温州市龙湾区人民法院
民 事 判 决 书
（2012）温龙民初字第1184号
原告：温州中城建设集团有限公司。
法定代表人：倪明连。
委托代理人：黄品旭。
委托代理人：李仙飞。
被告：温州市龙湾区沙城镇七一村经济合作社。
法定代表人：项光通。
被告：温州市龙湾区沙城镇七二村经济合作社。
法定代表人：项有其。
被告：温州市龙湾区沙城镇七三村经济合作社。
法定代表人：项金龙。
被告：温州市龙湾区沙城镇七四村经济合作社。
法定代表人：项光银。
被告：温州市龙湾区沙城镇七五村经济合作社。
法定代表人：陈久金。
被告：温州市龙湾区沙城镇顺江村经济合作社。
法定代表人：夏念斌。
被告：温州市龙湾区沙城镇八甲村经济合作社。
法定代表人：杨贤钏。
原告温州中城建设集团有限公司（以下简称：中城集团）与被告温州市龙湾区沙城镇七一村经济合作社（以下简称：七一合作社）、温州市龙湾区沙城镇七二村经济合作社（以下简称：七二合作社）、温州市龙湾区沙城镇七三村经济合作社（以下简称：七三合作社）、温州市龙湾区沙城镇七四村经济合作社（以下简称：七四合作社）、温州市龙湾区沙城镇七五村经济合作社（以下简称：七五合作社）、温州市龙湾区沙城镇顺江村经济合作社（以下简称：顺江合作社）、温州市龙湾区沙城镇八甲村经济合作社（以下简称：八甲合作社）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2012年11月26日立案受理后，依法适用普通程序组成合议庭审理。审理中，应原告中城集团申请，本院于2012年12月14日裁定冻结了七被告设立在浙江温州龙湾农村合作银行沙城支行的银行账户。本案于2013年1月10日公开开庭进行了审理，原告中城集团的委托代理人黄品旭，被告七二合作社、七三合作社、七四合作社、七五合作社、顺江合作社、八甲合作社的共同委托代理人邵和畴到庭参加诉讼，被告七一合作社经本院传票传唤，无正当理由拒不到庭。审理中，应原告中城集团申请，本院于2013年2月7日裁定解除对前述账户的冻结。因案情复杂，经本院院长批准，延长审限三个月。应当事人申请进行庭外和解，但未达成一致意见。本案现已审理终结。
原告中城集团起诉称：2008年3月12日，七被告开发的温州市龙湾区沙城镇七甲片三产安置房滨海花园二、三组团工程（现永丰家园）由原告中城集团中标。双方于2008年3月18日签订了《建设施工承包合同》，约定由原告对该安置房项目进行建设，原告正式开工后应在每月25日前将该月已完工工程量及进度款报表提供给监理单位，经监理工程师签认后支付该月已完工程量85%的工程款；工程竣工预验收后支付90%的工程款；工程竣工后支付已完成工程量的97%，预留3%作为保修金，一年后退还2%的保修金，第三年全部退还。若被告未按照约定支付工程款，则应向原告支付违约金；违约金按未支付工程款金额的每日万分之五计算。2008年3月20日，双方又就该涉案工程项目签订补充协议，约定项目目标平均造价为1900元／平方米，按照竣工图最终实测结算，包括地上房屋建筑面积、地下室建筑面积两部分，其中双方同意地上架空层建筑面积按照800元／平方米另行结算。滨海花园二组团于2011年5月20日竣工验收合格，滨海花园三组团于2011年7月10日竣工验收合格，2012年7月15日交付使用。但被告至今尚欠工程款55200566.09元没有依照合同的约定支付，截止2012年5月30日产生违约金50828759.42元。另查，涉案工程监理单位为温州华申工程咨询监理有限公司。为此，原告诉请判令：一、七被告共同向原告支付工程款共计50200566.09元及违约金（从2008年10月计算至被告履行之日止，暂算至2012年5月31日为50828759.42元，详见原告提供的利息清单）；二、本案的诉讼费由被告承担。庭审中，原告补充称：一、2012年10月被告又支付了工程款5000000元，尚欠工程款50200566.09元，诉讼请求中已经减去，事实与理由中忘记变更。二、工程开工时间并非2008年3月份，实际开工时间是2008年5月6日。三、被告提及的委托代建合同确实存在，但其与《建设工程施工合同》是两份完全独立的合同，委托代建合同中原告的义务包括项目可行性报告的起草、送审，土地规划审批手续及产权证的办理，原告的义务只是协助被告办理及整理资料，办理的主体还是被告名义，原告作为受托人的身份办理。《建设工程施工合同》针对土建部分，两者之间没有权利义务的交叉，委托代建合同并不影响建设工程施工合同的效力，也不会影响双方之间法律关系的性质。委托代建合同如有争议，应另外起诉处理。庭后，原告于2013年3月5日向本院表示，诉讼过程中，被告又于2013年2月8日支付了工程款6200000元，故变更（减少）诉讼请求为：七被告共同向原告支付工程款44000566.09元及违约金（原违约金暂算至2012月5月31日计50828759.42元不变，2012年6月1日之后以44000566.09元为基数计算到履行完毕之日止）。
被告七一合作社未发表答辩意见。
被告七二合作社、七三合作社、七四合作社、七五合作社、顺江合作社、八甲合作社当庭共同答辩称：原告提出被告未按约定支付工程款及承担违约责任的诉讼请求不能成立。一、根据双方签订的委托代建合同及双方之间的约定，在此建设工程施工过程中，资金来源问题的银行融资及支付，被告已全权委托给原告处理。根据双方签订的《建设工程施工合同》通用条款第26条第四款约定，发包人不按合同约定支付工程款（进度款），双方又未达成延期付款协议，导致施工合同无法进行，承包人可停止施工，由发包人承担违约责任。原告在未通知被告的情况下，私自停工，导致工程延期等一系列损失，应由原告自行承担。二、根据双方签订的《建设工程施工合同》约定，合同工期起始时间为2008年3月28日，截止日期为2009年10月30日，而实际上竣工时间是2011年7月份，明显违背了双方之前签订的合同，应由原告承担违约责任。三、工程于2011年7月份竣工后，直至现在仍未由相关部门进行审批及验收，工程质量存在很大的问题，据不完全统计，房屋外墙漏水55户、地下室污水泵坏15个等。根据双方签订的委托代建合同约定，原告承担协助被告进行工程项目产权登记、办理及移交档案资料等义务，现因原告的原因导致工程未及时竣工验收和办理产权证，后果应由原告承担。四、根据七二村村民代表大会决议第四条销售分配办法第二款的规定，营业用房除村集体经济组织自留层外，剩余2092平方米营业用房由村委会根据建设单位指令依法处置后所得款项抵付建设项目资金。此决议是经过原告认可并通过的，现因原告自身原因导致剩余2092平方米营业用房不能顺利出售，责任应由原告承担。五、根据委托代建合同，原告没有征得被告同意，私自改动图纸，造成工程项目部分违章，其责任应由原告承担。六、原告收取了11340000元的代建费，七一村退出时，原告也没有通知被告，其责任也应由原告承担。七、《建设工程施工合同》约定违约的时候只有被告的责任，没有原告的责任，显失公平。综上，请求驳回原告的诉讼请求。经本院释明，该六被告表示，就答辩中提及的要求原告承担违约责任的主张，作为答辩意见，暂不提起反诉。庭审中，该六被告还补充称：1.签订合同时间属实，合同及补充协议内容以证据为准。2.原告所称的二组团、三组团竣工时间是原告自行验收，没有经过国家有关职能机关的批准。3.2012年7月15日交付使用属实。4.工程款被告还没有核对，因原告不配合办理产权证，故工程款没有全部支付，违约金被告不认可。
原告中城集团在本院指定的举证期限内提供了如下证据：1.企业法人营业执照、组织机构代码证、法定代表人身份证明，证明原告主体资格。2.非公司企业法人基本情况及组织机构代码证，证明被告的主体资格。3.《建设工程施工合同》、《补充协议书》及《建设工程项目建筑面积测绘报告单》，证明原告承建永丰家园（原滨海花园2、3组团）及双方就工程款金额、支付方式、违约金计算方式的约定；其中《建设工程施工合同》专用条款第26条证明双方约定的工程款支付方式及时间；通用条款第13条第1款第（2）项证明双方约定如被告没有及时付款，造成工期顺延，原告没有违约责任；专用条款第47条第2款证明双方约定工程款逾期支付的违约金是日万分之五，折合月利率1.5%，《补充协议书》中做了调整，垫资15000000元以内按月利率0.5%计算违约金，超过的，以月利率1.5%计算违约违金，被告不支付已经完成工程量的工程款超过两个月，原告工期可以顺延；《补充协议书》第一条、第五条第3款证明双方约定的建筑面积单价1900元／平方米及架空层的单价800元／平方米；《补充协议书》第四条第1款特约的部分证明双方约定逾期付款违约责任，垫资15000000元以内按月利率0.5%计算违约金，以外按月利率1.5%计算违约金；《建设工程项目建筑面积测绘报告单》证明实测建筑面积及架空层面积，结合《补充协议书》中的单位，可以计算总价，具体为三组团77800.07平方米×1900元／平方米＋1366.62平方米×800元／平方米；二组团86988.98平方米×1900元／平方米，工程款总金额是311050566.09元。4.《竣工验收意见表》二份，证明涉案项目竣工验收合格，其中三组团开工时间是2008年5月6日，竣工验收时间是2011年7月10日，参加验收有施工单位、建设单位、监理单位还有质检站，原件存放于温州经济技术开发区综合档案室，竣工验收的结论是符合国家质量标准同意使用；其中二组团开工时间是2008年5月6日，竣工验收时间是2011年5月20日，参加验收单位及竣工验收结论同前，原件也存放于温州经济技术开发区综合档案室。5.月进度款报表，证明被告每月应当支付的工程进度款，原告根据工程完成的进度情况按照合同约定报监理单位审查确定进度款的金额，时间根据合同约定是每月25日，利息起算时间是从2008年7月10日开始，2009年2月份月进度款报表已经是第九期，被告本期应付工程款2359070元，报告时间是2009年2月25日，被告应支付时间是2009年3月10日，被告未支付，利息从3月10日开始计算，之后依此类推，之前的月进度款报表没有（在本院指定的期限内，原告向本院表示之前的月进度款报表无法提供）。
被告七一合作社未提供证据。
被告七二合作社、七三合作社、七四合作社、七五合作社、顺江合作社、八甲合作社在本院指定的举证期限内没有提供证据，其于当庭提供了如下证据：6.工程质量整改通知单（复印件），证明2011年5月23日质检站发出整改通知，指出工程质量问题，5月20日竣工验收意见表说已经完成整改不属实，原告是施工单位，整改责任属于原告。7.七二村、七五村村民代表大会决议（复印件），其中七二村决议第四项第二款、七五村决议第三项可证明原、被告实际是合作开发房地产的关系。
上述证据经庭审出示，证据1、2到庭质证方无异议，亦符合证据的真实性、合法性及关联性，其证明力本院予以确认。证据3到庭质证方对真实性无异议，但对证明对象有异议，《建设工程施工合同》通用条款第13条第1款第2项的工期顺延，应经过工程师确认，原告没有经过工程师确认；专用条款第47条原告停工应告知被告，并经被告同意顺延；通用条款第26条无异议；《补充协议书》第一条无异议，但第四条第1款与第三条第1款相矛盾，根据第三条第1款约定，应该提供总额200000000元的担保，故在200000000元垫资范围内违约金应按0.5%计算；第五条与第一条矛盾，架空层不应该另外以800元／平方米计算；《建设工程项目建筑面积测绘报告单》反映出三组团实测面积比规划许可证多了500多平方米，存在违章，而二组团实测面积比规划许可证少了600多平方米；本院审查认为，该组证据的真实性应予以确认，至于其余内容对本案的影响，本院将在下文再行阐述。证据4到庭质证方对真实性有异议，认为二组团竣工验收意见表竣工验收意见一栏空白，且没有质监站人员参与；三组团竣工验收意见表同样竣工验收意见一栏空白，虽有质监站人员签字，但合格、符合国家质量标准的字是原告书写；虽然被告人员签字及指挥部盖章真实，但实际还没有整改，至今没有整改完；本院审查认为，该两份竣工验收意见表上均盖有七被告为涉案工程共同设立的“温州市龙湾沙城七甲片三产安置用地开发建设指挥部”印章，工程竣工验收结论一栏均注明“符合国家质量标准，同意使用”，且该两份竣工验收意见表均来源于温州经济技术开发区综合档案室，表明竣工验收意见表已符合竣工验收备案条件，至于其对本案的影响，本院将在下文再行阐述。证据5到庭质证方对真实性无异议，但认为监理单位是原告委托的，月进度款报表没有提交给被告，被告也没有签字盖章确认；本院审查认为，2009年2月至2010月7月的月进度款报表均已有监理单位审查盖章，质证方对真实性亦无异议，应予确认，至于其对本案的影响，本院将在下文再行阐述。证据6原告认为已超出举证期限，不予质证，且没有原件无法核实，即使真实，其内容中提到二组团、三组团，但没有区分，根据原告提供的三组团竣工验收意见表，时间是2011年7月10日，在整改通知书之后完成整改符合要求，且部分质量问题即使存在，也属于工程保修范围，已在合同中约定预留了保修金，发生费用可从保修金中支出；本院审查认为，原告方意见成立，该证据的证明力本院不予确认。证据7原告方认为也已超出举证期限，不予质证，且均没有原件无法核实，即使真实，决议是在2007年，时间在签订合同之前，且决议是被告村民内部，原告没有参加，对原告没有约束力，双方并非合作开发房地产关系，《建设工程施工合同》的签订表明是土建部分发包给原告，合同经过备案，应以合同为依据；本院审查认为，原告方意见成立，该证据的证明力本院不予确认。
根据上述确认的证据，结合双方陈述，本院认定事实如下：2008年3月18日，原告作为乙方，七被告共同作为甲方，双方签订《建设工程施工合同》（以下简称：《合同》）一份，约定主要内容如下：
第一部分，协议书。一、工程概况。工程名称：滨海花园二组团、三组团。工程地点：温州经济技术开发区滨海园区A405、406号地块。工程内容：建筑面积167018.5平方米，二组团1-14号楼、三组团15-18号楼，框架结构，11跃12层。二、工程承包范围为房建施工总承包。三、合同工期。开工日期：2008年3月28日。竣工日期：2009年10月30日。合同工期总日历天数580天。四、质量标准为合格。五、合同价款为287246760元。
第二部分，通用条款。13.1.2.发包人未能按约定支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行，造成工期延误，经工程师确认，工期相应顺延。26.1.工程款（进度款）支付，在确认计量结果后14天内，发包人应向承包人支付工程款（进度款）。
第三部分，专用条款。5.2.监理单位行使发包人委托的职权，按委托监理合同约定，对质量监督进度控制、核实工程量、工程款。26.工程款（进度款）支付方式和时间，承包人正式开工后应在每月25日前将该月已完工工程量及进度款报表提供给监理单位，经监理工程师签认后支付该月已完工程量的85%的工程款，工程竣工预验收后支付90%的工程款，工程竣工验收后支付已完工程量的97%，预留3%作为保修金，有关资料全部归档后转为银行履约保证金，一年后退还2%的保修金，第三年全部退还（不计息）。47.甲方应按约定支付工程款，若甲方逾期支付每月工程款则甲方应向乙方支付违约金，违约金按应所未支付工程款金额的每日万分之五计算，已完工程量逾期二个月甲方仍然无法给予全部支付的，乙方有权停工，甲方向乙方支付实际发生的一切停工损失，工期顺延。
2008年3月20日，原告作为乙方，七被告共同作为甲方，双方签订《补充协议书》一份，约定主要内容如下：……三、为解决安置房购房户贷款问题、确保工程建设资金，甲乙双方再次承诺补充如下事项：1.乙方继续同意向龙湾农村合作银行出具担保书，担保总额度为200000000元以内，担保期限为购房人取得保证贷款之日起至取得安置房产权证并抵押登记为止（担保期限最长至竣工验收后6个月以内），甲方应提供反担保……四、根据双方签订的项目施工承包合同相关条款，双方同意补充如下事项：1.甲方销售回笼资金若有盈余，在乙方全部解除上述担保责任前不得挪用，应全部借予乙方，乙方承诺按每月1.5%计算给予甲方，以抵冲甲方因延期支付月工程款造成的违约金或停误工损失；特约，本工程结顶前，双方同意乙方垫资在15000000元内按月利率0.5%计违约金，甲方借款在15000000元内同样按月利率0.5%计息，超过额度部分均按月利率1.5%计算……五、3.目标平均造价1900元／平方米是按照竣工图最终实际测算的，包括地上房屋建筑面积、地下室建筑面积二部分，其中双方同意地上架空层建筑面积按照800元／平方米另行结算等。
上述《合同》及《补充协议书》签订后，原告进场施工，被告陆续支付工程款。根据经监理单位审查确认的2009年2月《月进度款报表》载明，累计审查完成工程量165665241元；经监理单位审查确认的2009年3月至2009年11月、2010年2月至2010年3月《月进度款报表》载明，当期按合同应支付工程款依次为20130052元、5426697元、11658710元、7142671元、10118165元、8396379元、6890729元、21771114元、5329981元、4921734元、3164818元；2010年5-7月《月进度款报表》上虽有原告申请的应付金额及监理单位盖章，但审查意见一栏空白。
根据2011年5月20日《建设工程竣工验收意见表》记载，滨海花园二组团的工程竣工验收结论为“符合国家质量标准，同意使用”，整改落实情况为“已完成整改”；根据2011年7月10日《建设工程竣工验收意见表》记载，滨海花园三组团的工程竣工验收结论、整改落实情况同前；两份意见表均盖有七被告共同成立的“温州市龙湾区七甲片三产安置用地开发建设指挥部”印章。上述两份《建设工程竣工验收意见表》已交温州经济技术开发区综合档案室备案。
根据2012年2月29日温州市民信房地产测绘有限公司制作的两份《建设工程项目建筑面积测绘报告单》，永丰家园（原滨海花园三组团）实测建筑面积77800.07平方米、架空层面积1366.62平方米；永丰家园（原滨海花园二组团）实测建筑面积86988.98平方米。庭审中，双方一致确认，涉案工程已于2012年7月15日交付使用。
庭审中，被告方对原告方提出的工程总价计算方式及金额，即（77800.07平方米＋86988.98平方米）×1900元／平方米＋1366.62平方米×800元／平方米=314192941元无异议。
庭审中，被告方就其已付款情况未提供证据，但其对原告方在利息清单中所列明的被告已向原告支付的工程款时间及金额无异议，根据该利息清单记载，被告于2009年1月6日、1月14日、3月16日、5月25日、6月5日、9月16日、10月21日、2010年2月4日、5月21日、7月2日、7月6日、7月27日、9月20日、10月29日、12月15日、2011年2月1日、8月26日、9月26日、2012年1月18日分别向原告支付工程款10000000元、10000000元、5000000元、7000000元、18850000元、80000000元、6000000元、21000000元、6000000元、2000000元、20000000元、10000000元、15000000元、3000000元、8000000元、4000000元、15000000元、10000000元、5000000元，合计255850000元；2012年10月15日，被告又向原告支付工程款5000000元。庭后，原告于2013年3月5日向本院自认，被告于2013年2月8日又向支付了工程款6200000元。综上，可以认定被告已向原告支付工程款合计267050000元。
本院认为：本案原、被告于2008年3月18日签订的《合同》及2008年3月20日签订的《补充协议书》双方主体适格，意思表示真实，亦不违反法律规定，属有效合同，双方就此建立了建设工程施工合同关系。至于被告提出的双方还签订过委托代建合同、属于合作开发房地产关系的主张，本院认为，根据本案《合同》及《补充协议书》的内容，双方存在建设工程施工合同关系的事实清楚，至于双方之间的委托代建合同，系另一法律关系，并不影响本案双方之间法律关系的性质，也不影响本案原告基于建设工程施工合同关系提出相应诉请，被告该项主张本院不予采纳。上述《合同》及《补充协议书》签订后，双方均已开始实际履行，就双方争议，本院结合原告诉请分析如下。
原告原诉请被告支付工程款50200566元，后变更（减少）诉讼请求金额为44000566元。该项诉请主要涉及工程总价的认定、支付方式与时间及已付工程款金额的确定。
就工程总价，原告主张的计算方式及金额为（77800.07平方米＋86988.98平方米）×1900元／平方米＋1366.62平方米×800元／平方米=314192941元，该计算方式符合双方《补充协议书》的约定及工程竣工后的实测面积，被告庭审中对此亦无异议，本院予以确认。
就支付方式及时间，根据《合同》专用条款第26条约定，工程竣工验收后支付已完工程量的97%，预留3%作为保修金，有关资料全部归档后转为银行履约保证金，一年后退还2%的保修金，第三年全部退还（不计息）；结合本案工程竣工验收时间，至今已满一年未满三年，故被告现应向原告支付工程款至工程总价的99%，即314192941元×99%=311050566元。
就已付工程款金额，前已认定，被告已支付原告工程款合计267050000元。
综上，被告现还应支付原告工程款311050566元-267050000元=44000566元。原告相应诉请，本院予以支持。至于被告方基于委托代建合同提出的相关主张，前已述及，委托代建合同系另一法律关系，如有争议，被告可另行主张解决。被告方还提出竣工验收未经国家职能机关批准；就此，本院认为，根据《建设工程质量管理条例》规定，建设工程竣工验收由建设单位组织，并实行备案制，并不存在国家职能机关批准的环节，本案建设工程竣工验收已经建设单位即被告方确认并已备案，被告方该项主张缺乏依据，本院不予采纳。被告方还提出工期延误应由原告承担违约责任；就此，本院认为，在建设工程已经竣工验收的情况下，是否构成工期延误及是否承担违约责任，并不构成原告诉请支付工程款的抗辩，被告未就此提出反诉，本院在本案中不予审查。被告方另提出工程质量存在很大问题，就此，本院认为，涉案建设工程已经竣工验收，被告方提供的拟证明工程质量问题的证据所载时间在竣工验收之前，而在竣工验收意见表整改落实情况一栏中注明已完成整改，即使仍存在其他质量问题，因双方在《合同》中也约定了保修期限及保修金，原告现诉请支付的工程款亦已剔除按约定应预留的保修金比例，故被告的该项主张，本院不予采纳。
原告诉请被告支付逾期付款违约金。该项诉请主要涉及工程款（进度款）应当支付的金额与时间、工程款（进度款）实际支付的金额与时间以及逾期付款违约金的约定标准。
就工程款（进度款）应当支付的金额与时间，虽本案原告提供的利息清单中列明从2008年7月开始即逐月产生相应的当期应付工程款，但由于原告在本院指定的期限内未提供2009月2月之前的经监理单位确认的月进度款报表，本院无法确认此期间每期应付工程款的数额，故只能根据2009年2月经监理单位确认的《月进度款报表》所载的累计审查完成工程量165665241元作为起算基数。根据《合同》专用条款第26条约定的工程款（进度款）支付方式和时间，承包人正式开工后应在每月25日前将该月已完工工程量及进度款报表提供给监理单位，经监理工程师签认后支付该月已完工程量的85%的工程款；《合同》通用条款第26.1条约定，工程款（进度款）支付，在确认计量结果后14天内，发包人应向承包人支付工程款（进度款）；故被告方应于2009年3月10日前向原告支付此前累计工程款165665241元的85%计140815454元。原告利提供的息清单中列明被告方还应于2009年4月至2009年12月、2010年3月至2010年4月的每月10日前支付当期应付工程款20130052元、5426697元、11658710元、7142671元、10118165元、8396379元、6890729元、21771114元、5329981元、4921734元、3164818元，该些金额及付款时间符合经监理单位确认的当期应付工程款金额及《合同》约定的付款时间，本院予以确认。原告提供的利息清单中还列明2010年6月、8月的当期应付工程款数额，虽原告提供的2010年5-7月《月进度款报表》上确有监理单位盖章，但审查意见一栏空白，本院亦无法确认当期应付工程款数额，只能累计至工程款总额确定时计算。根据《合同》专用条款第26条约定，工程竣工预验收后支付90%的工程款，工程竣工验收后支付已完工程量的97%，预留3%作为保修金，有关资料全部归档后转为银行履约保证金，一年后退还2%的保修金，第三年全部退还（不计息）；因原告未提供工程竣工预验收时间的证据，而根据《建设工程竣工验收意见表》记载，最后的竣工验收时间为2011年7月10日，故被告应于2011年7月25日前向原告支付累计工程款至314192941元×97%=304766716元；并于2012年7月25日前向原告支付累计工程款至314192941元×99%=311050566元。
就工程款（进度款）实际支付的金额与时间，前已认定。
就逾期付款违约金的约定标准，根据《补充协议书》第四条第1款约定，本工程结顶前，双方同意乙方垫资在15000000元内按月利率0.5%计违约金，甲方借款在15000000元内同样按月利率0.5%计息，超过额度部分均按月利率1.5%计算；故上述应付工程款逾期支付的违约金应以应付工程款扣除已付工程款后的金额为基数，照此标准计算。
综上，经计算，截止2013年2月8日，被告已欠原告逾期付款违约金38373362.2元，且违约金还应继续从2013年2月9日起计算至判决确定的履行之日止（以44000566元为基数，其中15000000元按月利率0.5%计算，其余29000566元按月利率1.5%计算）。至于被告提出的根据《补充协议书》第三条第1款约定，原告应为被告提供200000000元担保，故在该额度内违约金应按月利率0.5%计算的主张，本院认为，在同一份《补充协议书》中双方就垫资及逾期付款违约金的计算标准已有明确约定，而前述提供担保条款并未涉及相关违约金的计算标准，被告上述主张缺乏依据，本院不予采纳。
综上，原告相应的诉请，本院予以支持；超出部分，依法应予驳回。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百一十四条、第二百七十九条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百四十四条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、被告温州市龙湾区沙城镇七一村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七二村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七三村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七四村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七五村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇顺江村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇八甲村经济合作社于本判决生效之日起十日内支付原告温州中城建设集团有限公司工程款44000566元。
二、被告温州市龙湾区沙城镇七一村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七二村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七三村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七四村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七五村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇顺江村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇八甲村经济合作社于本判决生效之日起十日内支付原告温州中城建设集团有限公司违约金38373362.2元（计算至2013年2月8日），并继续从2013年2月9日起计算违约金至判决确定的履行之日止（以44000566元为基数，其中15000000元按月利率0.5%计算，其余29000566元按月利率1.5%计算）。
如未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
三、驳回原告温州中城建设集团有限公司的其他诉讼请求。
本案受理费546947元，由原告温州中城建设集团有限公司负担93277元，被告温州市龙湾区沙城镇七一村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七二村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七三村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七四村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇七五村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇顺江村经济合作社、温州市龙湾区沙城镇八甲村经济合作社负担453670元；本案财产保全费5000元，由原告温州中城建设集团有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于温州市中级人民法院。
审 判 长 金 丛
审 判 员 何显新
人民陪审员 吴渊颖
二〇一三年十一月一日
书 记 员 王赛娜