山东省济宁市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）鲁08民终1201号
上诉人（原审被告）：济宁太平洋基业建设工程有限公司。住所地：山东省济宁市吉祥小区**号楼**单元*层*户。
法定代表人：钟兴连，总经理。
委托诉讼代理人：王田田，山东源城（济宁）律师事务所律师。
上诉人（原审被告）：邹城市交通运输局。住所地：山东省邹城市平阳西路***号。
法定代表人：李凌志，局长。
委托诉讼代理人：王湘萍，山东源诚（济宁）律师事务所律师。
委托诉讼代理人：魏梅梅，王湘萍，山东源诚（济宁）律师事务所实习人员。
被上诉人（原审原告）：李军，男，1971年1月1日出生，汉族，住山东省邹城市。
委托诉讼代理人：马文涛，山东诺诚律师事务所律师。
上诉人济宁太平洋基业建设工程有限公司（以下简称太平洋公司）、邹城市交通运输局（以下简称邹城交通局）因与被上诉人李军建设工程施工合同纠纷一案，不服山东省邹城市人民法院作出的（2016）鲁0883民初2413号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭对本案进行了审理，现已审理终结。
太平洋公司上诉请求：撤销原判，依法改判驳回李军的诉讼请求，一、二审诉讼费用均由李军承担。事实与理由：（一）李军不是本案适格主体。2012年11月10日，太平洋公司同李军和韩建科签订了《邹城市市政基础设施项目合同书》（以下称“11月10日合同书”），将南外环东延K3+918中桥项目给李军和韩建科共同施工。李军与韩建科系合伙关系，李军并非唯一施工人，根据《最高人民法院关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见（试行）》第四十五条第二款之规定，李军无权单方主张工程款。（二）一审判决依据李军单方出具的《市政工程竣工结算汇总表》（以下简称结算汇总表），认定案涉工程造价为7941032.59元是错误的。本案工程属于政府投资、关乎民生的道路桥梁重点工程项目，邹城交通局与太平洋公司签订的《邹城市新北外环东延、南环东延工程建设-
移交（BT）项目投资建设合同》（以下简称BT合同），约定工程价款的最终结算方式为财政审计。李军单方计算的工程价款，没有事实根据，且违反《审计署关于印发政府投资项目审计规定的通知》第八条以及《山东省审计监督条例》第三十八条之规定，不能作为认定案涉工程价款的依据。（三）一审判决判令太平洋公司向李军支付工程款3208109元及违约金，没有事实根据。案涉工程未经竣工验收合格，存在质量隐患，且工程价款未经政府财政审计。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称建设工程案件司法解释）第二十一条规定，由于太平洋公司与李军签订的《邹城市市政基础设施项目合同书》（以下简称项目合同书），与太平洋公司同邹城交通局签订的BT合同实质性内容不一致，应当以备案的BT合同作为结算工程价款的依据。太平洋公司在一审中已经提交建设单位邹城交通局、承包单位太平洋公司、监理单位湖北江汉工程咨询有限公司共同签章确认的《K3+918中桥造价表》，应当依据该证据认定案涉工程的总造价为5500522元。结合项目合同书第五条第1项以及第三条第1项规定，工程完成后，太平洋公司应支付给李军的工程款为5500522元×70%-5500522元×12%=3190302.76元；目前已经支付给其378万元，远远超出了应付工程款的数额。
李军辩称，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求驳回上诉，维持原判。（一）李军与太平洋公司签订的项目合同书系双方真实意思表示，合法有效。李军与韩建科之间不存在合伙关系。李军作为太平洋公司的合同相对人提起本案诉讼，具备主体资格。（二）结算汇总表不是李军单方出具的，而是李军与太平洋公司双方均予认可的，应当作为结算工程款的依据。结算汇总表由太平洋公司签章认可，且后期太平洋公司又出具说明，再次确认工程款为7941032.59元。双方没有约定结算工程款需经第三方签字确认。（三）太平洋公司未提交有效证据证明案涉工程存在质量问题，也没有举证证明其向李军提出过质量异议。一审中，太平洋公司自认李军施工的工程自2014年5月开始使用。根据建设工程案件司法解释第十三条、第十四条第三项规定，李军施工的工程应当视为竣工验收合格。（四）一审判决判令太平洋公司支付给李军工程款3208109元及违约金合法有据。工程造价为7941032.59元，根据项目合同书约定，李军让利12%，太平洋公司应支付7941032.59元×88%=6988109元，扣除已支付的378万元，还应支付3208109元。太平洋公司迟延支付工程款应当支付违约金，合同中约定违约金过高，李军主动放弃部分违约金，一审判决按照年利率24%计算违约金合理合法。
邹城交通局述称，对太平洋公司的上诉请求、事实与理由没有异议。
邹城交通局上诉请求：撤销原判，依法改判驳回李军对邹城交通局的诉讼请求，一、二审诉讼费用及相关费用全部由李军承担。事实与理由：（一）一审遗漏重要当事人，程序违法。韩建科与李军系合伙关系，案涉工程款与韩建科存在利害关系，一审法院应当追加韩建科参加诉讼而未追加。一审判决以李军与太平洋公司签订的项目合同书否定太平洋公司与韩建科、李军签订的“11月10日合同书”是错误的。李军与太平洋公司签订的项目合同书没有韩建科签字，李军无权代替韩建科放弃与工程相关的权利。（二）一审判决依据李军单方出具的结算汇总表，认定案涉工程造价为7941032.59元，认定事实不清，违背法律法规强制性规定。李军没有任何证据证明其主张的案涉工程的工程量。对于案涉工程的施工主体、施工过程、工程量的鉴定等关键事实，一审判决没有查清。（三）一审判决判令邹城交通局在欠付工程款范围内承担责任，缺乏事实依据。1.案涉工程虽然已经竣工验收，但验收过程中发现桥桩护坡质量存在问题，后经整改方才验收合格。依据BT合同约定，案涉工程需经竣工验收合格并经依法财政审计后才能确定付款事宜。太平洋公司与李军签订的项目合同书对邹城交通局没有约束力，不能作为认定邹城交通局承担欠付工程款责任的依据。2.案涉工程的工程量及价款需经邹城交通局、太平洋公司和监理单位三方签字才能确认。案涉工程属于政府投资重点项目，依据有关法律规定，工程价款的最终结算必须经财政审计后确定。目前，工程正处于审计过程中，在审计结果未作出前，不符合最终结算的条件，所以也就无从谈起邹城交通局在欠付工程款范围内承担责任。（四）李军不具备建筑资质，不是工程质量终身问责主体，不能直接向其支付工程价款。
李军辩称，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求驳回上诉，维持原判。邹城交通局应当在欠付工程款范围内承担连带责任。
太平洋公司述称，对邹城交通局的上诉请求、事实与理由没有异议。
李军向一审法院起诉请求：1.判令太平洋公司支付其K3+918中桥建设工程款434万元及违约金（从2014年11月1日按月息2分计算）；2.邹城交通局在应付工程款范围内承担连带清偿责任；3.诉讼费用由太平洋公司和邹城交通局承担。
一审法院认定事实：2012年12月8日，李军与太平洋公司签订项目合同书，约定太平洋公司将邹城市南外环东延K3+918中桥承包给李军施工。邹城市人民法院另案作出的（2015）邹民初字第4203号民事判决对前述事实予以认定，该判决已经发生法律效力。
案涉工程于2013年12月竣工后，李军制作了结算汇总表，太平洋公司盖章予以确认。2014年7月8日，太平洋公司向李军出具《说明》，载明：“由李军签字的K3+918香城桥工程造价约554万元总结算表，是为了报太平洋建设集团工程验收用。最终结算数以《邹城市南外环东延韩建科结算》汇总表为准：7941032.59元”。双方均认可太平洋公司已经支付给李军工程款378万元。
一审法院认为，本案的争议焦点为：（一）李军是否为本案的适格主体？（二）李军施工的工程造价是多少？李军主张太平洋公司给付工程款是否成立？（三）邹城交通局是否仍欠付太平洋公司的工程款？（四）李军主张的违约金是否成立？
关于焦点（一），该院认为，李军与太平洋公司签订的项目合同书为有效合同，李军作为合同主体起诉合同相对人，符合法律规定，具备本案主体资格。因李军提交的证据能够证实太平洋公司主张的与李军、韩建科签订的“11月10日合同书”已作废，太平洋公司、邹城交通局主张李军与韩建科为合伙关系不成立，李军具有独立的请求权。
关于焦点（二），李军主张案涉工程款的造价应为7941032.59元，证据充分，予以采信。因李军提交的第二组证据中的证据1说明和证据2结算汇总表，加盖了太平洋公司公章，视为太平洋公司认可该结算。而太平洋公司辩称案涉工程造价为5500522元，其提交的证据无李军方签字认可，其证明力明显小于李军提交的证据的证明力。故该院确认李军主张的案涉工程造价为7941032.59元。根据李军与太平洋公司签订的项目合同书第三条第1项，“乙方按总决算的价款让利甲方12%（含税金、管理费等甲方所有费用）”，太平洋公司应付李军工程款6988109元，扣减双方认可已付款378万元，太平洋公司仍欠李军工程款3208109元。
太平洋公司辩称李军施工工程未经验收且存有质量问题，不具备要求最终结算工程款的条件，理由正当，不予采信。因根据双方合同：“工程完成一个月内甲方应将总工程量价款的70%支付给乙方。竣工验收后，每半年支付工程总造价的10%，质保金在缺陷责任期满后（竣工验收之日起二年）一次性付清。”的约定，太平洋公司应在李军工程竣工验收后二年内付清工程款。而太平洋公司认可的李军施工的工程从2014年5月开始使用，至2016年5月李军起诉，已满二年，太平洋公司未能举证证实向李军提出质量异议，太平洋公司应向李军付清工程款。即使该工程如太平洋公司辩称未进行竣工验收，根据建设工程案件司法解释第十三条“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持”。和第十四条第三项“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。”的规定，亦视为竣工验收合格。故太平洋公司以此抗辩付款，该院不予采信。
关于焦点（三），邹城交通局所举证据仅能证明之间已付款情况，根据太平洋公司及邹城交通局辩称，其工程结算应以审计为准，在未审计的情况下，该付款不能说明交通局已付清太平洋公司的工程款。故李军主张邹城交通局在欠付工程款的范围内承担付款责任，符合建设工程案件司法解释第二十六条的规定，该院予以支持。
关于焦点（四），李军与太平洋公司签订的项目合同书约定：“工程完成一个月内甲方应将总工程量价款的70%支付给乙方。竣工验收后，每半年支付工程总造价的10%，质保金在缺陷责任期满后，一次性付清。所欠工程款未按期支付，每拖欠一天支付总造价的万分之五作为违约金。”太平洋公司仅付款378万元，未能依约付款已构成违约，应承担违约金。李军主张太平洋公司支付违约金，证据充分，予以支持；李军认为约定的违约金过高主动降低，按年利息24%计算违约金，并不悖法，予以支持。
综上，李军主张太平洋公司支付工程款及违约金，证据充分，予以支持；主张邹城交通局在欠付工程款的范围内承担付款责任，于法有据，予以支持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十四条，建设工程案件司法解释第十三条第十四条第三项、第二十六条之规定，判决：一、太平洋公司给付李军工程款3208109元；二、太平洋公司支付李军从2014年11月1日起至本判决确认的付款之日止，以3208109元为基数按照年利率为24%计算的违约金；三、邹城交通局在欠付太平洋公司工程款范围内向李军承担付款责任。以上一、二、三项，限太平洋公司和邹城交通局在本判决生效后3日内履行完毕。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》（以下简称民事诉讼法）第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费减半收取20760元，由李军负担4527元，太平洋公司负担16233元。
二审中，当事人围绕上诉请求依法提交了证据。本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人二审争议的事实，本院认定如下：
2012年11月10日，案外人太平洋建设集团有限公司山东分公司（以下简称山东分公司）作为甲方，案外人韩建科及李军作为乙方，签订“11月10日合同书”，约定甲方将邹城市南外环东延K3+918中桥工程承包给乙方施工，工程造价约1000万元。该“11月10日合同书”上有加盖的山东分公司合同专用章，以及韩建科、李军的签字。
2012年12月8日，经太平洋公司、李军与韩建科协商一致，由山东分公司作为甲方，李军作为乙方重新签订了项目合同书，主要约定如下：一、建设项目及规模：甲方将邹城市南外环东延K3+918中桥工程承包给乙方施工，工程造价约1000万元。二、承包方式：乙方总承包施工。三、工程价格计算：双方同意本合同内各单项工程验收后，由乙方编制工程结算书；甲方核定实际完成的工程量进入决算，委托具有法定审核资质机构进行工程造价决算审核；乙方将结算书报甲方壹月内应审核完成，否则视为认可乙方结算书报告；乙方按总决算的价款让利12%（含税费、管理费等甲方的所有费用）。五、工程价款的支付及偿还：工程完成一个月内甲方应将总工程量价款的70%支付给乙方，竣工验收后（验收之日起）每半年支付工程总造价的10%。保留金在缺陷责任期满后（竣工验收之日起二年）一次付清；所欠工程款未按期支付，每拖延一天支付总造价的万分之五作为违约金。该项目合同书上有加盖的山东分公司合同专用章，以及韩建科、李军的签字；每一页右侧都骑缝加盖了山东分公司合同专用章；同时，加盖了太平洋公司印章，并且由该公司法定代表人钟兴连手书注明“以上所签合同作废，以此合同为准”。签订该项目合同书时，韩建科在场，并且对上述约定不持异议。
业已生效的邹城市人民法院（2014）邹刑初字第150号刑事判决认定，前述“11月10日合同书”及项目合同书上加盖的山东分公司合同专用章均是伪造的。
2013年5月3日，邹城交通局作为甲方，案外人太平洋建设集团有限公司作为乙方，签订BT合同，约定：甲方将邹城市新北外环东延、南环东延工程建设-
移交（BT）项目承包给乙方施工，由乙方负责投融资；中标金额为211255154.00元，工程建设费用、投资回报及回购款以经审计部门审核后按实结算；工程建设费若因施工现场工程量发生增减，建设费相应调整，结算时以审计部门出具的审计结论为准。该合同甲方处加盖了邹城交通局印章；乙方处加盖了太平洋建设集团有限公司印章，在乙方正下方加盖了太平洋公司印章。
2014年5月30日，李军制作结算汇总表，载明案涉工程价款合计为7941032.59元。太平洋公司加盖印章，并且在在结算汇总表每一单页的右侧骑缝加盖了印章。2014年7月8日，太平洋公司向李军出具《说明》，载明：“由李军签字的K3+918香城桥工程造价约554万元总结算表，是为了报太平洋建设集团工程验收用。最终结算数以《邹城市南外环东延韩建科结算》汇总表为准：7941032.59元”。太平洋公司在该《说明》上加盖印章，该公司法定代表人钟兴连在该《说明》上签字。
双方均认可太平洋公司已经实际支付给李军工程款378万元，具体付款情况如下：2013年9月2日，10万元；2014年1月27日，100万元；2014年9月11日，30万元；2015年2月18日，3万元；2015年3月24日，230万元；2015年7月15日，3万元；2016年2月5日，1万元；2016年2月6日，1万元。
太平洋公司认可案涉K3+918中桥工程于2014年5月开通使用，包括K3+918中桥在内的邹城市新北外环东延、南环东延工程于2016年11月4日通过竣工验收。
本院认为，根据太平洋公司、邹城交通局的上诉请求，结合李军的答辩意见，本案的争议焦点为：（一）李军是否具备本案的诉讼主体资格，一审判决是否遗漏必须参加诉讼的当事人？（二）李军主张案涉工程价款是否应当受到BT合同及相关规章的约束？（三）结算汇总表能否作为认定案涉工程价款的依据？太平洋公司是否还欠付李军工程款，欠付数额是多少，是否应当支付违约金？（四）邹城交通局是否应当在欠付太平洋公司工程款范围内承担连带清偿责任？
关于焦点（一），本院认为，根据民事诉讼法第一百一十九条第一项规定，原告是与本案有直接利害关系的公民、法人或者其他组织。本案中，无论是“11月10日合同书”还是项目合同书，李军都是签约一方主体；而且太平洋公司2014年7月8日向李军出具关于结算工程价款的《说明》，也能证明李军系案涉工程的实际施工人。综上，李军属于与案涉工程有直接利害关系的公民，其提起本案诉讼符合民事诉讼法第一百一十九条第一项的规定，具备本案的诉讼主体资格。
《最高人民法院关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见（试行）》第45条第二款规定：“未起字号的个人合伙，合伙人在民事诉讼中为共同诉讼人。”本案中，虽然“11月10日合同书”的乙方为李军和韩建科，但是韩建科到庭证实：该合同书并未实际履行；太平洋公司与李军2012年12月8日签订项目合同书时，其亦在场，其对太平洋公司法定代表人钟兴连手书注明“以上所签合同作废，以此合同为准”的内容是知情的、同意的；案涉工程是李军实际施工的，其受李军委托在施工过程中从事过一些工作，但是其与李军不是合伙关系，也不对案涉工程款主张权利。根据韩建科陈述，结合项目合同书约定，可以认定案涉工程系李军一人实际施工，韩建科与李军之间不存在合伙施工问题。本案不存在《最高人民法院关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见（试行）》第45条第二款规定的情形，太平洋公司、邹城交通局主张一审判决遗漏必须参加诉讼的当事人，与事实不符，本院不予采信。
关于焦点（二），本院认为，《中华人民共和国合同法》第八条规定：“依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。依法成立的合同，受法律保护。”该条规定体现了合同相对性原则即依合同履行义务原则，即依法成立的合同，对缔约双方当事人具有法律约束力，合同一方当事人可以按照合同约定要求对方履行合同义务。除了法律另有特别规定外，合同当事人之外的第三人无权要求合同当事人按照合同约定履行义务。本案中，项目合同书的缔约双方为太平洋公司和李军，根据前述规定，该项目合同书仅对太平洋公司和李军具有法律约束力。邹城交通局不是项目合同书的缔约主体，项目合同书对其没有法律约束力。同理，BT合同的缔约双方为邹城交通局和太平洋公司，李军不是BT合同的缔约主体，该合同对李军亦没有法律约束力。太平洋公司、邹城交通局主张案涉工程款应当按照BT合同约定的方式结算，违反合同相对性原则，没有法律依据，本院不予采信。
《中华人民共和国合同法》第五十二条第五项规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（一）》第四条规定：“合同法实施以后，人民法院确认合同无效，应当以全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规为依据，不得以地方性法规、行政规章为依据”。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第十四条规定：“合同法第五十二条第（五）项规定的“强制性规定”，是指效力性强制性规定”。
国家审计署2010年12月31日发布的《政府投资项目审计规定》，属于部门规章；该规定的目的在于加强政府投资项目审计工作，规范政府投资项目审计行为，提升政府投资审计质量和成效，在规范性质上属于管理性规定。根据前述法律及司法解释规定，《政府投资项目审计规定》不能作为确认合同无效的依据。而且，根据《政府投资项目审计规定》第八条第二款“审计机关应当提高工程造价审计质量，对审计发现的多计工程价款等问题，应当责令建设单位与设计、施工、监理、供货等单位据实结算”之规定，审计的对象仅限于政府投资项目的发包方（建设单位）与承包方（设计、施工、监理、供货等单位）的价款结算。本案中，政府投资项目的发包方是邹城交通局，承包方是太平洋公司，审计机关仅对邹城交通局与太平洋公司因履行BT合同产生的工程工程价款结算进行审计。太平洋公司与李军之间的项目合同书，属于承包人与实际施工人签订的合同，因履行该合同产生的工程价款结算问题不在审计机关审计范围之内。
综上，李军主张案涉工程价款不受BT合同及相关规章的约束。
关于焦点（三），本院认为，建设工程案件司法解释第二十条规定：“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持”。本案中，项目合同书第三条第1款约定，双方同意本合同内各单项工程验收后，由李军编制工程结算书；太平洋公司核定实际完成的工程量进入决算，委托具有法定审核资质机构进行工程造价决算审核；李军将结算书报太平洋公司壹月内应审核完成，否则视为认可李军结算书报告。根据这一约定，李军于2014年5月30日编制了工程结算书即结算汇总表，太平洋公司亦在该结算汇总表上盖章确认。在接到李军报送的结算汇总表后，太平洋公司有权委托具有法定审核资质机构进行工程造价决算审核，审核工作应当在收到该结算汇总表一个月内完成。但是，直到李军提起本案诉讼，太平洋公司都没有对李军提交的结算汇总表提出审核意见，根据前述合同约定，应当视为其对结算汇总表的认可。而且，2014年7月8日，太平洋公司向李军出具《说明》，再次确认案涉工程价款最终结算数为7941032.59元。结算汇总表与该《说明》能够形成完整的证据链，证明李军施工的案涉工程价款为7941032.59元。
建设工程案件司法解释第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”。该条规定主要适用于建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，双方没有就工程款结算达成一致的情形。本案中，太平洋公司与李军已经对工程价款结算达成一致意见，建设工程经竣工验收合格或者投入使用的时间对工程价款的数额没有实质性影响，只是会对合同约定的拨款进度产生影响。
建设工程案件司法解释第十四条第三项规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。本案中，虽然太平洋公司承包的邹城市新北外环东延、南环东延工程于2016年11月4日通过竣工验收，但是太平洋公司自认李军施工的K3+918中桥工程于2014年5月开通使用。根据前述规定，最迟应当以2014年5月31日为案涉工程的竣工日期。
项目合同书第四条第1款约定，李军按总决算的价款让利12%（含税费、管理费等甲方的所有费用）。项目合同书第五条第1款约定，工程完成一个月内太平洋公司应将总工程量价款的70%支付给李军，竣工验收后（验收之日起）每半年支付工程总造价的10%。保留金在缺陷责任期满后（竣工验收之日起二年）一次付清；所欠工程款未按期支付，每拖延一天支付总造价的万分之五作为违约金。
双方约定的违约金标准日万分之五，折合每年18%，一审判决根据李军的请求按照年利率24%计算违约金，超出双方约定的范围，应当予以纠正。
根据项目合同书约定，截止到2014年6月30日，太平洋公司应支付给李军7941032.59元×70%-7941032.59元×70%×12%=5558722.81元-667046.74元=4891676.07元，但是其仅于2013年9月2日支付10万元、2014年1月27日支付100万元，自2014年7月1日至2014年9月10日其应当向李军支付违约金3791676.07元×5/10000×72天=136500.34元。太平洋公司于2014年9月11日支付李军30万元，自2014年9月11日至2014年12月30日，其应当向李军支付违约金3491676.07元×5/10000×111天=193788.02元。
截止到2014年12月31日，太平洋公司应再支付给李军7941032.59元×10%-7941032.59元×10%×12%=794103.26元-95292.39元=698810.87元，加上之前未按合同约定支付的3491676.07元，截止到2014年12月31日，太平洋公司应付给李军工程款本金为4190486.94元，自2014年12月31日至2015年2月17日，其应当向李军支付违约金4190486.94元×5/10000×49天=102666.93元。太平洋公司于2015年2月18日向李军支付3万元，自2015年2月18日至2015年3月23日，其应当向李军支付违约金4160486.94元×5/10000×34天=70728.28元。太平洋公司于2015年3月24日向李军支付230万元，自2015年3月24日至2015年6月29日，其应当向李军支付违约金1860486.94元×5/10000×98天=91163.86元。
截止到2015年6月30日，太平洋公司应再支付给李军7941032.59元×10%-7941032.59元×10%×12%=794103.26元-95292.39元=698810.87元，加上之前未按合同约定支付的1860486.94元，截止到2015年6月30日，太平洋公司应付给李军工程款本金为2559297.81元，自2015年6月30日至2015年7月14日，其应当向李军支付违约金2559297.81元×5/10000×15天=19194.73元。太平洋公司于2015年7月15日向李军支付3万元，自2015年7月15日至2015年12月30日，其应当向李军支付违约金2529297.81元×5/10000×169天=213725.67元。
截止到2015年12月31日，太平洋公司应再支付给李军7941032.59元×10%-7941032.59元×10%×12%=794103.26元-95292.39元=698810.87元，加上之前未按合同约定支付的2529297.81元，截止到2015年12月31日，太平洋公司应付给李军工程款本金为3228108.68元，自2015年12月31日至2016年2月4日，其应当向李军支付违约金3228108.68元×5/10000×36天=58105.96元。太平洋公司于2016年2月5日向李军支付1万元，自2016年2月5日至2016年2月5日，其应当向李军支付违约金3218108.68元×5/10000=1609.05元。太平洋公司于2016年2月6日向李军支付1万元，自2016年2月6日至其履行完毕金钱给付义务之日止，其应当以工程款本金3208108.68元为基数，按照日万分之五的标准向李军支付违约金。
综上，一审判决认定太平洋公司欠付李军工程款的数额为3208109元是适当的，但是对于违约金的计算不当，本院予以纠正。太平洋公司应当向李军支付2016年2月5日之前的违约金887482.84元，并且应以工程款本金3208108.68元为基数，按照日万分之五的标准向李军支付2016年2月6日起至其履行完毕金钱给付义务之日止的违约金。
关于焦点（四），本院认为，建设工程案件司法解释第二十六条规定：“实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加××为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。”这一规定，属于司法解释为保护实际施工人及农民工合法权益而作出的突破合同相对性的特别规定。但是，突破合同的相对性，并不是说实际施工人可以直接向发包人主张其施工的全部工程款，发包人的给付义务还应受到其与承包人（××）建设工程施工合同的限制，即发包人只需在欠付承包人工程价款的范围内向实际施工人承担责任。
本案中，李军为案涉工程的实际施工人，太平洋公司为转包人，邹城交通局为发包人。李军作为实际施工人，以发包人邹城交通局、转包人太平洋公司为被告起诉，邹城交通局作为发包人应当在欠付太平洋公司工程款的范围内向李军承担责任。
太平洋公司和邹城交通局均主张其双方已经结清工程款，邹城交通局已不欠太平洋公司工程款，但是其双方又主张案涉工程价款正在审计，审计结束后才符合结算条件，前后主张之间相互矛盾，本院不予采信。一审判决判令邹城交通局在欠付太平洋公司工程款范围内向李军承担付款责任，并无不当。
综上所述，一审判决认定基本事实清楚，适用法律正确，审判程序合法，但是对违约金的处理上存在瑕疵，本院予以纠正。依照《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零七条、第一百一十四条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条第三项、第二十条、第二十六条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项、第一百七十五条之规定，判决如下：
一、维持山东省邹城市人民法院（2016）鲁0883民初2413号民事判决第一项、第三项；
二、变更山东省邹城市人民法院（2016）鲁0883民初2413号民事判决第二项为：济宁太平洋基业建设工程有限公司向李军支付2016年2月5日之前的违约金887482.84元，并且自2016年2月6日起以工程款本金3208108.68元为基数，按照日万分之五的标准向李军支付至其履行完毕金钱给付义务之日止的违约金；
三、驳回上诉人济宁太平洋基业建设工程有限公司的其他上诉请求；
四、驳回上诉人邹城市交通运输局的其他上诉请求。
限上诉人济宁太平洋基业建设工程有限公司、邹城市交通运输局于本判决生效之日起十日内履行本判决确定的金钱给付义务。
如果未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费减半收取20760元，由上诉人济宁太平洋基业建设工程有限公司负担16233元，李军负担4527元；二审案件受理费64931元，由上诉人济宁太平洋基业建设工程有限公司负担30638元，上诉人邹城市交通运输局负担30637元，被上诉人李军负担3656元。
本判决为终审判决。
审判长 宋汝庆
审判员 吕玉宝
审判员 马 斌
二〇一七年五月九日
书记员 李梦琦