广州铁路运输中级法院
行 政 判 决 书
（2016）粤71行终902号
上诉人（原审原告）：广州市恒安房地产开发有限公司，住所地广州市越秀区永福路35号之三至之六广州南方永福国际汽车用品广场四层439-1号。
法定代表人：张某某，董事长。
委托代理人：伍某某，该公司职员。
委托代理人：康某，广东新正律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）：广州市国土资源和规划委员会。住所地：广州市越秀区吉祥路**号。
法定代表人：彭某某，主任。
委托代理人：曾某，该委工作人员。
委托代理人：霍某某，广东启源律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）：广州市人民政府。住所地：广州市越秀区府前路*号。
法定代表人：温某某，市长。
委托代理人：程某某，该府法制办工作人员。
原审第三人：广州市果树科学研究所，住所地：广州市白云区白云大道****号。
法定代表人：陈某，所长。
委托代理人：刘某某、麦某某，均系广东合盛律师事务所律师。
原审第三人：广州市白云建设开发有限公司，住所地广州市白云区西槎路478号之十四首层。
法定代表人：胡某某，董事长。
委托代理人：方某某、曹某某，均系该公司职员。
上诉人广州市恒安房地产开发有限公司(以下简称恒安房地产公司)因诉被上诉人广州市国土资源和规划委员会、广州市人民政府土地行政管理及行政复议决定一案，广州铁路运输第一法院于2016年7月28日作出（2016）粤7101行初1088号行政判决。广州市恒安房地产开发有限公司不服，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，对本案进行了审理,现已审理终结。
原审法院经审理查明：1999年10月19日，广州市城市规划局向广州市果树科学研究所(以下简称果树研究所)、广州市白云建设开发集团公司（以下简称白云建设公司）核发穗规建字（99）第186号《建设工程规划许可证》，所附《建设工程报建审核书》载明项目建筑面地上19064平方米，地下3800平方米。2000年2月16日，恒安房地产公司、果树研究所和白云建设公司向广州市房地产估价管理所提交《广州市国有土地使用权出让金评估申请表》，申请项目按总建筑面积22864平方米(包括商业3000平方米，住宅16064平方米，人防地下室3800平方米)评估土地出让金。2000年4月7日，原广州市国土资源和房屋管理局(以下简称原广州市国土房管局)与恒安房地产公司、广州市白云建设开发集团公司、果树研究所签订穗国地出合106号《广州市国有土地使用权出让合同》，约定土地出让金为6208895元，并约定：该地块土地使用权出让金是根据本合同附件所列基本数据和广州市人民政府有关规定计算的。在出让期限内，如需要改变本合同规定的土地用途、土地使用条件和用地单位名称的，应当取得国土局和城市规划行政主管部门批准，依照有关规定补充签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让价款，并办理土地使用权登记手续。合同附件载明计算土地出让金的基本数据为:建筑容积率1.7，总建设面积22864平方米，其中商业3000平方米，住宅16064平方米，地下室3800平方米。
2010年7月9日，广州市规划局作出穗规决[2010]473号《违法建设行政处罚决定书》，认定:建设单位白云建设公司、果树研究所在2007年7月至2008年2月施工期间，存在未经城市规划行政主管部门批准，擅自增建电梯、加建阳台、加建楼层等建设行为，违章增建面积共58O9.89平方米；瞒报建筑面积8976.11平方米，并对建设单位作出罚款处理。
2010年8月19日，广州市规划局向白云建设公司、果树研究所颁发穗规验证[2010]1036号《建设工程规划验收合格证》，验收工程总建筑面积为37650平方米。2010年10月19日，广州市房地产测绘所作出测字110111508号《房屋面积测量成果报告书》，测定项目总建筑面积为37662.4352平方米。2014年3月，恒安房地产公司、白云建设公司、果树研究所提出补交土地出让金申请，原广州市国土房管局根据穗府办[2010]35号《转发市国土房管局关于调整我市国有建设用地使用权出让金计收标准的通知》第二条“计收土地出让金的标准:(十一)已出让项目发生规划调整(含容积率增减、规划用途调整)，出让合同约定土地出让金调整标准的，从其约定。出让合同未约定调整标准的，分以下情形处理:……3.协议出让项目(工业项目除外)建筑面积或建筑用途调整的，经营性用途按调整前后用途的当前基准地价标准计算总价差调整土地出让金……”的规定，认定该项目实测总建筑面积为37662.43平方米，较原出让合同商业及按商业计建筑面积增加376.41平方米，住宅及按住宅计建筑面积增加14312.05平方米，按2010年7月1日基准地价（网格点商业7169元每平方米、住宅6896元每平方米）计算，土地出让金差额为101394381元。原广州市国土房管局于2014年8月12日向恒安房地产公司、白云建设公司、作出《关于签订广州市建设用地使用权出让合同(变更协议)的告知函》，并附《国有建设用地使用权出让合同变更协议》，拟与恒安房地产公司、白云建设公司、果树研究所签订出让合同变更协议，要求上述单位补交土地出让金差额101394381元。
恒安房地产公司不服原广州市国土房管局向恒安房地产公司、白云建设公司、果树研究所作出的《关于签订广州市国有建设用地使用权出让合同(含变更协议)的告知函》（附《国有建设用地使用权出让合同变更协议》），于2014年12月17日向广州市人民政府申请行政复议，广州市人民政府于当日以穗府行复[2015]29号案受理其行政复议申请，并于2014年12月22日向原广州市国土房管局发出《提出行政复议答复通知书》，还通知了白云建设公司、果树研究所作为第三人参加行政复议。广州市人民政府认为本案案情复杂，于2015年2月15日作出《延长行政复议审查期限通知书》，决定延长审查期限30日；于2015年3月19日作出《中止行政复议审查通知书》，决定中止审查。广州市人民政府经审查认为:原广州市国土房管局根据恒安房地产公司等主体的土地出让金调整申请，评估涉案地块土地出让金调整额为101394381元的计算正确，根据此评估结果作出的《关于签订广州市国有建设用地使用权出让合同(含变更协议)的告知函》认定事实清楚，证据充分，法律依据正确，并无不当。2016年3月23日，广州市人民政府作出穗府行复[2015]29号《行政复议决定书》，维持了原具体行政行为，并于2016年3月23日送达给广州市国土资源和规划委员会，同日交邮寄送恒安房地产公司、果树研究所、白云建设公司。
因组织机构调整，原广州市国土资源和房屋管理局土地管理职权现由广州市国土资源和规划委员会行使。
原审法院认为：《中华人民共和国土地管理法》第五十五条第一款规定：“以出让等有偿使用方式取得国有土地使用权的建设单位，按照国务院规定的标准和办法，缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费和其他费用后，方可使用土地。”《中华人民共和国城市房地产管理法》第十五条规定：“土地使用权出让，应当签订书面出让合同。土地使用权出让合同由市、县人民政府土地管理部门与土地使用者签订。”第十八条规定：“土地使用者需要改变土地使用权出让合同约定的土地用途的，必须取得出让方和市、县人民政府城市规划行政主管部门的同意，签订土地使用权出让合同变更协议或者重新签订土地使用权出让合同，相应调整土地使用权出让金。”广州市国土资源和规划委员负有与取得国有土地使用权的建设单位签订书面出让合同，调整土地使用权出让金职能。
恒安房地产公司、果树研究所、白云建设公司未按其与原广州市国土房管局签订的穗国地出合（2000）106号《广州市国有土地使用权出让合同》的约定进行开发建设，在未经城市规划行政主管部门批准的情况下，擅自增建加建，违章增建面积共计58O9.89平方米，瞒报建筑面积共计8976.11平方米，广州市规划局对此行为作出行政处罚。违法行为在被处罚后依然是违法行为，行政处罚对违法行为作出否定评价，不具有将违法行为变更为合法行为的功能，更不具有免除违法行为人法定义务的作用。广州市规划局作出的行政处罚，是针对该违法建设行为作出的处罚，不是将违法建设面积变更为合法建设面积的行政行为，不具有免除建设单位缴纳增建加建部分面积对应的土地出让金的作用，增建加建部分如需投入合法使用，用地单位必须补缴土地出让金。2010年8月19日，广州市规划局向白云建设公司、果树研究所颁发穗规验证[2010]1036号《建设工程规划验收合格证》，建设单位增建加建部分面积取得规划部门批准，该增加的面积在补缴土地出让金后才能合法使用。由于土地出让合同中并没有约定规划调整后土地出让金的计算方式，根据穗府办[2010]35号《转发市国土房管局关于调整我市国有建设用地使用权出让金计收标准的通知》第二条规定：“计收土地出让金的标准:(十一)已出让项目发生规划调整(含容积率增减、规划用途调整)，出让合同约定土地出让金调整标准的，从其约定。出让合同未约定调整标准的，分以下情形处理:……3.协议出让项目(工业项目除外)建筑面积或建筑用途调整的，经营性用途按调整前后用途的当前基准地价标准计算总价差调整土地出让金……”，该项目实测总建筑面积为37662.43平方米，较原出让合同，商业及按商业计建筑面积增加376.41平方米，住宅及按住宅计建筑面积增加14312.05平方米。广州市土地利用发展中心按用地调整当时的基准地价（网格点商业7169元每平方米、住宅6896元每平方米）计算得土地出让金差额为101394381元并无不妥。原广州市国土房管局于2014年8月12日向恒安房地产公司、白云建设公司、作出《关于签订广州市建设用地使用权出让合同(变更协议)的告知函》，并附《国有建设用地使用权出让合同变更协议》，拟与恒安房地产公司、白云建设公司、果树研究所签订出让合同变更协议，要求上述单位补交土地出让金差额101394381元并无不当。
《中华人民共和国行政复议法》第三十一条第一款规定：“行政复议机关应当自受理申请之日起六十日内作出行政复议决定；但是法律规定的行政复议期限少于六十日的除外。情况复杂，不能在规定期限内作出行政复议决定的，经行政复议机关的负责人批准，可以适当延长，并告知申请人和被申请人；但是延长期限最多不超过三十日。”《中华人民共和国行政复议法实施条例》第四十一条规定：“行政复议期间有下列情形之一，影响行政复议案件审理的，行政复议中止：……（八）其他需要中止行政复议的情形。行政复议中止的原因消除后，应当及时恢复行政复议案件的审理。行政复议机构中止、恢复行政复议案件的审理，应当告知有关当事人。”
恒安房地产公司于2014年12月17日向广州市人民政府申请行政复议，广州市人民政府认为本案案情复杂，于2015年2月15日作出《延长行政复议审查期限通知书》，决定延长审查期限30日，又于2015年3月19日作出《中止行政复议审查通知书》，决定中止审查，其作出中止审查决定书的时间已经超过法定审查期限。广州市人民政府未提交《延长行政复议审查期限通知书》、《中止行政复议审查通知书》的送达证明，未提交证据证明在作出行政复议决定前，其恢复复议案件审理已经告知有关当事人，应承担举证不能的后果。行政复议的结果并无不当，但复议程序应被确认违法。
综上所述，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条的规定，原审法院判决：一、确认被告广州市人民政府作出的穗府行复[2015]29号行政复议决定程序违法。二、驳回原告广州市恒安房地产开发有限公司的其他诉讼请求。
上诉人恒安房地产公司不服上述判决称：一、原审法院没有对被上诉人广州市国土资源规划委员会的行政行为合法性进行审查，得出行政行为“并无不当”的结论属认定事实错误，应予纠正和改判。因被上诉人作出的《关于签订广州市建设用地使用权出让合同(变更协议)的告知函》，要求上诉人缴纳土地出让金由合同约定的600余万元上调至1亿余元的行政行为未告知上诉人确定如此巨大增幅的调整适用的法律依据，不能证明该行政行为的合法性，故应该予以撤销。二、原审法院认定事实不清，上诉人是依据广州市规划局批准的15张图纸进行建设的，并且根据图纸内容可知，1994年4月28日广州市规划局批准的建筑面积就是31840.11平方米，其中就包括本案诉争的8976.11平方米在内，并且当时市规划局在作出（2010）473号《行政处罚决定书》对8976.11平方米的处罚相当于仅要求补交报建当年的市政配套费。据此推断对8976.11平方米应按原2000年106号合同约定的标准补交，而另外5809.89平方米，因已按售楼价的一半交纳罚款，根据一事不再罚的原则，不应再交土地出让金。三、原审判决适用法律错误。四、原审法院超越审查范围，对本案争议以外的事实进行了不恰当的认定，应予纠正。原审法院不应对上诉人、果树研究所、白云建设公司的增建、加建的行为性质、行政处罚作用及后果、增建面积是违法还是合法面积等事实进行认定，因为上述事实不是上诉人提出的诉讼请求范围。综上所述，请求：1、撤销广州铁路运输第一法院（2016）粤7101行初1088号判决第二项。2、判决撤销原广州国土房管局作出的《关于签订广州市国有建设用地使用权出让合同（含变更协议）的告知函》。3、撤销广州市人民政府作出的“穗府行复[2015]29号”《行政复议决定书》。4、本案一审、二审诉讼费用由被上诉人承担。
被上诉人广州市国土资源和规划委员答辩称：一、原审法院已查明涉案土地的计价面积、计算方式及法律依据，上诉人依法应补缴土地出让金事实清楚，适用法律正确。(1)关于计价面积。根据穗规建字［1999］186号《建设工程规划许可证》，涉案土地的批准建筑面积22864平方米，其中地上建筑面积19064平方米，地下建筑面积3800平方米。穗国地出合(2000)106号《广州市国有土地使用权出让合同》中载明的总建设面积22864平方米，其中商业3000平方米，住宅16064平方米，地下室3800平方米。2010年7月9日，广州市规划局作出穗决［2010］473号《违法建设行政处罚决定书》认定建设单位增建面积共5809.89平方米，瞒报建筑面积8976.11平方米。2010年10月19日，广州市房地产测绘所作出测字110111508号《房屋面积测量成果报告书》，测定项目总建筑面积为37662.4352平方米。(2)计算土地出让金的法律依据。根据穗府办［2014］12号《广州市人民政府办公厅关于土地节约集约利用的实施意见》第101条第二款规定，本意见自发布之日起(即2014年3月28日)起施行，有效期3年。恒安房地产公司于2014年3月7日提出调整土地出让金申请，答辩人于同日受理。因此，本案应适用穗府办［2010］35号文《转发市国土房管局关于调整我市国有建设用地使用权出让金计收标准的通知》的第二条第(十一)项第3点规定，已出让项目发生规划调整(含容积率增减、规划用途调整)，出让合同约定土地出让金调整标准的，从其约定。出让合同未约定调整标准的，分以下情形处理：……3.协议出让项目(工业项目除外)建筑面积或建筑用途调整的，经营性用途按调整前后用途的当前基准地价标准计算总价差调整土地出让金……。本案中，由于出让合同未约定调整标准，故答辩人按照不同建筑用途的基准地价标准计算总价差调整土地出让金。(3)计算方式。根据测字110111508号《房屋面积测量成果报告书》显示，该项目实测商业面积为3332.77平方米，首层其他功能按商业面积计算的为43.64平方米，扣除原出让合同约定的商业面积3000平方米，实际增加商业面积376.41平方米；实测住宅面积为30237.13平方米，屋顶梯屋面积为138.93平方米，扣除原出让合同约定的住宅面积16064平方米，实际增加住宅面积14312.06平方米。该项目商业用地基准地价为7169元，住宅用地为6896元，故须实交土地出让金101394381元。二、规划部门对上诉人的行政处罚不能免除其补交土地出让金的责任。2010年7月9日，市规划局作出《违法建设行政处罚决定书》，该文是针对上诉人的违建行为，根据《城乡规划法》等法律法规实施的行政处罚。本案中答辩人是依据《土地管理法》、《城市房地产管理法》等法律法规和《出让合同》约定，要求上诉人补缴土地出让金。两者的性质和适用的法律依据均不同。三、上诉人提供的指导案例不适用本案。答辩人发出的《关于签订广州市建设用地使用权出让合同(变更协议)的告知函》只是一个通知，不具有任何强制效力。如果上诉人不同意该告知函，可以拒绝签订。《广州市建设用地使用权出让合同(变更协议)》是对穗国地出合(2000)16号《广州市国有土地使用权出让合同》的补充，在原合同中，已清楚列明收取土地出让金的法律依据，根本没有必要重复引用。该变更协议中清楚列出计算土地出让金的具体参数，涉案的土地出让金经广州市土地利用发展中心评估审定，对于土地出让金的评估、计算过程，依据广州市人民政府相关意见和通知，并不属于行政诉讼法的规定的法律法规范围。综上，原审判决认定事实清楚，适用法律正确，程序正当，请二审法院依法维持原判。
原审第三人果树研究所答辩称：一、涉案《关于签订广州市建设用地使用权出让合同(变更协议)的告知函》以及变更协议的作出不具有合法性，损害上诉人及原审第三人合法权益。被上诉人在没有法律法规依据的情况下，要求上诉人及原审第三人依据2010年7月执行的《关于调整我市国有建设用地使用权出让金计收标准的通知》规定补缴土地出让金，违反合同法第六十二条第二款第（二）项规定，本案补交土地出让金应以原土地使用权出让合同时约定的土地均价标准计算。二、被上诉人作出的行政行为明显不当。1.2000年被上诉人在核准涉案工程项目时总建筑面积及确认总土地出让金时存在过错。根据恒安地产公司提交证据显示，涉案工程在申请规划许可证及签订土地出让合同时所提交的工程设计图载明的建筑面积为31840平方米，但是广州市规划局没有审查施工设计图的具体面积，导致颁发的《规划许可证》错误记载为22864平方米，故2010年原广州市规划局在对涉案工程超出《规划许可证》建筑面积作出《违法建设行政处罚决定书》，特意划分了“违建部分和瞒建部分”，适用不同的处罚标准。同理，广州市国规委没有认真审查施工设计图，导致签订合同的建筑面积与设计施工图纸的面积不符，故广州市国规委对此亦存在过错，但其在计算补缴土地出让金却没有区分“违建部分”以及“瞒建部分”，该计算标准不具合理性。2.恒安房地产公司在2006年曾申请调整土地出让金，但因客观原因没有办理成功，现广州市国规委要求上诉人按2014年计价标准计算土地出让金，广州市人民政府行政复议予以维持，涉诉的行政行为明显不当且不合理。原审判决认定事实不清，适用法律错误，请求二审法院依法撤销被上诉人涉诉行政行为，责令其重新做出。
原审第三人白云建设公司答辩称，恒安公司是涉案违建的建设方，所要补缴的土地出让金与我方无关，原审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求予以维持。
经审理查明，原审判决认定的事实清楚，且有相应证据予以证实，本院予以确认。
另查明，1999年4月1日，原广州市城市规划局向果树研究所、白云建设公司核发穗规建字（99）第186号《建设工程报建审核书》。同年4月28日，果树研究所、白云建设公司对涉案建设工程的施工设计图进行换图，图纸上未标明建筑面积。1999年5月27日，原广州市城市规划局修改上述《建设工程审核书》，内容为：审核报建项目商业住宅楼工程壹幢，地上12层，建筑面积19064平方米，地下1层，建筑面积3800平方米，并在审核意见第（十）项标注：“随案注销我局穗规建字［1998］第838号报建案批准的九层商业住宅楼。”同时附注第5点注明：本《建设工程报建审核书》和报建核准的施工设计图为《建设工程规划许可证》的附件和附图，建设单位应妥善保存。
1999年10月19日，原广州市城市规划局向果树研究所、市白云建设公司核发穗规建字（99）第186号《建设工程规划许可证》，该证记载建设工程的建设位置位于大金钟路西侧地段，建设规模地上12层,19064平方米，地下1层，3800平方米。并注明：有关施工设计图壹份十一张（建筑面积以本附图核计为准）。
2000年2月16日，恒安房地产公司、果树研究所和白云建设公司作为涉案地块的用地单位共同向广州市房地产估价管理所提交《广州市国有土地使用权出让金评估申请表》，申请对位于白云区新广从公路两侧、白云机场东侧的商业住宅建设项目按总建筑面积22864平方米(包括商业3000平方米，住宅16064平方米，人防地下室3800平方米)评估土地出让金。在拟建面积22864平方米中，果树研究所有5716平方米，白云建设公司有5716平方米，恒安房地产公司有11432平方米。
2000年2月23日，广州市房地产估价管理所作出收件编号为000041号《广州市国有土地使用权出让金评估报告》，对恒安房地产公司、果树研究所和白云建设公司在涉案地块项目上合作建房，以同路段商业、住宅标定地价为标准，分别按三方分成拟建面积及各自享有优惠文件规定计收土地出让金，其中：1.行政事业单位历史用地建生产经营性项目按标准地价50%计收，建住宅项目按标定地价10%计收，开发公司分成部分全额计收。2.根据穗府1996(125)号文的有关规定，高层住宅10-18层下调10%，调整后的楼层系数为0.96。涉案地块土地单价为调整后每平方米543元，调整后实收土地使用权出让金总额6208895元。
2006年6月19日，广州市房地产测绘所出具《委托商品房销售面积预算合同备案回执》，接受委托方恒安房地产公司和受托方广州市公信城市建设测量有限公司共同签订的关于云山锦绣家园雅筑苑预算项目的商品房销售面积预算委托合同备案。根据测字1112006604号《房屋面积预算（测算）成果报告书》，对穗规建字（99）第186号《建设工程规划许可证》所附建筑施工设计图纸测算的建筑面积是30500.25平方米。
2006年3月3日，果树研究所、白云建设公司、恒安房地产公司向原广州市国土房管局申请办理涉案地块的土地出让金评估，同年6月26日被退案，原因是：“该案为用地单位之间的分成面积调整，属交易行为。该地块已经领取《国有土地使用权证》，应去交易登记中心办理交易过户手续，在办理交易的过程中补交果树研究所自用部分的土地出让金。”2010年9月19日，恒安房地产公司向原广州市国土房管局申请办理涉案地块的已出让国有土地的土地出让金调整，2010年10月28日被退案，原因是：“恒安公司单独申请调整该项目土地出让合同，原合同受让方为果树研究所、白云建设公司和恒安公司，恒安公司需与其他受让方共同申请并明确各自分成建筑面积后，再申请办理相关手续。此案作退案处理。”2012年11月9日，恒安房地产公司、果树研究所、白云建设公司向原广州市国土房管局申请办理涉案地块的土地出让金评估，同年11月21日被退案，原因为：“原土地出让合同约定该项目总建筑面积22864平方米，三方建筑面积分成比例为50%：25%：25%，现三方单位申请办理已出让国有土地的土地出让金调整业务，三方建筑面积分成比例调整为85%：15%：0%。请先行到广州市交易登记中心办理土地使用权交易手续后，再申请办理调整土地出让合同。”2014年3月，恒安房地产公司、果树研究所、白云建设公司向原广州市国土房管局申请涉案地块土地出金调整。原广州市国土房管局经审核予以通过，于同年8月12日作出《关于签订广州市国有建设用地使用权出让合同(含变更协议)的告知函》，并附《广州市国有建设用地使用权出让合同变更协议》合同文本，根据穗规验证［2010］1036号《建设工程规划验收合格证》及《房屋面积测量成果报告书》测字110111508号，涉案地块建设项目建筑面积发生调整，需补缴土地使用权出让价款101394381元。
再查明，2000年4月29日，广州市国土局、广州市房地产管理局向恒安房地产公司核发穗房预字20000073号《广州市商品房预售许可证》，销售总建筑面积17148平方米共326套，有效期自2000年4月29日至2001年4月29日。2007年9月27日，广州市国土房管局向恒安房地产公司核发穗房预字第20000073-7号《广东省广州市商品预售许可证》，预售房屋建筑面积17148平方米326套。涉案建设项目开发的房屋自2000年开始对外销售，在2008年基本售罄。
以上事实有穗规建字(1999)186号《建设工程报建审核书》、《广州市国有土地使用权出让金评估申请表》、收件编号000041号《广州市国有土地使用权出让金评估报告》、测字111200604《委托商品房销售面积预算合同备案回执》及《房屋面积预算(测算)成果报告书》、穗房预字第20000073号《商品房预售许可证》、2006年6月26日《窗口办文退案通知书》、2010年10月28日《窗口办文退案通知书》、2012年11月21日《窗口办文退案通知书》及各方当事人在原审当庭陈述等证据证实。
本院认为，本案争议焦点是原广州市国土房管局在涉案《国有建设用地使用权出让合同变更协议》中确定涉案地块需补交土地出让金101394381元是否正确。
关于涉案《建设工程规划许可证》核准建筑面积与附图施工设计图建筑面积不符的问题。1999年5月27日，因果树研究所、白云建设公司对已通过审核报建的涉案建设项目施工设计图进行更换，原广州市城市规划局对涉案《建设工程报建审核书》修改，注销原报建批准的九层商业住宅楼，同意报建十二层设计商业住宅楼工程壹幢，建筑面积22864平方米，并以此依据核发涉案《建设工程规划许可证》。恒安房地产公司、果树研究所、白云建设公司作为涉案建设项目的建设单位，应清楚知道《建设工程规划许可证》中记载的建筑面积22864平方米与换图后施工设计图建筑面积3万多平方米不符，却隐瞒真实情况仍按换图前总建筑面积22864平方米向被上诉人申报评估土地出让金，违背诚实信用原则，导致涉案《建设工程规划许可证》核准建筑面积数额明显少于附图施工设计图实际建筑面积，恒安房地产公司、果树研究所作为建设单位应承担由此造成的相关法律责任。
关于恒安房地产公司在2006年、2010年、2012年先后三次向原广州市国土房管局申请土地出让金评估均作退案处理，延误办理国有土地使用权出让合同变更协议的问题。原建设部建规［2002］270号《关于加强国有土地使用权出让规划管理工作的通知》第四条规定：“受让人取得国有土地使用权后，必须按照《国有土地使用权出让合同》和建设用地规划许可证规定的规划设计条件进行开发建设，一般不得改变规划设计条件；如因特殊原因，确需改变规划设计条件的，应当向城乡规划行政主管部门提出改变规划设计条件的申请，经批准后方可实施。……”《广州市城市规划条例》(1997年4月1日施行，2014年失效)第三十八条规定：“建设工程经核发建设工程规划许可证后，确需修改立面、结构设计和变更使用性质、功能布局的，必须报原审批城市规划部门批准。”广州市国土房管局［2006］188号《关于进一步规范用地单位调整国有土地使用权分成份额有关问题的会议纪要》第二点规定：“关于已办理《国有土地使用证》的合建项目申请调整分成的。……出让合同已约定分成份额、已办理国土证的合建项目，用地单位申请调整分成的，按土地使用权交易的有关规定办理。”广州市《依法行政手册》(2005年修订版)规定已出让国有土地的土地出让金调整的收件资料需提交规划部门同意调整规划方案的批复及附图、规划局的建设工程规划验收合格证等材料。本案中，涉案建设工程项目系恒安房地产公司、果树研究所、白云建设公司合作开发建设，原广州市国土房管局按照三家建设单位约定分成份额的建筑面积数量对应各自享有优惠条件，分别计算出各方应缴土地出让金数额后，再确定应缴纳的土地出让金的总额。2006年至2012年，恒安房地产公司、果树研究所、白云建设公司曾先后三次共同或单独向原广州市国土房管局申请办理土地出让金评估，欲按照涉案施工设计图实际建筑面积调整土地出让金，实质上是对国有土地使用权出让合同约定的总建设面积、建筑容积率的调整，并对合作建房的三家建设单位的分成份额产生影响。根据上述规定及涉案《广州市国有土地使用权出让合同》的约定，如需要改变本合同规定的土地用途、土地使用条件和用地单位名称的，应当取得国土局和城市规划行政主管部门批准，涉及项目合建各方分成份额调整的需先进行土地使用权交易是调整土地出让金的前置审核条件。根据本案查明的事实，2006年恒安房地产公司等三家建设单位共同申请办理土地出让金评估，但当时对于调整的规划建设面积未经规划部门审核批准；2010年恒安房地产公司单独申请，且三家合作建设单位未明确建筑面积分成份额；2012年恒安房地产公司等三家公司共同申请时，三家合作建设单位间虽明确建筑面积分成比例调整，但未到广州市交易登记中心办理土地使用权交易手续，该三次申请均不具备迳直向原广州市国土房管局申请办理土地出让金评估继而签订国有土地使用权出让变更协议的条件，原广州市国土房管局对其三次申请以需明确合建方各自分成份额，去交易登记中心办理交易过户手续等原由进行退案，并无不当。且恒安房地产公司从未对上述三次申请被退案的行政行为表示不服，提出行政复议或行政诉讼。恒安房地产公司虽早在2006年就向原广州市国土房管局申请对瞒报实际建筑面积申请补交土地出让金，但未按照法定程序获得规划部门批准、未明确合作建设单位分成份额等自身原因导致申请不符合有关办理要求被退案，延误办理涉案建设工程项目国有土地使用权出让合同变更协议，应自行承担在这期间有关国有土地出让金政策发生调整对其利益造成重大影响的法律责任。
关于涉案建筑工程项目调整土地使用权出让合同总建设面积需补交土地出让金101394381元是否正确的问题。国土资源部国土资发［2010］204号《关于严格落实房地产用地政策促进市场健康发展的通知》第四条规定，经依法批准调整容积率的，市、县国土资源主管部门应当按照批准调整时的土地市场楼面地价核定应补缴的土地出让价款。穗府办［2010］35号文《转发市国土房管局关于调整我市国有建设用地使用权出让金计收标准的通知》的第二条第(十一)项第3点规定，已出让项目发生规划调整(含容积率增减、规划用途调整)，出让合同未约定调整校准的，协议出让项目(工业项目除外)建筑面积或建筑用途调整的，经营性用途按调整前后用途的当前基准地价标准计算总价差调整土地出让金。本案中，涉案建设工程项目的国有土地使用权出让合同和建设工程规划许可证的规划总建筑面积是22864平方米，2010年10月经工程验收测定项目总建筑面积为37662.4352平方米。建设单位恒安房地产公司、果树研究所、白云建设公司在依法定程序办理变更规划设计条件，确定建设工程项目合建各方分成份额调整后，于2014年3月7日向原广州市国土房管局提出申请地块补交土地出让金申请，并被同日受理。涉案地块的调整土地出让金标准计算依据穗府办［2014］12号《广州市人民政府办公厅关于土地节约集约利用的实施意见》应按照穗府办［2010］35号《转发市国土房管局关于调整我市国有建设用地使用权出让金计收标准的通知》(以下简称穗府办［2010］35号文)办理。因涉案地块在2000年签定国有土地使用权出让合同中未约定调整标准，原广州市国土房管局根据穗府办［2010］35号文的第二条第(十一)项第3点规定计收土地出让金。经评估审定，涉案地块现时基准地价商业用地为7169元，住宅用地为6896元，实际施工建设增加商业面积376.41平方米，住宅面积14312.06平方米，涉案地块按现时基准地价标准计收土地出让金调整额为101394381元正确。原广州市国土房管局作出的《关于签订广州市国有建设用地使用权出让合同(含变更协议)的告知函》认定事实清楚，法律依据正确，广州市人民政府在行政复议决定予以维持，并无不妥。广州市人民政府在行政复议审查过程中，在法定期限内作出《延长行政复议审查期限通知书》、超过法定审查期限作出《中止行政复议审查通知书》，及恢复复议案件审查等情况未及时依法向恒安房地产公司和果树研究所送达，复议审查过程中程序存在瑕疵，但未对恒安房地产公司合法权益造成实质损害，原审判决确认广州市人民政府作出涉案行政复议决定程序违法正确，应予维持。
恒安房地产公司主张涉案建设工程项目中属于瞒报建筑8976.11平方米应按2000年签订合同的土地出让金标准补交，属于5809.89平方米违章建筑已被广州市规划局行政处罚通过规划验收，不应再收取土地出让金的理由。因恒安房地产公司在对涉案建设工程项目进行开发建设过程中，擅自改变规划设计条件增加建筑面积，广州市规划局依法对该违法建设行为给予行政处罚。我国依法实行国有土地有偿有限期使用制度，应按规定缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费和其他费用后，方可使用土地。恒安房地产公司违反土地使用权出让合同的约定擅自增加建设工程项目的建筑面积改变土地容积率，恒安房地产公司作为建设单位在取得规划部门批准后，必须按照规定与原广州市国土管理局签定涉案地块土地使用权出让合同变更协议，对出让的总建筑面积数量进行调整，按照批准调整时的基准地价标准计算和补缴土地出让金后，才能合法使用，广州市规划局对违反规划设计违法建设进行处罚，并不能免除建设单位为获得土地合法使用缴纳土地出让金的义务。故恒安房地产公司的上述理由不能成立，不予支持。
综上，原审判决认定事实清楚，适用法律正确，予以维持。上诉人的上诉请求，没有事实和法律依据，本院不予支持。依照《中华人民共和国行政诉讼法》第八十九条第一款第（一）项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费50元由上诉人广州市恒安房地产开发有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 杨立志
审 判 员 杨 芳
审 判 员 石晓利
二〇一七年六月三十日
法官助理 张禄林
书 记 员 陈土飞