湖南省宁乡县人民法院
民 事 判 决 书
（2015）宁民初字第00163号
原告金洲新区工业集中区管理委员会，住所地长沙市金洲新区金洲大道东288号（碧桂园山湖城办公楼）。
法定代表人郑旗，系该管委会主任。
特别授权委托代理人胡雨婷，湖南严明律师事务所律师。
被告湖南赛瑞新材料有限公司，住所地长沙市金洲新区金洲大道东108号。
法定代表人李先秋，系该公司董事长。
特别授权委托代理人刘利平，男，1964年8月20日出生，汉族，居民，住湖南省安乡县城关镇保堤路**号。
委托代理人戴红杰，湖南信义律师事务所律师。
原告金洲新区工业集中区管理委员会（以下简称金洲新区管委会）与被告湖南赛瑞新材料有限公司（以下简称赛瑞公司）合同纠纷一案，本院立案受理后，依法适应普通程序公开开庭进行了审理。原告委托代理人胡雨婷及被告委托代理人刘利平、戴红杰到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
原告诉称：2006年12月26日，原、被告签订《湖南赛瑞新材料有限公司投资建设宁乡金洲新区生产基地合同书》。合同约定：一、被告投资10200万元在宁乡县金洲新区建设宁乡新材料生产基地；二、基地选址新区新材料产业园，临金洲北路，占地约85亩，分两期建设，用地面积包含乙方分摊面积；三、项目用地以出让方式取得，基准地价8万元/亩。项目执行弹性地价政策，企业正式投产后三年时间内，任意一年中项目净用地每亩实现税收分别达到12万元、10万元、9万元、6万元，购地款分别返还100%、70%、50%、30%。双方还对其他事项进行了约定。2007年6月21日，被告在宁乡县办理工商登记手续，2008年6月23日，被告在宁乡县国土资源交易中心的国有土地使用权挂牌出让活动中成功竞得编号为（2008）029号地块，土地使用权面积49861.6㎡，总成交价为1023万元，原告代被告向财政部门支付了全部土地价款，并代被告向税务部门支付了契税409200元。2008年9月26日，该土地在宁乡县国土资源局办理了初始登记，被告登记为土地使用权权利人，面积为26699.3㎡。
2009年7月3日，原、被告签订《关于赛瑞新材料金洲生产基地项目补充协议》，协议约定：一、甲乙双方于2006年12月26日签订合同约定项目用地85亩，乙方一期已经建成投产，共用地49.36亩（其中甲方依合同已发土地使用证面积为40.03亩，道路分摊面积9.31亩）；二、乙方同意甲方将用地面积和位置进行调整，调整方式为将现已发证用地位置以西长约262.4米，宽约73.23米计28.8亩土地（含分摊面积）交由甲方安排其他企业用地，甲方在乙方已经发证位置以南预留35亩用地作为乙方发展用地。
根据合同书约定，税收考核期为三年，从2009年2月至2012年2月止，被告共计向宁乡县税务部门缴纳税收共计753131.33元，没有达到返还地价的标准条件，故被告需按照8万元/亩的价格向原告支付全额的土地价款3948800元。截至今日被告共计向原告支付土地价款300万元，尚欠948800元。2014年7月31日，被告向原告送达要求补缴土地价款的催缴通知，但被告未按催缴通知履行义务，2014年10月20日，原告再次委托律师事务所向被告送达律师函要求被告补齐土地价款至指定账户，但被告仍未支付所欠土地款项。
综上，原告认为被告未按照合同约定履行义务，原告为被告垫付了用地契税，特诉至法院请求判令：1、被告支付原告土地价款948800元；2、被告支付原告垫付的契税219114元；3、被告支付原告违约金13283元（已计算至2014年12月31日止，后段按照中国人民银行同期逾期贷款利率计算至实际偿还之日止）；4、本案诉讼费用由被告承担。在本案审理过程中，原告向本院申请撤回第2项诉讼请求。
被告赛瑞公司辩称：一、原告按基准地价标准要求被告支付土地出让金无法律依据，也违反了合同约定。根据原、被告于2006年12月26日签订的合同第二条第3项约定，土地款分期付款，甲方为支持高科技项目发展，乙方按4万元/亩交付用地款，该合同内容是原告给予被告的特殊优惠，是双方真实意思表示且对双方均具有法律约束力。2007年5月22日，原、被告签订《补充协议》，协议约定地价款约400余万元(出让面积85亩，按照每亩4万元计算共计340万元，另外因部分土地调整用途增加出让金68万元)。上述两份合同相互印证，客观真实，自合同签订之日起被告一直以此标准缴纳土地出让金，原告亦从未提出异议。合同书第二条第2项约定，项目用地以出让方式取得，基准地价8万元/亩，该项内容仅是对地块所在城市基准地价的客观描述，不能作为被告支付土地出让金的依据，基准地价不能等同于土地出让金，土地出让金应当以基准地价为基础，结合土地的使用年限、面积、形状、容积率等因素综合确定。二、被告已经履行土地出让金缴纳义务，原告要求被告支付税费无事实依据。根据合同书约定，被告在出让地投资开发分为两期，在被告缴纳首付款100万元后，原告为被告办理了两本土地使用证，但原告仅将第一期49.36亩土地交被告使用，第二期土地35亩虽已办理土地使用证，但原告并未将第二期土地使用证交付给被告而是放在宁乡县国土局，被告已缴纳土地出让金300万元，根据合同约定并报请原告同意，留有40万元尾款暂未支付，被告并不构成违约。同时根据合同及补充协议均约定一站式办理，土地出让金、征地拆迁补偿费及各种税费均包含在被告支付的土地出让金中，原告要求被告另行支付税费属于违反合同约定的重复收费行为，明显缺乏事实和法律依据。三、原告提起诉讼已超出法定起诉时效。原告于2008年就已为被告办理两本土地使用证，根据合同书约定，将2009年2月至2012年2月作为税收考核期，现原告以被告没有达到返还地价的标准条件为由要求被告支付土地出让金差额948800元，对于该项请求，原告在2012年之后长达两年的时间内没有向被告提出任何权利主张，仅在2014年7月31日、2014年10月20日分别向被告送达《催款通知》和《律师函》，原告主张已经超过法律规定的两年诉讼时效。综上所述，原告按基准地价要求被告支付土地出让金既违反了合同约定，也无法律依据，被告已经缴纳了土地出让金并不构成违约，原告起诉已经超过法定时效，请求法院驳回原告的诉讼请求。
在庭审调查过程中，当事人围绕自己的主张进行了举证、质证，现分列如下：
（一）原告提交的证据
证据1、证明及组织机构代码证，拟证实原告诉讼主体资格；
证据2、湖南赛瑞新材料有限公司工商登记资料，拟证明被告诉讼主体资格；
证据3、《湖南赛瑞新材料有限公司投资建设宁乡金洲新区生产基地合同书》，拟证明原、被告对项目建设用地的位置、取得方式、基准地价等事项进行约定的事实；
证据4、《补充协议书》，拟证明原、被告就项目用地调整达成补充协议约定的事实；
证据5、成交确认书，拟证明被告于2008年6月23日竞得编号为（2008）029号地块，土地使用权面积49861.6㎡，总成交价为1023万元的事实；
证据6、国有建设用地使用权出让合同，拟证明宁乡县国土资源局与被告就挂牌拍卖的土地位置的26699.3㎡的国有建设用地签订出让合同的事实；
证据7、土地登记卡及宗地图，拟证明被告对26699.3㎡土地在宁乡县国土资源局办理初始登记的事实；
证据8、用地控制图，拟证明被告实际用地49.36亩的事实；
证据9、财务凭证4张，拟证明原告代被告支付全部土地价款及契税409200元的事实；
证据10、财务凭证2张，拟证明被告向原告支付土地价款300万元的事实；
证据11、税收缴纳表，拟证明被告自2009年2月至2012年2月期间共计向宁乡县税务部门缴税753131.33元的事实；
证据12、催缴通知，拟证明原告于2014年7月31日送达通知要求被告补缴土地价款的事实；
证据13、律师函及送达回证，拟证明原告于2014年10月20日委托律师事务所致函被告要求其补缴土地价款至指定账户的事实；
证据14、《项目合作合同书》、成交确认书、加油站宗地图，拟证明土地调整以后，被告获得安置补偿90万元的事实。
经开庭质证，被告赛瑞公司对原告提交的证据1、2、4、7、8、10、11、12、13、14均无异议；对证据3的真实性、关联性无异议，但对其证明目的有异议，认为土地价款并非8万元/亩，被告是按照合同约定的项目用地85亩支付土地价款，但原告却按照50亩用地计算；对证据5、6的真实性无异议，但对其关联性有异议，认为实际是按照合同约定价格进行交易而非按照挂牌价格进行；对证据9的真实性有异议，原告代被告缴费的事实被告并不知情，契税已经包含在土地价款当中，被告并未委托原告缴纳契税。
（二）被告提交的证据
证据1、《湖南赛瑞新材料有限公司投资建设宁乡金洲新区生产基地合同书》，拟证明原、被告在合同中明确约定项目用地85亩，单价4万/亩，总价340万元，该土地价款包含了契税在内的所有费用；
证据2、国有建设用地使用权出让合同，拟证明原告向被告提供40亩项目用地的事实，价款不是真实的；
证据3、2007年5月20日签订的《补充协议》，拟证明在原合同约定的85亩用地基础上，调整土地用途，被告增加68万元，合同总价约400万元，但支付方式并没有改变；
证据4、付款凭证2张，拟证明被告已向原告缴纳土地款300万元的事实；
证据5、2009年7月3日签订的《补充协议》，拟证明原合同约定的85亩用地位置进行调整并对调整后用地造成的成本由原告支付的事实；
证据6、进账单、发票及完税凭证，拟证明调整土地位置后原告补偿被告土地平整费70万元的事实；
证据7、进账单、发票及完税凭证，拟证明调整土地位置后原告补偿被告土地平整费90万元的事实；
证据8、国有土地使用权证两份及宗地图，拟证明已经供地85亩，其中发证土地70多亩，包括分摊面积共计85亩的事实。
经开庭质证，原告对被告提交的证据2、4、6无异议；对证据1的真实性、合法性及关联性无异议，但对证明目的有异议，认为该合同证实了土地基准地价为8万元/亩的事实；对证据3的证明目的有异议，认为该证据不能证实合同总价款为408万元，该补充协议形成于2007年，应当以2009年7月达成的补充协议为准；对证据5的真实性、合法性及关联性无异议，但对证明目的有异议，认为该补充协议实际调整的项目用地位置和面积，被告同意将28.8亩土地交由原告处理，因此原告预留35亩用地，并非被告所说85亩面积不变；对证据7的真实性无异议，但对其关联性及证明目的有异议；对证据8中235号国土证的真实性无异议，对234号国土证的真实性有异议，该证据不能证实供地面积为85亩。
当事人提交的上列证据，本院综合认证如下：
原告提交的证据1、2、4、7、8、10、11、12、13、14及被告提交的证据2、4、6，经开庭质证双方均无异议，本院依法予以采信；原告提交的证据3及被告提交的证据1，本院依法确认原、被告于2006年12月26日签订《湖南赛瑞新材料有限公司投资建设宁乡金洲新区生产基地合同书》并对相关权利义务进行约定的事实；原告提交的证据5、6及被告提交的证据8，经核实相关证据并结合当事人的庭审陈述，本院依法确认被告赛瑞公司经挂牌出让竞得编号为（2008）029号地块并由原告代缴纳土地款1023万元及契税后，被告与宁乡县国土资源局签订《国有建设用地使用权出让合同》并办理国有土地使用权初始登记的事实。原告提交的证据9及被告提交的证据3、5、7，本院认为证据来源合法，内容真实，依法作为确认本案案件事实的证据予以采信。
根据采信的证据以及到庭当事人的陈述，本院确认如下案件事实：
2006年12月26日，原告金洲新区工业集中区管理委员会（原宁乡县金洲新区管理委员会，合同甲方）与被告赛瑞公司（合同乙方）签订《湖南赛瑞新材料有限公司投资建设宁乡金洲新区生产基地合同书》（以下简称《投资建设合同》），该《投资建设合同》约定由被告赛瑞公司在宁乡县金洲新区投资建设生产项目。关于项目概况，合同第一条约定：乙方拟总投资10200万元在宁乡县金洲新区建设新材料生产基地，基地选址新区新材料产业园，邻金洲北路，占地约85亩，分两期建设，用地面积包含乙方分摊道路用地，具体面积、位置以红线图为准。关于土地供给，合同第二条约定：乙方委托甲方全权办理土地手续；项目用地以出让方式取得，基准地价8万元/亩,项目执行弹性地价政策，企业正式投产后三年时间内，任意一年中项目净用地每亩实现税收分别达到12万元、10万元、9万元、6万元，购地款分别返还100%、70%、50%、30%,地价包含土地款、地面附着物补偿费、劳动力安置补偿费、造地费、新增土地有偿使用费、用地管理费、土地出让金等各种征地拆迁补偿、报批办证税费（不含土地平整费用）；土地款分期支付，甲方为支持高科技项目发展，乙方按4万/亩交付用地款，在合同签字后5日内支付100万元至甲方指定账户，甲方办理土地使用权证，余款240万元在交付土地使用权证时乙方一次性付清。合同另对项目建设、甲方承诺优惠政策、违约责任及附则等相关条款进行了约定。
上述《投资建设合同》签订之后，被告赛瑞公司于2006年12月19日向原告支付用地款100万元。2007年5月22日，因园区规划进行整体调整，原、被告在前述《投资建设合同》基础上达成《补充协议》，该补充协议约定：一、甲方同意将原项目用地调整至金州新区软件产业园，位于金洲东路以南，泉洲南路以西，面积为85亩，用地面积包含道路分摊用地；二、根据园区规划，甲方给予乙方的用地分两类，项目邻金洲大道围墙以内30米部分为综合用地，其余为工业用地，乙方在原总价基础上增付68万元，两类用地分发不同的土地使用证；三、付款方式，地价款约为400万元，乙方已支付100万元，乙方进场施工时再支付68万元，余款240万元按照原合同在交付土地使用权证时一次性付清。
2007年6月21日，被告赛瑞公司成立并在宁乡县工商行政管理局办理工商登记相关手续。2008年6月23日，被告赛瑞公司经宁乡县国土资源交易中心挂牌出让竞得编号为（2008）029号地块，土地使用权面积49861.6㎡，总成交价为1023万元，用途为工业。2008年8月22日，被告赛瑞公司向原告支付用地款200万元。根据投资建设合同的约定，在原告代被告缴纳了上述土地成交价款及契税后，被告赛瑞公司于2008年9月27日与宁乡县国土资源局签订编号为XC（1）0024362008087号、XC（1）0024372008088号的《国有建设用地使用权出让合同》两份。同日，被告赛瑞公司就上述两份出让合同约定的用地在宁乡县国土资源局办理国有土地使用权初始登记，其中宁（1）预国用（2008）第0253号宗地使用权面积26699.3㎡，宁（1）预国用（2008）第0254号宗地使用权面积22290.1㎡。2009年2月，被告赛瑞公司在宁（1）预国用（2008）第0253号宗地上完成一期项目建设并投产经营，对尚未建设利用的宁（1）预国用（2008）第0254号宗地亦进行了部分土方平整、清表除杂、勘探规划等基础性投入。
2009年7月3日，原、被告就项目用地调整问题再次达成《补充协议》，该补充协议约定：一、甲乙双方于2006年12月26日签订合同，约定项目用地85亩，乙方一期工程已建成投产，共用地49.36亩（其中甲方依据合同已发土地使用证面积40.03亩，道路分摊面积9.31亩），根据乙方生产经营状况和规划，能满足企业近期发展需要，乙方同意甲方将用地面积和位置进行调整；二、将现已发证用地位置以西长约262.4米，宽约73.23米计28.8亩土地（含分摊面积）交由甲方另行安排企业用地，甲方在乙方现已发证用地位置以南预留35亩用地给乙方作为发展用地，预留截至时间为2011年12月31日以前，用地价格参照原合同执行，乙方在约定时间内按照开发区要求完成开发建设；三、乙方在原已发证土地上进行的土方平整、清表除杂、勘探规划等各项实际支出费用70万元，甲方在本协议签署后六个月内一次性支付乙方。
上述第二份《补充协议》签订以后，原告于2010年1月27日支付被告赛瑞公司90万元，款项来源注明为用地补偿款，根据当事人在庭审中的陈述，该90万元系被告赛瑞公司将宁（1）预国用（2008）第0254号宗地调整以后，中石化公司作为其中9亩调整用地的实际使用人支付给被告的拆迁补偿费用。2010年2月1日，原告支付被告赛瑞公司70万元，款项来源注明为土地平整款，该70万元系依照第二份补偿协议约定，由原告补偿给被告的费用。
另查明：自2009年2月至2012年2月期间，被告赛瑞公司向宁乡县国家税务局及宁乡县地方税务局共计税款753131.33元。2014年7月31日，原告向被告发函要求其补缴土地款948800元。2014年10月20日，原告再次通过律师事务所向被告发函要求其在2014年10月31日之前补缴上述土地款。
本院认为，本案存在如下争议焦点：一是被告赛瑞公司实际取得的项目用地面积应如何确认；二是原、被告关于项目用地的价格应如何确认；三是原告要求被告补缴土地款是否超出法律规定的诉讼时效。
关于被告赛瑞公司实际取得的项目用地面积应如何确认的问题，本院认为，原、被告在本案所涉合同履行过程中相继签订的《投资建设合同》及两份《补充协议》均系双方当事人真实意思的表示，双方应按照合同约定履行各自的义务。本案中，原、被告于2007年5月签订的《补充协议》系将项目用地位置进行整体调整，之后被告通过挂牌出让竞得的项目用地性质均为工业用地，该协议中关于两类用地（部分工业用地、部分综合用地）的约定并未实际履行，被告赛瑞公司虽已对宁（1）预国用（2008）第0253号、第0254号两宗地办理了初始登记，但其仅在宁（1）预国用（2008）第0253号宗地上进行实质性的投资建设和生产经营活动，对未建设利用的项目用地即宁（1）预国用（2008）第0254号宗地已通过2009年7月3日签订的《补充协议》再次进行了调整，被告亦实际领取因调整用地之后获得的相应补偿款项160万元，该《补充协议》已明确约定调整以后的用地根据被告建设需要继续由原告预留至2011年12月31日，但被告怠于履行，至今未依照合同进行项目二期的建设和投产，被告的行为应视为对预留用地资格的放弃，故被告赛瑞公司实际取得的项目用地面积应为在第二份《补充协议》中明确认可的49.36亩。
关于本案诉争项目用地的价格应如何确认的问题，本院认为，原、被告在《投资建设合同》已经明确约定项目用地价格执行基准地价为8万元/亩的弹性地价政策，土地价格根据被告投产后三年时间内任意一年中项目净用地每亩实现税收的额度予以相应返还。原、被告在合同的实际履行以及之后达成的《补充协议》中，虽按照4万元/亩的价格予以缴纳，但双方并未对原签订的《投资建设合同》中关于弹性地价政策的约定条款予以否认，该条款对原、被告双方仍具有约束力，现被告取得土地之后，至今未达到合同约定的税收完成额度，故被告实际取得的土地价格应按照8万元/亩予以确认，经本院核实，其应缴纳的土地款为394.88万元（49.36亩×8万元/亩）。被告已经实际缴纳土地款300万元，故被告还欠付原告土地款为94.88万元。
关于原告要求被告补缴土地款是否超出法律规定的诉讼时效问题，根据《中华人民共和国民法通则》第一百三十七条的规定，诉讼时效期间自知道或应当知道权利被侵害时起算。在本案合同履行过程中，被告取得建设用地后于2009年2月完成项目建设并实际投产，依照《投资建设合同》约定的三年税收考核期即自2009年2月至2012年1月止，本院认为该约定系对税收考核起止时段的约定，税收考核的具体结果应在该约定的时段经过之后，由原、被告共同组织进行。但就税收考核问题原、被告至今未组织进行，原告在无法获知税收考核结果的情况下其诉讼时效的起算时间亦未明确，直至原告于2014年7月31日向被告发函主张权利。因此，被告抗辩认为原告提起诉讼已超出法定起诉时效的理由不成立，对原告要求被告补缴土地款94.88万元以及相应逾期付款违约金的诉讼请求，本院依法予以支持，其逾期付款违约金以94.88万元为基数按照中国人民银行同期同类贷款利率的标准自原告第二次发函确认的付款期限即2014年10月31日起计算至本判决确定给付之日止。另外，在本案审理过程中，原告撤回要求被告支付其垫付的契税的诉讼请求，系当事人对诉讼权利的自行处分，且不违反法律规定，本院依法予以准许。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百零七条之规定，判决如下：
一、被告湖南赛瑞新材料有限公司在本判决生效之日起十日内支付原告金洲新区工业集中区管理委员会土地款948800元；
二、被告湖南赛瑞新材料有限公司自2014年10月31日起至本判决确定给付之日止以948800元为基数按中国人民银行同期同类贷款利率标准向原告金洲新区工业集中区管理委员会支付逾期付款违约金。
如未按本判决确定的期限履行给付金钱的义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案案件受理费15430元，由原告金洲新区工业集中区管理委员会负担2876元，被告湖南赛瑞新材料有限公司负担12554元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内日，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于湖南省长沙市中级人民法院。
审 判 长 马建波
审 判 员 江晓辉
人民陪审员 杨跃飞
二〇一六年一月二十六日
书 记 员 张晓凤
附相关法律条文：
《中华人民共和国合同法》第六十条当事人应当依照合同约定全面履行自己的义务。……
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。