广西壮族自治区高级人民法院
民 事 判 决 书
（2012）桂民一终字第19号
上诉人（一审原告、反诉被告）广西防城港恒信房地产有限公司，住所地防城港市港口区。
法定代表人陈荣生，总经理。
委托代理人黄振忠，广西建开律师事务所律师。
委托代理人王丽萍，广西建开律师事务所律师。
被上诉人（一审被告、反诉原告）广西新兴建筑工程有限责任公司，住所地南宁市。
法定代表人钟其东，总经理。
委托代理人宁树辉。
委托代理人宁从佐。
被上诉人（一审被告）宁树辉，男，1960年8月24日生，广西新兴建筑工程有限责任公司员工，住防城港市。
上诉人广西防城港恒信房地产有限公司（以下简称恒信公司）因建设工程施工合同纠纷一案，不服防城港市中级人民法院（2010）防市民一初字第9号民事判决，向本院提起上诉。本院于2012年2月16日受理后，依法组成由审判员孙宝林担任审判长，审判员杨宁群和代理审判员黄广旗参加的合议庭，于2012年4月11日公开开庭审理了本案。书记员冼锐担任记录。上诉人恒信公司的委托代理人黄振忠、王丽萍，被上诉人广西新兴建筑工程有限责任公司（以下简称新兴公司）的委托代理人宁树辉、宁从佐，被上诉人宁树辉到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
一审法院经审理查明，2007年4月，恒信公司通过招投标的方式确定新兴公司为本案讼争工程的中标单位。同年4月14日，恒信公司（发包人）与新兴公司（承包人）签订了001号合同，约定：恒信公司将其位于防城港市西湾广场东北面的西湾恒信花园恒河苑1#至4#号楼按照施工图纸范围内的土建、装饰、天面、安装、水电、防雷、接地、消防、建筑智能化工程发包给新兴公司承建。工程所用的水泥、水管、铝合金、钢筋品牌作出了明确约定。工程开工日期为2007年4月20日，3#、4#楼于2007年11月20日完成主体工程，竣工日期为2008年3月20日，工期为330天。1#、2#楼于2008年3月20日完成主体工程，竣工日期为2008年7月20日，工期为450天。合同价款采用固定价格，按650元／平方米计算，其中主体框架为450元／平方米，砌体工程为50元／平方米，装饰安装工程为150元／平方米，总价暂定为15759300.00元计算，最后以实际竣工面积结算。付款方式为承包方完成基础及第一、第二层主体工程后，从三层楼面起，每完成一层框架楼面发包方必须在5个工作日内按完成建筑面积×450元／平方米×85％支付工程款给承包方。砌体、装饰工程按月支付进度款，5个工作日发包方按核准工程量支付85％工程款给承包方。工程全部竣工并验收合格后28个工作日内，发包方按工程总造价的93％付给承包方，其余部分待备案登记后和工程结算后（留1％为工程保修金）28个工作日内支付。工程保修期满后，如无质量问题，28个工作日内返还保修金。违约责任：发包方不按约定支付进度款，每日按欠付工程款的万分之四计算违约金；承包方不按合同约定的时间竣工的，每逾期一天按工程总价款的万分之五计算违约金。承包方不能按期完成主体封顶的，每延误一天处以5000元违约金。工期延误：发包方未能按约定提供图纸及开工条件、不按时支付预付款、进度款、工程师未按约定提供指令、批准，致使不能正常施工，以及因设计变更和工程量增加，停水、停电，不可抗力等原因造成工期延误的，可以顺延工期。承包人在工期延误事由发生后14天内，应就延误的工期以书面形式向工程师提出报告。工程师在收到报告后14天内予以确认，逾期不予确认也不提出修改意见的，视为同意顺延工期。对不可抗力约定为：V级以上地震、十二级以上大风、中雨级以上持续2天的雨水（中雨以上的天气，确实不能安排施工时，工期可相应顺延）等。合同还就其他条款进行了约定。
2007年4月15日，恒信公司与新兴公司签订了003号合同，约定：将本案讼争工程合同价款变更为750元／平方米，其中主体框架为450元／平方米，砌体工程为50元／平方米，装饰安装工程为250元／平方米，合同总价为18183750.00元，以实际竣工面积计算为准。合同的其他条款，双方未作实质性改动。合同同时约定，同意将双方于2007年4月14日签订001号合同作废，即不履行该合同条款，所有条款的履行均按本合同执行。合同签订后，2007年5月29日，新兴公司依据恒信公司签发的3#、4#楼的开工令进场对3#、4#楼进行施工。2007年11月16日，新兴公司根据恒信公司签发的1#、2#楼的开工令对1#、2#楼进行施工。施工期间，因建筑材料价格上涨过快，经双方当事人协商，对水泥和钢材的价差采取由双方各自承担50%的约定。经核算，恒信公司承担的材料调整款为1239183.30元。工程施工过程中，恒信公司先后向新兴公司支付了如下款项：工程款14635635.40元（其中工程进度款1339万元，材料调整款1055000元、签证款190635.4元）。根据新兴公司提供的经恒信公司批复的《工程进度款申请表》，恒信公司在2009年1月13日之前的工程进度款均能按时足额支付，但从2009年1月13日之后，其批复的62万元没有支付，且从2009年4月23日批复的进度款67万元，恒信公司只支付30万元，又有进度款37万元没有按时支付。2008年5月16日，新兴公司经恒信公司同意，与陈荣标签订协议，将讼争工程的附属门窗工程转包给陈荣标。合同约定：门窗工程固定综合单价为219元／平方米，工程总价为单价×总面积。该转包合同的付款方式为由工程发包方恒信公司在结算后直接将工程款支付给陈荣标，此分包款项从工程款中扣除，恒信公司作为陈荣标的的担保人在合同签字。该合同签订后，陈荣标对门窗工程进行施工，并于2009年4月13日完工，恒信公司与陈荣标结算，并支付工程款1051878.90元给陈荣标。新兴公司在诉讼中要求陈荣标按双方协议约定应扣除4万元作为管理费，恒信公司对此表示同意，故门窗工程款应为101l878.90元。施工期间，新兴公司应交纳的水电费均由恒信公司代付。诉讼中，新兴公司认可其承担的水电费为207795.30元。2009年3月29日，3#、4#楼工程竣工，经双方组织有关部门进行验收并确认工程合格后交付使用。同年11月29日，1#、2#楼工程竣工，经双方组织有关部门进行验收并确认工程合格。但新兴公司以恒信公司尚欠工程款为由拒绝交付。恒信公司则强行接管工程并交付购房者使用。2009年12月22日，恒信公司收到新兴公司提交的《建筑工程结算书》，但没有组织双方进行结算。2010年2月8日，因新兴公司拖欠农民工工资，经防城港市劳动和社会保障局和防城港市住房和建设规划委员会协调，从新兴公司账户划支10万元，从恒信公司账户划支271764元给农民工。新兴公司以恒信公司未结清工程款为由，未将验收资料转交给恒信公司，且拒绝开具已收工程款发票。为此，恒信公司于2010年7月7日诉至一审法院，请求判令：一、新兴公司返还超领工程款1137765.30元、代付水电费207795.30元、民工工资371764元，并支付逾期交工及主体逾期封顶违约金6145698.10元，合计7863022.70元；二、新兴公司向恒信公司开具本案工程的所有工程款发票；三、新兴公司向恒信公司提交本案工程竣工验收备案资料；四、宁树辉对本案债务承担连带责任。新兴公司于同年8月18日则提起反诉，请求判令：一、恒信公司支付尚欠工程款6186049.47元及利息151156.12元（从2010年1月20日起按中国人民银行同期贷款利率计算至2010年7月20日止）；二、恒信公司支付进度款违约金187124元（从2009年5月13日起计算至2010年1月19日止），工程违约金217200元（从2010年1月20日计算至2010年7月20日止，以后另计）。
由于双方对本案工程的建筑面积和隔热层签证工程造价有争议，新兴公司申请进行司法鉴定。经双方当事人协商一致，同意由防城港市诚信房地产测绘有限公司对涉案的恒信花园1至4号楼建筑面积进行测绘。防城港市诚信房地产测绘有限公司于2011年6月22日作出防港房测（2011）第0591-1、0591-2、0591-3、0591-4号测绘报告，测算恒信花园1#楼房屋面积为6231.63平方米、2#楼面积为6442.32平方米，3号楼面积为6434.94平方米、4#楼面积为5162.88平方米，总计24271.77平方米。新兴公司对此有异议，经双方协商，同意由广西浩宇建设咨询有限公司进行补充评估，广西浩宇建设咨询有限公司于2011年10月31日作出N0：GXHY—027号《建筑面积评估报告》，核定讼争工程的建筑面积为24438.455平方米。双方对此没有异议。对隔热层签证工程，经双方协商一致，一审法院委托祥浩工程造价咨询有限责任公司进行评估，该公司于2011年9月28日作出祥浩造字（2011）第9-12号《工程造价鉴定报告书》，核定工程造价为56659.88元。新兴公司和恒信公司对此没有异议。
一审法院审理认为，关于本案当事人双方所签订的合同以哪一份为结算依据的问题。本案双方当事人经过招投标方式于2007年4月14日签订了001号合同，2007年4月15日又签订了003号合同，003号合同约定双方于2007年4月14日签订的001号合同作废，所有条款的履行均按003号合同执行，是对001号合同的变更。合同履行过程中亦是按003号合同约定的价款履行。因此，003号合同是双方当事人的真实意思表示，合同内容合法，应认定003号合同有效，作为本案结算依据。恒信公司主张001号合同是根据招投标文件签订的，应以该合同作为有效合同。由于该合同已被003号合同取代，恒信公司又没有证据证明其是在违反真实意思表示所签订的，故对其主张一审法院不予采信。
关于本案工程新兴公司实际完成工程总造价的数额，恒信公司要求新兴公司返还超领工程款1137765.30元、代付水电费207795.30元、民工工资371764元以及新兴公司反诉要求恒信公司支付尚欠工程款6186049.47元及利息151156.12元理由是否成立，应否支持的问题。新兴公司施工的本案工程，已经竣工验收合格，恒信公司应按合同约定支付工程款。恒信公司要求对工程质量进行鉴定，理由不成立，一审法院不予支持。根据003号合同的约定，合同价款采用固定价格条款，即固定包干单价×建筑面积，合同约定固定包干单价为750元／平方米。建筑面积经一审法院委托评估机构核定为24438.455平方米，双方对此均以认可，一审法院予以确认。故合同内工程造价为18328841.25元。因建筑材料价格上涨过快，经双方当事人协商，对水泥和钢材的价差采取由双方各自承担50％的约定，是双方当事人的真实意思表示，没有违反法律强制性规定，一审法院予以认可。经核算，恒信公司承担的材料调整款为1239183.30元。因设计变更的隔热层签证工程，经一审法院委托祥浩工程造价咨询有限责任公司作出《工程造价鉴定报告书》，核定工程造价为56659.88元，以及其他签证工程造价190635.4元，双方均无异议，一审法院予以确认。故本案工程总造价为19815319.83元。此外，恒信公司总经理陈荣生私宅购买模板等材料款7213.68元，恒信公司同意在本案中支付，一审法院予以确认。新兴公司主张的沙石调整款246297.10元和增加工程款100557.25元，未经双方签证，新兴公司又未提供证据证实，一审法院不予确认。恒信公司已经支付工程款14635635.40元，代付新兴公司应交纳的水电费207795.30元，代付新兴公司拖欠民工工资271764元，代付陈荣标门窗工程款1011878.90元，有证据证实，一审法院予以确认。恒信公司主张因消防工程不合格，要求新兴公司承担消防工程维修费106400元。由于新兴公司施工的消防工程已经双方验收合格，且恒信公司与广西华隆建筑工程有限公司是对消防工程进行改造，不是因工程质量不合格产生的费用，应由恒信公司自行承担、对其主张，一审法院不予支持。因此，恒信公司尚欠新兴公司工程款3695459.90元。综上，恒信公司诉请新兴公司返还超领的工程款1137765.30元，理由不成立，一审法院不予支持。其主张的代付水电费和民工工资，一审法院已作抵扣。新兴公司反诉要求恒信公司支付尚欠工程款6186049.47元，一审法院不予全部支持，恒信公司应支付尚欠工程款3695459.90元。新兴公司于2009年12月22日向恒信公司提交的《建筑工程结算书》。双方在合同通用条款第33.3款约定，发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。恒信公司在2009年12月22日收到结算报告后，没有确认也没有提出修改意见，又不支付工程价款，其行为构成违约，应承担相应的民事责任。同时，双方又在合同专用条款35.1款约定，本合同通用条款第33.3款约定发包人违约应承担的违约责任为每逾期一天发包方按1200元／天补偿给承包人。由于专用条款的效力高于通用条款，在两者冲突的情况下，一审法院应采用专用条款的约定。根据专用条款计算的违约金已经足以补偿因逾期付款造成的利息损失，故新兴公司主张利息损失，一审法院不予支持。
关于新兴公司是否存在逾期完工及主体工程逾期封顶的违约行为，恒信公司要求新兴公司支付违约金6145698.10元理由是否成立，应否支持的问题。根据双方合同专用条款第35.2条的约定，承包方不按合同约定的时间竣工的，每逾期一天按工程总价款的万分之五计算违约金；承包方不能按期完成主体封顶的，每延误一天处以5000元违约金。该条款对逾期竣工和逾期主体封顶的违约责任均进行了约定。由于承包人逾期竣工的表现形式是承包人逾期竣工的天数，在逾期竣工的情况下，对逾期竣工计算违约金已经足够弥补因违约行为造成的损失，再计算逾期主体封顶违约金属重复计算，不予支持。故一审法院只支持因逾期竣工的违约金损失。一审法院结合监理公司签证资料及防城港市气象资料认定3#、4#楼逾期交付140天，1#、2#楼逾期交付87天。因此，逾期竣工违约金为1279405元（6382.335平方米＋5199.875平方米）×750元／平方米×140天×0.0005元／天＋（6266.115平方米＋6490.13平方米）×750元／平方米×87天×0.0005元／天）。恒信公司主张逾期竣工违约金6145698.10元，一审法院不予全部支持。新兴公司抗辩主张不存在迟延交付的事实，与事实不符，一审法院不予采信。
关于恒信公司是否存在不按时支付工程进度款的违约行为，新兴公司要求恒信公司支付进度款违约金187124元及工程违约金217200元理由是否成立，应否支持的问题。根据双方合同专用条款第26条的约定，发包方应在承包方报送已完成工程进度款5个工作日按核准工程量支付85％工程款给承包方。根据新兴公司提供的经恒信公司批复的《工程进度款申请表》，恒信公司在2009年1月13日之前的工程进度款均能按时足额支付，但其在2009年1月13日批复的62万元没有支付，在2009年4月23日批复的进度款67万元，只支付30万元，又有37万元没有按时支付，违反了合同约定，构成违约，应按合同第35.1款的约定按欠付工程款每日万分之四计算违约金，即从2009年1月13日至2009年4月23日止共100天以62万元为基数，从2009年4月23日至2010年1月19日止共259天以99万元为基数计算违约金，违约金为127364元（即：62万元×100天×0.0004元／天＋99万元×259天×0.0004元／天）。新兴公司主张进度款违约金为187124元，超出部分一审法院不予支持。新兴公司主张工程违约金217200元，根据双方在合同专用条款35.1款约定，本合同通用条款第33.3款约定发包人违约应承担的违约责任为每逾期一天发包方按1200元／天补偿给承包人。恒信公司在2009年12月22日收到结算报告后，没有确认也没有提出修改意见，又不支付工程价款，其行为构成违约，应从2010年1月20日起按每日1200元赔偿逾期付款违约金，故新兴公司主张恒信公司赔偿工程逾期付款违约金理由充分，一审法院予以支持。
关于恒信公司要求新兴公司开具本案工程的所有工程款发票有何事实和法律依据，应否支持的问题。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条第二款“单位和个人在购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动中，应当按照规定开具、使用、取得发票”以及《中华人民共和国发票管理办法》第二十条“购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票”的规定，新兴公司作为本案工程的施工方，工程款为19815319.83元，扣除陈荣标施工的门窗工程款1011878.90元，应向发包方恒信公司开具18803440.93元的建筑安装发票。因此，恒信公司要求新兴公司开具本案工程款18803440.93元的建筑安装发票，于法有据，一审法院予以支持。
关于恒信公司要求新兴公司提交本案工程竣工验收备案资料有何事实和法律依据，应否支持的问题。根据《建设工程质量管理条例》第十六条“建设单位收到建设工程竣工报告后，应当组织设计、施工、工程监理等有关单位进行竣工验收。建设工程竣工验收应当具备下列条件：（一）完成建设工程设计和合同约定的各项内容；（二）有完整的技术档案和施工管理资料；（三）有工程使用的主要建筑材料、建筑构配件和设备的进场试验报告；（四）有勘察、设计、施工、工程监理等单位分别签署的质量合格文件；（五）有施工单位签署的工程保修书。”的规定，新兴公司作为施工方，有义务向恒信公司提交各项施工资料，但新兴公司没有提供完整的竣工验收资料，造成恒信公司无法向建设主管部门办理验收备案登记，无法办理房屋产权证书给买受人，其行为已构成违约，应承担相应的违约责任。因此，恒信公司诉请新兴公司向其提供本案工程的竣工备案资料，理由充分，一审法院予以支持。
关于宁树辉应否承担连带责任的问题。本案合同是恒信公司与新兴公司签订的，宁树辉作为新兴公司的职员，其在合同履行过程中的行为属于职务行为，恒信公司并没有提供证据证明新兴公司将本案工程转包给宁树辉。因此，恒信公司诉请宁树辉对新兴公司本案债务承担连带责任，理由不成立，一审法院不予支持。
综上所述，恒信公司与新兴公司签订的003号《建设工程施工合同》是当事人真实意思表示，内容没有违反法律禁止性规定，该合同合法有效。合同签订后，新兴公司已依约进场施工，所建工程经验收合格，但恒信公司没有按期支付工程进度款给新兴公司，恒信司应支付尚欠的工程款3695459.90元给新兴公司并支付相应的违约责任。新兴公司没有在合同规定的工期完工，应承担逾期交付的违约责任，应赔偿逾期交付违约金1279405元。同时，新兴公司作为施工方，应承担提供相应的竣工备案资料的附属义务及向恒信公司开具工程款发票的义务。依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百零九条、第二百八十六条，《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条第二款，《建设工程质量管理条例》第十六条以及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条的规定，判决：一、恒信公司应支付给新兴公司工程款3695459.90元；二、新兴公司赔偿恒信公司逾期完工违约金1279405元［计算方法：（6382.335平方米＋5199.875平方米）×750元／平方米×140天×0.0005元／天＋（6266.115平方米＋6490.130平方米）×750元／平方米×87天×0.0005元／天）］；三、恒信公司向新兴公司赔偿工程进度款违约金127364元及逾期付款违约金（违约金计算方法：以每天1200元，从2010年1月20日起计算至本案生效判决规定的履行期的最后一日止）；四、新兴公司向恒信公司开具本案工程款18803440.93元的建筑安装发票；五、新兴公司向恒信公司提供本案工程的竣工备案资料；六、驳回恒信公司的其他诉讼请求；七、驳回新兴公司的其他诉讼请求。上述第一、二项应付款项相减后，以及第三项的确定的数额，恒信公司应支付新兴公司工程款2414054.90元、工程进度款违约金127364元及逾期付款违约金（违约金计算方法：以每天1200元，从2010年1月20日起计算至本案生效判决规定的履行期的最后一日止）。本案本诉案件受理费67309元（恒信公司已预交），反诉案件受理费59404元，鉴定费31454元（新兴公司已预交），合计158713元。由恒信公司110000元，新兴公司负担48167元。
恒信公司不服一审判决，向本院提起上诉称，一、一审判决认定事实有误。（一）本案工程是经过招投标程序，根据中标签订的合同为有效合同，因而001号合同有效。一审判决认定的003号合同，因违反法律强制性规定，为无效合同，而一审判决却认定003号合同有效。（二）根据合同专用条款第23.2的约定，本案合同的价款已包含市场波动等风险费用，且恒信公司与新兴公司并未就材料价格上涨如何分担有过协议，一审法院却判决恒信公司承担一半的材料调整款，即1239183.3元，是违背事实及合同约定的。二、由于新兴公司存在严重延误工期，不仅主体封顶逾期，整个工程的竣工日期也延误。而一审判决认定新兴公司有权顺延工期证据不足。根据合同的约定，承包人不能按期完成主体封顶的，每延误一天处以5000元违约金，逾期竣工的，每逾期一天按工程总价款的万分之五计算违约金。因此，新兴公司应当向恒信公司支付主体逾期封顶的违约金1910000元及逾期竣工的违约金3273654.98元，共计5183654.98元。三、恒信公司已超付工程进度款，且由于新兴公司未完成约定的工程及拒绝交付工程资料，未达到结算条件，双方尚未进行结算，一审判决恒信公司支付工程进度款违约金及逾期付款违约金，明显错误。四、一审判决存在明显的计算错误。五、新兴公司应按实际工程造价开具所有工程款的发票。请二审法院撤销一审判决第一、二、三、四、六项；判令新兴公司返还超领的工程款1479094.95元，并向恒信公司支付逾期交工及主体逾期封顶的违约金共计5183654.98元（主体逾期封顶的，按每天5000元计违约金，逾期竣工的，按工程总价款的万分之五／天计违约金）；判令恒信公司不需赔偿新兴公司工程进度款违约金及逾期付款违约金；判令新兴公司向恒信公司开具本案工程实际造价的所有工程款的发票；判令宁树辉对本案承担连带责任。
新兴公司答辩称，一审判决认定事实清楚，适用法律正确。请二审法院驳回上诉，维持原判。
本院经审理查明的事实与一审法院查明的事实一致，对一审法院认定的事实本院予以确认。
根据上诉人的上诉意见及被上诉人的答辩意见，本案二审争议焦点为：1、本案的003号合同是否有效；2、本案如何计算工程造价；3、新兴公司逾期完工的天数应该是多少；4、恒信公司是否存在逾期支付工程进度款；5、宁树辉对新兴公司的本案债务应否承担连带责任。
综合根据上诉人的上诉意见及被上诉人的答辩意见，结合本案的基本事实，本院综合评判如下：
一、关于本案的003号合同是否有效的问题。
本院认为，在本案中，既然当事人对讼争的西湾恒信花园恒河苑1#至4#号楼工程进行了招投标，根据《招投标法》第2条“在中华人民共和国境内进行招投标活动，适用本法”的规定，因此，签订本案工程的施工合同理应受该法约束。招标人恒信公司与中标人新兴公司本应按照中标结果的“工程价款”、“工期”订立合同，但双方当事人却改变中标结果另行签订003号合同约定工程价款、工期，将中标结果的“工程价款”由650元／平方米变更为750元／平方米，“3#、4#楼工期”由450天压缩为330天。因此，本院认定恒信公司与新兴公司签订的003合同中“工程价款”、“3#、4#楼工期”是变更了中标结果的实质性内容。根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”的规定，恒信公司与新兴公司于2007年4月15日签订的003号合同，除003号合同中“工程价款750元／平方米”、“3#、4#楼工期为330天”条款无效外，其余条款均有效，受法律保护。恒信公司上诉主张双方于2007年4月15日签订的003号合同无效的理由部分成立，成立部分本院予以支持。
二、关于本案如何计算工程造价的问题。
（一）关于本案的“工程价款”的问题。本院认为，本案工程进行了招投标，因此中标结果中有关工程价款结算条款理应受法律保护。双方当事人签订的003号合同中关于“750元／平方米”的工程价款结算是对中标结果中有关“650元／平方米”的工程价款结算的实质改变，不受法律保护，故003号合同中的“750元／平方米”的工程价款不能成为本案工程价款结算的依据。按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定，应以中标结果的“工程价款650元／平方米”作为本案工程价款结算的根据。因此，恒信公司上诉主张按中标结果的“工程价款650元／平方米”计算本案的工程造价的理由成立，本院予以支持。
（二）关于材料上涨费用如何分担的问题。本院认为，虽然双方当事人在合同中约定合同价款包含市场价格波动等风险费用，但由于在施工期间出现了在订立合同时无法预见的材料价格飞涨的情形，于是新兴公司多次向恒信公司提交不同时期的“材料调整款”的函，在函中明确提出“水泥和钢材的价差采取由双方各自承担50%”的原则，恒信公司工地代表在“材料调整款”函上签字同意。因此，一审判决据此认定双方已约定对水泥和钢材的价差采取由双方各自承担50%是正确的。该项费用经核算，恒信公司应承担的材料调整款为1239183.30元，一审判决并无不当。恒信公司上诉其不应承担材料上涨的费用的理由不成立，本院不予支持。
（三）关于如何计算工程造价的问题。本院认为，本案工程造价计算方法应为：合同中标价＋材料价差调整＋设计变更＋其他签证。即本案工程造价=24438.455平方米×650元／平方米＋1239183.30元＋56659.88元＋190635.4元。因此，本案工程造价为17371474.33元。
（四）关于恒信公司上诉主张新兴公司承担消防工程费77000元的问题。本院认为，由于恒信公司与广西华隆建筑工程有限公司之间是因对消防工程进行改造产生的费用，而不是因消防工程质量不合格产生的费用。因此，该改造费用应由恒信公司自行承担。恒信公司上诉主张由新兴公司承担消防工程费77000元的理由不成立，本院不予支持。
（五）关于恒信公司是否尚欠工程款的问题。本院认为，本案工程总造价为17371474.33元，加上恒信公司总经理陈荣生私宅购买模板等材料款7213.68元后，减去恒信公司已付工程款14635635.40元，减去代新兴公司交纳水电费207795.30元，减去代新兴公司支付拖欠民工工资271764元，减去支付陈荣标门窗工程款1011878.90元，恒信公司尚欠新兴公司工程款1251614.41元。因此，恒信公司上诉主张其多付工程款的理由不成立，本院予以驳回。
（六）关于恒信公司尚欠工程款利息及违约金的问题。本院认为，003号合同专用条款35.1款虽然约定“发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程款的利息，并承担违约责任。发包人违约应承担的违约责任为每逾期一天发包方按1200元／天补偿给承包人”，恒信公司也在2009年12月22日收到新兴公司结算报告，但由于新兴公司的该结算报告不能作为本案的结算依据，双方诉前也没有对本案工程价款进行过结算，因而新兴公司主张恒信公司承担逾期支付工程款的违约金，于法无据，恒信公司可从2010年1月20日起按同期银行贷款利率偿付拖欠工程款的利息。因此，恒信公司上诉主张其不应承担逾期付款的违约责任1200元／天的理由成立，本院予以支持。
三、关于新兴公司逾期完工的天数应该是多少的问题。
（一）关于新兴公司逾期完工的天数应该是多少的问题。本院认为，根据003号合同关于“中雨以上的天气，确实不能安排施工时，工期可相应顺延”的约定，结合新兴公司制作的有监理单位签字的雨天记录和监理单位的记录及防城港市气象资料，一审判决认定1#、2#楼可顺延工期102天、3#、4#楼可顺延工期131天，并无不当。本案1#、2#楼工程于2007年11月16日开工，2009年11月29日竣工。因此，新兴公司的实际工期744天，减去中标工期450天，扣除可顺延工期102天后，1#、2#楼逾期192天。本案3#、4#楼工程于2007年5月29日开工，2009年3月29日竣工。因此，新兴公司的实际工期670天，减去中标工期450天，扣除可顺延工期131天后，3#、4#楼逾期89天。恒信公司上诉称新兴公司可顺延工期证据不足的理由不成立，本院不予支持。
（二）关于新兴公司逾期交付工程违约金与逾期主体封顶违约金可否并用的问题。本院认为，虽然003合同专用条款第35.2条约定“承包方不按合同约定的时间竣工的，每逾期一天按工程总价款的万分之五计算违约金；承包方不能按期完成主体封顶的，每延误一天处以5000元违约金”。但由于新兴公司偿付的逾期竣工违约金已经足以弥补因新兴公司违约行为造成的逾期主体封顶损失，如再计算逾期主体封顶违约金则属重复计算，故本院不予支持恒信公司要求新兴公司偿付逾期主体封顶违约金的主张。本案逾期交付工程违约金为1133897.61元［（6266.115平方米＋6490.13平方米）×650元／平方米×192天×0.0005元／天＋（6482.335平方米＋5199.875平方米）×650元／平方米×89天×0.0005元／天）］。
四、关于恒信公司是否存在逾期支付工程进度款的问题。
本院认为，根据003号合同专用条款第26条关于“发包方应在承包方报送已完成工程进度款5个工作日按核准工程量支付85％工程款给承包方”的约定，恒信公司在2009年1月13日之前的工程进度款均能按时足额支付。由于新兴公司于2009年1月13日向恒信公司申请62万元工程进度款，恒信公司批复同意支付62万元。但恒信公司没有支付该62万元。新兴公司于2009年4月23日又向恒信公司申请67万元工程进度款，恒信公司批复只同意支付30万元。恒信公司支付了该30万元。因此，根据003号合同第35.1款关于“发包人不按约定支付工程进度款，按欠付工程款每日万分之四计算违约金”的约定，即从2009年1月13日至2009年4月23日止共100天以62万元为基数计算违约金，违约金为24800元（即62万元×100天×0.0004元／天）。恒信公司上诉主张其不存在逾期支付工程进度款的理由与事实不符，本院不予支持。
五、关于宁树辉对新兴公司本案债务应否承担连带责任的问题。
本院认为，在本案中，宁树辉作为新兴公司的员工，其在履行合同过程中的行为属于职务行为。003合同的当事人系恒信公司与新兴公司，而非恒信公司与宁树辉，恒信公司并没有证据证实新兴公司将本案工程转包给了宁树辉。因此，恒信公司上诉主张宁树辉对新兴公司本案债务承担连带责任的理由不成立，本院不予支持。
关于陈荣标施工的门窗工程款1011878.90元，应由谁向恒信公司开具门窗工程款建筑安装发票的问题。本院认为，虽然新兴公司是总包单位，但陈荣标具体负责施工的门窗工程，是由恒信公司直接支付门窗工程款1011878.90元给陈荣标的，新兴公司只收取陈荣标4万元的管理费。根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十条“购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票”的规定，陈荣标作为本案门窗工程的施工方，应向发包方恒信公司开具门窗工程款1011878.90元的建筑安装发票。因此，恒信公司上诉请求新兴公司开具本案门窗工程款1011878.90元的建筑安装发票，于法无据，本院不予支持。
综上所述，一审判决认定事实部分不清，适用法律部分不当，本院应予纠正。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）、（二）项的规定，判决如下：
一、维持防城港市中级人民法院（2010）防市民一初字第9号民事判决第五、六、七项；
二、变更防城港市中级人民法院（2010）防市民一初字第9号民事判决第二项为：广西新兴建筑工程有限责任公司支付给广西防城港恒信房地产有限公司逾期完工违约金1133897.61元；
三、变更防城港市中级人民法院（2010）防市民一初字第9号民事判决第四项为：广西新兴建筑工程有限责任公司向广西防城港恒信房地产有限公司开具本案工程款16359595.43元的建筑安装发票；
四、撤销防城港市中级人民法院（2010）防市民一初字第9号民事判决第一、三项；
五、广西防城港恒信房地产有限公司支付给广西新兴建筑工程有限责任公司工程款1251614.41元及利息（利息计算：以1251614.41元为基数，从2010年1月20日起按中国人民银行发布的国家同期同类贷款利率分段计至本判决规定的履行期限最后一日止）；
六、广西防城港恒信房地产有限公司支付给广西新兴建筑工程有限责任公司逾期支付工程进度款违约金24800元。
一审本诉案件受理费67309元（广西防城港恒信房地产有限公司已预交），反诉案件受理费59404元（广西新兴建筑工程有限责任公司已预交），鉴定费31454元（广西新兴建筑工程有限责任公司已预交）；二审案件受理费46599元（广西防城港恒信房地产有限公司已预交），合计204766元。由广西防城港恒信房地产有限公司负担122859.6元，广西新兴建筑工程有限责任公司负担81906.4元。
上述款项自本判决送达之日起十日内履行完毕，逾期则应加倍支付迟延履行期间的债务利息。债权人可在本判决规定履行期间的最后一日起二年内，向一审人民法院申请执行。
本判决为终审判决。
审 判 长 孙宝林
审 判 员 杨宁群
代理审判员 黄广旗
二〇一三年五月二十七日
书 记 员 冼 锐