重庆市第五中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）渝五中法民初字第00784号
原告（反诉被告）重庆市双全建筑安装有限公司，住所地：重庆市铜梁县巴川镇铁石路312号-1。
法定代表人冉周春，总经理。
委托代理人谢光武，重庆坤博律师事务所律师。
委托代理人韩龙文，重庆坤博律师事务所律师。
被告（反诉原告）重庆市永和投资有限公司，住所地：重庆市南岸区茶园新城区玉马池工业园67号。
法定代表人王渝春，董事长。
委托代理人贺伦桓，重庆潜卫律师事务所律师。
委托代理人周坤，重庆潜卫律师事务所律师。
原告重庆市双全建筑安装有限公司（以下简称双全建司）因与被告重庆市永和投资有限公司（以下简称永和公司）建设工程施工合同纠纷，诉至本院。本院受理后，依法由审判员苏渝担任审判长，代理审判员于利、黎明组成合议庭，书记员李婷担任记录，于2014年2月27日、2014年5月19日、2015年7月29日对本案公开开庭进行了审理，原告的委托代理人谢光武、韩龙文，被告的委托代理人贺伦桓、周坤参加诉讼。审理中，被告永和公司提起反诉。本案现已审理终结。
原告双全建司诉称，原、被告于2011年1月12日签订《建设工程施工合同》和《施工合同补充条款》约定，由原告承包被告位于重庆茶园特色工业园区的节能环保产业基地标准厂房2、3、5、6、7、8栋楼工程项目，并对工程承包相关事宜进行了明确约定。上述合同签订后，原告即组织人员进场施工，2、3、5、6、8号栋楼工程于2012年9月底竣工验收合格并交付使用。2012年10月24日，原、被告双方达成《工程联系会议会议纪要》，就原告已完成工程的面积计算依据、已完工程量及工程的结算标准及审定时间等进一步进行了明确。2012年11月9日，原告向被告提交了按《工程联系会议会议纪要》约定的计算办法计算出的结算报告，工程造价为39425870.61元（即工程总造价46383377.19元下浮15%的金额）。但时至今日，被告一直未对该结算报告进行答复，也拒绝支付工程款，经多次催收未果。
原告认为双方签订的建设工程施工合同合法有效，对双方均有法律约束力，双方理应诚实守信履行自己义务。依据《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第16条第二款“发包方应当在收到竣工结算文件后的约定期限内予以答复。逾期未答复的，竣工结算文件视为已被认可”规定，被告逾期对原告提出的结算报告在《工程联系会议会议纪要》确定的审价时间内未答复，应视为对该结算报告的认可。因此，被告应当按该结算报告支付工程款，被告拒绝支付工程款的行为属违约行为，依法应承担立即支付工程及逾期付款资金占用费有法律责任。为此，特诉至法院，请求：1、依法判令被告立即支付原告工程款17425870.61元，并从2012年11月24日起至付清之日止按中国人民银行同期贷款利率支付逾期付款利息。2、本案诉讼费用由被告全部承担。
被告永和公司答辩称，双方在合同及补充协议中均未明确约定被告逾期答复原告提交的竣工结算报告即视为认可的具体条款，根据法律规定，不能直接以原告提交的竣工结算报告作为结算依据。同时，我公司已经超付原告工程款，请求驳回原告的诉讼请求。
反诉原告永和公司提起反诉称，双方就重庆茶园特色工业园区的节能环保产业基地标准厂房2、3、5、6、7、8栋工程签订《建设工程施工合同》和《施工合同补充条款》属实，合同中对工程价款及具体开竣工时间等相关事宜作出明确约定。然而，反诉被告在合同履行期间，未按约定如期完工，造成反诉原告监理费用增加。同时，自2011年3月到2013年初，反诉原告先后多次支付反诉被告工程款35668321.22元。另，因反诉被告承建的工程质量存在许多瑕疵，且其拒不整改，反诉原告无奈之下另行整体委托第三方重庆隆盛建设工程有限公司进行整改、维修，约定包干费266万元。反诉被告撤场后，为保证后续施工的进行，反诉原告委托新的施工单位重庆天生建设工程有限公司替反诉被告垫付了8号楼塑钢门窗款4.74万元、塔吊租金6万元、6号楼框架鉴定检测费2万元，依照合同约定，上述款项均应在工程款中扣除。经反诉原告核算，已实际超额支付反诉被告工程款，反诉被告应予返还。
综上，请求：1、判令反诉被告双全建司赔偿逾期完工损失19万元；2、判令反诉被告双全建司返还超付的工程款，暂定500万元，以最终鉴定确定的工程价款为准。3、由反诉被告承担全部诉讼费用。
反诉被告双全建司答辩称：1、工期迟延是由于反诉原告拖欠工程款造成，因此，对工期延误损失我方不予认可。2、我公司与重庆天生建设工程有限公司存在债权转让，但我公司还没有与其进行结算，不清楚是否欠付。3、反诉原告并没有超付工程款。4、重庆隆盛建设工程有限公司与我公司没有合同关系。因此，反诉原告的请求均不成立，请求驳回。
经审理查明:2011年1月12日，甲方永和公司与乙方双全建司签订《建设工程施工合同》及《施工合同补充条款》，约定：一、工程名称为重庆茶园特色工业园区节能环保产业基地标准厂房2、3、5、6、7、8栋工程；二、工程承包方式。三、乙方承包工程内容和配合工程内容。四、工程工期。本工程合同工期分为完工工期和竣工工期两部分。4.1.2第（1）条合同完工工期是指乙方从工程开工至“合同包干价”包括的工程内容全部完工，并经甲方、乙方和监理单位共同验收合格时的工程工期。其中2.3.5栋先行动工，6.7.8栋由甲方另行通知开工时间。4.1.2第（2）条乙方“合同完工工期”为日历日546天。1）2.3.5号楼开工时间为2011年2月。2）2.3.5号楼完工时间为2011年12月31日，即开工后333天。3）6.7.8号楼完工时间为开工后300天。4.1.2第（3）条上述完工工期的最终完成时间，以甲方签发的相应“完工日确认书”为准，以此考核乙方合同工期的履约与违约责任。6.5条工程竣工时间的确认。乙方完成本合同第11.4条规定的内容后，经甲方检查合格之日即为“工程竣工日”，并由甲方按此日签发“工程竣工日确认书”，乙方收到此确认书之日，即可与甲方办理工程竣工结算。五、工程质量与检验。六、安全文明施工。七、合同价款与支付。1、合同价，乙方施工工程内容的“合同总价”为人民币2565万元。八、材料供应。九、设计变更与签证。十、竣工验收、移交与结算。十一、保修、违约与履约保证。2.2条工程工期的违约是指乙方“合同完工工期”的违约。若工程延误造成甲方不能向第三方按时交房的，一切甲方经济责任及损失由乙方全部承担。十二、其它。
合同签订后，原告即进场施工。
2011年1月26日，双全建司向永和公司出具法人授权委托书，载明：兹授权委托舒文元为我方代理人（职务：经理）负责办理“茶园工业园区节能环保产业基地标准厂房2.3.5.6.7.8栋工程相关”事宜。代理权限为全权办理。
2011年10月18日，双全建司向永和公司出具三份委托书，要求永和公司向其项目全权代表舒文元分别支付工程款160万元、120万元、136万元。
2012年9月1日，双全建司向永和公司出具授权委托书，载明：兹有重庆市双全建筑安装有限公司委托舒文元作为本公司在重庆市茶园特色工业园区节能环保产业基地标准厂房项目一期工程的全权代表。凡有舒文元签字认可的民工工资、材料费、公司管理费、国家税费等款项，若由重庆市永和投资有限公司代为支付的，则作为重庆市永和投资有限公司支付给重庆市双全建筑安装有限公司的工程款项，决算后扣除。
2012年10月22日，2.3.5号楼工程取得《重庆市建设工程竣工验收备案登记证》，记载竣工验收时间为2012年8月9日。2013年5月2日，8号楼工程取得《重庆市建设工程竣工验收备案登记证》，记载竣工验收时间为2013年4月10日。2013年7月10日，6.7号楼工程取得《重庆市建设工程竣工验收备案登记证》，记载竣工验收时间为2013年6月27日。
2012年10月24日，双全建司与永和公司达成《工程联系会议会议纪要》，载明：2.3.5号楼工程量包括水电、消防、公路、室内外给排水、管网等全部完工（除厕所装修隔断等）。8号楼工程量包括水电、消防、公路、室内外给排水、管网等全部完工，不包括屋顶层面（仅做顶层第一层找平层）。6号楼工程量包括挖孔桩、基础、主体框架不含冒顶。8号楼增加工程：厕所、窗户。5号楼打混凝土，C20换为C30补差价，5号楼到化粪池挖沟。2号楼楼内一层挖设备基础，四方挡墙。配电房基础，为变更工程。道路、管网按2008年重庆市政定额计算。绿化按36元/㎡照实收取，树（小叶榕）160元/颗。所有2.3.5.6.8号楼面积按图纸为准，决算按2008年重庆定额下浮15%执行。舒文元承诺2012年11月13日前请有预算资质的人员，预算完成交永和公司。永和公司在2012年11月23日前审核完成。
2013年7月9日，双全建司向永和公司发出《关于茶园节能环保产业基地标准厂房项目2、3、5、8号楼办理工程结算、工程整改的复函》，称：一、根据工程情况我司督促了项目负责人舒文元于2013年6月10日到30日将多数工程项目进行了整改。个别还没整改的公司再一次督促舒文元进一步整改。二、关于提供施工竣工图的问题，我公司按规定实事求是的办理，继后交给贵方。三、工程结算书保证与竣工图及相关资料相符，同时完善相关手续。四、合同外新增工程，望贵方抽时间同我公司一道完善手续表示十分感谢。五、贵公司对个别整改项目进行了整改我公司照实承担责任。
2013年11月4日，双全建司向本院提起诉讼。
在审理过程中，双全建司于2014年6月3日向本院提出申请，要求对涉案工程进行造价鉴定。
本院依照鉴定程序，于2014年7月1日依法委托重庆路华瑞刚工程造价咨询事务所有限公司进行鉴定。重庆路华瑞刚工程造价咨询事务所有限公司于2015年6月30日作出渝路瑞所物鉴（2015）2号司法鉴定书，结论为：一、工程造价为32154750.82元。二、关于鉴定中争议问题的重要说明：1、塑钢窗。因双方争议较大，且我所鉴定时无法鉴定玻璃的属性，按《重庆市永和投资有限公司对争议问题的说明》，2.3.5号楼为单层普通白玻，8号楼为双层玻璃（一层为普通白玻，一层为钢化玻璃），若法院调查后与《重庆市永和投资有限公司对争议问题的说明》相同，则应扣减鉴定金额中塑钢窗部分金额：859493.55元。增加塑钢窗部分鉴定金额为791271.74元。2、生化池工程：因双方对生化池容量的大小及具体的施工做法有较大争议，且通过现场踏勘，无法判断生化池容量的大小及具体的施工做法。现暂按重庆市双全建筑安装有限公司提供的施工图集2个100㎡进行计算，鉴定出该生化池部分的工程造价。2个100㎡生化池工程造价为217659.02元，1个100㎡生化池工程造价为108830.01元。该鉴定造价未纳入鉴定结论中，法庭通过调查予以确认。
本院组织双全建司、永和公司及鉴定机构就鉴定报告进行了质证，双全建司、永和公司对鉴定报告均提出了异议。
双全建司认为：一、关于塑钢窗的计价，双方在竣工图上盖章确认的是塑钢窗，且设计文件及竣工验收资料也未对施工中使用的玻璃提出异议，因此应按859493.55元计算，不作调整。二、生化池工程，包含在施工合同中，实际也是双全建司做的，永和公司予以否认，却未提交委托第三方施工的证据，因此，应以鉴定机构出具的金额纳入工程造价。三、室外电缆工程、园区围墙工程、设备基础及配电房基础、部分挡墙工程，虽然无法计算工程量，但应纳入工程造价。
永和公司认为：一、塑钢窗在合同中要求是钢化玻璃，经现场查勘，实际上2.3.5号楼都是单层玻璃，8号楼虽然是双层玻璃，但一层是白玻，一层是钢化，因此，双全建司未按合同要求施工，应当按照实际所用材料进行调差，以740105.39元作为该部分的造价。二、楼地面工程，2.3号楼地面原设计是找平，现在施工方改成了加浆收光；5号楼2.3.4层实施了5厘米厚的C30砼地面，按照会议纪要只计算调差，但鉴定机构只计算了原价，应调差5305.78元。5号楼其余部分的楼面找平也改成了加浆收光，8号楼未实施找平。鉴定机构鉴定时对2号楼加浆收光，其他楼均是按照找平。三、混凝土泵送增加费计算不当。我公司并未确认供应方签订的供货合同和清单，即使需要汽车泵送，也是施工方与供应方自身协调的问题，该费用不应由永和公司承担。四、6号楼综合脚手架及垂直运输费，因6号楼未做完，鉴定机构按做完后的70%比例计价不当，应扣减10%。五、室外环境及管网部分，没有详细竣工资料，施工质量也不合格，不应计价。六、屋面泡沫砼保温层，未按设计要求施工，实际上用建筑垃圾填充，应扣减相应费用。七、生化池工程，双全建司无证据证明是其施工，而且进出水做反了，属不合格，也不应计算费用。八、室外电缆工程、园区围墙工程、设备基础及配电房基础、部分挡墙工程，不是双全建司的施工范围，竣工资料中也没有，不应计价。
鉴定机构意见：一、塑钢窗的计价。鉴定人只能根据鉴定资料反映，按照竣工图说明及塑钢窗检测报告进行鉴定计算，而对特殊材料的鉴定不在鉴定人的鉴定范围内，由法院裁决。二、生化池工程，经现场踏勘，已投入使用，无法判断生化池容量的大小及具体做法，由法院裁决。三、室外电缆工程、园区围墙工程、设备基础及配电房基础、部分挡墙工程，因无竣工图，无法确定工程量，因此无法确定工程造价。四、楼地面工程，经现场踏勘，2号楼楼面为加浆收光，3.5.8号楼因进行了二次装修，无法核实具体作法。因此，鉴定时2号楼按现场实际情况计算为加浆收光，3.5.8号楼按竣工图说明计算，5号楼二、三、四层楼面按双方会议纪要计算。五、混凝土泵送增加费，《重庆工程造价信息》中明确商品砼信息价中包含运输、自流、塔吊、电动泵送费用，实际施工采用柴油泵送和车载泵送时，另在商品砼信息价基础上增加12元/立方米和15元/立方米。六、6号楼综合脚手架及垂直运输费，因双全建司仅实施了主体结构工程，现行定额没有相关比例的规定，鉴定人根据实际情况和造价经验，确定按70%计价。七、室外环境及管网部分，因双方未明确双全建司施工的范围，经现场踏勘，结合鉴定资料，按照现场实际情况及双方当事人说明的施工范围及合理走向，计算相应工程量。八、屋面泡沫砼保温层，竣工图说明为泡沫砼，经现场查勘，屋面保温层已被隐蔽，无法判断具体做法，故按竣工图说明进行计算。
另查明：1、2011年3月9日至2012年9月17日期间，永和公司以银行转账方式分38次向双全公司和舒文元共计支付工程款及劳务费33804000元，其中舒文元收到7笔共计400万元。双全建司质证认为：①、对永和公司提交的银行进账单的真实性无异议。②、永和公司转账的33804000元仅提供了银行进账单，未提供双全建司出具的收据，双全建司只认可收到2095万元。③、舒文元收到的400万元不予认可，系舒文元与永和公司之间的其他经济往来。
2、永和公司出具《代舒文元付工程款》明细表及付款依据共计2046321.22元。其中，仅2013年1月10日永和公司代付的19062.27元、2013年1月11日由重庆天生建设工程有限公司代表杨川垫付舒文元水电费及保安工资22112.27元和2012年10月17日以“双全建司”名义缴纳的税款189840元三笔共计金额231014.54元外，其余付款均有舒文元签字确认。双全建司质证认为，不认可包括上述三笔金额在内的共计348214.54元，其余无异议。
3、2013年5月28日，永和公司委托重庆佳维建设工程质量检测有限公司对6号楼基础及主体结构施工质量进行鉴定，并于2013年6月4日支付鉴定费2万元。
4、2010年12月6日，永和公司与重庆建新建设工程监理咨询有限公司签订《建设工程委托监理合同》，第五条约定，委托人永和公司向监理人承诺按照本合同注明的期限、方式、币种向监理人支付报酬。本合同自2010年12月6日开始实施，至2013年12月31日完成。其《建设工程委托监理合同专用条件》第三十九条第三款约定，监理工期以工程施工合同工期为准，超过施工合同工期是监理工作为额外工作，同比例支付费用。2014年4月15日，永和公司与重庆建新建设工程监理咨询有限公司签订《延期监理费确认书》，确认延期监理费为190000元。2014年5月9日，永和公司以银行转账方式向重庆建新建设工程监理咨询有限公司支付监理延期费190000元。
5、2013年10月10日，永和公司与重庆隆盛建设工程有限公司签订《工程整改及维修合同》，载明，2011年，永和公司委托双全建司承建茶园节能环保产业基地标准厂房项目2.3.5.8号楼工程，由于双全建司中途停止施工，遗留了很多质量问题和未完的收尾工程，永和公司特委托重庆隆盛建设工程有限公司完成未完工程，并对存在质量问题的工程全面返工整改及维修。为此，双方达成如下协议：一、本合同整改工程建筑面积为24129平方米，范围包括2、3、5、8号楼、地下车库的土建、安装、环境管网、道路、路灯等所有工程质量整改、维修及未完工程的完善。2、工程实行总价包干，包干总价为266万元。3、整改及质量技术要求以施工图、设计说明及相关国家标准为依据。2014年1月8日，永和公司向重庆隆盛建设工程有限公司以银行转账方式支付工程整改维修款144万元。
6、永和公司出具《重庆天生建设工程有限公司代双全建司垫付清单》及相关付款凭证，记载垫付金额为438730元。双全建司质证认为，其与重庆天生建设工程有限公司之间存在债权债务，但现尚未结算，金额不明，故重庆天生建设工程有限公司的垫付款不予认可。
上述事实，有《建设工程施工合同》、《补充条款》、《工作联系函》、《会议纪要》、《银行进账单》、《承诺书》、《收据》、《竣工验收备案登记证》、鉴定报告及双方陈述等证据载卷为凭，并经庭审质证，足以认定。
本院认为，双全建司与永和公司签订的《建设工程施工合同》和《施工合同补充条款》及2012年10月24日《会议纪要》是双方当事人的真实意思表示，内容也不违反法律法规的禁止性规定，合法有效，双方当事人应按约履行。现双方就工程结算发生争议，根据本诉和反诉起诉的理由、双方的答辩意见及质证意见，本院归纳双方争议焦点为：一、争议工程的结算造价；二、双全建司的请求是否成立；三、永和公司的反诉请求是否成立。对此，结合庭审查明的事实，本院分别评判如下：
一、争议工程的结算造价。
双全建司认为，其于2012年11月9日向永和公司提交了讼争工程的《结算报告》，而永和公司未在规定期限内予以答复，根据《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第十六条第二款之规定，应视为永和公司对双全建司报送的结算报告的认可，即本案应按39425870.61元确定工程造价。
本院认为，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条之规定，当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。因此，直接采用承包人报送的结算报告作为工程造价的前提是发包人与承包人在合同中对此有明确约定，否则不予适用。本案中，双全建司与永和公司在签订的《建设工程施工合同》和《施工合同补充条款》中并无此约定，故不适用该规定，双全建司要求直接以其报送的结算报告作为讼争工程结算造价的理由与上述规定不符，本院不予支持。
对于讼争工程造价，经本院委托的专业工程造价鉴定机构的鉴定，双方存在如下争议：
（一）、塑钢窗的计价。
双方在合同中约定使用塑钢窗，竣工图说明也实际标注为塑钢窗，且双全建司提交的玻璃检测报告也为钢化玻璃，鉴定机构据此按塑钢窗进行造价并无不当。虽然永和公司提出在现场查勘中，发现存在部分玻璃材料为单层白玻或双层中有一层为白玻，并非钢化玻璃，但此仅为永和公司肉眼观察后的单方说辞，并无专业鉴定机构的确认，而永和建司也未就此申请玻璃材质鉴定，故其要求按非钢化玻璃调差的意见，缺乏证据支持，本院对该部分鉴定造价不作调整。
（二）、生化池工程。
该工程属双方合同约定施工范围，经鉴定机构现场查勘，客观上存在生化池，永和公司虽否认系双全建司所施工，亦未提供第三方施工的证据，故本院认定该生化池属双全建司修建。在确定该部分工程造价时，双全建司虽然提供了施工图集证明要求修建2个100立方米的生化池，但双全建司却未提供修建生化池的相关施工资料，无法证明其实际施工了2个100立方米的生化池，现鉴定机构也无法确定客观存在的生化池具体容量大小和施工做法，鉴于此，根据举证责任的分配原则，本院按1个100立方米生化池造价108830.01元确定，纳入工程总造价。
（三）、室外电缆工程、园区围墙工程、设备基础及配电房基础、部分挡墙工程。
双全建司要求主张该部分工程造价，鉴定机构明确表示，该部分工程无竣工图，无法确定工程量，因此无法计算工程造价，根据谁主张谁举证的原则，因双全建司无法举示该部分工程造价的具体金额，其请求缺乏证据，本院不予支持。
（四）、楼地面工程。
永和公司提出应按实际施工状况结合信息价35元/平方米据实调差。经查，鉴定机构在进行鉴定时，进行了现场查勘，在充分考虑施工的实际现状后，结合竣工图说明及双方会议纪要确定的结算原则作出的鉴定结论符合鉴定程序和规范要求，本院对其鉴定结论予以尊重。对永和公司提出的调差意见，不予采纳。
（五）、混凝土泵送增加费。
该部分费用，根据《重庆工程造价信息》对商品砼信息价的规定，在实际施工中采用柴油泵送和车载泵送时，需要另在商品砼信息价基础上增加12元/立方米和15元/立方米，因此，鉴定机构按此确定该部分工程造价并无不当，永和公司要求扣减的理由与《重庆工程造价信息》的规定不符，不予采纳。
（六）、6号楼综合脚手架及垂直运输费。
经查，因双全建司仅实施了6号楼主体结构工程，而综合脚手架及垂直运输费在取费时是按一个工程整体计算的，现行定额中没有对结构工程和建筑工程中该部分费费用各自所占比例进行规定，因此，鉴定机构根据实际情况和造价经验按70%的比例确定符合鉴定程序和鉴定规范要求，本院予以尊重。永和公司要求调整10%的意见，缺乏依据，本院不予采纳。
（七）、室外环境及管网部分。
环境和管网竣工图为永和公司开发的整个园区的图纸，而双全建司仅施工了其中部分，双方又未明确具体施工范围，在此情况下，鉴定机构经现场踏勘，结合鉴定资料，按照现场实际情况及双方当事人说明的施工范围及合理走向，确定计算相应工程量，符合鉴定程序和鉴定规范要求，本院予以尊重。永和公司以没有详细竣工资料为由要求扣减的理由，与实际情况不符，本院不予采纳。
（八）、屋面泡沫砼保温层。
该部分工程已被隐蔽，无法核查实际做法，据此，鉴定机构按竣工图说明的施工做法计算造价并无不当。永和公司提出双全建司使用的建筑垃圾进行的填充，缺乏依据，其要求扣减的理由，不予采纳。
综上，双方争议的造价中除生化池部分108830.01元应纳入鉴定总价外，其余不作调整。据此，结合鉴定机构出具的的鉴定造价32154750.82元，讼争工程结算总造价为32263580.83元。
二、双全建司的请求是否成立。
庭审中，双方对已付款存在争议，具体包括：1、永和公司2011年3月9日至2012年9月17日期间通过银行转账向双全建司及其授权代表舒文元直付的33804000元；2、代舒文元支付工程款2046321.22元；3、应扣减的整改费144万元；4、重庆天生建设工程有限公司代双全建司支付金额438730元；5、6号楼基础及主体结构施工质量检测鉴定费2万元。对此，本院评析如下：
（一）、永和公司2011年3月9日至2012年9月17日期间通过银行转账向双全建司及其授权代表舒文元直付的33804000元。
该部分款项，永和公司举示了银行直接转账的进账单，足以证明已付款的事实。虽然其中有永和公司在2011年11月30日至2012年5月7日期间向舒文元个人账户转入400万元，但是，2011年10月18日，双全建司向永和公司出具三份委托书，要求永和公司向其项目全权代表舒文元个人分别支付工程款160万元、120万元、136万元，共计416万元，因此，永和公司受双全建司的委托之后向舒文元付款，且付款金额未超出委托金额，应视为双全建司收取的工程款。至于双全建司辩称该400万元系舒文元与永和公司之间的其他经济往来，却未举示证据予以证明。故该33804000元应全部认定为永和公司向双全建司的已付款。
（二）、永和公司代舒文元支付工程款2046321.22元。
该部分付款，除2013年1月10日永和公司代付的19062.27元、2013年1月11日由重庆天生建设工程有限公司代表杨川垫付舒文元水电费及保安工资22112.27元和2012年10月17日以“双全建司”名义缴纳的税款189840元三笔共计金额231014.54元外，其余付款均有舒文元签字确认，根据双全建司于2012年9月1日出具的授权委托书，凡有舒文元签字认可的民工工资、材料费、公司管理费、国家税费等款项，若由重庆市永和投资有限公司代为支付的，则作为重庆市永和投资有限公司支付给重庆市双全建筑安装有限公司的工程款项，决算后扣除。因此，除上述三笔外，其余款项1815306.68元，应作为永和公司向双全建司的已付款，在工程款中予以抵扣。
对于189840元税款，经查，该笔税费发票上记载的交款人为“双全建司”，永和公司认为系其代双全建司缴纳的工程款税费，现双全建司予以否认，永和公司仅提供了其持有的发票原件，却未举示其向税务机关实际缴款的相关凭据，故永和公司不能证明该笔税费系其代缴的事实，对其要求抵扣的意见，本院不予支持。
至于另二笔款项，既无双全建司盖章确认，亦无舒文元确认，永和公司要求在工程款中抵扣，缺乏依据，本院不予支持。
（三）、应扣减的整改费144万元。
经查，该笔费用产生的原因系永和公司委托案外人重庆隆胜建设工程有限公司对讼争部分工程进行整改和完善。但是，永和公司未举示证据证明通知了双全建司进行整改，在永和公司未履行通知义务的前提下，其直接就质量问题对外委托维修所产生的整改费用应自行承担责任。同时，永和公司与重庆隆胜建设工程有限公司在合同中明确在原施工单位中途停止施工的情况下，施工内容既包括维修整改又含双全建司未完工程，而且永和公司与双全建司2012年10月24日的会议纪要中也明确，双全建司就讼争工程并未做完，因此，该笔费用144万元的构成并不仅仅是整改费用，还包括未完工程内容，但双全建司对其离场后的未完工程并不承担责任，加之，永和公司也未举证证明整改费用和未完工程的各自费用金额。故对永和公司要求扣减该部分费用的理由，不予支持。
（四）、重庆天生建设工程有限公司代双全建司支付金额438730元。
重庆天生建设工程有限公司非本案合同相对人，虽然其向永和公司出具债权转让书，将其对双全建司的债权予以转让，但重庆天生建设工程有限公司与双全建司之间是否存在债权、债务，永和公司未提供证据予以证明，现双全建司予以否认，永和公司以此要求抵扣工程款的理由，缺乏事实依据，本院不予支持。
（五）、6号楼基础及主体结构施工质量检测鉴定费2万元。
永和公司虽然实际支出该笔费用，但根据双方于2012年10月24日会议纪要确定的已完工程量，双全建司仅施工了6号楼挖孔桩、基础、主体框架不含冒顶，由于双全建司主体结构并未做完，后续施工由其他单位完成，现永和公司要求双全公司承担全部检测鉴定费用，缺乏事实依据，本院不予支持。
综上，永和公司的已付款为35619306.68元（33804000元＋1815306.68元），而讼争工程结算总造价为32263580.83元，故永和公司实际已超付3355725.85元，不存在欠付工程款，双全建司的请求缺乏事实依据，应予驳回。
三、永和公司的反诉请求是否成立。
如上，永和公司向双全建司超付工程款3355725.85元，双全建司应予返还，永和公司的该请求部分成立，本院予以支持。
至于永和公司提出要求双全建司赔偿逾期完工造成的延期监理费损失190000元，根据永和公司与重庆建新建设工程监理咨询有限公司签订的《建设工程委托监理合同》第五条之约定，监理期限自2010年12月6日开始实施，至2013年12月31日完成。而讼争工程最后竣工验收时间为2013年6月27日，尚未超出监理合同约定的监理期限，不存在延期监理费损失。
即使《委托监理合同》中《建设工程委托监理合同专用条件》第三十九条第三款存在“监理工期以工程施工合同工期为准，超过施工合同工期是监理工作为额外工作，同比例支付费用”之约定，亦属同一合同中对监理期限进行了不同约定，属于约定不明，在此情形下，永和公司擅自放弃权利而自愿向监理公司赔偿，亦应由永和公司自行承担。因此，永和公司要求双全建司承担赔偿责任的理由，缺乏事实依据，对其该请求，本院不予支持。
综上，根据《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条、第六十条、第一百零七条、第一百一十四条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条及《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决如下：
一、反诉被告重庆市双全建筑安装有限公司于本判决生效之日起10日内返还反诉原告重庆市永和投资有限公司超付的工程款3355725.85元；
二、驳回本诉原告重庆市双全建筑安装有限公司的诉讼请求；
三、驳回反诉原告重庆市双全建筑安装有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费132106元，鉴定费270000元；反诉案件受理费24298.5元，合计426404.5元，由重庆市双全建筑安装有限公司承担416404.5元，由重庆市永和投资有限公司承担10000元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于重庆市高级人民法院。
审 判 长 苏渝
代理审判员 于利
代理审判员 黎明
二〇一五年十一月三十日
书 记 员 李婷