北京市东城区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）东民初字第14587号
原告（反诉被告）北京中粮广场发展有限公司，住所地北京市东城区建国门内大街8号中粮广场B座1405室。
法定代表人韩石，董事长。
委托代理人刘燕，北京市陆通联合律师事务所律师。
委托代理人童春艳，北京市陆通联合律师事务所律师。
被告（反诉原告）上海意苑实业有限公司，住所地上海市青浦区金泽镇练西公路2850号1幢1层B区143室。
法定代表人章芃，总经理。
委托代理人冯仲生，上海市中信正义律师事务所律师。
第三人（反诉第三人）上海波斯经典地毯有限公司，住所地上海市静安区常德路774号1幢201号。
法定代表人秦岩，总经理。
委托代理人徐光，男，1975年2月13日，该公司职员。
委托代理人徐晖，男，1972年9月14日，该公司职员。
原告北京中粮广场发展有限公司（以下简称中粮广场公司）与被告上海意苑实业有限公司（以下简称意苑实业公司）、第三人上海波斯经典地毯有限公司（以下简称波斯地毯公司）租赁合同纠纷一案，本院于2013年11月12日立案受理，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告中粮广场公司的委托代理人刘燕、童春艳，被告意苑实业公司的委托代理人冯仲生，第三人波斯地毯公司委托代理人徐光、徐晖到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告中粮广场公司诉称：2011年4月，原告与第三人签订房屋租赁合同，由第三人承租原告位于北京市东城区建国门内大街8号北京中粮广场购物中心的相关铺位。在合同履行过程中，被告分三次代替第三人向原告支付租金、物业管理费等各项费用100万元。2011年8月30日，原告与第三人签订终止协议。2011年10月，被告转承第三人开始租赁使用原告的相关铺位，并于2011年11月2日、2012年5月17日、2012年6月29日、2012年10月29日就租赁原告铺位事宜与原告签订了五份协议，占用原告的铺位至2013年3月31日。在此期间拖欠原告的房屋租金、物业管理费、电话线租费等多项费用。现被告否认代第三人支付租金等各项费用的事实，拒不支付拖欠的租金等各项费用。故原告诉至法院，请求法院判令：1、被告支付原告2012年4月1日至2013年3月31日期间的租金841160元、物业管理费267456元；2、被告支付原告2011年12月1日至2013年4月3日期间的电费87181.4元、电话线租费2880元；3、被告支付原告2011年10月3日至2013年7月3日的逾期付款违约金263920.53元；4、被告支付原告搬家费61800元，拆除工程改造费用72805.93元；5、被告按照每月6万元的标准支付原告2013年4月1日至被告付清上述款项之日止仓库保管费；6、第三人对被告的债务承担连带清偿责任。诉讼费由被告承担。
被告意苑实业公司辩称：2011年4月被告与原告洽谈，拟承租原告中粮广场C座的商铺经营，并向原告支付了50万元，2011年8月双方确定租赁涉案商铺，被告又向原告支付了50万元。2011年11月2日双方签订租赁合同，后双方合同变更，双方又签订过四份协议，被告承租原告商铺期间，被告共向原告支付人民币3057295.29元，已超过应支付的租金、物业管理费等费用，原告应当返还被告多支付的428837元。后2012年12月30日合同期满时，原告以被告欠租为由擅自扣押被告的大量商品及办公用品，阻止被告拆除承租商铺内的地板、装饰，并将商铺转给他人使用。被告主张其并不拖欠原告的商铺租金等费用，并提起反诉，请求判令：1、原告返还被告人民币428837元；2、原告支付被告上述款项自2013年1月1日起至实际支付之日的损失赔偿金，按中国人民银行同期贷款利率计算。本诉和反诉的诉讼费由原告负担。
第三人波斯地毯公司辩称：被告与第三人是不同的主体，本案事实与第三人无关。第三人与原告亦无任何债权债务关系，原告如有异议，应另行起诉，且原告的诉讼请求也已经超过诉讼时效。
原告中粮广场公司针对被告意苑实业公司的反诉的答辩意见同本诉意见一致。
经审理查明：秦岩是第三人上海波斯经典地毯有限公司的法定代表人，该公司股东，亦系被告上海意苑实业有限公司的股东。
2010年7月1日，原告（出租方）与第三人波斯地毯公司（承租方）签订《购物中心租赁合同》，合同约定由承租方承租出租方位于北京市东城区建国门内大街8号北京中粮广场C座2层C201-205单位，租赁面积1263平方米。合同有效期自2010年9月1日起至2013年8月31日。基本租金为每平方米每月240元，每月共计303120元，每月按30日计，物业管理费每平方米每月48元，每月共计60624元，合同期内，承租方同意按照出租方和管理公司的缴费通知，按时支付和清偿承租方使用的所有的电费、水费、煤气费、电话费和其他现在或在此后任何时间由承租方消费支出的费用。承租方于本合同签署之日向出租方支付人民币363744元作为合同押金，以保证承租方如期遵守和履行本合同条款所含之承诺和条件。
2010年12月30日，波斯地毯公司向原告发函，内容为：“2010年6月30日我司（上海波斯经典地毯有限公司）与贵司（北京中粮广场发展有限公司）签订了一份‘购物中心租赁合同’，租赁了贵广场C座2层（C201-205）单位1263平方米，……为了让该项目可以朝着正确成功的方向进行，根据法国方要求，我公司又出资设立了上海意苑实业有限公司，引进了新的业内资深人士……恳请要求如下：一、根据双方签订的租赁合同条款：‘五、租赁用途’明确，所经营品牌主要有仕华、格朗世家、杜威维亚、波斯经典等。考虑到三个家居品牌已由新公司（上海意苑实业有限公司）独立经营，加之波斯经典主营高端地毯系列，而三个家居品牌是法国高档奢饰品家居系列，该类高档品牌应当设立独立专卖店，根据法国方面建议，我司决定与波斯经典地毯系列分别管理和经营……现我司承租的1263平方米商铺，其中约有四分之一面积是经营波斯经典地毯，另外四分之三的面积是经营三大法国家居品牌。为便于我司和意苑公司的管理和经营，请贵公司能予以配合，将租赁合同亦相应变更。……”
2011年4月19日，原告（出租方、甲方）与第三人波斯地毯公司（承租方、乙方）签订《中粮广场购物中心租赁合同之补充协议》，将原租赁合同中的装修期／免租期由2011年6月1日至2011年6月30日更改为2010年11月1日至2011年1月15日。
2011年8月30日，原告（出租方、甲方）与第三人波斯地毯公司（承租方、乙方）签订《租赁终止协议》，合同载明乙方同意于2011年7月31日前全部撤出租赁房屋，并以此作为租赁合同的终止日期，2011年7月31日之前发生的费用仍按照原租赁合同执行。甲方同意，乙方所付押金抵做乙方欠款，除此乙方必须在2011年8月26日之前一次性补齐其余欠款，共计37313150元。
2011年11月2日，原告（出租方）与被告（承租方）签订了F217-219《北京中粮广场发展有限公司购物中心租赁合同》，合同约定由承租方承租出租方位于北京市东城区建国门内大街8号北京中粮广场C座F2层F217-219单位，租赁面积910平方米。合同有效期为三年，自2011年10月1日起至2013年9月30日。承租方承诺于2011年10月1日起严格遵守广场的营业时间开始营业，承租方应在所承租空间内严格按照本合同之规定，进行家具、饰品类的销售和经营活动，所经营品牌主要有仕华、波斯经典、Duvivier等。基本租金为每平方米每月240元，每月共计218400元，每月按30日计，物业管理费每平方米每月48元，每月共计43680元，合同期间内，承租方同意按照出租方和管理公司的缴费通知，按时支付和清偿被告使用的所有的电费、水费、煤气费、电话费和其他由承租方消费支出的费用。承租方于本合同签署之日向出租方支付人民币262080元作为合同押金，以保证承租方如期遵守和履行本合同条款所含之承诺和条件。非经出租方事先书面同意，承租方对所承租空间和装饰不做任何变更或诸如此类的添加。合同到期日前，承租方应根据出租方的要求，自行承担费用对承租方按前款规定在事先征得出租方同意的情况下对所承租空间进行的任何额外建造、改变或改进全部恢复原状、任何部分恢复原状或者全部保留。在全部或部分保留该额外建造、改变或改进的情况下，出租方不需要向承租方支付任何费用和补偿。合同到期日前，承租方应将自有设备、物品搬出所承租空间，并将清洁整齐、状态完好的承租空间交还出租方（合理的损耗除外）。若因承租方拆除、搬迁等原因而致承租空间内、外受到损失时，承租方应负责恢复原状或赔偿相应的损失。
2012年5月17日，原告（出租方、甲方）与被告（承租方、乙方）签订《租赁终止协议》，合同载明乙方同意于2012年4月30日前全部撤出租赁房屋，并以此作为租赁合同的终止日期，2012年4月30日之前发生的费用仍按照原租赁合同执行。双方同意，乙方将新签F218-219《购物中心租赁合同》，已付至的房租押金及物业费押金转到新合同项下。
2012年6月29日，原告（出租方）与被告（承租方）签订了F218-219《北京中粮广场发展有限公司购物中心租赁合同》，合同约定由承租方承租出租方位于北京市东城区建国门内大街8号北京中粮广场C座F2层F218-219单位，租赁面积518平方米。合同有效期自2012年5月1日起至2013年9月1日。基本租金为每平方米每月300元，每月共计155400元，每月按30日计，物业管理费每平方米每月48元，每月共计24864元。出租方给予承租方共计61日的装修期／免租期，自2012年5月1日起至2012年6月30日止，免租期内承租方无需支付基本租金、物业管理费及促销费，但需要支付其间的其他相关费用，包括但不限于水费、电费、电话费。承租方承诺于2012年6月1日起严格遵守广场的营业时间开始营业，承租方应在所承租空间内严格按照本合同之规定，进行家具、饰品类的销售和经营活动，所经营品牌主要有GRANG、DUVIVIER、HUGUES、CHEVALIER等。合同期内，承租方同意按照出租方和管理公司的缴费通知，按时支付和清偿被告使用的所有的电费、水费、煤气费、电话费和其他由被告消费支出的费用。承租方于本合同签署之日向出租方支付人民币262080元作为合同押金，以保证承租方如期遵守和履行本合同条款所含之承诺和条件。合同到期日前，承租方应根据出租方的要求，自行承担对承租方按前款规定在事先征得出租方同意的情况下对所承租空间进行的任何额外建造、改变或改进全部恢复原状、任何部分恢复原状或者全部保留。在全部或部分保留该额外建造、改变或改进的情况下，出租方不需要向承租方支付任何费用和补偿。合同到期日前，承租方应将自有设备、物品搬出所承租空间，并将清洁整齐、状态完好的承租空间交还出租方（合理的损耗除外）。若因承租方拆除、搬迁等原因而致承租空间内、外受到损失时，承租方应负责恢复原状或赔偿相应的损失。
2012年10月29日，原告（出租方、甲方）与被告（承租方、乙方）签订《租赁终止协议》，合同载明乙方同意于2012年9月20日前全部撤出租赁房屋，并以此作为租赁合同的终止日期，2012年9月20日之前发生的费用仍按照原租赁合同执行。乙方同意，如乙方未按时支付拖欠的租金、管理费及促销费，并需一次补齐乙方所应支付的电费及其他杂费，乙方放弃承租单元内所有物品（包括租赁房屋内的所有设备、设施、物品等）的所有权，甲方有权自行处理，且无需对乙方予以任何补偿或赔偿，亦无需以此抵扣乙方欠款。如果届时乙方未按照此协议按时撤离租赁区域，甲方有权强行将此租赁区域清空并恢复原状，由此引起的一切费用由乙方承担。同日，原告（出租方）与被告（承租方）签订《协议书》，协议约定出租方同意将位于中粮广场F218-219，面积相当于518平方米的空间提供给承租方做活动。协议书约定的租赁期限自2012年9月21日起至2012年12月31日。租金共计218000元，承租方应于本协议签署当日一次性交齐，押金共计人民币44080元，承租方应于本协议签署当日一次交齐。
庭审中，原、被告均认可2011年4月28日，被告向原告支付过25万元；2011年5月27日，支付过25万元；2011年8月8日，支付过50万元。后在2011年10月31日至2013年2月8日期间，被告分13次共向原告支付过2057295.29元。其中2011年10月31日被告向原告支付了524160元；2011年11月22日，支付了269219.84元；2011年12月28日，支付了271835.45元。
原告提交了2010年4月28日至2012年5月9日中信银行入账单和汇划来帐回单，证明波斯地毯公司在租赁原告房屋期间，应支付原告租金、管理费等各项费用共计2457358.1元，包括被告代波斯公司向原告2011年4月28日支付的25万元、2011年5月27日支付的25万元和2011年8月8日支付的50万元（以下简称有争议的100万元费用）在内，已经支付完毕。对有争议的100万元费用，被告主张系其为承租原告商铺而支付的预付款，并非代第三人支付给原告的费用，第三人主张因被告公司的一部分家具在第三人承租的店铺内销售，该100万元的费用系被告代第三人向原告支付的费用。原告提交了其公司工作人员与第三人波斯地毯公司的法定代表人秦岩的电话录音，录音中秦岩对有争议的100万元费用系被告代第三人支付的欠款的事实认可，被告对该录音的真实性不认可，第三人对该录音的真实性认可。
庭审中，就原、被告之间的费用纠纷问题，原告提交了2013年3月19日和2013年3月25日的两份函件及寄送函件的挂号信收据和快递回执，两份函件内容一致，为：“2011年10月1日贵司与我司签订中粮广场购物中心二层218-219单元《购物中心租赁协议》，……但至今贵司仍未履行约定，仍拖欠租金和管理费（2012年4月份部分及7-9月份）和电费（2012年4月份至今），共计人民币620994.6元。……然贵司至今拒绝履行合同义务，距离合同终止日期已近半年。在此期间，我司遭受重大经济损失，故我司将于2013年3月28日进入该单元将所有物品移至库房并择期处理，同时继续计算库房占地费用……”被告认可收到过2013年3月25日的函件。被告提交了2013年3月21日与2013年3月31日的寄给原告的两份函件，2013年3月21日的函件内容为：“……我公司2011年10月1日起至2012年12月31日止租赁了贵公司的商铺。2012年12月31日租赁终止后，我公司即要撤柜，但贵公司却借故拖延和阻止，不让我公司撤货、撤柜、撤场。今年3月初，贵公司以我公司欠租为由，非法扣押了我公司所有商品和我公司的有关财产。2013年3月8日，经我公司与贵公司双方派人查明，被扣押的商品总价20188760元，另外20余万元饰品和10万余元的办公用品，贵公司的非法扣押行为已严重影响了我公司的正常经营，损害了我公司的合法权益。对此，特函告如下：一、贵公司认为我公司欠租，不仅没有提供欠租依据，而且每次提出的欠租金额均不相同，我公司认为是否欠租应当由双方详细核对查明，而不是贵公司单方面说了算的。我公司希望贵公司与我公司立即安排时间对账，以查明是否欠租。二、贵公司利用强权，擅自扣押我公司总价20188760元的商品、20余万元饰品和10万余元的办公用品，这是不合法的……”2013年3月31日的的函件内容为：“对于贵公司提出的我公司欠费事宜，我公司一直向贵公司提出异议，并一直要求双方进行全面对账。贵公司提出的所谓我公司欠费，不仅没有提供欠费依据，而且每次提出的欠费金额也不相同。2013年3月29日，在我公司的一再要求下，贵公司才同意由你公司财务与我公司全面对账。经双方对账查明：我公司自2011年10月1日起至2012年12月31日止共计承租贵公司商铺15个月，总共应付2628458.29元，其中租金2161200元，管理费372064元，电费95194.29元。另外，双方还查明：我公司先后分16次通过银行向贵公司交付了3057295.29元。所以我公司根本就不欠贵公司钱款，而是贵公司应当返还我公司428837元。对于贵公司非但不及时归还我公司428837元，相反还扣押我公司2000余万元的商品和几十万元财产的这一错误做法，我公司现再次书面函告如下：一、贵公司自接到本函后，归还我公司428837元；二、贵公司立即将非法扣押的我公司20188760元的商品和20余万元饰品、10万元的办公用品归还我公司，让我公司撤走；……”原告认可收到了上述两份函件，但不认可被告所主张的原告应返还被告428837元的证明目的。
庭审中，原告主张被告在2012年12月31日合同到期后，一直没有搬出涉案场地。后2013年3月31日，原告为收回房屋，自行将被告物品搬出涉案场地，将场地收回。被告主张2012年12月31日合同到期后，原告以被告拖欠租金为由，阻止被告搬出涉案场地内的物品，现被告的物品一直在原告控制之下。庭审中，本院曾协调原、被告双方先行对原告扣封的被告物品进行处理，但因双方意见分歧较大，未能达成一致意见，现物品仍由原告保存。
庭审中，原告提交了2011年10月1日至2012年12月31日的电费明细表，证明被告拖欠原告电费95194.29元，被告对该证据真实性认可；原告提交了《中粮广场租用分机电话线路申请表（购物中心）》，证明被告2011年9月11日至2013年3月10日期间租用电话分机线路，拖欠原告电话线路租赁费2880元，该申请表上没有原、被告的签章。被告主张该证据系被告自行制作，真实性不认可；原告提交了《北京利康祥和搬家服务有限公司合同单》、收款条、转账支票和工程款发票，合同单显示搬出地址为北京市东城区建国门内大街8号中粮广场C座2层CF218-219，搬入地址为北京市东城区建国门内大街8号中粮广场C座地下三层CB309-311，日期为2013年3月29日至2013年4月1日，合同款项为61800元。收款条内容为：“我方收到中粮广场发展有限公司搬家劳务费总额的80%（48000元）……剩余款项（13800元）将在中粮广场发展有限公司要求开具发票后付清。搬家劳务地点：3月29日至4月1日中粮广场C座2层CF218-219厅内物品搬至C座地下三层CB309-311”。落款时间为2013年5月7日。发票金额为61800元，开票时间为2013年12月9日。原告以此证明为将被告的物品腾出，收回房屋，原告支付案外人北京利康祥和搬家服务有限公司搬家费61800元，被告对此证据不认可，主张上述证据不能证明与被告有关。原告提交了与案外人北京市辅仁装饰工程有限公司签订的《装修合同书》及工程款发票，合同书显示工程名称为“中粮广场C座地上2层CF218-219展厅拆除改造工程”，工程地点为“建国门内大街8号中粮广场”，开工日期为2013年8月19日，竣工日期为2013年8月30日。合同价款为72805.93元，合同落款日期为2013年8月18日。发票金额为69165.63元，开票时间为2013年9月17日。原告以此证明其收回房屋后，为拆除被告在房屋内的装饰装修，支出了工程款72805.93元。被告主张系原告违约，事后私自扣押原告物品、阻止被告拆除涉案商铺内的装饰装修，被告不应承担该费用；原告提交了双方签订的《存放货品盘点表》、与案外人北京可利普尔设备工程有限公司及案外人希米科医药技术发展（北京）有限公司签订的两份《仓库租赁协议书》、物品存放视频光盘，仓库示意图等证据，原告与案外人北京可利普尔设备工程有限公司签订的租赁协议书显示原告承租北京可利普尔设备工程有限公司位于北京中粮广场【B3】层【B3-24】号仓库使用，面积为8平方米，租赁期限为2013年1月1日至2013年12月31日，每月租金为1200元；原告与案外人希米科医药技术发展（北京）有限公司签订的租赁协议书显示原告承租希米科医药技术发展（北京）有限公司位于北京中粮广场【B3】层【B3-19】号仓库使用，面积为38平方米，租赁期限为2013年3月1日至2013年5月31日，每月租金为5320元；《存放货品盘点表》系2013年3月8日，原告与被告在北京中粮广场C座218-219对被告的物品进行清点的记录；物品存放视频光盘，仓库示意图显示了物品存放的位置和物品情况。被告对其物品在原告处的事实认可，主张系原告违约，原告在合同到期后私自扣押了被告的物品，不同意支付原告仓库保管费。
庭审中，被告就反诉提交了原告向被告发出的询证函和通知单五份，证明原告付出的五份函件中主张的欠费数目均不一致。2013年1月10日的企业询证函显示截止2012年12月31日，被告欠原告账款744960元；2013年1月23日的客户缴款通知单显示原告催收被告2012年4月、2012年7-8月、2012年9月1日至9月20日的租金和管理费、2011年12月-2012年12月的电费共计715243元；2013年3月7日的催款函显示原告催收被告三个月的租金和管理费、2012年4月份后的电费，共计人民币620994.6元；2013年3月25日的客户缴款通知单显示原告催收被告2012年4月、2012年7-8月、2012年9月1日至9月20日的租金和管理费、2011年12月-2012年12月的电费、2011年9月11日至2013年3月25日的电话线租费共计618123元；2013年3月27日的客户缴款通知单显示原告催收被告2012年4月、2012年7-8月、2012年9月1日至9月20日的租金和管理费、2011年12月-2013年2月的电费、2011年9月11日至2013年3月25日的电话线租费共计625848.6元；原告主张各份函件主张的数额不一致系计算问题；被告提交了原告2013年7月17日发给被告的函件及2013年8月6日的场地照片。函件内容为：“贵公司原承租中粮广场C座二层F218-219单元，由于贵公司的欠款一直未予付清，故该单元展厅装修装饰按合同违约条款已被封存处理。现我公司将于2013年8月份对该单元进行恢复原始物业状况施工。在此，特此书面通知贵公司，请贵公司于2013年7月25日前与我公司确认贵公司拆走原装修装饰的时间。逾期将视为贵公司放弃该单元所有装修装饰，我公司随后将安排对该单元的拆除工程。”被告提供的照片显示2013年8月6日，涉案商铺内存放有家具等商品，处于营业状态。被告以此证明原告利用被告的装饰装修，将商铺出借给他人经营。原告认可函件是原告所发，对照片的真实性不认可，但未对照片中的情况作出解释。
上述事实，有原告与第三人波斯地毯公司之间的《购物中心租赁合同》、协商变更函、《中粮广场购物中心租赁合同之补充协议》、《租赁终止协议》，原告与被告之间的《北京中粮广场发展有限公司购物中心租赁合同》、《租赁终止协议》、《协议书》、来往函件、询证函、通知单、银行入账单、汇划来帐回单、电费明细表，《中粮广场租用分机电话线路申请表（购物中心）》、录音光盘、《北京利康祥和搬家服务有限公司合同单》、收款条、转账支票、《装修合同书》、工程款发票，《仓库租赁协议书》、《存放货品盘点表》、场地照片、被告与第三人的工商档案查询资料及当事人陈述等在案佐证。
本院认为：依法成立的合同，对当事人具有法律约束力，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。原告与被告签订的《北京中粮广场发展有限公司购物中心租赁合同》、《租赁终止协议》、《协议书》等合同，均系当事人的真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，合法有效，对当事人具有法律约束力，当事人均应当按照约定全面履行自己的义务。
本案的争议产生为原、被告双方针对被告应支付原告的租金、管理费等费用的数额及被告2011年4月28日、2011年5月27日和2011年8月8日向原告支付的100万元费用如何认定的问题产生分歧所致。
根据2011年11月2日原告与被告签订的F217-219《北京中粮广场发展有限公司购物中心租赁合同》约定，被告承租原告位于北京市东城区建国门内大街8号北京中粮广场C座F2层F217-219单位，租赁面积910平方米，租赁期限自2011年10月1日起，基本租金为每平方米每月240元，每月共计218400元，每月按30日计，物业管理费每平方米每月48元，每月共计43680元；后2012年5月7日，原告与被告签订《租赁终止协议》，约定被告同意于2012年4月30日前全部撤出租赁房屋，并以此作为租赁合同的终止日期，2012年4月30日之前发生的费用仍按照原租赁合同执行。故被告应按照2011年11月2日的租赁合同约定向原告支付2011年10月1日至2012年4月30日期间的费用。根据双方的合同约定及认可的事实，被告在此期间应支付原告租金、物业管理费共计1834560元。
根据2012年6月29日原告与被告签订的F218-219《北京中粮广场发展有限公司购物中心租赁合同》约定，由被告承租原告位于北京市东城区建国门内大街8号北京中粮广场C座F2层F218-219单位，租赁面积518平方米，租赁期限自2012年5月1日起，基本租金为每平方米每月300元，每月共计155400元，每月按30日计，物业管理费每平方米每月48元，每月共计24864元；后2012年10月29日，原告与被告签订《租赁终止协议》，约定被告同意于2012年9月20日前全部撤出租赁房屋，并以此作为租赁合同的终止日期，2012年9月20日之前发生的费用仍按照原租赁合同执行。故被告应按照2012年6月29日的租赁合同约定向原告支付2012年5月1日至2012年9月20日期间的费用。按照该合同约定，2012年5月1日起至2012年6月30日止为免租期，免租期内承租方无需支付基本租金、物业管理费及促销费，故在此期间被告应支付原告租金、物业管理费共计480704元。
根据2012年10月29日原告与被告签订的《协议书》约定，被告承租原告中粮广场F218-219，面积相当于518平方米的空间，租赁期限自2012年9月21日起至2012年12月31日，租金共计218000元。被告应按照2012年10月29日的合同的约定向原告支付2012年9月21日起至2012年12月31日期间的费用。双方在此合同中未约定被告支付原告物业管理费，故被告在此期间应支付原告租金218000元。
2011年10月1日至2012年12月31日期间，双方均认可被告应支付原告电费95194.29元，本院予以确认。故而在2011年10月1日至2012年12月31日期间，被告应向原告支付房屋租金、物业管理费及电费共计2628458.29元。被告自2011年4月28日至2013年2月8日期间，被告分16次共向原告支付过3057295.29元。对于2011年4月28日、2011年5月27日和2011年8月8日被告三次向原告支付的三笔共100万元的费用，系被告支付原告的预付款还是被告代第三人支付的费用，双方意见不一。
被告主张该100万元系为与原告签订合同而支付的预付款，但根据案件查明的事实，原告与被告第一次签订租赁合同系2011年11月2日，合同约定的租金为每月218400元，物业管理费每月43680元，如果被告在合同签订前支付的100万元系预付款，被告又在合同签订前后的2011年10月31日和2011年11月22日，分两次再向原告支付两笔分别为524160元和269219.84元的费用，与常理明显不符；原告提出该款项系被告代第三人支付的费用，在2010年12月30日第三人向原告所发的函件中，已经明确提到由第三人承租的场地由被告和第三人共同使用的情况；第三人的法定代表人秦岩不仅是第三人波斯地毯公司的股东，也是被告意苑实业公司的股东，在事后也认可该费用系被告代第三人支付的费用，故本院认为原告的意见更有合理性，被告的意见本院不予采纳。因此，本院认定被告共向原告支付了2057295.29元费用，尚拖欠原告房屋租金、物业管理费及电费共计571163元。
被告在未完全支付原告应支付的租金、物业管理费的情况下，主张已超额支付原告相关费用，导致双方纠纷产生，之后双方多次交涉未果。在2013年1月1日至2013年3月31日期间，被告物品占用原告商铺，应支付原告此期间的房屋占用费及物业管理费，具体数额，本院结合双方合同约定及案件实际情况酌情确定；原告要求被告支付2013年1月1日至2013年4月3日期间的电费及电话线租费，证据不足，本院不予支持。
后原告为收回涉案商铺，将被告物品搬离，该行为系减少双方的不必要损失所需，原告为此支付搬家费61800元，现原告要求被告支付该费用，理由正当，本院予以支持；原告在2013年3月底将被告的物品搬出后，直至2013年8月下旬才开始对涉案商铺进行拆除施工，且对被告提供的在此期间涉案店铺继续经营的情况不能做出合理解释，故本院认为，原告在合同届满后存在利用被告的装饰装修的事实，原告再行主张被告向其支付拆除工程费用，依据不足，本院不予支持；原告要求被告支付仓储费，原告为存放被告的物品，占用了自己及租赁的仓库，被告应支付相关的费用，但考虑到被告的物品仍在原告存放保管之下，目前所需的仓储费用数额无法确定，且经本院做工作，双方无法就物品交接事宜达成一致意见，故本院对此暂不处理，原告可待纠纷解决后，计算被告物品仓储期间的实际费用，另行主张；对于原告要求被告支付逾期付款的违约金的诉讼请求，被告迟延交纳相关费用，确属违约，应向原告支付违约金，但原告在合同履行中，尤其在合同届满后向被告主张拖欠的相关费用时，多次发函主张的数额均不一致，也是导致双方纠纷的原因之一，存在相应的过错，故本院结合案件的实际情况，酌情确定违约金数额；原告要求第三人对被告所负担的债务承担连带责任，原告已认可第三人与其之间的债权债务已经履行完毕，第三人亦已认可被告支付的100万元系代第三人支付所欠款项的事实，原告的该项诉讼请求，依据不足，本院不予支持。对于被告要求原告返还人民币428837元及利息损失的反诉请求，依据不足，本院不予支持。
综上，依据《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第九十三条、第九十七条、第一百零七条、第一百一十四条、第二百一十二条之规定，判决如下：
一、被告上海意苑实业有限公司于本判决生效后十日内支付原告北京中粮广场发展有限公司租金、物业管理费、电费、房屋使用费共计八十四万一千一百六十三元；
二、被告上海意苑实业有限公司于本判决生效后十日内支付原告北京中粮广场发展有限公司搬家费六万一千八百元；
三、被告上海意苑实业有限公司于本判决生效后十日内支付原告北京中粮广场发展有限公司违约金十万元；
四、驳回原告北京中粮广场发展有限公司的其他诉讼请求；
五、驳回被告上海意苑实业有限公司的全部反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费19173元，由原告北京中粮广场发展有限公司负担8000元（已交纳），由被告上海意苑实业有限公司负担11173元（于本判决生效后七日内交纳）。反诉费7732元，由被告上海意苑实业有限公司负担（已交纳3866元，于本判决生效后七日内交纳）。
如不服本判决，可于判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，交纳上诉案件受理费，上诉于北京市第二中级人民法院。在上诉期满后七日内未交纳上诉案件受理费的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 李成博
代理审判员 李双庆
人民陪审员 纪淑英
二〇一五年二月五日
书 记 员 陈丽娟