山东省济南市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）济民五初字第53号
原告（反诉被告）中建八局第一建设有限公司，住所地济南市。
法定代表人李永明，董事长。
委托代理人郭顺刚，山东天澎律师事务所律师。
被告（反诉原告）齐鲁工业大学（原山东轻工业学院），住所地济南市。
法定代表人陈嘉川，校长。
委托代理人邹文国，男，1969年2月20日出生，汉族，该单位法律顾问，住济南市。
原告（反诉被告）中建八局第一建设有限公司（以下简称中建八局一公司）与被告（反诉原告）齐鲁工业大学（原山东轻工业学院）建设工程施工合同纠纷一案，原告中建八局一公司于2008年12月11日诉至济南市历下区人民法院，该院经审理后，于2011年11月18日作出（2008）历民初字第4194号民事判决。宣判后，被告不服，上诉至本院，本院经审理后认为原审法院违反了级别专属管辖规定，本案应由本院管辖。本院作出（2012）济民五终字第49号民事裁定，将本案提至本院审理。本院于2013年7月25日立案受理后，依法组成合议庭，于2013年11月18日、2015年6月8日、2015年6月15日公开开庭审理了本案。原告中建八局一公司的委托代理人郭顺刚，被告齐鲁工业大学的委托代理人邹文国到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告中建八局一公司诉称：2005年5月12日，原、被告签订一份建设工程施工合同，约定由原告承包被告长清校区的青年公寓9号、14号楼工程。合同签订后，原告按约履行义务，现该工程早已竣工并交付使用。2007年5月8日，原告将工程决算书交付被告，结算值总计为17921621.26元，被告已在决算书上盖章确认。扣除甲供材，优惠让利及被告已付款外，被告尚欠原告工程款4461422.31元未付。故请求：依法判令被告支付所欠工程款4461422.31元及利息520496.67元，并承担违约金562136.4元；诉讼费由被告承担。后原告于庭审中变更诉讼请求为：判令被告支付所欠工程款3713799.39元及利息（自2007年2月21日起至判决生效之日止，按中国人民银行同期贷款利率计算）、结算款违约金（根据合同通用条款33.3条及专用条款，按双方约定的利息计算）。
被告齐鲁工业大学答辩称：被告在原告的决算报告上盖章是事实，但只能证明被告当时收到了该决算报告，其性质是“收条”，不是被告对决算报告的认可。原告起诉后，被告委托有关单位进行鉴定。根据鉴定的结果，被告不仅不拖欠原告工程款，而且已超付工程款。现在要求按照合同约定，对原告所施工工程造价进行审计。同时因原告拒不配合工程造价审计，造成工程价款至今未能确定，故原告关于利息及违约金的诉讼请求，无事实与法律依据，不应予以支持。
反诉原告齐鲁工业大学反诉称：2005年5月12日，反诉原告和反诉被告中建八局一公司签订一份建设工程施工合同，约定由反诉被告承包反诉原告的青年公寓9号、14号楼的施工工程。合同签订后，反诉原告如约履行了合同，现反诉原告发现向反诉被告超额拨付了工程款131654.87元。反诉被告在上述施工合同的履行过程中，未按照合同约定如期完成施工，导致上述两项工程工期延误，按照合同约定反诉被告应支付相应的违约金992517.62元。请求：一、判令反诉被告向反诉原告返还超付的工程款131654.87元、支付违约金992517.62元，共计1124172.49元；二、全部诉讼费用由反诉被告承担。
反诉被告中建八局一公司答辩称：一、被告的反诉不应成立，本案是原一审上诉后，经二审法院提审的。在原一审程序中被告并未提出反诉，已经丧失了反诉的权利。二、通过被告庭前提交的证据来看，其主张不构成反诉，仅为对本诉的抗辩。三、反诉原告的行为有违民事诉讼法的诚信原则，其目的是故意混淆是非，拖延支付工程款。在原一审中，反诉原告并未提出反诉，反而分两次向原告支付了500万元。
经审理本院认定：2005年5月12日，原告中建八局一公司与山东轻工业学院（后更名为齐鲁工业大学，即本案被告）签订《建设工程施工合同》一份，约定由原告施工被告长清新校区专家、青年教工公寓的9号、14号楼工程。工程内容：建筑面积15500㎡，地下一层，地上六层，砖混结构。承包范围：设计图纸范围内的土建工程、装饰工程、安装工程（水、电、采暖工程）；工期自2005年5月14日至2006年5月20日；合同暂定价款为人民币1395万元；质量标准：优良。后双方签订补充协议约定，将原合同质量标准由优良改为合格标准。双方还就工程质量签订《工程质量保修书》，质量保修期从工程实际竣工之日算起：房屋防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为5年；装修工程、电气管线、给排水管道、设备安装工程为2年；供热与供冷为2个采暖期、供冷期。双方合同“专用条款”中对合同价款及调整、进度款的支付、工程量的确认、材料设备供应、工程变更、竣工验收与结算等权利义务事项作出了约定。其中第25条规定，承包人应当根据施工图纸及技术资料计算出预算造价上报发包人，发包人将委托有审计资质的中介机构与承包人共同审核工程量，确定预算造价……第26条（2）工程款（进度款）支付：支付时间为次月5日前付款，先扣除工程材料表中材料实际用量的建设单位供材价款后，支付已完成工程量产值的70%；竣工验收，质量监督部门出具竣工验收证明后并收到承包人竣工结算报告及结算资料一个月内，扣除建设单位供材价款、保修金、竣工资料保证金及给发包人的优惠后，付至已审定预算的80%；工程竣工后，承包人提供完整竣工结算资料后，30天内审计完毕；结算审计完一年内付至应付工程款的85%，一年半内付至应付款95%，留5%为保修金。（3）各分部分项工程保修期满后十四日内按比例分别一次无息付清。关于竣工结算，双方在第33.2条约定：承包人办理完甲供材手续后递交竣工结算报告及结算资料，发包人将直接委托有审计资质的中介机构进行审计……；第33.3条约定：发包人收到竣工结算报告结算资料后30天内审核完毕后，付款按本合同《专用条款》第26条第（2）款执行，无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第31天起，发包人按银行同期一年期贷款利率支付拖欠工程款的利息。第47.1条水电费双方约定：水、电费按表计量，双方派人共同查表认定，出具书面报告双方签字认可。定额含量内的执行定额价，超出部分按市场价结算，每月从应付工程款中转账支付。关于工期延误，双方约定，执行合同通用条款第14.2条，即因承包人原因不能按协议书约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期竣工的，承包人承担违约责任。关于工期的违约责任，双方约定，因承包人自身原因未按期竣工交付，每逾期一天按工程总造价的0.3‰，向甲方支付违约金等。（其余内容略）。
上述合同签订后，原告开始施工。2005年11月16日山东信誉工程造价咨询事务所有限公司对本案工程预算造价进行了审计。2006年12月31日9号楼竣工，2007年1月21日14号楼竣工。2007年1月21日，9号、14号楼工程分别通过了竣工验收。
2007年4月19日，被告向负责被告长清校区的一期一批工程、二批部分工程、专家青年教工公寓工程监理工作的监理公司发出《关于对长清校区工程竣工结算资料审核的通知》，要求各监理公司对施工单位上报的竣工结算资料进行审核，并在结算报告上签字盖章，出具监理意见，然后报学校基建处。
同一天，被告向原告等施工单位发出《关于长清校区专家、青年教工公寓工程竣工结算的通知》（以下简称《结算通知》），载明：各施工单位：长清校区专家、青年教工公寓工程已竣工交付使用，现将竣工结算中的有关问题通知如下：1、竣工结算报告分两部分上报：第一部分是已审定的预算，第二部分是设计变更、经济签证、材料价格调整。……5、各施工单位编制的竣工结算，首先上报监理公司，由监理公司审核后签字盖章，然后报学院基建处，由学院基建处签字盖章后报学院审计部门。请各施工单位按以上要求抓紧编制竣工结算，自接到通知后20天内上报监理公司，监理公司5天内审核完毕报学院。《结算通知》上加盖山东轻工学院基建处”公章和“山东轻工学院审计专用章”。原告工作人员邓秀丽于2007年4月19日签收《结算通知》。
2007年4月28日，被告向原告等施工单位发出《关于长清校区一期一批工程竣工结算的通知》，就一期一批工程竣工结算中存在的部分问题提出处理意见，并重申《结算通知》的结算报告报送审核程序。该通知由原告工作人员刘泉于当天签收。
此后，原告将编制日期为“2007年5月8日”的9号楼、14号楼土建工程和14号楼地砖总包配合费的工程结算书，以及扉页编制日期为“2007年6月16日”的安装工程结算书（在《编制说明》的下方载明日期为2007年5月20日）送交被告，其中9号楼土建部分结算书载明工程造价为8760978.00元，安装部分结算书载明工程造价为2302016.07元，14号楼土建部分结算书载明工程造价为5149578.53元，安装部分结算书载明工程造价为1434961.56元，14号楼地砖部分总包配合费工程造价为108793.83元，9号楼地砖部分总包配合费工程造价为165293.27元。上述结算书编制说明中均注明尚有总包服务费未进入结算，模板制作费、采保费等未进入结算，待双方商定后另行结算。2007年6月27日，被告将原告递交的9号楼、14号楼土建、安装工程及14号楼地砖总包配合费等结算书返还给原告，返还的结算书上有被告及监理公司工作人员的签字并加盖有“山东轻工业学院基建处”印章及监理公司印章，但未书写加盖印章的时间。后原告追款未果，向济南市历下区人民法院提起本案诉讼。
本案在济南市历下区人民法院审理期间，原、被告双方要求自行协商处理。2009年1月14日，经双方对账，确认：9号楼甲方供料总额为4189233.37元，14号楼甲方供料总额为2449971.12元。后双方分别在对账汇总单及明细表中加盖“中建八局第一建设有限公司济南分公司”印章及“山东轻工业学院计划财务处”和“山东轻工业学院基建处”印章。
此外，原、被告双方曾就被告已付工程款及原告使用水电费进行对账。双方确认被告已付9号楼工程款4322291.30元，已付14号楼工程款3246920.91元（其中2009年1月付9号楼工程款25万元，付14号楼工程款25万元）。对于水电费，被告未能提供证据证明原告实际用量，且双方就如何计算也未能达成一致。关于工程款优惠问题，查明原、被告分别于2003年12月31日、2006年1月6日签订两份补充协议，约定原告按工程总造价（扣除甲供材、设备款后）的1％给被告提供优惠，应被告要求赞助的车辆等，按约定待竣工结算时从优惠中扣除（其余内容略）。2004年7月和2008年11月，原告根据被告要求提供了1部价值26万元及36万余元的轿车作为优惠，双方约定结算时不再重复扣减结算值。
原告起诉后，被告提供了2009年3月24日由山东信誉工程造价咨询事务所有限公司出具的说明1份，证明跟踪审计单位在2007年7月份接受申报的结算资料，并安排专业人员开始审核。因原告提供的申报资料中部分变更签证无原件以及工作联系单不全，要求原告提供相关材料配合审计工作，原告于2008年10月13日就有关结算中的争议问题向被告提出书面致函，要求协商解决。被告于2008年11月14日对原告提出的异议作出书面答复，原告未再提出异议，也未向审计部门提供相关材料。
2008年12月29日，济南市历下区人民法院开庭审理时双方协商一致同意，涉案工程的工程款确认由被告自2008年12月29日起3个月内委托进行审计，剩余的工程款根据审计额确定。根据此调解意见，被告及时督促山东信誉工程造价咨询事务所有限公司对原告所报送的9号楼、14号楼工程结算进行了审计，因施工单位以各种理由推脱，在未经原告全部核对同意的情况下，审计单位只能根据收到的现有资料出具审核报告。根据审核报告，9号楼原告报价为1234.12万元，审核报告书确认的审核值为8787167.59元，审减率为29%，9#楼电费为130171.2元。14号楼原告报价为741.49万元，审核报告书确认的审核值为5411704.54元，审减率为27%，14#楼电费为79209.6元。原告以相关资料未经其确认，与事实不符，且原告提交的结算报告已经由被告及监理公司签字确认为由，对被告自行委托的审计结果不予认可。
因无法达成和解，双方同意由济南市历下区人民法院委托山东振鲁工程造价咨询有限公司对涉案工程总造价进行鉴定，但山东振鲁工程造价咨询有限公司仅对采保费、总包服务费进行了审定，而未对涉案工程的总造价进行审计，原告提出异议，并提出了对涉案工程总造价进行全面鉴定的申请，济南市历下区人民法院未予准许。
2011年1月13日，山东振鲁工程造价咨询有限公司对本案9号楼及14号楼工程造价作出鲁振造鉴字（2011）第5002号鉴定报告书。鉴定结果为：9号楼铝合金窗及推拉门总包服务费为33912.69元＋安装工程造价2302016.07元＋9号楼地砖造价165293.27元＋被告在原告决算报告盖章确认的建筑工程造价8760978元-原告已经计取的总包服务费21000元，9号楼工程造价为11241200.03元；14号楼推拉门总包服务费为3456.14元＋安装工程造价1434961.56元＋14号楼地砖造价108793.83元＋被告在原告决算报告盖章确认的建筑工程造价5149578.53元-原告已经计取的总包服务费15774元，14号楼工程造价为6681016.06元。山东振鲁工程造价咨询有限公司在鉴定报告中作出鉴定说明，该报告鉴定时仅对未进入结算的总包服务费进行审定，模板制作费用依据国家相关清单计价规范要求不予计取。鉴定费5万元由原告预交。
上述鉴定报告送达双方当事人后，双方均提出异议。2011年4月27日，山东振鲁工程造价咨询有限公司针对原、被告双方就鉴定报告所提意见分别作出书面答复，并说明原鉴定结果未有改变，双方未再提出书面意见。现在被告要求对涉案工程总造价进行司法鉴定；而原告认为被告已经在决算报告上盖章，应视为对该工程造价的确认，故不同意重新进行司法鉴定。
被告长清校区其他八家施工单位根据该校的通知要求均自行编制了工程决算书，经该校基建处、监理部门签字盖章后由该校审计处报第三方审价机构对工程价款进行了审计。
在本院审理过程中，被告要求依合同约定，对涉案的9号楼和14号楼工程总造价全部进行司法鉴定，原告认为被告已经在其提供的决算报告上签字，应视为对该工程造价的确认，故不同意重新进行司法鉴定。经本院审判委员会讨论，决定对涉案的9号楼和14号楼工程总造价全部进行司法鉴定。经本院委托，山东省工程造价咨询公司于2015年5月15日出具“鲁造鉴字（2015）第003号”《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓9#楼工程造价鉴定书》和“鲁造鉴字（2015）第004号”《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓14#楼工程造价鉴定书》。《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓9#楼工程造价鉴定书》的鉴定结论为：9号楼工程已确定总造价为10630745.28元；中建八局一公司异议部分造价为123278.34元。《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓14#楼工程造价鉴定书》的鉴定结论为：14号楼工程已确定造价为6014030.85元，中建八局一公司异议部分造价64485.49元。
上述鉴定报告向双方当事人送达后，原、被告均对鉴定报告提出异议，并申请鉴定人出庭接受质询。鉴定机构对双方的异议进行了书面回复，并出庭接受质询。原告对上述两份鉴定报告书中将部费用列入异议部分提出质疑。鉴定机构认为，《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓9#楼工程造价鉴定书》列入异议部分的两项费用，一为是否套取成品腻子定额，原告主张“墙面及天棚腻子应执行成品腻子补充定额”，但鉴定机构就此问题咨询山东省定额站，得到回复“应执行符合工程实际的补充定额”，但工程是否使用成品腻子鉴定机构无法判断，故按普通调制腻子计入总造价。第二项费用为电气安装工程费用，原告主张此部分应计入，但鉴定机构认为原告方提供的9号楼结算书中涉及变更单及签证单内容，但鉴定机构并无此证据资料，经多次催促原告方提交，但至今未收到此资料，故该项费用暂未计入。14号楼列入异议项的费用为是否套取成品腻子定额，鉴定机构的答复意见同9号楼关于该问题的意见一致。被告在庭审中就《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓9#楼工程造价鉴定书》提出了24项异议，并就部分异议提交了相应的证据材料。对此，鉴定人分别作出了答复和解释，根据被告提交的相关证据，对其中的6项费用进行调整，共计调减工程造价92853.45元，并表示经过复核，除上述6项费用外，其他异议项目的处理和计算均无误。关于《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓14#楼工程造价鉴定书》，被告提出了10项异议，并就部分异议提交了相应的证据材料。鉴定人针对上述异议分别作出了答复和解释，根据被告提交的相关证据，对其中的3项费用进行调整，共计调增工程造价27506.83元，并表示经过复核，除上述3项费用外，其他异议项目的处理和计算均无误。鉴定费40万元，由被告预交。
另查明，2006年6月27日，原告名称由中国建筑第八工程局第一建筑公司变更为中建八局第一建设有限公司。2013年5月23日，被告名称由山东轻工业学院变更为齐鲁工业大学。对于原告要求的利息，原告称为了便于计算利息，同意利息的起算时间以最迟竣工时间2007年1月21日为准，考虑到验收后的实际交付情况，可以再宽限一个月，即从2007年2月21日计算利息。
上述事实有双方当事人的陈述，《建设工程施工合同》、《单位工程质量竣工验收记录》、《建筑工程结算书》、《业主供料对账单（附明细）》、《企业变更情况》、《营业执照》、《关于对长清校区工程竣工结算资料审核的通知》、《结算通知》、《关于长清校区一期一批工程竣工结算的通知》、《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓9#楼工程造价鉴定书》、《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓14#楼工程造价鉴定书》、鉴定机构书面答复意见等证据，已经开庭质证，与开庭笔录一并在案为凭。
本院认为，原告中建八局一公司与被告齐鲁工业大学签订的《建设工程施工合同》系双方当事人的真实意思表示，未违反法律禁止性或强制性规定，合法有效，双方当事人均应恪守信誉，依约全面履行各自的义务。
本案本诉部分，双方当事人争议的焦点问题是：一、是否应对涉案工程造价进行司法鉴定；二、涉案工程总价款如何认定；三、原告的诉讼请求是否应予支持。
关于焦点一，在本案审理过程中，被告申请对涉案工程总造价进行司法鉴定，但原告认为，被告已经在决算报告上签字，应视为对该工程造价的确认，故不同意重新进行司法鉴定。对此本院认为，双方所签订的《建筑工程施工合同》约定，合同价款双方最终结算以审计为准。《建筑工程施工合同》履行过程中，涉案工程由山东信誉工程造价咨询事务所跟踪审计，原告依据该审计机构的审计确认工程进度并领取工程进度款。因双方合同未对结算报告的审计程序进行明确约定，涉案工程竣工后，被告对原告发出的《结算通知》和《关于长清校区一期一批工程竣工结算的通知》，告知了工程最终结算程序，即：原告编制的竣工结算，首先上报监理公司，由监理公司审核后签字盖章，然后报被告基建处，由被告基建处签字盖章后报学院审计部门。《结算通知》、《关于长清校区一期一批工程竣工结算的通知》虽系被告方单方制作，但如果原告对此有异议，应向被告提出，并由双方协商结算审计的程序，但原告并未向被告表示异议，而是按《结算通知》、《关于长清校区一期一批工程竣工结算的通知》规定的时间安排编制并按程序报送了结算报告，应视为对被告通知的结算程序的认可。
在被告长清校区进行施工建设的所有施工单位均是根据原告的通知要求，对每项工程编制3份工程结算书到监理公司处审核，由监理公司对应的工程是否验收、是否达到设计标准及签证进行审核后盖章，再到被告基建处，由基建处对资料进行再一次复核后盖章，最后报被告审计处，由审计处统一委托第三方审价机构对工程价款进行审计，施工单位留1份结算书，作为与审计机构进行工程量核对的依据。根据上述查明的事实，原告带回本单位的由监理公司、被告项目负责人签字或基建处盖章的工程结算书并不是原告对各项工程结算价值的确认，而是为进入审计时进行工程量核对所需要的基础资料之一。现其他施工单位均按照被告《结算通知》、《关于长清校区一期一批工程竣工结算的通知》要求的程序报送了工程结算书，且均已经过审计机构审计并确认了最终的结算值，只有原告报送的工程结算书因原告以监理公司、被告项目负责人签字或基建处盖章的工程结算书是被告对工程价款的确认为由未提供健全的结算资料，并拒绝进行相应工程量的核对，从而导致相应工程审计工作的拖延，未能及时出具审计结果。
综合本案情况，施工单位依据建设单位的工程竣工结算通知要求，制作工程结算书并报送监理公司、建设单位基建处审核盖章，是履行审计工作所必备的程序。监理部门及被告项目负责人签字或基建处盖章确认应视为现场监督、管理部门对涉案工程是否竣工及通过验收情况的确认，并不是对工程价款的认可。工程造价的最后确认应依双方所签订的《建筑工程施工合同》约定，由审计部门最后审计确定。被告申请对涉案工程总造价进行审计，符合双方合同约定，应予支持，原告对此的抗辩意见，无事实与合同依据，本院不予采纳。据此，应根据鉴定机构的鉴定结论确定涉案工程总造价及被告欠付的工程款。
关于焦点二，根据山东省工程造价咨询公司出具的《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓9#楼工程造价鉴定书》、《齐鲁工业大学专家、青年教工公寓14#楼工程造价鉴定书》，9号楼工程已确定总造价为10630745.28元，原告异议部分造价为123278.34元；14号楼工程已确定造价为6014030.85元，原告异议部分造价64485.49元。双方当事人对鉴定意见均提出异议，并申请鉴定人出庭接受质询，鉴定机构根据被告提供的相关证据，对两项工程的总造价进行了调整，其中9号楼调减工程造价92853.45元，14号楼调增工程造价27506.83元。其他异议项目，因双方当事人均未提供充分的证据证实其异议成立，鉴定机构维持了其鉴定意见。经审查，出具上述鉴定意见的鉴定机构和鉴定人员具备相关鉴定资格，鉴定程序合法，鉴定结论依据充分，故本院予以采信。关于造价的异议部分，因双方未能提供充分的证据证实其异议成立，故对于该两项存在异议的费用，本院不予支持。当事人可在取得充分的证据，另行主张权利。据此，9号楼工程的总造价应为10537891.83元（10630745.28元-92853.45元），14号楼工程的总造价应为6041537.68元（6014030.85元＋27506.83元）。被告主张上述工程造价中应扣除原告施工所使用的水电费，该项费用虽经双方对账，但未达成一致，被告亦未提交相关证据证实涉案工程水电费的实际发生额，故对于被告的该项主张，本院不予支持，当事人可在取得相关证据后，另行主张权利。
关于焦点三，经双方对账确认，9号楼甲方供料总额为4189233.37元，14号楼甲方供料总额为2449971.12元；被告已付9号楼工程款4322291.30元，已付14号楼工程款3246920.91元。据此，被告尚欠原告9号楼的工程款为2026367.16元（总造价10537891.83元-甲供材4189233.37元-已付款4322291.30元）；尚欠原告14楼的工程款为344645.65元（总造价6041537.68元-甲供材2449971.12元-已付款3246920.91元）。现涉案两工程均已超过保修期，上述工程款总计2371012.81元，被告应向原告予以支付，原告关于工程款的诉讼请求中超出上述款项部分，本院不予支持。关于应付工程款利息，双方合同对于结算工程款的支付虽有约定，但由于双方因工程结算问题发生纠纷，工程结算迟迟不能完成，致使工程款在长达数年的时间里未能支付，原告因此而遭受到一定的损失。为平衡双方当事人的利益，本院酌定自原告提起本案诉讼之日即2008年12月11日起按银行同期贷款利率计算工程款利息，质保金根据双方约定的支付期限届满之次日即2012年2月5日开始计息。关于延期支付结算款违约金，因双方约定以审计结果作为支付结算款的依据，但由于原告对审计工作不能充分配合，导致工程造价未能确定，原告对造成结算款的无法确定和支付这一后果负有责任，故其关于延期付款违约金的诉讼请求，无事实法律依据，本院不予支持。
反诉部分，双方争议的焦点问题是：一、被告是否已超额支付工程款；二、被告主张的延期竣工违约金是否应予支持。
关于焦点一，从本案查明的事实看，关于涉案的两项工程，反诉原告尚欠反诉原告工程款共计2371012.81元，据此，反诉原告关于反诉被告应向其返还超付工程款的反诉请求，无事实依据，本院不予支持。
关于焦点二，经查，双方就涉案的9号楼和14号楼约定的竣工日期为2006年5月20日，9号楼实际竣工日期为2006年12月31日，14号楼的实际竣工日期为2007年1月21日。据此计算，原告施工的9号楼逾期225天交付工程，14号楼逾期246天交付工程。原告主张，该工程之所以延期竣工，是因被告工程进度款支付不到位所致。从双方合同约定来看，工期问题执行合同通用条款第14.2条，即因承包人原因不能按协议书约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期竣工的，承包人承担违约责任。因原告并未提交经工程师确认的被告延期支付工程进度款影响工期的相关证据，故对其该项抗辩，本院不予采纳。根据双方合同约定，应按两项工程总价款的日万分之三确定逾期竣工违约金，即1157173.18元（10537891.83元×0.3‰×225天＋6041537.68元×0.3‰×246天）。因反诉原告主张的违约金为992517.62元，低于上述款额，故对于反诉原告的该项反诉请求，本院予以支持。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条、第一百四十八条，《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零九条、第一百一十四条之规定，判决如下：
一、被告齐鲁工业大学于本判决生效之日起10日内支付原告中建八局第一建设有限公司工程款2371012.81元；
二、被告齐鲁工业大学于本判决生效之日起10日内支付原告中建八局第一建设有限公司工程款利息（以1542041.33元为基数，自2008年12月11日起至本判决生效之日止；以828971.48元为基数，自2012年2月5日起至本判决生效之日止，按中国人民银行公布的同期同类贷款利率计算）；
三、驳回原告中建八局第一建设有限公司的其它诉讼请求。
四、反诉被告中建八局第一建设有限公司于本判决生效之日起10日内支付反诉原告齐鲁工业大学逾期竣工违约金992517.62元；
五、驳回反诉原告齐鲁工业大学的其它反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费36510元，由原告中建八局第一建设有限公司负担13201元，被告齐鲁工业大学负担23309元；财产保全费5000元，由被告齐鲁工业大学负担。鉴定费450000元，由原告中建八局第一建设有限公司负担225000元，被告齐鲁工业大学负担225000元；反诉案件受理费7459元，由反诉原告齐鲁工业大学负担874元，反诉被告中建八局第一建设有限公司负担6585元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提交上诉状副本，上诉于山东省高级人民法院。
审 判 长 吴彦沛
审 判 员 高希亮
代理审判员 刘 洋
二〇一五年六月三十日
书 记 员 杨婷婷