天津市滨海新区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）津0116民初47668号
原告:天津滨海旅游区建设开发有限公司，住所地：天津市滨海旅游区。
法定代表人：李晶，总经理。
委托诉讼代理人：李飞，天津高地律师事务所律师。
委托诉讼代理人：张伏江，天津高地律师事务所律师。
被告：天津贻诺奇生物工程有限公司，住所地：天津经济技术开发区。
法定代表人：何永胜，董事长。
委托诉讼代理人:李娜，天津天允律师事务所律师。
原告天津滨海旅游区建设开发有限公司诉被告天津贻诺奇生物工程有限公司房屋租赁合同纠纷一案，本院于2016年8月5日立案后，依法适用普通程序于2016年9月26日公开开庭进行了审理，原被告委托诉讼代理人到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求：1.依法判令被告支付拖欠租金4192246.02元（2013年10月1日至2015年8月6日的租金共计为4388424.02元，被告已支付的装修保证金196178元用于冲抵前述欠付租金后，计为4192246.02元）；2.判令被告按照欠付租金数额的日千分之六支付欠款之日至实际给付之日的逾期付款违约金（计至起诉之日为54049.48元）；3.请求确认被告已交押金392357元作为违约金，原告不予退还；4.诉讼费由被告承担。
事实和理由：2013年5月20日，双方签订《房屋租赁协议》，约定：被告承租原告所有的“滨旅产业园8号厂房”。租期五年，自2013年7月1日至2018年6月30日。租金每季度588535元，于每季度首月5日前支付；逾期付款，以欠付租金数额为基数，按日千分之六计付违约金。逾期付款超过15日，原告有权终止协议并收回房屋。同时被告交纳押金作为违约金，不予退还。
合同签订后，原告交付房屋，被告支付了首期租金,但其后租金至今未付。2015年8月6日原告向被告发送了《解除合同通知书》，并要求被告支付拖欠租金，未果。原告为维护自身合法权益，诉至贵院，请求判如所请。
被告辩称，原告诉请已超1年诉讼时效，应予驳回；其次，原告主张2013年10月1日至2015年8月6日租金数额计算有误，应为4358384元；三，原告诉请违约金计算标准过高，请求调整；四，不同意用装修保证金冲抵租金；五，依据合同约定原告仅有权扣除部分押金赔偿其损失，并未约定押金即为违约金。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了当庭质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。
根据当事人陈述和经本院审查确认的证据，本院认定事实如下：
2013年5月20日，双方签订《房屋租赁协议》，约定：被告承租原告所有的“滨旅产业园8号厂房”,房屋面积9213.86平方米，用途为工业厂房。租期五年，自2013年7月1日至2018年6月30日。租金为每天每平方米0.7元，被告按每季度588535元，于每季度首月5日前预付；逾期付款，以欠付租金数额为基数，按日千分之六计付违约金。合同第五条约定，被告应在房屋装修前支付一个月租金196178元作为装修保证金；支付两个月租金392357元作为被告履约押金，该条第三款约定：如果被告违反本协议的任何条款，原告有权敦促其履约。若经敦促被告仍不履行协议规定义务，则原告有权扣除全部或部分押金来赔偿原告的损失。合同第十六条约定：出现下列情形之一，原告有权终止协议并收回该房屋，本协议亦因此而终止……1、租金及在本协议项下应付的其他款项，在到期后十五天内仍未支付（不管有无正式要求支付）；2……在本协议出现上述原因被原告终止后，被告应根据原告规定的期限将房屋交还原告，否则，原告有权按照本协议第十二条的规定收回该房屋，同时，被告根据按本协议第五条所交付的押金将被作为违约金，不予退还……
合同签订后，原告依约交付了涉案房屋，被告亦支付了装修保证金和押金，并支付了首期租金。但自2013年10月1日起，被告未能继续按照合同约定向原告支付房屋租金。2015年8月6日,原告向被告发出解除合同通知书，载明“1、自贵公司收到本函之日起，贵我双方于2013年5月20日就我司所有的滨旅产业园8号厂房签订的《房屋租赁协议》即告终止；2、贵司已经支付的押金人民币392357元作为违约金，将不予退还；3、贵司应景支付的装修保证金人民币196178元，将用于冲抵贵司欠付的租金，不足部分贵司应予补齐；4、贵司应自收到本函之日起七日内，向我司支付欠付的租金4512102元并按每日0.6%支付逾期违约金；5、贵司应在收到本函之日起三日内，向我司返还租赁房屋。另外，依据《房屋租赁协议》第十二条的约定，我司按照现状收回房屋，对于贵司所做的装修我司无需做任何补偿。如贵司未在上述期限内向我司返还租赁房屋的，则我司有权向贵司收取房屋使用费。”
被告接到上述通知后，向原告返还了房屋，但未支付拖欠租金。
庭审中，原告认可被告对租金数额的计算。
本院认为，原被告签订的《房屋租赁协议》系双方当事人真实意思表示，不违反相关法律规定，合法有效，故双方当事人均应按约定履行各自义务。现原告履行了交付房屋及相关义务，而被告未按合同约定履行支付租金义务，且拖欠数额巨大，导致原告订立合同的目的不能实现，已构成根本性违约，应当承担相应违约责任，并履行付款义务。其后，原告向被告发出解约通知，被告返还了房屋，双方合同关系解除成立。关于被告抗辩原告诉请超过诉讼时效一节，合同约定分期支付租金，虽然各期租金的支付具备一定的独立性，但该独立性不足以否认租金债务的整体性。如果诉讼时效从每一期租金债务履行期满之日分别计算，将会割裂同一合同的整体性，必将导致债权人频繁主张权利，动摇双方之间的互信，不利于保护债权人合法权益，背离诉讼时效制度的价值目标。因此，本案诉讼时效的起算应从最后一期租金债务期满之日起计算，故原告诉请并未超过诉讼时效。关于被告主张的装修保证金冲抵、押金作为违约金、逾期付款违约金计算标准等抗辩，因原告在解约通知中均已载明，被告并未在法定期间内提出异议，应视为对该内容的认可，故其抗辩不予支持。关于被告主张的租金计算数额，原告无异议，本院予以确认。
综上所述，原告诉请合法有据,本院予以支持。依据《中华人民共和国合同法》第六十条一款、第九十六条、第九十九条、第一百零七条、第二百二十六条一款，最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》若干问题的解释（二）第二十四条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款，最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、被告天津贻诺奇生物工程有限公司给付原告天津滨海旅游区建设开发有限公司2013年10月1日至2015年8月6日期间的房屋租金4358384元,冲抵装修保证金196178元后，实际给付4162206元，上述款项于本判决生效后十日内付清；
二、被告天津贻诺奇生物工程有限公司给付原告天津滨海旅游区建设开发有限公司逾期付款违约金，以各阶段拖欠租金数额为基数，自2013年10月6日至本判决确定给付之日止，按日千分之六计付，上述款项于本判决生效后十日内给付。
三、确认被告向原告交纳的押金392357元，作为解约违约金，不再返还。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费43909元，由被告负担,于本判决生效后十日内直接向本院交纳。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于天津市第二中级人民法院。
审 判 长 刘朝铭
审 判 员 张建岭
人民陪审员 毕春霞
二〇一六年十一月二日
书 记 员 范伟平
附：法律释明：
1.《中华人民共和国合同法》
第六十条一款：当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
第九十六条：当事人一方依照本法第九十三条第二款、第九十四条的规定主张解除合同的，应当通知对方。合同自通知到达对方时解除。对方有异议的，可以请求人民法院或者仲裁机构确认解除合同的效力。
法律、行政法规规定解除合同应当办理批准、登记手续的，依照其规定。
第九十九条：当事人互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或者按照合同性质不得抵销的除外。
当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者期限。
第一百零七条：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第二百二十六条一款：承租人应当按照约定的期限支付租金。
最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》若干问题的解释（二）
第二十四条:当事人对合同法第九十六条、第九十九条规定的合同解除或者债务抵销虽有异议，但在约定的异议期限届满后才提出异议并向人民法院起诉的，人民法院不予支持；当事人没有约定异议期间，在解除合同或者债务抵销通知到达之日起三个月以后才向人民法院起诉的，人民法院不予支持。
2.《中华人民共和国民事诉讼法》
第六十四条第一款：当事人对自己的主张，有责任提供证据。
第二百五十三条：被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。
3.《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》
第二条：当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果
4．《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》
第三百二十条：一审宣判时或者判决书、裁定书送达时，当事人口头表示上诉的，人民法院应告知其必须在法定上诉期间内递交上诉状。未在法定上诉期间内递交上诉状的，视为未提起上诉。虽递交上诉状，但未在指定的期限内交纳上诉费的，按自动撤回上诉处理。
温馨提示：
上诉当事人可以选择通过以下两种方式向天津市第二中级人民法院交纳上诉费：
1、直接交纳。天津市第二中级人民法院地址：天津市河西区新围堤道6号。
2、银行转账。当事人选择转账交纳上诉费的，持银行汇款单回执到汉沽审判区递交上诉状。