河南省郑州高新技术产业开发区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）开民初字第6661号
原告河南省大学科技园发展有限公司，住所地郑州高新区长椿路11号。
法定代表人刘华，董事长。
委托代理人张帆，河南信行律师事务所律师。
委托代理人丹志慧，河南信行律师事务所律师。
被告河南天时置业有限公司，住所地郑州高新技术开发区国槐街8号。
法定代表人史荣超，总经理。
委托代理人李辉，该公司员工。
委托代理人李萌，该公司员工。
第三人河南隆兴建设工程有限公司（原名郑州弘业建筑工程有限公司），住所地郑州市惠济区长兴路西宏达路北五环大厦4层。
法定代表人杨书岭，经理。
委托代理人郭保全，该公司员工。
原告河南省大学科技园发展有限公司与被告河南天时置业有限公司、第三人河南隆兴建设工程有限公司合同纠纷一案，本院立案受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告河南省大学科技园发展有限公司委托代理人张帆、丹志慧、被告河南天时置业有限公司委托代理人李辉到庭参加诉讼。第三人河南隆兴建设工程有限公司经本院传票传唤，无正当理由未到庭，本院依法对其缺席审理。本案现已审理终结。
原告诉称：原、被告双方合作开发河南省国家大学科技园天时科技大厦项目，在合作开发过程中，被告出现私自销售项目房产并违规发包工程等一系列违约行为，原告多次发出限期整改的通知后仍未履行相关义务。因此双方于2011年9月20日签订《协议书》，确认由于被告方已经构成根本性违约，导致2009年7月22日《天时科技大厦项目转让协议》以及2010年3月22日《天时大厦项目开发意向书》没有得到全面、适当、诚信的履行，经双方协商一致予以解除。同时该《协议书》约定，双方协商一致对本协议签订前的工程建设属于被告方投入的资金，由双方以2011年7月19日为时间界点进行清算，对工程进度及财务支出给予确认。《协议书》签订至今，被告既不积极与原告协商，也不配合原告对投资进行清算，导致原告目前面临施工方即第三人河南隆兴建设工程有限公司向原告主张高达4000万的巨额索赔，同时引发一系列社会问题。故请求判令：1、确认原、被告于2011年9月20日签订的《协议书》合法有效；2、被告继续履行双方于2011年9月20日签订的《协议书》中约定的以2011年7月19日为时间界点进行清算并对工程进度及财务支出给予确认的合同义务；3、被告向原告赔偿因其不及时履约给原告造成的各项损失共计50万元。
被告辩称：1、协议书属于无效，被告方从未与原告方签订过这样的协议书；2、在协议书无效的情况下，不能按照协议书进行清算；3、原告方违约在先。
第三人未答辩。
经审理查明：为了合作开发位于郑州市长椿路11号的面积为17.82亩的工业用地，原、被告于2009年7月22日签订《天时科技大厦项目转让协议》，约定原告将该块土地的开发权转让给被告。双方于2010年3月22日签订《天时大厦项目开发意向书》，该意向书约定：1、双方共同开发暂定名为”天时科技大厦”的项目，原告以项目用地作为出资，被告以项目所需全部资金作为出资，双方共同经营、共担风险、共享利润。2、具体操作办法：（1）设立项目部；（2）设立共管账户；（3）原告确保被告资金全部用以天时科技大厦项目建设，被告确保资金及时到位。3、原告以投入土地使用权作价每亩35万元，被告投入建设资金的具体数额在本工程工程量及进度计划明确后双方在正式合作开发协议中确认。4、合同履行期满，原告组织对项目进行清算，将该项目产权以房地产转让形式为被告办理房屋所有权证及土地使用证。5、双方权利义务：（1）原告承诺作为投资该项目的主体资格已经经过其主管部门或者权力机构批准，并不违反我国现行法律、行政法规等的限制性或者禁止性规定，出现上述情况而导致合同效力受到质疑或者最终无法履行，原告承担相应的缔约过失责任或者违约责任；（2）原告负责办理本项目前期的土地出让、规划设计、规划审批、施工许可等相关手续及负责处理政府各部门关系，自本协议签订之日起及时取得本项目的《建设用地规划许可证》、《国有土地使用证》、《建设工程规划许可证》、《建设工程施工许可证》；（3）被告应在原告完成本条第二款义务后十五日内向原告缴纳履约保证金600万元，履约保证金不进入项目专用账户，工程结束后冲抵原告方利润，因被告原因导致协议无法履行，履约保证金不再退回；（4）若项目施工过程中发生工程停滞、工程进度延迟、工程建设资金投入延迟，则每停滞或迟延一日，原告可从被告缴纳的履约保证金中扣除5万元，若工程停滞30天以上或者工程进度、建设资金投入迟延50天以上，视为被告根本违约，原告可解除合同，被告所缴纳的履约保证金不再退还；（5）被告承诺作为投资该项目的主体资格已经经过其主管部门或者权力机构批准；（6）项目在开发过程中所产生的债权债务由被告承担，若给原告造成损失，原告可向被告进行追偿；（7）被告承诺，在本协议签订之日起三十日内，应将工程资金投入计划表制定完成并送至原告审阅同意，并以此为基础与原告签订正式的合作开发合同，在本协议签订之日起六十日内被告未与原告签订正式的合作开发合同，则本协议自动失效；（8）项目开发后，若因被告投资款无法按照正式合同约定时间到位，迟延50日以上原告有权解除合同；若因被告原因造成合同无论以何种中止、解除、终止等形式导致的履行不能，双方同意在合同不能履行事项出现后60日内共同委托第三方对被告的投资进行审计，待工程竣工后原告按照双方认可的被告方投资额度以作价后的房产冲抵被告方投资。
2010年10月12日、2010年10月13日、2010年12月12日，被告分三次共向原告银行账户中汇入履约保证金600万元。
2010年3月10日，原告与第三人郑州弘业建筑工程有限公司（现名河南隆兴建设工程有限公司）签订工程承包合同，将天时科技大厦项目承包给该公司进行工程施工。在施工期间，被告向原、被告双方设立的共管账户中汇入投资款，原告通过该共管账户向第三人支付施工工程款。由于被告出现违规销售房产、私自发包工程，且2011年8月17日之后不再向共管账户中汇入建设资金，原、被告于2011年9月20日签订了《协议书》一份，该协议书约定：”鉴于2009年7月22日双方签订了《天时科技大厦项目转让协议》，由于被告在履行该协议过程中严重违约，经原告多次发出限期整改的通知后仍不能改正。2009年10月27日、11月30日原告分别以传真、特快专递形式向被告送达了《解除合同通知书》，终止了原协议的履行。在解除后的善后问题过程中，双方于2010年3月22日签订《天时大厦项目开发意向书》，在按照该意向书的约定重新谈判、落实具体合作协议条款过程中，被告仍违约并违规操作，因此双方确认由于被告已经构成根本性违约，导致2009年7月22日《天时科技大厦项目转让协议》以及2010年3月22日《天时大厦项目开发意向书》没有得到全面、适当、诚信的履行，经双方协商一致予以解除。在被告承担相应违约责任、并保证本协议签订之前没有出现违规销售和私自违规发包工程行为并保证本协议签订之后也不会出现的前提下，重新就双方的联合开发签订本协议。双方协商一致对本协议签订前的违规工程建设由双方以2011年7月19日为时间界点进行清算，对工程进度及财务支出给予确认。此前的《天时科技大厦项目转让协议》及《天时大厦项目开发意向书》已经合法程序解除，不再具有法律效力。本协议内容经双方签字确认后，再签订正式房地产联合开发协议书。”该协议书上加盖了原、被告公司的合同专用章。被告在本案庭审中当庭提出被告公司的合同专用章是原告公司伪造的，要求对盖章的真伪进行鉴定。
目前天时科技大厦项目的施工已经停止，对于具体停工时间，原告称是2011年7月19日，被告称是2012年的第二季度。
由于被告不配合原告进行工程清算，在本案诉讼过程中，原告申请对第三人已经完成的建设施工工程量、工程造价以及被告在开发项目建设工程施工的投资额度进行司法鉴定。经本院委托，河南省科健工程造价咨询有限公司于2014年5月13日出具鉴定报告书，该鉴定报告书详细列明了施工的工程量。河南科健会计师事务所有限公司于2014年5月19日出具鉴定意见书，该鉴定意见书的鉴定意见为：1、被告自2010年12月31日至2011年8月17日对天时科技大厦项目建设工程施工的投入资金为4270万元；2、原告自2011年6月29日至2011年8月31日支付给第三人的工程款为4170万元；3、截至2014年3月31日，项目共管账户中的资金共取得存款利息16685.03元；4、原告垫付款、暂借款共计为12125700元；5、被告交付给原告的履约保证金为600万元；6、河南隆兴建设工程有限公司所施工的天时科技大厦（大学科技园孵化中心3号楼）已完成建设工程的工程造价为55756210.34元；7、河南隆兴建设工程有限公司时卫、冉国建借被告款项为4189万元。原告向鉴定机构支付鉴定费45万元。
上述事实，有经原、被告质证的下列证据及质证笔录、开庭笔录在案佐证：1、2010年3月22日《天时大厦项目开发意向书》一份。2、2011年9月20日《协议书》一份。3、豫科造鉴字（2014）第021号鉴定报告书一份。4、豫科会鉴字（2014）第06号鉴定意见书一份。5、被告提供的借条4份、借据28份。6、鉴定费发票5份。