江苏省江阴市人民法院
民 事 判 决 书
（2016）苏0281民初982号
原告上海亚泰建设集团有限公司，住所地上海市杨浦区隆昌路588-1号25楼2505-8室，组织机构代码13229316-7。
法定代表人杨顺发，该公司董事长。
委托代理人朱诗华，北京大成（苏州）律师事务所律师。
委托代理人吴林锋，上海君澜律师事务所律师。
被告江阴中凯置业有限公司，住所地江阴市顾山镇香山西路，组织机构代码56910685-4。
法定代表人唐妹芳，该公司董事长。
委托代理人袁伟东，江苏正大发展律师事务所律师。
委托代理人严国军，江苏少平律师事务所律师。
原告上海亚泰建设集团有限公司（以下简称亚泰公司）与被告江阴中凯置业有限公司（以下简称中凯公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2016年1月13日立案受理后，依法组成合议庭公开开庭进行了审理，原告亚泰公司的委托代理人朱诗华和吴林锋、被告中凯公司的委托代理人袁伟东和严国军到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告亚泰公司诉称：2014年4月中凯公司经招标，亚泰公司中标江阴金泽花园一期土建及安装工程项目。2014年4月22日，双方签订建设工程施工合同（GF-2013-0201），约定了亚泰公司的承包范围、签约价为4453.120143元，最终按实结算，付款方式按照月形象进度支付，具体为根据亚泰公司每月完成的工作量申报，监理及中凯公司确认后，次月15日前支付。合同签订后，亚泰公司按约进场施工，目前项目已结构封顶，进入扫尾施工阶段。双方之间形成了金泽花园一期进度款报表，经双方确认，2015年2月18日之前中凯公司应付进度款28058174.13元，2015年3月31日之前中凯公司应付进度款29500560.41元，2015年7月9日之前中凯公司应付进度款3137.975743万元(未确认的另行主张)，实际上中凯公司仅在2015年1月7日之前共支付1680万元，剩余1457.975743万元未付。现诉至法院，请求判令中凯公司支付进度款1457.975743万元、并支付利息（11258174元自2015年2月19日计算至2015年3月31日、12705600元自2015年4月1日计算至2015年7月9日、14579757元自2015年7月10日计算至实际给付之日，均按银行同期贷款利率计算）、诉讼费由中凯公司负担。
被告中凯公司辩称：亚泰公司承包了中凯公司金泽花园一期工程，按照招标文件规定，本工程无预付款，招标范围整体建设垫资至形象进度一层楼顶完成（6号楼形象进度垫至三层楼顶完成），达到上述垫资标准后支付垫资工程量的30%，在上述付款后每月按当月完成工程量的60%支付至竣工验收（按形象进度），工程竣工验收合格后支付垫资工程量的30%，工程竣工验收合格满一年付至审定价的80%，也就是说，根据亚泰公司每月完成的工程量，中凯公司按亚泰公司当月完成工程量的60%支付进度款直至竣工验收，亚泰公司垫资部分剩余70%的工程款中凯公司在竣工验收后再支付垫资工程款的30%，其他剩余垫资工程款及每月完成工程量的40%的剩余款项根据招标文件中第24.1.2条第（4）（5）（6）的约定进行支付。亚泰公司投标函中也明确，同意招标文件中的各项规定。双方在2014年4月22日签署了施工合同（GF-1999-0201）专用条款中也做了同样的付款规定。后亚泰公司完成垫资部分工程建设，经中凯公司委托相关造价公司结算，亚泰公司垫资工程款为12013626.98元。至2015年7月9日，亚泰公司完成工程量对应的工程款为31379757.43元，根据招标文件的约定，该款项扣除亚泰公司垫资工程款12013626.98元后，剩余部分19366130.45元的60%中凯公司应当支付，以上中凯公司应支付的工程款合计为15223760.3元【12013626.98×30%+（31379757.43-12013626.98）×60%】。截止2015年1月7日，中凯已支付1680万元，后来又帮亚泰公司垫付了水电费及其他部分款项，并通过以房抵债的方式向亚泰公司抵偿工程款532647元，以上合计19397247元，已经超过中凯公司根据招标文件约定的工程款。故请求驳回亚泰公司的诉讼请求。
经审理查明：（2013年12月份的招标文件情况）中凯公司为建设坐落于江阴市顾山镇的金泽花园商品房（以下简称涉案工程）需要，于2013年12月份委托常熟市永拓工程咨询有限公司（以下简称永拓公司）编制了招标文件，主要载明内容为：“工程名称为金泽花园一期土建及安装工程。建设规模为四幢小高层，二幢高层，四幢联排别墅及部分商业用房和相关地下室，总建筑面积58761平方米，其中住宅47550平方米，商业及其他配套2463平方米，地下建筑面积8627平方米。范围为土建、水电。付款方式按合同专用条款26.1条（注：笔误，应为24.1条）规定执行。计价依据为《建设工程工程量清单计价规范》、《江苏省建筑与装饰工程计价表》等国家规定。建设工期350日历天。通用条款使用建设部、国家工商行政管理局的（GF-1999-0201）示范文本。合同价款采用定额计价的合同方式。
24工程款（进度款）支付方式载明：24.1.1本工程无预付款，本次招标范围整体建设垫至形象进度一层楼顶完成（6号楼形象进度垫至三层楼顶完成）。24.1.2（1）达到上述垫资标准后支付垫资工程量的30%；（2）在上述付款后每月按当月完成工程量的60%支付直至竣工验收（按形象进度）；（3）工程竣工验收合格后支付垫资工程量的30%；（4）工程竣工验收合格满一年付至审定价的80%；（5）余款在上次付款满一年付清（质保金除外）；（6）工程款支付方式为转账支票或承兑汇票。
质量保修期从工程实际竣工之日算起二年（防水工程质保期按照设计要求年限），分单项竣工验收的工程，按单项工程分别计算质量保修期。工程质量保修金为施工合同价款的5%。”
其后，中凯公司通过内部发包的方式邀请包括亚泰公司在内的多家公司参与投标。
（亚泰公司2014年1月8日投标文件情况）2014年1月8日，亚泰公司向中凯公司发出投标文件，其中投标函载明“今收到招标文件，我方经考察现场和研究招标文件后，愿以9%下浮率，按招标文件要求承包本次招标范围内的全部工程”，投标人对招标文件（含合同条件）的保留意见或无条件同意的声明载明“亚泰公司报价含设计图纸内的全部工程施工内容，以实际造价下浮9%进行承包”。
（协议书情况）2014年3月16日，中凯公司与亚泰公司签订协议书一份，载明主要内容有：“中凯公司于2013年12月编制了涉案工程总承包招标文件，亚泰公司于2014年1月8日向中凯公司报送了投标文件，承诺有意按上述两文件约定条件承建涉案工程，现双方就工程承包事宜协议如下：一、中凯公司对上述工程仍将通过招投标确定施工单位，亚泰公司承诺，如亚泰公司通过招投标方式成功承接上述工程的，亚泰公司同意按前述招标文件及投标文件约定实际履行合同，愿以9%下浮率，按招标文件要求承包全部工程范围，双方明确工程涉及款项的计算标准及结算方式以上述两份文件为准。二、中凯公司2013年12月招标文件与亚泰公司2014年1月8日提交的投标文件如与在政府相关部门备案的合同内容有不一致的，以前述两份文件确定的内容为准。三、双方另对招标文件的相关内容达成如下修正意见……24.1.2.（3）增加内容：取得竣工验收备案表之日起一周内支付满70%……。四、其他双方明确事项。”
（公开招、投标情况）2014年4月11日，中凯公司就涉案工程通过政府相关部门发布招标公告。本次招标文件载明的工程范围为：“项目名称为金泽花园一期土建及安装商品房项目，招标范围为施工图纸范围为所有工程量（土建、安装），建筑总面积25830.46平方米，地上1-9层，地下1层，其中地下室5087.64平方米，最大单体建筑面积6293.2平方米。计划工期360日历天，计划开工日期2014年4月30日，计划竣工日期2015年4月24日。本工程采用计价表计价、报价及编制标底，设计单位编制的施工图是编制报价及标底的依据，标底编制执行2004《江苏省建筑与装饰工程计价表》等……材料价格按江阴市2014年2月建设工程材料市场信息指导，无指导价的按市场询价计入标底。第三章合同条款及格式17.1.2工程量计算规则执行《江苏省建筑与装饰工程计价表》（2004）、《江苏省安装工程计价表》（2004）或其适用的修订版本。17.2预付款额度为合同价款的10%，预付款支付时间为合同签订后7日内。17.3工程进度付款17.3.3（2）发包人未按合同专用条款第17.2.1（2）目、通用条款第17.3.3（2）目、第17.5.2（2）目和第17.6.2（2）目约定的期限支付承包人依合同约定应得的款项，应当从应付之日起向承包人支付逾期付款违约金。17.3.3（4）进度付款涉及政府性资金的支付方法：按月形象进度，每月5日前承包人按上月工程量完成月报表，经监理、业主审核后，支付工程审定金额的30%，累计付款（含预付款）至合同价的40%，经业主确认的变更调整，增加工程部分按工程进度款同比例支付……工程竣工验收合格后，累计付款（含预付款）至合同价款的60%，结算审核结束后，付至工程结算审核价的80%……。”本次招标文件由永拓公司制作，本次招标的工程范围包含在2013年12月份永拓公司编制的招标文件的工程范围之内。
在2014年4月3日针对本次招标的江阴市公共资源交易服务中心建设工程招标文件审查意见书上载明“项目规模包括1、2、6、7、9-13及地下室的土建、安装工程，建筑总面积25830.46平方米，地上1-9层，地下1层，其中地下室面积5087.64平方米，最大单体建筑面积6293.2平方米。造价约4686万元。”
2014年4月15日，亚泰公司再次向中凯公司提交投标文件，投标总价为44531201.43元，工期为360日历天，投标函附录载明相关分包、逾期竣工违约金、质量标准、价格调整的差额计算、预付款额度等内容按招标文件执行。2014年4月15日，江阴一建建设有限公司也就涉案工程进行了投标。2014年4月17日，江阴市民用建筑安装工程有限公司就涉案工程进行了投标。
2014年4月21日，中凯公司向亚泰公司发出中标通知书。
以上亚泰公司、江阴一建建设有限公司、江阴市民用建筑安装工程有限公司投标情况及亚泰公司中标情况均在江阴市公共资源交易服务中心进行了备案。
（备案合同情况）2014年4月22日，亚泰公司与中凯公司签订建设工程施工合同，并进行了备案（以下简称备案合同），合同载明：“工程内容为设计图纸范围内土建、水电安装和经中凯公司签字认可的变更联系单、设计变更、图纸会审纪要等内容。计划开工日期为2014年4月28日，计划竣工日期为2015年4月23日，工期总日历天数360天。签约价格44531201.43元，按实结算。通用条款按照（GF-2013-0201）通用合同条款执行。监理单位为南京苏邦建设工程咨询有限公司。价格调整采用造价信息进行价格调整。合同价格形式为根据江苏省造价处的最新有关文件，按实结算，按实调整。工程量计算规则为按实际结算。
12.4工程进度款支付本工程无预付款，付款周期按照双方约定；根据每月完成工作量申报监理公司；进度付款申请单的提交，根据完成工作量进行计价申报；发包人支付进度款的期限为次月15号前。
工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。
工程质量保修书工程缺陷责任期为24个月，从工程实际竣工之日起计算；单位工程先于全部工程进行验收，单位工程缺陷责任期自单位工程验收合格之日起算。缺陷责任期终止后，中凯公司应退还剩余质量保证金。”
（99合同情况）签订上述备案合同之后的当天，中凯公司与亚泰公司签订一份建设工程施工合同（以下简称99合同），载明：“工程内容为经江阴市建设局批准取得建筑工程施工许可证的建设规模一期工程，工程内容为1、2、6三幢小高层，10-13四幢联排低层住宅及7、9商业用房和14号地下车库的土建、水电及安装工程。承包范围为1、2、6三幢小高层，10-13四幢联排低层住宅及7、9商业用房和14号地下车库的土建、水电及安装工程；总建筑面积25830.46平方米，其中小高层住宅15423.36平方米，商业及配套1094.4平方米，联排低层住宅4225.06平方米，地下建筑面积5087.64平方米。开工日期为2014年5月1日（以中凯公司办理的施工许可证时间为准），竣工日期为2015年4月25日，工期总日历天数为350天。合同价款为44531201.43元。
通用条款为建设部、国家工商行政管理局的（GF-1999-0201）示范文本。
23.2（2）采用定额计价的合同方式。1、执行《建设工程工程量清单计价规范》建设部（GB50500-2008）等相关标准。2、人工、机械、材料按招标文件执行。3、工程量以设计施工图纸和经中凯公司签字认可的经济签证单、设计变更、图纸会审纪要等内容为依据按实结算，由审计单位审核后列入竣工决算总价中。4、审定总价优惠让利9%后作为项目工程的最终结算价。
26工程款（进度款）支付1、项目工程至形象进度一层（6号楼形象进度至三层）施工完成后付完成垫资工程量的30%的工程款。2、上述付款后每月付款按完成工程量的60%进行支付。3、项目工程竣工验收合格后，支付第1条垫资工程量的30%，如2015年春节（2月19日）前来不及竣工验收，则中凯公司支付垫资部分工程款200万元（支付农民工工资）。4、项目取得竣工验收备案表之日起一周内支付满70%的工程款（亚泰公司提供竣工验收备案表及所必需提供的相关资料给中凯公司）。5、工程竣工验收后，亚泰公司提交完整的工程结算资料，由中凯公司委托具有审计资质的部门进行审计，审计总价优惠9%后作为亚泰公司的最终结算价（结算书送审后四个月内必须审计结束，逾期则以亚泰公司的送审价格作为结算价）。6、项目工程余款30%自项目取得竣工验收备案表后，在两年内分4次付清：第一年每满6个月付5%，第二年每满6个月付10%（质保金按合同价的5%在最后一次付款中扣留）。
47补充条款2、2014年3月16日的协议书作为本合同的补充部分，建设局备案合同不作为本工程的有效合同，备案合同作为办理施工手续文件，工程结算有疑问以本合同及协议书为准，没有疑问的按招标文件、投标文件为准。5、一期决算中砼工程量造价按6%下浮。6、违约责任按招标文件第十条违约、索赔和争议执行。
工程质量保修书工程缺陷责任期为24个月，从工程实际竣工之日起计算。单位工程先于全部工程进行验收，单位工程缺陷责任期自单位工程验收合格之日起算。缺陷责任期终止后，中凯公司应退还剩余质量保证金。”
（施工过程中的情况）亚泰公司于2014年5月份开工。
2014年9月26日，亚泰公司向中凯公司发出联系函一份，载明内容有：“中凯公司，现情况如下：1、工程施工至今，工程施工合同没有签订，合同条款早就发给业主，希望业主在收到联系函后三天内将合同签订。2、根据招标文件付款部分条款，至7月底凌秋生班组完成10-13号房一层完成工程量628.87万元×30%=188.661万元，8月底10-13号房完成243.22万元×60%=145.93万元。6号房三层结构完成205.04万元×30%=61.51万元。凌秋生班组合计应付396万元（8月份水电不含在内，9号房基础不含在内）。周万龙班组7月份完成1、2、7、14号房工程量714万元×30%=214.4万元，8月底完成326万元×60%=197.2万元。周万龙班组合计应付411.6万元。合计至8月底应付396万元+411万元=807万元。（该付款申请早就送现场工程部）3、……中凯公司已经逾期2月没有支付工程款，考虑到实际财务成本，亚泰公司建议，重新商议合同结算下浮率，中凯公司在9月底将应付工程款及时支付到位。”
2015年4月30日，亚泰公司向中凯公司发出告知函一份，载明内容有：“中凯公司，……以及工程款到位不及时，导致亚泰公司无法按合同工期完成建设任务，例如：二、资金到位不及时，亚泰公司根据合同施工节点第一笔资金到位应在2014年7月，而实际到位在2014年10月，延期三个月，以后再也没有按合同规定按每月完成工作量约60%支付工程款，导致我公司无法按计划施工。”
2015年7月9日，亚泰公司与中凯公司签订解除工程施工合同协议一份，载明“双方在2014年4月22日签订的施工合同符合法律规定的合同文件，于2014年5月16日取得建设工程施工许可证……。由于种种原因，造成原合同中的9号商业用房至今还未施工。现双方就解除上述9号商业用房施工等相关事宜，经协商一致，达成以下协议：一、双方均自愿解除原合同中9号商业用房的土建施工，施工面积为762.94平方米。二、亚泰公司配合中凯公司办理施工许可证等变更手续。……”
2015年7月9日之后，中凯公司委托永拓公司制作金泽花园一期进度款报表一份，其上有中凯公司项目部盖章、永拓公司盖章，载明：
序号
截止时间
累计进度款（元）
本月进度款（元）
备注
开工（2014.月）-截至2014年春节前累计工程量（注，为笔误，应当为2015年春节前即2015年2月18日前）
28058174.13
28058174.13
开工（2014.月）-截至2015.3.31累计工程量
29500560.41
1442386.28
开工（2014.月）-截至2015.7.9累计工程量
31379757.43
1879197.02
凌秋生班组：
土建：12278058.59水电：727510.34
周万龙班组：
土建：17378164.43水电：996024.07
永拓公司提供情况说明一份，主要内容为：“亚泰公司施工的涉案工程，由亚泰公司申报当月工程量，报送监理及中凯公司后，交由永拓公司进行工程量的审核。永拓公司在审核后制作审核确定的实际工程量的报表给中凯公司。该报表中对工程量的表述采用了两种文字表示，一是工程量，二是进度款，其概念是一致的，均指由永拓公司审定的亚泰公司本月已实际完成工程量及累计至本月已完成的实际工程量，并非要求中凯公司实际支付的进度款。亚泰公司提供的截止至2015年7月9日的｀金泽花园一期进度款报表＇即属此列。”
2015年8月25日，中凯公司、亚泰公司等相关各方召开会议，亚泰公司的委托代理人凌秋生参加，会议纪要载明：“一、5月底亚泰工程量审计结果为3108万元，7月9日审计结果为3137万元。二、7月9日至今未产生新的工程量。三、就目前土建收尾工作，商议如下：1、周万龙提出施工队需要人员30人左右，材料到场，30-40天完成收尾工作，需要60万元；……。四、最终决议：1、周万龙施工队至工程收尾支付60万元，凌秋生施工队支付45万元。4、（1）工程量确认：由中凯公司张金华签字后经监理审核，中凯公司领导最终确认后支付；（2）支付方式：人工费用直接支付给班组长，由班组长签字后提交周万龙/凌秋生签字，最后亚泰霍卫康签字，承认该工程款的支付，并在未开具发票前亚泰公司需提供财务收款收据。（4）支付进度：第一期每队支付10万元，之后每期支付核实工程量的60%，至第三期亚泰公司必须提供预估工程量的发票后支付。5、水电工程：钱惠兴24万，张健36万，进场后每人预先支付3万元，之后付款按实际工程款支付。”关于该会议纪要载明的工程，截至2016年4月1日，仍有部分工程没有完成。
2016年3月5日，亚泰公司向中凯公司发出工程联系单一份，载明：“亚泰公司所承建的金泽花园一期，从2015年9月1日起所完成的工程量的工程款未能按时支付。现亚泰公司承诺：中凯公司把2015年9月1日以后的工程款付清后25日内达到分户验收要求（中凯公司外包的除外）。……凌秋生班组：地下室坡道要做在工程交工时按实际工程量60%付款。”
截至目前，亚泰公司施工尚未结束，也没有申请竣工验收，工程也没有交付给中凯公司。
（款项支付情况）中凯公司称，99合同载明的亚泰公司垫资部分工程量对应的工程款为12013626.98元，亚泰公司予以认可。
从2014年7月13日开始，中凯公司陆续向亚泰公司支付工程款，截止2015年1月7日，中凯支付1680万元。
2015年7月份至2015年12月26日，中凯公司陆续又向亚泰公司支付工程款194.17万元。
2016年1月9日，中凯公司通过以房抵债方式向亚泰公司抵偿工程款532647元，在该日支付申请书上，亚泰公司明确了“申请支付金额为532647元……因工程资金周转，向吴小寿借款50万元（用于缴纳保证金），现资金短缺，请求中凯公司在后期工程款支付中抵扣，同意也可以房屋直接抵扣，敬请批准”的内容。
本案审理中，亚泰公司申请先予执行。2016年2月3日，案外人代中凯公司支付250万元。
截至目前，就所有工程款，中凯公司共收到625万元发票，2015年8月25日会议纪要载明的发票亚泰公司没有开具。
对于以上1680万元和先予执行的250万元，亚泰公司称，系支付的本案起诉的进度款31379757.43中的部分，其他2015年7月份之后支付的款项和以房抵债款项，系支付的亚泰公司在2015年7月9日之后施工部分的工程款。
庭审中：1、亚泰公司称，2013年12月份中凯公司的招标和2014年1月份亚泰公司的投标并非法定的招投标，只是中凯公司内部招标预审的一个程序，本次招投标文件对双方没有约束力，且本次招投标范围与2014年4月份通过相关政府部门的招投标的范围也不一致，2014年4月份的招投标中凯公司并未直接确定亚泰公司作为中标单位。中凯公司称，2014年4月份通过政府相关部门的招标，实际上只是走个形式，已经内定让亚泰公司施工。
2、亚泰公司称，双方实际履行过程中以99合同为准，但是关于付款方式，在进度款报表中已经进行了变更，明确中凯公司应根据进度款报表载明的时间点支付报表上载明的进度款。中凯公司称，双方实际履行的是99合同，并按99合同的约定支付进度款。
3、关于金泽花园一期进度款报表上载明的内容，亚泰公司称，第二列载明的“截止时间”为截至该时间点累计的工程量；三次核对的日期及第三列载明的“累计进度款”款项，均为双方确认一致的该日期要支付的进度款；第四列“本月进度款”中的数额系亚泰公司报给中凯公司之后，双方协商一致中凯公司应付款的数额，亚泰公司上报的工程量远远大于进度款。
中凯公司称，三次核对的日期及第三列“累计进度款”是指截至该日期亚泰公司已经实际完成的工程量对应的工程款；第四列“本月进度款”是指上述截至时间月份亚泰公司已经实际完成的工程量对应的工程款。
4、关于2016年3月5日亚泰公司向中凯公司发出的工程联系单中载明的“亚泰公司所承建的金泽花园一期，从2015年9月1日起所完成的工程量的工程款未能按时支付。现亚泰公司承诺：中凯公司把2015年9月1日以后的工程款付清后25日内达到分户验收要求（中凯公司外包的除外）”的含义，亚泰公司称，2015年9月1日后施工的工程中凯公司没有按约支付工程款，2015年9月1日前施工的工程中凯公司也没有按约付款，但2015年9月1日之前的进度款数额是确定的，2015年9月1日后的工程款数额当时中凯公司尚未确定。
法庭询问亚泰公司，既然2015年9月1日前的进度款数额已经确定且中凯公司未能按约支付，2015年9月1日后的工程款数额中凯公司尚未确定，亚泰公司为何在2016年3月5日不主张已经确定的、中凯公司未能按约支付的2015年9月1日前的工程款，而主张尚未确定的2015年9月1日后的工程款？
亚泰公司称，2015年9月1日前的工程款，中凯公司已经支付了一部分，解决了部分民工子女上学的问题，所以对2015年9月1日前的进度款，双方搁置了，亚泰公司希望中凯公司能及时确认并支付2015年9月1日后产生的相关进度款。
5、2016年3月31日，本院向双方释明，如果备案合同、99合同均无效，对于双方之间存在的施工关系，是继续还是终止。亚泰公司称，在3日内提交书面意见，如果未提交则视为继续施工关系，如果亚泰公司明确终止施工关系，则同时明确是否变更诉讼请求，如果不明确，则视为不变更诉讼请求。中凯公司称，在3日内提交书面意见，如果未提交则视为继续施工关系。其后，双方均未在规定的时间内提交意见。
以上事实和情况，有招标文件、投标文件、2014年3月16日协议书、备案合同、99合同、亚泰公司向中凯公司发出的联系函和告知函、解除工程施工合同协议、2015年7月9日进度款报表、情况说明、会议纪要及当事人的陈述等在卷佐证。
本案的争议焦点为：1、2014年3月16日协议书、备案合同的效力；2、本案进度款支付期限和数额；3、中凯公司是否足额支付进度款及未按期支付情况下利息的起算时间。
一、关于2014年3月16日协议书、备案合同的效力。
首先，尽管2014年3月16日的协议书中载明了“一、中凯公司对上述工程仍将通过招投标确定施工单位，亚泰公司承诺，如亚泰公司通过招投标方式成功承接上述工程的，亚泰公司同意按前述招标文件及投标文件约定实际履行合同，愿以9%下浮率，按招标文件要求承包全部工程范围，双方明确工程涉及款项的计算标准及结算方式以上述两份文件为准”的内容，并且中凯公司在2014年4月11日进行招标、亚泰公司进行投标、双方签订了备案合同，但是，在99合同第47补充条款载明了“2、2014年3月16日的协议书作为本合同的补充部分，建设局备案合同不作为本工程的有效合同，备案合同作为办理施工手续文件，工程结算有疑问以本合同及协议书为准，没有疑问的按招标文件、投标文件为准”的内容，根据99合同的上述内容，可以看出，双方对于签订备案合同、备案合同的签订目的是为了办理施工手续文件是清楚知悉的；同时，结合亚泰公司在2014年1月8日就向中凯公司递交了投标文件、99合同约定的施工范围也包含在该次投标文件施工范围之内、2014年3月16日协议书与99合同均约定了审定总价让利9%的内容等事实，也就是说，双方在2014年4月11日之前，对于中凯公司2014年4月11日的招标行为、亚泰公司中标、签订备案合同均是预见的，也即中凯公司在2014年4月11日招标之前，就已经确定亚泰公司为涉案工程的承包人。
其次，涉案工程虽然经过了招投标程序，但中凯公司在2014年4月11日发布招标公告之前，就已经实际上确定亚泰公司为涉案工程的承包人，2014年3月16日双方还签订了协议书，协议书中还约定“亚泰公司……愿以9%下浮率承接工程，另对招标文件的相关内容达成如下修正意见”，然后中凯公司才进行公开招标，根据《中华人民共和国招标投标法》第四十三条关于“在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判”的规定，本案2014年3月16日协议书无效；同时，中凯公司在招标之前就确定亚泰公司为实际施工人并签订2014年3月16日协议书，实际上是“招标人违反规定，与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判的”的最直接表现，自然会影响到中标结果，故依据《招标投标法》第五十五条的规定，本案中标无效，中标无效的，备案合同自然无效。
二、关于本案进度款支付期限和数额。
本院认为，《建设工程司法解释》第二十一条适用的前提是备案的中标合同为有效合同，如备案合同无效，则不能适用该条的规定，不能以备案合同作为工程价款的结算依据。本案中，因2014年3月16日协议书、备案合同均无效，故涉案双方的权利义务应以符合双方当事人的真实意思并在施工中实际履行的施工合同予以确定，本案进度款支付期限和数额也应以双方真实意思来确定。
关于2015年7月9日进度款报表中“累计进度款”、“本月进度款”如何理解。亚泰公司认为是进度款，中凯公司应当在报表载明的时间点支付；中凯公司称为对应时段完成工程的总工程款，应当根据99合同约定的方式支付。本院认为，2015年7月9日进度款报表上载明的“累计进度款”、“本月进度款”应当理解为“累计进度款的支付基数”、“本月进度款的支付基数”，对应的数额，应当理解为“对应时间段内中凯公司审核认定的亚泰公司完成的所有工程量对应的工程款”，且应当根据99合同约定的方式进行支付，理由为：
第一，该报表第三行载明了截止时间为“开工（2014.月）-截至2015.7.9”，并注明了“累计工程量”字样，累计进度款一览对应的数额为31379757.43，同时，根据2015年8月25日会议纪要载明的“5月底亚泰工程量审计结果为3108万元，7月9日审计结果为3137万元。二、7月9日至今未产生新的工程量”的内容，故该31379757.43应当为自开工至2015年7月9日中凯公司审核认定的亚泰公司完成的所有工程量对应的工程款；同理，第一行、第二行也载明了截止时间并注明了“累计工程量”字样，因此，该行载明的累计进度款也是对应时间段中凯公司审核认定的亚泰公司完成的所有工程量对应的工程款。
第二，亚泰公司称中凯公司应当在报表载明的时间点支付对应数额的款项，该陈述与以下情形相悖：
1、一般情形下，建设工程项目付款进度和方式为实际竣工之前按一定比例支付、竣工之后一段时间内再按一定比例支付、质保金在质保期满后予以支付，本案99合同也约定“质保金按合同价的5%在最后一次付款中扣留……缺陷责任期终止后，中凯公司应退还剩余质量保证金”的内容，结合上述第一点的分析，故如果按照亚泰公司的陈述，那么亚泰公司完成的工程经中凯公司认定的工程款中凯公司要全额支付，则与一般情形下建设工程项目的付款方式不相符，同时与合同约定的质保金支付方式也不相符。
2、2015年8月25日会议纪要载明了“（4）支付进度：第一期每队支付10万元，之后每期支付核实工程量的60%……”的内容，该会议纪要形成于进度款报表之后，会议纪要约定的“之后每期支付核实工程量的60%”的内容与99合同约定的支付进度“2、上述付款后每月付款按完成工程量的60%进行支付”相一致，故从上述内容可以看出，双方并未对99合同约定的付款方式进行变更。
3、2016年3月5日亚泰公司向中凯公司发出工程联系单中载明了“凌秋生班组：地下室坡道要做在工程交工时按实际工程量60%付款”的内容，与99合同约定的“2、上述付款后每月付款按完成工程量的60%进行支付”内容相一致，可见在2016年3月5日，亚泰公司仍认可双方按照99合同约定的方式支付进度款。
4、2016年3月5日亚泰公司向中凯公司发出工程联系单中载明了“亚泰公司所承建的金泽花园一期，从2015年9月1日起所完成的工程量的工程款未能按时支付。现亚泰公司承诺：中凯公司把2015年9月1日以后的工程款付清后25日内达到分户验收要求（中凯公司外包的除外）”的内容，同时亚泰公司称“2015年9月1日之前的进度款数额是确定的，但中凯公司未能按约支付；2015年9月1日后的工程款数额尚未确定，且中凯公司也未按约支付”，但亚泰公司对“为何在2016年3月5日不主张已经确定的、中凯公司未能按约支付的2015年9月1日前的工程款，而主张尚未确定的2015年9月1日后的工程款”的解释明显不合常理。
5、永拓公司出具的承诺也称“均指由永拓公司审定的亚泰公司本月已实际完成工程量及累计至本月已完成的实际工程量，并非要求中凯公司实际支付的进度款”，结合上述第一点的分析，故仅凭“进度”两个字，不足以说明付款方式的变更。
鉴于亚泰公司以2015年7月9日进度款报表作为依据起诉中凯公司，结合以上分析及双方确认99合同载明的亚泰公司垫资部分工程量对应的工程款为12013626.98元，故本案进度款支付期限和数额为：1、项目工程至形象进度一层（6号楼形象进度至三层）施工完成后付完成垫资工程量的30%的工程款即3604088.09元（12013626.98×30%）；2、上述付款后每月付款按完成工程量的60%进行支付，也即截至2015年7月9日完成的工程量，在2015年7月31日之前支付15223766.36元【12013626.98×30%+（31379757.43-12013626.98）×60%】；3、3、项目工程竣工验收合格后，支付第1条垫资工程量的30%即3604088.09元（12013626.98×30%），如2015年春节（2月19日）前来不及竣工验收，则中凯公司支付垫资部分工程款200万元（支付农民工工资）；4、项目取得竣工验收备案表之日起一周内支付满70%的工程款（亚泰公司提供竣工验收备案表及所必需提供的相关资料给中凯公司）；5、工程竣工验收后，亚泰公司提交完整的工程结算资料，由中凯公司委托具有审计资质的部门进行审计，审计总价优惠9%后作为亚泰公司的最终结算价（结算书送审后四个月内必须审计结束，逾期则以亚泰公司的送审价格作为结算价）。6、项目工程余款30%自项目取得竣工验收备案表后，在两年内分4次付清：第一年每满6个月付5%，第二年每满6个月付10%（质保金按合同价的5%在最后一次付款中扣留）。
三、关于中凯公司是否足额支付进度款及未按期支付情况下利息的起算时间。
根据99合同约定的付款方式，结合本案亚泰公司诉讼请求，截止到2015年7月9日完成的工程量，中凯公司在2015年7月31日之前应当支付15223766.36元【12013626.98×30%+（31379757.43-12013626.98）×60%】。中凯公司在2015年1月7日之前已经支付1680万元，此后又支付了194.17万元、以房抵债532647元、先予执行250万元，合计2177.4347万元，中凯公司支付的数额已经超过99合同约定的数额，因此，本院对亚泰公司的诉讼请求，不予支持。
据此，依照《中华人民共和国招标投标法》第四十三条、第五十五条，最高人民法院《关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条之规定，判决如下：
驳回原告上海亚泰建设集团有限公司的全部诉讼请求。
案件受理费120080元、财产保全费5000元，合计125080元（原告上海亚泰建设集团有限公司已预交），由上海亚泰建设集团有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提交副本，上诉于江苏省无锡市中级人民法院。同时根据国务院《诉讼费用交纳办法》的有关规定，向江苏省无锡市中级人民法院预交上诉案件受理费。江苏省无锡市中级人民法院开户银行：中国工商银行无锡城中支行，账号：11×××05。
审 判 员 潘亚伟
人民陪审员 李 锦
人民陪审员 俞小萍
二〇一六年五月二十五日
书 记 员 沈 艺
本案援引法律条款
《中华人民共和国招标投标法》：
第四十三条在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。
第五十五条依法必须进行招标的项目，招标人违反本法规定，与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判的，给予警告，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
前款所列行为影响中标结果的，中标无效。
最高人民法院《关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》：
第九十条当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。
在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。