广东省东莞市第一人民法院
民 事 判 决 书
（2015）东一法民二初字第367号
原告（反诉被告，以下统称原告）东莞富达染厂有限公司，住所地：东莞市。
法定代表人刘进基。
委托代理人白朝荣，广东赋诚律师事务所律师。
被告（反诉原告，以下统称被告）深圳中兴节能环保股份有限公司，住所地：深圳市南山区。
法定代表人韩俊平。
委托代理人吕文亮，广东厚鼎律师事务所律师。
委托代理人高笑媚。
原告东莞富达染厂有限公司（下称富达染厂）诉被告深圳中兴节能环保股份有限公司（下称中兴公司）以及被告中兴公司反诉原告富达染厂建设工程合同纠纷一案，本院于2015年9月6日受理后，独任于2015年11月10日公开开庭审理。原告的委托代理人白朝荣，被告的委托代理人吕文亮到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称，2011年12月6日，原告与被告中兴公司签署《污水处理及中水回用成套设备购销合同》、《污水处理及中水回用设备及土建合同》、《污水处理及中水回用土建工程合同》。于2012年7月1日签订《污水处理及中水回用工程补充合同书》（补充协议二）、《污水处理及中水回用工程补充合同书》（补充协议三），于2013年5月签订了《污水处理及中水回用工程补充合同书》。根据《合同书补充协议二》第一条约定，中兴公司应当于2012年12月25日前完成所有的设备安装、调试、试运行，并向东莞市环保局递交完成验收工作文件，取得收件回执，并应当于2013年3月10日前完成东莞市环保局验收工作，同时根据第五条规定，如因中兴公司的原因不能向东莞市环保局递交完成验收工作文件，取得收件回执时间要求的，富达染厂按照国家规定向中兴公司收取滞纳金，按每天收取0.7万元人民币，累计收取滞纳金不超过100万人民币。根据富达染厂与中兴公司于2013年5月签订了《污水处理及中水回用工程补充合同书》，中兴公司应当于2013年6月21日完成安装调试工程，2013年6月21日调试合格，2013年8月1日前完成验收工作，并使富达染厂获批原地保留。如不能按以上日期完成，富达染厂有权追索双方原签订合同工程延期赔偿款及工程延期给富达染厂带来污水处理成本上升的损失。虽经富达染厂多次催促，然而中兴公司直到2014年5月才最终完成验收工作，中兴公司的违约行为导致工程延期交付使用十个月（以2013年8月1日起计）。由于中兴公司环保工程迟迟不能交付使用，导致富达染厂一直委托第三方代为处理污水。经估算，总计损失约280万元，结合双方约定延期赔偿款（以100万元计），中兴公司应当赔偿富达公司款项总计人民币约380万元。为维护自身合法权益，特向法院诉请判令：一、被告支付延期赔款（滞纳金）100万元；二、被告赔偿工程延期带来的污水处理成本上升的损失280万元；三、判令被告承担本案诉讼费用。
原告为其诉称向法院提供如下证据：污水处理及中水回用土建工程合同、污水处理及中水回用成套设备购销合同、污水处理及中水回用设备及土建合同、补充合同一、补充合同二、补充合同三、补充合同书、环境保护验收意见的函、缴费单及缴费资料、电子邮件、存款账户回单、律师函、邮寄单、银行回单。
被告辩称，该案涉工程逾期通过环保局验收原因在于原告，因为环保局通过验收的基本条件之一是需要原告编写应急预案，由于原告故意拖延预案处理，所以才导致工程逾期验收。其次，原告于2013年9月已经实际使用案涉工程，其从2013年9月开始使用工程但未增加污水处理成本。
被告反诉称，与原告于2011年陆续签订《污水处理及中水回用成套设备购销合同》等一系列合同，上述合同主要约定被告为原告设计承建环保工程等，其后被告积极推进施工，但由于原告拖欠进度款、雨季及施工环境复杂、施工难度高、原告增加项目等原因造成该工程延期竣工，该工程通过政府部门验收且被告与原告结算完毕后，双方同意工程款分期进行支付，原告同意免收违约金，但原告无故于2015年9月开始停止支付剩余工程款，虽催促多次但原告均拒不支付，尚欠工程款3137727.76元。被告反诉请求如下：原告支付工程款3137727.76元，并以3137727.76万元为基数按同期人民银行贷款利率支付，从2015年9月1日至清偿之日的利息并支付一审本诉、反诉诉讼费。
被告为其反诉向本院提供如下证据：建设项目竣工环境保护验收申请书、建设项目环保设施竣工验收环境影响风险评价报告、环境监测报告、建设项目竣工环境保护验收申请报告、东莞富达染厂有限公司印染废水工程及中水回用设计方案、关于富达污水工程项目结算申请函、往来邮件、办事流程、技术咨询合同。
原告对反诉辩称，案涉工程逾期验收的原因在于被告，原告仅仅提供附随的在文件盖章的义务，其他验收文件都是被告进行的，所以工程逾期验收原因在于被告。关于被告提出工程款的问题：第一，关于被告的反诉部分由于在工程款的统计上及应付款的统计上均存在错误，因而所欠工程款金额上存在错误。第二，所欠工程款为分期付款，本、反诉案因本诉案件纠纷中止付款，但不影响分期付款的约定，被告无权要求提前付款。第三，本案原告中止支付余下工程款，提前告知被告因违约要承担违约责任，但被告拒不理睬，也不对此提供担保。根据双方合同约定，富达染厂具有向中兴公司支付余下工程款项的义务，但鉴于富达染厂向中兴公司主张违约赔偿款已经大于支付的工程款余额，而且富达染厂完成验收工程时即具有违约赔偿义务，因此富达染厂根据合同法第六十七条规定，中止对中兴公司工程余额的支付。因此，原告暂停支付余下工程款并不违反法律的规定，也不存在对此承担违约责任。
经审理查明，原、被告于2011年12月6日签订一份《污水处理及中水回用土建工程合同》。2011年12月18日又分别签订《东莞富达染厂有限公司污水处理及中水回用成套设备购销合同书》和《深圳中兴节能环保股份有限公司承建东莞富达染厂有限公司污水处理及中水回用设备及土建合同书》。2011年12月6日所签合同内含的合同价不含税，2011年12月18日签订的两份合同价款是含税价款。其中《深圳中兴节能环保股份有限公司承建东莞富达染厂有限公司污水处理及中水回用设备及土建合同书》（下称案涉合同）内容是包含了前两份合同的内容，在价款上将前两份合同价款加起来之后计算了一个含税价，即双方实际按照案涉合同内容履行。该合同概述部分表明富达染厂“每天排出约2800m3的印染的废水。按东莞市环保部门的要求，该公司决定兴建一套污水生化处理及回用的设施，甲方（富达染厂）委托乙方（中兴公司）承建甲方污水处理工程”，约定承建范围“1.1乙方向甲方提供《东莞富达染厂有限公司印染废水工程（6000m3／d）及中水回用方案》（以下简称《污水处理方案》）中的全部内容。《东莞富达染厂有限公司印染废水工程（6000m3／d）及中水回用设计方案》作为本合同附件。1.2该污水处理工程日处理量为6000m3，其中采用双进双出方式，分流高盐、高色度染布废水700吨，其余5300m3印染废水经该设施处理，排水水质达到《广东省水污染物排放标准》（db4426-2001）……”关于双方的责任约定：“5.1乙方责任：确保承建工程按上述设计要求达到如下标准：出水水质执行：《广东省水污染物排放标准》（db4426-2001）第二时段一级标准……5.1.2负责工程系统设计、土建设计，提交甲方设计方案说明书、土建工程设计图纸；5.1.3负责标准设备的订购、非标设备设计及生产，设备运至甲方工地；5.1.4负责全部土建工程；水泥、钢筋使用国标产品；5.1.5在规定的工期内完成设备安装、单机试车和整个污水处理站的调试工作，确保按质、按量完工；5.1.6调试中对操作人员进行培训（包括系统管理、操作运行和水质化验监测等方面），提交污水处理操作规程；”“5.2甲方责任：5.2.1按合同规定的期限向乙方支付工程费用；5.2.2及时提供与工程相关的资料（水质水量和地质勘测报告等），供乙方作为设计依据；5.2.3提供工程施工中的水电便利，电费另计；5.2.4为乙方工程技术人员的工作和生活提供便利；5.2.5及时配备操作人员和调试所使用的药剂；5.2.6水电接至电控间；5.2.7甲方如果需要乙方开具工程发票和增值税发票，则甲方按所发生的合同总额8%作为税金支付给乙方。”乙方负责的土建部分所包括的项目如下（详情见合同附件《污水处理方案》）：“6.1.1基础处理工程。6.1.2污水处理池土建设施。6.1.3达标污水深度处理工程土建设施。6.1.4污水处理设备、材料。6.1.5废水深度处理设备、材料。6.1.6中水回用设备。”基础处理工程费用总计1157600元。中水回用项目价格合计1272245元。工程周期为“乙方负责在下列期限内完成工程的各项工作（雨天除外），自合同签字、甲方付给乙方的工程订金之日起开始计算：8.1设计10天；8.2设备定货加工30天；8.3土建施工120天；8.4设备安装60天；8.5总周期280天；调试及微生物驯化、繁殖60天。”案涉工程总造价为1261.4万元。该报价不含税，如需开具发票，另加总开票额8%作为税金。该报价不含道路及绿化费用。付款方式约定“8.3合同签订后，甲方付给乙方合同总额的30%。即rmb叁佰柒拾捌万肆仟贰佰元整（3784200.00元）的预付款，其中1500000元合同签订时支付，余2284200元在3月下旬支付。8.4土建完成后，甲方付给乙方合同总额的20%。即rmb贰佰伍拾贰万贰仟捌佰元整（2522800.00元）的第二期款；8.5污水处理设备运至甲方公司，设备开始安装时，设备安装完毕，调试运行污水出水达到时《广东省污染物排放标准》（db4426-2001）第二时段一级标准。8.6污水中水回用设备调试，经双方确认完毕，交付甲方连续试运行一周后，并报市环保局验收复查通过视为全部合格。8.7甲方从2012年10月开始，按合同余下总额rmb陆佰叁拾万元零柒仟元整（6307000.00元），共分24期，每月10日前付给乙方262790元，直到最后一期支付262830元在二年内结清全部余下合同款。”
2011年12月20日，双方签订《承建东莞富达染厂有限公司污水处理及中水回用工程合同书补充协定》（下称《补充协定》）。约定“一、双方同意如原定上报在前宏利厂区做东莞富达染厂污水处理及中水回用工程，因不可抗力原因需转在现富达染厂厂区建设，原签订合同价款不变，付款方式不变，建设期不变。双方确定在2012年2月25日前确定如不能在前宏利厂区建设，则相应确定在富达染厂区建设。二、双方确定按照甲方（富达染厂）要求开出土建发票及设备增值税发票，按开票金额的8%同时付给乙方（中兴公司）税金。三、乙方可以申请本工程项目的政府奖励基金，如申请划款到位，乙方承诺该款归甲方所有，在收到款后全数扣减甲方工程尾款，即从当月起重新计算扣减该政府奖励基金后的分期付款余下期数的应付分期款。”2012年7月1日，双方签订《承建东莞富达染厂有限公司污水处理及中水回用工程合同书补充协定二》（下称《补充协定二》），约定“经甲乙双方协商同意，补充以下条款：一、经双方本次协商确定的工程进度和完工期如下：乙方于2012年9月25日前完成基础土建工程；2012年12月25日前完成所有合同规定的设备安装、调试、试运行、并向东莞市环保局递交完成验收工作文件、取得收件回执（因暴雨、台风影响延误的工期除外）；2013年3月10日前乙方完成东莞市环保局的所有验收工作。双方应对上述日期共同书面确认。二、所有工程项目（具体指土建工程、污水处理池的尺寸等）的变更，不能改变原合同的设计能力（污水处理工程日处理量为6000m3，采用双进双出方式……中水回用直接运行费用：电力消耗0.64元／吨、化学药剂消耗0.62元／吨，合计不超过1.26元／吨，另外污水处理费不超过1.03元／吨。如果达不到以上指标，乙方应在合理时间无偿更改直至达标。三、因乙方提出工程地点复杂，需变更土建工程部分项目的明细如下：a）为了满足桩基础施工的要求增加基础硬地化石渣……d）因工程场地狭窄和地质基础较差等原因需做钢板桩支护工程262米……乙方完成和达到以上各项时，甲方同意支付乙方115万元人民币额外地下工程费用。具体支付时间如下：7月20日前乙方完成本协议第三项所述增加工程a、b、c、d项目时付30万元；8月15日前乙方将污水设备和650万元增值税发票交付甲方时，支付30万元；其余55万元与原合同余额一起按24期支付。四、原合同第8.7条规定的合同余款支付开始月2012年10月相应变为本补充协定第一条规定的东莞市环保局验收时间后的次月起开始支付。五、该工程有政府时间要求，若不能按期完成，可能给甲方带来不可预估的损失；如因乙方的原因不能按本补充协定第一条规定的向东莞市环保局递交完成验收工作文件、取得文件回执时间要求时，甲方按国家规定向乙方收取滞纳金，按每天收取7000人民币，累计收取滞纳金不超过1000000元人民币。按期完成的，乙方不需支付任何费用……七、以上所有条款均构成甲乙双方的合同责任，双方于2011年12月6日签订的合同及2011年12月20日签订的补充协定与本补充协定不相符的描述以本补充协定为准。”2012年7月1日同时还签订了《承建东莞富达染厂有限公司污水处理及中水回用工程合同书补充协定三》（下称《补充协定三》），约定“双方于2011年12月20日签订的补充协定第二条，现增加以下内容：2012年8月15日前乙方将污水设备和650万元设备增值税发票交付甲方，甲方收到污水设备和650万元增值税发票14日内向乙方支付原合同的第二期款2522800元和税款520000元。乙方在2013年2月28日前向甲方开具设备增值税发票人民币300万元，工程发票311.4万元。甲方支付乙方的所有税款和115万增加工程费用需要打入乙方公司私帐”。2013年5月，双方再次签订《承建东莞富达染厂有限公司污水处理及中水回用工程补充合同书》（下称《补充合同书》），约定“甲方同意提前支付以下工程款，乙方承诺于下述条款规定的时间内完成相应工作。1、乙方承诺于收到甲方的工程款项20万元后，1个月内（2013年6月21日前）完成所有没有完成的土建工程及所有污水处理和中水处理回用设备的安装、调试工程；2、乙方于2013年6月21日前完成进水并对所有设备的调试合格后，甲方向乙方支付20万元；3、乙方承诺于完成以上所有合同规定的相关工程后，1个月内（最晚于2013年8月1日前）完成双方约定的污水及中水回用相关工程在东莞市环保局的验收工作，并使甲方获批原地保留；4、若乙方不能按以上日期完成，甲方有权向乙方追索双方原已签订合同的工程延期赔偿款（原补充合同二第五条规定的条款）及工程延期给甲方带来的污水处理成本上升的损失。”
《东莞富达染厂有限公司印染废水工程（2800m3／d）及中水回用设计方案》显示中水回用总体运行费用2.29元／吨污水，包括污水运行费用合计1.03元／吨污水，中水回用处理费1.26元／吨污水。
2013年11月15日与东莞理工学院签订的《技术咨询合同》显示委托方为富达染厂。工作为“2014年1月底前，完成企业的环境应急预案编制工作；2014年3月底前，通过企事业单位环境应急预案审核评估验收。”
2014年3月11日，东莞市环境监测中心站出具《建设项目环保设施竣工验收环境影响风险评价报告》，“结合建设项目环评审批及有关风险评价文件要求，我站对该建设项目风险防范及应急处理落实情况进行了核查，具体如下：东莞富达染厂有限公司已自行编制‘环境突发事件专项应急预案’，成立应急指挥小组……”。同日，东莞市环境监测中心站出具东环测验字（20140311004）环境监测报告，对建设项目环境保护设施竣工验收监测，其中显示采样日期在2014年1月17日，结果均达标。2014年3月28日，向东莞市环境保护局提交《建设项目竣工环境保护验收申请书》。2014年5月12日，东莞市环境保护局出具东环建（2014）0912号《关于东莞富达染厂有限公司扩建项目竣工环境保护验收意见的函》，“你单位的扩建项目验收申请收悉……本次申报验收的扩建项目于2012年5月通过我局环保审批（东环建（2012）10253号），扩建内容为增加一体化生产用水处理器4台、1套废水处理设施及中水回用处理设施（详见该建设项目环境影响报告表）。扩建完成后生产废水产生量控制在2820m3／d以内，其中1700m3／d经进一步处理后回用于漂洗、洗水工序，余下1120m3／d可排入洪梅镇污水处理中心处理达标后排放……我局认为你单位扩建项目落实了各项环保措施的要求，主要污染物排放符合国家相关环境保护标准，符合项目竣工环境保护验收条件。我局同意你单位扩建项目通过环保验收。”
2014年6月12日，中兴公司通过邮件的方式向富达染厂发送《关于富达污水工程项目结算申请函》，表明尾款结算分期收款第一期自2014年5月，应收金额为200000元，已经通过银行收取。共分24期，最后一期时间是2016年4月。该申请函所涉邮件，在中兴公司发送给富达染厂后，富达染厂的代表表示“本司已向刘经理反映了本司立场，请予考虑后作覆。”在中兴公司催促下，富达染厂回复的是“财务部下周初整理好后会发给你。”
关于案涉工程价款问题，原告主张工程总价有由部分组成，一是合同总价12614000元；二是该合同总价的8%的税款，税款金额为1009120元；三是在《补充协定二》中约定的增加工程价款115万元，共计14773120元。被告主张还有30万元的钢板桩款，因此，工程总价款应为15073120元。对该30万元的争议，2012年10月16日，中兴公司发送电子邮件给富达染厂，说明“补充合同增加115万费用，如何构成，请您阅我方提交的说明。如配电房钢板桩不拔出，将给我司带来近30万元损失。”2013年2月1日，富达染厂发送中兴公司的邮件内容显示“本司在以前电邮已说得很清楚本司愿意借支200万元并非因为30万元的钢板桩，同时若贵司坚持追索此费用，借支200万元亦不用再谈，因为借支并无被任何合同约束，只是本司酌情处理，贵司已于早前电邮回复放弃借支200万元，更改了变为追索30万元的钢板桩，这次贵司借支30万元是作为追索30万元的钢板桩的另类酌情处理……若贵司有道理能说服我，贵司大可拿走此金不用归还，但本司亦想在充裕时间下去证明此追索极不合理，贵司亦在早前电邮回复同意这样处理（为何突然又改谈借支？？）”。2014年7月23日，中兴公司发送邮件，内容中有“另关于钢板桩，您回复同意支付30万元，现蒲总说没有合同，不知怎样处理？”对该邮件，富达染厂回复表示“那30万元不是钢板桩，是当时要我额外支付200万元的利息，否则无法开工。”对此，中兴公司再次邮件表示“事实不是如此，是您们为保护电房基础，硬要将大量钢板桩埋在土里，不让拔走。”富达染厂对此回复表示“大家有电子邮件往来，可以拿出来作证明。”2014年7月23日，中兴公司向富达染厂发送的邮件包括收款明细。富达染厂回复该邮件表示，“经核对，合同价款和付款金额与贵司有如下差异：合同应收款中的“1、钢板桩款300000元，没有相应的依据；2、付款金额中：贵司漏登记20000元，应是2014年4月24日支付给贵司刘总20000元。”
关于案涉款项，富达染厂主张总共支付中兴公司11980392.24元，中兴公司主张收取11935392.2元，与原告主张的差别45000元。富达染厂主张在2013年2月，实际支付了270000元，一是直接转账给被告的90000元；二是汇款到被告账户的112500元；三是原告向东莞市洪梅镇财政局缴纳的配套费135000元。中兴公司2013年1月31日回复富达染厂的邮件中提到“我司同意‘贵司支付工人工资保证金9万元，和村镇基础设施配套费13.5万元，总数22.5万元的一半即11.25万元，将来若工人工资保证金能退还，需退还贵司4.5万元。’”该22.5万元全部由富达染厂支付了。2014年1月24日至2015年8月6日，富达染厂共计向中兴公司支付过工程款2600000元。
2015年8月11日，富达染厂委托广东赋诚律师事务所向中兴公司发出《律师函》，主张滞纳金和因被告延期完工给富达染厂带来的污水处理成本上升的损失。并表明富达染厂具有向中兴公司支付余下工程款项的义务，但是鉴于富达染厂向中兴公司主张的违约赔偿款已经大于支付的工程款余额，因此，根据合同法第六十七条的规定，中止对中兴公司工程款余额的支付。
关于富达染厂支出的污水处理成本损失：富达染厂于2015年9月23日向本院提交《调查取证申请书》，申请法院向东莞市洪梅污水处理中心调查核实富达染厂缴纳2013年8月到2014年5月的污水处理量及处理单价和缴费情况。经本院工作人员在现场取证发现，“东莞市洪梅污水处理中心”办公地点荒废已久，客观上无法调取相关证据。经富达染厂提交的《东莞市洪梅污水处理中心收费通知单》、《收款收据》、《报销单》显示所有的费用均通过银行汇至指定的“东莞市昌华环保技术有限公司洪梅分公司”账户，上缴市环保局企业排污费0.09元／m3。细分至每月为：2013年8月污水处理花费为“污水处理量150272m3＊污水处理费2.8元／m3。”共计420761.60元，企业排污费13524.48元；2013年9月污水处理量共137340m3，污水处理费2.8元／m3，污水处理花费共计384552.00元，企业排污费12360.60元；2013年10月污水处理量207031.66m3，污水处理费3.0元／m3，共计花费621094.98元，企业排污费18632.86元；2013年11月污水处理量207535m3，污水处理费3.0元／m3，共计花费622605.00元，企业排污费18678.15元；2013年12月污水处理量169964m3，污水处理费3.0元／m3，共计花费509892.00元，企业排污费15296.76元；2014年1月污水处理量74796m3，污水处理费3.0元／m3，共计花费224388.00元，企业排污费6731.64元；2014年2月污水处理量54560m3，污水处理费3.0元／m3，共计花费163680.00元，企业排污费4910.40元；2014年3月污水处理量128068m3，污水处理费3.0元／m3，共计花费384204元，企业排污费11526.12元；2014年4月污水处理量107458m3，污水处理费3.0元／m3，共计花费322374.00元，企业排污费9671.22元；2014年5月污水处理量63635m3，污水处理费3.0元／m3，共计花费190905元，企业排污费5727.15元。原告主张的污水处理损失为污水处理费加上上缴市环保局企业排污费0.09元／m3减去案涉工程污水处理的成本1.03元／立方米，得出每吨污水处理多支出的费用再乘以污水处理量，得出2013年8月至2014年5月的污水处理损失共计2541502.88元。庭审中，被告认为自2013年9月份开始试运行，一天能处理2800m3污水，这部分应该扣减。之后几个月的费用都是原告自行超标准排放，不应由被告承担责任，且原告有很多关联企业存在污水处理问题，不能排除这些款项是案外公司的污水处理产生的。
庭审中，中兴公司主张案涉工程未通过环保局验收的原因在于原告没有及时编制应急预案，被告口头催促原告编写应急预案，且原告在2013年9月已经使用案涉工程。原告陈述自己主张的1000000元滞纳金是按照《补充协定二》第五条的约定，自2013年3月10日计算至2013年8月1日，每天7000元，总共主张上限1000000元，并解释为何当初双方约定每天7000元，是根据每天大致污水处理成本就是7000左右而确定的这个金额。同时主张的污水处理成本上升的损失是该1000000元以外的损失，自2013年8月1日之后开始计算的。污水处理成本按照合同约定是1.03元每吨，起诉时的损失金额是预估的，后计算明确为2541502.88元。被告认为原告计算错误，1.03元每吨是作为污水处理部分的成本，污水是需要回用的，所以成本是2.29元每吨，且试运行之后不存在污水处理损失问题。被告确认验收申请资料是其为通过验收而制作。被告主张原告有口头同意免收违约金。对最终结算，被告认为其2014年6月16日通过电子邮件向原告发送结算申请函，并开始分期付款，已经结算了。原告认为双方没有最终结算。被告提交了一份双方没有签名盖章的空白补充合同书作为证据，原告对此不予确认。原告主张合同约定的日处理量为6000m3，被告主张在原告确认的设计报告、验收申请书及环保局出具的验收意见函内容都可知案涉合同履行是按2800m3／d进行的。
以上事实，有原、被告提交的证据及本院庭审笔录附卷为证。
本院认为，原、被告2011年12月18日签订的《东莞富达染厂有限公司污水处理及中水回用设备及土建合同书》（下称案涉合同）内容涵盖了2011年12月6日签订的两份合同。被告具有环保工程施工资质，该合同不违反法律法规，为有效合同。本案的争议焦点为：一、原告诉请的“滞纳金”能否支持；二、污水处理成本上升的损失金额确定及能否支持；三、被告诉请的工程款金额及付款条件是否成就；四、被告主张的利息损失能否支持。
对争议焦点一、原告诉请的“滞纳金”能否支持。双方在案涉合同中约定工程总周期为280天。《补充协定二》约定“一、经双方本次协商确定的工程进度和完工期如下：乙方（中兴公司）于2012年9月25日前完成基础土建工程；2012年12月25日前完成所有合同规定的设备安装、调试、试运行、并向东莞市环保局递交完成验收工作文件、取得收件回执（因暴雨、台风影响延误的工期除外）；2013年3月10日前乙方完成东莞市环保局的所有验收工作。双方应对上述日期共同书面确认。”在这里，双方明确约定了2013年3月10日前被告需要完成整个工程的环保局验收工作。被告辩称的因原告没有及时编制应急预案导致工程延期的说法不成立。若确系原告没有及时编制应急预案导致延误工期，在《补充协定二》约定向环保局递交完成验收工作文件并取得回执的时间是2012年12月25日时，被告就应向原告提出没有该资料无法完成。但被告却与原告签订了该《补充协定二》，并协商确定了完成环保局验收工作的时间为2013年3月10日。对于超过该日期没有通过验收的后果，双方协商约定“五、该工程有政府时间要求，若不能按期完成，可能给甲方（富达染厂）带来不可预估的损失；如因乙方的原因不能按本补充协定第一条规定的向东莞市环保局递交完成验收工作文件、取得文件回执时间要求时，甲方按国家规定向乙方收取滞纳金，按每天收取7000人民币，累计收取滞纳金不超过1000000元人民币。按期完成的，乙方不需支付任何费用”。2013年5月双方再次签订的《补充合同书》约定最晚于2013年8月1日前完成双方约定的污水及中水回用相关工程在东莞市环保局的验收工作，并使富达染厂获批原地保留。并约定“若乙方不能按以上日期完成，甲方有权向乙方追索双方原已签订合同的工程延期赔偿款（原补充合同二第五条规定的条款）及工程延期给甲方带来的污水处理成本上升的损失。”可见，原告主张的滞纳金即后面《补充合同书》中提到的延期赔偿款，是一种延期完工的违约金性质。被告辩称的原告没有及时编制应急预案不能成立，在这两份《补充协定二》和《补充合同书》签订时，土建工程都没有完工，根本谈不上编制应急预案的问题，且双方重复确定了完成验收的时间，若是因为缺少应急预案的原因，被告当时就应提出。按照双方的约定，被告确实存在延期完工的违约行为，需要承担赔偿责任。因为被告没有在《补充合同书》中确定的最晚时间2013年8月1日完成环保局的验收工作，因此按照该合同书规定，应承担原本《补充协定二》约定的每天7000的工程延期赔偿款及工程延期给原告带来的污水处理成本上升的损失。被告主张原告曾口头承诺不追究自己的违约责任，但没有证据证明。原告主张自双方《补充协定二》约定的乙方完成东莞市环保局所有验收工作的最后期限2013年3月10日开始计算违约金，计至《补充合同书》约定的环保局验收工作完成时间2013年8月1日止，在2013年8月1日后与污水处理成本上升损失不重复计算，是其处分自己权利，因原告自8月1日开始计算污水处理成本上升的损失，若其主张不重复计算，该延期赔偿款应计至7月31日止。原告主张该赔偿款每天7000的约定，是基于每天污水处理的费用就是7000左右，因此，本院对该金额不予调整。自2013年3月10日计至2013年7月31日，共计143天，合计1001000元。因协定二约定最高限额为1000000元，因此，对原告主张的延期赔偿款1000000元，本院予以支持。
对争议焦点二、污水处理成本上升的损失金额确定及能否支持。根据双方的约定，被告确实在《补充合同书》约定的最终验收日期2013年8月1日前没有完工及完成环保局验收，应按照该《补充合同书》的约定赔偿因工期延期给原告带来的污水处理成本上升的损失。关于污水处理成本上升的损失金额，《东莞富达染厂有限公司印染废水工程（2800m3／d）及中水回用设计方案》显示中水回用总体运行费用2.29元／吨，包括污水运行费用1.03元／吨，中水回用处理费1.26元／吨。原告主张每吨水超出污水运行费用1.03元／吨之外的费用均为损失。被告主张总体运行费用为2.29元／吨，需超过2.29元／吨之外的费用才是损失。案涉工程包含了污水处理和中水回用两个部分，总的运行成本确实是2.29元／吨，但中水回用也会产生收益。原告向洪梅镇污水处理中心支付的仅是因污水处理产生的费用，并没有涉及到中水回用的问题，应确定超过污水运行费用1.03元／吨以外的均为损失。原告主张损失还应加上每吨水0.09元的上缴市环保局的企业排污费。若案涉工程开始运行，部分污水不用做污水处理，直接进入中水回用，此部分确实不会产生每吨水0.09元的企业排污费。因此，应认定每吨水的损失为污水处理费2.8元／吨（2013年8、9月）或3.0元／吨（2013年9月及以后）加上企业排污费0.09元／吨，再减去污水运行费用1.03元／吨，为2013年8、9月为每吨1.86元，2013年10月至2014年5月为每吨2.06元。
关于损失计算每日污水量的确定，原告主张应按合同约定每日6000m3计算，但在案涉合同中约定将设计方案作为合同附件，设计方案确定的是2800m3／d，后来陆续产生的文件及向环保局提交的验收申请，均显示案涉工程为2800m3／d。至环保局的验收意见函显示案涉工程扩建完成后生产废水产生量控制在2820m3／d以内，其中1700m3／d经进一步处理后回用于漂洗、洗水工序，余下1120m3／d可排入洪梅镇污水处理中心处理达标后排放。可见，验收的案涉工程，仍有1120m3／d的废水需排入洪梅镇污水处理中心处理，其中的1700m3／d进行处理后回用于漂洗、洗水工序。因此，因被告延期完工造成的损失，每天损失需要计算的废水量可确定为1700m3，超过该部分的废水量，哪怕是案涉工程竣工验收之后也不能处理完成，是本来就会产生的，不属于原告的损失部分。
被告主张东莞市环境监测中心站2014年3月11日出具的《环境监测报告》显示采样日期都在2014年1月17日，因此在该时间，案涉工程已经试运行，不应计算污水处理损失费用。但是案涉合同约定的标准就是需符合《广东省水污染物排放标准》第二时段一级标准。正如被告主张的，此时环保局规定的应急预案都未编制。作为环保工程，必须通过环保局的验收后才能正式运行，试运行并不表示原告有权可以自行处理废水。因此，污水处理成本上升的损失应自2013年8月1日开始计算，计至2014年5月12日验收通过。共计285天，其中2013年8月和9月计61天。2013年8月和9月的每吨损失1.86元，每天涉及到损失的废水量为1700m3，即每日损失为3162元，61天为192882元。2013年10月至2014年5月每吨损失为2.06元，乘以废水量1700m3，每日为3502元，共计224天，损失为784448元。因此，案涉工程自2013年8月开始至环保局验收的污水处理成本上升的损失为192882元加上784448元，共计977330元。对原告超出该部分的损失主张，本院不予支持。
对争议焦点三、被告诉请的工程款金额及付款条件是否成就。关于工程款总额，原告主张工程总价由三部分组成，一是合同总价12614000元；二是该合同总价的8%的税款，税款金额为1009120元；三是在《补充协定二》中约定的增加工程价款1150000元，共计14773120元。被告主张还有300000元的钢板桩款，工程总价款应为15073120元。对该300000元的争议，双方在《补充协定二》第三条中明确约定了需做钢板桩支护工程226米，同时约定了富达染厂支付115万元作为增加工程款，该1150000元所涉增加工程就包含了钢板桩支护工程在内。被告在邮件中不认可1150000元增加工程包含了300000元的钢板桩，但在双方往来邮件内容看，原告一直未认可被告主张的该300000元钢板桩费用，原告尤其在2014年6月24日回复被告收款明细邮件时明确提出“合同应收款中的‘钢板桩款’300000元，没有相应的依据”。对于被告电子邮件发送的结算申请函，原告的回复也是财务部整理好后回复，可见，原告对该300000元并不认可。被告的主张没有证据支持，本院认定案涉工程总价款为14773120元。
对于原告已支付的款项，原告主张总共支付被告11980392.24元，被告主张收取11935392.2元，与原告主张的差别45000元。该45000元的差异在工人工资保证金90000元，被告邮件同意各自承担一半，原告直接支付了90000元到被告账户，不仅承担了自己的部分，还额外支付了45000元，被告提交的邮件中显示“若工人工资保证金能退还，需退还贵司4.5万元”。但该部分保证金不属于被告收取，之后退回也不属于被告所有。没有证据显示该45000元已退回，若以后退回，该45000元应按照约定退回原告。且在原告提供的2014年6月24日的电子邮件回函中，经过核对，合同价款和付款金额有差异的地方是两项，包括钢板桩款300000元及付款金额被告漏登记了200000元，原告并没有对明细中2013年2月这个部分的价款225000元及其中的45000元提出过异议，应认定原告已支付的工程款为11935392.24元。因此，原告未付的款项为工程总价款为14773120元减去已支付款项11935392.24元，剩余工程款为2837727.76元。
关于该款项的付款条件是否成就，案涉合同和《补充协定二》均约定余款分24期支付，开始时间为环保局验收时间后的次月起开始支付。环保局验收时间为2014年5月12日，原告2014年5月30日按合同约定支付了200000元，其后每月支付200000元至2015年8月6日，2015年8月27日，原告因案涉纠纷诉至本院。双方的约定仍在继续履行，原告应按约定分期支付工程款，自2015年9月开始继续每月支付200000元，至判决确定的2015年12月，共计4个月，共800000元。后续的剩余款项2037727.76元仍按约定分期支付，自2016年1月开始还剩余4期未付。对被告诉请的一次性付清剩余工程款，本院不予支持。
关于争议焦点四、被告主张的利息损失能否支持。原告在2015年8月6日支付分期工程款200000元后，于2015年8月11日向被告发出《律师函》主张自己的权利，同时在8月27日诉至法院。原告停止支付工程款有预先告知被告原因，案涉纠纷也一直处于审理状态，待法院确定之后再继续履行双方的约定，原告不存在违约行为。因此，对被告主张的自2015年9月1日开始计算的利息损失，本院不予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十三条、第一百一十四条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百四十二条规定，判决如下：
一、被告深圳中兴节能环保股份有限公司应于本判决生效之日起五日内向原告东莞富达染厂有限公司支付延期赔偿款1000000元；
二、被告深圳中兴节能环保股份有限公司应于本判决生效之日起五日内向原告东莞富达染厂有限公司支付工程延期造成的污水处理成本上升的损失977330元；
三、原告东莞富达染厂有限公司应于本判决生效之日起五日内向被告深圳中兴节能环保股份有限公司支付2015年9月至12月的分期工程款800000元，剩余工程款2037727.76元应按约定自2016年1月起分期支付；
四、驳回原告的其他诉讼请求；
五、驳回被告的其他反诉请求。
如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案本诉受理费18600元（已由原告预交），其中9465元由被告深圳中兴节能环保股份有限公司负担，9135元由原告东莞富达染厂有限公司负担；反诉受理费15950.91元（已由被告预交），其中4044元由原告东莞富达染厂有限公司负担，11906.91元由被告深圳中兴节能环保股份有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于东莞市中级人民法院。
代理审判员 贺文洁
二〇一五年十二月五日
书 记 员 何晓华
梁晓明
附相关法律条文：
《中华人民共和合同法》
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百一十三条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。
经营者对消费者提供商品或者服务有欺诈行为的，依照《中华人民共和国消费者权益保护法》的规定承担损害赔偿责任。
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第六十四条当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。
第一百四十二条法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。