四川省成都市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）川01民终11774号
上诉人（原审原告、反诉被告）：成都磐谷建设工程有限公司，住所地：四川省成都市青羊区双清巷18号。
法定代表人：张志君，总经理。
委托诉讼代理人：李忠，四川蜀信律师事务所律师。
委托诉讼代理人：刘峰，四川蜀信律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：都江堰市金桥房地产开发有限公司，住所地：四川省都江堰市迎宾大道中段（客运中心街对面）。
法定代表人：ＸＸ，董事长。
委托诉讼代理人：蒲继东，男，1964年11月1日出生，汉族，住四川省成都市青羊区。
上诉人成都磐谷建设工程有限公司（以下简称磐谷公司）因与上诉人都江堰市金桥房地产开发有限公司（以下简称金桥公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服四川省都江堰市人民法院（2015）都江民初字第815号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年12月15日受理后，依法组成合议庭对本案进行了审理。本案现已审理终结。
磐谷公司的上诉请求：1、依法撤销一审判决；2、判令金桥公司向磐谷公司支付工程款1998914.85元，并支付违约金290581.78元；3、本案全部诉讼费和保全费由金桥公司承担。事实和理由：一、双方签订的《补充协议》合法有效，双方也是按该协议之约定在履行合同义务，磐谷公司按约向金桥公司缴纳了工程履约保证金。一审法院以本案所涉工程属于必须招标的工程项目为由，否定《补充协议》的法律效力，明显违背了民法的自愿原则，应以《补充协议》中关于工程款结算的约定作为本案的工程款结算依据。二、本案所涉工程价款及保证金退还方式应按“金桥喜悦酒店”工程结算清单中确定的工程款金额及保证金返还方式作为结算依据。一审庭审中金桥公司法定代表人确认案涉工程是按《补充协议》第五条中约定的结算方式进行结算。磐谷公司提交的由双方签字确认的“金桥喜悦酒店”为工程结算清单中的结算方式与《补充协议》中约定的结算方式完全一致，故该结算清单应依法作为双方的结算依据。一审以金桥公司单方向都江堰市城乡建设局备案《结算书》作为工程款结算依据错误。磐谷公司在《结算书》中盖章是因为金桥公司急于开业经营，鉴于双方之间的合作关系，且当时金桥公司尚欠磐谷公司部分工程款未结清，磐谷公司被迫盖章，该结算书并非按照双方约定的结算价格进行结算。另一审判决的质保金期限已届满，应当将一审中扣除的质保金支付给磐谷公司。
金桥公司辩称，《补充协议》无效。应当根据都江堰市建设局备案的合同与结算表中的金额即13447685.8元作为结算依据。质保金已于2016年11月25日届满，质保金若未超过标的物的维修费用应当返还，但现在维修费已超过质保金的金额，故磐谷公司还应当补足金桥公司实际发生的维修费用。
金桥公司的上诉请求：撤销一审判决，改判磐谷公司向金桥公司支付违约金3000000元，并支付质保期间金桥公司实际发生的维修费用668472.85元。事实和理由：一、自工程竣工验收合格之日起，在保修期内经常发生工程质量问题，虽多次通知磐谷公司进行维修，但磐谷公司却以种种理由拒不履行质保维修义务，金桥公司只能请他人进行维修，由此造成金桥公司数十万元的经济损失，该维修费用按约应由磐谷公司承担，应将其从质保金中予以扣除。二、金桥公司按约支付了工程款，不存在违约行为。双方约定将竣工日期延长到2010年9月16日，但工程于2011年11月26日才竣工验收合格，磐谷公司违约，应承担违约责任。即使双方都有违约行为，也应按照合同约定的违约条款按责任大小分别承担违约责任，一审不应以双方均存在违约行为之借口对金桥公司要求支付违约金的主张不予支持。
磐谷公司辩称，1、磐谷公司没有违约行为，工程延期是因金桥公司违规将工程转包分包给他人进行施工造成。2、金桥公司没有证据证明实际发生的维修费用，且金桥公司也未通知磐谷公司进行维修。
磐谷公司向一审法院起诉请求：一、金桥公司向磐谷公司支付工程款1998914.85元，并支付违约金290581.78元；二、本案诉讼费和保全费由金桥公司承担。一审诉讼中磐谷公司明确，因金桥公司迟延支付工程款，依据《补充协议》第12条规定按合同总价款2%的主张违约金290581.78元。
金桥公司向一审法院反诉请求：一、磐谷公司退还多支付的工程款829317.35元；二、磐谷公司向金桥公司支付违约金及赔偿经济损失共计3000000元；三、本案诉讼费由磐谷公司承担。一审诉讼中金桥公司明确，依据双方签订的施工合同和2007年11月《补充协议》第12条主张违约金和赔偿损失。金桥公司明确选择主张违约金。
一审法院认定事实：一、2007年11月27日，作为发包人的金桥公司与作为承包人的磐谷公司签订《补充协议》，就磐谷公司承包位于都江堰的金桥喜悦大酒店工程（以下简称案涉工程）进行了工程内容、承包内容及方式、结算方式、履约保证金及退还时间、工程款的支付和结算、工程竣工验收及保修、违约责任等约定。与本案有关的约定有：五、结算方式：１、工程按1100/㎡的价格包干计算，面积以竣工图和相关配套文件为准。八、履约保证金及退还时间：甲乙双方合同签定后三日内，向甲方交纳履约保证金2000000元。乙方进场开工后，退还1000000元保证金，主体工程验收合格后，七日内退还1000000元保证金，不计息。十、工程款的支付和结算：1、本施工工程无预付款。2、进度付款方式为：三层顶板混凝土浇筑完付2000000元进度款，六层完付2000000元进度款，八层完付1000000元进度款，十层完付1000000元进度款；屋面板混凝土浇筑完付2000000元进度款，主体验收合格后付1000000元进度款，后期装饰按进度付款至工程总款的90%，竣工验收结算办完半年扣除保修金80000元，结清尾款。十二、违约责任：如单方违约付总合同价款2%的违约金给守约方。十五、本补充协议与主合同（建设工程施工合同）若有矛盾之处，以本补充协议为准。同日，磐谷公司通过崇州市隆兴镇永盛铝合金门窗厂账户向金桥公司支付工程修建保证金2000000元，金桥公司于2007年12月4日开具收据确认。
二、双方确认案涉工程系依法必须进行招投标的工程，该工程按规定履行了招投标手续。2007年12月13日，都江堰市发展和改革局下达了《关于对金桥喜悦酒店工程投资计划及核准招标事项的通知》，核准案涉工程全部招标，招标方式为邀请招标。根据《金桥喜悦酒店工程施工邀请招标备案报告》及《中标通知书》载明的内容，案涉工程于2008年1月7日确定了三名中标候选人，磐谷公司投标报价最低，为13429026.03元。2008年1月9日，金桥公司通知磐谷公司中标，中标价为13429026.03元。
三、磐谷公司、金桥公司各提供一份《建设工程施工合同》，以证明作为发包人的金桥公司与作为承包人的磐谷公司签订该合同并就有关事项进行了约定。磐谷公司提供的合同（以下简称磐谷版合同）首页加盖了“四川省成都市青羊区地方税务局印花税收讫专用章（8）”，并有“税额4028.71，完税凭证川地涂缴字1300201号，2008年1月24日”字样。金桥公司提供的合同（以下简称金桥版合同）加盖了“都江堰市城乡建设局档案专用章”。
两份合同共同的与本案有关的约定有：一、工程概况：工程名称“金桥喜悦酒店工程”；工程地点：都江堰市迎宾大道98-112号；工程内容：全框架结构，占地面积4202.6平方米，建筑面积15250平方米；资金来源：自筹。二、工程质量标准：合格；项目经理罗永成。三、合同“第二部分通用条款”项下第14.2款，因承包人原因不能按照协议书约定的竣工日期或者工程师同意顺延的工期竣工的，承包人承担违约责任。第24条，实行工程预付款的，发包人不按约定预付，承包人在约定预付时间7天后向发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不能按要求预付，承包人可在发出通知后7天停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的贷款利息，并承担违约责任。第26.4条，发包人不按合同约定支付工程款（进度款）,双方又未达成延期付款协议，导致施工无法进行，承包人可停止施工，由发包人承担违约责任。第33.3款，发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。四、合同“第三部分专用条款”项下第13.1款，双方约定工期顺延的其他情况:根据设计变更大小，工期双方协商解决。如停水停电一周累计超过八小时，工期顺延；如发包方提供要求，承包方自带发电机时，其费用由发包方承担，因不可抗拒因素，双方协商解决。第23.2款，本合同价款采用可调价格方式确定。采用可调价格合同，合同价款调整方法:按发包方承包方审定的施工预算造价作为合同价款调整依据，并执行2000定额及相关的配套文件。第24条，发包方向承包人预付工程款的时间和金额或占合同价款总额的比例:合同签证后15天内按合同暂定价15%拨付预付款（当年投资）。扣回工程款的时间、比例:工程进度完成60%时，在以后拨付工程进度款中，按比例扣回工程预付款直至付到95%抵扣完，余款5%在竣工验收后拨付。第25.1款，承包人向工程师提交已完工程量报告的时间:承包方每月25日提交当月工程量报告，发包方收到后5天内核实确定。第26条，双方约定的工程款（进度款）支付的方式和时间:按月支付，银行转账按承包方每月25日提交的已完成工程量报告，该工程的付款结算单，经发包方审定后于次月5日前拨付上月工程进度款，付至预算总造价95%暂停拨付，余款在办理竣工验收时结清。第35.1款，本合同中关于发包人违约的具体责任如下:本合同通用条款第24条约定发包人违约应承担的违约责任:承担应付工程预付款同期银行贷款利息，并执行通用条款24条。本合同通用条款第26.4款约定发包人违约应承担的违约责任:承担工程进度款同期银行贷款利息，并执行通用条款26.4款。本合同通用条款第33.3款约定发包人违约应承担的违约责任:拖欠款从第31天起，承担工程进度款同期银行贷款利息，并执行通用条款33.3款。第35.2款，本合同中关于承包人违约的具体责任如下:本合同通用条款第14.2款约定承包人违约应承担的违约责任:按照合同工期每提前或延后一天，按工程总造价的千分之二对等奖惩。双方约定的承包人其他违约责任:按通用条款执行，向发包方支付工程总造价的0.5%的违约金。第38.1款，本工程发包人同意承包人分包的工程：双方不得以任何理由肢解工程。分包施工单位为：无。五、合同附件3《工程质量保修书》约定:第二条，质量保修期:质量保修期从工程实际竣工之日算起。分单项竣工验收的工程，按单项工程分别计算质量保修期。双方根据国家有关规定，结合具体工程约定质量保修期如下，屋面防水工程为5年。第四条，质量保修金的支付:本工程约定的工程质量保修金为施工合同价款的3%。第五条，质量保修金的返还:发包人在质量保修期满后14天内，将剩余保修金和利息返还承包人。
两份合同不同之处在于：1、磐谷版合同签订时间为2008年1月16日，金桥版合同签订时间为2008年3月20日。2、磐谷版合同“第一部分协议书”项下的第二条“工程承包范围”记载为：土建、安装、装修。（其中门窗、花岗石外墙、保温由建设单位另行分包）。金桥版合同“第一部分协议书”项下的第二条“工程承包范围”记载为：土建、安装、装修。3、磐谷版合同“合同工期”项下合同工期总日历天数240天，“开工日期”为2008年1月26日，“竣工日期”为2009年1月26日。金桥版合同“合同工期”项下合同工期总日历天数240天，但“开工日期”、“竣工日期”均未填写。4、磐谷版合同“第一部分协议书”项下的第五条“合同价款”记载为：金额13429026.03元（含建设单位分包3800000元）。金桥版合同“第一部分协议书”项下的第五条“合同价款”记载为：金额13429026.03元。
金桥公司主张其提供的合同即为备案的中标合同，因其系从都江堰城乡建设局调取。磐谷公司表示具体备案哪一份不清楚，主张其提供的合同已载明磐谷公司按此合同缴纳了相关税费。
四、2008年9月28日，双方签订《关于“金桥喜悦酒店”工程延长工期的补充协议》，决定将竣工日期延长到2010年9月16日。
五、案涉工程于2010年4月7日主体验收合格，于2011年11月26日竣工验收合格，于2013年10月29日完成竣工验收备案。
六、磐谷公司主张金桥公司存在以下违约行为：1、未按《补充协议》约定期限支付工程进度款；2、在工程施工过程中，因金桥公司原因多次造成工程停工；3、2010年4月7日，案涉工程主体就已完工，金桥公司安排分包单位进场施工，因分包单位未能及时完成工程，导致工程迟迟无法竣工验收。4、因金桥公司上述违约行为导致工程工期严重滞后，造成磐谷公司巨大经济损失。
关于其主张的金桥公司第2项违约行为，磐谷公司提供以下证据材料：（一）2009年8月10日，磐谷公司致金桥公司、诚信公司的《停工报告》载明，“都江堰市金桥喜悦酒店工程因多种原因现暂处于停工状态。该《停工报告》尾部有磐谷公司项目经理罗永成，监理单位工作人员杜英华签名。并有金桥公司工作人员任万贵“因装修方案未完。任万贵20**.8.16”签字字样。（二）2009年11月9日金桥公司致磐谷公司《通知》载明，“经公司研究决定金桥喜悦大酒店所有客户卫生间因设计面积过小，所有墙体停止施工，待装修时另行设计。现已砌的五、六、七层共计三层全部拆除。”（三）2010年4月21日金桥公司致磐谷公司《通知》载明，“金桥喜悦大酒店5-12楼厕所墙体不符合二装方案的应拆除现按二装方案图施工。”（四）2011年9月14日金桥公司《通知》载明，“磐谷公司签定修建金桥喜悦酒店的内隔墙、栏杆、水、电四项工程由二装承接施工。”（五）2011年9月14日金桥公司《通知》载明，“磐谷公司签订修建金桥喜悦酒店的：1、内窗护栏；2、内隔墙；3、水、电；4、厨房；以上四项工程由二装按设计要求和规范施工。该《通知》尾部“建设单位”处有“ＸＸ”签字，监理单位处有“以上1-4项建设单位已找装修施工单位完成。杜英华”签字字样并加盖了监理单位都江堰诚信建设监理有限公司（以下简称诚信公司）印章，磐谷公司及设计单位也分别加盖了印章。
磐谷公司于一审庭审中陈述，金桥公司随时都是变更方案，与原来的方案不一样要求我公司重新施工。金桥公司法定代表人ＸＸ于庭审中陈述，2010年4月21日通知可看出二装方案已给磐谷公司，但因磐谷公司做的二装工程不符合星级酒店要求，公司另外找人做的，因此有2011年的通知。金桥公司并主张2009年8月10日装修方案未定与施工并无冲突。
关于其主张的金桥公司第3项违约行为，磐谷公司提供以下证据材料：（一）都质监（2011）改字第0006283号《建设工程质量整改通知单》载明，“磐谷公司、诚信公司：你单位承担的金桥喜悦大酒店工程，经查存在下列质量问题或违规质量行为：钢结构网架结构验收。1、钢结构网架设计单位未经土建设计单位确认（支撑、支座、荷载）。以上第1条属于严重质量问题和违规质量行为，涉及安全和使用功能。要求监理、施工单位7日内对工程进行全面自查整改，并将自查报告、整改方案和整改报告及相应佐证资料，报送我站。我站将安排人员到现场复查，并专项核查质量保证体系运行情况。未经复查不得继续施工。”该通知单“整改后施工单位自评意见”栏有“经验算符合规范和设计要求。2011年12月31日”字样并加盖了“四川诚实华龙钢建工程有限公司”（以下简称诚实华龙公司）印章，“整改后监理（建设）单位验收意见”栏有“已整改完毕。2011年12月31日”字样并加盖了诚信公司印章。（二）金桥喜悦酒店网架工程01号《整改复查报审表》载明，“诚信公司：根据监理通知单内容，我们已于2011年6月30日整改完毕，请复查。自检情况如下：1、屋顶网网架支座未单独支撑，已整改完。2、屋顶网架下管应与土建砖墙顶部不能直接接触，应分离200mm距离，已整改完。”诚实华龙公司加盖了印章。监理工程师意见栏有“经甲方派人整改，并检查认可。2011年12月31日”签字并加盖了诚信公司印章。（三）金桥喜悦酒店网架工程02号《整改复查报审表》载明，“诚信公司：根据监理通知单内容，我们已于2011年11月30日整改完毕，请复查。自检情况如下：1、钢结构网架的支撑、支座、荷载计算书已提交给土建设计单位，并经土建设计单位验算确认。诚实华龙公司加盖了印章。并有“同意网架A、B支座部位设计。2011年12月31日”字样并加盖了“都江堰市建筑勘察设计有限责任公司”印章。监理工程师意见栏有“详金桥喜悦酒店综合楼屋面网架（A）设计荷载和（B）支座反力图。2011年12月31日”并加盖了诚信公司印章。
磐谷公司主张是金桥公司将工程分包给诚实华龙公司。金桥公司于庭审中陈述，工程合同和补充合同上都有一条是造图施工，图纸上就有钢架屋顶工程，但磐谷公司没有能力完成，所以我们双方协议找了诚实华龙公司来做，是双方口头协议的结果。
2011年12月27日《工程竣工验收告知单》载明，金桥喜悦酒店工程分包单位名称为诚实华龙公司，分包项目“网架”，磐谷公司在“施工单位意见”栏加盖了印章。监理单位、建设单位意见栏处均有签名。
七、金桥公司主张磐谷公司存在以下违约行为：1、双方约定竣工时间延长到2010年9月16日，但实际工程于2011年11月26日竣工，是磐谷公司未按照约定施工，导致工期延误；2、2012年1月金桥公司通知磐谷公司结账、备案，但磐谷公司未到场，故意不对工程进行结算，导致金桥公司无法办证，导致酒店损失；3、根据合同约定磐谷公司应当完成全部施工内容，但其未全部完成，构成违约；4、2012年4月5日质监站出具了竣工函，工程可以进行备案，所以手续已齐全。但备案表显示2013年8月12日磐谷公司才协助金桥公司进行备案，备案书证明2013年10月29日才取得备案，磐谷公司拖延工期导致巨额违约金，所以一直拖延。
对其主张的第2、4违约行为，金桥公司申请监理公司工作人员杨文新、黄朗声，金桥公司工作人员任万贵3人作为证人出庭作证。
八、磐谷公司提供2013年8月1日《“金桥喜悦酒店”工程结算清单》（以下简称《结算清单》）一份，磐谷公司及金桥公司均加盖了印章。《结算清单》载明：金桥公司作为甲方与作为乙方的磐谷公司就“金桥喜悦酒店”工程结算如下，1、工程总建筑面积14745.38㎡×1100元/㎡=16219918元。2、增加部分：网架工程补贴520000元，签证增加费用430000元，增加小计950000元。3、扣除部分：未施工部分：1020000元，石材款547536元，网架工程1040000元，防水及材料33293元，扣除金额合计14529089元。4、保证金2000000元。5、甲方已付乙方工程款14530174.15元，应支付乙方余款1998914.85元。注明：1、此金额已与财务账单核实，乙方出具发票（建筑决算金额外，提供材料采购发票1000000元）向甲方办理决算和收款。2、备案完毕后支付乙方600000元，余款半年内付清，扣除80000元作为屋顶保证金，五年付清（竣工之日始五年后的15个工作日如无质量问题全额返还）。
金桥公司主张，《结算清单》是初步的结算单，不是最终结算单，应当按照竣工结算书为依据。金桥公司并提供复印自都江堰市城乡建设局档案的《都江堰.金桥喜悦酒店工程结算书》（以下简称《结算书》）,主张工程价款应以《结算书》为准。该《结算书》载明的工程面积为14745.38㎡，工程造价13447685.8元。磐谷公司、金桥公司均加盖了印章。2013年8月12日《工程竣工结算备案表》载明的结算总金额为13447685.8元，与《结算书》金额一致。
九、一审诉讼中，经双方对账确认金桥公司已支付磐谷公司款项共计14530174.15元，其中工程款12530174.15元，退还保证金2000000元。
一审法院认为，一、关于2007年11月27日《补充协议》的效力问题。庭审查明，案涉工程属于必须招标的工程项目。在案涉工程还未依法进行招投标程序之前，金桥公司即与磐谷公司签订了《补充协议》，且该协议在合同价款等方面与中标合同有实质性不同。根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条“招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”之规定，该《补充协议》应为无效。对该《补充协议》的无效，金桥公司、磐谷公司应承担相应的责任。因《补充协议》无效，在该合同中对违约金的约定条款也无效。故磐谷公司关于“金桥公司按《补充协议》约定支付合同总价款2%的违约金”的主张不能成立，一审法院不予支持。同时，根据《中华人民共和国合同法》第五十八条“合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。”之规定，对磐谷公司依据《补充协议》缴纳的保证金2000000元，金桥公司负有偿还义务。
二、关于案涉工程价款的结算问题。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”之规定，案涉工程应以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。庭审中磐谷公司、金桥公司分别提供一份《建设工程施工合同》，两份合同除在合同签订时间、有无分包约定、有无填写开工及竣工日期方面有差异外，其余内容一致。因金桥公司提供的合同系从都江堰市城乡建设局复印，一审法院认定金桥公司提供的《建设工程施工合同》即为备案的中标合同。故案涉工程合同价款应根据《建设工程施工合同》第23.2款“本合同价款采用可调价格方式确定。采用可调价格合同，合同价款调整方法:按发包方承包方审定的施工预算造价作为合同价款调整依据，并执行2000定额及相关的配套文件。”的约定结算工程价款。磐谷公司提供的2013年8月1日《结算清单》虽系双方当事人真实意思表示，但因其是依据《补充协议》约定的1100元/㎡单价结算工程价款，而《补充协议》依法不能作为工程价款的结算依据，故对磐谷公司关于“《结算清单》为双方工程价款结算根据”的主张，一审法院不予采信。金桥公司提供的《结算书》复印自都江堰市城乡建设局，磐谷公司及金桥公司均加盖了印章，该《结算书》载明工程结算总金额13447685.8元与《工程竣工结算备案表》载明的金额一致，故金桥公司关于“工程价款应以《结算书》为准”主张成立，一审法院予以支持。因金桥公司已支付磐谷公司款项共计14530174.15元，其中工程款12530174.15元，退还保证金2000000元。同时，因磐谷公司未举证证明屋面防水工程系单项验收，故其质量保修期根据《工程质量保修书》的约定，从案涉工程2011年11月26日竣工验收合格之日起至2016年11月25日止。现因质量保修期未满，其质量保修金402870.78元（13429026.03元×3%）暂不予返还。磐谷公司可在质量保修期满后另行主张。故金桥公司欠付磐谷公司工程款金额为514640.87（917511.65－402870.78）元。
三、关于磐谷公司、金桥公司有无违约行为，应否承担违约责任问题。根据庭审查明的事实，一审法院认为，1、根据《建设工程施工合同》第24条“发包方向承包人预付工程款的时间和金额或占合同价款总额的比例:合同签证后15天内按合同暂定价15%拨付预付款（当年投资）。扣回工程款的时间、比例:工程进度完成60%时，在以后拨付工程进度款中，按比例扣回工程预付款直至付到95%抵扣完，余款5%在竣工验收后拨付。”之规定，《建设工程施工合同》约定的合同价款为13429026.03元，因案涉工程于2011年11月26日竣工验收合格，金桥公司至迟应在于2011年11月26日前支付工程价款12757574.7元（13429026.03元×95%），而金桥公司实际支付工程款为12530174.15元，存在未按约足额支付工程款的违约行为。2、根据2009年8月10日《停工报告》、2009年11月9日金桥公司《通知》，案涉工程确实存在因金桥公司装修方案未完影响工程施工，工程暂时停工；设计变更导致需改变施工计划，部分已完成工程量拆除重新施工的情形。但磐谷公司未提供签证单等证据材料证明上述原因影响工期滞后的具体时间。3、根据都质监（2011）改字第0006283号《建设工程质量整改通知单》、金桥喜悦酒店网架工程01、02号《整改复查报审表》及《工程竣工验收告知单》可知，因分包单位诚实华龙公司在施工过程中存在质量问题和违规质量行为，案涉工程进行了相应的整改。4、案涉工程约定的竣工时间延长到2010年9月16日，但工程于实际2011年11月26日竣工。因工程按期完工是磐谷公司作为承包方应有的合同义务，故应由磐谷公司对工程延期竣工400余天的事实作出合法合理的解释。磐谷公司虽主张实际竣工日期滞后系金桥公司及分包单位原因造成，但未提供签证单等证据材料证明上述原因影响工期滞后的具体时间，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条第二款“在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果”之规定，工程逾期竣工举证不能的不利后果应由磐谷公司承担。5、根据住房和城乡建设部《房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收备案管理办法》第四、五条之规定，办理工程竣工验收备案由建设单位完成。金桥公司虽主张磐谷公司拖延结算、备案，但其申请出庭的3位证人证言及其他证据材料不足以证明该事实的存在。6、《建设工程施工合同》虽无分包的约定，但案涉工程施工过程中确实有部分工程内容分包他人施工，双方虽对分包原因各执一词，但均未提供相关证据材料证明自己的主张。综合以上情况，因磐谷公司、金桥公司双方在合同履行过程中均存在违约行为，故对双方要求对方支付违约金的主张，一审法院不予支持。
另，金桥公司在反诉状中反诉要求磐谷公司支付违约金及赔偿损失，本院根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第一款“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。”之规定对其释明，金桥公司明确在违约金和赔偿损失只能选择其一的情况下，选择主张违约金，故本院对其要求赔偿损失的依据未再进行阐述析理。
综上所述，根据《中华人民共和国合同法》第五十八条，《中华人民共和国招标投标法》第四十六条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条第二款之规定，判决：一、金桥公司于判决生效之日起十日内向磐谷公司支付工程款514640.87元；二、驳回磐谷公司的其他诉讼请求；三、驳回金桥公司的诉讼请求。如未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本诉案件受理费25116元，诉讼保全费5000元，两项合计30116元，由磐谷公司负担22500元，金桥公司负担7616元。反诉案件受理费37434元，由金桥公司负担。
本院二审查明的事实与一审法院审理查明的事实一致。
本院认为，本案争议焦点：1、2007年11月27日《补充协议》的效力；2、金桥公司尚欠磐谷公司工程款的金额。现将争议焦点分述如下：
一、2007年11月27日《补充协议》的效力。案涉工程属于必须招标的工程项目。根据《中华人民共和国招标投标法》第四十三条的规定，在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。因金桥公司与磐谷公司在案涉工程未依法进行招投标程序之前即签订了《补充协议》，且该协议在合同价款等方面与中标合同有实质性不同。因此，该《补充协议》应为无效。因金桥公司与磐谷公司在诉讼中均明确计算违约金的依据为《补充协议》第12条的约定，根据《中华人民共和国合同法》第五十六条的规定，无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。因此，合同被确认无效以后，就自始无效，合同中约定的违约责任条款也应归于无效，当事人不得要求另一方承担违约责任。故金桥公司与磐谷公司关于违约金的主张，本院不予支持。
二、金桥公司尚欠磐谷公司工程款的金额。磐谷公司主张按《结算书》载明的工程结算总金额13447685.8元作为案涉工程的结算金额，金桥公司主张按《结算清单》中的金额作为案涉工程的结算金额。本院认为，虽然磐谷公司与金桥公司在《结算清单》和《结算书》均加盖了公章，但因《结算书》的形成时间晚于《结算清单》，且《结算书》载明的工程结算总金额与《工程竣工结算备案表》中载明的金额一致，因此，案涉工程的结算金额应按《结算书》中载明的金额计算。磐谷公司要求按《结算清单》金额作为结算金额的主张不成立，本院不予支持。因案涉工程的质量保修期已届满，金桥公司未举出案涉工程出现质量问题的证据，因此，金桥公司应向磐谷公司支付质量保修金402870.78元。故金桥公司尚欠磐谷公司工程款的金额应为917511.65元。因金桥公司未举出通知磐谷公司进行维修以及实际发生维修费用的证据，因此，金桥公司要求将维修费用从质保金中予以扣除的主张不能成立。
综上，原审认定事实清楚，适用法律正确，因案涉工程质量保修期已届满的事实，导致一审认定的欠付工程款金额发生变化，对此，本院予以更正。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）、（二）项之规定，判决如下：
一、维持四川省都江堰市人民法院（2015）都江民初字第815号民事判决第二项，即“驳回成都磐谷建设工程有限公司的其他诉讼请求”；
二、维持四川省都江堰市人民法院（2015）都江民初字第815号民事判决第三项，即“驳回都江堰市金桥房地产开发有限公司的反诉诉讼请求”；
三、变更四川省都江堰市人民法院（2015）都江民初字第815号民事判决第一项为，都江堰市金桥房地产开发有限公司于本判决生效之日起十日内向成都磐谷建设工程有限公司支付工程款917511.65元。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案一审案件受理费按一审法院确定的负担方式执行；二审案件受理费62550元，由成都磐谷建设工程有限公司负担25116元，都江堰市金桥房地产开发有限公司负担37434元。
本判决为终审判决。
审判长 尹 英
审判员 张菲菲
审判员 夏 伟
二〇一七年三月十日
书记员 吴丹丹