新疆维吾尔自治区拜城县人民法院
民 事 判 决 书
（2015）拜民初字第640号
原告石河子新众物流有限责任公司。（以下简称新众物流公司）
法定代表人张风喜，系该公司总经理。
住所地石河子市。
委托代理人刘刚，男，汉族，新疆远新律师事务所律师（一般代理）。
被告拜城县恒茂矿业有限公司。（以下简称拜城恒茂公司）
法定代表人窦志勇，系该公司总经理。
住所地拜城县。
委托代理人王艳，女，汉族，系该公司职工（特别授权代理）。
委托代理人王建忠，男，汉族，新疆建信律师事务所律师（一般代理）。
原告新众物流公司诉被告拜城恒茂公司公路货物运输合同纠�一案，本院于2015年5月13日受理后，依法由审判员班学强适用简易程序公开开庭进行了审理。原告新众物流公司的法定代表人张风喜及其委托代理人刘刚，被告拜城恒茂公司的委托代理人王艳及王建忠到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告新众物流公司诉称：2012年6月至2014年4月，我公司为被告拉运石灰石及白云石，被告支付了部分运费，2014年12月14日，经双方协商一致，对剩余运费达成“付款协议书”，协议书约定：截止2014年12月11日被告尚欠我公司运费3693685.43元，被告于2015年3月30日前付清，逾期付款承担30%违约金。后来被告支付1500000元，剩余运费经我公司多次索要无果，故诉至法院，判令被告支付拖欠运费2193685.43元及逾期付款违约金658105.63元（2193685.43元×30%），合计285179.06元，并由被告承担案件受理费。
被告拜城恒茂公司辩称：1、我公司与原�之间未签订货运合同，我公司与田贵华之间签订了货运合同，原告主体不适格；2、运费我公司已向原告支付完毕；3、因原告给我公司开具普通发票，给我公司造成税款损失196730.36元应在运费中扣除；4、2014年12月14日双方达成的付款协议是在胁迫下签订的，系无效协议。
原告新众物流公司为证明其诉讼请求，向本院提交了下列证据：
1、运输合同复印件两份，证明原告新众物流公司与被告拜城恒茂公司及阿克苏恒茂矿业有限公司签订运输合同的事实。被告对该合同的签名系公司负责人签名予以认可，但对合同上的印章未明确表态，本院对该证据的真实性及对本案的证明力予以确认。
2、企业注册登记信息两份，证实阿克苏恒茂矿业有限公司、拜城县恒茂矿业有限公司法定代表人、股东均相同，实际为同一套人事组织机构，以及双方签订的两份运输合同实际均由拜�县恒茂矿业有限公司与原告直接履行的事实，且运费的结算、运费的支付、付款协议的签订等事宜均由拜城县恒茂矿业有限公司履行的事实。被告对该证据予以认可，本院对该证据的真实性及对本案的证明力予以确认。
3、2014年4月13日签订的付款协议书复印件一份，证实原、被告双方已达成运费付款协议，由第三方阿克苏佳域工贸有限责任公司（以下简称佳域公司）向被告付款后，被告向原告支付拖欠运费的事实。被告对该证据真实性无异议，提出该协议是受原告胁迫签订，且佳域公司未向被告付款，故被告无法向原告付款的意见。本院对该证据的真实性及对本案的证明力予以确认。
4、证明一份，证实2014年12月11日经双方初步确定，被告欠原告运费3693685.43元。被告对该证据真实性无异议，本院对该证据的真实性及对本案的证明力予以确认。
5、2014年12月14日签�的付款协议书复印件一份，证实原、被告双方于2014年4月13日达成运费付款协议后再次达成付款协议，于2015年3月30日前分期将运费3693685.43元支付给原告，如不按时给付则承担未支付金额30%的违约金，由第三方佳域公司监督被告向原告付款的事实。被告对该证据真实性无异议，提出该协议中欠款金额未经双方财务核算的意见。本院对该证据的真实性及对本案的证明力予以确认。
被告拜城恒茂矿业公司为证明其反驳主张，向本院提交发票复印件一组十二张，证实原告未开具正规增值税发票给被告造成税款损失196730.36元，要求在运费欠款中扣除。原告对该证据真实性无异议，提出是按照被告要求开具发票，不应承担其损失。本院对该证据的真实性及对本案的证明力予以确认。
经审理查明：2012年6月至2014年4月期间，原告新众物流公司分别与阿克苏恒茂矿业有限公司、拜�县恒茂矿业有限公司各签订了一份运输合同，该二份合同实际上均由原告与被告恒茂矿业公司之间履行。原告按照合同要求为被告拉运运石灰石及白云石，被告仅支付了部分运费。2014年4月13日双方签订付款协议后被告支付了部分运费。2014年12月14日，经双方协商一致，再次对拖欠运费达成“付款协议书”，协议书约定：截止2014年12月11日被告尚欠原告运费3693685.43元，被告于2015年3月30日前付清，逾期付款则承担未付款金额30%的违约金。此后被告支付1500000元，尚欠运费2193685.43元至今未付。经原告多次索要无果，故原告诉至本院。
本院认为：原告新众物流公司与被告拜城恒茂矿业公司在平等、自愿基础上达成公路货物运输协议，其内容是双方真实意思表示，亦不违反法律规定，合法有效。原告按合同要求为被告拉运石灰石及白云石，被告理应按约定及时支付运�。被告未及时向原告支付运费，依照法律的规定应承担违约责任。故原告要求被告支付运费的请求符合法律规定，本院予以支持。原告主张30%违约金，因原、被告双方于2014年12月14日签订的协议明确约定：“欠新众物流公司运费3693685.43元，拜城恒茂矿业公司于2015年3月30日前付清，逾期付款承担未付款金额30%的违约金”。该约定并不违反法律的规定，被告未按约定向原告支付运费行为已构成违约，应承担相应的违约责任，故本院对原告主张30%违约金的请求予以支持。被告提出我公司与原告之间未签订货运合同，我公司与田贵华之间签订了货运合同，原告主体不适格的反驳意见，因原告提交二份《运输合同》证明原、被告之间存在运输合同关系，原、被告之间实际履行了该《运输合同》，被告也向原告支付了大部分运费，并对剩余运费进行了结算及约定了支付�式，且被告提出原告主体不适格的意见与其后答辩称向原告支付了运费的意见相互矛盾，无法自圆其说，故本院对被告的该反驳意见不予支持。被告提出双方多次的《付款协议》是在原告的胁迫下签订的，系无效协议的反驳意见，因被告未及时向原告支付运费，原告向被告索要运费过程中采取了一定的措施，后经双方协商达成了《付款协议》，该协议内容是双方真实意思表示，亦不违反法律规定，合法有效。且双方达成《付款协议》后，被告也履行了该协议并向原告支付了部分运费，足以证明被告对该《付款协议》是认可的，故本院对被告的该反驳意见不予支持。被告提出因第三方佳域公司未按时向被告支付货款导致公司不能及时向原告支付运费的反驳意见。因第三方佳域公司仅监督被告按约定向原告支付运费，被告向原告支付运费不以第三方佳域公司付款为前提，《运输合同》是原、被告之间签订及履行的，被告与第三方佳域公司之间的合同关系与本案无直接法律关系，故本院对被告的该反驳意见不予支持。被告提出因原告未开具正规增值税发票给被告造成的税款损失196730.36元要求在运费欠款中扣除的意见，因该普通发票是原告按照被告的要求开具的，被告也实际接受该普通发票并且已经进行账务处理，此后也未要求原告重新开具正规增值税发票，故本院对被告提出要求在运费中予以抵扣的意见不予支持。本案经调解无效，依据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零九条、第一百一十四条的规定，判决如下：
一、被告拜城县恒茂矿业有限公司于本判决发生法律效力后三日内一次性给付原告石河子新众物流有限责任公司运费2193685.43元；
二、被告拜城县恒茂矿业有限公司于本判决发生法律效力后三日内一次性给�原告石河子新众物流有限责任公司逾期付款违约金658105.63元（2193685.43元×30%）。
以上一、二项合计285179.06元。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十九条之规定，当事人申请执行的期间为二年，从履行期间的最后一日起计算。
案件受理费29614.4元减半收取14807.2元，由被告拜城县恒茂矿业有限公司承担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院提交上诉状及副本七份，上诉于阿克苏地区中级人民法院。
审判员 ：班学强
二〇一五年七月十七日
书记员 ： 鲁 婷