广东省广州市天河区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）穗天法民四初字第1090号
原告：广州市粤垦房地产开发有限公司，住所地广东省广州市天河区。
法定代表人：王仲伍，该司执行董事。
委托代理人：陈菁华、邓富妮，均系广东天胜律师事务所律师。
被告：广东省燕塘企业总公司，住所地广东省广州市天河区。
法定代表人：张明伟。
原告广州市粤垦房地产开发有限公司（下简称粤垦公司）诉被告广东省燕塘企业总公司（下简称燕塘公司）建设用地使用权转让合同纠纷一案，本院立案受理，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告粤垦公司的委托代理人邓富妮、陈菁华到庭参加诉讼；被告燕塘公司经本院合法传唤，没有到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告粤垦公司诉称：2001年2月13日，原告与被告签订《合作开发“侨燕某乙”协议书》；2003年6月17日，双方又签订《<合作开发“侨燕某乙”协议书>补充协议》。上述协议约定双方合作开发燕某甲橡胶厂地块“侨燕某乙”A栋商住楼项目，其中被告提供历史用地，原告负责全部经营活动及其所需资金，原、被告双方按照76.8%：23.2%的比例分配所建成的物业（可销售建筑面积）。2004年，因开发受阻、项目推进困难，双方又签订了《<合作开发“侨燕某乙”协议书>补充协议二》，明确约定被告不参与投资、经营，不承担项目风险，并可收取不低于31448389元保底收益，且协议明确约定了被告取得项目收益大于或等于项目总收益的款项（31448389元）之日，双方合作开发“粤垦绿苑”项目的全部协议终结，被告无权再向原告或项目提出任何要求。协议签订后，被告通过销售房屋获得14689676元，并通过向广州市东沙农村信用合作社抵押所分配的其余房屋获得20500000元贷款，该笔贷款由原告在2006年8月代被告归还后涂销了抵押登记。因此，被告已获得了超过《<合作开发“侨燕某乙”协议书>补充协议二》约定的全部补偿，被告对合作项目不再享有任何权益，“粤垦绿苑”项目的土地使用权依法归原告所有。综上，粤垦绿苑项目由原告和被告合作开发，被告不承担经营风险，且享受固定利润，该合同实际是名为合作开发、实为土地使用权转让，且被告现已取得全部固定利润，对合作项目不再享有任何权利，所涉土地使用权应归原告所有。原告特向法院起诉，请求法院判令：一、确认《合作开发“侨燕某乙”协议书》、《<合作开发“侨燕某乙”协议书>补充协议》及《<合作开发“侨燕某乙”协议书>补充协议二》合法有效；二、被告在广州市天河区沙河路燕某甲橡胶厂地段（第二期）“粤垦绿苑”项目占有土地使用权解封后将土地使用权过户登记至原告名下；三、被告承担本案的全部诉讼费用。
被告燕某甲公司未到庭参加诉讼，庭后辩称：被告的现任法定代表人是2013年才接手燕某甲公司，对于被告与原告合作开发涉案项目并无参与。由于被告已经换过几次负责人，而本案相关情况是在现任法定代表人接手前发生，所以被告现任法定代表人对具体情况并不了解。据了解本案所涉的土地使用权一部分已抵押给银行，另一部分已卖给案外人，而由于抵押部分原告已向银行还款及办理涂销抵押，所以对于原告起诉要求确认相关土地使用权为原告所有，被告对此无异议。
经审理查明：2001年2月13日，燕某甲公司（甲方）与粤垦公司（乙方）签订《合作开发“侨燕某乙”协议书》，约定双方就合作开发原燕某甲橡胶厂土地建设商品住宅问题达成协议，原本项目由甲方与农垦华侨实业总公司签订“合作开发‘侨燕某乙’协议书”，现按农垦总局要求华侨总公司退出，乙方加入本项目，有关华侨总公司已投入该项目的资金以及其涉及到本项目的债权、债务和有关的合同等，全部由乙方负担，与甲方无关；利用原燕某甲橡胶厂厂区范围红线图土地约8860平方米，开发建设“侨燕某乙”A栋28层商住楼，建筑面积约48018平方米，及一幢配套幼儿园，建设面积约1600平方米，最终面积以政府有关部门批准为准；项目建成后，原建设面积29888平方米，甲、乙双方按30%：70%比例分成，增加面积18130平方米，甲、乙双方按20%：80%比例分成，即甲方分得面积12592.4平方米，乙方分得面积35425.6平方米（最终面积以规划部门批出的报建图为准）；双方所分得房产实物，各拥有产权，自留、租赁或出售由各方自行处理；甲方负责提供该项目合法的建设用地及有关历史用地资料，并协助乙方办理征地的相关手续；甲方负责按所得房产比例按时交纳该项目所实际发生的相关税费（包括土地出让金、市政配套费、物业房屋维修基金及配套幼儿园的建设费用），其中应分担的土地出让金从甲方分得房产面积中按每平方米3800元作价，等值抵扣给乙方；乙方负责办理征地、报建等建设的有关手续；乙方负责组织投入该项目及配套设施所需的除上述应由甲方投入费用外的所有开发税费及工程建设费用；乙方负责组织该项目的规划、设计及施工管理；乙方负责自身分得房产销售及无偿代甲方办理售房有关手续；本项目未经双方同意，任何一方不能将该项目转让（包括与第三者合作）或单方终止合同，否则视为违约；如一方违约，违约方应加一倍赔偿守约方已发生的经济支出（甲方土地视同已发生的经济支出）等。
2003年6月17日，燕某甲公司（甲方）与粤垦公司（乙方）签订《<合作开发“侨燕某乙”协议书>补充协议》（下简称《补充协议》），约定在双方于2001年2月13日签订的《合作开发“侨燕某乙”协议书》的基础上，双方就房产分配问题，经友好协商，签订补充协议；甲方为支持乙方解决开发困难，在省农垦总局的协调下，同意将原协议书双方的分配比例从26.2%：73.8%调整为23.2%：76.8%；甲乙双方按本补充协议的房产分成比例各自分担相关税费，包括土地出让金、市政配套费、物业房屋维修基金及配套幼儿园的建设费用；除本补充协议已调整部分外，仍执行2001年2月13日所签订的协议；本补充协议为协议的补充，与协议具有同等法律效力等。
2003年9月11日，广州市国土资源和房屋管理局向粤垦公司核发了《广东省广州市商品房预售许可证》（编号：穗房预字第20030146号），显示开发企业名称为粤垦公司，项目名称为粤垦绿苑，项目座落天河区沙河燕某甲橡胶厂地段（第二期）；预售房屋建筑面积44274平方米547套，其中住宅37800平方米432套，地下第一层商场1474平方米13套，地下第二、三层汽车库5000平方米102套；土地使用权证号为穗府国用（2002）字第特76号，用途为商品住宅，预售房屋栋号及层数为27层，发证时各栋已建层数为框架封顶；该土地使用权出让年限从2001年9月4日起计算，住宅用地70年，商业用地40年，工业用地50年，其它用地50年；买卖合同编号为2003053728-2003054274；有效期自2003年9月11日至2004年9月11日（过期无效）。
2003年9月18日，燕塘公司向广州市房地产登记所作出《房产物业分割权属证明书》，内容为燕塘公司与兄弟单位粤垦公司合作开发建设的位于天河区沙河燕塘橡胶厂（第二期）地段的“粤垦绿苑”高层商住楼项目（商品房预售许可证编号：穗房预字第20030146号）；根据双方签订的《补充协议》约定分割比例为燕某甲公司占有23.2%，粤垦公司占有76.8%，进行房产分配，燕某甲公司在该项目楼宇共分得可售房屋建筑面积共10912.738平方米，其中住宅面积9150.713平方米、地下负一层商场面积399.625平方米、地下负三层汽车库面积1362.41平方米（共24个车位），余下建筑面积33207.82平方米（其中住宅面积28495.85平方米、商场面积地下负一层1074.375平方米、汽车库地下负二、三层3637.59平方米共67个车位）为粤垦公司所有，同意该公司办理抵押登记；最终分配面积按国土房管局测绘面积为准并按双方签定的《补充协议》所约定的条款进行调整。
2004年5月5日，燕某甲公司（甲方）与粤垦公司（乙方）签订《<合作开发“侨燕某乙”协议书>补充协议二》（下简称《补充协议二》），约定甲乙双方于2001年2月13日签订《合作开发“侨燕某乙”协议书》，又于2003年6月17日签订《补充协议》，约定双方合作开发燕某甲橡胶厂地块“侨燕某乙”A栋商住楼项目，其中甲方提供历史用地、不参与开发，乙方负责全部经营活动及所需资金，甲乙双方按照23.2%：76.8%的比例分配所建成的物业（可销售建筑面积）；2003年，项目取得商品房预售许可证（编号：20030146）；2003年9月18日，甲方向广州市房地产登记所出具了《房产物业分割权属证明书》，确认甲方实际分得的可售房屋建筑面积共10912.738平方米；《补充协议》签订后，乙方不断与施工方发生纠纷，2004年以来，项目基本停工，目前乙方无法按约定在2004年10月30日之前完成竣工交付使用，同时，甲方由于经营困难，未能依据《合作开发“侨燕某乙”协议书》第四条第3、4、5款的约定，支付相应的土地出让金、市政配套费、物业维修基金、幼儿园配套建设费等，项目实际全部由乙方投资；鉴于项目目前的实际情况，双方经多次讨论，并经农垦总局多次协调，达成补充协议二，供各方遵守：一、依据《合作开发“侨燕某乙”协议书》、《补充协议》，甲方提供历史用地，获得固定补偿，不参与投资和开发活动并不承担项目风险；合作项目中，无论乙方与施工方的纠纷如何解决，无论乙方何时完成粤垦绿苑项目，或者乙方开发项目是否盈利，乙方均应按《补充协议》约定分配固定面积房屋给甲方；若乙方无法按照《补充协议》约定交付房屋给甲方的，则应依据本协议第二条的标准支付补偿款给甲方；鉴于甲方无需承担项目风险及后续税费，而乙方与施工方的纠纷严重增加了项目的成本；甲方为支持乙方解决困难，在农垦总局的协调下，同意不再分配《补充协议》第三条约定的24个车位（可售建筑面积1362.41平方米），其他分配方式仍按照《补充协议》约定进行，不再作调整；二、甲方有权请求乙方随时按照下列标准支付赔偿款项给甲方：其中住宅不低于3000元/平方米（依据《补充协议》的住宅部分为9150.713平方米），商铺不低于10000元/平方米（计399.625平方米），合计甲方项目总收益（净收入）不低于31448389元；上述总价格是包死价格，无论任何条件下，各方都不能单方要求改变；乙方在项目结算及后续缴交项目税费时，不得以项目成本、工地增值税等税费过高要求重新核定；甲方不得以房价升高而要求增加；三、本协议生效后，甲方不再承担《合作开发“侨燕某乙”协议书》、《补充协议》约定的甲方按比例分摊的成本和税费（但在签订本协议之前已经支付或折抵的，则作为本次协议的对价而不再调整，甲方也无权要求退回）；四、在项目正式开盘销售前，甲方可通过设定抵押担保和转让《补充协议》分配的物业实现自身权益，乙方予以认同；甲方抵押和转让物业的，由乙方协助办理相关手续和代为签订买卖合同，乙方无权拒绝；如由乙方代收销售款项，乙方应在收款后五天内将款项转付给甲方，甲方自行收取销售款项，风险由甲方自行承担，乙方无权干涉；乙方应履行《合作开发“侨燕某乙”协议书》第五条第5、6款及第七条第2款的义务，第七条第3款的约定不再履行；甲方以乙方名义对外签订的房屋买卖合同中约定的开发商（本协议乙方）的法律义务和责任，由本协议乙方承担；若乙方不予配合或者乙方违反房屋买卖合同中约定的义务（包括但不限于建成交楼、质量责任、办证责任等）导致损失的，乙方应赔偿甲方客户相应的损失；五、甲方处分物业总价值超过项目总收益31448389元的部分，乙方无权请求返还，不足前述项目总收益的，乙方应予以补偿；甲方获得大于或者等于项目总收益的款项之日，双方关于合作开发“粤垦绿苑”项目的全部协议终结；甲方无权再向乙方或者项目提出任何要求；甲方获得大于或者等于项目总收益的款项后，若乙方需要抵押、转让或者其他方式处分项目或者办理相关文件的，甲方应予以无条件配合；甲方收取款项小于项目总收益的，乙方不得处分项目中甲方的分成物业；六、双方相互放弃《合作开发“侨燕某乙”协议书》、《补充协议》中约定的甲方延迟支付分摊费用的违约责任以及乙方延迟交楼的违约责任，但乙方应承担违反本协议带来的赔偿责任；七、本协议书为《合作开发“侨燕某乙”协议书》、《补充协议》的补充，与两个协议书具有同等的效力；除本协议已经调整的部分外，仍执行双方的上述两个协议书。
现粤垦公司以燕某甲公司已获得超过《补充协议二》约定的总收益31448389元为由，起诉要求确认《合作开发“侨燕某乙”协议书》、《补充协议》及《补充协议二》合法有效，并要求判令燕某甲公司在天河区沙河路燕某甲橡胶厂地段（第二期）“粤垦绿苑”项目占有土地使用权解封后将土地使用权过户登记至粤垦公司名下。
诉讼过程中，粤垦公司主张燕某甲公司已将分配的22套房屋及1间商铺进行了处理，粤垦公司依约代办了售房手续，燕某甲公司已通过销售分配房屋获得14689676元；燕塘公司通过以部分物业进行抵押登记的方式向广州市东沙农村信用合作社（下简称东某农某社）借款20500000元，后由粤垦公司为其归还贷款本金并涂销抵押登记；燕某甲公司共获利35189676元（14689676元+20500000元），已经超过《补充协议二》中约定的燕某甲公司总收益31448389元的金额，而根据《补充协议二》约定，至此双方关于合作开发“粤垦绿苑”项目的全部协议终结，燕某甲公司无权再向粤垦公司或者项目提出任何要求，若粤垦公司需要抵押、转让或者其他方式处分项目或者办理相关文件的，燕某甲公司应予以无条件配合，因此，故燕某甲公司应将天河区沙河路燕某甲橡胶厂地段（第二期）“粤垦绿苑”项目占有土地使用权过户至粤垦公司名下。对此，燕某甲公司称其只负责收取该项目收益31448389元，对于其他事项其并不干涉处理，而实际上其已获得收益35189676元，因此，其同意按照双方的合同约定，将土地使用权过户登记至粤垦公司名下。
为证明燕某甲公司已通过销售分配房屋取得14689676元，粤垦公司提供了《商品房买卖合同》、《指示付款函》、《银行进账单》、《收款确认书》作为证据。一、《商品房买卖合同》（共23份，编号为穗房合字2003053951-2003053969、2003053971-2003053974），分别显示粤垦绿苑负一层01号房总房价为6371401元，粤垦绿苑B幢二十三层01号房总房价为375924元，粤垦绿苑B幢二十三层02号房总房价为455094元，粤垦绿苑B幢二十三层03号房总房价为403434元，粤垦绿苑B幢二十三层04号房总房价为596943元，粤垦绿苑B幢二十三层05号房总房价为627962元，粤垦绿苑B幢二十三层06号房总房价为113514元，粤垦绿苑B幢二十三层07号房总房价为102104元，粤垦绿苑B幢二十三层08号房总房价为270737元，粤垦绿苑B幢二十三层09号房总房价为314696元，粤垦绿苑B幢二十五层01号房总房价为375924元，粤垦绿苑B幢二十五层02号房总房价为455094元，粤垦绿苑B幢二十五层03号房总房价为403434元，粤垦绿苑二十五层04号房总房价为596943元，粤垦绿苑二十五层05号房总房价为627962元，粤垦绿苑B幢二十五层06号房总房价为113514元，粤垦绿苑B幢二十五层07号房总房价为102104元，粤垦绿苑B幢二十五层08号房总房价为270737元，粤垦绿苑B幢二十五层09号房总房价为314696元，粤垦绿苑B幢十一层04号房总房价为566773元，粤垦绿苑B幢十一层03号房总房价为403396元，粤垦绿苑B幢十一层02号房总房价为455094元，粤垦绿苑B幢十一层01号房总房价为372196元。上述房产总房价共计14689676元。二、《指示付款函》，显示由燕某甲公司于2004年8月20日向粤垦公司发出，内容为燕某甲公司委托粤垦公司代为出售的粤垦绿苑的22套商品房和1套商铺，粤垦公司已收到预付款230000元，燕某甲公司现委托粤垦公司将其中的225000元支付至燕某甲公司下级企业广东省燕某甲水电工程安装公司，其余5000元现金支付给燕某甲公司，燕某甲公司及广东省燕某甲水电工程安装公司收到相关款项后，燕某甲公司将统一向粤垦公司出具收款收据。三、《银行进账单》，显示粤垦公司于2004年8月25日以银行转账方式向广东省燕某甲水电工程安装公司支付了225000元。四、《收款确认书》，显示燕某甲公司于2004年8月31日向粤垦公司发出，确认燕某甲公司已经收到粤垦公司代为出售的粤垦绿苑的22套商品房和1套商铺的预付款合共230000元。燕某甲公司确认上述证据的真实性，确认已通过出售分配房屋的方式取得14689676元。
为证明燕某甲公司通过以部分物业进行抵押登记的方式向东某农某社借款20500000元，后粤垦公司代燕某甲公司归还贷款本金并涂销抵押登记，粤垦公司提供了《抵押担保借款合同》（农信借字03-0104普第008号）、《广州市房地产抵押登记证明书》（编号为0029532）、《银行进账单》、《同意书》、《广州市房地产他项权利登记申请书》（登记字号03备字34455号）作为证据。一、《抵押担保借款合同》（农某借字03-0104普第008号），显示由燕某甲公司（借款人）、东某农某社（贷款人）、粤垦公司（抵押人）于2003年10月23日签订，约定贷款人同意向借款人发放中长期贷款20500000元、贷款期限自2003年至2005年的贷款；抵押人自愿以本人有权处分的财产，经评估后价值33858000元作为抵押物，为借款人提供担保等。该借款合同的附件《抵押楼宇清单》显示抵押物名称为粤垦绿苑B幢，抵押房屋为第三层、第五层、第七层、第九层、第十三层、第十五层、第十七层、第十九层、第二十一层每层的自编01-09房及第十一层自编09房，合计总面积7128.016平方米，总金额为33858076元。二、《广州市房地产抵押登记证明书》（编号为0029532），显示由广州市国土资源和房屋管理局于2003年12月25日核发，抵押权人为东某农某社，抵押人为粤垦公司，房地座落天河区沙河燕某甲橡胶厂地段（第二期）粤垦绿苑；他项权利范围为住宅B栋3、5、7、9、13、15、17、19、21层01-09房，B栋第11层09房；他项权利面积为7128.02平方米，房屋类别为在建房屋；权利价值为33858076元，预售许可证号20030146，国有土地使用证号为国用（2002）第特76号，建设用地批准书号为穗国土建用字（2002）第189号。三、《银行进账单》，显示广东省农垦总局财务结算中心于2006年8月24日以银行转账方式向燕某甲公司支付了20500000元。四、《同意书》，显示由东沙农信社于2006年9月6日向广州市国土资源和房屋管理局作出，内容为粤垦公司在该社的贷款，以粤垦公司位于广州市天河区沙河燕某甲橡胶厂地段（第二期）粤垦绿苑作抵押，他项权利范围为B栋3、5、7、9、13、15、17、19、21层01-09房、B栋11层09房，面积共7128.02平方米，已在广州市国土资源和房屋管理局办理了抵押登记，抵押登记证明书号03备字34455号，现该笔贷款已归还，东某农某社同意涂销上述抵押登记，请予以办理相关手续。五、《广州市房地产他项权利登记申请书》（登记字号03备字34455号），显示东某农某社于2006年9月7日盖章，确认银行贷款已全部还清，申请涂销天河区沙河燕某甲橡胶厂地段（第二期）粤垦绿苑，抵押部位为住宅B栋第3、5、7、9、13、15、17、19、21层01-09房、B栋第11层09房的抵押登记。燕某甲公司确认上述证据的真实性，确认以部分物业进行抵押登记贷款的方式获得20500000元。
本院向广州市国土资源和房屋管理局发函调查了如下问题：一、《合作开发“侨燕某乙”协议书》约定的原燕某甲橡胶厂厂区范围红线图土地约8860平方米，是否即为天河区沙河路燕某甲橡胶厂地段（第二期）土地（2002登记字124006）？二、若不一致，原燕塘橡胶厂厂区范围红线图土地约8860平方米的登记情况如何？三、贵局有无上述土地上建设开发“侨燕阁”的登记信息？上述土地上建设开发“侨燕阁”是否即为穗房预字第20030146号预售许可证中准予预售的粤垦绿苑？四、原燕塘橡胶厂厂区范围红线图土地约8860平方米、天河区沙河路燕塘橡胶厂地段（第二期）土地的权属登记情况、查封处理情况、抵押登记情况？五、上述土地上建筑物登记权属登记情况、查封处理情况、抵押登记情况？六、如在上述土地上已加建了建筑物的情况下，粤垦公司主张将该土地使用权过户登记至其名下是否存在障碍？广州市国土资源和规划委员会函复本院如下：一、关于02登记124006号国有土地使用证地块的相关情况。原广州市国土资源和房屋管理局与粤垦公司和燕塘公司签订了《广州市国有土地使用权出让合同》[穗国地出合（2001）259号]及变更协议之一号，出让天河区沙河路燕某甲橡胶厂地段（第二期）地块，以粤垦公司和燕某甲公司的名义核发了穗国土建用字[2002]第189号《建设用地批准书》和02登记124006号《国有土地使用证》，土地使用权面积8569.31平方米；该地块上的预售项目名称为粤垦绿苑（穗房预字第20030146号预售许可证），预售申报单位为粤垦公司，项目整体暂未办理初始登记；2011年，粤垦公司、中国工商银行股份有限公司广州流花支行（下简称工商银行流花支行）申请办理在建工程抵押，以2011预登1000625号核发了在建工程抵押登记证明，抵押权人为工商银行流花支行；土地、未售房产的查封情况详见02登记124006号不动产登记查册表（附件）。二、关于02登记124006号国有土地使用证地块的行政诉讼情况。2015年3月19日，你院以（2014）穗天法行初字第233号《行政判决书》判决撤销原广州市国土资源和房屋管理局于2011年11月21日对粤垦公司、工商银行流花支行作出的位于广州市天河区沙河路燕塘橡胶厂地段（第二期）的在建工程的粤房地建抵登穗字第0150000402号（2011预登字1000625号）在建工程抵押登记；广州市国土资源和规划委员会于2015年3月25日向广州市中级人民法院提起上诉，目前尚未判决。三、关于侨燕某乙的相关情况。广州市国土资源和规划委员会暂无项目名称为侨燕某乙的预售项目信息，无法判断对应地块情况。鉴于核发商品房预售许可证属市住建委的职能范围，就粤垦绿苑预售许可证核发情况及与侨燕某乙是否为同一项目的问题，建议你院征询市住建委意见。该复函附有《广州市不动产登记查册表》（2002登记字124006号，查册时间为2016年3月14日），显示房产地址为天河区沙河路燕某甲橡胶厂地段（第二期），使用土地面积为8569.31平方米，共有权人为燕某甲公司、粤垦公司，本院作出的（2010）天法执字第3069-3,3069-1号执行裁定查封燕某甲公司占有的土地使用权份额（已办确权登记、预售许可证的除外），除此以外，包括本院在内的多家法院裁定查封上述土地使用权或该土地使用权上的房产等。
本院认为：粤垦公司与燕某甲公司所签订了《合作开发“侨燕某乙”协议书》，约定利用原燕某甲橡胶厂厂区范围红线图土地约8860平方米，开发建设“侨燕某乙”A栋28层商住楼及一幢配套幼儿园，并约定由燕某甲公司负责提供该项目合法的建设用地及协助粤垦公司办理征地的相关手续，而粤垦公司则负责投入该项目及配套设施所需的应由燕某甲公司投入费用外的所有开发税费及工程建设费用。其后，粤垦公司与燕某甲公司又签订了《补充协议》，调整了双方的分配比例。后，粤垦公司与燕某甲公司又签订了《补充协议二》，约定燕某甲公司提供历史用地，获得固定补偿，不参与投资和开发活动并不承担项目风险；合作项目中，无论粤垦公司与施工方的纠纷如何解决，无论粤垦公司何时完成粤垦绿苑项目，或者粤垦公司开发项目是否盈利，粤垦公司均应按《补充协议》约定分配固定面积房屋给燕某甲公司。《补充协议二》还明确约定了燕某甲公司的项目总收益（净收入）不低于31448389元，燕某甲公司获得大于或者等于项目总收益的款项之日，双方关于合作开发“粤垦绿苑”项目的全部协议终结，燕某甲公司无权再向粤垦公司或者项目提出任何要求；燕某甲公司获得大于或者等于项目总收益的款项后，若粤垦公司需要抵押、转让或者其他方式处分项目或者办理相关文件的，燕某甲公司应予以无条件配合。
《合作开发“侨燕某乙”协议书》、《补充协议》及《补充协议二》，均是双方当事人的真实意思表示，其内容未违反法律、行政法规的强制性规定，现粤垦公司要求确认《合作开发“侨燕某乙”协议书》、《补充协议》及《补充协议二》合法有效，该诉讼请求合法有理，本院予以支持。
上述协议中所约定的燕某甲公司不参与投资并不承担风险，并固定获得收益，实际上最终约定了燕某甲公司将原燕某甲橡胶厂厂区范围红线图土地约8860平方米的土地使用权转让给粤垦公司。根据《补充协议二》约定，燕某甲公司的项目总收益（净收入）不低于31448389元，燕某甲公司获得大于或等于项目总收益的款项之日，双方关于合作开发“粤垦绿苑”项目的全部协议终结，燕某甲公司无权再向粤垦公司或者项目提出任何要求，若粤垦公司需要抵押、转让或者其他方式处分项目或者办理相关文件的，燕某甲公司应予以无条件配合。现粤垦公司主张燕某甲公司通过出售分配房屋、以部分物业进行抵押登记的方式借款的方式共获利35189676元，已经超过《补充协议二》中约定的燕某甲公司总收益31448389元的金额，并要求燕某甲公司在广州市天河区沙河路燕某甲橡胶厂地段（第二期）粤垦绿苑项目占有土地使用权解封后将该土地使用权过户登记至粤垦公司名下。对此，本院认为，粤垦公司提供了《商品房买卖合同》等证据证明燕某甲公司已通过销售分配房屋的方式获得14689676元，提供了《抵押担保借款合同》等证据证明燕某甲公司已通过以部分物业进行抵押贷款的方式获得20500000元，燕某甲公司对上述证据均予以确认，并确认已获得收益35189676元，故本院对此事实予以确认。广州市天河区沙河路燕某甲橡胶厂地段（第二期）现已登记为燕某甲公司、粤垦公司共有，按照双方约定，燕某甲公司协助粤垦公司办理该土地使用权过户登记手续的条件已成就，燕某甲公司本应立即协助粤垦公司办理相关土地使用权的过户登记手续，但根据本院向国土房管部门的调查可知，该土地使用权及其地上房屋已被多家法院查封。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十七条等相关规定，粤垦公司所主张的土地使用权已被法院查封，粤垦公司应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十七条的规定主张权利，不得在执行/查封异议诉讼终结前另行提起普通民事诉讼，故本院另行制作裁定，裁定驳回粤垦公司要求燕某甲公司在广州市天河区沙河路燕某甲橡胶厂地段（第二期）粤垦绿苑项目占有土地使用权解封后将该土地使用权过户登记至粤垦公司名下的起诉。
燕某甲公司经本院合法传唤未到庭参加诉讼，本院依法作缺席判决。
综上所述，本院依据《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条第一款，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、第一百四十四条的规定，判决如下：
确认原告广州市粤垦房地产开发有限公司与被告广东省燕塘企业总公司签订的《合作开发“侨燕阁”协议书》、《<合作开发“侨燕阁”协议书>补充协议》、《<合作开发“侨燕阁”协议书>补充协议二》合法有效。
本案受理费47580元，由被告广东省燕塘企业总公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省广州市中级人民法院。
审 判 长 王伟雄
人民陪审员 彭小虎
人民陪审员 梁瑞芳
二〇一六年十月十二日
书 记 员 陈秋滢