广西壮族自治区高级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）桂民终155号
上诉人（一审被告、反诉原告）中国葛洲坝集团股份有限公司。
法定代表人聂凯，董事长。
委托代理人廖秀行，广西桂盟律师事务所律师。
被上诉人（一审原告、反诉被告）田林县那新水利发电有限公司。
法定代表人莫菲城，董事长。
委托代理人黄雄鹰，广西创想律师事务所律师。
委托代理人石中正，广西创想律师事务所律师。
上诉人中国葛洲坝集团股份有限公司（以下简称葛洲坝公司）因与被上诉人田林县那新水利发电有限公司（以下简称那新水利公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服广西壮族自治区百色市中级人民法院（2013）百中民二初字第2号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年3月30日受理后，依法组成由审判员孙宝林、审判员李莉和代理审判员潘庆林参加的合议庭，于2016年5月11日公开开庭审理了本案。书记员林晓华担任记录。上诉人葛洲坝公司的委托代理人廖秀行，被上诉人那新水利公司的委托代理人黄雄鹰、石中正到庭参加诉讼。本案二审期间依法延长审理期限，现已审理终结。
一审法院经审理查明：2008年12月30日，被告葛洲坝公司经投标中标与原告那新水利公司签订《广西田林县那新水电站主体工程土建工程施工承包合同》，以126982453元总价承包方式承包原告所属的广西田林县那新水电站主体工程土建工程。合同签订后，被告葛洲坝公司向原告那新水利公司交纳了6000000元工程履约保证金，并于2009年3月28日开始施工。被告进场施工后，未能按照其申报的施工组织计划进行施工，造成工期严重滞后，及存在工程质量等问题。2011年12月6日，原告根据双方协商意见，向被告发出《关于解除〈广西田林县那新水电站主体工程土建工程施工承包合同〉的函》，解除了《广西田林县那新水电站主体工程土建工程施工承包合同》。截至2012年7月25日，原告葛洲坝公司共向被告那新水利公司支付工程款、工程预付款及代缴电费款合计93451719.22元（包括2012年1月12日支付的春节期间现场看护人员工资156000元）。合同解除后，原告那新水利公司以其已超付工程款及被告违约应支付违约金等为由提起诉讼，请求判令：1、被告葛洲坝公司返还原告那新水利公司已超付的工程款30429290.58元（具体金额以鉴定机构鉴定结论为准）；2、被告葛洲坝公司支付逾期完工违约金2640000元；3、判令被告葛洲坝公司另行支付违约金9501121.43元（其中6350000元已以履约保证金方式支付）。
葛洲坝公司以那新水利公司未付足工程款及违约应支付违约金和赔偿损失为由提起反诉，请求判令：1、那新水利公司支付给葛洲坝公司工程欠款13335839元及逾期付款违约金（从2012年1月1日起计算至判决付款日止，截至2012年8月31日逾期付款违约金为585069.17元）；2、那新水利公司赔偿葛洲坝公司停工、窝工损失16221788元，其他损失100295元；3、那新水利公司赔偿葛洲坝公司因解除合同而造成的损失688079元；4、那新水利公司返还葛洲坝公司履约保证金6000000元。以上1至4项合计36931070.17元。
一审诉讼期间，原告那新水利公司申请对有争议的部分工程进行造价鉴定，被告葛洲坝公司表示同意。双方当事人无争议未申请造价鉴定的部分工程造价为28267365.35元。一审法院根据当事人的申请，依法委托祥浩工程造价咨询有限责任公司进行工程造价鉴定。该公司于2015年1月19日作出祥浩造字（2015）第25号《那新水电站工程造价鉴定报告书》。因原告与被告对该报告意见均提出异议，认为鉴定内容不全而要求重新鉴定。该院根据原告与被告的要求，要求祥浩工程造价咨询有限责任公司重新进行鉴定。2015年12月11日，祥浩工程造价咨询有限责任公司作出祥浩造字（2015）第413号《那新水电站工程建设工程造价司法鉴定意见书》，鉴定结论为：依据鉴定委托书，仅对原告、被告申请鉴定的项目作如下结论，无争议部分鉴定金额为18183471.43元；有争议部分鉴定金额为33204146.90元；无争议部分为按合同约定确认完成的工程造价，有争议部分为资料不完善或有质量瑕疵的工程费用，具体数额详见《建设工程造价司法鉴定汇总表》、《那新水电站需要核定工程量的项目明细表》、《那新水电站需要核定单价的项目明细表》。
一审法院归纳争议焦点为：本诉部分，1、被告葛洲坝公司完成的工程造价数额是多少？被告葛洲坝公司是否存在超领工程款的问题？2、被告葛洲坝公司是否存在违约行为，应否支付违约金及数额应为多少？反诉部分，1、原告那新水利公司是否欠付被告葛洲坝公司工程款？数额应为多少？2、原告那新水利公司是否存在违约行为？被告葛洲坝公司反诉请求的违约金、其他损失等有无事实和法律依据？3、原告应否返还给被告履约保证金6000000元？
一审法院认为，本诉部分，一、关于被告葛洲坝公司完成的工程造价数额是多少？被告葛洲坝公司是否存在超领工程款的问题。
（一）本案双方无争议，未提交鉴定机构鉴定的工程造价为人民币28267365.35元。
（二）本案提交鉴定的工程项目，鉴定机构鉴定无争议部分鉴定金额为18183471.43元。原告那新水利公司经质证认为该部分鉴定中多计了工程量和价款的理由及被告葛洲坝公司经质证认为该部分鉴定中少计了工程量和价款的理由均不成立，一审法院不予支持。
（三）本案提交鉴定的工程项目，鉴定机构鉴定有争议的工程造价金额为33204146.90元。一审法院认为，原告对该部分的质证意见理由成立，对部分造价应相应扣减。1、鉴定报告第9页项目编号1“机械挖土”、项目编号2“石方明挖”项目。根据合同专用条款第39条关于变更的约定，由于施工单位施工方法不当，引起工程量变化的，不作为变更处理；只有依据签证单及设计变更通知证明是地质条件变化等原因引起的超挖才做变更处理。该争议部分的工程量因为没有签证单及设计变更通知，根据合同约定不作为变更处理，应由被告承担。因此，有争议部分应扣除机械挖土270572元及石方明挖1688716.98元合计1959288.98元。2、鉴定报告第9页项目编号3“坝体堆石”项目。根据施工合同专用条款第39.1“工程量增减超过《工程量清单报价表》中相应工程量的5%时，只对增减超过《工程量清单报价表》中相应工程量的5%的部分作变更处理”及“其中关键项目指以下项目：1、拦河坝工程：坝体垫层填筑、坝体填筑、趾板及面板钢筋砼浇筑、钢筋制作及安装、帷幕灌浆”的约定，坝体堆石即坝体填筑项目系关键项目，坝体堆石（开采石料）合同工程量为979318m3，按鉴定机构的有争议量1146631.5m3作为实际完工量，在进行变更处理时应当扣除合同工程量的5%即979318×5%＝48965.9m3，合同单价为23.08元／m3，因此应扣减价款48965.9×23.08＝1130132.97元。3、鉴定报告第9页，项目编号13“C25砼趾板”项目。该项目有争议造价为1069919.42元，因该项目工程质量不合格，根据司法解释在修复前不应当计量。因此应在有争议造价中扣除该1069919.42元。4、鉴定报告第10页项目编号3“进水口竖井石方开挖”项目。争议部分为超设计线外开挖的工程量，根据专用条款第39条关于变更的约定，由于施工单位施工方法不当，引起工程量变化的，不作为变更处理。被告无法提供设计变更通知证明出现超挖是因地质原因引起，因此超挖部分根据合同约定不得作变更处理，所产生的费用由被告自行承担。因此，有争议部分造价应扣除该项目有争议造价166191.53元。5、鉴定报告第10页项目编号27“C20砼放水塔闸井”、项目编号28“闸井模板制、安、拆”项目。因被告施工不当不按施工设计图纸施工造成“进水口竖井石方开挖”项目超挖，相应产生了该两个项目的超填及增量，根据专用条款第39条关于变更的约定，该争议部分的工程量应由被告承担。因此有争议部分造价应扣除该两个项目的争议造价合计338969.31元＋3102.51元＝342071.82元。6、鉴定报告第11页项目编号21“尾水渠底板C15砼”项目。争议部分的工程量为施工不当造成，没有设计变更不作变更处理，根据专用条款第39条关于变更的约定应由被告承担。因此，有争议部分造价应扣除该项目的争议造价56489.79元。7、鉴定报告第11页项目编号27“防渗板固结灌浆超灌”项目。争议部分的工程量为施工不当造成，没有设计变更不作变更处理，根据专用条款第39条关于变更的约定应由被告承担。因此，有争议部分造价应扣除该项目的争议造价61793.98元。综合上述1至7，应当扣减的造价金额为4785888.49元，故争议的部分工程被告完成的造价金额为28418258.41元。被告认为该部分造价少计的理由不成立，一审法院不予支持。
综上，被告那新水利公司完成的工程总造价为74869095.19元（28267365.35元＋18183471.43元＋28418258.41元）。
（四）双方当事人确认原告那新水利公司已支付的各种费用合计93451719.22元。被告葛洲坝公司对其中部分费用提出异议，一审法院认为被告葛洲坝公司提出异议的156000元看守费是在双方合同解除后，原告那新水利公司根据会议纪要另行支付的费用，不属于工程款，该费用应不计入已付工程款项目中，除此之外，被告葛洲坝公司主张不计入已付工程款费用的主张理由不成立。故原告那新水利公司已支付包括代付被告葛洲坝公司的工程款费用为93295719.22元（93451719.22元－156000元）。
根据上述第（三）、（四）项分析，原告那新水利公司已超付被告葛洲坝公司工程款18426624.03元（93295719.22元－74869095.19元）。
二、关于被告葛洲坝公司是否存在违约行为，应否支付违约金及数额应为多少的问题。在施工合同履行过程中，被告存在以下违约行为。
（一）被告葛洲坝公司在施工期间不能按照施工组织计划进行施工，造成工期严重滞后，根据被告申报的每月生产经营计划统计的《葛洲坝公司每月份生产经营计划产值与实际完成产值对比汇总表》，至2010年11月份，被告进场施工已满12个月，已完成的产值仅达到计划产值的58.88%，远达不到合同约定的90%。被告葛洲坝公司施工进度滞后违反了《施工承包合同》专用合同条款第41.1（10）约定。
（二）被告葛洲坝公司所实施的厂房、引水隧洞竖井、大坝趾板钢筋混凝土工程质量不合格，违反了《施工承包合同》专用合同条款第41.1（10）约定。
（三）2011年12月6日被告退场后，原告需要将剩余工程委托中铁十九局建设，整个项目逾期完工13个月，特别是被告直至2015年6月30日才完成厂房及引水隧洞竖井工程的修复，整个项目逾期完工近四年半之久。被告逾期完工违反了《施工合同》专用条款第20.3条约定。
综上，被告葛洲坝公司在本案中存在违约行为，应当支付违约金，但双方合同约定的“承包人逾期完成本合同主体工程违约金为8000元／天，但最终的累计总金额不应超过合同价格的5%”有关违约金的约定过高，违约金的计算应当以同期银行的贷款利率为准。原告主张被告违约金的天数有事实依据，即被告违约的天数为330天，故被告应支付的违约金数额为330天的同期银行贷款利率计算利息，计算基数以被告已完成的工程量造价为准。因双方已解除合同，且被告对于部分质量不合格的工程已作了修复，故原告主张按合同约定没收被告交纳的工程履约保证金的理由不成立，该院不予支持。
反诉部分，一、关于原告那新水利公司是否欠付被告葛洲坝公司工程款及数额应为多少的问题。
如前所述，本案系原告超付工程款给被告，不存在原告欠付被告工程款的事实，被告反诉主张原告欠付工程款的理由不成立，一审法院不予支持。
二、关于原告那新水利公司是否存在违约行为？被告葛洲坝公司反诉请求的违约金、其他损失等有无事实和法律依据的问题。
本案双方合同不能最终继续履行的原因在于被告施工存在质量问题及拖延工期等事实造成，被告反诉主张原告存在违约行为的证据不充分，被告反诉要求原告承担违约责任及赔偿损失的主张一审法院不予支持。
三、关于原告应否返还给被告履约保证金6000000元的问题。
本案双方当事人已解除合同，且被告已对部分存在质量问题的工程进行了修复，故被告已交付给原告的履行保证金6000000元，原告应返还，原告称该保证金不予返还的理由不能成立。
综上，一审法院依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十四条，《最高人民法院关于审理建设施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、第十七条，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条的规定，判决：一、由被告葛洲坝公司返还给原告那新水利公司工程款18426624.03元；二、由被告葛洲坝公司支付给原告那新水利公司违约金（违约金计算：以工程价款74869095.19元为基数，自违约之日即2010年11月1日起计算330天，按中国人民银行公布的同期同类贷款利率为标准分段计付利息）；三、由原告那新水利公司返还给被告葛洲坝公司工程履约保证金6000000元；四、驳回原告那新水利公司的其他诉讼请求；五、驳回被告葛洲坝公司的其他反诉请求。本诉案件受理费254652元（原告已预交），由原告那新水利公司负担140058元，由被告葛洲坝公司负担114594元。反诉案件受理费113227.68元（被告已预交），由原告那新水利公司负担18116元，由被告葛洲坝公司负担95111.68元。鉴定费400000元（原告已预交270000元，被告已预交130000元），由原告那新水利公司负担130000元，由被告葛洲坝公司负担270000元。
上诉人葛洲坝公司不服一审判决，上诉称：一、关于被上诉人支付工程款的数额问题。被上诉人支付的93451719.22元款项中包含1943200元资源税款，这部分税款依法和依百色市水利工程资源税承担的惯例，不应由上诉人承担。双方对资源税款承担有争议是因为被上诉人的招标文件未列明存在该税项，因此，上诉人的投标报价不含这部分税款。一审判决由上诉人承担全部资源税款违背公平公正原则。二、关于多付工程款数额问题。一审判决认定，被上诉人多付给上诉人的工程款共计18426642.03元，属于认定事实错误：1、一审判决认定的未经鉴定的无争议工程价款为28267365.35元的证据未经双方在庭审中质证确认，这一认定是错误的。此外，“发电厂房及厂区工程：机械挖土、石方明挖运距增加项目”、“拦河坝工程：新增趾板固结灌浆造孔项目”、“导流洞工程”。被上诉人未要求鉴定，这部分工程量如何计算，一审判决并未说明。2、扣减鉴定报告中已经计量的机械挖土、石方明挖款项1959288.98元没有事实和法律依据。3、扣减鉴定报告中已经计量的C25砼趾板项目1069919.42元工程款没有事实和法律依据。C25砼趾板项目不存在质量不合格的问题，双方共同确认的不合格工程并不包含C25砼趾板。4、扣减鉴定报告中已经计量的“进水口竖井石方开挖”项目的挖填工程款508263.35元缺乏依据。5、扣减鉴定报告中已经计量的“尾水渠底板C15砼”项目56489.79元工程款没有事实和法律依据。6、扣减鉴定报告中已经计量的“防渗板固结灌浆超灌”项目61793.98元缺乏依据。综上，一审判决扣减鉴定报告中已经计量的共计3655755.52元工程款没有事实和法律依据。认定被上诉人多付18426642.03元与本案基本事实不符。三、鉴定结论存在以下几个方面的问题。一是鉴定存在漏算；二是计算依据和计算方法不符合工程项目的地质条件及双方约定；三是对原告已经签证的工程量不予计量；四是对存疑的问题没有征询双方意见。上述问题上诉人在鉴定机构鉴定过程及庭审质证中均已提出，但鉴定机构及法庭不予理睬。为此，上诉人请求上级法院责令鉴定机构对存在的问题进行补正，不补正的，另行委托其它鉴定机构重新鉴定。四、关于上诉人与被上诉人是否存在违约行为的问题。一审判决认定上诉人不能按施工组织计划进行施工，造成工期严重滞后没有事实根据。施工滞后，完全是被上诉人工程不具备施工条件、溢洪道勘察设计问题、当地村民因征地款问题阻挠施工、被上诉人提供图纸滞后等原因造成。违约的是被上诉人而不是上诉人，因此，一审判决上诉人承担违约责任是错误的。一审判决认定上诉人已完工程质量不合格构成违约的问题，上诉人对质量问题的工程已经依照双方协议进行修复。上诉人提供的证据均能证明，工程停工窝工完全是被上诉人没有履行合同约定义务及履行合同义务不符合约定造成的，因此，一审判决以上诉人主张被上诉人违约导致工程停工窝工损失的证据不足为由驳回上诉人的诉求是错误的。五、一审判决适用合同法第六十条处理本案是错误的。综上，请求：1、撤销一审判决的第一项、第二项、第五项；2、被上诉人那新水利公司向上诉人葛洲坝公司支付因其违约所造成的停工窝工损失16221788元，其他损失100295元；3、判决被上诉人那新水利公司赔偿上诉人因合同解除而造成的损失688079元。
被上诉人那新水利公司答辩称，一、一审判决认定被上诉人已支付的工程款为93451719.22元，认定事实正确。根据《中华人民共和国资源税暂行条例》第一条“在中华人民共和国领域及管辖海域开采本条例规定的矿产品或者生产盐的单位和个人，为资源税的纳税人，应当依照本条例缴纳资源税”的规定可知，上诉人提出已支付的工程款中包含1943200元资源税款由被上诉人承担的上诉理由，没有法律和事实依据。二、一审判决认定被上诉人多付给上诉人工程款18426642.03元是正确的，上诉人的上诉理由均不成立。1、一审判决认定未经鉴定的双方无争议的工程量价款为28267365.35元是正确的。无争议的工程项目经开庭质证，双方无异议，对该部分工程量价款的认定仅需依合同确定的单价乘以工程量即可计算得出，如上诉人认为一审判决确定的该部分工程量的价款存在计算上的错误，可直接将计算错误之处指出并进行纠正。2、一审判决扣减鉴定报告中鉴定机构认为机械挖土、石方明挖项目有争议部分款项1959288.98元有事实和法律依据。本合同为固定总价承包，已签证工程量划入无争议，未签证工程量划入争议项，一审法院扣除的1959288.98元款项属于没有签证部分的工程量。3、一审判决扣减鉴定报告中的C25砼趾板项目1069919.42元有事实和法律依据。C25砼趾板项目为有争议项目，属质量不合格项目，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》的规定，质量不合格工程在修复合格前不予以计量。4、一审判决扣减进水口竖井石方开挖项目中有争议部分的超挖和超填造价508263.35元，有事实和法律依据。根据双方所签合同第32.2（6）的约定，对已经签证的工程量如属于超挖工程量的除工程量签证单外还需按照合同专用条款第39条的约定确认为设计变更才能予以计量。5、一审判决扣减鉴定报告第11页、项目编号21“尾水渠底板C15砼”项目争议部分56489.79元有事实和法律依据。根据合同第32.2（6）的约定，超挖部分工程量，按专用合同条款第39条处理，上诉人没有按照第39条约定的变更程序申请变更处理，对于超挖的工程量依法应不予计量。6、一审判决扣减鉴定报告第11页、项目编号27“防渗板固结灌浆超灌”项目中有争议造价61793.98元有事实和法律依据。根据合同第32.2（6）的约定，不按合同第39条约定履行变更手续，对超出的工程量不按变更处理，不予计量。三、关于鉴定结论存在问题。鉴定机构在鉴定过程中已严格按照法定程序向双方征询了意见，在一审庭审中鉴定人员也出庭作证，并对双方提出的问题及意见，接受询问并进行答疑，上诉人以其所提出的问题及意见没有完全被鉴定机构采纳为由否定鉴定结论的合法性和公正性，要求二审法院另行委托其他鉴定机构重新鉴定缺乏依据。四、关于哪一方存在违约行为问题。1、被上诉人提交的《那新水电站厂房质量扩检结果表》、《那新水电站厂房质量抽检反馈表》等证据足以证明上诉人施工的厂房、引水隧洞竖井、大坝趾板钢筋混凝土工程已被确认为质量不合格，质量事故发生后，上诉人拒绝按照监理要求进行修复。2、在合同履行过程中，上诉人拒不按照施工组织计划进行施工，还臆造诸多索赔理由要求被上诉人赔偿其停工窝工损失，但其提交的证据完全是其单方对其索赔主张进行罗列，并未附有被上诉人存在违约事实及其索赔金额计算依据的证据，也没有按照双方所签合同约定的索赔程序提出。3、村民阻工系上诉人在3#支洞施工过程中，不按承包合同通用合同条款第“5.10环境保护”条款，第“5.11避免施工对公众利益的损害”条款，第“30.1、30.2”条款约定，未经任何处理即随意排放施工污水污染农田，诱发工程项目被当地农民阻工。综上，一审判决认定事实和适用法律正确，请求驳回上诉，维持原判。
二审期间，双方当事人均未提供新证据，对一审法院查明的事实，除一审认定“双方当事人无争议未申请造价鉴定的部分工程造价为28267365.35元”的事实，本院不予确认之外，对一审法院查明的其他案件事实，本院予以确认。
经本院组织双方当事人对无争议未经鉴定的部分工程量的工程造价进行质证，上诉人葛洲坝公司向本院提供《关于对﹤那新水电站未提交鉴定部分工程造价汇总表﹥的质证意见》，认为该部分工程量的工程造价为29121351.01元，而不是被上诉人主张的28267365.35元，两者相差853985.66元。被上诉人经质证认为，一审认定该部分的工程款数额正确。本院认为，上诉人提供的《关于对﹤那新水电站未提交鉴定部分工程造价汇总表﹥的质证意见》中的第1项“C25砼趾板工程价款为320264.9元及第3项“趾板二次清理费用92000元，上述两项共计412264.9元应当计入该部分的工程款”的主张，因该部分工程质量不合格且未修复，本院不予支持；对上诉人提供的《关于对﹤那新水电站未提交鉴定部分工程造价汇总表﹥的质证意见》中的第2项、第4项、第5项、第6项的工程款共计441720.76元的主张予以支持。因此，双方当事人对无争议但未经鉴定部分工程量的工程造价应为：28267365.35元＋441720.76元=28709086.11元。
根据双方当事人的诉辩意见，本院归纳本案二审争议焦点为：一、上诉人葛洲坝公司完成的工程量的工程造价如何确定；二、被上诉人那新水利公司应当向葛洲坝公司支付的工程款是多少，是否已经超额支付，如已超付，上诉人葛洲坝公司应否返还；三、双方当事人在履行合同中是否存在违约行为，各方所诉的违约金及其他损失是否成立。
本院认为，上诉人葛洲坝公司与被上诉人那新水利公司于2008年12月30日签订的《广西田林县那新水电站主体工程土建工程施工承包合同》，系双方当事人的真实意思表示，合同内容没有违反法律、行政法规的强制性规定，为有效合同，受法律保护。双方当事人应按照合同约定全面履行自己的义务，履行合同义务不符合合同约定的应承担相应的违约责任。
一、关于上诉人葛洲坝公司完成的工程量的工程造价如何确定的问题。
本院认为，根据查明的案件事实，上诉人葛洲坝公司完成的工程量的工程造价由双方当事人确认的无争议但未经鉴定的部分工程量的工程造价和一审法院委托祥浩工程造价咨询有限责任公司鉴定的部分工程量的工程造价两部分组成。祥浩工程造价咨询有限责任公司于2015年12月11日出具的祥浩造字（2015）第413号《那新水电站工程建设工程造价司法鉴定意见书》，是根据一审法院的委托依法作出的。鉴定机构的鉴定程序合法，鉴定意见在诉讼中经双方当事人质证，且鉴定机构的鉴定人员出庭作证，并对双方当事人提出的问题及意见，接受询问。该鉴定意见客观真实合法，能够作为本案的定案依据。上诉人葛洲坝公司上诉请求鉴定机构对鉴定意见进行补正或另行委托重新鉴定的理由不能成立，应予驳回。
1、关于双方当事人确认无争议但未经鉴定的部分工程量的工程造价如何确定的问题。该部分工程量虽有2011年6月28日《那新水电站工程量汇总表（无争议）》证明双方当事人无争议，但被上诉人提起本案诉讼后，广西水科院于2013年5月6日、5月15日出具《那新水电站厂房质量抽检结果表》、《那新水电站大坝趾板和引水隧洞抽检结果表》确认双方当事人“无争议的工程量”当中的厂房工程混凝土质量绝大部分不合格、大坝趾板、引水隧洞放水塔闸井工程混凝土质量不合格，至今上诉人葛洲坝公司尚未修复，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第三条的规定，双方当事人“无争议的工程量”中不合格的工程量不应当计入工程造价。因此，上诉人提出“C25砼趾板工程价款为320264.9元及趾板二次清理费用92000元，上述两项共计412264.9元应当计入该部分的工程款”的主张，因工程质量不合格且未修复，本院不予支持；对上诉人提交的《关于对﹤那新水电站未提交鉴定部分工程造价汇总表﹥的质证意见》中第2项、第4项、第5项、第6项的工程款共计441720.76元应当计入工程款的主张，因相应的工程量有双方的会议纪要、被上诉人的签字等证据证实，本院予以支持。据此，本院确认，双方当事人对无争议但未经鉴定的部分工程量的造价为：28267365.35元＋441720.76元=28709086.11元。
2、关于一审法院委托祥浩工程造价咨询有限责任公司鉴定的部分工程量的工程造价如何确定的问题。本院认为，该部分工程量的工程造价由双方当事人无争议部分工程量的工程造价和有争议部分工程量的工程造价两部分组成。
（1）一审法院根据本案提交鉴定的工程项目，认定鉴定机构鉴定无争议部分工程量的工程造价为18183471.43元是正确的，本院予以确认。
（2）关于鉴定机构鉴定有争议部分工程量的工程造价33204146.90元的问题。本院认为，一审对鉴定报告第9页、编号3“坝体堆石”项目扣减工程款1130132.97元，在一审判决后，上诉人对此没有提出上诉，本院予以确认。对鉴定报告第9页、编号13“C25砼趾板”项目，该项目有争议造价为1069919.42元，经查，该项目工程质量不合格，且上诉人对该项目没有进行修复，一审判决扣减该项目工程款1069919.42元是正确的，应予维持，葛洲坝公司上诉主张该项目工程款1069919.42元不应扣减的理由不能成立，应予驳回。综上，应扣减鉴定报告第9页编号3“坝体堆石”项目及编号13“C25砼趾板”项目工程款合计为2200052.39元。葛洲坝公司上诉主张一审判决扣减鉴定报告确认的“机械挖土”、“石方明挖”项目工程款1959288.98元、已经计量的“进水口竖井石方开挖”项目挖填工程款508263.35元、“尾水渠底板C15砼”项目工程款56489.79元、“防渗板固结灌浆超灌”项目工程款61793.98元没有事实和法律依据，经查，上述项目相应工程量有被上诉人那新水利公司的签字、签证等证据证实，一审判决予以扣减不当，应予纠正，葛洲坝公司的该部分上诉主张成立，应予支持。
综上，上诉人葛洲坝公司完成的工程量的工程造价为：双方当事人无争议未经鉴定部分工程量的工程造价28709086.11元＋经鉴定部分工程量的工程造价【鉴定意见中无争议部分工程造价18183471.43元＋（鉴定意见中有争议部分工程造价33204146.90元－应当扣减部分工程造价2200052.39元）】=77896652元。因此，那新水利公司应当付给葛洲坝公司的工程款为77896652元。
二、关于被上诉人那新水利公司应当向上诉人葛洲坝公司支付的工程款是多少，是否已经超额支付及应否返还的问题。
如前所述，葛洲坝公司完成的工程量的工程造价为77896652元，因此，那新水利公司应当付给葛洲坝公司的工程款为77896652元。根据查明的事实，双方当事人一致确认那新水利公司已付给葛洲坝公司的各种款项合计93451719.22元，扣减那新水利公司应向葛洲坝公司支付的合同解除后的看守费156000元，因此，那新水利公司已支付给葛洲坝公司的工程款为93295719.22元。葛洲坝公司上诉主张被上诉人支付的工程款项中包含1943200元资源税，该资源税款不应由上诉人承担。本院认为，上诉人葛洲坝公司收到被上诉人那新水利公司支付的工程款后，向有关部门支付1943200元资源税，与本案没有关联，一审认定那新水利公司已支付给葛洲坝公司的工程款为93295719.22元的事实清楚，本院予以确认。
综上，被上诉人那新水利公司应当支付给上诉人葛洲坝公司的工程款为77896652元，而那新水利公司实际已支付给葛洲坝公司的工程款达93295719.22元，因此，那新水利公司多支付的工程款数额为：93295719.22元-77896652元=15399067.22元，葛洲坝公司应当返还那新水利公司多支付的工程款15399067.22元。
三、关于双方当事人是否存在违约及违约金、其他损失的确定问题。
1、关于上诉人葛洲坝公司应否承担违约责任的问题。根据查明的事实，因葛洲坝公司负责施工的厂房、引水隧洞竖井、大坝趾板钢筋混凝土工程质量不合格，违反了《施工承包合同》专用合同条款第41.1（10）约定。葛洲坝公司在施工期间不能按照施工组织计划进行施工，至2010年11月份，进场施工已满12个月，而完成的产值仅达到计划产值的58.88%，达不到合同约定的90%，造成施工进度滞后，违反了《施工承包合同》专用合同条款第41.1（10）约定。至2011年12月6日上诉人退场后，被上诉人需将剩余工程委托中铁十九局建设，致整个项目逾期完工，上诉人逾期完工天数为330天，违反了《施工合同》专用条款第20.3条约定，根据双方所签合同关于“承包人逾期完成本合同主体工程违约金为8000元／天，但最终的累计总金额不应超过合同价格的5%”的约定，葛洲坝公司应当向那新水利公司支付违约金2640000元（330天×8000元／天=2640000元）。一审判决认为合同约定的违约金过高、并以工程价款74869095.19元为本金按同期银行的贷款利率计算违约金不当，应予纠正。
2、关于被上诉人那新水利公司应否承担违约金的问题。本案双方合同不能最终继续履行的原因在于上诉人葛洲坝公司施工存在质量问题及拖延工期等事实造成，葛洲坝公司反诉主张那新公司存在违约行为，请求那新水利公司承担违约责任及赔偿损失的证据不充分，本院不予支持。
综上所述，一审认定的案件事实部分有误，本院予以纠正。上诉人葛洲坝公司的上诉主张部分有理，本院予以支持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项的规定，判决如下：
一、维持百色市中级人民法院（2013）百中民二初字第2号民事判决第三项、第四项、第五项；
二、变更百色市中级人民法院（2013）百中民二初字第2号民事判决第一项为：上诉人中国葛洲坝集团股份有限公司返还给被上诉人田林县那新水利发电有限公司工程款15399067.2元；
三、撤销百色市中级人民法院（2013）百中民二初字第2号民事判决第二项；
四、上诉人中国葛洲坝集团股份有限公司支付给被上诉人田林县那新水利发电有限公司违约金2640000元。
一审本诉案件受理费254652元（田林县那新水利发电有限公司已预交），由田林县那新水利发电有限公司负担127326元，中国葛洲坝集团股份有限公司负担127326元；反诉案件受理费113227.68元（中国葛洲坝集团股份有限公司已预交），由田林县那新水利发电有限公司负担22645元，中国葛洲坝集团股份有限公司负担90582.68元。鉴定费400000元（田林县那新水利发电有限公司已预交270000元，中国葛洲坝集团股份有限公司已预交130000元），由田林县那新水利发电有限公司负担130000元，中国葛洲坝集团股份有限公司负担270000元。二审案件受理费237983.93元（中国葛洲坝集团股份有限公司已预交），由中国葛洲坝集团股份有限公司负担166588元，田林县那新水利发电有限公司负担71395.93元。
上述给付义务，债务人应于本判决生效之日起十日内履行完毕，逾期则应依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。权利人可在本判决规定的履行期限届满之日起二年内，向一审法院申请执行。
本判决为终审判决。
审 判 长 孙宝林
审 判 员 李 莉
代理审判员 潘庆林
二〇一六年七月四日
书 记 员 林晓华