广西壮族自治区田东县人民法院
民 事 判 决 书
（2016）桂1022民初176号
原告:上海欧陆环境工程公司。住所地：上海市浦东新区金桥出口加工区金港路***号*幢*层**室。
法定代表人：梁德聪，该公司总经理。
委托诉讼代理人：邓春光，广西广为律师事务所律师。
被告：广西田东工业投资开发有限公司。住所地：广西田东县平马镇油城路13号（县财政局*楼）。
法定代表人：黄强，该公司总经理。
委托诉讼代理人：黄党生，广西龙翔律师事务所律师。
委托诉讼代理人：蔡成勇，男，广西田东工业投资开发有限公司总工程师。
原告上海欧陆环境工程公司（以下简称：上海欧陆公司）诉被告广西田东工业投资开发有限公司（以下简称：田东工投公司）建设施工合同纠纷一案，本院于2016年1月11日受理后，依法由审判员林瑛、蒙秋美，人民陪审员林忠将组成合议庭公开开庭进行了审理。由于审判员林瑛、蒙秋美因另案发回重审需回避及工作调动的原因，本案依法另行组成由审判员ＸＸ纯，人民陪审员林忠将、韦彩云组成的合议庭公开开庭进行了审理。原告上海欧陆公司委托代理人邓春光，被告田东工业投资公司委托代理人黄党生、蔡成勇到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告上海欧陆公司向本院提出诉讼请求：一、被告田东工投公司向原告上海欧陆公司支付工程款2719695.77元（其中主合同工程款648300元，附加工程款2071395.77元）；二、被告田东工投公司向原告上海欧陆公司支付违约金323099.85元（自2015年2月3日起，暂计至11月30日止，之后计算至付清之日止）。事实与理由：2010年3月30日，原、被告双方签订了一份《广西田东石化工业园区污水处理工程项目工程设计、土建施工、成套设备供货及安装、调试总承包工程总承包合同》，被告是发包人，原告是承包人。合同签订后，原告所承建的污水处理工程项目已于2015年1月29日竣工验收，并根据被告要求，原告已开具5050000元发票交给了被告，被告要求的竣工图已由监理签字确认并送交工委，工程已全部完成。按照双方约定，被告应当于竣工验收后15天支付给原告进度款648300元。另外，主合同之外附加工程部份，原告也已经完成多年，被告只支付地基处理部份的60%，尚欠原告地基处理工程款908095.77元及挡土墙＋道路＋房屋精装修工程款1163300元，两项合计2071395.77元。原告认为，被告拖欠原告工程款，严重损害了原告的合法权益，并构成了违约。
原告对其主张提供以下证据：1、《工程总承包合同》，证明双方发包承包的事实；2、《招标控价书》，证明双方经过合法招标的事实；3、项目评审结论书，证明项目通过评审的事实；4、农民工工资保证金材料，证明项目合法手续的材料；5、建设工程竣工验收报告，6、工程竣工相关材料，7、建设工程质量竣工验收意见书，8、建筑工程质量保修书，9、竣工验收备案表，5－9证据证明已经竣工验收的事实；10、复函，11、律师公函，12、快递单，10－12证据证明被告拒绝支付工程款的事实；13、竣工验收资料移交明细，证明原告已经移交竣工资料的事实；14、建设项目审计资料签收清单，证明项目已经通过审计的事实，15、发票，证明原告已经开具发票的事实；16、《广西田东石化工业园区污水处理工程项目工程总承包合同补充协议－超深基础部分》、17、工程预算情况说明、18、市政工程预算书，这三份证据证明原、被告双方签订有附加工程协议的事实；19、照片，证明《工程造价鉴定成果文件》中，被告不予认可工程量，原告已完成施工的事实。
被告田东工投公司未作书面答辩，在庭审中口头答辩称，原告要求支付648300元，该工程尚未验收，还没有到支付时间，被告不同意支付。原告要求支付附加工程款2071395.77元，没有事实和法律依据，该附加工程原、被告双方没有签订施工合同，工程造价双方也没有落实，也没有进行结算。原告要求被告支付违约金也没有事实依据，工程没有验收，被告要求原告整改的部分，原告也没有进行整改，其要求支付违约金没有依据。
被告为其主张提供以下证据：1、关于解决广西田东石化工业园区污水处理工程项目存在的问题的函，证明原告在该工程建设中还存在问题；2、竣工验收存在问题整改通知书、竣工验收存在问题整改验收意见书，证明原告对工程存在的问题至今没有进行整改，验收意见书中没有被告的签字确认；3、关于派员前来调试维护广西田东石化工业园区污水处理中控系统的函、附田东县环保局整改通知（东环限改字【2016】7号），证明原告施工的工程存在质量问题且至今没有进行整改；4、关于请求派工程技术人员处理广西田东石化工业园区污水厂项目存在问题的函，证明原告施工的工程存在质量问题且至今没有进行整改；5、照片，证明涉案工程存在质量问题。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。被告田东工投公司对原告上海欧陆公司的证据材料，提出了如下质证意见：
对原告证据1、7、10、12、13、15无异议；对证据2、3的关联性有异议，主合同没有约定该内容，被告没见到证据原件不予认可；对证据4的真实性、关联性有异议，被告没有见到该证据原件，并且该证据属于油城路小学教学楼工程项目，与本案无关；对证据5的真实性、合法性、关联性均有异议，原告没有提交原件，该证据不是总验收报告而是分项验收报告，竣工验收报告中除有一份有被告签字外，其他都没有被告或负责人签字盖章，该工程没有完成验收；对证据6的真实性、合法性、关联性有异议，相关材料只是分项验收，其中《地基验槽记录》中有部分材料没有被告及相关负责人签字或盖章；对证据8的真实性、关联性有异议，因为该份证据只有原告的签字盖章，并没有被告的签字盖章，被告不予认可；对证据9的真实性无异议，相关的竣工材料都没有经过质监站、消防、环保等职能部门依法确认备案；对证据11的真实性有异议，被告认为律师公函所陈述的内容有异议；对证据14的真实性有异议，没有原、被告盖章确认；对证据16的超深部分的真实性无异议，对《招标控价书》的关联性有异议，主合同没有该内容；对证据17、18的真实性、合法性、关联性有异议，没有原、被告的盖章确认；对证据19的关联性有异议，不能证实照片上的项目系原告施工。
原告上海欧陆公司对被告田东工投公司的证据材料，提出了如下质证意见：
对被告证据1的真实性、合法性、关联性有异议，认为该证据所列举的问题是在使用过程中出现的问题，不属于工程质量问题，且该证据落款时间为2015年10月27日，属于工程使用多年后，被告提出，不能证明工程存在质量问题；对证据2的真实性无异议，对关联性有异议，认为该证据所列举的问题，原告已经整改完毕；对证据3、4、5合法性、关联性有异议，该证据属于事后补充。
本院对原告上海欧陆公司、被告田东工投公司的证据材料认证如下：原告提交的证据1、7、10、12、13、15，被告无异议，对于上述证据与其相对应的事实，本院予以确认，可作为本案的定案依据。原告提交证据2、招标控价书3、项目评审结论书，与其提交的证据16《广西田东石化工业园区污水处理工程项目一程总承包合同补充协议—超深基础部分》相互印证，形成完整的证据链，被告提出主合同没有该工程合同内容，没有事实依据，因此，对于原告提交的证据2、3、16，本院依法予以确认。原告提交证据4田东县劳动保障监察大队关于农民工工资保证金返还需提供材料，及田东县人力资源和社会保障局、田东县住房和城乡规划建设局的公示，证实原告承办的涉案工程就农民工问题已依法履行公示程序，不存在拖欠农民工工资的违法问题，对此，本院予以确认。原告提交证据5建设工程竣工验收报告，属于监理单位广西华蓝工程咨询管理有限公司就原告建设本案的工程项目进行工程监理活动，其中对工程名称：广西田东石化工业园区污水处理项目（污泥池、二沉池、水解酸化池、消毒池、调节事故池、A/O池、格栅及集水池）的施工单位工程竣工报告，与监理单位工程竣工质量评价报告相互印证，以及该组证据的其他监理单位工程竣工质量评价报告、建设工程竣工验收报告与原告提交的证据6、7、9相互印证，并形成完整的证据链，因此，对于原告证据5、6、7、9，本院予以确认。原告提交的证据8，属于原告履行工程质量保证条款的义务，被告虽对其真实性、合法性、关联性有异议，但未提交相反证据予以反驳，因此对于该证据，本院予以确认。原告提交的证据10，仅能证明原告曾向被告主张支付尚欠工程款的义务，对此本院予以确认。原告提交的证据14，该证据的签收人与证据13均为被告田东工投公司的同一员工，被告认为没有盖章无效，没有事实和法律依据，因此，对于该证据本院予以确认。原告提交证据17、18、19，相互印证，并形成完整的证据链，被告提出异议，但未能提交相反证据予以反驳，因此，对于证据17、18、19本院予以确认。
被告提交证据1、2、3、4、5属于涉案工程使用过程中，存在的问题，原告虽提出异议，但未提交相关证据予以反驳，因此，对于上述证据的真实性，本院予以确认。
原告对广西金算子建设工程咨询有限公司作出的金百鉴字【2016】011号《工程造价鉴定成果文件》无异议。被告对该鉴定成果文件有异议，认为没有按照合同约定的程序向被告发出通知进行验收。本院认为，双方当事人对污水处理厂厂区道路、挡土墙、办公房精装修等主合同外的附加工程技术、验收问题并没有作出相应的约定，本案在审理过程中本院实地勘查，上述工程确实存在直观上的问题，如部分厂区道路沉降开裂，门卫室墙体下沉、门卫室西侧围墙地基部分下沉、厂区挡土墙倒塌等，但这仅仅是部分工程质量问题，不能完全否定原告所作工程的成果，该《工程造价鉴定成果文件》依据其现场实地测量数据并结合原告提供的工程量及做法进行鉴定，具有一定的客观性、真实性，本院依法予以确认。
综合本案的有效证据，本院确认以下法律事实：
2010年3月30日，招标单位广西科联招标中心2010年3月16日发出中标通知，原告上海欧陆公司作为乙方与被告田东工投公司作为甲方签订了《广西田东石化工业园区污水处理工程项目工程设计、土建施工、成套设备供货及安装、调试总承包工程总承包合同》，其中与本案纠纷有关的合同条款有：由原告上海欧陆公司承担广西田东石化工业园区污水处理工程项目工程施工总承包，包括工程设计、土建施工、成套设备供货及安装、调试总承包工程工作，甲方将向乙方支付相应报酬；3.1合同价格：合同总价为21802000元，包括工程设计、土建施工、合同设备、部件（含备品备件、专用工具、技术资料）价格、技术服务费、以及合同设备的税费、运保费、安装费、调试费等本合同中乙方应承担的所有义务和工作的费用，各单项费用详见“投标文件”；3.6除非是工程的变更或合同项中另外规定，合同价格应是一个不变的总包价格，如遇下列情况，本合同总价作相应调整：3.6.3由于甲方原因，在施工中新增加或减少了工程项目；3.6.5甲乙共同认可的其他因素；支付条款：4.3.5乙方完成主要土建（主要构筑物、建筑物的主体工程）并通过验收后15个工作日内，甲方支付完成至土建工程工程量费用的80%（即3353200元）给乙方；4.3.8本工程竣工验收合格及技术服务、培训完成后15个工作日内，或具备验收条件，非乙方原因导致未通过环保部门验收，工程完成后3个月内，甲方留5%质保金，其余（即1523900元）支付给乙方；4.3.9质保金为合同金额的5%（即1090100元），质保期（质保期一年）满后15个工作日内甲方全部付清；4.3.10甲方每支付以上款项的同时，乙方开具相应款项的收据给甲方，当甲方付至合同金额95%的同时或2010年9月30日前，乙方到项目所在地的税务部门开具全额的工程发票给甲方；工期为2010年10月30日前完成所有工程；9.1.1工程质量应当达到合同约定的质量标准，质量标准的评定以国家或行业的质量检验标准为依据。因乙方原因工程质量达不到的质量标准，乙方承担违约责任；9.1.2双方对工程质量有争议，由双方同意的工程质量检测机构鉴定，所需费用及因此造成的损失，由责任方承担，双方均有责任，由双方根据其责任分别承担；17.1.1工程具备竣工验收条件，乙方按国家工程竣工验收有关规定，向甲方提供完整竣工资料及竣工验收报告；乙方在具备竣工验收条件后14天内，向甲方提供竣工图6套，乙方资料及竣工资料应符合田东县城建档案馆的要求，并且应当及时、充分、完整地提供给甲方；17.1.2甲方收到竣工验收报告后14天内组织有关单位验收，并在验收后7天内给予认可或提出修改意见，乙方按要求修改，并承担由自身原因造成修改的费用；17.1.3甲方收到乙方送交的竣工验收报告后14天内不组织验收，或验收后7天内不提出修改意见，视为竣工验收报告已被认可；17.1.4工程竣工验收通过，乙方送交竣工验收报告的日期为实际竣工日期；工程按甲方要求修改后通过竣工验收的，实际竣工日期为乙方修改后提请甲方验收的日期19.4甲方不按本合同及时支付工程价款，每日按未支付价款的0.04%向乙方支付违约金；19.7如果甲方迟付合同款，甲方将向乙方支付违约金，最大违约金总额不得超过合同金额的5%。合同还对合同的一般规定；工期；工作职责；设计、施工和安装；施工组织设计；质量和检验；监造与检验；安全施工；设备、材料供应；交货和运输；包装与标记；技术服备和联络；合同的变更、修改、中止和终止；质量保证期；违约责任；保险；税费；分包；履约保证金；不可抗力和合同争议的解决等进行了约定。同时，双方就广西田东石化工业园区污水处理工程项目工程设计、土建施工、成套设备供货及安装、调试总承包工程还达成了《技术协议》，该协议作为总承包合同的合同附件。技术协议对废水处理厂的验收作出特别约定：1.5第二款废水处理厂的验收：1、设备安装完毕后，乙方应书面向甲方申请，提出验收要求。甲方在14日内组织有关部门进行验收；若因甲方原因在28日内未能完成验收，则视为验收合格；2、设备验收完毕后14日内，甲方应配合提供系统调试条件，否则视为调试开始；3、调试期预计60天，之后进入试运行价段；若因甲方不能提供调试条件而致使试运行时间延后，则视为调试开始60天后进入试运行阶段；4、甲方负责向相关环保部门和环境监测大队提出要求检验的申请；5、处理后废水，经相关环保部门三次监测合格方能合格验收；6、对废水处理站验收程序、标准按相关环保部门的有关规定执行。
2014年11月2日，由监理单位与原告就所涉工程主要控制资料进行核查，双方确认资料基本齐全，能反应工程质量情况，达到保证结构安全和使用功能的要求，同意验收。当日，由设计单位上海环境工程设计研究院有限公司、监理单位广西华蓝工程咨询管理有限公司、建设单位被告田东工投公司分别对原告承建的办公楼、风机房加氯间配电室加药间（Ⅰ）机修间、污泥脱水机房加药间（Ⅱ）的工程质量竣工进行验收，结果均为：合格，同意验收。
2014年11月3、6日，原告上海欧陆公司与监理单位广西华蓝工程咨询管理有限公司分别就广西田东石化工业园区处理项目污泥脱水机房加药间（Ⅱ）；风机房加氯间配电室加药间（Ⅰ）；办公楼；污泥池、二沉池、水解酸化池、消毒池、调节事故池、A/O池、格栅池及集水池；污泥脱水机房加药间（Ⅰ）等进行单项竣工验收。2014年11月25日，被告田东工投公司与原告就广西田东石化工业园区污水处理项目的污泥池、二沉池、水解酸化池、消毒池、调节事故池、A/O池、格栅池及集水池进行竣工验收，验收意见载明：1、本工程的各项资料经审核，基本齐全，符合要求；2、本工程有3个分部：地基与基础、主体、建筑装饰，均评为合格；3、本工程观感评为一般；4、综合上述，本工程质量合格，同意接收使用。该竣工报告有项目负责人蔡成勇签名及被告单位盖章。
2015年1月29日，由原告上海欧陆公司、被告田东工投公司及勘察单位、设计单位，分别对原告承建广西田东石化工业园区污水处理厂的污泥池、二沉池、水解酸化池、消毒池、调节事故池、A/O池、格栅池及集水池等主要工艺构筑物；办公楼；风机房加氯间配电室加药间（Ⅰ）机修间；污泥脱水机房加药间（Ⅱ）等四工程建设项目出具《建设工程质量竣工验收意见书》，其中建设单位、施工单位、勘察单位、设计单位、监理单位资料完整，综合验收结论（工程质量是否合格）：合格工程。上述建设工程质量竣工验收意见书有原、被告、勘察单位、设计单位的相关负责任人签字并加盖单位公章。当日，原告就上述承建四工程建设项目分别向被告出具《建筑工程质量保修书》。但在建设工程质量保修书中，被告在发包人一栏没有签字盖章。
2010年12月30日，根据田东石化工业园区污水处理工程项目的地质勘探报告，设计部门对该项目的超深基础处理方案进行论证后，并经业主组织有关专家审核同意后，原、被告双方签订《广西田东石化工业园区污水处理工程项目工程总承包合同补充协议—超深基础部分》，约定：工程名称为超深基础；工程内容为土方开挖、搬动和回填；工程总额为土方开挖约990000元，回填约1900000元，共2890000元，工程结算时以审计部门审定的造价为准。2011年8月4日，田东县财政局对该超深基础工程作出编号：2011-084号《财政投资项目评审结论书》，审定金额为2248095.77元。
2014年8月11日，因污水处理厂建设需要，原、被告约定工程项目合同外增加工程量：1、厂区道路，预算价为296589元；2、厂区挡土墙，预算价为814549元；3、办公房精装修，预算价为52162元，共计1163300元。此事实有被告田东工投公司总工程师蔡成勇与原告上海欧陆公司代表汤永宏在《田东石化工业园区污水处理厂工程合同处增加工程量预算情况说明》上签字予以确认。本案审理期间，原告申请对附加工程部份进行工程造价鉴定，经本院委托广西金算子建设工程咨询有限公司进行鉴定，该公司于2016年12月13日作出金百鉴字[2016]011号工程造价鉴定报告书，鉴定结论为：双方已确认部分为77509.23元，双方未达成一致意见部分为955925元，二项合计1033434.23元。
合同签订后，原告上海欧陆公司即按合同约定进场施工，被告也按合同约定分多次向原告支付工程进度款共计人民币20711900元，余下主合同工程款648300元未付。另外，被告还向原告支付超深基础工程款1340000元，余下908095.77元未付。对于挡土墙+园区道路+房屋装修工程款等附属工程的工程款，被告以工程量、工程质量等原因，未向原告支付附加工程的工程款。为此，原告诉至法院，并提出前述诉讼请求。
另查明，2016年3月21日，百色市环境保护局对田东石化工业园区污水处理工程项目予以竣工环境保护验收公示，公示期从2016年3月21日起7日。期限届满后，百色市环境保护局于2016年3月31日作出百环验字【2016】8号《关于广西田东石化工业园区污水处理工程项目竣工环境保护验收申请的批复》，同意该项目通过竣工环境保护验收，准予投入正式运行。2016年5月20日，田东县环境保护局对田东石化工业园区污水处理厂进行调查，发现如下问题：1、污水排放口蓄水罐容量不足，导致蓄水罐溢水，污水排放口积水，在线监测流量虚高；2、在线监控设备监控项目缺少氨氮监测指标；3、未按环评要求建设危险废物贮存库房；4、中控系统功能不完善；5、环保治理设施运行台账不完善。
本院认为，依法成立的合同受法律保护。原、被告签订《工程总承包合同》及附件《技术协议》、《工程总承包合同补充协议—超深基础部分》、《工程合同外增加工程量预算情况说明》均系原、被告的真实意思表示，且内容不违反法律法规的强制性规定，应当确认合法有效，对原、被告均具有法律约束力。若原告按照合同约定按质按量地全面完成工程建设，并向被告提供相关技术及服务培训，被告应当按约定全面地履行给付价款的义务。
本案争议焦点：一、涉案主合同工程是否已进行了竣工验收？二、被告是否应当支付尚欠主合同工程款、超深基础的工程款、附加合同工程款？三、违约金是否应当予以支持？
焦点一。从原、被告签订《工程总承包合同》及《技术合同》有关竣工验收的条款约定，本案涉案工程竣工验收分为工程建设验收和环保验收两部分。首先，工程建设方面的验收。2015年1月29日，原告作为施工方，被告作为建设单位，与勘察、设计单位共同对涉案田东石化工业园区污水处理项目进行工程建设验收，评定建设工程为合格工程。因此，各方当事人已就本案的主合同工程通过建设验收。其次，环保方面的验收。本案涉案工程为工业污水处理工程，该工程属于公共利益的建设工程项目，根据原、被告签订的《工程总承包合同》及《技术合同》，约定有涉案废水处理厂验收有环保验收的条款，该条款属于特别条款，按特别条款优于一般条款的原则，涉案工程的竣工验收日期，应当以通过环保验收为准。2016年3月31日，百色市环境保护局作出百环验字【2016】8号《关于广西田东石化工业园区污水处理工程项目竣工环境保护验收申请的批复》，同意项目通过竣工环境保护验收，并准予投入正式运行。因此，2016年3月31日百色市环境保护局的竣工环境保护验收批复日期应当为涉案污水处理厂的建设工程通过全面验收日期。最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释第十四条：“当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：（三）建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。”合同约定的污水处理厂，原告业已建设完毕并将工程移交被告，被告已实际使用。因此被告认为涉案工程没有经过竣工验收的主张没有事实依据，本院不予采信。
焦点二。《工程总承包合同》第4.3.8款约定：“本工程竣工验收合格及技术服务、培训完成后15个工作日内，……，甲方留5%质保金，其余（即1523900元）支付给乙方。”涉案工程已于2016年3月31日已通过竣工验收，在原告履行技术服务、培训义务后，被告应当按此条款向原告履行支付主合同工程款至95%的给付义务。原告虽未能提交其已履行技术服务、培训义务的相关证据，但考虑从主体建设验收合格后，被告进行了试运行，以及环保验收竣工后，从2015年2月起被告已实际使用污水处理厂二年多，整个过程中被告已自行掌握设备性能，系统运行、操作和维护等，现原告请求被告支付尚欠主合同工程款648300元，符合合同的约定，亦有法律依据，本院依法予以支持。至于原告是否确实履行了技术服务、培训义务等属于质保问题，应当另案处理。
《工程总承包合同补充协议—超深基础部分》第七条：“工程竣工并经甲方组织有关部门验收合格后，15个工作日内支付由田东县财政局评审中心审核的工程总额的60%，其余经审计部门的审计决算确认后15个工作日内支付”。2011年8月4日田东县财政投资评审中心就本案超深基础部分作出财政投资项目评审结论书（编号：2011-084号），审定金额为2248095.77元。原告未能提交超深基础工程业已通过审计部分审计的相关证据，应支付工程款应按上述合同约定，以田东县财政局评审中心审定金额的60%支付，即应付1348857.46元（2248095.77元×60%），扣除已付1340000元，未付8857.46元。原告诉请要求被告支付尚欠超深基础部分的工程款908095.77元，无充分证据证明，也不符合合同约定，其不合理部分，本院不予支持。对于超深基础部分的余下工程款，应待审计结果后再行支付。
2014年8月11日，原告的公司代表汤永宏与被告总工程师暨本案诉讼代理人蔡成勇就附加工程量及预算进行核对，双方对厂区道路、厂区挡土墙、办公房精装修等附加工程预算为1163300元。本案在审理过程中，原告就附加工程造价进行鉴定评估，本院依法委托广西金算子建设工程咨询有限公司进行工程造价评估，该公司作出金百鉴字【2016】011号《工程造价鉴定成果文件》，结论为：1、双方已确认部分77509.23元；2、双方未达成一致意见部分955925元（其中：挡土墙工程：755549.9元；道路工程200375.1元；养老保险：23871.16元）。对于双方确认部分，本院依法予以确认。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条：“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。”双方未达成一致意见部分的工程只涉及挡土墙工程、厂区内道路工程，厂区道路已使用，而对于挡土墙工程，被告未能提交相关证据证明其存在质量问题，且广西金算子建设工程咨询有限公司系具有合法资质的司法鉴定机构，在鉴定过程中没有违反法定程序，其对双方未达成一致意见的挡土墙工程、厂区内道路工程的造价鉴定成果具有客观性、真实性，被告未提交相关证据予以反驳，因此，对于该鉴定结果本院予以采信。被告认为双方附加工程没有签订合同，工程造价没有落实，也没有进行结算，不同意支付工程款的主张没有事实和法律依据，本院不予以采信。因此，附加工程的工程款应当按广西金算子建设工程咨询有限公司的鉴定结论为准，即1033434.23元（双方确认部分77509.23元+双方未达成一致意见部分955925元），被告应当向原告支付。至于原告主张超过的部分没有事实依据，本院不予支持。
焦点三。本案中，原告应当全面履行合同约定的工程设计、土建施工、成套设备供货及安装、调试总承包工程工作外、技术服务、培训的合同义务。《工程总承包合同》第4.3.8款约定：“本工程竣工验收合格及技术服务、培训完成后15个工作日内，……，甲方留5%质保金，其余（即1523900元）支付给乙方。”第15条对技术服务和联络的进行了约定，从原告提交的证据中未能证实其已履行了合同约定的技术服务、培训的义务，对此原告应当负有举证不能的不利后果，因此，原告未全面履行义务，被告未支付工程款，并未构成违约。原告要求从2015年1月29日起支付违约金的主张，没有事实和法律依据，本院不予支持。
另外，被告主张其提交5份证据，主张原告承建工程存在质量问题，但这些均是部分工程质量的问题，亦属于质保的问题，其不能作为拒不支付本案工程款的合法理由，也不符合《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条的规定，因此，对于被告以部分工程质量为由，拒不履行工程的主张，本院不予支持。
综上所述，被告田东工投公司应当向原告支付工程款1690591.69元（主合同工程款648300元+超深基础工程8857.46元+1033434.23元）。原告诉请，有事实和法律依据的部分，本院依法予以支持。不合理合法的部分，本院不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零九条、第一百二十条、第二百六十九条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第六十五条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条、第十四条第（三）项、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条的规定，判决如下：
一、被告广西田东工业投资开发有限公司向原告上海欧陆环境工程有限公司支付工程款1690591.69元；
二、驳回原告上海欧陆环境工程有限公司的其他诉讼请求。
案件受理费31142元，由原告上海欧陆环境工程有限公司承担11834元，被告广西田东工业投资开发有限公司承担19308元（本诉受理费原告已预交，本院不予退回，由被告在支付上述款项时一并直接向原告支付）。
上述应付款项，义务人应于本案生效判决送达之日起十日内履行完毕，逾期则应加倍支付迟延履行期间的债务利息，权利人可在本案生效判决规定履行期限最后一日起二年内向本院申请执行。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于百色市中级人民法院。并于上诉期限届满之日起七日内预交上诉费（户名：待结算财政款项－－法院诉讼费专户，帐号：60×××97，开户行：农行百色分行营业部），逾期不交的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 ＸＸ纯
人民陪审员 林忠将
人民陪审员 韦彩云
二〇一七年六月二十六日
书 记 员 冼维彬