广东省广州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）穗中法民五终字第1547号
上诉人（原审原告、反诉被告）：广东省地质工程公司，住所地。
法定代表人：陈政民，该公司总经理。
委托代理人：陈春江，广东羊城律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：广东电白二建集团有限公司（原名为：广东电白二建工程有限公司、广东电白二建工程集团有限公司），住所地。
法定代表人：崔雅基，该公司经理。
委托代理人：柯观帝，该公司职员。
委托代理人：韩纬武，广东启源律师事务所律师。
上诉人广东省地质工程有限公司、广东电白二建集团有限公司因建设工程合同纠纷一案，不服广州市海珠区人民法院（2010）海民二初字第60号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
原审法院经审理查明：2008年3月28日，广东省地质工程公司（以下简称为“地质工程公司”）、广东电白二建工程有限公司（即广东电白二建集团有限公司的原名，以下均简称为“电白二建公司”）签订《锦绣花园商场基坑支护施工合同》，约定由地质工程公司以综合单价包干的方式承包位于东晓南路锦绣花园商场地下室基坑支护工程，根据地质工程公司提供并由广州嘉达实业有限公司（以下简称为“嘉达公司”）及其委托的监理单位和电白二建公司审批的基坑支护设计方案施工图内容，经双方协商确定单位工程综合单价合计10113429元，结算时综合单价不变，工程量按实际完成的结算，工程施工工期为支护桩65天，锚索部分根据土方进度每排30天，从发包单位、监理工程师向地质工程公司发布工程开工之日算起，如因电白二建公司原因或不可抗力因素造成的停工，可凭电白二建公司的现场签证顺延工期，如地质工程公司逾期竣工，每逾期一天，地质工程公司支付电白二建公司2000元，逾期十五天，电白二建公司有权终止合同，工程质量应按设计图纸要求和符合国家现行的建筑工程标准与建筑工程施工及验收规范，质量不合格必须按电白二建公司的要求进行返工，费用由地质工程公司负担，工期不予延长，由此所造成的一切经济损失由地质工程公司负责，由于地质工程公司的工程质量问题而引发第三者即有关专业机构进行工程检测费和工程监测费等由地质工程公司负责，工程质量验收由电白二建公司和嘉达公司及委托的监理单位依据国家的建筑工程质量验收标准进行，结算工程量以电白二建公司有关现场管理代表、嘉达公司驻现场代表及委托的监理单位的签证为依据，付款方式为地质工程公司每月5日报上月进度款申请报告，由电白二建公司审核并在15日内支付上月工程款的75%作为工程进度款，工程竣工验收合格15天内，付至施工总造价的95%，余款5%在基坑土方回填后5天内支付，双方之任何一方不能全面履行合同条款均属违约，违约造成的所有责任和经济损失由违约方承担等等。
2008年9月20日，地质工程公司、电白二建公司签订《补充合同》，约定双方对原合同约定的单价和工程量计算，作出了部分变更和补充，若电白二建公司对地质工程公司实际完成的工程量和工程质量有异议，电白二建公司有权请建设行政主管部门对地质工程公司实际完成的工程进行检测，双方按照检测结果进行认定、结算，电白二建公司若发现地质工程公司履行合同不符合约定或不符合国家检测标准的，均属违约，双方补充约定地质工程公司违约的违约金为原合同造价3%，地质工程公司违约，电白二建公司有权要求地质工程公司承担违约责任并有权要求地质工程公司进行相应的补强措施，如果造成电白二建公司或任何第三人损失的，地质工程公司应该承担损害赔偿责任，电白二建公司只对地质工程公司已完成合格工程量进行结算等等。
2008年5月10日，电白二建公司向地质工程公司发出《开工通知》，通知地质工程公司于2008年5月8日正式施工。在地质工程公司提交的证据中，该份证据下由地质工程公司加载了“如因业主单位或总包单位原因误工，工期应顺延。”电白二建公司对此加载内容予以否认。
2008年8月18日，嘉达公司向地质工程公司发出《工程项目设计通知书》，电白二建公司提出该修改工程由电白二建公司完成，地质工程公司没有直接施工。
2008年9月23日，嘉达公司向电白二建公司发出《锦绣花园商业广场设计修改通知》，对锦绣花园商业广场基坑支护工程作了修改。
2008年10月28日，广州市海珠区建设工程质量监督检测室出具《混凝土抗压强度检验报告》，认定电白二建公司施工的锦绣花园商业广场基坑支护工程，施工过程中对五条桩钢筋笼造成不同程度破坏，以上问题要求电白二建公司督促分包单位（地质工程公司）返工处理，分包单位未落实整改，强行下道工序施工等等。
2009年1月12日，地质工程公司向电白二建公司出具《情况说明》，承认锚索复核长度与实际验收长度不符。
2009年2月4日，地质工程公司向电白二建公司出具《承诺书》，内容为地质工程公司负责施工的锦绣花园商场基坑支护工程因基坑南面位移量偏大及南面部分锚索握裹力达不到设计要求，对于设计单位所出的加固方案中所产生锚索施工、腰梁、搭施工平台架的该部分费用由地质工程公司承担。
2009年2月10日，广东省工程勘察院实验与物探测试中心出具《锚杆抗拔验收试验检测报告》，认定广州锦绣花园商业广场基坑支护工程部分锚索不满足设计要求。
2009年2月25日、6月23日，广州市越秀区建设工程质量监督检测室分别作出《基桩钻芯法试验检测报告》，认定承建单位为电白二建公司，基桩施工单位为地质工程公司的锦绣花园商业广场工程部分桩不合格。地质工程公司认为上述报告是在地质工程公司撤场后其他施工单位进场施工中才进行鉴定的，电白二建公司说地质工程公司施工质量不合格，地质工程公司后来对工程进行修复，在确保安全性后，电白二建公司后续的施工才能进行，故修复后该部分的工程肯定验收合格，不然不可能有后续的施工。
2009年5月8日，电白二建公司向地质工程公司发出一份《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》函件，内容为根据《锦绣花园商场基坑支护施工合同》、《补充合同》约定，由于地质工程公司未能按要求履行合同，应扣下列工程款，质量不合格处罚，按合同应扣除3%，共272227.75元，工期共延误145天，按合同应扣罚29万元，不合格锚索工程检测费用13750元，不合格旋挖桩工程检测费用12918元，损害赔偿费10832.28元及100514.67元，偷工减料罚款182500元，合计888062.21元，扣除临时宿舍租用费142000元，扣凿桩头及外运费22274元，扣塔吊费4333.35元，合计1051350.05元，经核查，工程实际造价为8022908.37元，工程清单未扣除地质工程公司2008年12月至2009年3月施工水电费，延误工期导致施工机械停滞费、管理人员及后勤人员人工工资、办公室及宿舍费用、地下结构工程因赶工增加周转材料投入等费用未扣除等等。
地质工程公司于2009年12月17日向原审法院提起诉讼，请求判令：1、电白二建公司向地质工程公司支付工程款3010272.73元；2、诉讼费由电白二建公司承担。
电白二建公司在原审期间提起反诉，请求判令：l、地质工程公司向电白二建公司支付工期及质量违约金806164.79元：2、地质工程公司向电白二建公司支付塔吊费用、凿桩头及外运费、住宿、卫生及水电费262705.36元；3、地质工程公司向电白二建公司赔偿桩间漏水补强费、基坑采取加固措施费、支护桩桩位偏移增加工程费用、赶工措施费、检测费用438279.32元；4、地质工程公司向电白二建公司赔偿腰梁、冠梁增加砼、模板费用68582.67元；5、地质工程公司向电白二建公司赔偿因抢险增加的工人工资423200.03元及材料费3535246元；6、地质工程公司向电白二建公司支付罚款40万元；7、地质工程公司向电白二建公司赔偿电白二建公司已经实际支付的工期及质量违约金250万元；8、诉讼费由地质工程公司承担。
在本案一审审理过程中，电白二建公司还提交了如下的证据：1、电白二建公司与广州市天工防水补强有限公司签订（以下简称为“天工公司”）的《工程合同》、《单位工程竣工验收证明书》、《工程结算单》等，用以证实电白二建公司为锦绣花园商业广场地下室基坑水泥搅拌桩挡土墙补漏工程委托天工公司施工，支出工程款127304元。2、广东省工程勘察院的《监测简报》、《监理工程师通知单》、嘉达公司向地质工程公司发出的《关于锦绣花园商业广场基坑支护工程严重安全隐患的通知》、《工程结算书》等，用以证实电白二建公司为基坑采取加固措施支出费用154742.72元。3、《开工通知》、施工记录、罚款单等，用以证实地质工程公司施工工期延误。4、地质工程公司施工人员进场、退场的时间证明、施工用水用电费、住宿及生活用水用电费、卫生费统计明细表、签证单，用以证实地质工程公司尚欠电白二建公司住宿、卫生及水电费231243.86元。5、地质工程公司租用塔吊台班签证单，用以证实地质工程公司租用塔吊费用9187.5元。6、电白二建公司与嘉达公司签订的《建筑工程施工合同》及《补充协议》、嘉达公司向电白二建公司开具的《扣款通知》、《罚款单》、《工期违约金扣款通知》等等，用以证实锦绣花园商业广场工程为电白二建公司向嘉达公司承包的工程，合同对工程进度及违约责任等都作出了约定，电白二建公司因锚索抗拔试验和挡土桩抽芯检测均不合格，被嘉达公司认定违约并扣除工程款1545286元，其中违约金1501880元、锚索抗拔检测费26600元、支护桩抽芯检测费16806元，电白二建公司因地质工程公司无视工程质量，被嘉达公司罚款50万元，电白二建公司因地质工程公司工期延误，被嘉达公司罚款200万元。地质工程公司确认应扣水电住宿费为130287.36元，地质工程公司、电白二建公司确认地质工程公司的塔吊租用费按6500元计算，地质工程公司于2009年3月26日撤出施工现场，电白二建公司至今已向地质工程公司支付工程款6299985.52元。诉讼中，原审法院根据地质工程公司的申请，依法委托了珠海德联工程咨询有限公司广州分公司，对锦绣花园商业广场地下室基坑支护工程由地质工程公司负责施工的部分进行了工程造价审核，审核的依据是地质工程公司单方提供的锚索施工记录表、旋挖桩施工记录表、搅拌桩施工记录表、单管旋喷施工记录表等资料。经鉴定，工程造价为9319522.65元，审核费用为87230元（已由地质工程公司预交）。对上述审核报告，地质工程公司表示同意，电白二建公司提出地质工程公司提供的施工记录不真实，存在造假行为，故不予认可。
原审法院认为：本案是建设工程合同纠纷。地质工程公司、电白二建公司签订的《锦绣花园商场基坑支护施工合同》、《补充合同》，没有违反法律法规的强制性规定，合法有效。
对于地质工程公司的诉讼请求。根据广州市海珠区建设工程质量监督检测室出具的《混凝土抗压强度检验报告》、地质工程公司向电白二建公司出具的《情况说明》、地质工程公司向电白二建公司出具的《承诺书》、广东省工程勘察院实验与物探测试中心出具的《锚杆抗拔验收试验检测报告》、广州市越秀区建设工程质量监督检测室分别作出的《基桩钻芯法试验检测报告》等，均可以证实地质工程公司施工的锦绣花园商场地下室基坑支护工程为存在质量问题的工程，但之后在采取了一系列的补强措施后，电白二建公司仍然使用了地质工程公司施工的工程，故电白二建公司应按照地质工程公司实际施工的工程量结算工程款给地质工程公司。本案工程为隐蔽工程，现已无法根据现场的情况对工程量进行评估，诉讼中根据地质工程公司申请而作出的工程造价审核报告，审核的依据是地质工程公司单方提供的施工记录表，故该造价审核报告不能全部作为认定工程量结算的依据。根据本案的实际情况，电白二建公司于2009年5月8日曾向地质工程公司发出一份《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》函件，在该函件中，电白二建公司确认经核查，工程实际造价为8022908.37元，再结合参考本案的工程造价审核报告，原审法院认定地质工程公司的工程实际造价为8022908.37元，扣除电白二建公司已支付的6299985.52元后，为1722922.85元，再扣除地质工程公司认可的水电住宿费130287.36元、凿桩头及外运费22274元、塔吊台班费6500元后，电白二建公司尚欠地质工程公司的工程款为1563861.49元，电白二建公司应将工程款1563861.49元支付给地质工程公司。对于地质工程公司的其他诉讼请求，不予支持。
对于电白二建公司的第一项反诉请求，工期问题，由于嘉达公司曾发出《锦绣花园商业广场设计修改通知》，对锦绣花园商业广场基坑支护工程作了修改，再根据地质工程公司提交的气象资料，原审法院认定地质工程公司的施工没有超过工期。但地质工程公司的工程存在质量问题属于违约，根据地质工程公司、电白二建公司签订的《补充合同》约定，电白二建公司若发现地质工程公司履行合同不符合约定或不符合国家检测标准的，均属违约，双方补充约定地质工程公司违约的违约金为原合同造价3%，故地质工程公司的违约金应按原合同造价10113429元的3%计算，为303402.87元，地质工程公司应将上述违约金303402.87元支付给电白二建公司。对于电白二建公司起诉超出以上的部分违约金，不予支持。
对于电白二建公司的第二项反诉请求，塔吊费用6500元、凿桩头及外运费22274元双方已达成一致意见，并已在地质工程公司的诉讼请求中予以扣减，住宿、卫生及水电费地质工程公司确认为130287.36元，予以采纳，并已在地质工程公司的诉讼请求中予以扣减。
对于电白二建公司的第三、四项反诉请求，根据地质工程公司、电白二建公司签订的《补充合同》约定，地质工程公司违约，电白二建公司有权要求地质工程公司承担违约责任并有权要求地质工程公司进行相应的补强措施，如果造成电白二建公司或任何第三人损失的，地质工程公司应该承担损害赔偿责任，现该两项请求均为造成电白二建公司的实际损失，故予以采纳，地质工程公司应将赔偿款合计506861.99元支付给电白二建公司。
对于电白二建公司的第五项反诉请求，因电白二建公司提交的证据并不足以证实，故不予支持。
对于电白二建公司的第六、七项反诉请求，地质工程公司的违约金已经在电白二建公司的第一项反诉请求中予以处理，电白二建公司提交的证据亦不足以证实其是因地质工程公司的违约行为而造成如此巨大的实际损失，故不予支持。
由于本案中引起纠纷的主要原因是地质工程公司的工程存在质量问题，故本案的审核费87230元由地质工程公司承担。
原审法院根据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百零九条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条的规定，于2014年1月9日作出判决：一、广东电白二建工程有限公司在判决生效之日起10日内向广东省地质工程公司支付工程款1563861.49元；二、驳回广东省地质工程公司的其他诉讼请求；三、广东省地质工程公司在判决生效之日起10日内向广东电白二建工程有限公司支付违约金303402.87元、赔偿款506861.99元；四、驳回广东电白二建工程有限公司的其他反诉请求。诉讼费64821元（其中受理费30882元、反诉费33939元），由广东省地质工程公司负担17958元，广东电白二建工程有限公司负担46863元，审核费87230元由广东省地质工程公司负担。
判后，上诉人地质工程公司不服原审判决，向本院提起上诉称：原审判决第一项中扣减的凿桩头及外运费用，塔吊台班费用，原审判决第三项判决地质工程公司向电白二建公司支付违约金303402.87元、赔偿款506861.99元，属计算过程中重复扣减的项目，该判决采信了电白二建公司2009年5月8日向地质工程公司发出的《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》函件，该函件确认的审核工程造价为9074258.42元，另有800桩空桩0.42立方米，实桩114.27立方米，由于单价未定，暂未计算，该计算书第一项“质量不合格处罚，按合同应扣除3%违约金，共272227.75元。”同时还扣除了工期延误145天的违约金29万元，以及凿桩头以及外运费22274元，塔吊台班费4333.35元等各类费用共计1051350.03元，因此，地质工程公司认为一审法院判决中重复扣减的工程款，违约金各项应予纠正，以维护地质工程公司的合法权益。请求判令：1、改判原审判决第一项为电白二建公司向地质工程公司支付工程款1592635.49元；2、撤销判决第三项。
电白二建公司针对地质工程公司的上诉答辩称：1、一审法院对工程价款的认定存在错误，没有依据的采信了双方在讨论结算过程中意向性的数据，且这个数据有很多附加事项无明确，导致一审适用8022908.37元作为双方结算是错误的。2、地质工程公司的上诉是基于被错误认定的8022908.37元的结算提出的，认为有部分费用重复扣除。地质工程公司的上诉没有前提存在，所以地质工程公司的上诉没有事实、法律的依据。
上诉人电白二建公司亦不服原审判决，向本院提起上诉称：一审判决事实认定不清，导致适用法律存在错误，判决结论存在严重错误。一、涉案基坑支护工程是经有资质的专业检测机构检测确定的不合格工程，并非为“存在质量问题的工程”。涉案工程在施工过程中己到处漏水，建设单位委托两家机构对涉案工程进行质量检测，经检测涉案工程的主体工程旋挖桩工程达不到设计强度要求，锚杆工程的抗拔检测大比例不满足设计要求。隐蔽的止水搅拌桩工程也达不到设计的止水要求，涉案工程是不合格工程。地质工程公司没有按基坑现场安全会议要求对基坑全面加固补强，对基坑到处漏水也没有按安全会议要求在1月25日前采取补漏措施，不能阻止基坑继续位移。地质工程公司随之放弃修复加固后，电白二建公司多次通知地质工程公司要求采取加固补强措施，地质公司不履行对质量不合格工程的修复或重做义务。电白二建公司是被迫在非正常情况下冒险进行抢险作业，并最终阻止了基坑的倒塌，避免了人命财产损害的发生，避免了更大的损失。按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第三条第（二）款、第十一条规定，应不支付工程价款或减少支付工程价款。原审判决电白二建公司支付全部工程款既不合理，也不合法。二、涉案基坑支护工程未竣工，一审法院按全部竣工判决，完全与事实不符。涉案工程在施工过程中出现质量问题，地质工程公司放弃修复和抢险后，电白二建公司被迫全面接手抢险。至地质公司2009年3月底撤场，涉案工程尚未竣工验收。地质公司也没有竣工验收资料提交，一审法院按全部竣工判决应予改判。三、双方对涉案工程的结算有明确的约定，法院应当尊重双方当事人的约定，一审判决抛开当事人意思自治的合同法基本原则，另行自创结算规则，有法不依，显失公正。四、一审法院对涉案工程进行鉴定的工作不当，所作造价审核报告无法使用，二审应当重新委托鉴定或要求原鉴定单位对涉案工程的造价进行补充鉴定。作出鉴定结论的公司未能作出有效指引，依据的鉴定材料未经质证，且依据地质公司单方面的做假的材料予以鉴定，导致结论完全错误。电白二建公司请求二审法院重新委托鉴定，或将电白二建再次提交的且有地质公司盖章的全部施工记录移交给鉴定机构，要求其对涉案工程造价作出补充鉴定。重新鉴定或补充鉴定时，应当按2009年2月17日《会议记录表》第5款的约定“凡抽检不合格的预应力锚索及旋挖桩，按抽检不合格的比例剔除相应的工程量计算”执行。五、一审法院依据《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》认定涉案工程造价为8022908.37元没有事实依据及法律依据。首先，该文件只是双方磋商过程中的一份不具备法律效力的函件。其次，涉案工程的实际造价，应根据双方的合同约定并结合工程量予以审核，原审法院认定为8022908.37元，有违司法的严谨及严肃性。六、一审判决中，对于工期及工期顺延、逾期期限的认定，完全没有按照合同约定及双方的证据来予以认定。根据双方的合同约定，工期已经确定。同时，对于工期的顺延，各方清楚约定，需要签证确认。首先，工程变更不一定导致工期增加，因为有增加工程也有取消工程。其次，如工期顺延，双方会议定顺延的天数，这是一般惯例。一审法院未作仔细审查并逐一考证的情况下，认定工期没有逾期，违反工程一般惯例。应依法判决地质公司承担工期逾期的法律责任。请求判令：1、撤销原审判决书第一、二、四项；2、对涉案工程款进行重新鉴定或补充鉴定；3、地质工程公司向电白二建公司支付工期违约金502761.92元；4、地质工程公司向电白二建公司支付塔吊费用6500元、凿桩头及外运费22274元及住宿、卫生及水电费用135271.96元；5、地质工程公司向电白二建公司赔偿因抢险增加的工人工资423200.03元及材料费3535246元；6、判决地质工程公司向电白二建公司赔偿电白二建公司已经实际承担的罚款40万元；7、地质工程公司向电白二建公司赔偿电白二建公司已经实际承担的工期延误违约金200万元及质量违约金50万元；8、二审案件受理费由地质工程公司承担。
地质工程公司针对电白二建公司的上诉答辩称：1、电白二建公司提出的损害赔偿与反诉请求没有合同的根据，双方在2008年3月28日签订了施工合同，2008年9月20日又签订了补充合同，是审理本案的主要依据，所谓的涉案工程不合格是在施工过程对部分工程进行检测，由地质工程公司进行补强达到合格，基坑支护是一个临时性的工程是为电白二建公司的施工采取安全的保障，当地下室达到正负零时支护工程就完成了，地质工程公司进行的保强措施，保证了电白二建公司修建地下室的安全，在2009年9月30日确保周边无安全问题，地质工程公司才撤场的。《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》是在地质工程公司提交了结算书后，基坑工程、地下室已经完成的情况下，电白二建公司对工程造价进行的确认，在《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》中，电白二建公司确认地质工程公司提交的工程结算9411782元，电白二建公司确认这个工程量经过审核为9074258.42元，同时作了说明有部分没有计算，由于双方无确定单价，所以无计算，在电白二建公司对结算的回复中扣减的项目是严格按合同来扣减的。电白二建公司反诉的内容与基坑工程款的支付是无关的，电白二建公司把后续发生的费用计算进来没有依据。电白二建公司要求地质工程公司提供最后的合格验收的证明，验收是业主、总包方的责任，不是地质工程公司的责任。地质工程公司庭后提交的结算书是低于合同价的，不存在地质工程公司偷、减工程款、工程量的问题。关于施工现场的原始记录，该施工记录一式五份，有施工工长签字、施工的技术负责人签字、监理签字，也有电白二建公司人员的签字，都是经过每个当事人确认的，不是一个人可以造假的。这些原始记录都是最原始的，电白二建公司认为签名不是真的，可以作鉴定以确定其真实性，电白二建公司没有提出鉴定的申请。不同意电白二建公司的上诉请求。
经审理查明：原审法院查明事实无误，本院依法予以确认。
本院另查明：原审期间，地质工程公司提供了锚索施工记录表、旋挖桩施工记录表、搅拌桩施工纪录表、单管旋喷施工记录表等资料用于工程造价审核，电白二建公司认为：上述施工纪录中不是全部有原件，电白二建公司施工代表签名中有相当大的部分签名不一致，真实性有待考证，对不一致的部分不予确认，还有一些电白二建人员签名尚未核对；关于水泥土搅拌桩的，只确认郭宝青、柯康福、王东礼、杨桂雄签名的真实性，其他人以电白二建公司签署施工记录不予确认；监理单位现场监理员是王世奎、刘斌，没有委派唐荣华作为现场监理，对其施工纪录不予确认；业主单位现场代表是林练标，其签名也存在很多不一致情况，应进行核实；现有施工纪录存在修改桩长记录现象，存在虚购数量问题；旋挖桩部分没有总包单位代表签名的不予确认和不予计算数量，有5条桩因搅坏钢筋笼存在质量不合格；锚索有12条和西南边第三排锚索属于质量抽检不合格而返工和超出设计图纸范围，不予结算；没有锚索张拉和锁定记录表；施工记录数量多于设计图数量，也多于实际施工数量，应该核实；按照合同约定，结算工程量应由建设单位、监理单位、业主单位驻厂代表签名确认，缺少任何一方代表签名，均不应计算工程量。地质工程公司称：施工记录不是只有一份，还存在于监理单位和电白二建公司手中，作为地质工程公司提交的证据原件，凡是电白二建公司代表签名的是真实也是原件，可能有些地质工程公司人员签名是复印的；地质工程公司提供的施工记录都是对施工现场一个原始记载，里面由建设单位、监理单位、施工单位和业主单位签名确认，电白二建公司所称涂改、修改和冒签等情况不真实。二审期间，电白二建公司表示对地质工程公司提供的、用于司法鉴定的施工纪录有异议，称该部分施工纪录与其公司提交的盖有地质工程公司公章的资料不符，并认为施工纪录中有部分签名是虚假的。地质工程公司称由于其公司的资料员刚毕业，按设计制作了资料并加盖其公司公章给了电白二建公司，实际的施工纪录是不需要加盖公章的，只要各方签名，后来其公司纠正过来了，所以电白二建公司只持有少部分的资料。电白二建公司对用于司法鉴定的施工纪录中相关人员签名的真实性未申请进行鉴定。
地质工程公司提供了广东省气象台出具的《资料证明》，该证明载明了2008年6月、8月、9月的广州市气象观测站的降雨实况资料，拟证明其公司曾因为天气原因不能施工。电白二建公司对该《资料证明》的真实性无异议，但认为该《资料证明》只能反映当日下雨量而没有显示时雨量，且按照合同约定，如果下雨导致施工拖延需要双方签证确认才有效。
电白二建公司在原审期间提供了2013年6月14日的《上海浦东银行进账单（收账通知）》、嘉达公司于2013年5月15日开出的两份收据，拟证明公司向嘉达公司支付了基坑工程工期违约金、质量违约金共计250万元。地质工程公司认为上述进账单上并没有说明250万元的用途，对其真实性、关联性均不予确认。
电白二建公司于原审期间提供了其公司与地下室钢筋班、地下室模板制安（木工）班、地下室浇灌砼班、地下室水、电、防雷消防班、地下室瓦工班、地下室防水班、排山班签订的《补充协议书》、《支付证明单》以及购买钢门架、胶合板、木枋买力的送货单、收据等证据。其中上述《补充协议》中均载明“鉴于基坑支护桩间已出现严重漏水，基坑周边地面亦出现开裂下沉，基坑支护工程监测点变形不稳定。基坑支护桩、预应力锚索经检测大部分为不合格，致使基坑支护工程存在严重安全隐患。为避免安全事故发生，现甲方、监理工程师通知要求抢时间、缩短施工工期、增加施工人员、加快地下室施工……”。二审期间，电白二建公司称：其公司抢险时采取加快修建地下室的方法以减少安全的风险，产生了赶工费，本案中电白二建公司主张的都是赶工费。由于基坑有问题，基坑暴露时间越长，危险越大，电白二建公司加快地下室的施工，建了减力墙，在减力墙与主体工程之间做了加固措施产生了费用，抢工期也是保证基坑不倒。电白二建公司主张的工资是包括加快进度的工资。地质工程公司称：基坑的保质期为一年，2011年主体工程都已完成，不可能到2011年才采取逆作法，逆作法是一开始时总包就确定的，不可能说是为了基坑采取逆作法。
电白二建公司在原审期间提供了2009年2月17日、3月9日的会议纪录表，其中2009年2月17日的会议记录表的主要内容为：“参会单位经讨论一致形成会议决定如下：1、分包单位对基坑南边加固补强锚索张拉必须在2月19日完成……4、基坑支护桩检测3条有2条不合格，预应力锚索2009年1月14日、12、19日检测10条有7条不满足设计要求，2009年2月4、5日加倍检测9条有6条不合格。由此判定基坑支护工程不合格，无法通过正常验收。因此，势必影响到商业广场后续基础、地下室结构、主体结构等的施工验收。要求分包单位在7日内（2009年2月24日前）提出合理办法妥善解决以上问题；5、总包单位对分包单位完成的工程量进行重新确认，即凡抽检不合格的锚索及旋挖桩，按抽检不合格的比例剔除相应的工程量，总包单位只对分包单位已完成工程量中合格部分进行结算。因不合格而返工重做工程造成的延期违约赔偿责任由总包单位与分包单位协商解决……”。2009年3月9日的会议记录表的主要内容为：“……会议一致决定：1、加快此区域的地下室底板砼的浇注施工；2、对基坑顶尽快场地硬化……”。该会议记录“参加会议人员签名”中无显示有地质工程公司人员签名，“备注”栏中由汤均彪注明“原件由省地质工程公司汤均彪拿回公司补签名”。地质工程公司对上述两份证据的真实性不予确认。
电白二建公司在原审期间提供的证据显示电白二建公司在2009年4月22日之后对基坑采取了加固措施，并相应产生了基坑加固措施费。电白二建公司致地质工程公司的《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》函中，载明：“贵公司承包的锦绣花园商业广场基坑支护工程未不合格工程，经初步核查，我公司对锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算如下：一、依据：1、《锦绣花园商场基坑支护施工合同》；2、施工图纸、施工纪录和现场签证；二、工程量经审核工程造价为9074258.42元。另800桩空桩0.42立方米，实桩114.27立方米，由于单价未定暂未计算。三、根据《锦绣花园商场基坑支护施工合同》、《补充合同》约定，由于贵司未能按要求履行合同，应扣下列工程款（明细详见工程量计算汇总表）……”。该函所附工程量清单备注中载明“1、本清单是根据省地质工程公司提供的施工记录（复印件）复算的工程量，未经双方核对，也未按2009年2月17日会议记录表内容按比例扣除不合格的工程量；2、按合同约定，'结算工程量以甲方有关现场管理代表、嘉达公司驻现场代表及其委托的监理单位的签证为依据'，而且核对工程量必须提供施工纪录表原件”。
二审期间，电白二建公司称其公司发出《锦绣花园商业广场基坑支护工程量》时，涉案基坑支护施工合同及补充合同所约定的工程大部分是处于完工状态，但锚索的张拉锁定工序没有完成，锚索是未完工的状态。地质工程公司则认为全部工序已经完成。电白二建公司称《锦绣花园商业广场基坑支护工程量》是电白二建公司的资料员当时以为地质工程公司提交的所有资料是真实的，就作了初步的文件发给了对方，还附了两页纸的计算过程，在上述函件所附工程量清单中载明的工程量按照所有手续完备且按竣工验收合格来算的，没有扣减嘉达公司、监理公司、电白二建公司人员均无签名的部分。
电白二建公司、地质工程公司均确认涉案工程是临时性工程，地质工程公司称地下室于2009年3月份达到正负零时，涉案工程就失去作用。电白二建公司称涉案工程在基坑工程与主体工程回填完成后失去作用，地下室是2009年6月份达到正负零的。地质工程公司、电白二建公司均确认地质工程公司于2009年3月26日撤场。
地质工程公司称其公司采取了增加锚索，提高张拉力等补强措施，是根据设计院的抢险图纸来抢险的。
电白二建公司确认其主张的住宿、卫生及水电费用、塔吊费用、凿桩头及外运费已在原审判决第一项中予以扣减。
另查明：电白二建公司二审期间提供了2014年5月30日以及2014年6月10日的《核准变更登记通知书》，该两份《核准变更登记通知书》分别反映出“广东电白二建工程有限公司”于2014年5月30日经核准更名为“广东电白二建工程集团有限公司”，“广东电白二建工程集团有限公司”于2014年6月10日经核准更名为“广东电白二建集团有限公司”。地质工程公司对上述证据的真实性无异议。
本院认为：地质工程公司与电白二建公司于2008年3月28日签订的《锦绣花园商场基坑支护施工合同》、《补充合同》是双方真实意思表示，无违反法律、行政法规强制性规定，合法有效。
关于涉案工程有无竣工的问题。二审期间，电白二建公司称其公司发出《锦绣花园商业广场基坑支护工程量》时，涉案基坑支护施工合同及补充合同所约定的工程大部分是处于完工状态，但锚索的张拉锁定工序没有完成，锚索是未完工的状态。地质工程公司则认为全部工序已经完成。现在并没有证据证明地质工程公司施工的工程进行了竣工验收，但电白二建公司在其发出的《锦绣花园商业广场基坑支护工程量》中并没有针对地质工程公司未全部完成工程提出过异议，电白二建公司实际使用了地质工程公司施工的工程，另根据双方的陈述，地质工程公司所施工的工程只是临时性工程，其作用已经完成，故本院对电白二建公司的该主张不予采信。
关于应如何确定地质工程公司实际完成的基坑支护工程的工程量以及工程造价问题。电白二建公司表示对地质工程公司提供的、用于司法鉴定的施工纪录有异议，称该部分施工纪录与其公司提交的盖有地质工程公司公章的资料不符，并认为施工纪录中有部分签名是虚假的。电白二建公司并未申请对用于司法鉴定的施工纪录中相关人员签名的真实性进行鉴定，其提供的部分盖有地质工程公司公章的资料等证据并不足以否定地质工程公司提供的施工纪录的真实性，故本院对电白二建公司关于地质工程公司提供的施工资料不真实的主张不予采信。从地质工程公司提供的施工纪录来看，电白二建公司持有的、加盖地质工程公司公章的资料并不足以反映地质工程公司施工的全部工程量，故电白二建公司要求以其持有的、加盖地质工程公司公章的资料来评定地质工程公司所完成的工程量、工程造价的上诉理由依据不足，本院不予支持。电白二建公司认为双方在2009年2月17日的会议纪录表中已经确定按照抽检不合格的比例对地质工程公司完成的工程进行结算。因地质工程公司对2009年2月17日的会议纪录表的真实性并不确认，该会议记录表对合格工程以及不合格工程比例的约定并不明确，且在该会议纪要作出后，电白二建公司在对地质工程公司完成的基坑工程采取加固措施后继续使用至基坑工程、主体工程回填之时，故本院对电白二建公司的该主张不予支持。原审诉讼中根据地质工程公司的申请以及依据地质工程公司单方提供的施工纪录表所做出的造价审核报告确定的工程造价为9319522.65元。电白二建公司在其公司致地质工程公司的《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》函中审核的工程造价为9074258.42元。电白二建公司在该函中审核的工程造价低于工程造价审核报告中审核得出的工程造价，电白二建公司未提供充分证据否定其公司在该函中所确认的工程造价，从地质工程公司的上诉意见来看，地质工程公司对原审法院根据《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》来确定工程造价并无异议，故原审法院根据本案实际情况，认为应按照《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》确定地质工程公司完成工程的工程造价并无不当。《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》最后确定的工程造价8022908.37元是在扣除了质量不合格罚款、工期延误罚款、不合格锚索工程检测费用、不合格旋挖桩工程检测费用、损害赔偿费、偷工减料罚款、临时宿舍租用费、凿桩头及外运费、塔吊费后的造价，故原审法院认定扣减了相关费用后的工程造价8022908.37元为地质工程公司实际完成工程部分的造价欠妥，本院依法予以纠正。地质工程公司、电白二建公司均确认应在地质工程公司未收的工程款中扣减水电住宿费130287.36元、凿桩头及外运费22274元、塔吊台班费6500元，故扣减上述159061.36元以及电白二建公司已付工程款6299985.52元后，电白二建公司尚欠地质工程公司工程款2615211.54元。
关于地质工程公司应承担的工程质量违约责任的问题。根据合同约定，地质工程公司因履行合同不符合约定或不符合国家检测标准需按原合同造价的3%计算，但地质工程公司实际完成的工程造价为9074258.42元，根据公平合理原则，应按照地质工程实际完成的工程造价来计算地质工程公司应承担的质量违约金，电白二建公司在其《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》中亦是按照其公司审核的工程造价来计算地质工程公司应承担的质量违约金为9074258.42×3%=272227.75元，故原审法院认定应按照原合同造价10113429元的3%计算地质工程公司应承担的该部分违约金为303402.87元欠妥，本院依法予以纠正。由于地质工程违约，电白二建公司依照合同约定有权要求其承担违约责任并有权要求地质工程公司进行相应的补强措施，如果造成电白二建公司或者第三人损失的，地质工程公司应该承担损害赔偿责任。电白二建公司主张的桩间漏水补强费、基坑采取加固措施费、支护桩桩位偏移增加工程费用、赶工措施费、检测费用438279.32元以及腰梁、冠梁增加砼、模板费用68582.67元属于质量问题所致的损失，原审法院认定地质工程公司应赔偿上述506861.99元给电白二建公司正确。根据嘉达公司开具的《罚款单》来看，嘉达公司是依照该公司与电白二建公司所签订的《建筑工程施工合同》的约定要求电白二建公司对工程质量问题承担50万元的违约责任的。电白二建公司与地质工程公司签订的施工合同已经对工程质量问题的违约责任作出了约定，电白二建公司并没有证据证明其公司与地质工程公司签订施工合同时，曾将其公司与嘉达公司之间关于违约责任的约定告知地质工程公司，且电白二建公司要求地质工程公司赔偿其公司向嘉达公司支付的50万元质量违约金超过地质工程公司订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失，故本院对电白二建公司的该主张不予支持。
关于电白二建公司主张的偷工减料的40万元罚款应否支持的问题。涉案《锦绣花园商场基坑支护施工合同》、《补充合同》中对地质工程公司存在偷工减料行为的违约责任未作出约定，如前所述，电白二建公司并没有证据证明其与地质工程公司签订施工合同时，曾将其公司与嘉达公司之间关于违约责任的约定告知地质工程公司，故电白二建公司要求地质工程公司赔偿嘉达公司要求电白二建公司承担的40万元偷工减料罚款超过地质工程公司订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失，且地质工程公司对于工程质量问题已经承担相应的违约责任，故电白二建公司要求地质工程公司支付偷工减料罚款40万元依据不足，本院不予支持。
关于地质工程公司应否承担工期延误违约责任的问题。从本案现有证据来看，虽然涉案基坑支护工程曾做出过设计修改，且在地质工程公司施工期间出现不利施工的天气条件，但是地质工程公司未能提供充分证据证明其因工程设计变更以及天气条件影响其施工的具体天数，现地质工程公司的施工确已超过合同约定的工期，故地质工程公司认为其不应承担工期延误违约责任的理由依据不足。关于地质工程公司所延误的工期天数问题。电白二建公司认为地质工程公司应承担的工期延误违约金为506000元，然而电白二建公司在其《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》中审核地质工程公司延误工期145天并据以扣减工期延误款29万元，电白二建公司无相反证据推翻其在《锦绣花园商业广场基坑支护工程量计算》中确认的工期延误天数，故本院对电白二建公司要求地质工程公司承担的工期延误违约金应为506000元的主张不予支持。地质工程公司亦无充分证据证明其延误的工期少于145天，故本院认定地质工程公司应承担的工期延误违约金为29万元。电白二建公司并没有证据证明其与地质工程公司签订施工合同时，曾将其公司与嘉达公司之间关于违约责任的约定告知地质工程公司，电白二建公司要求地质工程公司赔偿嘉达公司要求电白二建公司承担的200万元延误工期罚款超过地质工程公司订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失，且地质工程公司对于工程延误问题已经承担相应的违约责任，故电白二建公司要求地质工程公司支付延误工期罚款200万元依据不足，本院不予支持。
关于电白二建公司所主张的工人工资423200.03元以及材料费3535246元应否支持的问题。电白二建公司对其该主张提供了其公司与地下室钢筋班、地下室模板制安（木工）班、地下室浇灌砼班、地下室水、电、防雷消防班、地下室瓦工班、地下室防水班、排山班签订的《补充协议书》、《支付证明单》等证据，但上述《补充协议》中所提及的赶工原因“基坑支护桩、预应力锚索经检测大部分为不合格，只是基坑支护工程存在严重安全隐患”未得到地质工程公司的确认，且电白二建公司并未提供银行转账单等实际支付凭证，上述证据并不足以证明电白二建公司关于其因地质工程公司完成施工的工程质量不合格导致增加工人工资的主张。电白二建公司提供的购买钢门架、胶合板、木枋买力的送货单、收据等证据仅能证明电白二建公司曾采购过相关材料，并不足以证明上述材料的采购系因地质工程公司完成施工的工程质量不合格所致，故本院对电白二建公司要求地质工程公司支付增加的工人工资以及材料费的主张不予支持。
如前所述，电白二建公司应向地质工程公司支付的工程款为2615211.54元，地质工程公司应向电白二建公司支付质量违约金272227.75元、工期延误违约金29万元、赔偿款506861.99元，即扣减地质工程公司应承担的工程质量违约金、赔偿款、工期延误违约金后，电白二建公司还需向地质工程公司支付1546121.8元工程款。鉴于地质工程公司主张的工程款实际上已扣减了电白二建公司主张的质量违约金、赔偿款等款项，即地质工程公司同意在其应收工程款中扣减质量违约金、赔偿款等款项，原审判决第三项判令地质工程公司支付质量违约金、赔偿款属于重复扣减，故本院对原审判决第三项予以撤销。
综上所述，原审法院认定事实有误，本院依法予以纠正，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百零九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项的规定，判决如下：
一、维持本判决为终审判决。