广东省深圳市福田区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）深福法民二初字第13750号
原告开利空调销售服务（上海）有限公司【原名联合开利（上海）空调有限公司】。
法定代表人ROSSBENJAMINSHUTER。
委托代理人杨明哲，北京天驰洪范（广州）律师事务所律师。
被告深圳市地铁集团有限公司（原名深圳市地铁有限公司）。
法定代表人林茂德。
委托代理人赵蓓，女，汉族，公司员工。
委托代理人贺巧云，女，汉族，公司员工。
第三人铁科院（北京）工程咨询有限公司。
法定代表人侯庆华。
委托代理人刘新兰，女，汉族，公司员工。
上列原告与被告买卖合同纠纷一案，本院2015年9月24日受理后，依法组成合议庭适用普通程序进行审理，于2016年1月12日、3月9日公开开庭进行了审理，原告委托代理人杨明哲，被告委托代理人赵蓓、贺巧云，第三人委托代理人刘新兰到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称，2001年8月13日，针对深圳地铁一期工程组合式空调箱（A包）项目，联合开利（上海）空调有限公司与深圳市地铁有限公司签署《合同协议书》（合同号：DT10-SB07/2001），合同金额为5475477元。同年8月17日，针对深圳地铁一期工程环控系统设备冷水机组（B包）项目，联合开利（上海）空调有限公司与深圳市地铁有限公司再次签署采购合同（合同号：DT10-SB04/2001），合同金额6639800元。在该合同（B包）中，双方对产品名称及型号、数量、单价、付款条件等进行了详细的约定。之后，随着（B包）项目的进展，针对竹子林车辆段，双方于2002年9月签署补充协议一，合同金额3745500元；针对皇岗站，双方于2003年7月签署补充协议二，合同金额834702元；针对罗湖站交通层与口岸联检大楼连接通道，双方于2003年8月签署补充协议三，合同金额7004892元。2004年2月，联合开利（上海）空�有限公司依法更名为原告。之后，针对地铁市民中心物业层，原告与深圳市地铁有限公司于2004年4月签署补充协议，合同金额574700元；针对罗湖交通楼项目，原告与深圳市地铁有限公司于2004年7月签署补充协议四，合同金额2043860元；针对地铁大厦项目，原告与深圳市地铁有限公司于2004年8月签署补充协议五，合同金额5087632元。2009年4月，深圳市地铁有限公司依法更名为现名。
综上，针对深圳地铁一期工程组合式空调箱（A包）项目和环控系统设备冷水机组（B包）项目，原告与深圳市地铁有限公司先后签署合同2份及补充协议共计8份，合同金额合计31406563元。在上述合同及补充协议履行期间，原告依约交付设备，并且提供相关配套�务，之后依约将相关资料提交给第三人（监理方）。第三人审核之后，向被告出具支付申请并附原告提供的资料。被告根据该支付申请及资料不定期支付货款，累计支付金额26004445.85元，但仍有货款5402117.15元尚未支付。（其中A包合同项目和B包合同中的地铁市民中心物业层项目，已全部支付完毕，B包合同及其他补充协议也支付了部分货款）
对于剩余货款，虽然原告已向第三人提交相关资料，但因项目审计等原因，原告一直未能收到被告支付的剩余货款。请求法院判令：1、被告支付货款5402117.15元；2、被告承担本案诉讼费。
被告辩称，1、原告未完成合同规定的各项工作，给原告造成损失，原告在履行B包合同及补充协议时出现违约行为，至今未履行部分合同内容：（1）原告未按补充协议约定提供备品备件、专用工具及实验仪器，涉及金额为111922元；（2）原告未按补充协议约定提供安装督导、现场调试、培训、出厂测试、设备监造、外协厂考察等服务，涉及服务费金额589300元；（3）原告未履行质保义务；（4）原告未按合同约定提交工程技术资料。2、原告未按合同约定进行初步验收及申请付款，违约在先。2007年12月，B包合同最终验收完成，被告向原告签署了最终验收证，但原告一直未请求付款。3、本案原告主张已超过诉讼时效。B包合同及补充协议一于2007年最终验收合格后，原告未向被告提出过付款申请，补充协议二及补充协议五于2004年和2005年相继进入初步验收期后，原告也未提出付款请求，至今已超出诉讼时效。
第三人述称，同意被告的答辩意见。
经审理查明，原告为证明其主张的事实提交了采购合同、企业名称变更核准通知书、最终验收合格证书等证据，被告、第三人对证据真实性无异议。依据上述有效证据，本院采纳原告诉称的其与被告签订合同及合同相关约定，及当事人更名的相关事实。
另查明，涉案的《深圳地铁一期工程环控系统设备冷水机组（B包）采购合同》第4.7条约定，最终验收付款在买方收到有监理工程师签认的卖方支付申请并附支付申请、最终验收证书、发票等单据，经买方批准后30天内，由买方支付给卖方。第7.1条约定合同设备质保期为36个月。
原告提交的最终验收合格证书，载明“冷水机组（B）包采购合同（合同编号BT10-SB04/2001）……于2007年12月30日同意通过最终验收”，还载明初步验收证书的签发期为2005年10月21日。该证书尾部落款处需监理单位、运营管理部门、建设分公司、建设单位四个部门盖章，但只有前三个单位加盖了公章，被告未盖章。
另查明，庭审中，被告承认原告诉称的依据合同计算的未付款金额5402117.15元，但认为还需要扣除备件款111922元、服务费589300元及质保金54万元，被告承认涉案的各项工程已经实际使用。原告同意扣减备件款111922元、服务费589300元，但不同意扣除质保金54万元。
另查明，被告在本案中提交的证据为《深圳地铁一期工程环控系统设备冷水机组（B包）采购合同》及各补充协议。
以上事实有原告提交的多份采购合同及补充协议、合同设备最终验收合格证书等证据，被告提交的采购合同及补充协议，以及庭审笔录加以证明，本院予以确认。
本院认为，本案为买卖合同纠纷。原告与被告签订的《深圳地铁一期工程环控系统设备冷水机组（B包）采购合同》及各补充协议合法有效。由于各合同项下设备均已实际投入使用，且监理单位、运营管理部门、建设分公司均已在最终验收合格证书签章确认，因此应当认为涉案设备已经通过最终验收，被告应当支付相应的货款。
原告在庭审时承认部分合同项目未履行，而应扣减备件款111922元、服务费589300元系对诉讼权利的合法行使，本院予以采纳。
被告辩称原告未履行质保义务，而不应退还质保金54万元，对此本院认为，首先即使从最终验收的2007年12月30日起算，至原告起诉时，已经超过36个月的质保期，原告的该项合同义务已经终结；其次，被告称原告未履行质保义务，但未能举证证明被告曾因质量问题而要求原告进行质保，也没有证据证明因原告不履行质保义务，导致被告另交他人维修或者自行维修而造成的损失情况，故，被告的该项辩称缺乏证据证明，本院不予采纳。
被告辩称的诉讼时效问题。因涉案采购合同约定，最终验收后的付款，原告需提交有监理工程师签认支付申请，经被告批准后30日内予以支付。因此唯有原告申请，且被告批准后，该项付款的诉讼时效方可起算，由于无证据证明原告曾提交该付款申请，因此诉讼时效尚未起算。故，被告的该项辩称，本院不予采纳。
综上所述，原告的诉讼请求部分成立，被告应当向其支付货款4700895.15元（5402117.15元-111922元-589300元）。依照《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款的规定，判决如下：
一、被告深圳市地铁集团有限公司在本判决生效后10日内向原告开利空调销售服务（上海）有限公司支付4700895.15元；
二、驳回原告开利空调销售服务（上海）有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案案件受理费49615元（已由原告预交），由原告负担6440元，被告负担43175元。
如不服本判决，应在领取判决书之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人人数提出副本，上诉于广东省深圳市中级人民法院，并应在收到预交上诉费通知次日起七日内向该法院预交上诉案件受理费。逾期不预交的，按自动撤回上诉处理。
审 判 长 霍 云 波
人民陪审员 张 小 娜
人民陪审员 吕 珍 兰
二〇一六年七月二十八日
本件与原本核对无异
书 记 员 曹婉（代）