四川省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）川民终621号
上诉人（原审被告）：四川省冶金地质勘查局测绘工程大队，住所地四川省成都市高新区中和双龙三组120号。
法定代表人：刘怀彬，大队长。
委托诉讼代理人：冯明超，四川法银律师事务所律师。
委托诉讼代理人：刘建，北京市惠诚（成都）律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：四川省川建建筑有限公司，住所地四川省成都市武侯区人民南路四段36号省建设厅办公楼105号。
法定代表人：刘燕慧，总经理。
委托诉讼代理人：夏岷才，四川毫达律师事务所律师。
委托诉讼代理人：凌汉，北京大成（成都）律师事务所律师。
被上诉人（原审第三人）：郭远斌，男，汉族，1968年1月16日出生，商人，住四川省成都市温江区。
被上诉人（原审第三人）：余东风，男，汉族，1960年1月4日出生，商人，住四川省成都市武侯区。
被上诉人（原审第三人）：欧阳明远，男，汉族，1941年10月21日出生，商人，住四川省成都市金牛区。
上诉人四川省冶金地质勘查局测绘工程大队（以下简称测绘大队）因与被上诉人四川省川建建筑有限公司（以下简称川建公司）、郭远斌、余东风、欧阳明远合资、合作开发房地产合同纠纷一案，不服四川省成都市中级人民法院（2014）成民初字第236号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年7月4日立案后，依法组成合议庭，并于2016年8月18日公开开庭进行了审理。测绘大队的委托诉讼代理人刘建，川建公司的委托诉讼代理人夏岷才、凌汉以及郭远斌到庭参加诉讼，余东风、欧阳明远经本院传票传唤，无正当理由拒不到庭，本院依法缺席审理。二审审理中，测绘大队申请对《决算书》和《协议》上加盖的川建公司印章进行司法鉴定获本院准许，本院依法委托四川求实司法鉴定所进行司法鉴定，依据最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百四十三条“民事诉讼法第一百四十九条规定的审限，是指从立案之日起至裁判宣告、调解书送达之日止的期间，但公告期间、鉴定期间、双方当事人和解期间、审理当事人提出的管辖异议以及处理人民法院之间的管辖争议期间不应计算在内”之规定，鉴定和公告期间不计入审限。本案现已审理终结。
测绘大队的上诉请求：撤销原判，驳回川建公司的诉讼请求；本案诉讼费用由川建公司负担。事实和理由：《决算书》和《协议》客观真实，应予采信。原判对余东风、欧阳明远与周南合伙挂靠川建公司的事实没有认定，川建公司在收取管理费10万元、土地指标转让款420万元的应缴税款293580元，并出具了420万元的发票后，在《决算书》和《协议》上加盖印章。川建公司现在否认《决算书》和《协议》的真实性明显违背了诚实信用原则。再有，目前川建公司仅投资35万元（周南投入的），可以取得近900万元收益；而测绘大队投入近1500万元（包括借款和报销费用），在扣除投资本金的资金利息和资金成本后，收益就不足500万元，这完全不符合合资合作开发关于共担风险、共享收益的原则。
川建公司辩称，余东风、欧阳明远与周南的关系川建公司不知情，也与本案无关。原判经过鉴定后认定《决算书》和《协议》不具真实性，现在测绘大队的上诉主张都是建立在《决算书》和《协议》有效的基础上，该基础是不存在的，所以测绘大队的上诉请求理由不成立，应当驳回上诉，维持原判。
川建公司向一审法院起诉请求：判令测绘大队依约将川建公司应分得的土地指标收益998万元支付给川建公司，由测绘大队承担本案诉讼费。
一审法院认定事实：一、2006年5月22日，川建公司与四川省筠连县人民政府签订《招商引资协议》，约定由川建公司全额投资筠连县武德乡土地整理项目。2007年2月26日，四川省国土资源厅发出川国土资函【2007】196号《关于宜宾市翠屏区李瑞镇等6个土地整理项目的立项批复》，同意案涉土地整理项目在内的6个土地整理项目施工。2007年5月18日，四川省筠连县人民政府发出筠府函【2007】19号《关于对申请联合投资开发武德乡土地整理项目的批复》，同意由川建公司、测绘大队成立“武德乡土地整理项目部”并设立专用账户。
二、2007年5月21日，川建公司（甲方）与测绘大队（乙方）签订《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》，约定案涉土地整理项目由甲、乙双方合作开发。第五条双方责任条款约定：“（一）甲方责任：……6.确保新增耕地指标收益资金的回收。属乙方应得收益部分（全额资本金、投资回报金、施工管理利润）首先全部汇入乙方单位账户上。（二）乙方责任：1.乙方为本项目的工程施工预算费用1626.5万元的投资方。负责施工资金按时到位，并有权监控投资资金的安全和专项使用……”。第六条项目投资条款约定：“筠连县武德乡4个村的土地整理项目所需总投资预算资金为2593.88万元。土地清查费、可行性研究费、勘测费、设计与预算费、项目招标费、工程规划编制费等前期费用资金由甲方投入。其中工程施工预算费用为1626.5万元，由乙方分期投资，首批投入资金1000万元（待双方协议签订后五日内汇入专用账户）。由于施工方案变更，工作量增加而导致项目施工成本超出1626.5万元时，超出部分由甲方负责支付。在保证乙方利益的前提下，由于不可预见的因素导致项目总费用超出2593.88万元时由甲方负责……”。第七条耕地指标收益资金管理与分配条款约定：“1.甲、乙双方共同所有的耕地指标收益，首先用于支付乙方投资全额资本金、投资回报金[工程施工预算费用1626.5万元的30%（税后净收入）]、以及支付乙方对施工中标单位的施工管理而形成的施工管理利润（施工管理利润为：工程施工预算费用减去施工中标单位最终决算费用）。剩余部分用于支付甲方前期费用和支付《筠连县武德乡土地整理项目预算费用组成清单》所列的所有费用后归甲方所有”。《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》还对违约责任等其他事宜进行约定。《四川省筠连县武德乡土地整理项目预算费用组成清单》载明，工程施工费1626.5万元（土地平整846万元，农田水利372.1万元，田间道路375.7万元，其他工程32.7万元），设备费1.5万元（闸门门叶0.79万元，闸门埋件0.71万元），撤迁、林木补偿费51.9万元（撤迁补偿费25万元，树木补偿14.5万元，竹林补偿12.4万元），工程监理费24.4万元，竣工验收费48.8万元（项目验收费21.1万元，决算与审计费14.6万元，土地重估与登记9.8万元，农田补划与标志设定费3.3万元），业主管理费57.78万元（土地平整20.3万元，农田水利10.9万元，田间道路10.9万元，其他工程15.68万元），前期工作费170.4万元（土地清查费8.1万元，可行性研究费8.1万元，勘测费24.4万元，设计与预算费39万元，项目招标费15.1万元，工程规划编制费9.7万元，评审费35.4万元，报批费8万元，工作费22.4万元），不可预见费39.6万元，施工管理费50万元，地方配合人员误工补贴20万元，项目管理人员交通费15万元，施工投资回报488万元，总计2593.88万元。
三、2008年7月17日，四川省筠连县审计局出具筠审[2008]34号《关于筠连县武德乡土地整理项目竣工情况的审计报告》，载明：“筠连县人民政府：根据县政府领导批示，我局自2008年5月10日至7月11日，对筠连县武德乡土地整理项目进行了就地审计。审计工作已结束，现将审计情况报告如下：……该项目总投资13892967.16元，其中：项目前期工作费1155492.23元，业主及投资方管理费1336367.56元，项目工程施工费10884680.83元（送审金额11437844.80元，审减金额553163.97元），预计竣工验收费516426.54元”。
四、2010年6月29日，测绘大队通过银行转账向周南支付20000元。2010年11月18日，测绘大队通过银行转账向周南支付830000元。2010年11月12日，测绘大队通过银行转账向周南支付500000元。2010年11月25日，周南从测绘大队领取150000元。2012年3月9日，测绘大队通过银行转账向川建公司支付500000元和1000000元。
五、2010年12月2日，川建公司出具法人授权证明书，载明：“兹证明我单位同志周南（职务：筠连分公司经理）为我方签订合同代表人，该代表就筠连县武德乡土地占补平衡指标全权销售及代收销售款事宜范围内与你方达成协议，由我方负责履行，承担责任”。
六、2011年8月31日，四川省长宁县国土资源局（甲方）与测绘大队（乙方）签订《四川省生宜宾市筠连县武德乡耕地指标流转协议书》，约定：“一、指标来源，该指标于2006年由省国土资源厅立项批准，由川建公司投资前期可研、勘查及设计；2007年由测绘大队投资施工，总投资为2690万元，并于2008年11月4日，取得指标证书。二、耕地指标转让价格，考虑投资成本及资金占用费，同时本着支持长宁县的经济社会发展，乙方同意将四川省宜宾市筠连县武德乡的新增耕地指标1477.8亩，以每亩2.13万元的价格转让给甲方，即1477.8亩×2.13万元/亩，总金额为3147.7万元，大写：叁仟壹佰肆拾柒万柒仟元”。
本案审理过程中，川建公司与测绘大队均认可案涉土地整理项目收益为34477000元，缴纳税金1214700元。川建公司认可周南在测绘大队报销444129.15元，其中2008年7月17日前报销202361.32元，2008年7月17日后报销241767.83元，但认为该444129.15元已经计入13892967.16元的项目总成本中，不应当作为已付款，测绘大队认为未计入项目总成本。川建公司认可周南在测绘大队借支253459.31元，但认为周南尚有263869.7元应报销费用尚未报销，故该用263869.7元抵扣周南借支的253459.31元，且此263869.7元应计入总成本。在一审审理过程中对2011年12月30日的《决算书》和《协议》中加盖的川建公司真实性进行了鉴定，鉴定结论是《决算书》和《协议》中加盖的川建公司印章与与备案的川建公司印章不一致，也与《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》上加盖的川建公司印章不一致。
以上事实有《招商引资协议》、《关于宜宾市翠屏区李瑞镇等6个土地整理项目的立项批复》、《关于对申请联合投资开发武德乡土地整理项目的批复》、《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》、《四川省筠连县武德乡土地整理项目预算费用组成清单》、银行转账明细及领款单、法人授权证明书、《司法鉴定意见书》、《四川省宜宾市筠连县武德乡耕地指标流转协议书》及各方当事人在庭审中的一致陈述等证据在案佐证。
一审法院认为，《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》系双方当事人的真实意思表示，测绘大队也参与到案涉土地整理项目中并非仅出资而不参与管理，且双方在实施前对项目投入进行了预判，并在此基础上对收益分配达成了相应的约定，该内容不违反法律、行政法规的强制性规定，故案涉《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》应为有效。双方当事人应当按照双方的约定履行义务，行使权利。测绘大队主张《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》中关于结算的条款无效，但未举证证明该条款具有无效的情形，故对测绘大队关于《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》中关于结算条款无效的主张，依法不予支持。本案争议焦点为测绘大队还应向川建公司支付的土地指标收益金额，对此作如下评判：
对于测绘大队投资总额金额。现测绘大队认为周南报销的444129.15元应当计入其投资总额，对此原审法院认为，2008年7月17日，四川省筠连县审计局已对案涉项目总投资额予以了确定，而测绘大队未举证证明其投资总额的构成，因此，确认2008年7月17日前周南报销的款项已经包含在四川省筠连县审计局确认的投资总额中。而审计报告出具后即2008年7月17日后，周南报销的金额应作为测绘大队的投资额。故测绘大队对于案涉项目的总投资额应为14134734.99元（13892967.16元+241767.83元）。
根据双方的结算条款约定，川建公司应分得的土地指标收益款的计算方式为：土地指标收益总款－测绘大队投资全额资本金－测绘大队投资回报金－测绘大队施工管理利润－支付甲方前期费用和支付《筠连县武德乡土地整理项目预算费用组成清单》所列的所有费用。现双方一致确认土地指标收益总款为34477000元、测绘大队投资总额为14134734.99元，测绘大队投资回报金依约计算为4879500元（16265000元×30%），测绘大队施工管理利润依约计算为5380319.17元（16265000元—10884680.83元）。此外，还应扣除测绘大队已经缴纳的税费1214700元，因此，测绘大队依约应当向川建公司分得的土地指标收益款为8867745.84元。测绘大队主张其已与川建公司就土地指标收益款分配达成《决算书》和《协议》，现该《决算书》和《协议》上加盖的川建公司公章经鉴定与川建公司备案和使用的公章不一致，因此，测绘大队关于其已与川建公司就土地指标收益款分配达成一致的主张，不予支持。对于测绘大队认为川建公司违约应承担违约责任进而应从土地指标收益款中扣除违约金的主张，因测绘大队未就该主张提起反诉，故该主张不属于本案审理范围，测绘大队可另行主张。
对于测绘大队已付款问题。现测绘大队提交证据证明其已支付3000000元，其中150000元以现金方式支付，故仅提交了领款单，而川建公司认为没有相应的付款凭证，而未予认可，对此，一审法院认为，川建公司出具了1500000元的收据，测绘大队提交了1350000元的银行转账凭证，剩余150000元提交了周南签字的领款单，故现有证据能够证明测绘大队支付了该150000元，故确认测绘大队已经支付川建公司3000000元。对于周南借支的款项，川建公司认可该金额，仅认为测绘大队还有其他款项未报销，因此应当抵销未报销的款项，对此，川建公司起诉时未要求对未报销款项予以处理，故未报销款项不应在本案中予以处理，川建公司可另行主张。故周南借支的款项应当作为测绘大队的已付款，即周南借支的253459.31元应为测绘大队的已付款。故可以确认测绘大队已向川建公司支付3253459.31元。
综上，测绘大队还应向川建公司支付5614286.53元
（8867745.84元—3253459.31元）。据此，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条第一款、第六十条第一款，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百三十四条、第一百四十八条第一、二、三项之规定，判决：一、四川省冶金地质勘查局测绘工程大队于判决生效之日起十日内向四川省川建建筑工程有限公司支付5614286.53元；二、驳回四川省川建建筑工程有限公司的其它诉讼请求。案件受理费81660元，由四川省川建建筑工程有限公司负担35722元，由四川省冶金地质勘查局测绘工程大队负担45938元。
本院二审期间，测绘大队向本院提出调取证据申请，请求调取2011年12月30日川建公司出具给四川省筠连县国土资源局的《关于筠连县武德乡土地整理新增耕地指标流转的确认函》（以下简称《确认函》）和川建公司在四川省成都市武侯区人力资源和社会保障局留存的《成都市社会保险人员减少表》，本院予以准许，调取以上证据交双方当事人质证，测绘大队和川建公司均认可上述两份这个证据材料的真实性，其余当事人均称不发表意见。测绘大队还提出鉴定申请，请求对《决算书》和《协议》上加盖川建公司印章与上述两份材料上加盖的川建公司印章作同一性鉴定。本院准许后双方选定四川求实司法鉴定所进行鉴定。2016年11月10日四川求实司法鉴定所出具《司法鉴定意见书》（以下简称《鉴定书》）载明“《决算书》和《协议》上加盖的川建公司印章印文与在四川省筠连县国土资源局提取的《确认函》上加盖的川建公司印章印文是同一枚印章所盖印。《决算书》和《协议》上加盖的川建公司印章印文与在四川省成都市武侯区人力资源和社会保障局提取的《成都市社会保险人员减少表》上加盖的川建公司印章印文不是同一枚印章所盖印”。
测绘大队对《鉴定书》质证认为，对《鉴定书》的真实性、合法性、真实性不持异议。鉴定结论能够证明2011年12月30日测绘大队与川建公司之间签订的《决算书》和《协议》是双方真实意思表示，应该采信。川建公司对《鉴定书》质证认为，对《鉴定书》的真实性、合法性、真实性不持异议。但该鉴定结论不能达到测绘大队的证明目的，原因有两点：一是《决算书》和《协议》不是真实有效的决算，至今未生效，对川建公司不具有约束力；二是川建公司在履约过程中不存在违约行为，希望法院按《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》的决算条款进行判决。其余当事人郭远斌、余东风、欧阳明远均表示尊重《鉴定书》的结论，不发表意见。
本院认为，《鉴定书》依据鉴定材料真实，鉴定程序合法，且当事人均不持异议，应予采信。
川建公司与测绘大队均确认2011年12月30日后，测绘大队已支付川建公司150万元。
二审期间，测绘大队还围绕上诉请求提交了证据两份，一是四川省成都市武侯区人民法院（2016）川0107民初9247号民事裁定书，二是四川省成都市武侯区人民法院（2016）川0107执保1365-1号协助执行通知书。拟证明测绘大队在支付了150万元之后，之所以没有继续支付完毕244.65万元，是因为四川省成都市武侯区人民法院的生效裁定书和协助执行通知书对冻结了川建公司在测绘大队处的应收账款。测绘大队还陈述，按照《协议》，测绘大队还应支付川建公司94.65万元，但四川省成都市武侯区人民法院的生效裁定书和协助执行通知书超额冻结，尚未支付。川建公司质证认为该两份证据真实性无异议，但不能达到测绘大队的证明目的。本院认为，四川省成都市武侯区人民法院的生效裁定书和协助执行通知书真实性无异议，且与本案有关联，应予采信。
经二审审理查明，各方当事人对原判认定的事实均无异议，本院予以确认。
另查明，2011年12月30日川建公司与测绘大队签订《决算书》载明，“甲方：川建公司，乙方：测绘大队……三、双方确认：指标流转销售收入为3447.7万元。扣除税金121.47万元后收入应为3326.23万元，除已收回2578.53万元外，尚有747.7万元未收回。四、双方共同确认：测绘大队实际投资款1389.3万元，测绘大队应得投资回报金488万元，川建大队应向测绘大队支付施工利润538.03万元。依据《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》，川建公司应向测绘大队支付违约金（资金占用费）818.71万元。上述款项合计3234.04万元，即川建公司应向测绘大队支付3234.04万元。五、甲方确认，在指标流转销售收入已收回的2578.53万元中，川建公司已收到175.35万元，测绘大队已收到2403.18万元，川建公司还应支付830.86万元。在指标转让尾款747.7万元全部收回并支付给测绘大队后，川建公司还应向测绘大队支付83.16万元。六、本协议经双方签字盖章后生效”。川建公司与测绘大队盖章并委托代理人签字。
2011年12月30日川建公司与测绘大队签订《协议》载明，“甲方：川建公司，乙方：测绘大队。一、经双方友好协商，一致同意：在指标转让尾款747.7万元全部收回并支付给测绘大队后，测绘大队同意川建公司不再支付差额83.16万元。同时测绘大队同意在收到747.7万元后对川建公司进行适当补偿，除川建公司已收到的175.35万元之外，测绘大队给予川建公司244.65万元一次性补偿，测绘大队将244.65万元尾款划入川建公司指定账户后此协议和《决算书》方能生效。（户名：四川省川建建筑有限公司，帐号：82×××01，开户行：中国银行乐山分行县街支行）。二、本协议签订后，双方不再就《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》的任何事项向对方主张任何权利，否则，测绘大队将按照《决算书》的结果不放弃依据《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》所应取得的全部收益（包括不给予川建公司任何补偿）。三、本协议经双方签字盖章后生效”。川建公司与测绘大队盖章并委托代理人签字。
还查明，四川省成都市武侯区人民法院（2016）川0107民初9247号案件已中止审理。郭远斌在此案诉讼中申请财产保全，四川省成都市武侯区人民法院作出（2016）川0107民初9247号民事裁定书载明“本院在审理原告郭远斌与被告川建公司、四川省川建建筑有限公司筠连分公司合伙协议纠纷一案中，原告向本院提出财产保全申请，要求对被告价值135万元的财产进行保全并提供了相应担保。本院认为，原告的财产保全申请符合法律规定，应予准许……裁定如下：一、将被告下列财产限额135万元予以查封、冻结：1、对被告川建公司在中国银行乐山县街支行账号为62×××01的银行存款予以冻结（冻结期限一年）；2、对被告川建公司在测绘大队处的应收账款予以冻结（冻结期限一年）……”。
四川省成都市武侯区人民法院（2016）川0107执保1365-1号协助执行通知书载明“测绘大队：关于原告郭远斌与被告川建公司、四川省川建建筑有限公司筠连分公司合伙协议纠纷一案，原告郭远斌申请本院对被告川建公司、四川省川建建筑有限公司筠连分公司的财产采取保全措施并提供了相应担保，本院经审查后于2016年9月13日作出（2016）川0107民初9247号民事裁定予以准许……请协助执行下列事项：将被告川建公司在测绘大队处的应收账款限额135万元内予以冻结（冻结期限一年）。
本院认为，本案争议焦点为：1.2011年12月30日的《决算书》和《协议》是否采信（郭远斌、余东风、欧阳明远与川建公司的关系）；2.测绘大队应支付川建公司的土地指标收益款的金额。对上述争议焦点分析认定如下：
一、2011年12月30日的《决算书》和《协议》是否采信
虽一审时鉴定《决算书》和《协议》上加盖的川建公司印章并非其在公安机关登记备案的印章，但在二审时经鉴定《鉴定书》认为《决算书》和《协议》上加盖的川建公司印章与在四川省筠连县国土资源局提取的《确认函》上加盖的川建公司印章是同一枚印章。可以证明，川建公司以《决算书》和《协议》上加盖的印章从事其他经营活动，虽不是备案印章，但该枚印章并非伪章。《决算书》和《协议》是川建公司的真实意思表示，应予采信。因出现二审新证据，本院对原判此项事实认定予以纠正。测绘大队该项上诉理由成立，予以支持。
二、测绘大队应支付川建公司的土地指标收益款的金额
《决算书》和《协议》均签订于2011年12月30日，但据两份合同的文意分析，双方在决算之后，又再行签订了协议，对决算的金额进行了协商变更，约定“在指标转让尾款747.7万元全部收回并支付给测绘大队后，测绘大队同意川建公司不再支付差额83.16万元。同时测绘大队同意在收到747.7万元后对川建公司进行适当补偿，除川建公司已收到的175.35万元之外，测绘大队给予川建公司244.65万元一次性补偿”，并约定了违约后果“本协议签订后，双方不再就《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》的任何事项向对方主张任何权利，否则，测绘大队将按照《决算书》的结果不放弃依据《四川省宜宾市筠连县土地整理合作协议》所应取得的全部收益（包括不给予川建公司任何补偿）”，因此可以认定《协议》签订于《决算书》之后。
关于《决算书》和《协议》是否生效的问题。其一，从合同理解角度。根据《中华人民共和国合同法》第一百二十五条“当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思”之规定。对合同的理解应按照文意解释、体系解释、目的解释、交易习惯和诚实信用解释的原则顺序推进。根据文意解释和体系解释原则，《结算书》约定“本协议经双方签字盖章后生效”，《协议》第一条约定“测绘大队将244.65万元尾款划入川建公司指定账户后此协议和《决算书》方能生效”，而其后的第三条又约定“本协议经双方签字盖章后生效”。可见《结算书》在测绘大队和川建公司签字盖章后即生效；对于《协议》而言，按照拟定《协议》的顺序，虽《协议》第一条附加了生效条件，但在第三条，即该合同的尾部约定测绘大队和川建公司签字盖章后即生效，可视为双方对合同的生效条件作出了最终约定，应以第三条作为《协议》生效的条件。其二，从实际履行角度。2011年12月30日后，测绘大队已支付川建公司150万元，尚余94.65万元（244.65万元-150万元）未支付，但四川省成都市武侯区人民法院的生效裁定书和协助执行通知书明确载明因川建公司与郭远斌的纠纷，“将川建公司在测绘大队处的应收账款限额135万元内予以冻结”，且该案中止审理，该冻结款项并未实际从测绘大队账户中转出。故测绘大队未能支付剩余款项的原因归责于川建公司，测绘大队已按照其与川建公司签订的《决算书》和《协议》忠实履行合同义务，《决算书》和《协议》已经生效并履行。
因此，根据《决算书》和《协议》约定，测绘大队尚欠川建公司94.65万元。
因本院对《决算书》和《协议》予以采信，《决算书》中测绘大队与川建公司已就包括违约金在内的一揽子事项进行了结算，故测绘大队在本案中另行主张违约金的理由不成立，不予支持。
综上所述，测绘大队的上诉理由部分成立，予以支持。依照《中华人民共和国合同法》第一百二十五条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、撤销四川省成都市中级人民法院（2014）成民初字第236号民事判决；
二、四川省冶金地质勘查局测绘工程大队于本判决生效之日起十日内向四川省川建建筑工程有限公司支付94.65万元；
三、驳回四川省川建建筑工程有限公司的其它诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费81660元，由四川省川建建筑工程有限公司负担73494元，四川省冶金地质勘查局测绘工程大队负担8166元。二审案件受理费51100.01元，鉴定费12500元，共计63600.01元，由四川省川建建筑工程有限公司负担57240.01元，四川省冶金地质勘查局测绘工程大队负担6360元。
本判决为终审判决。
审判长 辜小惠
审判员 李永晴
审判员 刘 文
二〇一七年一月二十四日
书记员 徐 丽