北京市第三中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）三中民终字第15483号
上诉人（原审原告）北京市卫生局临床药学研究所，住所地北京市西城区新街口大街水车胡同13号。
法定代表人王大仟，所长。
委托代理人龙琍，北京市天如律师事务所律师。
委托代理人张健琨，女，1959年11月17日出生，该单位办公室主任。
上诉人（原审被告）北京大恒倍生制药厂有限公司，住所地北京市顺义区中北工业区（北石槽镇）。
法定代表人周晓光，董事长。
委托代理人张晓光，北京市安理律师事务所律师。
委托代理人徐淑明，男，1984年11月17日出生，该公司职员。
被上诉人（原审被告）北京诚济制药有限公司，住所地北京市顺义区中北工业区（北石槽镇）。
法定代表人周晓光，董事长。
委托代理人张晓光，北京市安理律师事务所律师。
上诉人北京大恒倍生制药厂有限公司（以下简称大恒公司）与上诉人北京市卫生局临床药学研究所（以下简称研究所）、被上诉人北京诚济制药有限公司（以下简称诚济公司）所有权确认纠纷一案，不服顺义区人民法院（2014）顺民初字第4042号民事判决书，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
2014年3月，研究所向原审法院起诉称：我方与北京大恒倍生制药厂（2001年更名为北京大恒倍生制药厂有限公司，以下简称制药厂）曾经有过长期的合作关系。1996年，经制药厂同意，我方开始陆续在制药厂院内建造制剂中心。制药厂于1998年5月12日向顺义区北石槽镇人民政府递交《关于我厂土地规划建筑的报告》，请求镇政府批准我方在其土地规划建筑范围内进行建设，且建筑物产权归我方所有。同年6月16日，镇政府作出《批复》，同意我方在制药厂的土地上建造地上建筑物并独立享有产权。2000年11月13日，我方与该厂签订《协议书》，约定：1.制药厂作为我方的科研基地，同意我方在制药厂规划范围内投资建设制剂中心。1996年开始兴建，2000年基本完工；2.我方在制药厂厂区内所建制剂中心建筑产权属我方所有；3.制药厂在办理建筑产权证时，应为我方制剂中心办理独立的产权手续；4.本协议有效期20年，一式两份，双方各执一份，具有同等法律效用，签字盖章之日起生效。此后，我方一直实际占有和使用制剂中心。经审计，我方自1996年至2000年10月共投入建造制剂中心资金1192715.82元，面积达1240.61平方米。2002年，我方又出资对制剂中心进行了改造和重新装修。2011年5月中旬，大恒公司指使北京嘉事大恒制药有限公司（2012年更名为北京诚济制药有限公司，以下简称嘉事大恒公司）给我方停水断电，使我方不得已停产。2011年6月30日，大恒公司向我方发出《告知函》，称我方自2000年起至今，租用其部分厂房建立制剂中心，但没有缴纳租金，现大恒公司需对该厂房进行清理，要求我方与其协商租金事宜，并将厂房内物品清空。我方于2011年7月1日向大恒公司发出了《复函》，指出大恒公司的要求不合理、不合法，并要求大恒公司为我方办理制剂中心产权手续，大恒公司未予正面答复。2011年7月7日起，大恒公司开始拒绝我方工作人员进入厂区。2011年7月9日，我方发现嘉事大恒公司非法进入我方制剂中心办公楼并擅自开始装修，不仅将我方存放在办公楼内的全部物品搬出，撬掉了我方仓库的门锁，还将办公楼门锁更换，公然占用制剂中心。我方多次交涉未果。我方了解到大恒公司于2002年9月办理了制剂中心产权，但一直未告知我方，更没有将产权过户至我方名下。为维护我方合法权益，现提起诉讼，请求确认制剂中心房屋产权归我方所有，大恒公司协助配合办理制剂中心房屋产权变更登记手续。
大恒公司在原审法院答辩称：我公司不同意研究所的诉讼请求。诉争房屋产权及其所在土地使用权均依法记载在我公司名下，我公司对诉争房产拥有合法产权。我公司成立于1993年10月27日，原名为北京恒达制药厂。我公司的最初投资人为中国大恒公司、北京市顺义县北石槽乡李家史山村经济合作社及北京市创伤骨科研究所临床医学工程研究所。其中经济合作社以原有厂房1000平方米及场地8000平方米作为对北京恒达制药厂的出资。2001年2月10日，我公司与北京市顺义区国土资源和房屋管理局签订了《北京市国有土地使用权出让合同》，交纳了全部土地出让金70余万元，依法取得了宗地面积29443平方米的土地使用权。2002年9月4日，我公司依法办理了这宗土地的地上建筑物产权登记手续，其中包括本案诉争的全部房屋。需要说明的是，在办理地上建筑产权登记手续过程中，根据现行法律规定及相关政府行政主管部门的要求，地上建筑物的产权登记手续必须、并且只能办理到我公司名下，不能办理到任何第三方名下。
研究所没有任何证据证明诉争房屋由其所建。本案证据表明，研究所对诉争房屋进行了拆除及改扩建，该行为违反了法律及行政法规的规定，侵犯了我公司对房屋的所有权，研究所应依法承担法律责任。研究所在诉状中称1996年陆续出资建造制剂中心但本案大量的证据充分证明诉争房屋并非研究所新建，诉争房屋产权证的记载建房时间为1989年而非1996年，其只是在原有房屋基础上进行了非法拆除及改扩建。关于研究所提交的施工合同及付款凭证，付款凭证缺乏合同支持，其中相当一部分并不能证明所支出款项与本案诉争房屋有关。从1996年开始的付款科目绝大部分为修缮费、返修改造、组培室温室改造、温室增安暖气、更衣室改造等。仅有一项金额为97900元的”危险品库及酒精回收塔土建、水、暖、电工程”涉及土建。这里可以明显看出，诉争房屋并非由研究所新建，而是在1989年已经建成的房屋基础上的改建和扩建。关于此项事实，可以在研究所提交的施工合同中得到证实。其中1996年10月15日签署的《施工合同书》中，工程名称为翻修改造组培室科研用温室及实验室，工程内容为翻修方式243.6平方米。我们知道1996年始研究所主张的建设开始时间，研究所不可能在刚刚新建结束后就对新建房屋进行翻建，这进一步充分证明了诉争房产早在1989年就已经存在而非研究所新建。研究所提交的证据中，有1551239元的工程款发生在2002年9月4日后，也就是在我公司取得房产证之后对诉争的房屋进行了大肆改扩建，工程内容为将花房改造为办公用房。此番改建没有经过我公司的同意，未办理任何行政批准手续，明显违反《中华人民共和国建筑法》等有关规定，属于违章建筑行为，该行为侵犯了我公司的所有权。
研究所在本案中所提交的证据既不能证明诉争房屋系研究所所建，更不能证明研究所对诉争房产享有合法的所有权。首先研究所提交的证据真实性无法确定，即便这些证据存在，镇政府也无权对土地的规划进行批复，该证据没有任何法律效力。签订于2000年11月13日的《协议书》并非当事人的真实意思表示，该协议是基于”乙方作为甲方科研基地”这一前提条件的，是特定时期、基于特定合作背景及双方法定代表人相同等前提的产物，是附条件的合同，合同中还特别约定了”协议有效期为20年”，显然不是关于所有权归属的合法约定，且该协议实际上是对房屋的改建以及对房屋所有权及土地使用权的转让，协议内容违反了建筑、规划及土地使用权的转让法律、行政法规的强制性规定，协议内容无效。特别是，1996年制药厂所占用土地尚属于集体用地，我公司无权就土地使用权问题签订任何协议，该《协议书》显然无效。此外，研究所提交的财务收支审计报告仅仅是研究所内部对其特定年度财务收支情况的报告，该报告并未明确说明诉争房屋系研究所所建，不具备客观证明力，该报告既没有审计人员的签名也没有设计机构的印章，违反了相关会计准则，不具备证明力。
研究所诉讼请求违反我国现行法律之规定，在客观上是无法实现的。研究所单独主张诉争房屋的所有权违反我国法律规定的”房地一体”原则。我国《城市房地产管理法》、《担保法》、《物权法》等有关法律均明确规定，转让、抵押、出租土地使用权，该土地上的建筑物应当一并转让、抵押、出租，反之则反之，也就是说研究所主张诉争房屋的权属应当首先至少是同时解决土地使用权的问题。事实上，我公司早在十几年前就已经付清了全部土地出让金，合法取得了整个土地的使用权，并且取得土地使用权及房屋所有权至今的十多年中，我公司一直都在依法缴纳土地使用税及房产税，因此如何分割土地使用权，分割的事实及法律依据成为本案无法逾越的法律障碍。一旦支持了研究所的诉讼请求，将严重损害我公司的合法权益。如前所述。我公司就取得土地使用权缴纳了70余万元的土地出让金，历年来均缴纳了城镇土地使用税，诉争房产的房产税等税收，土地出让金及纳税均包括诉争房屋所占用的土地面积。如果法院支持了研究所的诉讼请求，那么对我公司是不公平的。支持研究所的诉讼请求势必造成法院对违法建设行为的认可。在本案中，研究所违反《建筑法》、《规划法》等法律规定，在未取得任何建设开工手续、未办理任何规划变更手续的情况下，对已有建筑进行非法拆除及扩建。由于研究所的非法行为，诉争房屋属于违章建筑，存在重大安全隐患，一旦造成财产损失或人身伤亡，后果将不堪设想，人民法院不应以判决的形式使该行为合法化。支持研究所的诉讼请求将导致无法克服的法律及现实障碍。首先研究所主张的房屋位于整个地块范围内，假如研究所取得了房屋所有权，其水电供应、道路通行、通信供暖、治安保卫、卫生消防乃至污染物排放等问题均难解决。假如研究所在取得房产证后将房屋出租或转让则涉及土地的部分难以解决。支持研究所的诉讼请求将造成相关行政管理部门工作上的混乱。
诚济公司在原审法院答辩称：该案与我公司无关，涉诉房屋内没有我公司物品，不同意作为本案被告
原审法院经审理查明：研究所提交制药厂《关于我厂土地规划建筑报告》（以下简称《报告》）和北京市顺义区北石槽镇政府的相关《批复》，上述证据均为复印件，主要内容为制药厂同意研究所在制药厂土地规划建筑范围内投资建设产权归研究所的建筑物（主要包括厂房、实验室、危险品库、仓库等），并申请对以下内容进行备案：1.制药厂为上述建筑办理产权归研究所的产权证；2.研究所无偿使用上述建筑物所占用的土地；3.在办理建筑物的产权以前承诺上述建筑归研究所所有。镇政府就上述内容作出批复，同意研究所根据报告投资建设地上建筑物并归研究所所有。在研究所起诉大恒公司、诚济公司排除妨害一案中，大恒公司承认上述证据的真实性但在本案中予以否认，且认为镇政府不具有相应的审批权限，制药厂也没有权利对土地使用权进行安排，报告中所说的合作关系已经不存在，报告中所称为实验室、仓库而本案诉争为办公用房，报告中称研究所新建房屋归其所有而诉争房屋并非新建而是在原有基础上改建的，该协议不能作为权属证明，单独办理产权证无法实现。
研究所提交其与制药厂所签《协议书》一份，载明制药厂作为研究所的科研基地，同意研究所在制药厂土地规划范围内投资建设制剂中心，1996年开始兴建，2000年基本完工；研究所在制药厂厂区内所建制剂中心（见附图）建筑产权归研究所所有；制药厂在办理产权证时应为研究所办理单独的产权手续；本协议有效期限为20年。大恒公司对协议的真实性予以认可，但是认为该协议违反房地一体的原则和房地产管理的基本法律法规，应为无效。当时土地性质为集体土地，大恒公司无权作出处分，协议写明是双方的科研基地和合作单位的性质，目前已经发生形式变更，应当予以变更或者解除。协议书约定研究所建制剂中心，目前看不出现有建筑是制剂中心，也看不出现有建筑是研究所投资所建。协议的有效期是20年，有效期按照理解是双方权利义务受协议书约定的期限，是权利义务终止日期，不是办理所有权证日期，协议于2000年签订，所述事实自1996年开始，到现在已经过去多年，即便协议有效，该协议期限也即将届满。
研究所提交北京市卫生局《关于下达”对北京市卫生局临床药学研究所1999年至2000年10月财务收支审计报告”的通知》（以下简称《审计通知》），证明本案诉争的制剂中心（即审计报告中的制剂车间）由研究所全资建造，自1996年至2000年10月共投入资金1192715.82元，共计1240.61平方米。经查，该证据包括通知和审计报告两部分，通知加盖”北京市卫生局”印章，审计报告载明从1996年到2000年10月投资1192715.82元在顺义大恒倍生制药厂院内盖建制剂室1240.61平方米等内容但没有加盖任何印章。大恒公司称北京市卫生局的通知盖有印章，审计报告没有印章，不能认可后面的审计报告系前面文件所附。财务收支审计报告是针对特定年度研究所系统内部收支状况的报告，收支报告没有审计人员的签名，也没有审计单位的印章，审计人员是否具有审计资格无从考证，该报告不符合财政部关于审核报告的规定，没有任何证明力，也不能证明报告中所说的制剂车间是研究所所建，报告里面写的制剂车间的面积是1240.61平米，诉争房屋的产权证记载为1229.39平米，实测面积（大恒公司自己测量）为1397.5平米。
研究所提交1996年至2000年兴建制剂中心的合同、发票、记账凭证，证明其自1996年到2000年投资119万余元建设制剂中心。大恒公司对上述真实性没有异议且在2012年7月17日庭审中认可诉争房屋为研究所所建，但2014年4月11日就证据与本案工程关联性提出异议，认为其中1996年9月13日的施工合同书载明施工名称是危险品库及酒精回收塔，该合同缺少甲方公章，施工内容与制剂中心是两个工程，不能计算到一起。1996年10月15日的施工合同书，缺少甲方盖章和名称，合同里附加的票据写的都是修缮费用而不是建设费用，不是涉诉工程。1997年9月2日的净化空调工程，没有显示施工内容是制剂中心的，合同与发票不一致，发票是安装护网，但合同里没有这一项。1997年12月22日的门窗工程协议书，双方均未盖章，合同上没有注明是用于哪个工程，发票上没有明细显示这个工程。1998年1月12日协议书，双方没有盖章。1998年1月22日发票中有一个组培室改建工程，没有日期。1999年5月17日的更衣室改造，工程概算书建设单位没有盖章，工程地点不明，发票标注的是修缮款而不是建设款。1999年8月27日的温室建设工程，完工日期是1997年10月10日，而签订合同的日期为1999年8月27日。
针对大恒公司的意见研究所表示，合同已经实际履行，也有付款凭证，没有甲方签字不影响合同效力。研究所建设制剂中心部分由其他公司施工，部分由建筑队施工，没有日期或施工地点不影响合同的履行。关于1999年8月27日的协议，工程做完了我们才签约符合常理，发票开的修缮费是会计记账的要求。综上，上述问题都不影响建设工程的合法性、真实性、有效性，制剂中心是研究所投资建设的，大恒公司没有投资。
研究所提交《北京市房屋建筑修缮及装修工程施工合同》两份，发包方均为”北京市临床药学研究所”，工程名称分别为制剂室花房改造基础结构工程和制剂室花房改造装修、水电改造，证明其公司2002年对制剂中心进行了改造和装修。大恒公司认为该证据证明研究所在没有任何手续的情况下，对其已经取得合法产权的房屋进行非法改扩建，新建房屋是违法建筑。
研究所提交其法定代表人王大仟和诚济公司副总经理王西良的情况说明，证明2011年7月9日大恒公司指使诚济公司非法进入制剂中心办公楼并擅自装修，搬出物品，撬掉仓库门锁，研究所抗议无效只得报警，诚济公司副总经理王西良认可此事并称此系公司高层意见。大恒公司和诚济公司对相关事实不予认可并认为与所有权确认无关。
研究所提交《中华人民共和国国有土地使用证》和《中华人民共和国房屋所有权证》（京房权证顺其字第002**号），证明诉争房屋所有权登记在大恒公司名下，该公司享有相关土地的使用权并有权进行处分，要求确认所有权证附图中15、16、18、19号房屋归其所有。大恒公司对上述证据予以认可，但认为可证明房屋所有权和土地使用权均归其享有，且诉争房屋登记的建房时间为1989年而非1996年，涉诉房屋为研究所翻建的。
研究所提交赵×任职研究所法定代表人的相关证明，证明1995年10月4日北京市卫生局党组决定任命赵×为研究所所长，2000年12月26日免去所长职务，因此2002年大恒公司办理制剂中心产权时赵×不知情。大恒公司对任免事实予以认可但认为与本案无关。
研究所提交赵×证明一份，证明《协议书》是研究所和制药厂的真实意思表示，制剂中心是研究所出资兴建的，制药厂没有出资。2000年制剂中心建成，但还不能办理产权证，为了明确产权归属，研究所和制药厂才签订《协议书》，明确制剂中心产权归属于研究所，因为签约时制药厂尚未取得土地使用权证，无法为研究所办理产权，而且不知道什么时候能够办理，所以约定了20年的期限，这个期限不是研究所的产权期限而是制药厂为研究所办理产权的期限。研究所申请赵×到庭作证，证人称其于1995年到2000年12月担任研究所的法定代表人，1993年到2002年12月担任制药厂的法定代表人，2000年11月13日研究所和制药厂签订了一份协议，因为当时自己同时担任双方的法定代表人对双方的签约情况比较了解，1996年底研究所想要建造一个制剂中心，制药厂就把当时想规划的一部分无偿给研究所，当时就说产权归研究所，让其在这里盖房，并向镇政府打了一个报告。诉争房屋用地起初是空地，1996年底开始设计，后来改造过几次，到2000年下半年建成，位置是所有权证登记的15、16、18、19号房屋。这样，双方签订了一个协议说这个产权是研究所的。签订这个协议的时候自己都即将不再担任所长了，目的是离任前把研究所和制药厂的资产说清楚，当时自己就认为20年的时间应该能把产权证办下来，而且制药厂这边股东跟自己关系非常好，所以觉得还是很有把握的。关于20年期限问题，房屋产权肯定是研究所的，但是办理证书的时间不能超过20年，2002年以后的事情就不知情了。大恒公司对证言不予认可，认为赵×的证言陈述有矛盾的地方，按照研究所提交的证据其任职时间是到2000年，他自己陈述是到2002年，办证时候赵×还是大恒公司的法定代表人，他说他不知情是不属实的。
大恒公司提交《北京恒达制药厂章程》，证明制药厂成立于1993年，最初投资人是大恒公司、李家史山经济合作社和北京市创伤骨科临床研究所，最初设立的时候合作社以原有厂房和场地8000平米作为出资，可以印证最初的土地和房屋的来源是村里经济合作社的出资，而且1993年时候厂区内就是有房屋的。提交《北京市国有土地使用权出让合同》证明其对土地有合法使用权。提交土地出让金发票，证明其已经足额缴纳土地出让金。提交大恒公司支付土地使用税及房产税的发票，证明其缴纳税费的情况及今后将继续缴纳。提交《企业国有产权交易凭证》，证明其公司的现有股东依法取得相应股权。
经查，《北京市国有土地使用权出让合同》系北京市顺义区国土资源和房屋管理局（出让方）与大恒公司（受让方）所签，签署时间为2002年2月5日，其中第四章第10条约定：该宗土地地价款747852元，在土地使用期限内，受让方须以每年每平米用地人民币一元的标准，合计每年人民币二万九千四百四十三元向出让方或出让方委托单位缴纳土地使用费，并应在当年12月15日前交清。不够一年的按半年交纳，不够半年的不交纳当年的土地使用费。第五章第17条载明：受让方转让地上建筑物，其他附着物所有权时，其使用范围内的土地使用权随之转让，本合同载明的权利、义务也随之转移。转让后，转让受让方的土地使用年限为本合同约定的使用年限减去已经使用年限后剩余年限。受让方应在转让合同签订后60日内，到国土资源和房屋管理部门办理土地使用权、建筑物及其他附着物过户登记手续。
2001年，北京大恒倍生制药厂名称变更为北京大恒倍生制药厂有限公司。2005年北京嘉事大恒制药厂迁入涉诉土地，2012年将名称变更为北京诚济制药有限公司。
本案审理过程中，经勘验双方确认诉争16号房屋位置、面积与房屋所有权证一致，15号房屋的位置和面积除北侧多出一长6.3米、宽3.6米的长方形扩建部分外（15号房屋北侧原有一扩建部分，此处扩建在原有扩建部分西侧），其余和房产证一致，18号房屋和19号房屋现在为一幢二层办公楼。研究所称办公楼系办理房屋所有权证后改建，原18号房屋为花房，西侧和南侧为玻璃，19号房屋为平房，该两处建筑改建时仅保留原北墙地基。
原审法院经审理后认为：因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。本案中，《协议书》系研究所和制药厂双方真实意思表示，不违反法律、法规的强制性规定，应为有效，双方应当依约履行。关于对该协议内容的理解，赵×证明20年为办理所有权证的时间，制剂中心的实际位置为房屋所有权证标注的15、16、18、19号房屋，因为赵×是相关事项的经手人，法院对其证言予以采信。研究所提供的建房及装修等票据能够证明制剂中心由其出资所建，房屋应当归研究所所有。经法院现场勘验，研究所在未办理相关审批手续的情况下将部分房屋扩建或改建，违法相关法律规定，法院对扩建及改建部分房屋的所有权无法进行确认。现在诉争房屋所占用土地的使用权人为大恒公司，房屋所有权不能单独进行变更登记，故研究所请求大恒公司协助配合办理房屋产权变更登记手续，尚不具备相关条件，法院不予支持。据此，于2014年9月判决：一、确认登记在大恒公司名下的《中华人民共和国房屋所有权证》（京房权证顺其字第002**号）中房地平面图标注的15号（不包括与平面图不一致的扩建部分）、16号建筑物归研究所所有；二、驳回研究所其他诉讼请求。
判决后，大恒公司、研究所均不服，提起上诉。研究所除坚持原审起诉意见外，另提出：原审中，研究所的诉讼请求已经明确为确认《房屋所有权证》（京房权证顺其字第002**号）中房地平面图标注的15号、16号、18号、19号房屋的所有权归研究所所有，即使研究所未经批准即对18号、19号房屋进行改扩建，违反行政管理法规，但不影响研究所对18号、19号房屋享有的民事权利。研究所提供的证据可以证明诉争房屋由研究所投资128万余元兴建（后经审计投资数额调整为119万余元），按照与大恒公司签订的《协议书》的约定，诉争房屋应当归研究所所有，大恒公司应当在办理产权证的过程中，协助土地管理部门使产权归研究所。研究所在改扩建18号、19号房屋时不知道大恒公司已经办理好产权证，当时征求大恒公司意见是否需要规划审批，大恒公司答复只要不超过原有房屋高度就可以。18号、19号房屋改扩建后只是改变了存在形式，并未灭失，完全可以恢复原状、消除影响。因此，行政违法行为不产生消灭民事权利（所有权）的法律后果。因此，原审判决认定事实错误，适用法律不明，请求：撤销原审判决书第一项中”不包括与平面图不一致的扩建部分”的内容，撤销原审判决书中第二项，改判《房屋所有权证》（京房权证顺其字第002**号）中房地平面图标注的18、19号建筑物产权归研究所所有，并判令大恒公司协助办理15、16、18、19号建筑物的产权变更手续。大恒公司除坚持原审答辩意见外，另提出：原审判决事项含糊不清、自相矛盾且明显违反物权法的相关规定。原审判决确认15号、16号房屋产权归研究所所有，未判决18号、19号房屋产权归研究所所有，认为18号、19号房屋进行了改扩建，但事实是15号、16号房屋也进行了扩建。原审判决认为房屋所有权不能单独进行变更登记，研究所请求大恒公司协助配合办理房屋产权变更登记手续，尚不具备相关条件，但关于所不具备的条件何时能具备，甚至是否能具备，均未提及。特别是该判决结果违反了《物权法》关于不动产权属登记的规定，应当依法予以纠正。原审中，法庭未在任何程序中出示证人赵×的证言，更没有要求证人出庭作证，原审判决采用赵×的证言，违反法定程序。2002年9月办理诉争房屋产权证时，赵×是大恒公司的法定代表人，其陈述”2002年以后的事情就不知情了”缺乏合理性。原审判决认定事实存在重大错误，诉争房屋并非研究所投资所建，研究所只是将大恒公司原有合法房屋进行了非法改扩建。《协议书》是双方在特定条件下的合作关系，在签订《协议书》时所处分的房产及土地使用权，属于集体所有，协议当事人均无权处分。双方的约定改变了土地使用权人及用途，未经县级以上人民政府批准。协议约定房产归研究所所有，违反了”房地一体”的基本原则，违反了法律、行政法规的强制性规定，并损害了大恒公司的合法权益，《协议书》应为无效。同时，原审判决结果存在无法执行的问题，并在当事人之间造成新的争端。基于上述理由，请求驳回研究所的全部诉讼请求。诚济公司表示涉诉房屋归大恒公司所有，与其无关。
本案审理中，研究所表示本院经审理查明的事实与原审法院查明的事实一致。
上述事实，有双方当事人的当庭陈述、《关于我厂土地规划建筑报告》、《批复》、《协议书》、《关于下达”对北京市卫生局临床药学研究所1999年至2000年10月财务收支审计报告”的通知》、《北京市房屋建筑修缮及装修工程施工合同》及付款明细、《中华人民共和国国有土地使用证》和《中华人民共和国房屋所有权证》、《企业名称变更预先核准通知书》、支出凭证、赵×的证明、土地出让金发票、企业国有产权交易凭证、土地使用税及房产税发票、《北京恒达制药厂章程》等证据在案佐证。
本院认为：因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。研究所与大恒公司签订的《协议书》系双方真实意思表示，不违反法律、法规的强制性规定，应为有效，双方应当依约履行。《协议书》内容证实了研究所投资建造制剂中心的事实。赵×的证言证明制剂中心的实际位置为房屋所有权证标注的15、16、18、19号房屋，在没有相反证据证明制剂中心的实际位置的情况下，因为赵×是相关事项的经手人，对其证言应予采信。经现场勘验，研究所在未办理相关审批手续的情况下将部分房屋扩建或改建，违法相关法律规定，对扩建及改建部分房屋的所有权，在本案中不宜进行确认。现诉争房屋所占用的土地的使用权人为大恒公司，根据目前的政策，房屋所有权不能单独进行变更登记，研究所请求大恒公司协助配合办理房屋产权变更登记手续，尚不具备条件，对研究所提出的办理产权变更登记手续的请求，本院暂不予支持。综上，原审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，本院判决如下：
驳回上诉，维持原判。
原审案件受理费70元，由北京市卫生局临床药学研究所负担35元（已交纳）；由北京大恒倍生制药厂有限公司负担35元，（于本判决生效之日起七日内交纳）。二审案件受理费70元，由北京大恒倍生制药厂有限公司负担35元（已交纳），由北京市卫生局临床药学研究所负担35元（已交纳）。
本判决为终审判决。
审 判 长 张玉娜
代理审判员 邓青菁
代理审判员 刘向飞
二〇一四年十二月十七日
书 记 员 胡 潇