甘肃省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）甘民终443号
上诉人（原审原告、反诉被告)：甘肃煤田地质勘探物资装备公司，住所地甘肃省兰州市城关区天水路221号。
法定代表人：杨新平，该公司总经理。
委托诉讼代理人：鲁和平，甘肃正鼎律师事务所律师。
委托诉讼代理人：成鼎，甘肃正鼎律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告)：甘肃省合作房地产开发有限公司，住所地甘肃省兰州市城关区九州中路404号。
法定代表人：许新科，该公司总经理。
委托诉讼代理人：许秀慧，甘肃正天合律师事务所律师。
上诉人甘肃煤田地质勘探物资装备公司(以下简称甘肃煤田地质公司)与上诉人甘肃省合作房地产开发有限公司(以下简称甘肃合作房地产公司)建设用地使用权纠纷一案，双方均不服兰州市中级人民法院(2016)甘01民初85号民事判决，向本院提起上诉，本院依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人甘肃煤田地质公司的法定代表人杨新平及其委托诉讼代理人鲁和平，上诉人甘肃合作房地产公司的委托诉讼代理人许秀慧到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
甘肃煤田地质公司上诉请求：1.撤销甘肃省兰州市中级人民法院(2016)甘01民初85号民事判决第一项、第二项，改判甘肃合作房地产公司向甘肃煤田地质公司支付土地转让款14027971.80元及资金占用费(截止2016年1月15日的资金占用费为6317838.96元，2016年1月15日以后的资金占用费以所欠土地转让款14027971.80元为基数按年息18％计算至实际还清之日)；2.一、二审诉讼费用由甘肃合作房地产公司承担。事实与理由：一、原审判决认为：2006年9月15日之前欠付的4027971.8元以及2008年9月15日之后迟延履行的土地转让款双方未约定资金占用费，甘肃煤田地质公司主张仍然按年息18％的资金占用费对于甘肃合作房地产公司显失公平，据此将该部分的资金占用费按照银行同期贷款利率进行计算。该判决理由没有事实和法律依据。首先，关于资金占用费的问题双方当事人在2006年4月26日的《国有土地使用权转让补充协议》第六条约定：“剩余1000万元从核发土地证之日计算乙方每次500万元，两年内付给甲方，资金占用费按年息18％计算，不足满年按月计算，当年付给甲方。”甘肃煤田地质公司认为该协议条款中的“两年”只是对剩余1000万元土地转让费支付的期限的约定，而不是对年息18％的资金占用费计算期限的约定，补充协议并没有将资金占用费的计算限定在两年之内，更没有约定两年后或者逾期后不再承担资金占用费。其次，我国《合同法》第一百零七条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”本案中甘肃合作房地产公司未按协议约定时间履行付款义务已经构成违约的事实清楚，甘肃煤田地质公司主张继续履行，即继续按照协议约定支付年息18％的资金占用费符合法律规定。再次，甘肃合作房地产公司违约，甘肃煤田地质公司只主张继续履行，并未要求其承担其他较重的或者惩罚性的违约责任，而原审判决没有支持上诉人的基本诉求，将约定的资金占用费年息18％的计算标准降为银行同期贷款利率不当。二、原审判决将2009年7月20日的2万元认定为甘肃合作房地产公司的付款，属于重复计算。2009年7月20日的2万元款项双方已做处理，包含在甘肃煤田地质公司补开的时间2008年1月28日、号码0004930、金额12万元的收据中。
甘肃合作房地产公司辩称，1.驳回甘肃煤田地质公司全部诉讼请求后依法做出判决；2.一、二审诉讼费全部由甘肃煤田地质公司承担。事实与理由：1.原审判决认定土地证核发之前欠付的款项和约定的付款期限届满后迟延履行的资金占用费按照银行同期贷款利率进行计算合理合法。《国有土地使用权转让补充协议》第二条约定：甘肃合作房地产公司应在取得国有土地使用权证后两年内向甘肃煤田地质公司分次支付总额1656万元人民币作税后分成。第三、四、五、六条分别约定了具体的付款方式，除第六条约定了1000万元的两年的资金占用费之外，其他条款均未约定迟延付款的利息及资金占用费，因此甘肃煤田地质公司按照18％主张全部迟延付款的款项的资金占用费没有约定依据。而原审判决按照银行同期贷款利率进行计算合理合法。2.原审判决认定的2009年7月20日2万元的付款事实清楚证据确凿，不属于重复计算。
甘肃合作房地产公司上诉请求：1.依法撤销甘肃省兰州市中级人民法院的(2016)甘0l民初85号民事判决。2.依法判令确认甘肃合作房地产公司与甘肃煤田地质公司于2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》为无效合同。3.依法判令甘肃煤田地质公司返还款项6775816.40元。(说明：本项诉讼请求返还的款项为暂定数，将根据本案审理认定的情况另行起诉要求返还剩余应当返还的款项。)4.依法驳回甘肃煤田地质公司的全部诉讼请求。5.一、二审诉讼费全部由甘肃煤田地质公司承担。事实与理由：原审判决认定事实错误。第一，原审判决认定甘肃合作房地产公司与甘肃煤田地质公司于2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》(以下简称补充协议)因不违反法律、行政法规强制性规定，系双方真实意思表示而有效错误。《补充协议》签订后，在2006年5月18日双方又签订《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》并将该合同备案，同时双方约定以该合同为计税依据。备案合同中约定的转让价款低于补充协议。以上事实足以证明甘肃煤田地质公司先后签订两份价款相差悬殊的合同目的就是为了逃避转让土地而由甘肃煤田地质公司应当承担的税费，损害了国家依法收取税款的利益。根据《合同法》第五十二条的规定，涉案补充协议因违反该条第(二)(三)款而无效，所以甘肃煤田地质公司不能依据无效合同主张任何权利。第二，原审判决认定甘肃合作房地产公司取得土地权使用证的时间为2006年9月12日错误。甘肃煤田地质公司申请法院调取的证据：涉案土地登记档案明确载明2006年9月12日的《土地登记审批表》、《国有土地使用权证书》已被加注作废印章，且载明“因工作失误截止日期变更5月24日核证现更改”，也就是说甘肃煤田地质公司提交的2006年9月12日取得土地使用权的证据是无效证据，因此原审判决据此认定土地使用权的取得时间错误。第三，原审判决以甘肃合作房地产公司于2005年5月6日支付给甘肃煤田地质公司的5万元借款因是在本案土地转让之前为由而不予认可错误。虽然从“借据”内容上来看该笔款是借款，但事实是双方当事人在处理该笔借款时将其抵付了土地转让款，而且甘肃煤田地质公司在法庭审理过程中并没有提供证据证明已归还了此笔款项。因此，甘肃合作房地产公司主张该笔款项属于涉案合同中的土地转让款有理有据。第四，原审判决对甘肃合作房地产公司2010年10月20日向甘肃煤田地质公司支付的87.48万元因在收据上载明“代交”，交款事由载明“代扣土地营业税”，并依据补充协议的约定：双方约定甘肃合作房地产公司在取得土地使用权后两年内向甘肃煤田地质公司分次支付总额为1656万元人民币作为税后分成，从而不予认可，属于事实认定错误的。《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十四条规定：“合作开发房地产合同约定提供土地使用权的当事人不承担经营风险，只收取固定利益的，应当认定为土地使用权转让合同。”涉案《国有土地使用权转让补充协议》应认定为土地使用权转让合同。根据国家税务局关于印发《土地使用权转让及出售建筑物和经济权益转让征收营业税具体办法》的通知规定，甘肃煤田地质公司应为营业税的纳税义务人。甘肃煤田地质公司为甘肃合作房地产公司开具87.48万元营业税收据的行为也认可了其为营业税的纳税义务人。该笔款项应计算在总的土地转让价款中，而不应扣除。第五，由于原审判决对甘肃合作房地产公司取得土地使用权证的时间起算认定错误，因此使得本案土地转让款资金占用费计算错误。
甘肃煤田地质公司辩称，请求驳回甘肃合作房地产公司上诉。事实及理由：一、2006年4月26日甘肃煤田地质公司与甘肃合作房地产公司签订的《补充协议》不违反《合同法》第五十二条第(二)(三)款的规定，原审判决认定补充协议有效，完全正确。原审庭审中，甘肃合作房地产公司已经认可双方是依据补充协议履行付款义务。故补充协议作为双方的结算依据和实际履行的合同，当然是双方真实意思的表示，内容亦不违反法律、行政法规的强制性规定，甘肃合作房地产公司认为补充协议违反《合同法》第五十二条第(二)(三)款而无效的观点没有事实依据。首先，补充协议是双方认可并实际履行的合同，而备案合同是仅作为过户使用，并未实际履行，补充协议中1656万元的土地价款是双方真实的交易价格，不存在故意降低的价款和逃避税费的情况。其次，补充协议第二条约定：“乙方在取得土地使用权后两年内向甲方分次支付总额为1656万元人民币作为税后分成”，这说明土地交易的税款由甘肃合作房地产公司承担，因为补充协议约定的1656万元是税后价款。既然税款是由甘肃合作房地产公司承担，那么税款交多交少就是甘肃合作房地产公司考虑的事情，而对甘肃煤田地质公司而言，完全没有必要、更不可能去逃避税收。再次，2010年10月甘肃合作房地产公司法定代表人许新科已经从榆中县地税局以甘肃煤田地质公司的名义代开过一张涉案土地使用权转让的发票，发票金额1620万元，土地面积27亩，单价60万元／亩。当时为办理发票代开手续，应许新科的要求煤田地质公司还给合作房地产公司开具过一张代交土地营业税的收据，金额874800元，该税金是以土地转让价款1620万元为基数，乘以5.4％的营业税率(含教育附加费)得出的。对于代开发票的事实，兰州正邦税务师事务有限公司在对甘肃煤田地质公司开发的合作新村一区7-12号楼进行土地增值税清算鉴证时亦进行了询证。甘肃合作房地产公司代开发票和甘肃煤田地质公司出具收据的上述事实，说明涉案土地已经按照1656万元的实际交易价格进行了纳税，并未逃避税款。如果非要说以合法形式掩盖非法目的、损害国家利益，那也只能说备案合同在掩盖非法目的、损害国家利益，而不是补充协议。二、原审判决认定甘肃合作房地产公司取得土地使用权证的时间为2006年9月12日没有错误。原审法院调取的涉案土地登记档案载明，2006年9月12日《国有土地使用权证书》被加注作废印章，并在记事栏中记载“因工作失误截止日期变更5月24日核证现更改”。合作房地产公司现在所持《国有土地使用权证书》是截止日期更改后兰州市国土资源局城关分局于2007年10月31日换发的。先前的土地证因截止日期有误，后被作废并换发新证，这不能否认甘肃合作房地产公司已于2006年9月12日已经实际取得涉案土地使用权的事实，旧证虽被作废，但不能说被作废的旧证是无效证据。三、原审判决认定2005年5月6日甘肃合作房地产公司给甘肃煤田地质公司的5万元借款不属于土地转让价款，合法有据。从甘肃合作房地产公司提供的证据显示，该笔5万元款项属于借款，借款日期是2005年5月6日，时间是在本案土地转让之前。没有证据显示双方当事人对该笔借款按照抵付土地转让款作了处理，煤田地质公司亦不认可抵付处理，而至于借款是否偿还的问题则与本案所涉问题无关。四、原审判决认定2010年10月20日的87.48万元款项不作为甘肃合作房地产公司的付款，该事实清楚，证据充分。首先，该笔87.48万元款项的收据存根记载的收款事由为“代扣土地营业税”，并非是土地转让款，即该款项性质明确。其次，依据补充协议第二条关于1656万元为税后分成的约定，87.48万元系合作房地产公司交纳的土地营业税，并非其向煤田地质公司支付的土地转让款。据此，原审判决的认定无误。
甘肃煤田地质公司向一审法院起诉请求：1.判决甘肃合作房地产公司向甘肃煤田地质公司支付土地转让款14027971.88元及资金占用费(截止2016年1月15日的资金占用费为6417838.96元，2016年1月15日以后的资金占用费以所欠土地转让价款14027971.80元为基数按年息18％计算至实际还清之日)；2.诉讼费由甘肃省合作房地产开发有限公司承担。
甘肃合作房地产公司向一审法院反诉请求：1.依法确认甘肃煤田地质公司与甘肃合作房地产公司于2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》为无效合同；2.判令甘肃煤田地质公司返还款项675816.4元；3.判令甘肃煤田地质公司向甘肃合作房地产公司开具收取土地转让款的发票。4.本案诉讼费用由甘肃煤田地质公司承担。
一审法院认定事实：2006年1月8日甘肃煤田地质公司与甘肃合作房地产公司签订《国有土地使用权转让合同》约定：甘肃煤田地质公司将其合法取得的位于兰州市城关区九州开发区九州中路15-5号地块27．6亩国有土地使用权以每亩10万元人民币转让甘肃合作房地产公司使用。同年4月26日双方再签订《国有土地使用权转让补充协议》约定：甘肃煤田地质公司将其合法取得的位于兰州市城关区九州开发区九州中路15-5号地块27.6亩国有土地使用权以单价每亩60万元转让给甘肃合作房地产公司，地类用途为住宅，甘肃合作房地产公司应向甘肃煤田地质公司支付土地转让价款1656万元，付款方式为：土地转让合同与补充协议签字盖章后支付100万元；土地过户手续登报公示之日支付156万元；过户手续办完后三日内支付400万元；剩余1000万元从核发土地证之日起两年内付给甘肃煤田地质公司，同时向甘肃煤田地质公司按年息18％支付资金占用费，资金占用费不满年按月计算，当年付给甘肃煤田地质公司。2006年5月28日双方再次签订《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》约定：甘肃煤田地质公司将涉案土地以总价4065705元转让甘肃合作房地产公司使用。该合同在兰州市城关区九州经济开发区管理委员会办公室备案。
再查明，甘肃煤田地质公司向法庭提交的证载日期为2006年9月12日的《国有土地使用权证书》被国土部门加注作废印章。甘肃合作房地产公司持有的《国有土地使用权证书》证载日期为2007年10月31日。涉案土地已由甘肃合作房地产公司开发使用完毕。甘肃合作房地产公司从合同签订之日至起诉之日共计向甘肃煤田地质公司支付款项20925982.2元。甘肃煤田地质公司认可收到款项数额为19781182.2元。
一审法院认为，本案争议的焦点为：一、双方于2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》是否有效；二、甘肃合作房地产公司是否存在向甘肃煤田地质公司迟延支付土地转让款的事实，数额是多少。
针对第一个焦点：首先，甘肃煤田地质公司于2005年7月22日取得涉案土地的国有土地使用权，其有权就涉案土地进行转让。其次，庭审中甘肃合作房地产公司亦认可双方是依据2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》履行付款义务，故该《补充协议》系双方真实意思的表示，亦不违反法律、行政法规强制性规定，该协议合法有效，对双方当事人均有法律约束力，双方均应按照协议约定履行义务。最后，2006年5月28日双方签订的《兰州市城镇国有土地使用权转让合同书》中约定土地转让金明显低于《补充协议》约定的价款，该份合同仅是作为办理过户使用，该份合同并未得到实际履行。综上，双方于2006年4月26日签订的《国有土地使用权转让补充协议》有效。甘肃合作房地产公司请求确认该合同无效无事实及法律依据，不予采信。
针对第二个焦点：关于甘肃合作房地产公司是否存在向甘肃煤田地质公司迟延支付土地转让款的事实。中华人民共和国合同法》第六十条规定：当事人应当按照约定全面履行自己的义务。本案中《补充协议》第二条约定：甲乙双方约定乙方在取得土地使用权后两年内向甲方分次支付总额为1656万元人民币作为税后分成。首先应当确定甘肃合作房地产公司取得涉案土地《国有土地使用权证书》的时间。本案中，甘肃煤田地质公司向法庭提交的《国有土地使用权证书》载明甘肃合作房地产公司取得涉案土地使用权时间为2006年9月12日，甘肃合作房地产公司亦向法庭提交《国有土地使用权证书》载明其取得涉案土地使用权时间为2007年10月31日。经当事人申请，一审法院向兰州市国土资源局城关分局调取涉案土地登记档案5份，其中就载明2006年9月12日的《土地登记审批表》、《国有土地使用权证书》被加注作废印章，并在记事栏中记载“因工作失误截止日期变更5月24日核证现更改”。在对截止日期更改后，兰州市国土资源局城关分局于2007年10月31日就涉案土地向甘肃合作房地产公司核发《国有土地使用权证书》。2006年9月12日的《国有土地使用权证书》被作废的原因系国土部门工作人员失误导致，并非当事人原因所致。且证载截止日期变更并不影响涉案土地使用权在2006年9月12日已经由甘肃煤田地质公司转移至甘肃合作房地产公司这一客观事实。故甘肃合作房地产公司取得涉案土地《国有土地使用权证书》时间应确定为2006年9月12日。根据上述约定，甘肃合作房地产公司应于2008年9月12日之前向甘肃煤田地质公司支付土地转让款1656万元并支付约定的资金占用费。但截止2008年9月15日甘肃合作房地产公司向甘肃煤田地质公司支付的款项数额为5100190.2元。故甘肃合作房地产公司存在迟延支付土地转让款的事实。
关于甘肃合作房地产公司欠付的土地转让款及资金占用费的数额问题
《中华人民共和国合同法》第一百零七条规定：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。本案中，甘肃合作房地产公司存在迟延支付土地转让款的事实，应承担相应的违约责任。(1)甘肃合作房地产公司向甘肃煤田地质公司已支付款项的数额。甘肃合作房地产公司向法庭提交自2005年5月6日至2015年3月16日共计89张付款凭证合计20925982.2元。甘肃煤田地质公司认可其中85张付款凭证共计19781182.2元，但对其中四张付款凭证不予认可分别是：①、2005年5月6日付款5万元，该笔款项从甘肃合作房地产公司出具的证据中显示系甘肃煤田地质公司向许新科的借款且发生时间在本案所涉土地转让之前，与本案并无直接的关联性。该笔款项作为甘肃合作房地产公司的付款不予认可。②、2010年10月20日付款87.48万元，该笔款项的收据存根中收款方式载明为：“代交”，交款事由载明：“代扣土地营业税”。《补充协议》第二条约定：甲乙双方约定乙方在取得土地使用权后两年内向甲方分次支付总额为1656万元人民币作为税后分成。故该笔款项应视为由甘肃煤田地质公司代甘肃合作房地产公司交纳的土地营业税而非甘肃合作房地产公司向甘肃煤田地质公司支付的土地转让款，该笔款项作为甘肃合作房地产公司的付款不予认可。③、2009年7月20日付款2万元。甘肃煤田地质公司主张该笔款项包含在2008年1月28日12万元的收据中，但并未提交有效的证据予以证明，故该笔款项作为甘肃合作房地产公司的付款予以确认。④、2013年10月28日付款20万元，该笔款项系通过中国建设银行转帐支票付款。在甘肃合作房地产公司提交的2013年10月17日由甘肃煤田地质公司出具的50万元收据存根中载明：“本单据2013年10月28日付20万元”，经甘肃合作房地产公司庭后对该笔款项核实后亦认可属重复计算，故该笔款项作为甘肃合作房地产公司的付款不予认可。综上甘肃合作房地产公司向甘肃煤田地质公司支付的款项合计为19801182.2元。
(2)甘肃合作房地产公司向甘肃煤田地质公司已支付款项的性质。针对19801182.2元付款，双方对其中自2006年9月15日之后17269154元款项还款性质存在分歧。甘肃煤田地质公司认为该17269154元优先偿还的是资金占用费，甘肃合作房地产公司则认为该17269154元优先偿还的是土地转让款。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》第二十一条规定：债务人除主债务之外还应当支付利息和费用，当其给付不足以清偿全部债务时，并且当事人没有约定的，人民法院应当按照下列顺序抵充：(一)实现债权的有关费用；(二)利息；(三)主债务。因双方在《补充协议》中约定了资金占用费，根据上述法律规定土地转让款是作为主债务最后偿还的，故该17269154元应当优先充抵每年产生的资金占用费，剩余部分再扣减土地转让款。
(3)甘肃合作房地产公司欠付甘肃煤田地质公司土地转让价款数额。《补充协议》第二条约定：甲乙双方约定乙方在取得土地使用权后两年内向甲方分次支付总额为1656万元人民币作为税后分成。第三条约定：具体付款方式，土地转让合同与补充协议签字盖章后，乙方向甲方支付人民币100万元；第四条约定：甲方全力配合乙方办理土地过户手续，待登报公示之日乙方向甲方支付人民币156万元；第五条约定：土地过户手续办完后三日内乙方向甲方支付人民币400万元。根据上述约定甘肃合作房地产公司应在2006年9月15日之前向甘肃煤田地质公司支付土地转让价款656万元，依据甘肃合作房地产公司提交的付款明细表计算实际付款为2532028.2元，故截止2006年9月15日甘肃合作房地产公司欠付甘肃煤田地质公司土地转让价款为14027971.8元。
(4)截止2016年1月15日甘肃合作房地产公司欠付的资金占用费及土地转让价款。《中华人民共和国合同法》第一百一十三条规定：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失；第一百一十四条第三款规定：当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。本案中，双方在《补充协议》第六条约定：剩余1000万元从核发土地证之日计算乙方每次500万元，两年内付给甲方，资金占用费按年息18％计算，不足满年按月计算，当年付给甲方。故对于甘肃煤田地质公司主张的1000万元两年内按照年18％计算资金占用费系双方约定，一审法院予以认可。对于甘肃合作房地产公司2006年9月15日之前欠付的4027971.8元以及2008年9月15日之后迟延履行的土地转让款双方并未约定资金占用费。现甘肃煤田地质公司主张仍然按照18％确认资金占用费，对甘肃合作房地产公司显失公平。但鉴于甘肃合作房地产公司存在迟延支付土地转让款的事实亦给甘肃煤田地质公司造成了一定的损失，对于该部分的资金占用费甘肃合作房地产公司按照同期银行贷款利率支付更为妥当，亦能够弥补甘肃煤田地质公司的损失。现就甘肃合作房地产公司欠付甘肃煤田地质公司的土地转让款及资金占用费计算如下：
①2006年9月16日至2007年9月15日，甘肃合作房地产公司付款数额为126万元，当年应支付资金占用费为2046511元(1000万元×18％+4027971.8元×6.12％)，欠付资金占用费为786511元(1000万元×18％+4027971.8元×6.12％-126万元)；
②2007年9月16日至2008年9月15日，甘肃合作房地产公司付款数额为1308162元，当年应付资金占用费为2100889元(1000万元×18％+4027971.8元×7.47％)，累计欠付的资金占用费为1579238元(1000万元×18％+4027971.8元×7.29％+786511元-1308162元)；
③2008年9月16日至2009年9月15日，甘肃合作房地产公司付款数额为162万元，当年应付的资金占用费为1010013元(14027971.8元×7.2％)，累计欠付的资金占用费为969251元(1579238元+1010013元-162万元)；
④2009年9月16日至2010年9月15日，甘肃合作房地产公司付款数额为260万，当年应付的资金占用费为744885元(14027971.8元×5.31％)，其中付资金占用费为1714136元(969251元+744885元)，付土地转让款885864元(260万-1714136元)；
⑤2010年9月16日至2011年9月15日，甘肃合作房地产公司付款数额为200万，其中付资金占用费为697845元((14027971.8元-885864元)×5.31％)，付土地转让款1302155元(200万元-697845元)；
⑥2011年9月16日至2012年9月15日，甘肃合作房地产公司付款数额为140万，其中资金占用费为776700元((14027971.8元-885864元-1302155元)×6.56％)，付土地转让款623300元(140万元-776700元)；
⑦2012年9月16日至2013年9月15日，甘肃合作房地产公司付款数额为270万，其中资金占用费为672999元((14027971.8元-885864元-1302155元-623300元)×6％)，土地转让款2027001元(270万元-672999元)；
⑧2013年9月16日至2014年9月15日，甘肃合作房地产公司付款数额为3080992元，其中资金占用费为551379元((14027971.8元-885864元-1302155元-623300元-2027001)×6％)，土地转让款2529613元(3080992元-551379元)；
⑨2014年9月16日至2015年9月15日，甘肃合作房地产公司付款数额为130万元，其中资金占用费399602元((14027971.8元-885864元-1302155元-623300元-2027001元-2529613元)×6％)，土地转让款900398元(130万元-399602元)；
⑩2015年9月16日至2016年1月15日，甘肃合作房地产公司欠付资金占用费为88314元((14027971.8元-885864元-1302155元-623300元-2027001元-2529613元-900398元)×4．6％÷12月×4月)，欠付土地转让款5759640.8元(14027971.8元-885864元-1302155元-623300元-2027001元-2529613元-900398元)。
截止2016年1月15日甘肃合作房地产公司欠付甘肃煤田地质公司土地转让款为5759640.8元，资金占用费为88314元。故甘肃合作房地产公司诉请甘肃煤田地质公司返还款项675816.4元无事实依据，不予支持。关于甘肃合作房地产公司要求甘肃煤田地质公司开具收取土地转让款发票的诉请，双方在《补充协议》中并未对该行为履行的主体进行约定，若甘肃煤田地质公司拒绝为甘肃合作房地产公司开具发票，甘肃合作房地产公司应向有权机关反映并要求处理。故该诉请一审法院不予支持。
综上所述，甘肃合作房地产公司应当向甘肃煤田地质公司支付土地转让款及资金占用费。依据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十三条、第一百一十四条第三款、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》第二十一条之规定，判决：一、甘肃省合作房地产开发有限公司于本判决生效之日起三十日内向甘肃煤田地质勘探物资装备公司支付土地转让款5759640．8元，资金占用费为88314元，共计5847954.8元(截止2016年1月15日)；二、甘肃省合作房地产开发有限公司于本判决生效之日起三十日内向甘肃煤田地质勘探物资装备公司支付资金占用费(自2016年1月16日起以5759640.8元为基数按中国人民银行同期贷款利率计算至实际还清之日止)；三、驳回甘肃省合作房地产开发有限公司反诉请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费本诉144029元，反诉10558元，合计154587元，甘肃煤田地质勘探物资装备公司承担100820元，甘肃省合作房地产开发有限公司承担53767元。
本院二审期间，当事人围绕上诉请求依法提交了证据。本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人二审争议的事实本院认定如下：甘肃煤田地质公司提交2008年1月28日该公司法定代表人开具给甘肃合作房地产公司的12万元收款收据一张以及法定代表人手写记账笔记一份，证明2009年7月20日的2万元已经包含在12万元中，对于上述两份证据2008年1月28日的收款收据甘肃合作房地产公司一审中已经提交，可以证实2008年1月28日甘肃煤田地质公司收到甘肃合作房地产公司12万元，而甘肃煤田地质公司法定代表人自己书写的记账笔记系单方形成，无其他证据印证，不能证明2009年7月20日的2万元包含在2008年1月28日的12万元中，且甘肃煤田地质公司法定代表人认可2009年7月20日的收条是其亲笔书写，故一审认定甘肃煤田地质公司在2009年7月20日收到甘肃合作房地产公司2万元转让款，不属于重复计算正确。甘肃合作房地产公司提交的榆中县地税局在销售不动产统一发票上的备注，证明甘肃煤田地质公司未向甘肃合作房地产公司提供土地转让款的发票，甘肃合作房地产公司反诉请求第三项要求甘肃煤田地质公司提供发票的请求有理有据，因甘肃合作房地产公司上诉请求未涉及此项，故该项不在二审审查范围之内。至于甘肃合作房地产公司所提交的《关于代征代缴税款补充协议》，该份协议中甘肃合作房地产公司未签字盖章，表明双方就此事未达成一致意思表示，其证明目的不能成立，本院不予采信。一审查明事实正确，本院予以确认。
本院确定，二审争议焦点为：1.国有土地使用权转让补充协议》（以下简称《补充协议》）合作房地产公司是否欠付甘肃煤田地质公司的土地转让款以及金额如何确定的问题；3.资金占用费如何确定的问题？
关于案涉《补充协议》效力问题。
甘肃合作房地产公司认为在《补充协议》签订后，双方再次签订《兰州城镇国有土地使用权转让合同书》并备案，是甘肃煤田地质公司为规避纳税而为，补充协议无效。经查，双方《补充协议》约定土地转让款1656万元是税后分成，而规避纳税的前提是合同交易价款基数减少，两份合同中价格明显偏低的应当是备案合同，以备案合同价格偏低规避纳税来否定《补充协议》缺乏依据，且甘肃合作房地产公司亦未提交证据证实系甘肃煤田地质公司要求为避税签订备案合同。另，在二审中甘肃合作房地产公司也认可在诉讼发生前是按照《补充协议》履行的。因此，《补充协议》系双方真实意思表示，也按该协议实际履行，协议内容未违反国家法律、行政法规禁止性规定，一审法院认定《补充协议》合法、有效并无不当。至于税金的交纳双方应按照《补充协议》约定和相关法律依法纳税。
关于甘肃合作房地产公司是否欠付甘肃煤田地质公司的土地转让款、金额如何确定以及资金占用费如何确定的问题。
因《补充协议》合法有效，双方亦按补充协议实际履行，故应当按照《补充协议》约定支付土地转让款1656万元。首先，关于已付款的问题。一审中甘肃煤田地质公司认可收到的款项为19781182.2元，对四张付款凭证不予认可。一是第四张2013年10月17日的20万元，甘肃合作房地产公司已认可系重复计算，一审法院未将该笔款项计入已付款双方无异议。二是2005年5月6日5万元，从甘肃合作房地产公司提交证据显示该笔款项系甘肃煤田地质公司向许新科借款，时间发生在涉案土地转让前，说明借款关系与支付土地转让款无关；而甘肃合作房地产公司称是双方口头约定将该笔借款作为土地转让款，但其未提交证据证实双方之间存在将借款转化为土地转让款的约定，一审未将该笔款项计入已付款并无不当。三是2010年10月20日87.48万元，根据证据显示该笔款项为代扣代交土地营业税，因1656万元是税后价款，因此无论该笔款项是否已交、实际交纳主体是谁、交纳金额多少，均不能从1656万元中扣减已付款，一审未将该笔款项计入已付款并无不当。四是2009年7月20日付款2万元，甘肃煤田地质公司认为该笔款项在2008年1月28日12万元的收据中已经包含，但其提交的现有证据系单方形成，尚不足以证实2009年7月20日2万元与2008年1月28日12万元有何关联，一审将该笔2万元款项计入已付款并无不当。综上，一审认定甘肃合作房地产公司已付款金额为19801182.2元正确，本院予以确认，甘肃煤田地质公司、甘肃合作房地产公司关于该项的上诉请求及理由均不能成立。其次，关于已付19801182.2元的性质问题。一是一审法院认定截至2006年9月15日甘肃合作房地产公司公司实际付款为2532028.2元，双方均未提出异议。《补充协议》三、四、五、六条约定：“土地转让合同与补充协议签字盖章后支付100万元；土地过户手续登报公示之日支付156万元；过户手续办完后三日内支付400万元；剩余1000万元从核发土地证之日起两年内付给甘肃煤田地质公司，同时向甘肃煤田地质公司按年息18％支付资金占用费，资金占用费不满年按月计算，当年付给甘肃煤田地质公司。”双方对于何时支付剩余1000万元计取资金占用费的时间节点产生争议，甘肃合作房地产公司认为核发土地证的日期为2007年10月31日；经一审法院调取涉案土地登记档案，载明2006年9月12日的《土地登记审批表》、《国有土地使用权证》被加注作废印章，而原因是工作失误使截止日期错误变更，更改后2007年10月31日核发《国有土地使用权证》，说明2006年9月12日国有土地使用权证被加注作废印章的原因是国土资源局工作失误核证更改截止日期，并未撤销土地使用权，因此，本院认为一审确认2006年9月15日为土地过户手续办完之日以及支付剩余1000万元及计算资金占用费的时间节点并无不当，甘肃合作房地产公司的该项上诉理由不成成立。一审法院根据《补充协议》第二、三、四、五条约定以及甘肃合作房地产公司提交的付款明细表确认截至2006年9月15日甘肃合作房地产公司实际付款为2532028.2元，欠付甘肃煤田地质公司土地转让价款为14027971.8元并无不当，本院予以确认。二是2006年9月15日之后甘肃合作房地产开发公司付款17269154元，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》第二十一条规定：债务人除主债务之外还应当支付利息和费用，当其给付不足以清偿全部债务时，并且当事人没有约定的，人民法院应当按照下列顺序抵充：(一)实现债权的有关费用；(二)利息；(三)主债务。因双方在《补充协议》中约定了资金占用费，根据上述法律规定土地转让款是作为主债务最后偿还的，一审认定17269154元应当优先充抵每年产生的资金占用费，剩余部分再扣减土地转让款并无不当。再者，关于资金占用费应如何计取的问题。甘肃煤田地质公司认为甘肃合作房地产公司应按照合同约定承担自2006年9月15日起14027971.8元的资金占用费（每年按18%计取）。经查，《补充协议》第六条约定：“剩余1000万元从核发土地证之日起两年内付给甘肃煤田地质公司，同时向甘肃煤田地质公司按年息18％支付资金占用费，资金占用费不满年按月计算，当年付给甘肃煤田地质公司。”该条约定的是甘肃合作房地产公司对剩余1000万元的付款形式即义务，甘肃合作房地产公司未按该条约定履行义务构成违约，而对于违约责任在《补充协议》中并未约定。根据《补充协议》甘肃合作房地产公欠付土地转让款14027971.8元中4027971.8元应于2006年9月15日之前支付完毕，一审法院认定甘肃合作房地产公司构成违约，根据公平原则按照同期人民银行贷款利率承担责任；剩余1000万元一审法院从2006年9月16日至2008年9月15日依据《补充协议》约定按照18%计算资金占用费，2008年9月16日之后因甘肃合作房地产公司未按《补充协议》约定向甘肃煤田地质公司支付完毕土地转让款构成违约，根据公平原则按照同期中国人民银行贷款利率承担责任正确。故，一审法院按年结合甘肃合作房地产公司支付的具体金额，扣除资金占用费及同期中国人民银行贷款利率的相应损失符合法律规定，计算截止2016年1月15日甘肃合作房地产公司应支付甘肃煤田地质公司土地转让款5759640.8元、资金占用费为88314元（共计5847954.8元）及自2016年1月16日起以5759640.8元为基数按中国人民银行同期贷款利率计算至实际还清之日的资金占用费正确。甘肃煤田地质公司、甘肃合作房地产公司的该项上诉请求及理由不能成立。
综上所述，甘肃煤田地质公司、甘肃合作房地产公司上诉请求及理由均不能成立，本院不予支持。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费200995元，由甘肃煤田地质勘探物资装备公司负担143529元，甘肃省合作房地产开发有限公司负担57466元。
本判决为终审判决。
审 判 长 史 莉
代理审判员 芦 晨
代理审判员 盖维张
二〇一六年十一月二十八日
书 记 员 华尔丹