四川省成都市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2011）成民初字第68号
原告（反诉被告）四川省南江县万利建筑有限公司。住所地：四川省南江县文星路**号。
法定代表人李学章，董事长。
委托代理人李剑林。
委托代理人寇孟良，四川红盾律师事务所律师。
被告（反诉原告）成都东平食品有限公司。住所地：四川省双流县太平镇西门新街。
法定代表人李顺慧，总经理。
委托代理人李俊章，四川嘉世律师事务所律师。
委托代理人马华川。
第三人成都恒立达产业科技有限公司。住所地：双流县公兴镇草坪村4社。
法定代表人李国德，总经理。
委托代理人谢卫东，北京市惠城（成都）律师事务所律师。
委托代理人马华川。
原告（反诉被告）四川省南江县万利建筑有限公司（以下简称南江万利公司）与被告（反诉原告）成都东平食品有限公司（以下简称东平公司）、第三人成都恒立达产业科技有限公司（以下简称恒立达公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2009年12月7日受理，于2010年7月15日作出（2010）成民初字第7号民事判决，南江万利公司、东平公司均不服，向四川省高级人民法院提起上诉，2010年12月7日，四川省高级人民法院以本案需要追加恒立达公司参加诉讼为由，作出（2010）川民终字第463号民事裁定，裁定撤销本院（2010）成民初字第7号民事判决并发回本院重审。发回后本院另行组成合议庭，于2010年12月18日通知恒立达公司作为第三人参加诉讼，于2011年1月24日、2011年7月12日、2011年7月20日公开开庭进行了审理。南江万利公司的委托代理人李剑林、寇孟良，东平公司的法定代表人李顺慧、委托代理人李俊章、马华川，恒立达公司的委托代理人谢卫东、马华川到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
南江万利公司诉称，南江万利公司与东平公司于2008年2月11日签订了《双流县合江镇养殖场大型沼气池建设工程施工合同》（以下简称合江镇工程）、《双流县太平镇新城社区成都东平公司肉联厂大型沼气池建设工程施工合同》（以下简称东平肉联厂工程）、《双流县公兴镇（恒立达）养殖场大型沼气池建设工程施工合同》（以下简称恒立达工程）、《双流县太平镇（同心村九组）养殖场大型沼气池建设工程施工合同》（以下简称太平镇工程）、《双流县大林镇养殖场大型沼气池建设工程施工合同》（以下简称大林镇工程），约定的建设类型及规格为钢混结构，建池面积分别为5000立方米、1500立方米、2000立方米、6000立方米、5000立方米，合同约定单方违约，违约金为工程总额10％，并赔偿对方的全部经济损失。以上五份合同共建沼气池为9355立方米，每立方米单价为650元，共计6080750元，扣除东平公司已支付工程款2113891元，尚欠3966860元。设计费按合同约定19500立方米，每立方米单价16元，共312000元。在合同实际履行过程中，因东平公司未按照合同约定提供开工条件、保证开工日期，东平公司应当按照合同约定的工程总价款10%向南江万利公司支付违约金1267500元。另外，因东平公司未按政府批准的开工时间如期开工，使得工程停工两个月，东平公司应向南江万利公司支付因停工造成的经济损失842400元。
为此，请求判令东平公司向南江万利公司支付：1、工程款3966860元及利息；2、312000元设计费；3、1267500元违约金；4、842400元停工损失；5、由东平公司承担案件诉讼费。
东平公司反诉并答辩称，1、东平公司虽然对大林镇工程、恒立达工程、东平肉联厂工程进行了验收，但该验收仅是针对工程的主体部分，双方并未办理完工程结算，尚不具备支付工程尾款的条件。同时，南江万利公司单方面提交的竣工结算报告及结算资料，不能作为工程结算及相关结算款支付的依据。东平公司虽然签收了《承诺书》，但并没认可其内容。该《承诺书》只是南江万利公司单方变更合同的要求，工程款的计价方式是按照2008年2月18日双方签订的《补充协议》中约定的工程款总额控制在补助标准水平，工程款的支付时间是以政府补助金到位后支付。2、太平镇工程的合同约定开工时间为2008年2月25日，完工时间为2008年4月25日，但工程至今未完工。合江镇工程的合同约定开工时间为2008年3月25日，完工时间为2008年5月25日，但工程至今未完工。2009年12月23日，东平公司委托农业部沼气产品及设备质量监督检验测试中心对上述两个工程已施工的部分进行了检验。检验结果表明上述两个工程未按照设计内容建设，工程不能满足沼气池工程需要。工程未完工造成东平公司不能领取政府补助金，南江万利公司应当向东平公司承担2600000元的经济损失。
3、东平肉联厂工程和大林镇工程虽完成了主体工程，进行了验收，但是该两个工程仍存在未安装有关配套设施和管线灶具等严重质量问题而无法正常使用。东平肉联厂工程中有1000立方米是南江万利公司盗用东平公司的污水处理池，且对污水处理池造成了损害，东平公司被迫进行整修花去350000元费用；大林镇工程的三号池也已经垮塌。2009年12月23日，东平公司委托农业部沼气产品及设备质量监督检验测试中心对上述两个工程已施工的部分进行了检验。检验结果表明，上述两个工程未按照设计内容建设，工程也不能满足沼气池工程需要。
4、2009年9月，恒立达工程虽完成了主体并经主体验收，但是该工程仍无法正常使用。2009年12月23日，成都东平食品有限公司委托农业部沼气产品及设备质量监督检验测试中心对该工程已施工的部分进行的检验，也表明该工程未按照设计内容建设，工程不能满足沼气池工程需要。且在2009年10月，因该工程无法完成对养殖废水的厌氧处理，致使一系列后续废水处理无法进行，无法达标排放，双流县政府以双函（2009）185号文责令恒立达养殖场关闭，造成经济损失26927243元。
5、在合同履行过程中，南江万利公司承建的工程存在严重的工期延误和质量缺陷，其要求东平公司承担违约责任和停工损失的主张不能成立。
为此，请求判令：1、南江万利公司对太平镇工程、合江镇工程在一个月内继续施工直到工程达到合格正常使用（前者施工费1660000元，后者1170000元，合计2830000元）并承担违约金330000元，赔偿东平公司实际损失2600000元。2、南江万利公司对太平肉联厂工程承担违约金45000元并赔偿东平公司整修损失350000元；3、南江万利公司对大林镇工程垮塌部分进行重建（施工费240000元）对其余部分整改达到合格正常使用（整改费用310000元，应以鉴定为准）并承担违约金150000元；4、南江万利公司承担因恒立达工程无法使用导致该养殖场被关闭的损失2690000元；5、案件诉讼费由南江万利公司负担。
南江万利公司答辩称，1、2008年2月18日签订的《补充协议》，其内容是针对2008年2月1日的合同，而不是针对双方实际执行的2008年2月11日的合同。该《补充协议》并未实际履行，东平公司主张按照补助标准支付工程价款没有任何事实依据。2、太平镇工程和合江镇工程，南江万利公司是按图施工，未进行竣工验收是因为东平公司未按验收规范向双流县农能办申请组织验收，与南江万利公司无关。3、肉联厂工程、大林镇工程和恒立达工程已经双方验收合格，实际交付东平公司使用，东平公司在超出上述工程质保期1年后，才对质量问题提出异议，其理由不能成立。4、2009年12月23日，东平公司委托农业部沼气产品及设备质量监督检测中心对上述工程已完工的部分进行的检测，系东平公司单方委托进行，该报告不能作为认定工程存在质量问题的依据。请求驳回东平公司的全部反诉请求。
恒立达公司述称，恒立达公司同意东平公司的全部诉讼意见。本案全部工程是总价包干，不是单价包干，且就单价而言，双方只约定为550元每立方米，从未约定为650元每立方米。南江万利公司并未按照合同约定将恒立达工程修建完毕，最终达到交付使用的条件，造成该工程未达到环保标准，被政府关闭。南江万利公司履行合同存在严重违约，应当承担相应违约责任。请求驳回南江万利公司的全部诉讼请求，支持东平公司的全部反诉请求。
本院经审理查明以下案件事实：
合同签订情况。
2008年2月11日，东平公司与南江万利公司分别签订了《双流县合江镇养殖场大型沼气池建设施工合同》、《双流县太平镇养殖场大型沼气池建设施工合同》（公兴镇恒立达养殖场、太平镇同心村九组、太平镇新城社区东平食品厂）三份、《双流县大林镇养殖场大型沼气池建设施工合同》，五份合同主要约定，1、建池地点分别为：双流县合江镇鹿溪村九组、双流县公兴镇草坪村四组（恒立达养殖场）、双流县太平镇同心村九组、双流县太平镇新城社区、双流县大林镇长丰村九组。2、建设类型均为钢混结构。建设规格分别为：合江镇工程5000立方米、恒立达工程2000立方米、太平镇工程6000立方米、东平肉联厂工程1500立方米、大林镇工程5000立方米。3、建设方式均实行双包（全承包）。4、建设工期分别为：合江镇工程2008年3月25日至2008年5月25日完工、恒立达工程2008年3月10日至2008年5月10日完工、太平镇工程2008年2月25日至2008年4月25日完工、大林镇工程2008年2月25日至2008年4月15日完工、东平肉联厂工程2008年2月16日至2008年3月15日完工。5、建设内容为：南江万利公司负责沼气池的修建、试水试压和购买管线灶具、净化器等相关设施设备和安装以及指导东平公司使用、维护、管理沼气池等工作。6、建设标准为：南江万利公司建设沼气池应严格按照设计图纸施工，确保沼气正常使用（不可抗力因素除外）。在质量保证期内，若沼气池出现施工质量问题不能正常作用，南江万利公司应负责及时整改，整改所需一切费用由南江万利公司自行承担。7、建池单价每立方米550元，工程总金额合江镇工程2750000元、恒立达工程1100000元、太平镇工程3300000元、东平肉联厂工程825000元、大林镇工程2750000元。付款方法为：南江万利公司进场三日内东平公司支付工程总额的40％，主体完工东平公司再向南江万利公司支付总额的40％；其余20％验收合格后10日内一次性付清。按政府补助金到位支付。8、政府对大型沼气池建设补助资金，东平公司出具相关手续全权委托南江万利公司办理。9、协助施工：东平公司必须保证“三通一平”，即水、电、路通及场地平整。10、南江万利公司负责办理所需的设计图纸等验收资料，所需费用由东平公司负责。11、违约责任：单方违约处工程总额10％的违约金，并赔偿对方的全部经济损失。
2008年2月18日，东平公司与南江万利公司签订五份《补充协议》，主要约定，根据双方2008年2月1日所签订养殖场大型沼气池建设施工合同，就建设规模和相关问题的实际操作，经双方协商，订立以下补充条款：1、南江万利公司在施工过程中，工程款总额控制在补助标准水平，建池量不低于申报量的70％，一级混泥土池必须按图施工，并做好按图验收的相关工作。2、在施工过程中，东平公司必须做好配合工作，包括弃土堆放场地、工地内障碍物搬迁、隐蔽图签字；公兴（恒立达养殖场）的污水处理沼气池申报表东平公司必须在2月底前办理完毕。3、补充协议适用于东平食品厂、太平养殖基地、合江养殖基地、大林养殖基地、公兴恒立达养殖场。4、配套沼气池的设施以及使用沼气的管线、灶具由南江万利公司负责购买安装，锅炉由东平公司找厂家将现有的烧煤锅炉改造成沼气锅炉，发电设备所需资金由双方申报办理。
2008年5月20日，李剑林代南江万利公司向东平公司出具承诺书，承诺书载明：1、由于多方原因，对原合同的期限作出调整：大林基地的开工时间为2008年5月1日；太平基地的开工时间为2008年5月11日；合江基地于2008年5月20日开工；公兴于去年9月动工，施工中政府通知停工，现于2008年5月20日再次开工。四个基地的沼气工程于5月底建修到一定程度，以利于养殖场验收。7月中旬主体工程基本完工，从开工之日起三个月之内交付使用。2、由于各种建筑材料价格猛涨，沼气池建修单价按650元／立方米执行，请东平公司按事实予以考虑，给予回复。承诺方：李剑林，东平公司的工作人员在承诺书上签字表示收到该承诺书。
二、合同实际履行情况。
1、太平镇工程于2008年5月10开工，建设规模6000立方米。2008年8月6日，东平公司向农业部沼气科学研究所提出《关于受施工场地影响变更设计图纸的申请》，申请将设计容积按设计图纸的比例缩减为635立方米。2008年10月13日，农业部成都能源环境工程设计所将1号发酵池底板双层双向配筋由“φ14@150”修改为“φ12@150”其余不作修改。2号发酵池底板双层双向配筋由“φ14@200”修改为“φ12@200”其余不作修改。在工程竣工报告中载明2008年12月18日竣工，建设规模为635立方米，验收单位栏中施工单位的负责人签字。同日，南江万利公司向东平公司出具双流县沼气建设质量承诺书，该承诺书载明：整个建设项目所用材料已经业主确认合格。若出现任何质量问题，一切责任由本施工公司（队）和业主共同承担。该工程未验收。
2、合江镇工程于2008年5月20日开工，建设规模5000立方米。2008年8月6日，东平公司向农业部沼气科学研究所提出《关于受施工场地影响变更设计图纸的申请》，申请将设计容积按设计图纸的比例缩减为1300立方米。2008年10月13日，农业部成都能源环境工程设计所将发酵池底板双层双向配筋由“φ14@150”修改为“φ12@150”其余不作修改。该工程于2008年11月26日竣工，建设规模为1300立方米。同日，南江万利公司向东平公司出具双流县沼气建设质量承诺书，该承诺书载明：整个建设项目所用材料已经业主确认合格。若出现任何质量问题，一切责任由本施工公司（队）和业主共同承担。该工程未验收。本案庭审中，东平公司与南江万利公司一致认可南江万利公司对该工程的建设规模为1350立方米。
3、恒立达工程于2008年5月20日开工，建设规模3000立方米。2008年8月6日，东平公司向农业部沼气科学研究所提出《关于受施工场地影响变更设计图纸的申请》，申请将设计容积按设计图纸的比例缩减为1700立方米。该工程于2009年2月竣工，建设规模为1700立方米。2009年3月15日，南江万利公司向东平公司出具双流县沼气建设质量承诺书，该承诺书载明：整个建设项目所用材料已经业主确认合格。若出现任何质量问题，一切责任由本施工公司（队）和业主共同承担。2009年9月10日东平公司对该工程进行了验收，验收组和东平公司的意见是验收合格，主管部门同意按双委发（2009）13号文件进行补助。
4、大林镇工程于2008年5月1日开工，建设规模4220立方米。2008年8月6日，东平公司向农业部沼气科学研究所提出《关于受施工场地影响变更设计图纸的申请》，申请将设计容积按设计图纸的比例缩减为4220立方米。2008年10月13日农业部成都能源环境工程设计所将容积变更为4220立方米，所有池体内部尺寸均按比例缩减，结构设计和材料使用不作任何调整。该工程于2008年10月23日竣工，建设规模为4220立方米。2008年10月20日，南江万利公司向东平公司出具双流县沼气建设质量承诺书，该承诺书载明：整个建设项目所用材料已经业主确认合格。若出现任何质量问题，一切责任由本施工公司（队）和业主共同承担。2008年12月17日东平公司对该工程进行了验收，验收组人员及业主同意该工程验收合格，主管部门意见：按县政府50号文件进行补助业主；以实际修建容积4220立方米为准。2008年东平公司向双流县农村能源管理办公室申请工程竣工验收。并于2008年12月22日进行了大型沼气池移交，移交表载明移交的包括污水泵、热水管阀、线管。
5、东平肉联厂工程于2008年5月10日开工，东平公司向农业部沼气科学研究所申请将设计容积为6000立方米减为635立方米。2008年6月10日东平公司对该工程进行了验收，验收组及东平公司的意见是同意验收合格，主管部门同意按县级项目每立方米300元补助，建设规模为1500立方米。
以上五个工程中已经竣工验收合格的3个即：东平肉联厂工程、大林镇工程、恒立达工程，上述三个工程南江万利公司完成的工程量是7420立方米；未完工的工程2个即：太平镇工程、合江镇工程，未修建完工的工程南江万利公司实际已修建的工程量为1985立方米。东平公司已支付的工程款为2163891元。
三、双流县农村能源管理办公室发出双农能（2008）15号双流县农村能源管理办公室关于划拨第一批大中型沼气池建设补助资金通知载明，对今年第一批新建大中型沼气池进行了检查验收，该通知上载明验收合格的沼气池有东平肉联厂工程，补助资金450000元。双流县农村能源管理办公室发出双农能（2008）20号双流县农村能源管理办公室关于划拨部分大中型沼气池建设补助资金的通知载明：经县农村发展局同意，决定预划部分在建沼气池项目补助资金。预划补助资金的工程包括太平镇工程、合江镇工程、大林镇工程、恒立达工程。双流县农村能源管理办公室发出双农能（2008）23号双流县农村能源管理办公室关于预划拨第二批大中型沼气池建设补助资金的通知载明：经县农村发展局同意，决定预划第二批在建沼气池项目补助资金。预划补助资金的工程包括太平镇工程、合江镇工程、大林镇工程、恒立达工程。双流县农村能源管理办公室双农能（2009）2号关于划拨部分大中型沼气池建设补助资金的通知载明：现将验收合格的沼气建设项目补助资金划拨项目建设所在镇（详见附表），附表中载明大林镇工程验收合格，补助资金1450000元。双流县农村发展局文件双农发（2009）390号文件关于划拨民生工程大中型沼气池建设补助资金的通知载明：根据双委发（2009）13号和双委发（2009）30号文件精神，由农业部沼科所、成都市沼科所、县第三纪工委、县农发局相关部门人员组成验收组，对民生工程农村大中型沼气池进行了检查验收，全县验收农村沼气建设项目41个，现将验收合格的沼气建设项目补助资金划拨项目建设所在镇，沼气池建设补助资金表中载明恒立达工程验收合格，预付补助金350000元，本次划补助金260000元。
四、东平公司单方委托农业部沼气产品及设备质量监督检验测试中心对上述五个工程进行现场查看。2009年12月28日，该中心作出评价报告。
1、对恒立达工程的现场查看情况如下：（1）、1号发酵罐实测容积600立方米，2号发酵池实测容积900立方米。（2）、1号发酵罐产生的大量沼液由入孔喷出，造成1号发酵罐周围一处有大量沼液。（3）、沼气未完全利用，直接由安全阀排空。2号发酵池产生沼气未收集。（4）、导气管尺寸和进料管尺寸不符合设计要求，未安装加热设备，未见搅拌装置配电系统。（5）、该工程于2009年2月竣工，2009年9月10日验收，查看竣工资料有《工程竣工报告》、《工程验收表》、隐蔽工程记录、工程试水试压报告。（6）、未见沼液、沼渣灌溉管网系统。（7）、未建设沼气收储装置，该工程功能不能满足沼气工程需要。
2、对东平肉联厂工程现场查看情况如下：（1）、1号发酵罐实测容积463立方米，2号发酵池实测容积不足800立方米。（2）、1级发酵罐顶部树脂防雨层有明显开裂、老化现象。（3）、未安装DN80导气管，无供热设备，未见搅拌装置外露电源。（4）、1号发酵罐楼梯和所有阀门、泵已锈蚀。（5）、1级发酵罐和2级发酵池均未正常产气，未安装沼气收储设备。
3、对大林镇工程现场进行查看情况如下：（1）、1号发酵罐实测容积1130立方米，2号发酵池实测容积3000立方米，3号发酵池因出现塌陷无法实测。（2）、3号发酵池未安装导气管。（3）、1号发酵罐未安装DN100PVC管，且导气管有泄露，楼梯锈蚀严重，未见加热设备、搅拌设备外接电源、发电机组。（4）、2号发酵池沼气未收集。（5）、查看该工程目前不能正常产气，无沼气收贮装置。
4、对太平镇工程现场进行查看情况如下：（1）、1号地下式发酵池目前仅开掘了一个土坑，建设工程量为达到设计规模的1／3。（2）、已建有容积550立方米二号发酵池。（3）、钢混结构发酵池有明显裂纹、塌陷。（4）、未按设计安装3组DN100沼气导管，仅安装1组DN16PVC硬管用于试压。（5）、二号发酵池已投料，未见贮气装置。（6）、未见工程验收资料及相关资料。（7）、该工程目前不能满足沼气工程的需要。
5、对合江镇工程现场进行查看情况如下：（1）、已建成发酵池1座，实测容积1350立方米。（2）、发酵池顶部混凝土预制件有裂纹，发酵池保温层有裂缝。（3）、涉及发酵池预埋进料管，现场查看发酵池未预埋进料管。（4）、设计安装DN100沼气导管，现场查看安装的是DN16PVC硬管，且导气管有漏气现象。（5）、未见工程验收报告及相关资料。（6）、工程未安装沼气收储设备，已建设内容目前不能满足沼气的正常生产和收集。
五、2009年10月22日，双流县人民政府作出《关于关闭成都恒立达产业科技有限公司公兴养殖场的决定》双府函（2009）185号载明，因公兴养殖场（双流县公兴镇草坪村4社，即恒立达工程）未完成养殖污水限期治理任务，影响了周边群众正常生产、生活，限期在2009年11月30日前关闭该养殖场。
本案庭审中，南江万利公司明确表示不同意继续履行双方签订的合同。
南江万利公司在（2010）成民初字第7号民事案件中的本诉诉讼请求为，请求判令：1、东平公司支付工程款4261400元；2、东平公司支付违约金990000元；3、东平公司支付842400元停工损失；4、案件诉讼费由东平公司承担。
东平公司在（2010）成民初字第7号民事案件中的反诉诉讼请求为，请求判令：1、解除南江万利公司与东平公司签订的《双流县太平镇养殖场大型沼气池建设施工合同》和《双流县合江镇养殖场大型沼气池建设施工合同》；2、南江万利公司向东平公司支付违约金105000元；3、案件诉讼费由南江万利公司承担。
以上事实有南江万利公司与东平公司签订的《双流县合江镇养殖场大型沼气池建设施工合同》、《双流县太平镇养殖场大型沼气池建设施工合同》（公兴镇恒立达养殖场、太平镇同心村九组、太平镇新城社区东平食品厂）三份、《双流县大林镇养殖场大型沼气池建设施工合同》及《补充协议》，承诺书、验收报告、开工报告、东平公司向农业部沼气科学研究所提出《关于受施工场地影响变更设计图纸的申请》、南江万利公司向东平公司出具双流县沼气建设质量承诺书、双流县农村能源管理办公室发出双农能（2008）15号、20号、23号、双流县农村能源管理办公室双农能（2009）2号、390号文件、双流县人民政府作出《关于关闭成都恒立达产业科技有限公司公兴养殖场的决定》双府函（2009）185号、东平公司单方委托农业部沼气产品及设备质量监督检验测试中心出具的报告、东平公司的付款凭证、收条等证据以及当事人一致陈述、（2010）成民初字第7号案件庭审笔录以及本案庭审笔录在案为证。
本院认为，东平公司与南江万利公司分别签订的《双流县合江镇养殖场大型沼气池建设施工合同》、《双流县太平镇养殖场大型沼气池建设施工合同》（公兴镇恒立达养殖场、太平镇同心村九组、太平镇新城社区东平食品厂）三份、《双流县大林镇养殖场大型沼气池建设施工合同》是双方真实意思表示，内容不违反国家法律、法规的禁止性规定，合同合法有效。
根据双方的争议，焦点主要集中在以下几个方面。
一、关于南江万利公司与东平公司签订的《双流县太平镇养殖场大型沼气池建设施工合同》（太平镇同心村九组）、《双流县合江镇养殖场大型沼气池建设施工合同》是否应当继续履行的问题。上述二份合同分别约定工程的开工时间为2008年2月25日、2008年3月25日，南江万利公司实际开工时间为2008年5月10日、2008年5月20日，工程修建结束时并未达到合同约定的使用条件，也未办理竣工验收合格手续，但南江万利公司就停止施工，截止南江万利公司于2009年12月7日提起诉讼时，东平公司均未再要求南江万利公司继续履行合同完成修建。且在（2010）成民初字第7号民事案件审理时，东平公司反诉请求解除该两份合同，而南江万利公司也并未在合理期限内对该解除请求提出任何异议，应当认定双方对该两份合同的解除已经达成了合意。且在本案中南江万利公司也明确表明不同意继续履行合同。故东平公司又要求南江万利公司继续履行合同的请求不能成立。同理，对于本案审理中，东平公司提出的，要求在南江万利公司不继续履行《双流县太平镇养殖场大型沼气池建设施工合同》（太平镇同心村九组）、《双流县合江镇养殖场大型沼气池建设施工合同》的情况下，对该两项工程如果施工完毕达到合格的使用条件情况下的施工费用进行鉴定的申请，因合同已解除不再履行，已无鉴定必要。
二、关于东平公司应向南江万利公司支付多少工程款及利息的问题。
1、关于工程单价的计算标准。2008年2月11日，双方合同中约定单价为每立方米550元。南江万利公司主张单价按每立方米650元执行，其依据是2008年5月20日李剑林向东平公司出具的承诺书，而该承诺书虽载明由于各种建筑材料价格猛涨，沼气池修建单价按每立方米650元执行，请东平公司予以考虑，给予回复。但东平公司收到该承诺书后并未予以答复。故应认定该承诺书中对建池单价的变更仅为南江万利公司单方的意思表示，在东平公司并未予以同意的情况下，南江万利公司要求按每立方米650元计算单价的主张不能成立。东平公司主张工程款的给付标准应当以2008年2月18日双方签订的《补充协议》约定的标准进行计算亦不能成立。首先，按照《补充协议》的内容，该协议是针对2008年2月1日的合同进行的补充，东平公司并无证据证明该协议系针对2008年2月11日双方签订的合同进行的。其次，仅就该协议“南江万利公司在施工过程中，工程款总额控制在补助标准水平，建池量不低于申报量的70％”的内容而言，也不能得出双方对工程款的支付标准予以了明确约定的认定。故工程款的计付应以每立方米550元的单价包干标准予以计算。
2、关于东平公司实际已支付工程款的金额。庭审中，因南江万利公司对东平公司已支付的工程款2163891元无异议，对此本院予以确认。
东平公司主张2008年10月16日陈建国出具的2600元收条、2008年12月16日马华川出具的2600元借条，以及9120元的电费应计算为向南江万利公司支付的工程款。
对2008年10月16日陈建国出具的2600元收条，因南江万利公司否认收到该笔款项，且陈建国也不是南江万利公司的职工，该收条只能反映陈建国收到了钱，并不能证明是南江万利公司收到此款，因此该笔款项不应计入已付工程款。
对2008年12月16日马华川出具的2600元借条，该借条载明马华川借款2600元，马华川拿李剑林的收据换回。因出具借条的马华川系东平公司工作人员，按照借条载明马华川拿李剑林的收据换回此借条，但东平公司并未举证证明马华川将此款交予了南江万利公司，且南江万利公司也否认收到了该笔款项，故该笔款项不应计入已付工程款。
对9120元的电费，因2008年2月11日，双方合同约定东平公司必须保证“三通一平”，即水、电、路通及场地平整，且双方并未对电费的承担有明确约定，故该笔款项不应计入已付工程款。
综上，东平公司向南江万利公司已付工程款为2163891元。
3、东平公司还应向南江万利公司支付的工程款。
南江万利公司承建的五个沼气池中有三个东平公司已办理验收合格手续，三个工程的工程量合计7420立方米，两个未完工工程已实际施工的工程量合计1985立方米，五个工程的工程量总计9405立方米。根据合同约定在南江万利公司进场三日内东平公司应支付工程总额的40％，主体完工再支付总额的40％；其余20％验收合格后10日内一次性付清。按政府补助金到位支付。大林镇工程、东平肉联厂工程、恒立达工程东平公司均已验收合格。故三个已验收合格工程的工程款东平公司应当按照合同约定的支付期限支付给南江万利公司。二个未完工的工程，因双方合同已解除，且已完工部分，南江万利公司在施工结束后实际已交付东平公司，故东平公司应就已修建部分向南江万利公司支付工程款。故南江万利公司修建工程款总额应为5172750元（9405立方米×单价550元）。
综上所述，东平公司还应向南江万利公司支付的工程余款为3008859元（9405立方米×单价550元－已付款2163891元）。
4、利息的计算。
根据合同约定在南江万利公司进场三日内东平公司应支付工程总额的40％，主体完工再支付总额的40％；其余20％验收合格后10日内一次性付清，按政府补助金到位支付。双方对工程款的最后支付时间应为验收合格后10日内及政府补助金到位后。同时，双方在合同中并未对利息的给付予以明确约定。而南江万利公司并未提交充足证据证明东平公司已全部领取到政府补助金。结合南江万利公司并未对全部工程施工完毕以及东平公司已支付的工程款并非针对某一项工程的事实。本院认为，东平公司以南江万利公司对最后一个工程完成竣工验收之日即恒立达工程的验收时间2009年9月10日的次日起计算东平公司应付工程款欠款利息为妥，并以尚欠3008859元工程款为基数按中国人民银行同期贷款利率计息。
三、关于南江万利公司主张的设计费312000元能否成立的问题。
按照2008年2月11日双方合同的约定，南江万利公司负责办理所需的设计图纸等验收资料，所需费用由东平公司负责。南江万利公司负责办理工程所需的设计图纸资料，费用应由东平公司承担。但南江万利公司在本案中要求东平公司向其支付的设计费312000元，其依据系2010年7月7日由农业部成都能源环境工程设计所向成都福神科技有限公司发出的《关于催收设计费的函》以及总金额为126800元的四张收据。上述证据因与本案缺乏关联性，不足以证明南江万利公司为本案工程的设计所实际发生的费用，故其主张本院不予支持。
四、关于南江万利公司要求东平公司支付1267500元违约金及停工损失842400元能否成立的问题。
南江万利公司承建的恒立达工程、大林镇工程、东平肉联厂工程经验收合格。太平镇工程、合江镇工程未完工。对于验收合格的三个工程，东平公司应当按照合同约定“其余20％验收合格后10日内一次性付清”。三个工程已验收合格的时间分别为2008年6月10日、2008年12月17日、2009年9月10日，均已超过合同约定的尾款支付时间，因此东平公司应当承担未按期支付工程款的违约责任，南江万利公司要求东平公司给付违约金的主张应予支持。按照双方合同约定“单方违约处工程总额10％的违约金”，东平公司应当承担的违约金应为恒立达工程、大林镇工程、东平肉联厂工程的工程款总额4081000元的10％即408100元。对于两个未完工工程，虽然东平公司未支付已完成工程量的工程款，但因工程未经竣工验收，现合同已经解除，东平公司不应承担该部分迟延付款的违约责任。
南江万利公司主张停工损失842400元，因南江万利公司并未提交充足证据证明工程停工的原因系东平公司造成，且其主张的停工损失证据不足，故其该项主张不能成立。
五、关于东平公司要求南江万利公司对太平镇工程、合江镇工程在一个月内继续施工直到工程达到合格正常使用并承担违约金330000元和赔偿东平公司实际损失2600000元能否成立的问题。
东平公司要求南江万利公司赔偿其2600000元的实际损失。其理由是基于南江万利公司继续修建工程至合同约定的标准，并获得政府补助金的情况下所能取得的利益。首先，根据本案查明的事实，太平镇工程、合江镇工程未实际修建至双方合同约定标准的责任并非完全归结于南江万利公司；其次，按照东平公司的主张理由，2600000元的实际损失存在东平公司获得政府补助金的前提条件，而该补助金的是否实际取得，取决于东平公司与政府相关部门之间的关系，与南江万利公司缺乏关联性、唯一性。故本院不予支持。
南江万利公司在承建太平镇工程、合江镇工程时，二份合同约定的开工时间分别是2008年2月25日、2008年3月25日，而南江万利公司实际开工的时间分别是2008年5月10日、2008年5月20日，南江万利公司没有按约进场施工的行为已构成违约，应当承担违约责任。同时，南江万利公司作为承建方负有对工程施工的义务，而该两项工程实际未能修建完毕，南江万利公司没有履行完毕合同义务，应当承担相应的违约责任。南江万利公司也没有证据证明未修建完工的原因能归结于东平公司。故按照双方约定的违约金承担方式，太平镇工程、合江镇工程的合同总价款6050000元（6000立方米×550元＋5000立方米×550元）的10％应为605000元，本案中东平公司只主张了330000元，故对该部分本院予以支持。
六、关于东平公司要求南江万利公司对太平肉联厂工程承担违约金45000元并赔偿东平公司整修损失350000元；对大林镇工程垮塌部分进行重建、对其余部分整改达到合格正常使用并承担违约金150000元以及承担因恒立达工程无法使用导致该养殖场被关闭的损失2690000元的请求能否成立的问题。
因南江万利公司对东平肉联厂工程、大林镇工程、恒立达工程在施工完毕，并经东平公司验收合格后，办理了竣工验收合格手续，实际交付了东平公司。在（2010）成民初字第7号案件审理期间，双方也对该三项工程验收合格的事实均予以认可。本案中，虽东平公司对该三项工程的竣工以及验收合格提出异议，但东平公司并未提交充足证据对该事实予以推翻，其主张不能成立。且就东平公司在本案中所提交的证据，并不足以证明对于恒立达养殖场被关闭的原因系南江万利公司对恒立达工程的施工所引起。故本院对东平公司的上述请求不予支持。
综上所述，东平公司还应向南江万利公司支付的工程余款为3008859元（9405立方米×单价550元－已付款2163891元）及利息（从2009年9月11日起，以3008859元为基数按中国人民银行同期贷款利率计算至实际付清3008859元之日止）。东平公司应向南江万利公司支付违约金408100元（恒立达工程、大林镇工程、肉联厂工程的工程款总额4081000元的10％）。南江万利公司应向东平公司支付违约金330000元。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条、第一百一十四条第一款，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百二十条第一款、第一百三十四条第一、二、三款之规定，判决如下：
一、成都东平食品有限公司在本判决生效之日起十五日内向四川省南江县万利建筑有限公司支付工程余款3008859元。
二、成都东平食品有限公司在本判决生效之日起十五日内向四川省南江县万利建筑有限公司支付工程余款的利息（从2009年9月11日起，以3008859元为基数按中国人民银行同期贷款利率计算至实际付清3008859元之日止）。
三、成都东平食品有限公司在本判决生效之日起十五日内向四川省南江县万利建筑有限公司支付违约金408100元。
四、四川省南江县万利建筑有限公司在本判决生效之日起十五日内向成都东平食品有限公司支付违约金330000元。
五、驳回四川省南江县万利建筑有限公司的其他本诉诉讼请求。
六、驳回成都东平食品有限公司的其他反诉诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费56521.32元，反诉案件受理费44307.5元，共计100828.82元，由四川省南江县万利建筑有限公司负担50414.41元，由成都东平食品有限公司负担50414.41元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于四川省高级人民法院。
审 判 长 唐骥
代理审判员 张锦
代理审判员 曹洁
二〇一一年九月一日
书 记 员 何科