山东省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）鲁民终861号
上诉人（原审被告）：中交一航局第二工程有限公司，住所地山东省青岛市福州南路16号。
法定代表人：崔珂琳，总经理。
委托诉讼代理人：徐海龙，山东文康律师事务所律师。
委托诉讼代理人：郭恩忠，山东文康律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：冯秀臻，男，1957年7月15日出生，汉族，住辽宁省大连市中山区。
委托诉讼代理人：李城，山东滨海正大律师事务所律师。
委托诉讼代理人：王磊，山东滨海正大律师事务所律师。
上诉人中交一航局第二工程有限公司（以下简称一航局二公司）因与被上诉人冯秀臻海上、通海水域养殖损害责任纠纷一案，不服青岛海事法院（2012）青海法海事初字第173号民事判决，向本院提起上诉。本院立案后，依法组成合议庭，进行了审理。上诉人一航局二公司的委托诉讼代理人徐海龙、郭恩忠，被上诉人张军兰的委托诉讼代理人李城、王磊到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
上诉人一航局二公司上诉请求：撤销一审判决，依法改判驳回冯秀臻的全部诉讼请求，并由冯秀臻承担全部诉讼费。事实和理由：1、一审判决将疏浚物等同于污染物认定案件事实，没有依据，“泥石1”轮、“建隆157”轮两船均未向冯秀臻养殖区倾倒疏浚物，青岛三杰海事技术咨询有限公司（以下简称三杰公司）只是对“建隆157”轮倾倒点做了漂流试验，该试验存在严重错误，不能证明“建隆157”轮倾倒在案外人养殖区的疏浚物能够迁移到冯秀臻的养殖区。2、冯秀臻未证明其从事了养殖行为，也未证明其养殖区存在所称的污染性质的损害，农业部黄渤海渔业生态环境监测中心（以下简称黄渤海中心）的评估报告所计某损失金额，是在假设存在损害事实的情形下做出的，不能认为计算了损失金额就反向推定存在损害事实。3、三杰公司的报告存在严重错误，鉴定依据明显不足，鉴定人以抛泥点为起点，投放漂流物进行实验，但鉴定人只是推算的抛泥点。漂流物与疏浚物的物理特征有重大区别，漂流物不存在下沉的问题，疏浚物存在沉降，且只有少数漂流物进入养殖区，甚至有的养殖区没有漂流物进入，鉴定人不顾事情发生的概率贸然得出疏浚物能进入养殖区的结论，明显依据不足。黄渤海中心的鉴定人资质过期，评估也不是在检验及现场勘验的其础上作出，其数据不具有科学及可信性。南京水利科学研究院（以下简称南科院）出具的分析报告，进一步证明了三杰公司及黄渤海中心报告的错误性。4、冯秀臻的诉讼请求已过诉讼时效，养殖损害发生在2009年6月中旬前后，冯秀臻2012年6月21日提起诉讼，超过了法定两年的诉讼时效。5、冯秀臻只有海域使用证，没有养殖证，其养殖行为不合法，无权索赔损失。6、一审认定一航局二公司无权援引海事赔偿责任限制是错误的，涉案两轮依据临时倾倒证明倾倒疏浚物，属于行政法调整的范围，不是丧失海事赔偿责任限制的事由。涉案两船对冯秀臻所称的损害没有故意，也不存在明知会给其造成损害的情况，涉案船舶船长及船上其他人员的倾倒行为，不能直接认定为一航局二公司的过错，不影响援引海事赔偿责任限制。
冯秀臻辩称，1、一审法院将两船倾倒的疏浚物等同于污染物是正确的，涉案两轮向冯秀臻养殖区倾倒疏浚物证据充分，三杰出公司的漂流实验证明“建隆157”轮倾倒的疏浚物能扩散到冯秀臻的养殖区。冯秀臻已提供证据证明其从事了养殖行为，并存在养殖损害，一审对此认定并没有错误。2、三杰公司以吴学敏案所作的证据保全记录为基础，通过海图作业确定倾倒点概位没有问题，一航局二公司应举证证明疏浚物在沉降的作用下不能进入冯秀臻的养殖区，否则应认可三杰公司的报告结论，三杰公司的报告结论是现场进行实验的客观结果，没有必要再进行潮流等数据测定。黄渤海中心的鉴定人员资质并不过期，该报告没有缺陷。南科院的分析报告系一航局二公司单方委托，在法律效力上不应认定，不能作为认定本案事实的依据，不能以此来否定三杰公司及黄渤海中心的报告结论。3、本案未过诉讼时效。《中华人民共和国环境保护法》规定，因环境污染损害赔偿提起诉讼的时效为三年，从当事人知道或应当知道起计算。一航局二公司船舶于2009年6月25日至7月2日施工，2009年10月份冯秀臻发现养殖物大面积死亡，因此，在2012年6月21日提起诉讼不过诉讼时效。4、冯秀臻取得了涉案海域的海域使用证，养殖合法，上诉人应承担全部责任。5、一航局二公司未取得合法有效的倾倒许可证，违法倾倒，属于责任人故意或明知可能造成损失而轻率的作为或不作为造成，无权享受海事责任限制。请求驳回上诉，维持原判。
冯秀臻向一审法院起诉请求：一航局二公司赔偿经济损失200万元，并按中国人民银行公布的同期贷款利率支付利息；承担本案的案件受理费、保全费、鉴定检验费及其他与本案相关的费用。
一审法院认定事实：2007年8月20日，冯秀臻取得海阳市海洋与渔业局确权的养殖海域71.9公顷用于海水养殖，海域使用权证号为国海证073701060号，批准使用终止日期为2017年8月19日，用海范围：北纬36°43.64\'、东经121°25.86\'；北纬36°44.255\'、东经121°25.86\'；北纬36°44.255\'、东经121°26.15\'；北纬36°43.64\'，东经121°26.42\'。
2007年11月、12月，冯秀臻共计购买赤贝苗2300万粒并组织工人进行了分苗、投苗。
2009年6月25日至7月2日，一航局二公司所有和经营的“泥石1”轮、承租的“建隆157”轮在海阳核电项目疏浚工程作业期间，承担了在沿海区域倾倒疏浚物的工程任务，作业期间两船各进行了27次倾倒行为。
2009年6月27日，海阳市大辛家海洋与渔业工作站收到群众举报，有船在冯秀臻海区里倾倒疏浚物，数日后冯秀臻养殖赤贝部分死亡。
2009年6月底，冯秀臻看海人员发现“泥石1”轮、“建隆157”轮两船在其养殖区及周边海域倾倒疏浚物。不久，冯秀臻养殖赤贝出现死亡情况。至2009年10月份赤贝收获季节时发现赤贝大面积死亡，无法收获。
2009年7月1日，在（2009）青海法烟保字第99号证据保全案件中，由一审法院组织进行了证据保全并制作《证据保全现场记录》及证据保全录像和照片。《证据保全现场记录》显示，2009年7月1日下午，“泥石1”轮、“建隆157”轮两船在山东海阳核电厂码头装载疏浚物后分别运至北纬36°43.350\'、东经121°24.948\'东南处，北纬36°41.835\'、东经121°25.782\'北约1海里处倾倒疏浚物。并在北纬36°42.976\'、东经121°26.032\'，北纬36°42.808\'、东经121°25.917\'位置发现长约100-400米、宽约30-50米不等的带状浑浊物及漂浮物污染带。
2009年7月27日，案外人吴学敏向一审法院提起诉讼，案号（2009）青海法烟海事初字第35号，请求法院判令山东核电有限公司、一航局二公司、浙江建隆船务有限公司连带赔偿其养殖物损失本金1925万元。一航局二公司针对该诉讼分别就“泥石1”轮、“建隆157”轮两船向一审法院申请设立海事赔偿责任限制基金，两船基金金额分别为100534、83500特别提款权。一审法院于2009年9月15日受理该申请，并于2009年12月1日在《烟台日报》上发布公告。案外人吴学敏、陈福奎、倪庆东、王伟、姜均庆五人及山东核电有限公司分别于2009年12月1日、2009年12月30日就本案一航局二公司的上述申请向一审法院提出异议，针对该异议，经一审法院审理于2010年2月5日分别作出（2009）青海法烟限第4号、第5号两份民事裁定书，分别裁定驳回一航局二公司就“泥石1”轮、“建隆157”轮两船设立海事赔偿责任限制基金的申请。一航局二公司不服该两份裁定书，上诉于山东省高级人民法院。山东省高级人民法院于2011年2月11日、2月12日分别作出（2010）鲁民四终字第90号、第91号民事裁定书，均裁定撤销原裁定，发回重审。一审法院重新组成合议庭进行审理，于2011年7月4日作出（2011）青海法事重字第4-1号、第5-1号民事裁定书，均裁定准许一航局二公司就“泥石1”轮、“建隆157”轮两船提出的设立海事赔偿责任限制基金的申请，两船基金金额分别为100534、83500特别提款权。并限定一航局二公司应于裁定书生效之日起三日内以人民币或法院认可的担保设立海事赔偿责任限制基金。吴学敏不服上述裁定书，上诉于山东省高级人民法院。山东省高级人民法院于2012年2月23日作出（2012）鲁民四终字第4号、第5号民事裁定书，裁定驳回吴学敏上诉，维持原裁定。然一航局二公司在法定期间内未向一审法院以现金或法院认可的担保方式设立海事赔偿责任限制基金。
2011年7月14日，（2009）青海法烟海事初字第35号案中，一审法院到国家海洋局青岛海洋环境监测中心进行调查并制作《调查笔录》，查实一航局二公司倾倒疏浚物没有取得倾倒许可证，属无证倾倒。
2015年2月28日，一航局二公司作为申请人向一审法院提交《设立海事赔偿责任限制基金申请书》，申请就“建隆157”轮2009年6-7月份在海阳核电项目疏浚工程作业期间倾倒疏浚物可能引起的所有非人身伤亡的赔偿责任申请设立83500特别提款权的海事赔偿责任限制基金。
2015年10月15日，一审法院作出（2015）青海法限字第3号民事裁定书，裁定准许一航局二公司提出的设立海事赔偿责任限制基金的申请，基金数额为83500特别提款权及自事故发生之日2009年6月25日起至基金设立之日止按中国人民银行确定的同期贷款利率计某利息。
在法定期间内，一航局二公司作为申请人向一审法院支付83500特别提款权折算的等额人民币1040588.97元，设立了（2015）青海法限字3号案“建隆157”轮海事赔偿责任限制基金。
冯秀臻起诉后，经冯秀臻申请，一审法院委托在册的三杰公司和黄渤海中心分别对一航局二公司在另案吴学敏案证据保全的倾倒疏浚物是否会扩散到冯秀臻养殖区和冯秀臻的养殖损失进行了检验、鉴定，两公司分别出具《鉴定报告》和《评估报告》。冯秀臻已向三杰公司支付鉴定费3万元人民币。
根据鉴定，在经（2009）青海法烟保字第99号证据保全的“建隆157”轮倾倒点概位附近倾倒的疏浚物，会在潮流作用下进入冯秀臻养殖区，对水质造成一定的影响。2007年12月初冯秀臻在确权的海域进行赤贝底播养殖，2009年7-10月间发生赤贝养殖死亡，冯秀臻养殖赤贝死亡与一航局二公司倾倒疏浚物污染的事实存在一定的关联性。鉴定评估中采捕到的死亡赤贝壳均系2009年死亡的赤贝，冯秀臻赤贝养殖经济损失为1312060元。
另查明，“泥石1”轮系一航局二公司所有和经营，其在作业过程中完全受一航局二公司控制和指挥。
一航局二公司承租的“建隆157”轮，总吨497吨，船舶所有人为戚裕波。根据“建隆157”轮《租船合同》中的记载，一航局二公司派有代表在作业现场统一指挥。
一审法院认为，本案的争议焦点：一、冯秀臻的诉讼请求是否已过诉讼时效，及冯秀臻是否已放弃其债权；二、“泥石1”轮、“建隆157”轮倾倒的疏浚物行为是否给冯秀臻养殖海区造成污染；三、冯秀臻养殖赤贝的损失数额及一航局二公司是否应当对冯秀臻损失承担责任；四、一航局二公司是否可就冯秀臻的赔偿请求享受海事赔偿责任限制。
一、冯秀臻的诉讼请求未过诉讼时效，冯秀臻亦未明确放弃其债权。
（一）《中华人民共和国环境保护法》规定，因环境污染损害赔偿提起诉讼的时效期间为三年，从当事人知道或应当知道受到污染损害时起计算。本案系因一航局二公司自有、经营、承租的船舶倾倒疏浚物造成冯秀臻养殖赤贝生存环境遭受污染死亡而引起的纠纷，应属于因环境污染损害赔偿提起的诉讼。一航局二公司自有、经营、承租的船舶于2009年6月25日至7月2日承担海阳核电项目疏浚工程作业任务期间在冯秀臻养殖区及周边海域非法倾倒疏浚物，2009年10月份冯秀臻在赤贝收获季节时发现赤贝大面积死亡，无法收获。冯秀臻于2012年6月21日在上述三年诉讼时效期间内向一审法院提起诉讼，冯秀臻起诉时未过诉讼时效。
（二）一航局二公司提交（2009）青海法烟限字第4、5号关于设立海事赔偿责任限制基金公告以证明冯秀臻未如期申报债权，冯秀臻构成对债权的放弃。一航局二公司虽向一审法院申请设立海事赔偿责任限制基金，但并未按照本院限定的期间提供现金或法院认可的担保设立海事赔偿责任限制基金，按自动撤回申请处理。因其先前设立海事赔偿责任限制基金引起的诉讼行为，也不再约束冯秀臻，引起的相关公告等行为也不再产生相应的法律效果。故冯秀臻未就没有实际设立的海事赔偿责任限制基金申报债权，不构成对债权的放弃。
二、“泥石1”轮、“建隆157”轮倾倒疏浚物的行为给冯秀臻养殖海区造成污染，构成侵权。
“泥石1”轮、“建隆157”轮两船2009年6月25日至7月2日作业期间共倾倒疏浚物多达54船次，且一航局二公司未提供两船倾倒疏浚物的具体位置。冯秀臻看海人员在看海过程中发现“泥石1”轮、“建隆157”轮两船在冯秀臻养殖区及周边海域倾倒疏浚物后，冯秀臻养殖区海面出现漂浮的污染物。
三杰公司《鉴定报告》结论为：在吴学敏案证据保全的“建隆157”轮倾倒点概位附近倾倒的疏浚物，会在潮流作用下进入冯秀臻养殖区，对水质造成一定的影响。
综合以上情况，一审法院认为，“泥石1”轮、“建隆157”轮倾倒的疏浚物已给冯秀臻养殖海区造成污染。而本案为污染损害赔偿案件，属举证责任倒置，冯秀臻已提供初步证据证实一航局二公司上述两船的倾倒疏浚物行为，冯秀臻养殖赤贝在一航局二公司上述两船倾倒疏浚物后大量死亡，两者存有直接因果关系，在一航局二公司未提供充分证据证实赤贝大量死亡与其倾倒疏浚物无因果关系的情况下，应承担举证不能的后果，由一航局二公司承担对冯秀臻养殖赤贝大量死亡的赔偿。
三、冯秀臻损失数额及一航局二公司是否应当对冯秀臻损失承担责任。
（一）本次事故造成冯秀臻养殖赤贝死亡，根据黄渤海中心的鉴定结论，冯秀臻因2009年7-10月间养殖赤贝死亡造成养殖经济损失为1312060元。据此，一审法院认定冯秀臻养殖赤贝损失数额为1312060元。
冯秀臻申请一审法院委托三杰公司对倾倒疏浚物是否会扩散到冯秀臻养殖区进行了检验、鉴定，并已支付3万元人民币鉴定费，对冯秀臻该项鉴定费的请求予以部分支持。
冯秀臻请求的利息损失，应自其明确主张权利之日即起诉的次日起算至一航局二公司实际付款之日止按中国人民银行公布的同期贷款利息确定。
（二）一航局二公司所有并经营的“泥石1”和承租的“建隆157”轮两船在2009年6月25日至7月2日承担海阳核电项目疏浚工程作业任务期间在冯秀臻养殖区及周边海域倾倒疏浚物，对冯秀臻养殖赤贝生存环境形成污染。
黄渤海中心《评估报告》分析认定，冯秀臻养殖赤贝死亡与一航局二公司倾倒疏浚物污染的事实存在一定的关联性。
《中华人民共和国侵权责任法》第六十六条规定，因污染环境发生纠纷，污染者应当就法律规定的不承担责任或者减轻责任的情形及其行为与损害之间不存在因果关系承担举证责任。在冯秀臻已经举证一航局二公司在冯秀臻养殖区附件存在污染行为，冯秀臻遭受损失，而一航局二公司作为倾倒疏浚物船舶的所有人或承租人，未能在本案中举证证明其倾倒疏浚物的行为与冯秀臻养殖赤贝死亡损失之间不存在因果关系，亦未举证证明按法律规定一航局二公司不承担责任或减轻责任的情形的情况下，冯秀臻关于一航局二公司应对其实际掌控的两船的侵权行为给冯秀臻造成的损失负责的主张，应予支持。
四、一航局二公司不能就冯秀臻的诉讼请求享受海事赔偿责任限制。
《中华人民共和国海洋环境保护法》第五十五条规定：“任何单位未经海洋行政主管部门批准，不得向中华人民共和国管辖海域倾倒任何废弃物。需要倾倒废弃物的单位，必须向国家海洋行政主管部门提出书面申请，经国家海洋行政主管部门审查批准，发给许可证后，方可倾倒。”
“泥石1”轮、“建隆157”轮两船，在2009年6月25日至7月2日承担海阳核电项目疏浚工程作业任务期间，各进行了27次倾倒疏浚物行为。一航局二公司在庭审过程中未提交证明其合法倾倒的相关证据，同时经一审法院向国家海洋行政主管部门国家海洋局青岛海洋环境监测中心调查确认，一航局二公司在此期间的倾倒行为未取得合法的倾倒许可证。故两船的倾倒疏浚物行为违法，对冯秀臻养殖损害应承担赔偿责任。
“泥石1”轮系一航局二公司所有，其在作业过程中完全受一航局二公司控制和指挥；“建隆157”轮系一航局二公司承租经营，根据“建隆157”轮《租船合同》中的记载，一航局二公司派有代表在作业现场统一指挥，一航局二公司应对两船在冯秀臻养殖区及附近海域倾倒疏浚物的违法行为负责。
一航局二公司在没有取得合法的倾倒许可证的情形下违法在冯秀臻养殖区及周边海区倾倒疏浚物，属经证明引起赔偿请求的损失是由于一航局二公司明知其行为可能造成损失而轻率地作为或者不作为所致，一航局二公司关于两船应享受责任限制的主张，不予支持。而设立海事赔偿责任限制基金与能否享受责任限制无关。
综上，依照《中华人民共和国侵权责任法》第六十五条、六十六条、《中华人民共和国海洋环境保护法》第五十五条、《中华人民共和国海商法》第二百零九条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条的规定，判决：一、中交一航局第二工程有限公司于本判决生效之日起十日内赔付冯秀臻人民币1312060元及该款自2012年6月22日起至中交一航局第二工程有限公司实际付款之日止的中国人民银行公布的同期贷款利息；二、驳回冯秀臻对中交一航局第二工程有限公司的其他诉讼请求。如中交一航局第二工程有限公司未按照本判决指定的付款期间履行给付金钱义务，则依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，应加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费人民币22800元、鉴定费人民币30000元，由冯秀臻负担人民币18162元，中交一航局第二工程有限公司负担人民币34638元。
本院二审期间，为确定冯秀臻的养殖成本，本院依法委托山东海事司法院鉴定中心进行了鉴定，该中心于2017年10月10日出具了鲁海司鉴字（2017）第17号司法鉴定意见书，经评估冯秀臻的养殖成本为461538元。2017年10月21日，山东海事司法鉴定中心对鲁海鉴字（2017）第17号鉴定意见书进行了更正，更正后冯秀臻的养殖成本为479847元。冯秀臻对鉴定人的资质及司法鉴定意见书没有异议，认为鉴定意见对保苗费用不予计算不符合实际，看管船费用及人工费用均低于实际支出。一航局二公司对鉴定意见书质证认为：第一、鉴定意见书按照技术规范的最大放养密度取值确定苗种费用，有失公允，应当取中间值；鉴定人按一般情况确定三养殖户看管船舶和人工高于冯秀臻提供证据证明的船舶数和人工数量，冯秀臻的证人陈述只有两艘船，3人看管；海域使用金确定为2年并列入养殖成本不当，应以实际发生的费用为准。第二、鉴定意见书评估的养殖成本，不能直接等同于养殖成本损失，养殖成本损失应以损害发生时养殖区内保有的苗种数量计算，鉴定人计某数量是最初投放苗种的数量，不是损害发生时的保有苗种数量。损害发生时保有苗种数量除以最初投放的苗种数量再乘上评估的成本金额才是冯秀臻的养殖成本损失。同时，冯秀臻还应证明损害的范围和程度。一航局二公司对更正表面形式的真实性没有异议。
一审庭审笔录记载，证人张某陈述其与隋某、何金福一起为张忠勇、冯秀臻、张军兰看海，三人轮班看苗，27米的大船在海上不动，用一小船接送。证人隋某也陈述看海的船是一大一小两条船。
本院对一审法院查明的其他事实予以确认。
本院认为，本案的争议焦点为：第一、冯秀臻的养殖行为是否合法；第二、本案是否超过诉讼时效；第三、一航局二公司是否应对冯秀臻的养殖损失承担赔偿责任；第四、一航局二公司是否可以援引海事赔偿责任限制。
关于第一个焦点问题。《中华人民共和国海域使用管理法》第三条对单位和个人使用海域，规定了必须依法取得海域使用权，即应取得海域使用权证。《中华人民共和国渔业法》第十一条对单位和个人使用国家规划确定用于养殖业的全民所有的水域、滩涂的，规定了应取得使用该水域、滩涂从事养殖生产的许可，即取得养殖许可证。根据上述法律规定，任何单位和个人进行海上养殖，必须持有合法有效的养殖许可证和海域使用证，二者缺一不可，否则养殖行为不合法。在本案中，冯秀臻只有涉案海域的海域使用权证书，自始未能提供养殖许可证，因此，不能认定冯秀臻的养殖行为合法，一航局二公司主张冯秀臻为非法养殖的理由成立，应予支持。
关于第二个焦点问题。《中华人民共和国环境保护法》第十六条规定：“提起环境损害赔偿诉讼的时效期间为三年，从当事人知道或者应当知道其受到损害时起计算。”一般的侵权引起的损害赔偿诉讼时效为一年，本案为海洋环境污染引起的损害赔偿，《中华人民共和国环境保护法》为特别法，本案应适用特别法的规定，即三年的诉讼时效。冯秀臻主张其发现养殖区存在养殖损害是在2009年10月份，此时冯秀臻应当知道养殖受损，应自此时开始计算诉讼时效，至2012年6月21日提起本案诉讼，不超过三年，因此，本案不超过诉讼时效。一航局二公司主张本案超过诉讼时效的理由不成立，不予支持。
关于第三个焦点问题。为确定一航局二公司的倾倒疏浚物是否会影响到冯秀臻的养殖区，一审法院依法委托三杰公司进行鉴定，三杰公司及鉴定人均具备鉴定资质，鉴定程序合法，该鉴定报告应予采信。一航局二公司自行委托南科院所做鉴定属于单方证据，与三杰公司所作的鉴定结论存在矛盾，对该报告不予采信。根据三杰公司的鉴定报告，一航局二公司的倾倒物会影响到冯秀臻的养殖区。海洋环境污染损害，是指直接或者间接地把物质或者能量引入海洋环境，产生损害海洋生物资源、危害人体健康、妨害渔业和海上其他合法活动、损害海水使用素质和减损环境质量等有害影响。一航局二公司倾倒疏浚物属于直接将物质引入海洋环境，并影响到冯秀臻的养殖区，因此，可以认定构成海洋环境污染，一航局二公司应对污染造成的后果承担赔偿责任。
冯秀臻在涉案区域进行养殖行为不合法，其可得利益损失不应予以保护，但其成本损失应当予保护。为确定冯秀臻的养殖成本，本院依法委托山东海事司法鉴定中心进行了鉴定。经鉴定，冯秀臻投入的苗种及投放费用为124090元，海域使用费为43140元，养殖区看管费为312617元，该三项构成了冯秀臻的养殖成本。苗种及投放费用系鉴定人员依据相关技术规范确定的放养数量及投放产生的费用，对于海域使用费冯秀臻虽然未提供缴纳相关费用的单据，但其拥有海域使用权证，该部分费用是必然要发生的费用，该两部分费用应予采信。根据一审庭审中冯秀臻方证人的陈述，为张军兰、张忠勇、冯秀臻看海的人员为三人，两条船，因此，养殖区看管产生的费用应根据实际予以确定。根据鉴定报告提供的数据，看管人员工资应为3×4000×24=288000元；船舶租金应为2×3500×24=168000元；两条船两年的燃料费为73234元，合计529234元。根据证人的陈述，三名看海人共同为张军兰、张忠勇、冯秀臻三家看海，目的是为减少费用，结合张军兰、张忠勇、冯秀臻三人大致的海域面积，看管费用可以按2：1：1的比例分配，即冯秀臻海区看管费应为132308.5元。因此，冯秀臻的养殖成本合计为124090+132308.5+43140=299538.5元。黄渤海中心的鉴定报告不是确定本案损失的依据，对其作出的数据及结论不予采信。本院委托的山东海事司法鉴定中心具有鉴定资质，鉴定人员也具备鉴定资质，鉴定程序合法，山东海事司法鉴定中心根据相关技术规范测定的养殖成本，与黄渤海中心实际捕捞的数量无关，因此，一航局二公司主张应按14.5%的比例确定养殖成本，不予采信。一航局二公司应赔偿冯秀臻养殖成本损失299538.5元。
关于第四个焦点问题。一航局二公司未取得合法的倾倒许可证，涉案两船向海洋倾倒疏浚物的行为属于违法行为。一航局二公司明知自己没有取得合法的倾倒许可证，违法向冯秀臻的养殖区或附近区域倾倒疏浚物，一审法院认为属于明知其行为可能造成损害而轻率的作为或不作为所致，并无不当。《中华人民共和国海商法》第二百零九条规定：“经证明，引起赔偿请求的损失是由于责任人故意或者明知可能造成损失而轻率的作为或不作为造成的，责任人无权依照本章规定限制赔偿责任。”因此，一审认定一航局二公司无权享受海事赔偿责任限制，并无不当。
综上所述，一航局二公司的上诉请求部分成立，应予支持。依照《中华人民共和国海域使用管理法》第三条、《中华人民共和国渔业法》第十一条、《中华人民共和国环境保护法》第十六条、《中华人民共和国民法通则》第一百二十四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、维持青岛海事法院（2012）青海法海事初字第173号民事判决第二项；
二、变更青岛海事法院（2012）青海法海事初字第173号民事判决第一项为：中交一航局第二工程有限公司于本判决生效后十日内赔偿冯秀臻299538.5元及利息（自2012年6月22日起按中国人民银行同期贷款利率计算至判决确定的还款之日）。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费22800元，鉴定费30000元，由中交一航局第二工程有限公司负担10560元，冯秀臻负担42240元；二审案件受理费22800元，鉴定费12500元，由中交一航局第二工程有限公司负担7060元，冯秀臻负担28240元。
本判决为终审判决。
审判长 赵 童
审判员 董 兵
审判员 王 磊
二〇一七年十一月二十二日
书记员 王晓琦