921元，由反诉原告乐普药业（北京）有限责任公司负担，已交纳。诉讼保全费5000元，由原告北京振夏空调净化设备有限公司负担，已交纳。鉴定费36000元，由原告北京振夏空调净化设备有限公司负担18000元，于判决生效之日起七日内交纳；由被告乐普药业（北京）有限责任公司负担18000元，已交纳。
如不服本判决，可在本判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，交纳案件上诉费，上诉于北京市第一中级人民法院。上诉期届满后七日内未交纳案件上诉费的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 徐连森
人民陪审员 张蕊芬
人民陪审员 赵振超
二〇一七年十一月二十二日
书 记 员 张 华