新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）新28民终66号
上诉人（原审被告、反诉原告）：巴州润疆沃华农业种植专业合作社。住所地：尉犁县。
法定代表人：李世军。
委托代理人：阿里木江·买买提，尉犁县尉犁镇法律服务所法律工作者。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：李明，男，汉族，1984年11月27日出生，个体户，住库尔勒市。
委托代理人：陈小芹，新疆君和信律师事务所律师。
原审被告（反诉原告）：李世军，男，汉族，1962年6月15日出生，巴州润疆沃华农业种植专业合作社法定代表人，住尉犁县。
原审被告（反诉原告）：李秋蓉，女，汉族，1967年10月10日出生，巴州润疆沃华农业种植专业合作社成员，住尉犁县。
两原审被告（反诉原告）的委托代理人：阿里木江·买买提，尉犁县尉犁镇法律服务所法律工作者。
原审第三人：青海西域老农黑枸杞种苗有限公司。住所地：青海省海西蒙古族藏族自治州格尔木市园艺公司东四公里处。
法定代表人：曾涛，该公司总经理。
上诉人巴州润疆沃华农业种植专业合作社因与被上诉人李明，原审被告（反诉原告）李世军、李秋蓉，原审第三人青海西域老农黑枸杞种苗有限公司种植回收合同纠纷一案，不服尉犁县人民法院（2016）新2823民初820号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年1月10日立案后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人巴州润疆沃华农业种植专业合作社、原审被告（反诉原告）李世军、李秋蓉的委托代理人阿里木江·买买提，被上诉人李明及其委托代理人陈小芹到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
巴州润疆沃华农业种植专业合作社上诉请求：1、依法撤销尉犁县人民法院（2016）新2823民初820号民事判决第一项，支持上诉人一审中的反诉请求。理由是：1、被上诉人李明向上诉人支付的承揽费数额有误，多认定了4万元；2、被上诉人还应支付上诉人代育苗费36.652万元，而不是一审认定的29万元；3、被上诉人未按约定支付全部育苗前期费用，上诉人无法按要求进行管理，也是苗木死亡的原因之一。一审只考虑了上诉人的违约情况，没有考虑被上诉人先行违约和被上诉人的实际损失，就认定上诉人承担20万元违约金，有违客观事实和法律依据。综上，一审认定事实不清，适用法律不当，判决错误。请二审法院依法公正处理，以维护上诉人的合法权益。
李明答辩称：一审法院认定事实清楚，适用法律正确。请二审法院驳回上诉，维持原判。
李明向一审法院起诉请求：1依法判令被告立即配合原告提苗；2、依法判令被告赔偿损失40万元（暂定，以鉴定结论为准）；3、依法判令被告向原告支付违约金20万元。
巴州润疆沃华农业种植专业合作社一审反诉请求：1、判令反诉被告李明偿付代育苗木费用29万元；2、判令反诉被告李明赔偿反诉原告经济损失5万元。
一审法院认定事实如下：一、关于双方争议的《黑枸杞苗代育合同》和补充协议的合同主体。合作社、李秋蓉、李世军提供了2015年9月16日合作社与西域老农公司签订的《黑枸杞苗代育合同》，该份合同包括合同封面1页（加盖青海西域老农黑枸杞种苗有限公司合同专业章）及合同正文5页，合同甲方为青海西域老农黑枸杞种苗有限公司，乙方为巴州润疆沃华农业种植专业合作社，合同共十三条。其中第一条内容为：代育面积及地点，”乙方提供育苗面积为贰亩温室大棚壹拾贰栋，占地肆拾亩，地点：尉犁县团结乡东海子村润疆沃华农业种植专业合作社大棚基地（东海子村委会对面）”。该合同甲方落款处有授权代表严武的签名及加盖该公司合同专用章，乙方落款处有授权代表李秋蓉的签名并加盖该合作社的公章，签订时间为2015年9月16日。庭审中本案第三人的委托代理人严武对该证据的真实性予以认可，本院对真实性予以认可。
另外，李明和合作社、李秋蓉、李世军均提供了2015年11月21日《补充协议》，该协议系由上述空白的《黑枸杞苗代育合同》正文的第5页落款下方另行打印的半页文本的基础上形成，共2页八条内容，李秋蓉在乙方签字落款处签名，并由李秋蓉代李世军签名，乙方地址为团结乡东海子村村委会对面，李明在甲方签字落款处签名，严武在供苗方落款处签名，而《代育苗合同》的甲方为青海西域老农黑枸杞种苗有限公司，乙方为巴州润疆沃华农业种植专业合作社。另合作社、李秋蓉、李世军提供了尉犁县工商局出具的合作社的营业执照及《合作社基本情况》、《组织机构情况》等证据显示，李世军系该合作社法定代表人、李秋蓉系该合作社投资人、成员，任合作社监事，庭审中李世军对李秋蓉代合作社及本人与李明签订《补充协议》的行为予以认可；李明也持有《代育苗合同》，虽然《代育苗合同》并非系李明与合作社签订，但补充协议约定”依据《代育苗合同》第一款”，故李明对代育苗合同的乙方为合作社是明知的，因此，综合可以认定《补充协议》的乙方应为合作社。
二、关于代育苗的数量：李明提供的《补充协议》第3条关于苗木的数量系在空白处填写”88”万株和”捌拾捌万株”（并捺印），李明称苗木为88万株；而合作社提供的《补充协议》第3条关于苗木的数量填写的是”88”万株和”捌拾万株”，合作社称苗木数量为80万株；庭审中，李明称合作社持有的《补充协议》中”捌拾万株”是其填写系笔误，李秋蓉称李明持有的《补充协议》中”捌拾捌万株”系自己填写；新疆农林牧司法鉴定所的《鉴定意见书》显示，根据抽样方法计算出来大棚内的苗木数量为855074株，棚外清理出的苗木株数14239株，合计869313株。另李明提供了向林业部门申请的两份《植物检疫要求书》显示，两批黑枸杞苗数量各50万株合计100万株，《补充协议》系在移栽后2015年11月21日才订立，苗木数量应高于80万株。故本院认定，该《补充协议》第3条约定的苗木数量为88万株。
三、关于成活率的约定。《补充协议》第5条约定”乙方负责管理好苗，一共2车，第一车在3号棚和10号棚，乙方保证成活率85%，第2车在2号棚8号棚，保证成活率在百分之（空白）”，李明提供的《补充协议》第5条下方由李明添加了手写”前两棚”，合作社提供的《补充协议》第5条下方由李秋蓉手写”按实际树苗计算（出棚时点数）”，因此，双方对第3号和第10号的成活率的约定均无异议为85%，对第2号和第8号棚的成活率约定不明确。
四、关于李明已支付的育苗费的数额。李明提供了李秋蓉出具的金额为11万元的2份收据，及2015年10月22日聂江龙出具的1万元收条，称其代合作社订购育苗袋且将订购费用1万元直接支付给聂江龙用以抵作育苗费，另通过严武给李秋蓉支付了3万元育苗费，合计已支付给李秋蓉育苗费15万元。李秋蓉仅认可收到育苗费11万元，其余育苗费不予认可。本院结合聂江龙出具的收据、鉴定机构出具的鉴定意见及李明提供的公证书所附的照片、李秋蓉给李明出具的两份合计11万的收据的收款名称为”移栽苗费用”和严武的陈述等证据，查明公证书所附的照片显示合作社在大棚内培育枸杞苗时使用了育苗袋，李明支付了工人移栽苗木的工资11万元由给李秋蓉出具收据并作为育苗费的情形，本院认定李明支付聂江龙的育苗袋费用1万元折抵其育苗费符合实际；另外，李秋蓉当庭认可其收到严武支付的3万元但称与本案无关，而严武在庭审中称其支付给李秋蓉的3万元系李明支付，故本院认定该3万元作为李明支付合作社的育苗费。综上，故本院认定李明已支付合作社育苗费合计15万元。
五、关于李明的损失。李明起诉称黑枸杞苗死亡造成的直接损失暂定40万元（包含购买枸杞苗的费用及育苗的费用）。为确定该损失，李明申请司法鉴定。经本院委托新疆农林牧司法鉴定中心鉴定，该鉴定中心2016年5月16日出具的鉴定意见为：依据近期黑枸杞市场价格结合本案苗木质量确定本案黑枸杞苗的价值，经市场询价，一年生黑枸杞苗价格0.2-0.6元/株不等，本案黑枸杞苗为温室再育苗，苗体较大，按平均0.4元计算其价值。即损失价值为：210478万株×0.4元/株=84191.2元。李明对该鉴定意见不服，认为损失既未包含购买苗木的费用亦未包含育苗费用，而其购苗费用为4元/株，其育苗的目的也不是为了出售而是为了自己栽种，鉴定机构却按照2016年5月苗木出售价计算损失，该鉴定意见不客观故不予认可。李明提供了与第三人西域老农公司的代理人严武签订的《黑果枸杞种苗采购合同》及严武出具的三份金额为200万元收条，证明其向第三人购买黑枸杞主胚苗的费用为4元/株，90万株枸杞苗合同总价360万元，另本院查明李明和合作社提供的《补充协议》第6条约定”这批苗子总价值300万左右”，故本院对于李明的关于死亡苗木的损失计算不宜以鉴定意见为唯一依据。
六、关于合作社的损失。合作社称因李明未在2016年4月30日前腾出大棚造成其后续不能使用大棚种植蔬菜的损失5万元，但未提供证据证明该5万元的损失是如何构成，且结合李明提供的尉犁县公证处的《公证书》所附的2016年4月19日拍摄的照片的证据，本院查明大棚内在枸杞苗中间合作社育有较大面积的蔬菜苗，故对合作社主张的损失及其数额不予认定。
另查明：2013年2月6日，经尉犁县工商行政管理局同意预先核准巴州致胜未来农业种植合作社成立，其设立人包含李秋蓉，李秋蓉投资100万元，投资比例为6.67%。2014年2月20日，经尉犁县工商行政管理局核准，巴州致胜未来农业种植合作社的名称变更为巴州润疆沃华农业种植专业合作社，名称变更在换发营业执照后生效。2014年8月19日，经尉犁县工商行政管理局核准巴州润疆沃华农业种植专业合作社，合作社的经营范围为：农作物种植，为本社成员提供农业生产资料的购买、农产品的销售、贮藏以及农业生产经营有关的技术、信息服务。该合作社的法定代表人为李世军，李秋蓉系该合作社监事，合作社注册资本1500万元，投资人15人包含李秋蓉，李秋蓉的投资额为100万元，投资比例6.67%。
2015年9月16日，第三人西域老农公司的授权代理人严武与合作社成员李秋蓉签订《黑枸杞代育苗合同》一份，其合同第一条为：”乙方提供育苗面积为贰亩温室大棚壹拾贰栋，占地肆拾亩，地点：尉犁县团结乡东海子村润疆沃华农业种植合作社大棚基地（东海子村委会对面）”。依据该合同，西域老农公司提供种苗或种子由合作社给其代育苗木。
2015年9月1日，李明作为购苗方和甲方，西域老农公司作为供苗方和乙方，双方分别由李明和严武签订了《黑果枸杞种苗采购合同》一份，约定：购苗名称为主胚苗，数量为90万株（备注：”以实际数量为准”），单价4元，合计金额360万元，合同价格包括苗木本身价格、挖取、土球包扎、装车、办理苗木检疫证、运输证费用，不包含二次包装费、运输费用；苗木质量要求为一年生实生苗；交付地点为尉犁县，交货期限在2015年11月20日前或按甲方提前10天通知的时间交货。”
2015年9月17日、2015年10月7日左右，西域老农公司给李明提供的第一车和第二车黑枸杞苗运到位于尉犁县团结乡东海子村委会对面的合作社内，由合作社先后将两车枸杞苗移栽至合作社的4座大棚内，其中第一车苗移栽至第3号棚和第10号棚内，第二车苗移栽至第2号和第8号棚内。
2015年11月21日，李明与李秋蓉签订《补充协议》一份，该协议内容为：”经甲乙双方共同协商签订以下条款。1、甲方就九月签订的代育苗合同之第一款，乙方提供的十二座温室大棚中的四座大棚用于代育一年生苗。2、甲方提供由青海格尔木的一年生苗运到乙方大棚基地，由甲方负责卸到乙方指定的地点，费用由甲方提供。3、每棚盛放苗木的数量大约为20万，合计88万（大写捌拾捌万株，手写及捺印）（因为冬季生炉子还要占用地方）。4、每棚的费用按10万元。付款方式：甲方把苗木运到乙方大棚基地给付乙方每棚伍万元的前期费用。其余费用逐步结算，在苗木出棚前全部结清。5、乙方负责管理好苗，一共2车，第一车至3号棚，乙方保证成活率百分之85，第二车在2号棚、8号棚，保证成活率百分之（空白）。6、这批苗总价值300万左右。7、违约责任：甲方如未按期付款，乙方把苗子管理好，把4个大棚剩余空地培育上穴盘苗，保证成活率，如违约赔偿对方总造价的三十；苗木的管理参照以上的代育合同条款。”
在李明与李秋蓉签订《补充协议》时，双方系在空白的《黑枸杞苗代育合同》的末页下方打印，协议共2页，严武作为供苗方在该协议上签名，李秋蓉在乙方落款处签名，并代李世军签名。空白的《黑枸杞苗代育合同》首页的合同甲方为西域老农黑枸杞种苗有限公司，乙方为润疆沃华农业种植合作社。
上述合同签订后，李明已支付李秋蓉育苗费15万元。2016年4月中旬，李明要求李秋蓉配合其提苗，但李秋蓉以李明未付清育苗费为由，不同意李明提苗。为此，李明向本院提起诉讼，要求被告李秋蓉、李世军赔偿其损失、承担违约责任，并以2016年4月底之前需移栽黑枸杞苗至地里栽种、否则错过农时再移栽会造成枸杞苗木死亡为由，于2016年4月25日增加诉讼请求，要求李世军、李秋蓉配合提苗。李明于2016年4月18日申请本院对枸杞苗的死亡原因及损失进行鉴定。
因李明申请对4个大棚内的黑枸杞苗死亡原因和造成的直接损失进行司法鉴定，本院依法委托新疆农林牧司法鉴定中心对上述申请事项进行鉴定。该鉴定中心于2016年5月11日、12日、15日进行了现场勘察，并于2016年5月16日出具鉴定意见。
鉴定中心经检验其有关情况如下：1、涉案黑枸杞苗生长在4个日光温室，即2、3、8、10号温室。采取营养钵育苗，有三种营养钵，一种园台形直径8厘米高8厘米；一种长桶形直径6厘米高15厘米；另一种小园台形直径6厘米告6厘米，内装配制的专用营养土，黑枸杞幼苗栽植其中培育生长。温室内枸杞苗长势一般，苗高35-110厘米，茎粗0.2-0.6厘米，有独干的，也有多干丛状的，苗干多的2-6个不等，高低差距大，有的苗已倒伏，苗与苗缠绕交织在一起，靠后墙部分苗长势差，苗小、死亡多，靠中部和前部苗长势好，成活多、苗大苗高；温室内采取管道畦灌方式，有的小畦有积水，靠后墙部分枸杞苗常常积水时间长。2、各温室大棚枸杞苗成活情况为：2号温室成活率66.38%，检测总株数2219株，其中死亡株数782株、成活株数1437株；3号温室苗木成活率74.54%，其中检测总株数5574株，其中死亡株数1419株，成活株数4155株；8号温室苗木成活率43.25%，检测总株数2400株，其中死亡株数1362株，成活株数1038株；10号温室苗木存活率56.74%，检测总株数2852株，其中死亡株数1387株，成活株数1465株。3、四个温室现有实际成活总株数为530573株；按四个温室实际死亡株数算总损失株数：855074万株×（85%-62.05%）+14239株（管理中曾清理出的株数）=196239万株+14239株=210478株；4、损失价值：根据近期黑枸杞苗市场价结合本案苗木质量确定本案黑枸杞苗的价值，经市场询价，一年生黑枸杞苗价格0.2-0.6元/株不等，本案黑枸杞苗为温室再育苗，苗体较大，按平均0.4元计算其价值。
该鉴定中心的鉴定意见为：李世军、李秋蓉、润疆沃华农业种植专业合作社给李明育苗的4个温室大棚（2号、3号、8号、10号）的黑枸杞苗的死亡原因是栽植前幼苗本身质量差所导致，为主要原因，占原因份量的65%，其次管理上不到位也是原因之一，占原因份量的35%。造成的直接损失为死亡210478万株，损失价值84191.2元。
因李明及合作社、李秋蓉、李世军均对《鉴定意见书》提出异议，李明申请鉴定人员出庭。经本院通知本案鉴定人员高级农艺师于强出庭接受质询，于强出庭并对双方提出的异议问题一一做出了解答。其中，对鉴定结论苗木损失解答为：”该损失没有包含购苗费用和育苗费用的损失，因为该损失鉴定机构没有办法鉴定，也不需要鉴定机构鉴定”。
经李明申请先予执行其关于李秋蓉、李世军配合提苗的诉讼请求，本院于2016年5月16日裁定如下：被告李明、李秋蓉、李世军、专业合作社立即配合李明提苗，即为李明代育和管理的位于尉犁县团结乡东海子村的2号、3号、8号、10号大棚内的全部黑枸杞苗。2016年7月1日左右，李明已将大棚内的黑枸杞苗全部提苗完毕。
另查明，由西域老农公司提供了枸杞种子，由合作社为西域老农公司另行在其合作社的其他大棚内进行了育苗。
一审法院认为：本案为承揽合同纠纷。本案本诉部分的争议焦点为：合同主体问题及李明主张的损失及违约金的认定。本案反诉部分的争议焦点为：李明应支付的代育苗的费用及合作社损失的认定。
一、关于合同主体。依据本院查明的事实，李世军为该合作社的法定代表人、李秋蓉为该合作社的监事、成员，2015年11月21日李明与李秋蓉签订《补充协议》，并由李秋蓉代李世军在协议乙方落款处签名，李世军对李秋蓉代签行为予以认可，其后果及于该合作社；李秋蓉在协议乙方处签名，其身份为合作社成员、监事，其签名的行为系职务行为，《补充协议》的一方当事人为合作社，由该合作社对外承担民事责任。李秋蓉作为合作社成员，依据《中华人民共和国农民专业合作社法》第五条之规定，农民专业合作社成员以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对农业专业合作社承担责任。上述《补充协议》系当事人的真实意思表示，不违反法律规定，合法有效，当事人应当全面履行合同。
严武与李明之间签订了《黑果枸杞种苗采购合同》，该采购合同的乙方为西域老农公司即供苗方。2015年9月16日，合作社作为乙方与作为甲方的西域老农公司签订了《黑枸杞苗代育合同》，严武是作为甲方的授权代表在合同中签名，李秋蓉代表合作社在合同中签名，并加盖了合作社公章；故李秋蓉在与李明签订《补充协议》时，对严武的身份是明知的，该《补充协议》上虽然由严武签署了”供苗方：严武”，但并不意味西域老农公司就是《补充协议》的一方当事人，西域老农公司与本案无直接利害关系。
二、李明损失及违约金的认定。《合同法》第一百零七条规定，”当事人一方对不履行合同义务或履行义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任”。《合同法》第一百一十四条第一款之规定，”当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失的赔偿额的计算方法”。
依据鉴定中心的鉴定意见，”4个温室大棚（2号、3号、8号、10号）的黑枸杞苗的死亡原因是栽植前幼苗本身质量差所导致，为主要原因，占原因份量的65%，其次管理上不到位也是原因之一，占原因份量的35%”。据此意见，合作社因其管理不善造成了代育的枸杞苗死亡，已违反了合同约定，应承担相应的违约责任。
违约金的性质为弥补损失，本案当事人双方已就违约造成的损失约定了计算方法，在合作社违约时，李明可以选择要求对方当事人承担违约金或赔偿损失，但李明既主张对方承担违约金20万元又主张对方赔偿损失40万元，不符合法律规定。
李明主张的损失系包含了购买枸杞苗和育苗费的损失，但鉴定意见所指的损失是2016年5月同期市场黑枸杞苗的销售价，故申请鉴定的事项与实际鉴定的事项概念不同，本院对鉴定机构对李明的损失仅计算了同期苗木销售的价格8491.2元的意见不予采纳。由于李明与合作社签订的《补充协议》第6条约定，该批苗木的总价值约300万（元）左右，依据鉴定意见确定死亡的苗木数量为210478株，占育苗总数869313株的24.21%，若按购买总价计算损失为300万元×24.21%=72.63万元，该损失尚不包括育苗的费用。但合同双方对苗木的成活率有相关约定，若达到约定的成活率时，则对方不必承担死亡苗木的损失。依据本院认定，双方对第3号和第10号棚的成活率约定为85%，对第2号和第8号棚的成活率未约定，虽然李明主张第2号和第8号棚的成活率也应该为85%、否则育苗费不会高达每棚10万元，但合作社对该成活率不予认可，李明的推测无其他证据予以佐证，本院不予采纳。依据鉴定意见，第3号棚和第10号棚的成活率均未到达双方约定的85%，故依据双方签订的《补充协议》第7条第一项的约定，”甲方如未按期付款，乙方把苗子管理好把4个大棚剩余空地培育上穴盘苗，保证成活率，如违约赔偿对方总造价的百分之三十”，合作社未提供证据证明其按约定”在剩余空地上培育穴盘苗，保证成活率”，故合作社已违反合同关于第3号大棚和第10号大棚成活率的约定。本院认为，确定李明损失不但要考虑购买价和育苗费用的因素，还要考虑双方约定的出苗率与死亡数量的关系，鉴定意见单纯以出苗时苗木的销售价计算损失的意见也不具有客观性，但对李明死亡苗木的损失额确实不便于计算，本院亦无法确定李明死亡苗木的损失额，即便李明选择要求对方赔偿损失，因其损失额无法确定，本院亦无法支持。
按照《补充协议》约定，”这批苗子总价值300万左右”、”违约赔偿为总造价的30%”，即违约金约为90万元，李明仅主张20万元的违约金，已远远低于合同的约定，符合法律规定，本院予以支持。合作社抗辩称李明不及时支付育苗费违约在先，其仅承担因管理不善导致的损失84191.2元的20%的赔偿责任。本院认为，双方在《补充协议》中约定”甲方如未按期付款，乙方把苗子管理好把4个大棚剩余空地培育上穴盘苗，保证成活率，如违约赔偿对方总造价的30%”，故即便李明未能按约定及时支付育苗费，合作社也应保证成活率，且合同履行的内容及性质系管理苗木，合作社应尽到妥善管理义务，不能因育苗费未及时全部到位就减轻其妥善管理苗木的义务，否则管理不善将对苗木造成较大的损害及对方的损失。综上，本院对合作社的该抗辩不予采纳。
三、代育苗费用及合作社损失的认定。合作社、李秋蓉、李世军主张由李明支付其全部育苗费40万元，扣除已支付的育苗费11万元，还应支付其29万元育苗费；李明抗辩称，李秋蓉、李世军为其代育苗过程中管理不善、苗木大量死亡、没有达到约定的成活率故不应当按照约定支付每棚10万元的育苗费。本院认为，李明与李秋蓉约定第3号和第10号棚苗木的成活率为85%，实际成活率分别为74.54%和56.74%；依据鉴定意见，管理不善的原因导致棚内苗木死亡的原因力占比35%，故依据《合同法》第一百一十一条的规定，李明可以合理选择要求减少价款的违约责任，由于《补充协议》无关于未达到成活率时如何处理育苗费的约定，李明抗辩不按合同约定的每棚10万元支付育苗费，其真实意思系减少育苗费，其抗辩符合法律规定，本院予以采纳。本院依据鉴定意见确定的管理不善原因力占比，减少第3号大棚和10号大棚育苗费20万元的35%即7万元育苗费，两个大棚的育苗费应为13万元。对于第2号和第8号大棚的育苗费，双方未明确约定成活率，对其是否违约不能确定，但依据鉴定意见也存在合作社管理不善造成苗木死亡的情形，2号和8号大棚的成活率分别为66.38%和43.25%，故对合作社主张的育苗费，本院酌情扣减2号和8号大棚的育苗费20万元的20%即4万元。以上合计扣减育苗费11万元，李明合计应支付合作社育苗费29万元，扣除李明已支付育苗费15万元，李明还应支付合作社剩余育苗费14万元。
合作社称因李明未在2016年4月30日前腾出大棚造成其后续不能使用大棚种植蔬菜的损失5万元，但未提供证据予以证明，应承担不利的后果；且结合李明提供的尉犁县公证处的《公证书》所附的2016年4月19日拍摄的照片，本院查明大棚内枸杞苗中间育有较大面积的蔬菜苗，故对合作社主张的5万元损失，本院不予支持。
另李明已全部提取了合作社大棚内合作社代育的苗木，对其主张由李秋蓉、李世军、合作社配合其提苗的诉讼请求，无需判决。
综上，依照《中华人民共和国民法通则》第一百零八条、《最高人民法院关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见（试行）》第五十八条、《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十一条、第一百一十四条之规定，遂判决：一、被告巴州润疆沃华农业种植专业合作社于本判决生效后三日内支付原告李明违约金20万元。二、驳回原告李明的其他诉讼请求。三、反诉被告李明于本判决生效后三日内支付巴州润疆沃华农业种植专业合作社育苗费14万元。四、驳回反诉原告巴州润疆沃华农业种植专业合作社其他诉讼请求。本诉诉讼费减半收取4900元，由原告李明承担3283元，由被告合作社承担1617元；鉴定费18000元（包括鉴定人员出庭差旅费800元），由原告李明承担12000元，被告合作社、李秋蓉承担6000元。反诉诉讼费3200元，由反诉原告合作社、承担1883元，由反诉被告李明承担1317元。
二审中，双方当事人未提交新证据。二审查明与认定的事实与原审相同。
本院认为：合同的双方当事人应当依照诚信原则全面履行各自的合同义务。本案中对双方在履行合同中被上诉人应向上诉人支付的育苗费的数额及上诉人应向被上诉人承担的违约金即损失的数额认定问题，结合在卷证据和一二审庭审调查等综合情况，本院认为，一审认定被上诉人应向上诉人支付育苗费29万元，实际已支付15万元，还应支付上诉人剩余育苗费14万元，并无不当。首先，被上诉人向上诉人已支付15万元育苗费，来源于11万元、1万元、3万元的三组证据，该三组证据结合案情实际能够形成证据链。上诉人上诉称，一审多认定了3万元的理由不成立；其次，一审认定被上诉人应向上诉人支付育苗费29万元，来源于双方签订的《育苗合同》、《鉴定意见书》，依据合同约定的四个大棚应支付的育苗费、大棚内应保证苗木的成活率，结合《鉴定意见》中鉴定的四个大棚内苗木的实际成活率以及”管理不善的原因导致棚内苗木死亡的原因力占比35%”并综合案件实际情况考量而得出的数额，该数额认定并无不当。上诉人上诉称被上诉人还应支付上诉人代育苗费36.652万元的上诉理由不成立。另，一审认定被上诉人的损失（即违约金）20万元是否适当，即与被上诉人的实际损失是否相当的问题，本院认为，双方签订的《补充协议》约定”这批苗子总价值300万左右”、”违约赔偿为总造价的30%”。按照双方认可的共计88万株苗木计算，每株价值为3.40元。按照鉴定死亡株数210478株计算，死亡株数价值为715625.20元。结合《鉴定意见》中”管理不善的原因导致棚内苗木死亡的原因力占比35%”的比例计算，上诉人应承担的实际损失大概在25万元左右。因此，一审认定被上诉人的损失（即违约金）20万元并无不当。上诉人的该项上诉理由亦不成立。综上，上诉人的上诉理由均不能成立，对其上诉请求，本院不予支持。故依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费元5448元，由上诉人巴州润疆沃华农业种植专业合作社承担。
本判决为终审判决。
审判长 薛 文 敏
审判员 杨 奇 志
审判员 东格日甫
二〇一七年三月二十九日
书记员 杜 肇 振