河北省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）冀民终371号
上诉人（原审被告）：时代（邯郸）装备机械物流城有限公司，住所地河北省邯郸市经济开发区新区。
法定代表人：吴世勋，该公司总经理。
委托诉讼代理人：赵文斌，河北十力律师事务所律师。
委托诉讼代理人：郭昊旻，河北十力律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：中铁四局集团钢结构建筑有限公司（原名称为中铁四局集团钢结构有限公司），住所地安徽省合肥市环湖东路。
法定代表人：阮正洁，该公司执行董事。
委托诉讼代理人：李志，该公司法律顾问。
委托诉讼代理人：方源，该公司项目经理。
上诉人时代（邯郸）装备机械物流城有限公司（以下简称时代物流城公司）因与被上诉人中铁四局集团钢结构建筑有限公司（以下简称中铁四局钢结构公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服邯郸市中级人民法院(2015)邯市民三初字第25号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年5月9日立案后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人时代物流城公司委托诉讼代理人赵文斌，被上诉人中铁四局钢结构公司委托诉讼代理人李志、方源到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
上诉人时代物流城公司上诉请求：请求依法撤销一审判决第一、二项，发回重审或者查明事实后依法改判核减上诉人多承担的2875471元工程款；本案一审、二审诉讼费用由被上诉人承担。事实和理由：一、一审判决认定的部分事实错误。1、一审判决认定的工程款总额错误，被上诉人重复计算的管理费、利润、税金2875471元应从工程款中扣除。就本案工程款的结算总额，2013年5月10日上诉人与被上诉人约定了结算金额须进行结算审计。后经审计，核减的工程款结算金额为35082359元（其中核减了双方争议的管理费、利润、税金共计2875471元）。而一审法院无视该审计结果，对上诉人提出的针对争议项工程款审计鉴定申请又不予采纳，径行认定本案工程款的总额为37957830元，无事实和法律依据。2、一审判决认定“2013年6月1日，中铁四局钢结构公司承建工程完工并通过竣工验收，交付时代物流城公司使用”显属错误，与事实不符，与“2014年8月12日，3号仓储中转站整体竣工”的一审认定相互矛盾。2013年6月1日只是涉案工程初步竣工的日期，不是实际竣工日，这与2013年8月4日上诉人督促被上诉人尽快完成剩余工程及有关事项的通知、2013年5月23日出具的工期需顺延至2013年8月的证明相互印证，证实2013年6月1日并不是被上诉人诉称的工程实际竣工日，实际竣工日应为竣工验收备案证明书证明的2014年8月12日。一审判决认定的实际竣工日错误，实际竣工日关系到被上诉人是否承担延误工期的违约责任，恳请二审法院根据证据重新作出认定。二、被上诉人延误工期、承包的工程存在质量问题应予赔偿，该违约金可从上诉人应付工程款中扣除，扣减后上诉人不应支付被上诉人工程款。一审法院认定本案应以非备案合同为双方实际履行的合同作为定案依据。非备案合同约定本案工程应于2013年2月6日竣工，补充协议一约定新增工程的工期按主合同工期顺延20天，由此可以确定非备案合同约定的涉案工程应于2013年2月26日竣工。事实上，无论按照被上诉人主张的2013年6月1日工程竣工，还是按照《河北省建设工程竣工验收备案证明书》证明的2014年8月12日工程竣工，都可以证实被上诉人的延误工期违约行为。结合非备案合同第三部分“专用条款”第35.2条“因承包人原因造成工期延误，每延误一天的，承包人应向发包人支付80000元／天的违约金”的约定，本案工程实际竣工日为2014年8月12日，从2013年2月27日至该日共531天，以80000元／天计算，被上诉人延误工期应支付上诉人违约金4248万元，上诉人合理酌定其违约金额扣减上诉人应付的工程款，再扣除其工程质量问题的修复费用，上诉人不应再支付其工程款。三、一审判决就上诉人提起的工程款审计鉴定和管辖权异议申请予以驳回程序违法，剥夺了上诉人的实体权利。就工程款审计鉴定而言，一审判决不应驳回上诉人的申请。本案中，双方当事人2013年5月10日约定了工程款须通过审计结算，该约定是对原合同固定单价结算方式的变更，因双方对工程款中的管理费、利润、税金2875471元发生争议，人民法院应当就该争议事项通过专业审计部门出具的鉴定结论为依据，其仅凭被上诉人的辩解对上诉人的鉴定申请不予支持显属错误。其次，《民事诉讼法》第127条规定了人民法院对当事人提出的管辖权异议，认为异议不成立的，裁定驳回。就上诉人一审中提起的管辖权异议而言，至今没有生效的民事裁定书裁定驳回上诉人的异议。河北省高级人民法院作出的（2015）冀民一终字第532号民事裁定书仅仅认为本案两份合同哪份合同为实际履行合同，哪份合同作为结算的依据需通过案件实体审理依法确定，省高院的裁定并未驳回上诉人的管辖权异议，故一审法院应当就本案适用哪份合同，即管辖权问题先行审理，而一审法院在没有驳回管辖权异议生效裁定法律文书的前提下径行对工程款结算等事宜进行实体审理，程序违法。
被上诉人中铁四局钢结构公司辩称：1、一审认定涉案工程款总额为37957830元是正确的，上诉人主张扣减2875471元管理费、利润及税金没有事实及法律依据。上诉人所称的审计系指其对答辩人提交的结算进行审核，双方并没有约定由专门的审计机关出具审计意见作为工程价款结算的依据。答辩人一审证据4《关于邯郸时代物流园3#会展中心（仓储中转站）工程竣工结算事宜的说明》已经确认，双方对工程数量没有争议，有争议的系管理费、利润及税金是否重复计算。一审法院通过合同报价单、新增工程报价单，以及上诉人批复的验工计价表等证据，认定综合单价不包含管理费、利润及税金，从而确定工程款总额为37957830元，证据确凿、充分，一审认定事实正确。上诉人关于结算金额为35082359元的主张没有事实及法律依据。2、一审关于工程竣工日期的认定正确，答辩人不存在工期延误违约行为。且上诉人以延误工期作为抵扣工程款的抗辩理由依法不能成立。答辩人一审证据6《建设工程竣工验收报告》、证据4《关于邯郸时代物流园3#会展中心（仓储中转站）工程竣工结算事宜的说明》均能证明涉案工程于2013年6月1日通过竣工验收，一审认定事实正确，答辩人不存在延误工期违约行为。退一万步讲，即使有工期延误，上诉人也不能以此作为不支付工程款的抗辩理由。因为双方签订的合同约定承包人延误工期应承担违约金，但并没有约定延误工期违约金可以扣抵工程款。因此，关于工期延误，不能作为抵扣工程款的抗辩理由，而是一项独立的请求权，上诉人在一审时未提反诉，可以另行主张。事实上，上诉人已经另案起诉答辩人承担工期延误违约责任，因此，在本案中上诉人将工期延误作为拒绝支付工程款中的抗辩理由依法不能成立。3、上诉人诉称工程存在质量问题没有事实依据，且其以工程存在质量问题作为不支付工程款的抗辩理由也不能成立。涉案工程已竣工验收合格并交付上诉人使用，不存在质量问题。目前工程质量保证金的返还期限已届满，合同约定的付款条件已经成就，上诉人以工程存在质量问题为由不支付工程款的抗辩理由不能成立。4、一审程序合法。上诉人关于工程款鉴定理由不能成立。因为涉案工程的工程量已经双方核对，不存在争议，争议事项为管理费、利润及税金是否重复计算，该争议事项不属于鉴定范围，法院依据合同及履行证据即可查明的事实不需要经过专门鉴定，故一审没有批准上诉人的鉴定申请，程序合法。5、关于管辖权的问题，河北省高院（2015）冀民一终字第532号民事裁定指令邯郸市中院进行审理。邯郸中院经开庭审理认定双方实际履行的合同为非备案合同，该合同约定管辖法院即为工程所在地人民法院，故邯郸市中院审理此案程序合法。
中铁四局钢结构公司向一审法院起诉请求：1、判令时代物流城公司向中铁四局钢结构公司支付工程款13157830元；2、判令时代物流城公司向中铁四局钢结构公司支付工程款利息及逾期付款违约金。（逾期支付工程进度款违约金618825.2572元，以3435944元为基数，按中国人民银行同期贷款逾期付款利率自2013年4月20日起暂计算至起诉之日；逾期支付工程完工款违约1033100.087元，以6117506元为基数，按中国人民银行同期贷款逾期付款利率自2013年6月2日起暂计算至起诉之日；逾期支付工程结算款利息148160.63元，以1706488.5元为基数，按中国人民银行同期贷款逾期付款利率自2013年10月28日起暂计算至起诉之日；逾期支付工程结算款违约金222240.946元，以1706488.5元为基数，按中国人民银行同期贷款逾期付款利率自2013年10月28日起暂计算至起诉之日；逾期返还质保金利息83179.09元，以1897891.5元为基数，按中国人民银行同期贷款逾期付款利率自2014年7月2日起暂计算至起诉之日；3、本案诉讼费用、财产保全费用由时代物流城公司承担。
一审法院认定事实：2012年10月23日，中铁四局钢结构公司报送的邯郸市时代物流园3号会展中心仓储中转站工程投标文件经时代物流城公司审查中标。2012年10月25日，中铁四局钢结构公司（承包人）与时代物流城公司（发包人）签订《建设工程施工合同》，合同约定：时代物流城公司将邯郸时代物流园3号会展中心（仓储中转站）土建及钢结构工程发包给中铁四局钢结构公司施工，承包范围：基础、主体钢结构、金属屋面、砼楼板等工程，建筑面积约31000m2，桁架结构最大跨度46M。合同工期100天，2012年10月25日开工，2013年2月6日竣工。质量标准合格，符合国家现行《工程施工质量验收规范》合格标准。合同价款3620万元，采用固定单价方式。合同签订后十个工作日预付800万元作为工程预付款，每月10日前按发包人和监理工程师共同核定的工程月进度价款的80%支付，工程完工后累计支付至90%（含预付款）时停止支付。工程竣工验收合格后，承包人应在7天内编制完成竣工结算资料，发包人应在收到承包人结算资料后7个工作日内累计付至结算价的95%，余款5%作为质保金，从工程竣工合格之后起一年后返还工程质量保修金。随后中铁四局钢结构公司与时代物流城公司签订补充协议一，就工程新增及变更设计内容进行了约定，采用固定总价，合同金额为1970500元。按主合同约定方式支付工程费用，主合同工期顺延20天。
中铁四局钢结构公司于2012年10月25日开始施工，实际施工范围为地基与基础，主体钢结构，金属屋面，砼楼板各分部工程，建筑面积30226.22M2。2012年11月2日，时代物流城公司支付中铁四局钢结构公司付款800万元。2012年12月18日，时代物流城公司批复第一次开累计价金额1986310元，2012年12月19日，中铁四局钢结构公司申请时代物流城公司支付130万元，2012年12月21日时代物流城公司支付中铁钢结构公司130万元；2013年1月16日批复第二次开累计价金额14726588元，2013年1月10日，中铁四局钢结构公司申请时代物流城公司支付600万元，2013年1月21日，时代物流城公司支付中铁钢结构公司600万元；2013年3月4日批复第三次开累计价金额22394245元，2013年3月5日，中铁四局钢结构公司申请时代物流城公司支付550万元，2013年3月8日，时代物流城公司支付中铁四局钢结构公司550万元；2013年4月5日批复第四次开累计价金额35294930元，2013年5月10日，中铁四局钢结构公司申请时代物流城公司支付400万元，2013年5月10日，时代物流城公司支付中铁四局钢结构公司400万元。
2013年5月10日，中铁四局钢结构公司与时代物流城公司达成一致意见，中铁四局钢结构公司在本工程合同任务完工前不上报验工计价，待监理确认结构竣工时上报结算资料，待结算审计完毕后付款至90%，在时代物流城公司房产证办理完毕时支付中铁四局钢结构公司款项至95%，剩余5%留作质保金待一年后支付。2013年5月23日，时代物流城公司与中铁四局钢结构公司协商一致因新增施工项目工期需顺延至2013年8月。2013年6月1日，中铁四局钢结构公司承建工程完工并通过竣工验收，交付时代物流城公司使用。2013年8月4日，时代物流城公司因场地平整及需返工修补工程通知中铁四局钢结构公司。2013年12月2日，中铁四局钢结构公司认可施工细节问题。2014年8月12日，3号仓储中转站整体竣工，2014年10月17日竣工验收。
2013年9月29日，中铁四局钢结构公司将工程结算资料提交时代物流城公司，报送结算金额42682408元。时代物流城公司于2013年12月对竣工结算资料进行审核。2014年7月29日，工程量核对后共核减7600049元，其中争议项为管理费、利润、税金计2875471元。2014年11月10日，时代物流城公司办理房屋所有权证书。
另查明：2013年9月13日，双方将显示签订日期为2012年10月25日的一份《河北省建设工程施工合同》（备案登记第201332号）到邯郸经济开发区建设局备案，合同约定：时代物流城公司将邯郸时代物流园3号会展中心（仓储中转站）土建及钢结构工程发包给中铁四局钢结构公司施工，承包范围：基础、主体钢结构、金属屋面、砼楼板等工程局部四层建筑面积30226.22m2。合同工期219天，2012年10月25日开工，2013年5月31日竣工。合同价款3620万元，采用固定单价方式。订立时间2012年10月25日。合同预付款800万元，进度款以月为单位，竣工时间和结算款适用合同第二部分通用条款67.2-67.7款（未约定逾期违约金）。质量保证金为合同价款的5%。工程竣工验收合格满二年后的28天内，发包人将剩余的质量保证金返还给承包人。
一审法院认为：关于管辖问题，因本案已经河北省高级人民法院裁定指令审理，故不再赘述。本案双方争议的主要焦点问题为备案合同和未备案合同的适用；时代物流城公司是否存在违约？如果违约，责任是什么；管理费、税金、利润是否存在重复计算；履行的合同是否经过变更。
本案中中铁四局钢结构公司与时代物流城公司签署经过备案的中标合同的建筑面积、合同工期、工程款支付、违约责任等虽然与未备案的合同不一致，但是结合两份合同约定内容的详略及工程款支付方式、期限及其他履行证据来看，应以非备案合同为双方实际履行的合同作为本案定案依据。中铁四局钢结构公司提出调取建设工程竣工验收报告，因时代物流城公司认可，故无需调取。中铁四局钢结构公司当庭提出申请一审法院调取时代物流城公司施工许可证，以证明工期延期验收系时代物流城公司没有办理施工许可证所致，一审法院认为该申请不能证明其目的，不予准许。本案工程款总额37957830元及已付工程款2480万元双方不持异议，一审法院予以认定。其中双方争议项为管理费、利润、税金计2875471元，时代物流城公司提出在中铁四局钢结构公司提交证据报价说明中（2-35）报价说明显示综合单价包括管理费、利润、税金，在工程报价单（2-38）中又显示管理费、利润、税金，属重复计算，经查上述费用虽在中铁四局钢结构公司的报价说明中约定综合单价包括，但是该公司的报价单中显示已经单列，在新增工程的报价单中亦显示该三项费用分项单独计算。时代物流城公司批复验工计价表也显示上述费用单列，由此可说明综合单价并不包含上述费用。而时代物流城公司又未提交反驳证据证明其主张，故时代物流城公司提出管理费、利润、税金重复计算的理由不成立，一审法院不予支持；时代物流城公司提出对工程量及造价进行鉴定，一审法院认为双方仅就管理费、利润、税金计2875471元是否重复计算产生争议，而该争议通过合同及履行证据即可查明，故鉴定没有必要，故对时代物流城公司鉴定申请，一审法院不予准许；根据2013年5月10日中铁四局钢结构公司给时代物流城公司出具的资金拨付情况证明看，中铁四局钢结构公司在本工程合同任务完工前不上报验工计价，待监理确认结构竣工时上报结算资料，待结算审计完毕后付款至90%，在时代物流城公司房产证办理完毕后支付中铁四局钢结构公司款项至95%，剩余5%留作质保金一年后支付，以上视为双方对原合同相关条款的变更。本案工程款总额应认定为37957830元。剩余工程款37957830×95%-24800000=11259938.50元时代物流城公司应予支付。因利息双方没有约定，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定：当事人对欠付工程价款利息没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算；第十八条规定：利息从应付工程价款之日计付。时代物流城公司出具的竣工结算事宜说明显示于2014年7月29日对中铁四局钢结构公司报送结算资料核对完毕。故工程款利息分两部分计算：第一部分以37957830×90%-24800000=9362047元为基数自结算审计完毕之日即2014年7月30日起计付至房产证办理完毕之日2014年11月10日。第二部分以37957830×95%-24800000=11259938.50元为基数自2014年11月11日起计算至付清日止。计算方式为按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率。原合同约定的工程进度款违约金、完工款违约金与结算款违约金均应视为已经修改，故一审法院对中铁四局钢结构公司提出的该部分违约金的主张，不予支持。关于质保金37957830×5%=1897891.50元，保修期满后，时代物流城公司应将保修金退还中铁四局钢结构公司。利息以1897891.50元为基数，自2015年11月11日起计算至付清日按中国人民银行同期贷款利息计算。时代物流城公司所提中铁四局钢结构公司承包工程存在质量问题及延误工期应支付违约金的主张，其未提出反诉，可另行主张权利。时代物流城公司辨称屋面采光系统中铁四局钢结构公司没有做，结算款中彩涂板、保温棉、螺钉及垫片存在重复计价应扣除的理由，经查工程报价单中已经对该项费用扣除。中铁四局钢结构公司预支付的财产保全费用5000元由时代物流城公司负担；中铁四局钢结构公司所提其公司为保全支付的评估费用应由时代物流城公司负担没有合同及法律依据，一审法院不予支持。关于中铁四局钢结构公司提出变更诉讼请求，因未补交诉讼费用，一审法院不予支持。
综上所述，该院判决如下：一、被告时代（邯郸）装备机械物流城有限公司于本判决生效后十日内支付原告中铁四局集团钢结构有限公司欠付工程款11259938.50元及利息。利息第一部分以9362047元为基数自2014年7月30日起计付至2014年11月10日；第二部分以11259938.50元为基数自2014年11月11日起计算至付清日止；计算方式为按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率。二、被告时代（邯郸）装备机械物流城有限公司于本判决生效后十日内返还原告中铁四局集团钢结构有限公司质保金1897891.5元。利息以1897891.5元为基数，自2015年11月11日起计算至付清日按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算。三、被告时代（邯郸）装备机械物流城有限公司于本判决生效后十日内返还原告中铁四局集团钢结构有限公司预支付的财产保全费用5000元。四、驳回原告中铁四局集团钢结构有限公司的其他诉讼请求。一审案件受理费113380元，由原告中铁四局集团钢结构有限公司负担15380元，被告时代（邯郸）装备机械物流城有限公司负担98000元。
本院二审期间，当事人围绕上诉请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人二审争议的事实，
（一）关于2875471元管理费、利润、税金是否重复计算，应否从工程款总额中扣除。
时代物流城公司主张2875471元管理费、利润、税金重复计算的主要证据是：（1）2013年5月10日中铁四局钢结构公司出具的《关于邯郸时代物流园工程资金拨付情况的证明》，其上载明“待结算审计完毕后付款至90%”。（2）2015年1月28日时代物流城公司《关于邯郸时代物流园3#会展中心（仓储中转站）工程竣工结算事宜的说明》，证明已核减了双方争议项管理费、利润、税金共计2875471元。
中铁四局钢结构公司主要证据是：（1）2012年10月25日双方签订的《建设工程施工合同》附件《工程报价单》中第三至五项为管理费、税金、利润，已单独取费并计入合同总价，且报价单总计为3620万元，与合同中约定的工程总价款3620万元一致。（2）合同履行中的四次《验工计价汇总表》，其中详细记载了计价款的组成，并将管理费、税金、利润单独列明。（3）《补充协议（一）》的附件《工程量清单报价表》第二项在计算扣除模板费用时将管理费、税金一并扣除，印证了双方在合同履行中没有重复计价。
时代物流城公司质证认为，认可管理费、税金、利润是单独计费，但《建设工程施工合同》附件一《报价说明》中记载综合单价包含管理费、税金、利润，却又在后面的《工程报价单》中单独列出三项费用，价格有虚高成份，比其他施工单位报价要高；对于合同履行中的《验工计价汇总表》，认可是将三项费用单独计价，但综合单价虚高，应以最后审计为准；同理，《补充协议（一）》的附件《工程量清单报价表》亦是单价虚高。
（二）关于一审认定的实际竣工日期是否有误，以及时代物流城公司主张的延误工期违约金、质量修复费用应否从工程款中扣除。
二审时中铁四局钢结构公司提交新证据，即时代物流城公司另案起诉中铁四局钢结构公司请求赔偿延误工期违约金1242万元的起诉状和应诉通知书，证明工期问题在本案中应不予处理，同时不能作为拒付工程款的抗辩理由。另外，2013年6月1日为中铁四局钢结构公司施工合同内的竣工日期，验收后即交付使用，而2014年8月12日为全部工程的竣工日期（包括中铁四局钢结构公司合同外的工程），为此提交的证据是：（1）2015年1月28日《关于邯郸时代物流园3#会展中心（仓储中转站）工程竣工结算事宜的说明》中，时代物流城公司自认已于2013年6月1日通过初步竣工验收。（2）《建设工程竣工验收报告》中写明竣工日期为2013年5月31日。
时代物流城公司认可已就迟延交工违约金问题另案起诉，但主张本案一审判决认定“2013年6月1日中铁四局钢结构公司承建工程完工并通过竣工验收，交付时代物流城公司使用”，会对另案审理产生影响，且一审中时代物流城公司已提交证据三《竣工验收备案证明书》证明2014年8月12日竣工，提交证据七2013年7、8月致中铁四局钢结构公司的函件和证据八2013年12月中铁四局钢结构公司回复函证明2013年12月之前涉案工程还未完工。
（三）关于管辖权问题。
二审时中铁四局钢结构公司主张履行的是非备案的《建设工程施工合同》，证据是：（1）备案合同只约定了一个合同总价3620万元，没有详细的价格组成，而非备案合同的报价单与四次《验工计价汇总表》的价格组成一致，且非备案合同封面还有合肥市税务局的印签，证明中铁四局钢结构公司按该合同进行报税。（2）实际履行中也是按非备案合同约定每月支付双方共同核定进度款的80%，有《验工计价汇总表》及时代物流城公司一审提交的证据四拨付申请为证。（3）二审新证据即时代物流城公司另案的起诉状，显示时代物流城公司也认可按非备案合同履行，并按非备案合同来起诉主张每天8万元的迟延交工违约金。另外，关于两份合同的效力，中铁四局钢结构公司主张涉案工程不是必须招投标项目，中标通知书是按对方要求出具的，备案合同也是后补的，因后期要办理施工许可证和竣工验收，曾经以实际履行的非备案合同去备案，当地建设行政主管部门答复备不了案，必须购买制式的合同，故双方又签订的备案合同。
时代物流城公司主张实际履行的是备案的《河北省建设工程施工合同》，理由是备案合同约定的工期与实际履行的工期一致，均为219天，而非备案合同约定的工期是100天。关于两份合同的效力，涉案工程应进行招投标，实际是按照邀请招标的方式，不存在中铁四局钢结构公司主张的备案合同系补签的情形。
本院认为，（一）关于2875471元管理费、利润、税金是否重复计算问题。虽然《建设工程施工合同》附件一《报价说明》中载明综合单价包括管理费、税金、利润，但同为合同附件的《工程报价单》中又将管理费、税金、利润单独列出，且《工程报价单》载明的工程总价款与合同的约定一致；在实际履行过程中产生的《验工计价汇总表》、《补充协议（一）》亦显示管理费、税金、利润为单独计费。另一方面，时代物流城公司认可三项费用单独计价，并主张综合单价虚高，但未能提交充足证据。综合比较双方证据，时代物流城公司上诉主张三项费用重复计算的观点理据不足，本院不予支持。
（二）关于延误工期违约金、质量修复费用应否从工程款中扣除。一审判决查明事实中虽然认定“2013年6月1日中铁四局钢结构公司承建工程完工并通过竣工验收，交付时代物流城公司使用”，但同时也认定2014年8月12日整体竣工，并在本院认为中论述时代物流城公司就中铁四局钢结构公司承包工程存在质量问题及延误工期应支付违约金问题可另行主张权利，且时代物流城公司实际也已另案起诉请求中铁四局钢结构公司赔偿延误工期违约金，故其主张的延误工期问题、质量问题本案中均不予涉及，一审对此未予处理并告知时代物流城公司另行主张并无不当。
（三）关于一审程序是否违法。1、鉴定问题，双方对工程总价款的分歧仅在于管理费、税金、利润是否重复计算，而该争议通过审查双方证据即可查明，故一审法院未准许进行鉴定并无不当。2、管辖权问题。一审已就两份合同的效力及实际履行的合同等相关事实进行了审理，比较双方所举证据，中铁四局钢结构公司主张实际履行的是非备案的《建设工程施工合同》的证据充分，且双方签订的《补充协议（一）》及2015年1月28日时代物流城公司出具的《工程竣工结算事宜的说明》中均写明双方于2012年10月25日签订了《建设工程施工合同》而非备案的《河北省建设工程施工合同》，故一审认定实际履行的是非备案合同正确。时代物流城公司虽主张履行的是备案合同，却又在另案中以非备案合同为依据起诉要求中铁四局钢结构公司给付延误工期违约金，应视为其认可非备案合同的效力及认可该合同已实际履行，故其上诉主张一审法院就管辖权问题处理程序违法的理由不能成立。
综上所述，时代物流城公司的上诉请求不能成立。一审判决认定事实清楚、适用法律正确，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项的规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费29803.77元，由时代（邯郸）装备机械物流城有限公司承担。
本判决为终审判决。
审判长 Ｘ Ｘ
审判员 宣建新
审判员 邢荣允
二〇一七年六月二十八日
书记员 张 婷