四川省绵阳市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）川07民终1605号
上诉人（原审原告）：李应军，男，汉族，生于1977年9月15日，住四川省成都市。
委托诉讼代理人：杜先章，四川法银律师事务所律师。
委托诉讼代理人：李天根，男，汉族，生于1952年8月11日，住四川省成都市。系李应军父亲。
被上诉人（原审被告）：何毅，男，汉族，生于1970年4月18日，住四川省绵阳市。
委托诉讼代理人：何文，男，汉族，生于1991年6月23日，住四川省绵阳市。系何毅儿子。
上诉人李应军因与被上诉人何毅建设工程施工合同纠纷一案，不服三台县人民法院（2016）川0722民初1564号民事判决，向本院提起上诉。本院受理本案后，依法组成合议庭进行了审理。本案现已审理终结。
李应军上诉请求：1.对未协商好的部分由双方协商，协商不成，请求予以司法鉴定；2.判令被上诉人限期支付违约金16万元；3.限期进行工程款结算，对未修建的两栋圈舍造价折扣价款由双方协商，协商不成，予以司法鉴定。4.一、二审诉讼费由被上诉人承担。事实和理由：一、双方对未完工和已完工但存在质量问题的折价赔偿只进行了部分协商并达成8000元的一致意见，还有部分问题工程的折价赔偿款双方并未协商一致，包括：其中一栋猪舍养殖设备未安装，雨水管和污水管混用，沼气池渗漏。二、一审将违约金调整为2万元不符合合同约定。三、何毅虽然已经起诉李应军给付工程款，但李应军起诉何毅是一个独立的诉讼，一审法院应当在本案中一并解决工程款结算问题。
被上诉人何毅辩称，1.我们在补充协议约定的时间内完成了工程，设备安装不在合同约定的工程范围内，一审调解时，双方对整改费8000元达成一致意见；2.我方按期完工，不存在违约行为；3.工程款已经结算，上诉人出具了欠条和承诺书。
李应军向一审法院起诉请求：1、由何毅继续履行合同，并对其中未完工部分限期完工，对已完工部分存在的诸多质量问题限期予以整改，如何毅不愿继续履行合同也不愿整改，则应抵扣相应部分的工程款；2、何毅限期向李应军支付未按时完工违约金16万元；3、何毅赔偿损车和断电、封路等损失49120元；4、何毅与李应军对涉案工程款进行重新结算，并以最终结算为准。
一审法院认定事实：2013年9月5日，李应军作为发包方（甲方）与承包方马文成（乙方）签订《天根牧业养殖场建设工程协议书》，约定工程名称为：天根牧业养殖场修建工程，工程地点：三台县建中乡大堰坎村四组；工程内容为所有基础建设设施，平整场地、场房、路面、水、生活用电、生活用房、办公用房、水井、高压电等。承包方式为乙方包工包料，包括本合同约定施工内容的全部材料、人工、机器具及国家应征的税费、管理费等……承包方式及单价,该工程承包属于包干价，总价人民币160万元计价，含税费……合同订立后如单方违约，由违约方向守约方按工程总劳务费的5%支付违约金……补充条款①主道路50米以内，宽2.5米，厚度15公分，②场内道路98米，宽2米，厚度12公分，③粪泄道路宽1.2米，厚度8公分，④A限位栏，2.2×0.64一幢124×2幢，B保育床2.2×3.6一幢20个×2幢，C产床，2.2×3.6一幢10个×4幢……。2014年5月31日，李应军与何毅、何成金、鲁勇再次签订《天根牧业养殖场建设工程协议书补充协议》，内容为“一、原有协议工程量中有两栋不修建，其他不变；二、工程定于2014年6月20日完成，并验收。如到时未完成，甲方将扣除乙方工程款的10%作为违约金。三、工程完成后，经相关部门验收合格后，甲方须在20日内向乙方支付105万工程款的97%。若20日内未付清，乙方只需向甲方支付总工程款的10%，甲方就此退场，与本工地再无联系。四、剩余工程款待国家补助金到位后，按实际工程量并在10日内付清剩余工程款的97%。五、本协议一式两份，甲乙双方各执一份，经双方签字后生效，具有同等法律效力。工程完工后，所有款项结清，本协议自动失效”。李应军、何毅在该补充协议上签字。何毅按设计图纸施工后，该工程于2014年10月23日通过三台县畜牧兽医局验收。李应军在使用房屋的过程中，房屋出现部分裂缝、门窗未封堵抹灰等问题。2016年4月7日，何毅向本院起诉要求李应军支付工程款580000元并按年利率6%支付资金占用利息[（2016）川0722民初1149号]。李应军遂于2016年5月16日起诉来院，提出上述诉讼请求。
一审庭审中，李应军撤回第三项诉讼请求，即要求何毅赔偿损车、断电、封路等非法手段索债造成的损失49120元，原审法院予以准许。案件审理过程中，原审法院组织双方当事人进行调解，双方对第一项诉讼请求达成协议，由何毅给付李应军8000元作为未完工及已完工应维修部分的抵扣款项；对其余诉请双方未达成协议。
一审法院认为，李应军与马文成、何毅先后签订的协议均是双方当事人真实意思的表示，双方均无异议，双方均应按约定履行合同。在原审法院主持调解的过程中，双方对第一项诉请达成协议，原审法院予以确认。李应军要求何毅赔偿未按时完工的违约金160000元，根据双方签订的补充协议，何毅应在2014年6月20日完工并验收，但依据三台县畜牧兽医局的验收单，该工程于2014年10月23日才通过验收，所以何毅违约交付工程是实，应当支付违约金。李应军未举证证明因该工程延期所造成的损失，其诉请的160000元违约金过高，根据违约时间原审法院酌情调整违约金为20000元。对于李应军诉请中的第四项对涉案工程款进行重新结算，何毅在本案起诉之前已起诉李应军给付工程款，工程款的给付只应在同一案中处理，何毅起诉在前，所以李应军的该项请求仅能在（2016）川0722民初1149号案中与何毅诉请的工程款一并解决，本案中不应处理。依照《中华人民共和国合同法》第一百一十四条和《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条、第一百六十条之规定，遂判决：一、由被告何毅给付原告李应军未完工及已完工应整改部分的损失费8000元。二、由被告何毅给付原告李应军延期完工的违约金20000元。[上述一、二项给付款项均限本判决生效后在（2016）川0722民初1149号案李应军应付何毅工程款中直接抵扣]。三、驳回原告李应军的其他诉讼请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案受理费4436元，减半后收取2218元，由原告李应军负担1918元，被告何毅负担300元（此款已由原告垫付，在执行中一并给付）。
二审中，被上诉人何毅向本院提交《天根养殖场沼气建设协议》一份，拟证明沼气池是上诉人承包给三台县申恩志沼气服务站承建的。
上诉人李应军对该协议的真实性无异议，关联性不予认可。
本院对该证据的真实性予以认可，对该证据的关联性、合法性将在本院认为部分综合评判。
二审查明的事实与一审查明事实一致，本院予以确认。
本院认为，本案系李应军针对已经施工的工程存在的质量问题以及逾期完工验收引发的违约责任提起的诉讼，与何毅提起的工程款给付之诉相互独立，系两个不同的法律关系。原审法院将两个案件分别处理，不影响双方当事人的实体权利和诉讼权利。一审法院对工程款问题已另案处理，本案对工程款部分不再重复审理。上诉人认为应在本案中进行工程款结算的理由不能成立，本院不予支持。
针对李应军起诉时提出的第一项诉讼请求，双方当事人在一审中达成一致意见，何毅不再对该项诉请中列举的工程进行维修整改，而由何毅支付李应军8000元，作为维修整改的折价款。李应军上诉时提出的存在质量问题的工程，包含在其起诉时的第一项诉讼请求中。现李应军提出的还有部分质量问题工程的维修整改折价款未协商一致，与双方在一审中签字确认的事实不符。对李应军的该项上诉请求，本院不予支持。
李应军依据涉案合同主张逾期完工验收的违约金16万元，但未举证证明因工程逾期完工验收对其造成的损失，综合考虑逾期完工验收的期间，一审法院将违约金调整为2万元并无不当。
综上所述，李应军的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费3500元，由上诉人李应军负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 左迪
代理审判员 李俊
代理审判员 罗婷
二〇一六年八月三十日
书 记 员 牛仙