中华人民共和国最高人民法院
民 事 判 决 书
（2014）民一终字第72号
上诉人（原审原告、反诉被告）：江苏南通六建建设集团有限公司，住所地江苏省如皋市如城镇福寿路336号。
法定代表人：徐正洪，该公司董事长。
委托代理人：张小岗，山西明坤律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：山西嘉和泰房地产开发有限公司，住所地山西省太原市小店区并州南路西一巷10号百桐园11号楼1层。
法定代表人：张贵文，该公司董事长。
委托代理人：范晓东，山西元升律师事务所律师。
江苏南通六建建设集团有限公司（以下简称南通六建）与山西嘉和泰开发有限公司（以下简称嘉和泰公司）建设工程施工合同纠纷一案，山西省高级人民法院作出（2012）晋民初字第9号民事判决。南通六建与嘉和泰公司均不服该判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，于2014年5月19日开庭审理了本案。南通六建的委托代理人张小岗、嘉和泰公司的委托代理人范晓东到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
一审法院经审理查明：2004年11月10日，南通六建与嘉和泰公司签订了一份《建设工程施工合同》，合同约定嘉和泰公司将其百桐园二期住宅小区的8、9、10、11号楼的土建、安装工程发包给南通六建进行施工建设，合同价暂定8000万元，合同履行期限是385天。该工程于2005年3月开工。2005年4月15日，南通六建与嘉和泰公司又对该工程签订了补充协议，该补充协议签订后，嘉和泰公司向南通六建先后支付1000万元的工程款，南通六建开始施工。后由于相关手续问题，嘉和泰公司先后于2005年7月9日和7月16日两次以书面形式要求南通六建暂停施工，至2005年8月26日后再次恢复施工。
由于双方在签订上述合同时未履行招标程序，2005年9月22日，通过招投标程序，南通六建中标。2005年10月15日，南通六建与嘉和泰公司再次签订了《百桐园小区二期工程建设工程施工合同》，该合同除了新增加的7号楼及地下车库外，其它工程标的物均与原合同相同，该合同约定：“工程承包范围：施工图以内全部土建、水暖、电气、通风空调安装（不含电梯、消防、机械土方及地基工程）。开工日期：2005年10月1日，竣工日期：2006年8月31日，总工期335天。工程质量标准：分项工程一次验收合格，总体工程验收确保优良标准。合同价款为10388.845万元（按实结算），资金来源：自筹。”双方均在合同上签字盖章。合同后附通用条款及专用条款部分。其中专用条款第23.2条第（2）项约定“合同价款采用施工图纸预算加技术核定，现场签证，设计变更的方式，工程以实际完成量经发包人及监理确认后办理结算”。合同专用条款第26条约定了工程款（进度款）支付的方式和时间：“承包人施工从基础垫层至主体砼结构封顶，每幢楼主体结构封顶后10天内支付已完工程量的70％。工程交付使用前支付已完成工程量的85％，工程竣工验收，收到承包人提供的工程结算后60天内审定结算，双方确认后28天内支付工程款至总价的95％，留5％为保修金，保修二年期满后30日内一次性付清。”合同专用条款第47条第七项约定了违约惩罚：“工程质量达不到承包人承诺的优良标准时承包人向发包人支付违约金200000元。如工程不能按附表中的建设工期完成，承包人每迟延一天向发包人支付违约金100000元。”合同还约定了其它事项。
2005年12月27日，南通六建完成了8、9、10、11号楼主体结构封顶工程。2005年12月29日，南通六建向嘉和泰公司报送了建筑安装工程预算表。其认为已完成的主体工程价款总计为77880282.37元。嘉和泰公司认为按照合同约定工程预算应当先报监理公司审核，且认为南通六建所报数额过高，实际工程预算应为5178万元。且监理公司发现有质量问题。故书面答复对南通六建报送的预算表不予认可。
2006年2月，双方产生地基基础分部工程质量验收记录，确认地基基础部分验收合格。南通六建、嘉和泰公司及监理单位山西安宇建设监理有限公司（以下简称安宇监理公司）、设计单位中创建设设计有限公司、山西地质工程勘察院均签字盖章确认。
2006年3月，安宇监理公司发现部分楼板有裂缝等问题，向南通六建下达工程暂停令，要求停工整改。
2006年4月，太原市建筑工程质量检测站接受嘉和泰公司委托，对监理公司发现的楼板裂缝问题进行了检测，检测结果是部分楼板有裂缝等质量问题，部分楼板厚度不符合设计要求、板类构件负弯保护层厚度不符合设计要求。南通六建、嘉和泰公司对此检测结果均予认可。2006年6月28日，太原市建设工程质量监督站向太原市建设管理委员会上报，出具《关于山西嘉和泰房地产开发有限公司8#、9#、10#、11#楼工程质量事故上报的报告》，认为该工程存在质量隐患，为质量事故。
2006年7月29日，建设单位、监理单位、施工单位三家委托山西中创建筑设计有限公司对出现楼板裂缝、板厚等问题进行处理方案设计。之后，由南通六建对楼板裂缝的质量问题进行了修复。2006年8月15日，设计、建设、监理、施工四家单位对8、9、10号楼楼板面静载实验检测总结，结论为：“测量结果均满足结构规范要求及设计要求”。2006年8月18日，山西中创建设设计有限公司在对楼板的处理方案中，认为“该类型的结构楼板安全性是有保障的，达到设计要求。”2006年9月8日，针对部分楼面裂缝，产生工程质量问题处理记录，载明：“按方案处理后，各处理工序均合格，处理结果达到了设计要求”。南通六建、嘉和泰公司及监理单位、设计单位均签字盖章予以确认。
2006年9月，产生8#、9#、10#、11#楼主体结构工程质量验收记录，确认主体结构工程质量验收合格。验收记录由南通六建、嘉和泰公司及监理单位安宇监理公司、设计单位中创建设设计有限公司和山西省建筑设计研究院签字盖章确认。2006年9月21日，太原市建设工程质量监督站同意南通六建恢复施工。但南通六建认为嘉和泰公司未足额支付工程款，故未再进行施工。
南通六建共完成8、9、10、11号楼主体工程及10、11号楼地下车库、换热站和百桐园一期车库出入口工程。（换热站和百桐园一期车库出入口工程双方未签订书面合同）。截至2006年10月12日，嘉和泰公司共向南通六建以各种形式支付工程款约计3513万元。
2007年2月10日，嘉和泰公司以书面形式通知南通六建解除合同，认为：1、各楼均出现严重质量问题；2、违法分包；3、工期严重延误；4、并主张延期竣工的违约金及质量赔偿金，故要求解除合同并声明：“假如还有应付款，我公司均以此款抵消”。
2007年3月29日、4月19日，太原市建设工程质量监督站两次发出抽查工程质量问题整改通知单，称因部分框梁发生裂缝，要求立即停工，并进行鉴定及将处理意见上报。
2007年4月25日，太原市建设管理委员会就解决百桐园小区工程项目框架裂缝、南通六建占据工地造成施工拖延及纠纷解决等有关问题召开协调会，建委、建设单位、施工单位、质量监督站、监理公司相关负责人参加，并形成（2007）第9期会议纪要，主要内容为：1、框梁裂缝等质量问题，由嘉和泰公司牵头，南通六建、安宇监理公司参加，委托具有相应资质的检测单位立即进行检测，依据检测结果，由设计单位拿出技术方案处理，此项工作由质量监督站监督实施。2、对已完成工程量进行盘点。3、南通六建于2007年4月30日前退出施工现场。由建设单位按照法定程序另行选择相应资质的施工队伍。4、在盘清已完工程量后，可委托相应单位进行审核确认，对于双方履约中的纠纷，建议提起诉讼解决。
2007年6月7日，太原市建设工程质量监督站又发出整改通知，内容为：1.尽快评出检测报告，必须得到设计认可方可进行下一步施工，对前期的工程质量缺陷必须认真处理，否则不得进行下一步施工；2.就介入工程的施工，监理单位必须到建设行政主管部门完善相关的备案手续；3.下一步施工前必须召开参建各方的首次监督工作会议，否则不予开工。
2007年6月28日，太原市建筑工程质量检测站接受嘉和泰公司委托，针对8、9、10、11号楼进行了质量检测，检测项目包括：1.板厚、层高检测；2.钢筋保护层扫描；3.现浇板裂缝测试。质量检测站出具鉴定报告，鉴定结论为：“1.楼框架裂缝为变形裂缝。以上裂缝影响结构的耐久性。该裂缝为严重缺陷，应予以处理。2.部分阳台栏板压顶扶手质量问题为混凝土施工振捣不到位、表层受冻及混凝土钢筋间距存在偏差。为一般缺陷。但存在安全隐患，建议进行处理。”之后，南通六建退出工地，太原市第一建筑公司进驻，继续进行施工。
双方多次协商未果，南通六建于2007年4月向山西省高级人民法院提起诉讼，嘉和泰公司于2007年6月1日提起反诉。
一审法院另查明，原一审期间一审法院委托山西省高级人民法院司法鉴定中心对所涉工程造价进行鉴定。2008年10月14日，山西三源工程造价咨询有限公司出具鉴定报告，后双方又各自提出异议，经反复调整，2009年10月24日，三源工程造价咨询有限公司出具最终鉴定报告，鉴定结论为：南通六建承建的百桐园小区的8、9、10、11号楼、热交换站建筑工程、土建及安装工程总造价为：58948700.63元（其中含嘉和泰公司签认未盖章部分55327.95元）。其中8、9、10、11号楼工程造价为57234593.01元（其中，2005年12月前完成的钢筋砼主体工程鉴定造价为52441260.92元）；热交换站工程造价为1406245.85元；一期车道工程造价为102189.82元；签证部分为150344元；以上共计58893372.68元。嘉和泰公司向一审法院提出要求就工程质量问题及修复费用一并鉴定，一审法院又委托鉴定中心对本案所争议的工程质量问题及修复费用进行鉴定，但嘉和泰公司认为质检站报告已认定了质量问题，也不存在重新申请鉴定的情形，故不应再做鉴定，修复费用应在工程造价中一并认定。且鉴定机构与取费标准均未明确，故拒绝缴纳鉴定费用。本案未进行质量问题及修复费用的鉴定。
关于嘉和泰公司已付款的数目认定问题。经一审组织双方核对，无争议部分包括：1.抵车款200万元；2.现款2005万元；3.断桩及拉用费44430元；4.代付混凝土款8727620元；5.代付劳保统筹款3415057.85元；6.代付奔驰车养路费1320元；7.代付外墙砖款及装卸费200216元；8.垃圾清运费7000元；9.甲方所供材料计款236029.1元；以上共计34681672.95元。双方有争议部分，包括：1.关于嘉和泰公司主张的垫付水电费部分，南通六建主张应以638881.74元计算，已付186899.55元，尚欠451982.19元。嘉和泰公司主张尚欠638881.74元。2.关于嘉和泰公司所主张的工程罚款50000元，南通六建不予认可。3.质监站楼板裂缝检测费1300000元、框架裂缝检测费839158.5元，合计2139158.5元，南通六建不予认可。
南通六建起诉请求：1、确认建设工程施工合同无效；2.判令嘉和泰公司支付南通六建工程款、利息损失及停工损失53233865元；3.本案诉讼费用、鉴定费用由嘉和泰公司承担。
嘉和泰公司答辩称，南通六建的诉讼请求无依据，请求一审法院依法予以驳回。
嘉和泰公司反诉请求：1、判令南通六建向嘉和泰公司支付工期延误的违约金11540万元；2、判令南通六建承担给嘉和泰公司造成的损失；3、诉讼费、保全费、律师费由南通六建承担。
南通六建答辩称，嘉和泰公司的反诉请求没有事实与法律依据，请求一审法院依法驳回嘉和泰公司的反诉请求。
一审法院认为，本案争议焦点为：一是双方签订的三份建设工程合同是否有效；二是嘉和泰公司应支付给南通六建的工程价款数额；三是违约责任的认定及承担问题。
关于双方签订的三份建设工程合同是否有效的问题。2004年11月10日，南通六建与嘉和泰公司就涉案工程签订了《建设工程施工合同》，2005年4月15日，南通六建、嘉和泰公司双方对该工程签订了补充协议。由于双方在签订上述合同时未履行招标程序，2005年9月22日，双方补办了招标程序，并于2005年10月15日，再次签订《百桐园小区二期工程建设工程施工合同》。一审法院认为，《中华人民共和国招标投标法》第三条和《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条规定，大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目必须进行招标；建设工程必须进行招标而未招标的应认定建设施工合同无效。本案涉案工程开工前未向社会公开招投标，事后虽然补办了招投标手续，但实际并未向社会公开招投标，属于“明招暗定”行为，违反了招投标法的规定，应当认定涉案合同无效。
关于嘉和泰公司尚欠南通六建的工程款数额是多少。关于南通六建完成的工程造价，原一审委托鉴定结论为：南通六建施工的百桐园二期住宅小区8、9、10、11号楼、换热站、一期车道等工程造价总计58893372.68元，一审法院对此数额予以认定。另有鉴定报告中体现的55327.95元，因嘉和泰公司签认未盖章，一审法院不予认定。关于嘉和泰公司已付工程款的数额，原一审主持双方核对，认定如下：1.无争议的已付款数额为34681672.95元。2.因工程确有质量问题，故嘉和泰公司已实际支付的楼板裂缝检测费和框架裂缝检测费共计2139158.5元及工程质量罚款50000元应由南通六建承担。3.依据2000年山西省建筑装饰工程费用定额，南通六建应支付嘉和泰公司垫付水电费部分认定为451982.19元。以上三项共计37322813.64元。故嘉和泰公司尚欠南通六建工程款为21570559.04元。
关于违约责任的认定及承担问题。从原一审查明事实可知，2005年12月27日，南通六建完成主体砼结构封顶后，即出现了一系列工程质量问题。其具体过程为：2006年3月，工程监理公司发现部分楼板有裂缝，向南通六建下达工程暂停令，要求停工整改。2006年4月，太原市建筑工程质量检测站对监理公司发现的楼板裂缝问题进行了检测，检测结果是部分楼板有裂缝等质量问题，部分楼板厚度不符合设计要求、板类构件负弯保护层厚度不符合设计要求。为此，太原市建筑工程质量监督站下达停工令，并向太原市建设管理委员会汇报，认定为质量事故。南通六建对质量检测站的检测结果也均予认可，并协商嘉和泰公司进行了修复处理。2006年9月楼板裂缝问题得到处理后，质量监督站才同意恢复施工，但南通六建再未继续施工，造成工程持续拖延。并且在2007年3月29日、4月19日，质量监督站又两次因部分框梁裂缝发出要求立即停工的工程质量问题整改通知，造成施工无法继续进行。太原市建设管理委员会主持召开的协调会议机要的内容也证明了以上事实，可见，南通六建施工产生的楼板裂缝和框梁裂缝等质量问题是造成工期拖延的主要原因，也直接导致嘉和泰公司以书面形式要求解除合同的后果。关于南通六建所称的是因嘉和泰公司严重拖欠工程款而造成无法施工的抗辩理由，一审法院认为：双方合同中对工程价款的数额及支付进度问题均有明确约定，即主体砼结构封顶后，嘉和泰公司向南通六建支付已完成工程价款的70％。首先，鉴定结论确认的钢筋砼主体工程造价为5244余万元，而南通六建在钢筋砼主体工程完工后向嘉和泰公司报送的工程价款却达到7788余万元，此数额明显偏高。故嘉和泰公司当然有理由拒绝依此数额支付。其次，从付款进度及数额来看，付款应当以工程质量达到合格标准为前提，而钢筋砼主体工程封顶后，即产生了一系列质量问题，在完成修复至2006年9月主体工程验收后，嘉和泰公司已付工程款数额达到了3513余万元，加上其已承担的裂缝检测费用，实际已付的工程款数额达到了3643余万元。这一数额与最终鉴定报告所确认的钢筋砼主体工程造价5254万元的70％即3677万元基本接近，其差距不足以造成无法继续施工。故南通六建所主张的是因嘉和泰公司严重拖欠工程款而造成无法施工的理由缺乏证据支持。一审法院认为，本案涉案合同虽然无效，但《合同法》第98条规定：“合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清算条款的效力。”违约金条款属于清算条款，所以违约条款在无效合同中仍可以适用。《合同法》第57条也规定：“合同无效、被撤销或终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款和效力。”综上，因南通六建施工产生的质量问题造成了工期的严重延误，依照双方合同中每迟延一日支付10万元的约定，南通六建应当向嘉和泰公司支付迟延竣工违约金。迟延期限应当从合同约定的竣工日期2006年8月31日起算至嘉和泰公司提出解除合同的2007年2月10日止，为163天，违约金数额应认定为1630万元。
综上所述，原一审判决对南通六建、嘉和泰公司双方签订的三份建设工程合同效力的认定虽然错误，但是针对案件事实来说，对嘉和泰公司应支付给南通六建的实际工程价款和违约责任的认定并无不妥，一审重审中应予以采纳。依据《中华人民共和国招标投标法》第三条，《中华人民共和国合同法》第五十二、第五十七、第六十条、第九十八条、第一百零七条、第一百零八条、第一百零九条、第一百一十四条第一款之规定，一审判决：一、嘉和泰公司与南通六建签订的《百桐园小区二期工程建设工程施工合同》无效；二、判决生效后十五日内，嘉和泰公司向南通六建支付工程欠款21570559.04元；三、判决生效后十五日内，南通六建向嘉和泰房公司支付迟延竣工违约金1630万元；四、以上两项给付义务相抵，判决生效后十五日内，嘉和泰公司向南通六建支付5270559.04元。（逾期按中国人民银行同期贷款利率计付逾期利息）；五、驳回南通六建的其它诉讼请求。案件受理费307969元，由南通六建公司承担184781元，由嘉和泰公司承担123188元。保全费5000元及鉴定费用，由双方各半承担。
嘉和泰公司不服该判决，向本院提起上诉，请求：1、改判南通六建支付嘉和泰公司延误工期的违约金11540万元。2、改判嘉和泰公司不支付南通六建工程款。3、改判一、二审诉讼费、保全费、鉴定费由南通六建承担。事实与理由是：1、南通六建应支付嘉和泰公司延误工期的违约金11540万元。一审判决确认了南通六建工期延误的责任，但是在确定延误工期的期限上有误。2、一审审理程序存在错误。一审开庭时，嘉和泰公司委托的两名代理人按时到达法庭，并提交了授权委托书等参加庭审，但一审让嘉和泰公司代理人坐旁听席。一审程序存在严重错误。3、关于合同效力。本案合同经过招投标，是合法有效的。招投标前，南通六建是己进场，但之后进行招投标，结果可能是南通六建中标，也可能是南通六建以外的人中标。不能因为恰中标人是南通六建，就认为招投标有问题。4、退一步讲，即使认定合同无效，南通六建施工工程经其处理仍未合格，其主张工程款的请求根本不能得到支持。南通六建对于一个出现严重质量事故未经修复合格的工程，无权主张工程款。5、一审判决嘉和泰公司支付南通六建工程款所主要依据的鉴定结论有严重缺陷，不能作为确定工程款的依据。（1）鉴定机构山西三源工程造价咨询有限公司资质不符合法定要求。对5000万以上造价工程，应由甲级资质的公司作，三源公司仅是乙级资质。（2）未质证的情况下，三源公司出具了最终的鉴定报告，对此报告嘉和泰公司不认可。（3）鉴定报告对工程中因南通六建质量问题应减少的价款未做处理。6、一审判决确认嘉和泰公司已支付工程款额有误。（1）代付南通六建电缆款12243元，有2005年12月3日出库单为证，出库单上有南通六建符成林签字确认收到，此款应为嘉和泰公司的已付款。（2）锅炉房防盗门1000元，应为嘉和泰公司的已付款。（3）关于垫付的水电费金额有误。金额是638881.74元，而不是一审判决确认的451982.19元。7、不合格的工程不能计价，在计算工程款时应当减少，嘉和泰公司要求在本案中一并解决。8、一审判决超越了南通六建的诉讼请求。南通六建在一审的诉状中要求的是百桐园8、9、10、11号楼的工程款，一审法院当时委托的也是对8、9、10、11号楼已完工程的工程款的鉴定，而鉴定报告却增加了换热站和一期工程车道上的小房子，一审判决的工程款也包含了换热站和一期工程车道上的小房子。
南通六建答辩称，嘉和泰公司的上诉没有事实与法律依据，请求二审依法驳回其上诉请求。
南通六建不服该判决，向本院提起上诉，请求：1、撤销山西省高级人民法院（2012）晋民初字第9号民事判决第三项、第四项。2、依法改判案件受理费为221994元。3、本案一、二审诉讼费用、鉴定费用、保全费用及拖欠款至今的利息由嘉和泰公司承担。
事实与理由是：一、一审法院判决南通六建承担违约金认定事实、适用法律错误。一审法院判决双方签订的《百桐园小区二期工程建设工程施工合同》无效，却错误判决南通六建承担1630万元违约金。二、嘉和泰公司原一审提出的反诉请求应按撤诉处理。嘉和泰公司曾在原一审中提出反诉请求，该案经双方当事人上诉，最高人民法院二审作出发回重审裁定，山西省高级人民法院重审时嘉和泰公司未提出反诉，也未参加诉讼。应按撤诉处理。
嘉和泰公司答辩称，一审判决支付违约金正确，但判决的数额过低。本案的审理有一个延续的过程，原一审中其提起了反诉，一审没有保障当事人基本的诉讼权利。
本院二审查明：一审开庭时，嘉和泰公司曾提交授权委托书，委托范桂香参加诉讼。范桂香不是嘉和泰公司的员工。
本院二审查明的其他事实与一审法院查明的事实相同。
本院认为，双方当事人的争议焦点为：一、一审是否存在程序错误，包括：一审判决是否超出了南通六建的诉讼请求、一审未让嘉和泰公司的代理人参加庭审是否违反法定程序以及反诉的问题；二、涉案合同的效力；三、鉴定结论能否作为确定涉案工程款的依据；四、一审对于已付工程款的认定是否正确；五、一审认定南通六建承担违约金1630万元是否正确。
一、关于一审是否存在程序错误的问题。
（一）关于一审判决是否超出了南通六建的诉讼请求。嘉和泰公司主张南通六建诉请的是百桐园8、9、10、11号楼的工程款，并不包括换热站和一期工程车道上的小房子。从本案的实际情况看，换热站和一期工程车道上的小房子与整个8、9、10、11号楼成为一体，不是独立的部分，应当包括在南通六建的诉讼请求范围内，嘉和泰公司的该项主张本院不予支持。
（二）关于一审未让嘉和泰公司的代理人参加庭审是否违反法定程序。范桂香并非嘉和泰公司的员工，不符合《民事诉讼法》关于公民代理的要求，一审未让其参加庭审并不违反法律规定。
（三）关于反诉。本案一审时，南通六建提起了诉讼，嘉和泰公司进行了反诉。一审在列明当事人身份时，并未列当事人在反诉中的身份，属于错误，应予纠正。一审未针对嘉和泰公司的反诉请求进行实体判决，遗漏当事人的反诉请求，属于程序错误。
二、关于涉案合同的效力问题。
双方在签订合同时未履行招标程序。2005年9月22日，通过补办招投标程序，南通六建中标。2005年10月15日，双方再次签订了《百桐园小区二期工程建设工程施工合同》。涉案工程没有经过招投标，事后双方当事人补办的招投标手续，并未向社会公开进行招投标，属于明招暗定行为，违反了《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，应当认定涉案合同无效。
三、关于鉴定结论能否作为计算涉案工程款的依据的问题。
涉案工程的鉴定机构的资质等级为乙级，嘉和泰公司主张其作出的鉴定结论无效。其依据是《工程造价咨询企业管理办法》第十九条的规定：“乙级工程造价咨询企业可以从事工程造价5000万元人民币以下的造价咨询业务。”第三十八条规定：“超越资质等级承接工程造价咨询业务的，出具的工程造价成果文件无效。”但上述规定是原建设部的部颁规章，属于管理性规范，不能作为评判鉴定结论效力的依据，且嘉和泰公司在一审中并未提出鉴定资质不合格的主张，因此，应当以鉴定结论作为计算涉案工程款的依据。一审法院已经组织双方当事人对于鉴定结论进行质证，鉴定机构亦对双方当事人提出的异议予以了解答，因此，鉴定程序合法。关于质量问题，一审时，法院曾征求嘉和泰公司的意见，对于工程质量与修复费用进行鉴定。嘉和泰公司不同意对此进行鉴定并且未缴纳鉴定费用，因此鉴定机构未对工程质量与修复费用进行鉴定并无不当之处。鉴定结论可以作为计算涉案工程款的依据。
四、关于一审对于已付工程款的认定是否正确的问题。
一审法院对于已付工程款已经组织双方当事人核对，并经双方当事人确认。关于水电费用，一审依据2000年山西省建筑装饰工程费用定额确定该笔费用亦无不当之处。且第一次上诉时，嘉和泰公司并未对此项提出上诉。因此，嘉和泰公司的该项主张不予支持。
五、关于一审认定南通六建承担违约金1630万元是否正确的问题。
如前所述，涉案建设工程施工合同无效，因此，嘉和泰公司基于合同有效主张南通六建承担违约责任、赔偿损失没有依据。一审认定南通六建承担违约金1630万元错误，应予纠正。嘉和泰公司若认为因合同无效南通六建给其造成损失，可另寻法律途径解决。
综上，一审认定事实不清，适用法律错误。本院依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第三项之规定，判决如下：
一、维持山西省高级人民法院（2012）晋初字第9号民事判决第一项、第二项、第五项；
二、撤销山西省高级人民法院（2012）晋初字第9号民事判决第三项、第四项；
四、驳回嘉和泰公司的反诉请求。
一审案件受理费307969元，由江苏南通六建建设集团有限公司承担120000元，山西嘉和泰房地产开发有限公司承担187969元。保全费5000元及鉴定费用，由双方各半承担。二审案件受理费714329.01元，由江苏南通六建建设集团有限公司承担403176.01元，山西嘉和泰房地产开发有限公司承担311153元。
本判决为终审判决。
审 判 长 张进先
审 判 员 吴晓芳
代理审判员 王毓莹
二〇一四年七月五日
书 记 员 王楠楠