陕西省西安市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）陕01民终8520号
上诉人（一审被告、反诉原告）：陕西富源房地产开发有限责任公司，住所地陕西省西安市碑林区东大街334号。
法定代表人：韩俊泰，该公司董事长。
委托诉讼代理人：曹娟，北京市普华律师事务所西安分所律师。
委托诉讼代理人：桂鹏，北京市普华律师事务所西安分所实习律师。
被上诉人（一审原告、反诉被告）：陕西长沣建设工程有限公司，住所地陕西省西安市高新区沣惠南路36号橡树街区1幢20406号房。
法定代表人：余光明，该公司总经理。
委托诉讼代理人：郭永平，陕西合恒律师事务所律师。
一审被告：陕西联邦实业股份有限公司，住所地陕西省西安市雁塔区维一路甲字8号。
法定代表人：昝应南。
上诉人陕西富源房地产开发有限责任公司（以下简称：富源公司）因与被上诉人陕西长沣建设工程有限公司（以下简称：长沣公司）、一审被告陕西联邦实业股份有限公司（以下简称：联邦公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服西安市雁塔区人民法院作出的（2015）雁民初字第03275号民事判决，向本院提出上诉。本院于2017年6月12日立案后，依法组成合议庭审理了本案。现已审理终结。
上诉人富源公司上诉请求：1.撤销一审判决第一项、第二项，改判驳回长沣公司全部诉讼请求;2.撤销一审判决第五项，在一审判决第三项的基础上改判长沣公司向富源公司赔偿水电洗车台等费用、桩头修复费用、桩位错位导致的工程变更费用344218.54元,同时直接从涉案工程款中扣减长沣公司应向富源公司支付的赔偿款项以及工程质保金342628.69元、因桩基错位可能导致的行政处罚685257.38元。3.本案一审、二审诉讼费用由长沣公司承担。事实和理由：1.本案所涉建设工程尚未竣工验收合格，付款条件尚未成就，一审错误认定涉案建设工程已经竣工验收合格。桩基工程并非具有独立使用功能的建设工程。桩基工程仅为地基与基础工程的子分部工程，而地基与基础工程才是一个分部工程，桩基工程并非建设工程。桩基工程仅系子分部工程，真正的建设工程应当是万象春天DK-8-4#楼，而该楼至今尚未经竣工验收合格。长沣公司也无证据证明该工程已经验收合格。长沣公司提供的所谓桩基工程验收资料，并无富源公司作为发包人的任何签章。2.一审中，富源公司就桩头修补、桩位错位等导致的费用851779.03元申请了鉴定，鉴定结论为桩头修补、新增工程变更及增加工程量等费用共计529010.49元。鉴定结论低于富源公司申请费用的原因是该鉴定结论将富源公司主张的部分费用排除在了鉴定范围之外。该费用同为富源公司因长沣公司原因所产生的实际损失，也在富源公司的反诉诉请范围内。且鉴定结论并未否定该费用的真实性，仅是技术性认为不在其鉴定范围内。而一审法院直接据此否定富源公司诉请，没有事实依据。3.长沣公司共计欠付水电洗车台等费用52672.8元，富源公司提交了签证单等证据。而长沣公司未提交任何反证，一审法院却错误认定富源公司未提交证据证明其余费用，而长沣公司仅认可电费31000元、水费2222.8元。并据此错误以长沣公司在庭审中是否认可为
由，驳回了富源公司其余诉讼请求。4.本案长沣公司作为一审本诉原告，在其诉讼请求中并未主张赔偿损失。一审法院却在认定合同无效、违约金诉请依法应予驳回的情况下，超出长沣公司的诉讼请求，擅自以合同无效过错责任，认定并判令富源公司按照同期银行贷款利率的双倍向长沣公司赔偿损失。一方面认定合同无效，另一方面又以所谓“违约时间”起算所谓损失赔偿额的计算，前后矛盾。同时，在损失赔偿额计算基数上也存在严重错误，即未将应扣除款项予以扣除。5.依据《建设工程质量保证金管理暂行办法》第七条，应按工程价款结算总额5%左右的比例预留保证金，《西安市城市规划管理条例》第四十三条、第四十四条规定未按规划审批要求进行勘察、设计和施工的，出规划行政主管部门位按勘察、设计费用的10%至20%处以罚款。富源公司以预算价款6852573.82元为基数，主张质保金、罚款，符合法律规定。本案为合同纠纷，依法有约定从约定，无约定的从法定，一审法院以没有约定为由驳回了富源公司该部分反诉请求，显属法律适用错误。6.一审长沣公司诉请总额达近800万元，一审就本诉部分判令支持的诉请金额仅400万元左右，但一审法院却判令富源公司承担了近65%的诉讼费、而长沣公司仅承担了35%的诉讼费。一审关于诉讼费的分担，违反了由败诉方承担诉讼费的基本原则。请求二审法院支持其上诉请求。
被上诉人长沣公司答辩称，1.本案所涉及的工程属地基工程，现该楼房已经封顶，并进行销售。如果该工程没有竣工验收合格，后续工程如何进行施工。在一审庭审过程中，长沣公司向法院提供了《桩基分部（子部分）工程质量验收记录》《分部（子分部）工程通过验收各方会签表》《万象春天（DK-84#楼）混凝土灌注桩桩基子分部工程验收会议纪要》
等证据能够证明桩基工程已经竣工并经过验收合格。富源公司将桩基工程竣工验收和整个楼的工程竣工验收混为一体，实属混淆事实。2.一审法院在如何认定富源公司所称损失及费用时，富源公司无法拿出有力的证据予以证明，才向第三方机构申请鉴定。在鉴定机构无法鉴定的情况下，富源公司有无证据证明其主张，一审法院对不在鉴定范围内的费用处理并无不当。一审法院判令长沣公司承担鉴定确定的费用不符合法律和事实，因为该工程已经验收合格，没有质量问题，因此更不会有相应的其他费用承担。但长沣公司为了尽快使案件进入执行程序，所以没有就该部分进行上诉。3.一审庭审过程中富源公司提供证据无法证明其诉求数额及范围，长沣公司对工程实际发生且应由其承担的部分予以确认，没有发生或不应由其承担的部分不予认可。一审法院依法、依据作出裁判无误。4.一审过程中长沣公司向法院申请违约金，其目的是用此补偿其长期垫资施工的损失，但因合同认定无效，法院不予支持。但这足以证明长沣公司向法院申请富源公司承担违约金，并以此补偿其损失的诉讼意思表示。因此一审法院并不是在长沣公司未申请的情况下，超出诉请作出裁判。该赔偿是一审法院依据合同无效中的过错责任所确认的，程序合法有效。5.双方合同中并未约定工程保证金，而且工程竣工至今已经近四年，因此富源公司要求不仅不合理，也不合法。罚款部分并未实际产生，富源公司也未证明其真实存在，并证明和答辩人工程之间的实际因果关系。因此一审法院适用法律正确。6.合同无效的直接责任在富源公司，拖欠工程款的支付责任也在富源公司，因此一审法院依据责任划分费用承担并无不妥。综上所述，一审法院认定事实清楚、适用法律正确，程序合法有效，应当驳回上诉。
一审被告联邦公司未到庭应诉，也未提交书面意见。
被上诉人长沣公司向一审法院起诉请求：1.富源公司、联邦公司立即支付工程款4508083.62元；2.富源公司、联邦公司承担逾期付款违约金3381062.72元；3.富源公司、联邦公司承担本案所有诉讼费用。
上诉人富源公司向一审法院反诉请求：1.长沣公司赔偿富源公司如下损失：水费、电费、洗车台使用费、房租、清理费用、桩头修复费用、桩位错位导致的变更工程费用等各项费用共计904451.83元；富源公司有权直接在工程款中扣减前述费用；2.富源公司直接从工程款中扣减如下费用：工程质保金342628.69元、因桩头错位可能导致的行政处罚685257.38元；3.长沣公司承担本案全部诉讼费用。
一审法院经审理查明,2013年3月29日，长沣公司（乙方）与富源公司（甲方）签订了《桩基施工合同》，约定甲方将万象春天DK-8-4#楼桩基工程委托乙方进行施工，工程承包范围为：4#楼钻孔桩329根（含试桩4根，锚桩14根），桩长39.7m，桩径700；试锚桩工期为10天，工程桩工期为40天；合同价款为：包工包料按综合单价每立方1363元包死，变更及签证另计，工作量=[设计桩长+桩头（0.7m）+0.25m]×设计断面面积±变更+签证。对工期延误的约定为：下列情况造成竣工日期推迟的延误，经甲方代表确认，工期相应顺延：一、工程量变化和设计变更；二、非乙方原因造成工作停工、窝工等因素；三、基建施工遇到不可预见障碍物、文物、流砂需处理时。对质量与验收约定为：乙方应该认真按照国家颁布的工程验收规范及本工程设计图纸要求进行施工，并应接受甲方代表或委派人员的检查、检验，对工程质量有争议，应由质量监督部门认定，认定费用及因此造成的损失，有责任一方承担，隐蔽工程验收，工程具备覆盖条件，乙方自验合格后，在24小时前通知甲方代表，甲方代表记录上签字后，方可进行隐蔽和继续施工。约定合同价款支付为：乙方桩基工程总量完成50%时，甲方在三日内支付乙方100万元，桩基工程完工后，甲方再支付乙方200万元，下余欠款在三个月内付清，否则甲方承担月5%的违约金，本工程用水电费，按施工现场水表、电表数字为准，由乙方以预算定额水、电费单价与甲方进行结算。长沣公司提供的2013年4月28日的就涉案工程的工程报价书中的投标总价为8826012.57元。长沣公司认为，其于2013年4月进场施工，2013年10月施工完成，2013年12月11日申请结算。富源公司认为在2013年12月11日长沣公司申请结算后其停止施工。长沣公司为证明其所施工工程已经验收，提供2013年10月21日《桩基分部（子分部）工程质量验收记录》，载明万象春天（DK-8）4#楼桩基工程的混凝土灌注桩（钢筋笼）工程检验批质量验收记录、混凝土灌注桩工程检验批质量验收记录、钢筋加工检验批质量验收记录、混凝土施工检验批质量验收记录，施工单位检查评定为合格，验收意见为合格，验收单位包括施工单位长沣公司、勘察单位陕西西域岩土工程有限公司、设计单位中国建筑西北设计研究院有限公司，上述单位均有盖章及签字。长沣公司还提供2013年10月21日《分部（子分部）工程通过验收各方会签表》，对万象春天（DK-8）4#楼桩基工程的桩基-
钢筋混凝土灌注桩工程进行验收，参与验收单位包括建设单位陕西联邦实业股份有限公司、监理单位陕西建设监理有限公司、勘察单位陕西西域岩土工程有限公司、设计单位中国建筑西北设计研究院有限公司、检测单位陕西西域建设工程测试技术有限公司、工程总包企业重庆庆华建设工程有限公司、施工企业长沣公司，结论为合格同意验收。长沣公司还提供2013年10月21日的《万象春天（DK-84#楼）混凝土灌注桩桩基子分部工程验收会议纪要》，参与单位包括建设单位陕西联邦实业股份有限公司、质量监督站西安市城改办质监站、监理单位陕西建设监理有限公司、勘察单位陕西西域岩土工程有限公司、设计单位中国建筑西北设计研究院有限公司、检测单位陕西西域建设工程测试技术有限公司、总包单位重庆庆华建设工程有限公司、桩基施工单位长沣公司，上述单位均同意验收，除西安市城改办质监站外，该会议纪要有上述单位的盖章。富源公司认为上述证据中并无其公司盖章，对真实性不予认可，并认为桩基工程验收不能视为全部工程竣工验收。2013年12月11日，长沣公司就所施工工程报请富源公司支付结算款，在长沣公司提交的《结算付款单》中，载明，施工单位申报2013年10月桩基已全部施工完毕，检测已合格，合同总价12508083.62元，完成工程量总价12508083.62元，应付工程款12508083.62元，应支付金额1000000元；监理公司审查工程量属实，请建设单位按合同条款审定支付；工程技术部审核完成情况属实；该结算付款单中有长沣公司、监理公司、富源公司的盖章，并有富源公司法定代表人韩俊泰的签字。对于该结算单，长沣公司与富源公司均认可有500万元工程款涉及的工程并未实际施工，富源公司还认为其盖章仅表示对付款100万元事实的认可，认为该结算单不是双方的真实意思表示，不能作为结算依据。长沣公司提供了陕西西域建设工程测试技术有限公司于2013年10月15日对涉案工程出具的《陕西省建设工程质量地基检测报告》，该报告经陕西省建设质量安全监督总站备案，该检测报告中载明，本工程钢筋混凝土钻孔灌注桩，设计桩径为700mm，桩长为37.00m，桩顶标高为-6.05m的桩254根、-6.45m的桩71根、-7.55m的桩8根，总桩数为333根。富源公司认为上述报告未经其盖章确认，对该证据不予认可。长沣公司提供2013年10月15日的（010）号工程签证单，证明其完成的桩基为336根，该签证单载明，我公司承接万象春天（DK-8）4#楼桩基工程已胜利完工，其中完成试锚桩18根，工程桩314根，另做塔吊底座4根，请予以核实。富源公司予以盖章确认。长沣公司称上述试锚桩、工程桩、塔吊底座的规格均一致。富源公司认可该签证单的真实性，但认为其上所载336根桩不属实。长沣公司提供001号工程签证单，内容为在涉案工程施工中，四个试桩护筒，一个护筒单价450元，共计1800元。富源公司及监理单位均盖章确认。长沣公司提供002号工程签证单，内容为对涉案工程大门口铺设两块钢板，共计4.095吨，单价3900元/吨，税金1000元，吊装费600元，运费600元，门口钢板焊爬梯1000元，共计19170.5元，富源公司及监理单位均盖章确认。长沣公司提供004号工程签证单，内容为涉案工程大挖机扩挖基坑及甩土长度243米，宽度1.6米，深度4米，共计1555立方米，甩土单价5元/立方米，合计7775元；大挖机刷坡共计一个台班，刷坡3000元/台班；50装载机铲土及修路共计33.5小时，合计4个台班零1.5小时，单价2200元/台班，合计9212元；大挖机单趟运费300元；税金及管理费10%；共计费用22315.7元，富源公司及监理单位均盖章确认。长沣公司提供005号工程签证单，内容为涉案工程小挖机平整试桩坑共计1个台班，每个台班1200元，共计1200元，富源公司及监理单位均盖章确认。长沣公司提供006号工程签证单，内容为由于桩基施工地质复杂，需针对五个问题井进行冲击处理，费用甲方认可重新计算，工程造价为72410元，下有手写字“该单按伍万元计取”，富源公司及监理单位均盖章确认。长沣公司提供007号工程签证单，内容为由于任务变更，配合甲方检测工作，经甲乙双方友好协商，对于增加部分费用另增，工程16025元，富源公司及监理单位均盖章确认。长沣公司提供008号工程签证单，内容为开挖塔吊底座费用7020元，实付5000元，富源公司及监理单位均盖章确认。长沣公司提供009号工程签证单，内容为小挖机挖桩间土及平整场地共计4200元，富源公司及监理单位均盖章确认。长沣公司提交003号工程签证单，内容为4#楼大门内道路及院子硬化，该签证单上并无计费，有富源公司及监理单位均盖章确认，对于该003号工程签证单，长沣公司未提交其他证据证明该笔费用。富源公司对上述签证单除003号外，均认可其真实性，但认为该签证单的价款与长沣公司提交的结算单的价款不相符，故对其不予认可。长沣公司根据以上证据，提交了工程费用计算表认为，试锚桩18根，桩长39.95m，计377154.37元；工程桩318根，桩长37.95m，计6329506.22元；003号签证单费用38595元和15562.5元；LX-002号签证单25200元（该签证单长沣公司未提交原件），以上签证费用共计199068.7元，工程款共计6905729.28元。富源公司对该计算表中，工程量、合价、桩长均不认可，对于003号签证单的费用及LX-002号签证单的费用均不予认可。庭审中，富源公司认为桩长均为37m，长沣公司予以认可。庭审中，长沣公司认可联邦公司已支付其工程款100万元，富源公司已支付其工程款200万元。长沣公司认为联邦公司为工程甲方，并全程参与工程施工监督、竣工验收及后续工程款支付，故联邦公司应当承担连带责任。在审理过程中，长沣公司与富源公司均未提交证据证明富源公司与联邦公司之间在涉案工程上的关系，长沣公司亦未提交其他证据证明其与联邦公司就涉案工程存在合同关系。长沣公司认为富源公司的违约金计算期间为自2013年12月11日决算之日后三个月即2014年3月12日至2015年8月12日。富源公司认为长沣公司应当赔偿其水费2222.8元，电费58900元，使用石子300元，清理洗车台13**元，房租2000元，退场卫生清理费900元，富源公司提供了2014-004工程签证单证明。长沣公司认可该签证单真实性，但认为该签证单上其公司未盖章确认，其已付电费31000元，认可应当承担水费2222.8元，但认为使用石子、清理洗车台、房租和卫生清理费不应当由其承担。富源公司就上述费用未再提供其他证据证明。富源公司认为长沣公司还应承担桩头修复费用、桩位错位导致的变更工程费用共计851779.03元，其提供了工作联系单、监理工程师通知单、工程签证单、照片、图纸、地下室变更工程概预算书等证据证明上述费用，上述证据中，仅有一份工作联系单是长沣公司盖章确认，该工作联系单的内容为，经过建设单位、总包单位、监理单位及桩基单位四家单位共同复查，发现部分桩定位产生偏差，请设计单位到现场勘查，该工作联系单上有建设单位联邦公司、设计单位中国建设西部设计研究院、监理单位陕西建设监理有限公司、施工单位重庆庆华建设工程有限公司的盖章。长沣公司对上述证据除工作联系单之外均不予认可，认为工作联系单虽证明发生偏差，但经后续勘查及施工，已经竣工验收，不存在变更设计。在审理过程中，富源公司提出鉴定申请，对于涉案工程因桩头质量不合格、桩位错位问题而产生的桩头修补、新增工程变更及增加工程量等费用共计851779.03元进行鉴定。经一审法院委托进行司法鉴定，由陕西兵器建设监理咨询有限公司出具《陕兵鉴检字（2016）-JGS-16-06号建筑工程司法鉴定报告》，鉴定意见为桩头修补、新增工程变更及增加工程量等费用共计529010.49元。富源公司对该鉴定意见提出异议，认为鉴定意见中存在漏项，经陕西兵器建设监理咨询有限公司回复，富源公司提出的漏项中有部分已经计入鉴定报告中，其余部分不在鉴定范围内。长沣公司认为鉴定的529010.49元费用不应由其承担，工程已经竣工验收，是合格工程。富源公司的反诉请求中要求扣减工程质保金342628.69元和因桩位错位可能导致的行政处罚685257.38元，合同中并无约定，其依据为建设工程施工合同的司法解释及建设工程质量保证金暂行办法规定，按工程报价书总价的5%计算。行政处罚并未实际发生，富源公司的依据是西安市城市规划管理条例关于违章情形按照预估价的10%计算的。富源公司再未提供其余证据证明上述费用。长沣公司对上述请求及依据不予认可。
一审法院认为,长沣公司与富源公司签订的《桩基施工合同》的工程款根据长沣公司的投标总价超过了200万元，根据《中华人民共和国招标投标法》第三条规定，在中华人民共和国境内进行的大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料的采购，必须进行招投标。《工程建设项目招标范围和规模标准规定》第三条规定，商品住宅，包括经济适用住房，属于关系社会公共利益、公众安全的公用事业项目；第七条规定，施工单项合同估算价在200万元人民币以上的必须进行招标。本案双方当事人订立的建设工程合同所涉系商品住宅的桩基项目，属于关系社会公共利益、公众安全的公用事业项目，依照上述规定，本案所涉工程属必须进行招投标的项目。长沣公司与富源公司未经招投标即订立设计合同，违反了法律的强制性规定，双方的《桩基施工合同》依法应当确认为无效。根据《中华人民共和国合同法》第五十八条的规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。虽然《桩基施工合同》无效，因建设工程已经全部完工并交付使用，依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条的规定，富源公司应依约定向长沣公司支付相应工程款。长沣公司提供的《桩基分部（子分部）工程质量验收记录》《分部（子分部）工程通过验收各方会签表》《万象春天（DK-84#楼）混凝土灌注桩桩基子分部工程验收会议纪要》等证据能够证明其所施工工程已经验收，富源公司对验收事实不予认可，但其未提交相反证据证明，故一审法院对富源公司的该项意见不予采纳。长沣公司提供的《结算付款单》中，虽有富源公司的盖章确认，但在审理过程中，长沣公司与富源公司均认可有500万元工程款涉及的工程并未实际施工，可见该《结算付款单》并非依据长沣公司的实际施工量进行结算，富源公司认为该结算单不是双方的真实意思表示，不能作为结算依据，于法有据，依法予以采纳，故长沣公司应当取得的工程款不应当根据《结算付款单》进行计算。长沣公司提供的（010）号工程签证单能够证明其已经完成的工程量为336根，富源公司对其不予认可，但其未提供相反证据证明，故对富源公司的该项意见依法不予采纳。长沣公司与富源公司均认可桩长为37m，根据《桩基施工合同》约定的工程款计算办法，包工包料按综合单价每立方1363元包死，变更及签证另计，工作量=[设计桩长+桩头（0.7m）+0.25m]×设计断面面积±变更+签证，336根桩基的工程款为6685173元。长沣公司提供的001号、002号、004号、005号、006号、007号、008号、009号签证单，有富源公司盖章确认，上述签证单的费用合计为119711.2元。长沣公司提交的003号签证单上并无计费，加之富源公司并不认可该签证单，故对于003号签证单上的工程量所涉工程款，长沣公司未提交充分证据予以证明。长沣公司所主张LX-002号签证单上的工程款，因其未提交证据原件，对该笔费用，依法不予支持。故富源公司应当向长沣公司支付的工程款为6804884.2元。长沣公司认可已收到工程款300万元，故富源公司还应向长沣公司支付剩余工程款3804484.2元。根据《中华人民共和国合同法》第五十八条规定，合同无效或者被撤销后，有过错一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。富源公司作为工程的发包方未按招投标法的规定进行招标，对合同的无效应承担主要责任。长沣公司作为专业的施工企业，应当知晓法律的规定，其未经中标即与富源公司订立施工合同，对合同的无效应承担次要责任。对于长沣公司所主张的逾期付款违约金问题，由于本案合同被认定为无效，故违约金的约定亦无效，富源公司未按时向长沣公司支付剩余工程款，给长沣公司造成损失，应当承担相应责任。对于长沣公司因未获付款而造成的损失的认定，根据双方对合同无效的责任分担，结合本案实际情况，酌定以中国人民银行同期贷款利率的双倍作为长沣公司的实际损失的计算，从应获得工程款之日（根据长沣公司认为的违约时间，即从2013年12月11日决算之日后三个月即2014年3月12日起开始计算至2015年8月12日）。富源公司抗辩应当从工程款中扣除水费2222.8元，电费58900元，使用石子300元，清理洗车台13**元，房租2000元，退场卫生清理费900元，长沣公司认可其中的电费31000元，水费2222.8元。因合同中仅约定了水费、电费，并未约定其他费用，富源公司亦未提交其他证据证明其余费用，故上述费用中应当从工程款中扣除的为电费31000元，水费2222.8元。长沣公司要求联邦公司承担支付工程款的责任，因合同相对方仅为富源公司一家，长沣公司仅依据联邦公司向其支付过工程款就认为联邦公司应当承担相应责任，加之其未提交其他证据证明其与联邦公司就涉案工程存在合同关系，故长沣公司的请求于法无据，依法不予支持。富源公司认为长沣公司还应承担桩头修复费用、桩位错位导致的变更工程费用，其所提供的工作联系单、监理工程师通知单、工程签证单、照片、图纸、地下室变更工程概预算书等证据中并无长沣公司针对具体款项部分的盖章确认，但长沣公司对其中桩位偏差的工作联系单盖章确认，表明其所施工工程确实存在桩位错位等问题，但相关费用究竟是多少并无相关证据证明。富源公司申请司法鉴定，对于涉案工程因桩头质量不合格、桩位错位问题而产生的桩头修补、新增工程变更及增加工程量进行鉴定，上述费用经鉴定为529010.49元应当由长沣公司承担，富源公司请求在应付工程款中扣减上述费用，于法有据，予以支持。富源公司对上述鉴定费用认为有漏项，但根据鉴定机构的回复，有部分已经计入鉴定报告中，其余部分不在鉴定范围内，故富源公司提出的漏项异议不应当计入鉴定费用中。富源公司反诉请求要求扣减工程质保金342628.69元和因桩位错位可能导致的行政处罚685257.38元，因合同中并无约定，且行政处罚并未实际发生，加之富源公司并未提供其余证据证明上述费用，故对富源公司的上述请求，依法不予支持。综上所述，根据《中华人民共和国招标投标法》第三条、《中华人民共和国合同法》第五十八条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条、第二条之规定，判决：一、陕西富源房地产开发有限责任公司于本判决生效之日起十日内支付陕西长沣建设工程有限公司工程款3804484.2元。二、陕西富源房地产开发有限责任公司于本判决生效之日起十日内支付陕西长沣建设工程有限公司逾期付款的损失（以3804484.2元为基数，按中国人民银行同期贷款利率的双倍自2014年3月12日计至2015年8月12日）。三、陕西长沣建设工程有限公司于本判决生效之日起十日内支付陕西富源房地产开发有限责任公司电费31000元、水费2222.8元、桩头修补、新增工程变更及增加工程量费用529010.49元。四、驳回陕西长沣建设工程有限公司的其余诉讼请求。五、驳回陕西富源房地产开发有限责任公司的其余反诉请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案案件受理费共78120元，其中本诉部分67024元由富源公司承担50000元，由长沣公司承担17024元；反诉部分11096元，由长沣公司承担5000元，由富源公司承担6096元；鉴定费用42000元，由长沣公司承担22000元，由富源公司承担20000元。因双方已预交，故各方应将该款与上述款项一并支付对方。
经二审审理查明，一审查明事实属实，本院予以确认。
二审期间，双方当事人均未向本院提交新的证据。
本案的争议焦点是涉案的桩基工程是否竣工验收合格；鉴定范围内的费用处理是否正确；富源公司反诉主张的电费洗车台费用能否成立；一审判决是否超出诉请范围；是否应当扣除质保金、罚款等费用；诉讼费的分担是否恰当。
本院认为，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条规定：“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利后果。”一审时长沣公司提交了《桩基分部（子分部）工程质量验收记录》等证据已经能够充分证明桩基工程已经竣工验收合格，并且桩基工程也实际交付富源公司，桩基工程其后的各项施工部分也已经施工完成，故富源公司主张桩基工程未竣工验收合格的理由与本案查明事实不符，本院不予支持。富源公司反诉主张的桩头质量不合格、桩位错位问题而产生的桩头修补、新增工程变更及增加工程量的请求，已经由鉴定机构作出明确的鉴定意见，对于超出鉴定范围的部分，鉴定意见中没有采纳，故一审判决据此作出认定并无不当。富源公司反诉主张的电费、洗车台费用及扣除质保金、罚款等费用的理由，因相关签证单中并无长沣公司的盖章，并且富源公司也未提交证据证明上述费用是否实际产生，同时质保金条款并非法律规定的强制性条款，在双方无具体约定的情况下，不应当扣除。合同法中规定的违约金具有弥补和赔偿损失的性质，一审法院在确认合同无效，没有支持长沣公司违约金的情况下，判决富源公司承担拖欠工程价款的利息损失符合法律规定。《诉讼费用交纳办法》第三十九条第二款规定：“部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。”第四十三条第三款规定：“当事人对人民法院决定诉讼费用的计算有异议的，可以向作出决定的人民法院请求复核。计算确有错误的，作出决定的人民法院应当予以更正。”本案中一审法院根据案件的具体情况决定富源公司负担的诉讼费用数额符合本案实际情况，如果富源公司对一审法院诉讼费用的计算有异议，可以请求一审法院复核。
综上所述，富源公司的上诉请求不能成立，应予驳回。一审判决认定事实清楚，适用法律正确，程序合法，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项的规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费59640元，由上诉人陕西富源房地产开发有限责任公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 田任华
审判员 郝海辉
审判员 张 鹏
二〇一七年八月二十二日
书记员 汪靖朝