上海市闵行区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）闵民二（商）初字第989号
原告天地国际运输代理（中国）有限公司上海分公司。
负责人向宇澄。
委托代理人顾爱民。
委托代理人向平，上海市东方剑桥律师事务所律师。
被告上海永善货运代理有限公司。
法定代表人吕萍。
委托代理人沈杰。
委托代理人冯吉，上海周祖琪律师事务所律师。
原告天地国际运输代理（中国）有限公司上海分公司与被告上海永善货运代理有限公司航空货物运输合同纠纷一案，本院于2013年5月28日立案受理。依法由审判员陆淳适用简易程序于2013年7月10日、7月24日、8月30日、9月17日公开开庭进行了审理。后因案情复杂，依法组成合议庭适用普通程序于2013年12月5日公开开庭进行了审理。原告的委托代理人向平、顾爱民，被告的法定代表人吕萍及其委托代理人沈杰、冯吉到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告天地国际运输代理（中国）有限公司上海分公司诉称，2011年8月29日，原、被告签订国际航空快件运输协议，约定原告接受被告委托，为被告办理国际航空快件运输服务、货运服务以及相关的报关服务。至2011年12月31日，被告共拖欠原告运费人民币（币种下同）1，172，669.36元，后被告以现金方式向原告支付欠款60，000元，被告拖欠原告运费及相关款项合计1，112，669.36元。现诉至法院，请求判令：1、被告支付运费1，112，669.36元；2、被告支付以1，112，669.36元为本金，按日万分之五计算，自2012年3月9日至判决生效之日止的违约金；3、诉讼费、保全费由被告承担。
被告上海永善货运代理有限公司辩称，不同意原告诉请。原、被告间航空货物运输合同关系属实，根据发票，被告确实结欠原告运费1，112，669.36元；但其中根据被告提出的重量计算差异、价格计算差异、非被告交递邮件等需调整项目，应当扣减运费。原告也欠被告相关费用，被告将另案主张，相互抵消后，原告还应该倒付被告费用。
原告提供了以下证据：
1、国际航空快件运输协议1份，证明原、被告双方2011年8月29日达成协议，明确了双方的运输代理合作关系；
2、原告统计的被告欠款明细表1份及相应发票90份，证明被告尚欠原告1，112，669.36元。
被告对上述原告提供的证据1、2的真实性无异议，但认为证据1在实际履行中有关条款已被更改；证据2不能实现原告的证明目的。
被告提供了以下证据：
电子邮件和所附的电子账单打印件，证明原、被告之间是滚动结算的，开票金额是实际运费金额剔除了调整金额的，当月开的票是调整的金额。
原告对被告提供的证据的真实性、合法性、关联性有异议。
本院对上述证据的认证意见如下：原告提供的证据真实、合法，与本案有关联，本院予以采纳；被告提供的证据，真实性难以确认，本院不予采纳。
经质证、认证，并结合当事人陈述，本院确认如下事实：2011年8月29日，原告天地国际运输代理（中国）有限公司上海分公司（甲方）与被告上海永善货运代理有限公司（乙方）签订《国际航空快件运输协议》，由甲方为乙方办理国际航空快件运输服务、国际航空货运服务，以及与上述业务有关的报关服务，其中约定：本协议生效前，乙方须交付甲方保证金作为其履行支付义务和遵守本协议各规定的保证。如乙方与甲方在签署本协议之前已缴纳保证金的，则无需缴纳。本协议终止时，甲方将在乙方结清所有帐款起的三十个工作日内扣除乙方依据本协议应支付之费用后退还乙方所交付之保证金。乙方需严格按照甲方的操作标准进行操作，甲方有权对乙方交运的快件进行检查以确保运输安全及申报属实。甲方有权对乙方所交付快件进行重量复核，计费重量以甲方最终确认为准。双方同意按本协议确定的运价选择：月结／周结（庭审中，双方明确结算方式为周结）。周结每周结算一次运费。甲方于每周三，将前周运费发票／帐单送至乙方。乙方须在当周周五前以现金、支票或其它约定方式付清款项。若乙方对甲方的发票／帐单有异议，应在运费付清后的三个工作日内提出，以便甲方核实，经甲方核实后的运费差额将在第三周的运费中调整。乙方逾期未提出异议的视为接受甲方发票／帐单的内容。若乙方未能按时履行任何上述付款义务或责任，乙方应按照应付额的每日千分之五及逾期天数向甲方支付违约金，并承担甲方追索该款项的所有必要支出（包括诉讼费、律师费、交通费等）。若乙方有拖欠运费或其他费用现象，除支付上述款项外，甲方有权在之后的业务中改用现金结算方式，并通过有效途径收回未付款项，包括用保证金冲抵未付款项。本协议有效期从2011年9月1日起至2012年12月31日止。自本协议签署生效日起，原甲乙双方签署的《国际航空快件运输协议》自动终止，甲乙双方按本协议行使权利义务，但对于乙方在签署本协议前未与甲方依据原《国际航空快件运输协议》结清的费用，乙方仍应按照原《国际航空快件运输协议》的规定支付。本协议有效期届满，自然终止。乙方如有意续签协议的，应在本协议期满前1个月提出书面要求，经甲方同意后，甲乙双方重新签订协议。
上述合同附件《TNT运输及其他服务条款长文版（01-10）》19.1约定：“贵方同意在我方出具发票日起的7天内向我方支付运输货物在货运单据／合同上载明的区间内运输或我方提供其他服务的费用，以及任何相关的增值税。如贵方在收到发票后7日内未提出异议，则视为贵方放弃提出异议的权利。我方收取的费用按照我方现行费率卡或相关合同中适用于贵方运输货物的费率进行计算。如我方对贵方申报的重量和／或体积和／或物品数量有异议，我方可以对重量和／或体积和／或物品数量进行重新测量，贵方同意以我方重新测量的重量和／或体积和／或物品数量作为计价的依据。”
庭审中，双方确认：原告所主张的运费针对的是2011年10月23日至2012年1月4日的运费；发票开具时间为2011年10月29日至2012年3月8日，发票总金额为1，112，669.36元，其中2012年的运费为34，428.76元；被告于2012年4月底收到最后一张发票；2011年的运费因被告提出的部分价格异议成立，需扣减1，769.47元；因部分邮件非被告交递，2011年的运费应扣除3，875.97元，2012年的运费应扣除185.48元，共计4，061.45元；因进口件的重量计算存在差异，2011年的运费应扣除846.19元；因邮件退回需扣除2011年运费656.48元；被告交付原告的600，000元保证金冲抵被告所欠运费。
庭审中，被告表示对其提出的运单号分别为XXXXXXXXX、XXXXXXXXX、XXXXXXXXX的三笔运费价格计算差异及2011年10月23日至2012年1月4日止的重量计算差异不再主张。
经对帐，原告变更其诉讼请求为：1、要求被告支付运费505，335.77元；2、要求被告支付以1105，335.77元为本金，按日万分之五计算，自2012年5月10日至本判决生效之日止的违约金；3、诉讼费、保全费由被告承担。
原告变更诉讼请求后，双方又经对帐，确认原告还应扣除2011年11月运费3，059.49元。
上海永善货运代理有限公司为向天地国际运输代理（中国）有限公司追索多收取的运费及其它费用，向本院起诉，本院于2013年7月15日立案受理，案号为（2013）闵民二（商）初字第1247号。本院在该案中认定，天地国际运输代理（中国）有限公司应当返还上海永善货运代理有限公司运费106，135.69元，支付小包裹奖励费28，208元，总计134，343.69元。
天地国际运输代理（中国）有限公司上海分公司系天地国际运输代理（中国）有限公司的分支机构。
本案争议焦点在于：1、运单号为XXXXXXXXX，金额为477.48元的运费应否扣除；2、运单号为XXXXXXXXX、XXXXXXXXX、XXXXXXXXX，总计金额8，155.09元的三笔运费应否扣除；3、运单号为XXXXXXXXX，发件与退件金额总计15，849.69元应否扣除。
就第一项争议焦点，被告主张未收到货物。本院认为，因原告未能证明其将货物交付被告，故该笔运费应予扣除。
就第二项争议焦点，原告表示该三单货物系原告接受被告的委托寄快件去莫斯科，由于收件人无法提供相关单证，导致海关不同意货物入关，货物退回而产生的费用；被告则主张退回来的货物其没有收到过，不知道货物被退的理由。本院认为，原告对其主张未能举证，该三笔运费应予扣除。
就第三项争议焦点，原告主张，该单货物送往巴西，根据规定，货物申报价值大于3，000美元的，要提供收件人的税号，该单货物申报价值是4，578.84美元，但运单上未显示收件人税号，故无法入关。被告则表示仅确认货物被退回了，对原告其余主张均有异议。本院认为，原告对退件原因未能举证，本院对其主张的事实难以认定，即使原告陈述的是事实，该笔运费系因原告收件时审查不严导致的损失，应由原告承担。
本院认为，被告上海永善货运代理有限公司与原告天地国际运输代理（中国）有限公司上海分公司间存在航空货物运输合同关系，被告作为托运人应当向原告支付运费。被告的欠费金额，经审查，本院认定为477，794.02元。原告还主张被告支付逾期付款的违约金，鉴于本院于另案中认定原告隶属的天地国际运输代理（中国）有限公司应支付被告134，343.69元，因而该部分款项不应再计算违约金，故应以477，794.02元与134，343.69元的差额343，450.33元为本金计算违约金，原告主张从2012年5月10日起按日万分之五计算违约金，该主张合理，与双方约定不悖，本院予以支持。据此，依照《中华人民共和国合同法》第一百一十二条、第二百九十二条之规定，判决如下：
一、被告上海永善货运代理有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告天地国际运输代理（中国）有限公司上海分公司477，794.02元；
二、被告上海永善货运代理有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告天地国际运输代理（中国）有限公司上海分公司以343，450.33元为本金，自2012年5月10日起至本判决生效之日止按日万分之五计算的违约金。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费10，853.36元、财产保全费5，000元，合计15，853.36元，由原告天地国际运输代理（中国）有限公司上海分公司负担5，865.74元，被告上海永善货运代理有限公司负担9，987.62元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院（立案庭）递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
审 判 长 陆 淳
代理审判员 钟益青
人民陪审员 陈秀芬
二〇一四年一月十四日
书 记 员 徐若瑶
附：相关法律条文
《中华人民共和国合同法》
第一百一十二条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。
第二百九十二条旅客、托运人或者收货人应当支付票款或者运输费用。承运人未按照约定路线或者通常路线运输增加票款或者运输费用的，旅客、托运人或者收货人可以拒绝支付增加部分的票款或者运输费用。