海南省第一中级人民法院
行 政 判 决 书
（2015）海南一中行初字第10号
原告海南省陵水黎族自治县进出口总公司商贸公司。住所地：陵水黎族自治县人民政府大院内。
法定代表人吴兴章，经理。
委托代理人王川广，海南金裕律师事务所律师。
委托代理人许振国，海南金裕律师事务所律师。
被告陵水黎族自治县人民政府。住所地：陵水黎族自治县椰林镇。
法定代表人杨文平，县长。
委托代理人林勇飞，陵水黎族自治县农业委员会干部。
委托代理人杨金鑫，海南万理律师事务所律师。
第三人海南陵水润达现代农业科技发展有限责任公司。住所地：陵水黎族自治县英州镇高峰温泉大道现代农业科技示范基地。
法定代表人安俊明，董事长。
委托代理人潘利军，海南万理（陵水）律师事务所律师。
原告海南省陵水黎族自治县进出口总公司商贸公司（以下简称陵水商贸公司）不服被告陵水黎族自治县人民政府（以下简称陵水县政府）给第三人海南陵水润达现代农业科技发展有限责任公司（以下简称陵水润达公司）颁发“陵水市（县）农地承包权（英州）第0820054号《农村土地承包经营权证》”（以下简称第0820054号《承包经营权证》），于2015年1月6日向本院提起行政诉讼。本院于同年1月13日受理后，于同年1月20日向被告陵水县政府送达了起诉状副本及应诉通知书。本院依法组成合议庭，于2015年3月26日上午在本院公开开庭审理了本案。原告陵水商贸公司的法定代表人吴兴章及其委托代理人王川广，被告陵水县政府的委托代理人林勇飞、杨金鑫，第三人陵水润达公司的委托代理人潘利军到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
被告陵水县政府于2013年6月25日给第三人陵水润达公司颁发第0820054号《承包经营权证》，确认第三人陵水润达公司对位于陵水黎族自治县英州镇（以下简称英州镇）高土村东至陵水县现代农业科技示范基地科研展示区、南至高峰温泉景观大道、西至深田河、北至高土村的371亩土地享有承包经营权。
被告陵水县政府于2015年1月30日向本院提供了作出被诉具体行政行为的证据：1.陵集建（英）字第0011号《集体土地建设用地使用证》（以下简称第0011号《土地证》），证明被告于1995年7月31日将位于陵水县英州镇五岭脚下的990.81亩集体土地登记确认给原告作为农业开发使用，该证项下的土地直至2011年仍未办理农用地转用审批手续，仍为农用地；2.《陵水黎族自治县现代农业科技示范基地土地补偿包干协议书》4份，证明陵水黎族自治县农业委员会（以下简称陵水县农委）作为农村土地承包合同的管理机关代表被告分别于2011年11月21日与涉案土地所属的农村集体经济组织签订协议，各农村集体经济组织已签字确认，且被告已向各农村集体经济组织支付了相应的土地补偿款、地上附着物补偿款和青苗补偿款，涉案土地已变为国有农用地；3.专题纪要（2013）53号《专题会议纪要》，证明现代农业科技示范基地是被告根据《国务院关于推进海南国际旅游岛建设发展的若干意见》建设的项目，属海南省2013年的重点项目；4.《土地承包协议》，证明陵水县农委代表被告于2013年6月25日与第三人签订《土地承包协议》，将位于陵水县英州镇高土村的371亩土地发包给第三人作为建设现代农业科技示范基地用地；5.《农村土地承包经营权证申请表》，证明第三人于2013年6月25日就陵水县农委发包给其的371亩土地申请办理承包经营权证，英州镇人民政府（以下简称英州镇政府）和陵水县农委已对其申请进行了审核；6.《海南省农村土地承包经营权证登记表》，证明陵水县农委于2013年6月25日对第三人的申请进行了登记，并报请被告颁发《承包经营权证》；7.第0820054号《承包经营权证》，证明被告于2013年6月25日给第三人颁发了《承包经营权证》，原告不能以第0011号《土地证》对抗第三人依法办理的第0820054号《承包经营权证》；8.（2013）海南一中民初字第134号《民事判决书》，证明第0820054号《承包经营权证》项下之土地与第0011号《土地证》项下之土地是否存在重合及权利归属应由被告确认。
原告陵水商贸公司诉称，1992年7月30日，原告与英州镇政府签订《土地承包合同书》，承包英州镇集体所有的五岭脚下及镇农场一带土地5000亩，用于农业开发种植芒果等经济作物，承包期限从1992年9月1日至2042年9月1日。在承包土地范围内，原告实际开发种植的面积为1412.81亩。后因原告与北京市顺义县龙云实业公司（以下简称北京龙云公司）合作联营产生纠纷，经陵水黎族自治县人民法院（以下简称陵水县法院）调解，其中一块990.81亩土地归原告使用，另一块422亩土地归北京龙云公司使用。1995年7月31日，被告就原告使用的990.81亩土地为原告颁发了第0011号《土地证》。2003年，英州镇政府起诉请求解除与原告于1992年7月30日签订的《土地承包合同书》，原海南省海南中级人民法院于2003年10月5日作出（2003）海南民三终字第251号民事判决：英州镇政府与陵水商贸公司签订的《土地承包合同书》有效，应继续履行。2010年9月，原告与海南祥古头实业有限公司（以下简称海南祥古头公司）准备合作开发上述990.81亩土地时，遭到英州镇政府阻止。2011年10月10日，英州镇政府在当地发布通告称因被告要征用土地，要求所有种植户停止种植、清理青苗、大棚并迁出。2012年初，第三人在原告第0011号《土地证》项下土地范围内建设所谓的现代农业科技示范基地，兴建板房式办公用房、生产大棚并种植移动式西瓜等作物。为此，原告多次要求英州镇政府和被告处理第三人侵占土地的问题，但均没有结果。迫于无奈，原告于2013年8月以英州镇政府和第三人为被告向海南省第一中级人民法院提起侵权之诉。在诉讼中，英州镇政府和第三人均否认现代农业科技示范基地的用地在第0011号《土地证》所载土地界线范围内，并提交了陵水县政府于2013年6月25日为第三人颁发的第0820054号《承包经营权证》。为了查清第0820054号《承包经营权证》项下之土地是否与第0011号《土地证》项下之土地存在重合的问题，原告申请海南省第一中级人民法院委托国家测绘地理信息局海南测绘产品质量监督检验站进行鉴定。经鉴定，第三人用于办公、生产设施、农业大棚、种植青苗等土地，有461.91亩位于原告第0011号《土地证》项下土地界线范围内。据此，海南省第一中级人民法院以第0820054号《承包经营权证》项下之土地与第0011号《土地证》项下之土地存在重合属行政行为之间的矛盾、原告须先提起行政诉讼待重合土地进行明确的确权后方可提起侵权之诉为由，于2014年12月11日作出（2013）海南一中民初字第134号民事判决，驳回了原告的诉讼请求。原告认为，被告给原告颁发第0011号《土地证》在前，给第三人颁发第0820054号《承包经营权证》在后，被告将原告享有合法土地使用权的土地重复登记发证给第三人，严重侵害了原告的合法权益，故提起行政诉讼，请求人民法院依法判决撤销被告给第三人颁发的第0820054号《承包经营权证》。
原告陵水商贸公司提供的证据有：1.《土地承包合同书》，证明原告于1992年7月30日向英州镇政府承包镇集体所有土地5000亩用于农业开发；2.陵计字（1992）66号《关于“京陵实业公司”立项申请的批复》，证明陵水黎族自治县计划委员会（以下简称陵水县计委）于1992年8月4日同意原告在上述5000亩土地上经营农业开发；3.第0011号《土地证》，证明被告于1995年7月31日登记确认原告对位于英州镇五岭脚下的990.81亩集体土地享有合法使用权；4.琼计农经（1998）347号《关于陵水县农业综合开发基地项目建议书的批复》，证明海南省计划厅于1998年5月20日同意原告在英州镇兴办农业综合开发基地项目；5.（2003）海南民三终字第251号《民事判决书》，证明原告对涉案土地享有合法权利；6.《合作意向书》，证明原告于2010年9月5日拟以第0011号《土地证》项下土地中的758亩土地与海南祥古头公司联营开发高新农业科技产品项目；7.第0820054号《承包经营权证》，证明被告于2013年6月25日登记确认第三人对原告第0011号《土地证》项下土地中的部分土地享有承包经营权侵犯了原告的合法权益；8.琼测证鉴2014024号《司法技术鉴定报告》，证明被告为第三人颁发的第0820054号《承包经营权证》项下之土地位于原告第0011号《土地证》项下之土地界线范围内；9.（2013）海南一中民初字第134号《民事判决书》，证明人民法院的民事判决已确认第0820054号《承包经营权证》项下之土地与第0011号《土地证》项下之土地存在重合。
被告陵水县政府辩称：一、第0011号《土地证》项下之土地未完成农用地转用审批手续，仍为农用地，不属集体建设用地，原告不能以该证主张撤销第三人持有的第0820054号《承包经营权证》。1992年7月30日，英州镇政府与原告签订《土地承包合同书》，将5000亩集体土地发包给原告开发种植芒果等经济作物。同年，原告与北京龙云公司合作兴办“京陵实业公司”，共同开发经营该5000亩土地（京陵实业公司实际开发种植的面积为1412.81亩），并于1994年就其中的990.81亩土地申请登记发证。1995年7月31日，被告为原告颁发了第0011号《土地证》。但直至2011年11月陵水县农委与涉案土地所属的农村集体经济组织签订《陵水黎族自治县现代农业科技示范基地土地补偿包干协议书》，甚至被告于2013年6月25日为第三人颁发第0820054号《承包经营权证》时，第0011号《土地证》项下的土地仍未完成农用地转用审批手续。根据《海南经济特区土地管理条例》第七十二条的规定，第0011号《土地证》无效，原告不能以该无效的《土地证》来对抗第三人合法有效的第0820054号《承包经营权证》。二、被告给第三人颁发第0820054号《承包经营权证》的事实清楚，程序合法，原告诉请撤销该证缺乏事实根据和法律依据。2011年11月，陵水县农委代表被告与涉案土地所属的农村集体经济组织签订《陵水黎族自治县现代农业科技示范基地土地补偿包干协议书》时，已向相关农村集体经济组织支付了土地补偿款、地上附着物补偿款和青苗补偿款，原告也于2012年领取了地上附着物补偿款，涉案土地已由集体农用地变为国有农用地。2013年6月，陵水县农委代表被告与第三人签订《土地承包协议》，将位于英州镇高土村的371亩土地发包给第三人建设现代农业科技示范基地。协议签订后，第三人申请颁发《承包经营权证》，其申请经英州镇政府和陵水县农委审核通过后，陵水县农委为此编制《海南省农村土地承包经营权证登记表》，并报请被告颁发《承包经营权证》。据此，被告于2013年6月25日为第三人颁发了第0820054号《承包经营权证》。由此可见，被告给第三人颁发的第0820054号《承包经营权证》合法有效，原告诉请撤销该证缺乏事实根据和法律依据。三、原告提交的证据无法证明其持有的第0011号《土地证》项下之土地与第三人持有的第0820054号《承包经营权证》项下之土地存在重合，且双方使用的土地是否存在重合和土地的权利归属问题应由被告结合相关证据予以确认，不能以《司法技术鉴定报告》来认定土地存在重合。即便双方的土地存在重合，根据（2013）海南一中民初字第134号民事判决的意见，也应由被告来明确土地的权利归属。四、被告与第三人合作建设的现代农业科技示范基地，是根据《国务院关于推进海南国际旅游岛建设发展的若干意见》建设的，已被列为2013年海南省重点项目，第三人已在涉案土地上投入了大量资金，若撤销第三人持有的第0820054号《承包经营权证》，将影响现代农业科技示范基地项目建设，损害公共利益。综上所述，原告持有的第0011号《土地证》项下之土地未完成农用地转用审批手续，依法应予撤销。被告给第三人颁发第0820054号《承包经营权证》，事实清楚，程序合法。原告诉请撤销第0820054号《承包经营权证》缺乏事实根据和法律依据，故请求人民法院依法判决驳回原告的诉讼请求。
第三人陵水润达公司述称：一、关于第三人有否占用原告土地的问题。第三人兴办现代农业科技示范基地所使用的土地，原属英州镇高土村委会龙马第一、第二经济社，大村第一、第二经济社，中四一、二经济社，中二、中三经济社，早妈、上村、村仔经济社，英州村委会五岭经济社，陵水腰果场所有，第三人已依法办理了合法用地手续，并未占用原告的土地。原告称第三人占用其土地建设现代农业科技示范基地，与事实不符。二、如果第0820054号《承包经营权证》项下之土地与第0011号《土地证》项下之土地发生重合，那么就存在“一地两证”的问题，即第三人与原告存在土地使用权争议。根据《土地管理法》第十六条的规定，土地使用权争议由县级以上人民政府处理。故原告直接诉请人民法院撤销被告给第三人颁发的第0820054号《承包经营权证》，不属于人民法院行政审判权限的范围，原告应依法向被告申请处理土地使用权争议。综上所述，请求人民法院依法裁定驳回原告的起诉。
第三人陵水润达公司未向本院提供证据。
原告、被告提交的证据，均在庭审中进行了质证。本院对原告、被告提交的证据作如下确认：
一、对被告陵水县政府所举证据的确认。原告对证据1的真实性、合法性、关联性均无异议，本院对该证据予以确认，该证据可以作为认定被告于1995年7月31日将位于英州镇五岭脚下的990.81亩集体土地登记确认给原告作为农业开发使用的事实依据。原告对证据2的合法性和证明内容不予认可。经审查，该证据涉及的土地为集体所有土地，被告并未提供证据证明其已按照《中华人民共和国土地管理法》的规定履行土地征收的相关手续，故被告认为涉案土地已变为国有农用地，其证据不足，本院对证据2不予采信。原告对证据3的合法性不予认可。经结合原告与英州镇政府签订的《土地承包合同书》、被告给原告颁发的第0011号《土地证》、（2003）海南民三终字第251号《民事判决书》和琼测证鉴2014024号《司法技术鉴定报告》进行审查，第三人兴办的现代农业科技示范基地中有部分土地与原告持有的第0011号《土地证》项下之土地存在重合，被告未能提供证据证明其作出证据3前，已就拟给第三人使用的与原告重合的土地与原告进行协商，也未能提供证据证明其作出证据3后，已依法征收原告享有合法使用权的土地，故本院对该证据中有关涉及拟将原告享有合法使用权的土地安排给第三人使用的合法性不予确认。原告认为被告登记发证确认第三人享有承包经营权的土地与原告享有合法使用权的部分土地存在重合，故原告对证据4-7的合法性不予认可。经审查，原告于1992年7月30日与英州镇政府签订《土地承包合同书》后，被告于1995年7月31日就其中的990.81亩土地给原告颁发了第0011号《土地证》，且该《土地承包合同书》已经发生法律效力的（2003）海南民三终字第251号民事判决确认为合法有效，同时结合琼测证鉴2014024号《司法技术鉴定报告》可以认定，第0820054号《承包经营权证》项下之土地与第0011号《土地证》项下之土地存在重合，在第0011号《土地证》未经有权机关依法定程序撤销的情况下，被告登记发证确认第三人对第0011号《土地证》项下土地中的部分土地享有承包经营权，属重复发证，侵犯了原告的合法土地使用权，故本院对证据4-7的合法性不予确认。原告对证据8的证明内容不予认可。原告认为，证据8所说的行政确权是指让原告先提起行政诉讼由人民法院确认第0820054号《承包经营权证》的效力，而不是说由被告来确认原告和第三人重合土地的权属。本院认为，对于第三人和原告重合土地的权属问题，被告早在1995年7月31日给原告颁发第0011号《土地证》时即确认了原告的土地使用权，因被告先后给原告和第三人颁发第0011号《土地证》和第0820054号《承包经营权证》所造成的客观上的土地重合，并不存在法定的应由被告重新确权的情形，故原告对证据8提出的异议理由成立，本院予以支持。
二、对原告陵水商贸公司所举证据的确认。虽然原告是在超过举证期限后才向本院提供证据1、2、4，但被告在其《行政答辩状》中对证据1的证明内容予以认可，第三人在庭审中对证据1的真实性、合法性和关联性亦无异议，故本院对证据1的真实性、合法性和关联性予以确认，而证据2和证据4分别是陵水县计委和海南省计划厅针对原告在英州镇经营农业开发依职权制作的公文文书，本院对其真实性、合法性和关联性予以确认。证据3与被告提供的证据1相同，本院已作认证，不再重述。证据5是原海南省海南中级人民法院作出的生效民事判决，该民事判决至今未经有权机关依法定程序撤销，故其真实性、合法性和关联性应予确认。被告认为证据6是原告在举证期限届满后提交的证据，故对该证据不予质证，第三人对该证据的真实性、合法性和关联性没有异议。经审查，该证据是原告与海南祥古头公司就联营开发第0011号《土地证》项下土地中的758亩土地所订立的意向书，与本案所要审查的具体行政行为的合法性缺乏关联性，故本院对该证据不予采纳。被告和第三人对证据7予以认可，但对该证据的证明内容提出异议。被告和第三人认为，原告没有证据可以证明该证据项下之土地与原告持有的第0011号《土地证》项下之土地存在重合。经审查，国家测绘地理信息局海南测绘产品质量监督检验站受本院委托，于2014年8月作出了琼测证鉴2014024号《司法技术鉴定报告》，该《司法技术鉴定报告》表明，证据7项下之土地与原告持有的第0011号《土地证》项下之土地存在重合，故被告和第三人对证据7的证明内容提出的异议理由不能成立。被告和第三人对证据8的真实性予以认可，而对其合法性提出异议。本院认为，该证据是本院在审理（2013）海南一中民初字第134号案的过程中，专业部门受本院委托所作的《司法技术鉴定报告》，该证据作出后，该民事案件的被告陵水润达公司、英州镇政府和陵水县农委均未申请重新鉴定，且本案被告亦未能提出证据证明证据8存在《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条规定的情形，故本院对证据8的真实性、合法性和关联性予以确认，该证据可以作为认定第0820054号《承包经营权证》项下之土地与第0011号《土地证》项下之土地存在重合的事实依据。被告和第三人对证据9的真实性、合法性予以认可，但被告和第三人认为，该证据已明确第0820054号《承包经营权证》项下之土地与第0011号《土地证》项下之土地存在重合的，应由行政机关对重合土地进行确权。关于对第三人和原告重合土地的权属问题，本院在对被告提供的证据8进行认证时，已作了充分的阐述，在此不再重述。
经审理查明，1992年7月30日，英州镇政府与原告陵水商贸公司签订《土地承包合同书》，将英州镇集体所有的位于五岭脚下及镇农场一带的5000亩土地发包给原告作为开发种植芒果等经济作物及生产性经营用地，承包期限从1992年9月1日起至2042年9月1日止。同年8月4日，陵水县计委对原告作出陵计字（1992）66号《关于“京陵实业公司”立项申请的批复》，同意原告与北京龙云公司在陵水县设立“京陵实业公司”开发种植芒果5000亩。尔后，原告与北京龙云公司着手在上述5000亩土地上兴建生产设施并种植芒果。1995年7月31日，被告陵水县政府根据原告的申请，就原告与北京龙云公司实际开发种植的土地分别为原告颁发了第0011号《土地证》（该证登记的土地面积为990.81亩，用途为农业开发）和陵集建（英）字第0012号《土地证》（以下简称第0012号《土地证》，该证登记的土地面积为452亩，用途为农业开发）。1999年4月，因原告与北京龙云公司联营开发种植芒果产生纠纷，经陵水县法院主持调解，原告同意将第0012号《土地证》项下的452土地使用权变更登记至北京龙云公司名下以抵偿欠款。同年8月13日，被告就该452亩土地为北京龙云公司办理了土地使用权变更登记。2003年，英州镇政府起诉请求解除与原告签订的上述《土地承包合同书》。原海南省海南中级人民法院经审理，于2003年10月5日作出（2003）海南民三终字第251号民事判决：英州镇政府与陵水商贸公司签订的《土地承包合同书》有效，应继续履行。2010年9月5日，原告与海南祥古头公司合作开发第0011号《土地证》项下土地中的部分土地时，英州镇政府予以阻止，并允许第三人进入原告的用地范围兴建办公用房、生产设施和种植大量农作物。为此，原告多次与第三人交涉，并要求英州镇政府和被告处理第三人侵占其土地的问题，但未果。2013年8月，原告以第三人、英州镇政府为被告向本院提起排除妨害纠纷之诉。在该民事诉讼中，第三人和英州镇政府均否认第三人建设的现代农业科技示范基地占用了原告的土地，并为此提供了陵水县政府于2013年6月25日为第三人颁发的第0820054号《承包经营权证》。为了查清第0820054号《承包经营权证》项下之土地是否与第0011号《土地证》项下之土地存在重合的问题，本院于2013年11月委托国家测绘地理信息局海南测绘产品质量监督检验站进行鉴定。2014年8月20日，该检验站向本院出具琼测证鉴2014024号《司法技术鉴定报告》，其鉴定结论为：1、陵水润达公司现用于办公、生产设施、农业大棚、种植青苗的土地，大部分落入陵水商贸公司持有的第0011号《土地证》项下土地界线范围内，落入面积为461.91亩；2、陵水润达公司现用于办公、生产设施、农业大棚、种植青苗等落在陵水商贸公司持有的第0011号《土地证》项下土地界线范围内的土地，大部分落在其持有的第0820054号《承包经营权证》项下土地界线范围内，落入面积为450.17亩。据此，本院认为，第0820054号《承包经营权证》项下之土地与第0011号《土地证》项下之土地存在重合属行政行为之间的矛盾，原告主张陵水润达公司、英州镇政府侵权，须先提起行政诉讼，待重合土地进行明确的行政确权后方可提起侵权之诉，并于2014年12月11日作出（2013）海南一中民初字第134号民事判决，驳回了原告的诉讼请求。据此，原告于2015年1月6日以被告将其享有合法土地使用权的土地重复登记发证给第三人侵犯其合法权益为由，向本院提起行政诉讼，请求本院依法判决撤销被告给第三人颁发的第0820054号《承包经营权证》。
另查明，为了使陵水县现代农业科技示范基地尽快在英州镇落户，陵水县农委于2011年11月21日代表被告与英州镇政府及英州镇高土村委会龙马第一、第二经济社等农村集体经济组织签订《陵水黎族自治县现代农业科技示范基地土地补偿包干协议书》，并向相关农村集体经济组织支付了土地补偿款、地上附着物补偿款和青苗补偿款。2013年4月22日，被告就现代农业科技示范基地召开专题会议，第三人陵水润达公司的法定代表人安俊明受邀参加。此次专题会议要求陵水县农委和县国土部门尽快将现代农业科技示范基地的温室用地转为农业设施用地并给第三人办理国有农业用地权证、英州镇政府尽快发布现代农业科技示范基地项目征地公告。同年6月25日，陵水县农委代表被告与第三人签订《土地承包协议》，将位于英州镇高土村的371亩土地发包给第三人作为建设现代农业科技示范基地用地，承包期限自2013年6月25日起至2043年6月25日止。协议签订后的当日，第三人就该371亩土地向陵水县农委提出颁发《承包经营权证》的申请。同日，英州镇政府和陵水县农委分别对第三人的申请进行审核，拟同意发证，并报请被告审批。同日，被告根据英州镇政府和陵水县农委的审核意见，给第三人颁发了第0820054号《承包经营权证》。
本院认为，本案争议的焦点是原告持有的第0011号《土地证》项下之土地是否需要办理农用地转用审批手续、第0820054号《承包经营权证》项下之土地是否已转变为国有土地、第0820054号《承包经营权证》项下之土地是否与第0011号《土地证》项下之土地存在重合以及被告给第三人颁发第0820054号《承包经营权证》是否侵犯了原告的合法权益。
关于原告持有的第0011号《土地证》项下之土地是否需要办理农用地转用审批手续的问题。根据本案已查明的事实，原告于1995年7月就其向英州镇政府承包的990.81亩集体土地申请土地使用权登记时，是以该宗土地作为开发种植芒果的农业用地而申请颁发土地使用权证的，其当时并未要求被告按照集体建设用地给予土地登记。被告给原告颁发第0011号《土地证》时，亦已明确了原告的土地用途为农业开发。而且事实上，自1995年7月31日取得第0011号《土地证》以来，原告一直都按照该《土地证》登记的土地用途对其承包的990.81亩土地依法进行农业开发利用，并未将土地用途改变为建设用地。由此可见，虽然被告给原告颁发的第0011号《土地证》名为《集体土地建设用地使用证》，但其项下的土地实为农业用地，而非集体建设用地。即便原告于1995年7月申请被告按照集体建设用地给其颁发土地使用权证，但当时的《中华人民共和国土地管理法》并没有有关农用地转用审批手续的规定，故《中华人民共和国土地管理法》于1998年8月29日修订前，第0011号《土地证》项下之土地并不需要办理农用地转用审批手续。被告于1995年7月31日给原告颁发的第0011号《土地证》合法有效。被告以第0011号《土地证》项下之土地至今未办理农用地转用审批手续为由，主张第0011号《土地证》无效，缺乏事实根据和法律依据。
关于第0820054号《承包经营权证》项下之土地是否已转变为国有土地的问题。被告主张，陵水县农委于2011年11月21日代表被告与英州镇政府及英州镇高土村委会龙马第一、第二经济社等农村集体经济组织签订《陵水黎族自治县现代农业科技示范基地土地补偿包干协议书》时，已向相关农村集体经济组织支付了土地补偿款、地上附着物补偿款和青苗补偿款，位于英州镇高土村的371亩土地已转变为国有土地，故陵水县农委代表被告将该371亩国有土地发包给第三人，符合于2004年8月28日第二次修正的《中华人民共和国土地管理法》第十五条第一款的规定，被告据此而给第三人颁发的第0820054号《承包经营权证》合法有效。经审查，该《土地补偿包干协议》涉及的土地属集体所有土地，被告未能提供其已根据于2004年8月28日第二次修正的《中华人民共和国土地管理法》的有关规定履行土地征收手续并报请海南省人民政府批准的相关证据，故被告仅凭上述《土地补偿包干协议》认定第0820054号《承包经营权证》项下之土地已转变为国有土地，缺乏充分的证据。因被告未能提供证据证明第0820054号《承包经营权证》项下之土地已依法转变为国有土地，故被告无权依照于2004年8月28日第二次修正的《中华人民共和国土地管理法》第十五条第一款的规定，授权陵水县农委将集体所有土地发包给第三人。
关于第0820054号《承包经营权证》项下之土地是否与第0011号《土地证》项下之土地存在重合以及被告给第三人颁发第0820054号《承包经营权证》是否侵犯了原告合法权益的问题。在本院审理（2013）海南一中民初字第134号案的过程中，国家测绘地理信息局海南测绘产品质量监督检验站受本院委托，于2014年8月20日对第0820054号《承包经营权证》项下之土地和第0011号《土地证》项下之土地进行了鉴定，并出具了琼测证鉴2014024号《司法技术鉴定报告》。该《司法技术鉴定报告》作出后，英州镇政府、陵水县农委和本案第三人陵水润达公司作为该民事案件的被告，均未申请重新鉴定，本案被告和第三人在本行政诉讼中亦未能提出证据证明该《司法技术鉴定报告》存在《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条规定的情形，故该《司法技术鉴定报告》可以作为本案认定第0820054号《承包经营权证》项下之土地与第0011号《土地证》项下之土地存在重合的事实依据。被告认为该《司法技术鉴定报告》不能作为认定第三人的土地与原告的土地重合的依据，其理由不能成立。根据《中华人民共和国物权法》第三编和于2004年8月28日第二次修正的《中华人民共和国土地管理法》第二章第十五条的规定，土地承包经营权属用益物权的范畴，亦属土地使用权的范畴。根据本案已查明的事实，被告已于1995年7月31日给原告颁发了第0011号《土地证》，确认了原告的合法土地使用权，在该证项下之土地未被依法征收或该证未经有权机关依法定程序撤销的情况下，被告又于2013年6月25日给第三人颁发第0820054号《承包经营权证》，确认第三人对第0011号《土地证》项下土地中的部分土地享有承包经营权。由此可见，被告就同一宗土地重复登记发证违反了法定程序，且该重复登记发证行为给原告依法行使土地使用权造成了侵害。
综上所述，原告持有的第0011号《土地证》合法有效，被告在未依法征收该证项下之土地并给予原告合理补偿或该证未经有权机关依法定程序撤销的情况下，就确认第三人对该证项下土地中的部分土地享有承包经营权，并给第三人颁发第0820054号《承包经营权证》，缺乏事实根据和法律依据，且违反法定程序，第0820054号《承包经营权证》依法应予撤销。原告诉请撤销第0820054号《承包经营权证》的理由成立，本院予以支持。依照《中华人民共和国行政诉讼法》第五十四条第（二）项第1、2、3目之规定，判决如下：
撤销被告陵水黎族自治县人民政府于2013年6月25日给第三人海南陵水润达现代农业科技发展有限责任公司颁发的“陵水市（县）农地承包权（英州）第0820054号《农村土地承包经营权证》”。
案件受理费人民币50元，由被告陵水黎族自治县人民政府负担。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于海南省高级人民法院。
审 判 长 陈 锋
代理审判员 冯 花
代理审判员 姜国强
二〇一五年四月十日
书 记 员 程玲玲
附相关法律条文：
《中华人民共和国行政诉讼法》
第五十四条人民法院经过审理，根据不同情况，分别作出以下判决：
（一）具体行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，判决维持。
（二）具体行政行为有下列情形之一的，判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出具体行政行为：
1.主要证据不足的；
2.适用法律、法规错误的；
3.违反法定程序的；
4.超越职权的；
5.滥用职权的。
（三）被告不履行或者拖延履行法定职责的，判决其在一定期限内履行。
（四）行政处罚显失公正的，可以判决变更。
《中华人民共和国土地管理法》
（根据2004年8月28日第十届全国人民代表大会常务委员会第十一次会议《关于修改〈中华人民共和国土地管理法〉的决定》第二次修正）
第十五条国有土地可以由单位或者个人承包经营，从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产。……