新疆维吾尔自治区高级人民法院伊犁哈萨克自治州分院
民 事 判 决 书
（2014）伊州民一初字第39号
原告（反诉被告）：伊犁金鑫建筑工程有限责任公司新源县丰泽分公司。住所地：新源县。
负责人：张永丰，该公司经理。
委托诉讼代理人：兰虹，新疆四至律师事务所律师。
委托诉讼代理人：周书恒，新疆四至律师事务所律师。
被告（反诉原告）：新源县泰和房地产开发有限责任公司。住所地：新源县.
法定代表人：万世华，该公司总经理。
委托诉讼代理人：王高远，新疆长信合律师事务所律师。
委托诉讼代理人：郭新兰，该公司工程部负责人。
反诉被告：伊犁金鑫建筑工程有限责任公司。住所地：伊宁市\\\。
法定代表人：叶航天，该公司总经理。
原告（反诉被告）伊犁金鑫建筑工程有限责任公司新源县丰泽分公司(以下简称丰泽分公司)与被告（反诉原告）新源县泰和房地产开发有限责任公司（以下简称泰和公司）、反诉被告伊犁金鑫建筑工程有限责任公司(以下简称金鑫公司)建设工程施工合同纠纷一案，本院于2014年7月16日立案后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理，原告丰泽分公司委托诉讼代理人兰虹、周书恒、被告泰和公司委托诉讼代理人王高远、郭新兰到庭参加了诉讼。金鑫公司经本院合法传唤未到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
丰泽分公司向本院提出诉讼请求：1.判令泰和公司支付所欠工程款5294.27257万元，并支付利息2922431.83元（自2013年8月30日至2017年1月19日），并支付至给付之日工程款利息；2.判令泰和公司支付保全担保费120000元、保全费5000元及鉴定费530000元；3.判令泰和公司承担本案的诉讼费。事实和理由：1.其与泰和公司于2012年6月4日签订了《建设工程施工合同》，约定：由其承建泰和公司开发的工程，建设工期456天，自2012年5月30日至2013年8月30日，工程价款62448000元（该价款为暂定价），最终以结算价为准。合同条款明确为”合同价款采取可调价格，工程完工后，按施工图纸，设计变更、签证资料、实际发生工程量及其他资料，在暂定价的基础上按实决算”等内容。该《建设工程施工合同》签订后，其约定进行施工。期间，泰和公司多次变更设计，增加地下室外扩一期工程、消防水池、消防控制间、楼外护墙钢结构等工程量。在施工期间，由于被征迁户与泰和公司之间的纠纷，造成停工多日，且由泰和公司负责的道路也不能保证畅通等，给其造成巨大经济损失。2.2013年8月，泰和公司占有并使用了该工程。2014年6月16日该工程验收合格，同时，其向泰和公司出具结算报告。3.双方委托法院对涉案工程进行工程造价司法鉴定。2016年6月8日，双方确认本案工程价款为64991714.41元，泰和公司已支付工程款50958936元，欠付工程款14032778.4元。
泰和公司辩称:1.丰泽分公司诉讼主体不适格，诉争工程的投标单位、中标单位、《建设工程施工合同》签订单位均为金鑫公司，非丰泽分公司。丰泽分公司系金鑫公司分支机构，不是本案承建工程和合同签订主体。根据合同相对性原则，其无权向泰和公司主张支付工程款及利息。2.关于付款。其认可应付工程款为9766015.68元（双方签字确认的工程造价为64991714.41元-已支付51158936元-代付防火门310000元-零星未施工工程507177元-工程质量保证金3249585.72元=9766015.68元）。3.工程款利息，根据施工合同通用条款第33.2、33.3款规定，工程款应付时间为经过确认后的第29天按银行同期贷款利息计算，丰泽分公司计算金额和依据均错误；4.保全担保费系其未向法院提交保全担保财产而产生，该费用不是必须发生的，其要求泰和公司承担没有依据。5.关于保全费和鉴定费，应当按胜诉比例分担。
金鑫公司未提交书面答辩意见。
泰和公司向本院提出反诉请求：判令金鑫公司支付逾期竣工违约金1700万元；诉讼费由金鑫公司承担。事实与理由：经招、投标程序，2012年6月4日，泰和公司与金鑫公司签订一份《建设工程施工合同》，约定：金鑫公司承建泰和公司开发的新源县新粮商住大厦改造项目综合楼工程，竣工日期2013年8月30日。后泰和公司依约支付了工程进度款，但金鑫公司却未能按照合同约定的时间竣工交付承建工程，逾期近一年。金鑫公司的逾期竣工导致泰和公司与房屋买受人、安置补偿人员签订一系列《商品房销售合同》、《房屋产权置换合同》等合同履行逾期，泰和公司向业主赔偿了违约金，给泰和公司造成了损失及风险。双方签订的《建设工程施工合同》第35.2条约定，对于金鑫公司逾期竣工，给泰和公司造成损失的，由金鑫公司承担。另，根据双方在2013年6月16日签订的《新粮项目综合楼补充协议》第六项约定：8月30日前竣工，提前一天竣工，其奖励5万元；拖后一天竣工，对金鑫公司罚款5万元整。
丰泽分公司辩称：1.在施工中泰和公司多次变更设计，增加工程量。2.根据招投标文件及双方之间签订的合同，涉案工程合同的建设内容是综合楼单体工程，该工程已经于2013年8月15日转移占有，所以竣工是在约定的竣工日期之内，其没有违约。3.2013年6月16日,双方签订的补充协议增加了地下室外扩的一期工程、消防水池、消防控制间、楼外护墙钢结构等工程量，且由于泰和公司原因钢结构图纸多次变更，无法提供，导致其无法施工，责任在泰和公司。二号楼的塔吊一直到2013年11月15日才拆除，导致钢结构无法封闭，外墙保温无法施工。2013年11月15日进入冬季施工期，次年4月复工，导致竣工验收迟延，责任亦在泰和公司；4.根据示范合同通用条款26、32、35的规定以及双方专用条款26、47条约定，泰和公司未按约定支付工程款导致工程延误，应由泰和公司自行承担责任。截止本案诉讼之日泰和公司依然欠付工程款，故应自行承担后果。5.泰和公司提起反诉程序存在问题，反诉是在已经开始的民事诉讼程序中本诉的被告向本诉原告提出的有牵连的反请求。本案中，泰和公司追加了除其外的第三方，程序违法。6.丰其具有诉讼主体资格，根据《公司管理登记条例》39、41条规定，分支机构能够以自己的名义参与诉讼，且有相应的民事主体资格，《最高人民法院关于适用民事诉讼法若干问题的意见》第四十条，规定了法人依法设立并领取营业执照的分支机构可以作为民事诉讼的当事人，《中华人民共和国民事诉讼法》四十九条规定的其他组织就是法人依法设立并领取营业执照的分支机构。综上，泰和公司的反诉请求没有事实依据和法律依据，应当予以驳回。
金鑫公司未提交书面答辩意见。
各方当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。
丰泽分公司提供如下证据：
1.2012年6月5日的《建设工程施工合同》、2013年6月16日的《新粮项目综合楼补充协议》各一份。拟证明其主体适格。
泰和公司质证认为：《建设工程施工合同》不具有真实性。真实合同是2012年12月6日在新源县建设局进行备案的合同。备案合同签订主体是泰和公司、金鑫公司。该份合同与备案合同不一致，依照规定应当以备案合同为准。《新粮项目综合楼补充协议》真实性认可，是张永峰作为金鑫公司的代理人签订，补充合同是对相关事宜进行的约定。
2.2014年6月16日的工程质量竣工验收记录一份。拟证明其为施工单位。
泰和公司质证认为：复印件不认可。
3.2013年11月6日的双方对账单、2013年11月20日的付款凭据各一份。拟证明2013年对账之后泰和公司又支付了50万，已付工程款总计为50958936元。
泰和公司质证认为：对账单不认可。最终的对账是在2014年8月22日形成的，对上述50万元付款凭据认可。
4.2013年8月15日伊犁家乡好商贸有限责任公司新源分公司（以下简称家乡好超市）与伊犁温商建筑装饰工程有限公司签订的《建筑装饰工程施工合同》一份，2013年8月22日泰和公司与季跃东签订的《地砖铺贴施工合同》一份，2013年10月7日泰和公司与伊犁温商建筑装饰工程有限公司签订的《建筑装饰工程施工合同》一份，2013年8月22日泰和公司与黑勇签订的《租赁合同》一份；2013年10月9日泰和公司与伊宁市安鹏电子科技有限公司签订的《监控系统合同》两份，2013年8月29日、2013年9月4日、2013年9月18日、2013年9月23日、2013月10月8日监理的工作联系单。拟证明2013年8月15日起，泰和公司就已经将涉案工程出租并进行二装的事实，也证明泰和公司擅自使用的事实。以上证据均来源新源县公安局经侦大队,并加盖新源县公安局印章。
泰和公司质证认为：真实性认可，合同的签订和履行是不同的概念，合同签订后是否履行还需印证，丰泽分公司提供的几份证据仅涉及到1-4层部分楼层，其他8层并未涉及，不能证明其主张。
5.微信截图两份，特价宣传单一份。拟证明家乡好超市在2014年1月16日正式开业，微信截图中的任晓梅是家乡好超市的工作人员。
泰和公司质证认为：不认可，不具备基本证据合法性，来源不明，没有证据效力。
6.2013年11月6日工程款支付账单一份。拟证明泰和公司支付配合费20万元，但不能计入工程款。
泰和公司质证认为：对20万认可，但应当计入工程款。
7.2013年12月19日工作联系单一份、2013年6月20日新源家乡好负1-6层楼中央空调安装合同一份（证据来源新源县公安局，且加盖新源县公安局印章）。拟证明涉案工程已经实际使用。
泰和公司质证认为：真实性认可，但工作联系单仅有家乡好超市工程部印章，是单方意思表示，未经其确认，且内容仅涉及负一层。关于空调安装合同是否履行及履行时间不清楚，合同仅涉及1-6层。
8.以下证据来源新源县公安局，且加盖了新源县公安局印章：⑴2013年7月9日申请报告一份。拟证明施工场地无法施工，有泰和公司副总黄正新签字。
⑵2013年11月12日钢结构交底图纸一份、⑶2013年11月11日工程施工现场签证单一份。拟证明2013年11月10日才交付涉案工程施工图纸，泰和公司工程部经理刘宏伟签字，并同意按该图纸施工。
⑷2013年10月28日泰和公司与2号楼项目经理陶明壕签订的塔吊拆除协议书。拟证明2号楼塔吊处于钢结构工程的中心，如果不拆除无法施工，塔吊在2013年11月15日拆除，工期延误是由于泰和公司原因造成。2号楼是泰和公司发包给陶明壕施工的，新疆有冬季施工期，来年开工在4月之后。
泰和公司质证认为：以上证据真实性认可，申请报告证明问题不认可，通道里堆放材料影响施工，但不会影响一年。签证单和图纸交付时间不对，上面载明的时间是变更的时间，变更的内容是负一层顶十轴和十一轴伸缩缝发生变更，增加11939元，对工期没有影响。关于协议书，仅涉及到钢结构顶部封顶问题，根据协议内容最多只影响四天工期，且钢结构施工不受季节影响。
9.2012年12月20日人事任命通知、2013年1月25日聘用通知各一份（证据来源新源县公安局，且加盖了新源县公安局印章）。拟证明黄正新和刘宏伟的身份。
泰和公司质证认为：真实性认可，黄正新只负责工程招标，刘宏伟负责管理工程。
10.财产保全担保协议书及收条各一份。拟证明缴纳保全担保费120000元。保全费5000元票据在法院卷宗中。鉴定费53万元没有开票，但在上次庭审中鉴定部门认可。
泰和公司质证认为:保全费5000元认可，保全担保费120000元、鉴定费53万不认可，没有正规票据。且该费用应根据胜诉比例予以分担。
11.2014年4月20日《工程结算书》一份、2016年1月26日《新粮商住大厦改造项目综合楼工程造价鉴定意见书》一份、2016年6月8日《新粮商住大厦改造项目综合楼工程造价鉴定补充意见书》一份。拟证明诉争工程最终无争议价款为64991714.41元。
泰和公司质证认为：真实性认可。除了零星工程507177元未扣除有异议外，其余无异议。
12.增值税普通发票六张。拟证明因涉案工程支付鉴定费53万元。
泰和公司质证认为：真实性认可，但该费用应当按照丰泽分公司诉请的胜诉比例进行分担。
13.担保费票据一份。拟证明因涉案工程支付担保费12万元。
泰和公司质证认为：该票据为非正式发票，有异议。金额为10万元，与其主张的12万元数额不符。担保费并非必须发生的费用，其为丰泽分公司申请诉前保全提供担保财产所采取的自救措施，主张泰和公司承担没有依据。
14.（2016）新民终582号民事判决书一份。拟证明该判决已生效，确认泰和公司在2014年5月前就已经完成了装修，具备交付条件，其已经向许多商户完成了销售。泰和公司未向张杰交付，与本案无关联。诉争房产在2014年6月16日竣工验收日之前泰和公司已经实际占有使用。故2013年8月16日视为该工程的实际交付日，即竣工日期。
泰和公司质证认为：虽是复印件，但真实性认可，其证实的问题不予认可。该判决内容仅涉及张杰购买房屋，对其他房屋并不涉及，该判决因泰和公司逾期交房，承担违约金。该判决也印证了丰泽分公司逾期竣工及给泰和公司造成损失的事实。该判决载明截止2014年5月泰和公司还未能向张杰交付约定房屋。丰泽分公司主张2013年泰和公司已经实际使用房屋与生效判决认定事实不符。
本院认证：对丰泽分公司提供证据1中的《建设工程施工合同》上的公章真实性泰和公司未提出异议，也未提交反驳证据加以否定，故该合同的真实性及与本案的关联性本院予以确认。对《新粮项目综合楼补充协议》泰和公司认可，本院予以认定。因证据2是复印件、证据5无合法来源，且泰和公司不予认可，其真实性本院不予认定。对证据3中对账单上载明的已付工程款50958936元泰和公司认可，对50万元付款凭据泰和公司也认可，故该对账单及付款凭据与本案的关联性本院予以认定。证据4、证据6、证据7、证据8、证据9、证据11泰和公司认可其真实性，本院予以认定。证据10、证据12、证据13中的保全费、担保费、鉴定费均为丰泽分公司因涉案工程诉讼而实际支出的费用，有相关票据在卷佐证，本院予以认定。证据14双方对证据真实性不持异议，本院予以认定，与本案的关联性将综合评断。
泰和公司提供如下证据：
1.2012年4月15日《招标文件》、2012年6月4日的《建设工程施工合同》、2012年5月16日的《中标通知书》、2012年5月10日的《投标书》及2012年12月6日《建设工程施工合同备案表》各一份。拟证明涉案工程的投标单位、中标单位及施工合同的签订单位均为金鑫公司。其中《建设工程施工合同》于2012年12月6日在新源县建设局备案。从而证明丰泽分公司主体失格，其作为中标单位及合同签订单位的分支机构，无权独立主张权利，其隶属于金鑫公司，其没有独立的财产和承担民事责任的能力。泰和公司与金鑫公司签订《建设工程施工合同》后，金鑫公司将涉案工程交给丰泽分公司施工属于内部管理行为，不影响合同主体。涉案工程属招、投标工程，但实际上涉案工程在泰和公司和丰泽分公司之间并未再次招投标。根据《公司法》规定，分公司的责任由总公司承担，丰泽分公司代表金鑫公司与泰和公司就涉案工程达成的违约责任约定，其后果应当由金鑫公司承担。泰和公司将丰泽分公司列为反诉被告，并不代表泰和公司认可其具有诉讼主体资格。
丰泽分公司质证认为：真实性认可。但泰和公司提起反诉程序违法。因其只能向丰泽分公司提起反诉，但其在反诉中追加了诉讼主体。其提交的2012年6月4日的《建设工程施工合同》以及2013年6月16日的补充协议，其均为合同签订主体，且工作联系单、经济签证及工程竣工验收均是泰和公司与其之间完成，金鑫公司不是备案合同的实际履行主体，泰和公司与金鑫公司签订的合同属于事实解除，该解除不属于招投标法调整范围，且其并没有要求确认与丰泽分公司签订合同无效，故涉案工程实际竣工交付后，其主张欠付工程款符合法律规定，主体适格。泰和公司与金鑫公司签订《建设工程施工合同》同时又与丰泽分公司签订《建设工程施工合同》的行为表明，其主张的内部管理与事实不符。法律规定的其他组织是指合法成立、有一定的组织机构，但不具备法人资格的组织，包括法人依法设立并领取了营业执照的分支机构，故其诉讼主体适格。
2.2014年6月16日的《竣工验收报告》一份。拟证明泰和公司对涉案工程提出19项整改意见。
丰泽分公司质证认为：复印件不认可。
3.2014年8月22日具体付款情况表一份。拟证明已付工程款为51158936元。
丰泽分公司质证认为：复印件不认可。除50958936元外，其确实另收到20万元，但该20万元属于双方补充协议中约定的配合费，不应当计入工程款。
4.2013年6月16日《新粮项目综合楼补充协议》一份。拟证明竣工时间是2013年8月30日，拖后一天罚款5万元。详见第六条。
丰泽分公司质证认为：整个单体工程事实上已经转移交付给泰和公司于2013年8月22日使用。由于泰和公司擅自使用，竣工时间应是2013年8月，而非2014年6月14日。导致整个工程于2014年6月14日竣工非其所致，而是泰和公司根据补充协议增加了工程量，但没有提供设计图纸，存在由他人施工的2#楼塔吊没有拆除的问题，导致钢结构工程延续至2014年完成。因此不适用通用条款35.2条第三款。非因承包人原因造成违约，承包人不承担违约责任，故其不承担责任。违约金计算存在问题，泰和公司计算违约金是依据2013年6月16日补充协议，补充协议是双方签订，显然不存在其主体不适格问题。违约金5万元，系顶格约定。
本院认证：对泰和公司提供的证据1、证据4丰泽分公司认可其真实性，本院予以确认。因证据2、证据3均为复印件，丰泽分公司也不认可其真实性，故该证据本院不予认定。
本院认定事实如下：
丰泽分公司由金鑫公司设立，属其分支机构。2012年5月16日,金鑫公司中标承建涉案工程，2012年6月4日,金鑫公司与泰和公司就涉案工程签订一份备案的《建设工程施工合同》，约定：金鑫公司承建泰和公司开发的新粮商住大厦改造项目综合楼。工程内容为施工图纸范围内所有的土建部分、水、暖、电、设计变更。开工日期为2012年5月30日，竣工日期为2013年8月30日，合同工期总日历天数456天，合同价款为62448000元。该合同通用条款13.1条为：泰和公司如未能按约定提供图纸、开工条件，预付工程款及发生设计变更、增加工程量和不可抗力情形，则工期相应顺延；专用条款23.2条（2）项为：本合同价款为暂定价格，可调价，调整方法为工程完工后，按施工图纸，设计变更、签证资料、实际发生工程量及其它资料，在暂定价的基础上按实决算。工程施工材差按施工时段新源县材差文件调整，进行结算；26条为合同签订地下室封顶后，泰和公司先支付总造价的15%，后每完成一层，付本层总造价的50%，工程主体封顶后付至总造价的60%，竣工验收前付至总造价95%，剩余5%为质保金，待一年后一次性支付；35.2条为：因金鑫公司原因不能按照约定的竣工日期竣工的以及工程质量达不到约定的质量标准，金鑫公司承担违约责任。该合同附件3工程质量保修书约定了涉案工程保修期，其中屋面防水工程为5年。同日，泰和公司与丰泽分公司也签订一份《建设工程施工合同》，内容和前述与金鑫公司签订的《建设工程施工合同》内容一致。
2013年6月16日，泰和公司与丰泽分公司又签订一份《新粮项目综合楼补充协议》，约定：双方严格执行2012年6月4日签订的《建设工程施工合同》；每个单项工程，提前一天完成，泰和公司奖励1万元整，拖后一天完成，对丰泽分公司罚款1万元整。按照主合同，8月30日前竣工，提前一天竣工，泰和公司奖励5万元整，拖后一天竣工，对丰泽分公司罚款5元整；丰泽分公司必须积极支持并配合泰和公司与商业运营相关的消防、通风、电梯、供水设备、电气设备、二次装修等工作的同时展开；按照泰和公司与上述相关专业签订的合同中约定的配合费含塔吊、架干等周转材料使用以及必须的总包单位人员配合共计（200000元），丰泽分公司不得再向相关专业单位收取其他费用。2013年11月6日，泰和公司支付丰泽分公司配合费20万元。
各方签订上述《建设工程施工合同》及《新粮项目综合楼补充协议》后，丰泽分公司对涉案工程进行了施工。2013年8月-12月，泰和公司对涉案工程部分楼体进行装修并出租，因此于2013年6月20日与山东省显通安装有限公司签订一份《新源家乡好综合楼中央空调设备供应及系统安装合同书》，于同年8月22日与季跃东、黑勇分别签订一份《地砖铺贴施工合同》及《租赁合同》、于同年10月7日与伊犁温商建筑装饰工程有限公司签订一份《建筑装饰工程施工合同》、与同年10月9日与伊宁市安鹏电子科技有限公司签订一份《监控系统合同》。2013年8月15日，家乡好超市与伊犁温商建筑装饰工程有限公司针对涉案工程部分楼体签订一份《建筑装饰工程施工合同》。
2013年7月9日，丰泽分公司向泰和公司出具一份《关于给予解决综合楼施工道路的申请报告》，内容为：新粮大厦综合楼西侧影响施工的搅拌机已在2013年6月23日搬迁，目前1#楼与4#楼之间的施工通道现堆放着大量的钢材，致使综合楼西侧工程无法施工，望尽快协调解决。在该报告上，泰和公司副总经理黄正新签名并注明：”请陶明壕落实，以不影响综合楼西面钢构施工为原则，陶明壕当面答应，没有问题。”
2013年11月12日，泰和公司向丰泽分公司交付了涉案工程变更设计图纸一份，在该图纸上泰和公司工程部经理刘宏伟签名并注明：”根据实际情况，同意按此变更施工。”2013年11月15日，泰和公司向丰泽分公司交付了工程施工现场签证单一份，在该签证单上刘宏伟签名并注明：”变更属实，具体变更位置见附图，具体工程量以决算为准，人工焊接费用属实。”
泰和公司将其开发的2#楼工程发包于陶明壕，该工程与涉案工程无关，但该工程施工中所用的塔吊处于涉案工程的钢结构工程中心位置，影响了钢结构工程的施工，为此，泰和公司与陶明壕于2013年10月28日签订一份《协议书》，约定了该塔吊拆除的相关权利义务关系。
2014年6月16日，涉案工程竣工验收并交付使用。丰泽分公司认可收到泰和公司已付工程款50958936元。
本案诉讼中，泰和公司和丰泽分公司认可涉案工程施工中存在增加工程量情形。根据丰泽分公司的申请，本院委托新疆天键建设工程项目管理有限公司（以下简称天键公司）对涉案工程造价进行司法鉴定。2016年1月26日及8月30日，天键公司分别作出新天建基审字（2016）58号《新粮商住大厦改造项目综合楼工程造价鉴定意见书》和《新粮商住大厦改造项目综合楼工程造价鉴定补充意见书》，结论为：涉案工程造价为64991714.41元。对该鉴定结论双方当庭认可，但泰和公司认为应当将丰泽分公司在施工中存在的不合格工程507177元从上述工程造价中扣除。
另查明，丰泽分公司因本案诉讼支付保全担保费120000元、保全费5000元、鉴定费53万元。
本院认为，根据丰泽分公司、泰和公司、金鑫公司的诉讼请求、案件事由、答辩意见及举证、质证和本院认证情况，本院归纳本案争议焦点为：一、丰泽分公司诉讼主体问题；二、工程造价问题；三、欠付工程款及利息问题；四、违约金问题。
关于争议焦点一。丰泽分公司基于涉案工程签订并实际履行《建设工程施工合同》、《新粮项目综合楼补充协议》。虽然其为非法人机构，但却属依法设立并领取营业执照的法人的分支机构，其主体地位符合《中华人民共和国民事诉讼法》第四十八第一款、（最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释）第五十二条第五款规定的参加诉讼的当事人情形，故丰泽分公司作为本案诉讼主体适格。虽然金鑫公司与泰和公司签订了涉案备案合同，但其在本案中不主张权利，可以认定丰泽分公司作为金鑫公司的分支机构承继其在本案中的权利义务。泰和公司主张丰泽分公司诉讼主体不适格的理由不能成立，本院不予采信。
泰和公司与丰泽分公司签订的《建设工程施工合同》、《新粮项目综合楼补充协议》系双方真实意思表示，不违反法律、行政法规强制性规定，合法有效。
关于争议焦点二。双方认可涉案工程造价为64991714.41元。泰和公司主张应当将丰泽分公司在施工中存在的不合格工程507177元从上述工程造价中扣除。本院认为，2014年6月16日，涉案工程已竣工验收并交付使用，之前，双方对此并无形成协商一致意见，庭审中，泰和公司也未举证证实该事实存在，故其上述主张缺乏事实和法律依据。即便该事实存在，也属泰和公司主张的损失问题，不能扣减工程造价。故本院认定涉案工程造价为64991714.41元。
关于争议焦点三。2013年11月6日，泰和公司支付丰泽分公司配合费20万元，该款不包含在泰和公司已付工程款50958936元中。泰和公司主张该款属于工程款，应当计入涉案工程已付款中，而丰泽分公司则主张该款是泰和公司依照上述《新粮项目综合楼补充协议》支付的配合费，不应计入工程已付款。本院认为，该款实际属于泰和公司甩项工程（消防、通风、电梯、供水设备、电气设备、二次装修等工程）与诉争工程同时施工时，为协调配合而对丰泽分公司施工造成影响、配合之补偿，64991714.41元工程中，未计算该款项。泰和公司主张该款计入诉争工程已付款缺乏依据，本院不予支持。故本院认定泰和公司已付工程款为50958936元。
虽然双方在《建设工程施工合同》专用条款中约定了总工程造价5%为质保金，涉案工程竣工验收后一年一次性支付。但其随后又在该合同附件3工程质量保修书中约定了涉案工程保修期，其中屋面防水工程为5年，其他工程期限不等。因不同保修工程质保金彼此不能分开，涉案工程质量保修期应视为五年。2014年6月16日，涉案工程竣工验收，故该工程质保期未届满。质保金3249585.72元（64991714.41×5%）暂不予支付。
综上，本院认定涉案工程造价64991714.41元，减去已付工程款50958936元和质保金3249585.72元，泰和公司尚欠丰泽分公司工程款10783192.69元（64991714.41-50958936-3249585.72）。丰泽分公司主张工程欠款的诉讼请求成立，本院予以支持。
因双方未约定利息，也未实际达成新的计息标准，根据（最高人民法院关于《审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》）第十七条之规定，丰泽分公司有权按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息标准向泰和公司主张占用工程款期间利息。丰泽分公司提出赔偿利息损失的诉讼请求成立，本院予以支持。
关于争议焦点四。双方约定涉案工程竣工日期为2013年8月30日，实际竣工日期为2014年6月16日，故丰泽分公司逾期竣工本院予以认定。但在实际施工中，泰和公司存在增加工程量，未能按约定提供图纸、开工条件，预付工程款及发生设计变更及拖欠工程款等情形，本院予以认定。依照双方签订的《建设工程施工合同》通用条款13.1条约定，工期相应顺延。故泰和公司以逾期竣工主张违约金的诉讼请求不能成立，本院不予支持。
丰泽分公司因本案诉讼支付保全担保费120000元、保全费5000元、鉴定费530000元，合计655000元，该费用因涉案产生应根据双方胜诉比例分担。
综上，丰泽分公司的诉讼请求部分成立，本院予以支持。泰和公司的反诉请求不能成立，本院不予支持。。依据《中华人民共和国合同法》第四十四条、第一百零九条、第二百七十九条、（最高人民法院关于《审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》）第十七条及《中华人民共和国民事诉讼法》第七条、第一百四十二条之规定,判决如下：
一、被告（反诉原告）新源县泰和房地产开发有限责任公司于本判决生效后30日内支付原告（反诉被告）伊犁金鑫建筑工程有限责任公司新源县丰泽分公司工程欠款10783192.69元，并按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息标准向原告（反诉被告）伊犁金鑫建筑工程有限责任公司新源县丰泽分公司赔偿占用该工程欠款期间利息损失（从2014年6月16日至实际还款之日按工程欠款10783192.69元计息。）；
二、被告（反诉原告）新源县泰和房地产开发有限责任公司于本判决生效后30日内支付原告（反诉被告）伊犁金鑫建筑工程有限责任公司新源县丰泽分公司保全担保费、保全费、鉴定费，合计131000元（655000×20%）；
三、驳回原告（反诉被告）伊犁金鑫建筑工程有限责任公司新源县丰泽分公司的其他诉讼请求；
四、驳回被告（反诉原告）新源县泰和房地产开发有限责任公司的反诉请求；
如果未按本判决指定的期限履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费260812元，由伊犁金鑫建筑工程有限责任公司新源县丰泽分公司负担208649.6元，由新源县泰和房地产开发有限责任公司负担52162.4元。反诉费123800元，全部由新源县泰和房地产开发有限责任公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于新疆维吾尔自治区高级人民法院。当事人上诉时，应在递交上诉状次日起七日内向本院预交上诉费，预期则视为放弃上诉权。
审 判 长 王英奇
审 判 员 周丽萍
人民陪审员 毛丽旦
二〇一七年四月九日
书 记 员 孙 璇