重庆市高级人民法院
民 事 判 决 书
（2010）渝高法民终字第00208号
上诉人（原审原告、反诉被告）：重庆市中大建设集团有限公司，住所地重庆市涪陵区体育南路龙湾花园龙腾阁。
法定代表人：栗汉堂，该公司总经理。
委托代理人：杰强，重庆精韬律师事务所律师。
委托代理人：陈震，重庆鼎圣律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：重庆沛鑫实业发展有限公司，住所地重庆市九龙坡区石桥铺石新路176号。
法定代表人：邓德梅，该公司董事长。
委托代理人：陈兵，重庆静升律师事务所律师。
委托代理人：陈鹏飞，重庆静升律师事务所律师。
上诉人重庆市中大建设集团有限公司（以下简称中大公司）与上诉人重庆沛鑫实业发展有限公司（以下简称沛鑫公司）建设工程施工合同纠纷一案，重庆市第五中级人民法院于2010年8月25日作出(2008)渝五中民初字第505号民事判决，中大公司与沛鑫公司均对该判决不服，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，于2010年10月25日、2016年1月15日公开开庭审理了本案。上诉人中大公司的委托代理人陈震、杰强，上诉人沛鑫公司的委托代理人陈鹏飞、陈兵，到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
一审法院经审理查明：2006年10月24日中大公司与沛鑫公司签订《建设工程施工合同》，合同约定：由中大公司承建沛鑫公司所属地“重庆沛鑫汽摩配及汽车名品城一期工程”项目的施工。承包施工范围包括施工图纸建筑范围内的建筑、装饰、门、窗、给排水、水电安装、道路等（不含主体结构）。承包方式为中大公司全额垫资即：“承包人全额垫资所承接工程内容的全部资金，发包人在全部工程通过验收后40天内，支付全部工程款的50%到承包人指定账户上，剩余的50%全部工程款在扣除3%质保金后，在验收后70天内支付到承包人指定账户上”。合同价款及调整采用可调价格合同，合同价款调整方法：土建执行重庆市99定额及相关配套文件，安装执行重庆市2000定额及相关配套文件，按三类工程取费等。有关工程决算约定：按通用条款33款和财建（2004）369号文件执行。合同还约定发包人违约应付给承包人应付进度款金额万分之三的日息，同时承担应付进度款金额5%的违约金。承包人违约按延期竣工每天承担1000元的违约责任，提前竣工每天奖励1000元，违约与奖励最多计算30天。2007年1月双方通过往来函件对分包项目二期工程4S店标段主体、钢结构、水电安装及内外粗装修等进一步明确由中大公司施工。嗣后，中大公司按约对一、二期工程进行了施工，分别于2007年4月11日和5月11日竣工并综合验收投入使用。2007年6月1日和6月21日中大公司分别向沛鑫公司报送了一、二期的竣工结算报告和竣工结算资料。一期工程结算价为35668575.48元，二期决算价为4286394.20元，共计为39954969.68元。该结算资料均由沛鑫公司工作人员李霞、周明传签收。沛鑫公司共向中大公司支付工程款19378800元。
2007年11月12日，中大公司、沛鑫公司会同高新区建委、高新区劳动局、二郎派出所的有关人员开会形成会议纪要“由于中大公司所递交的工程决算资料造价约为3300万元，与我公司内部审算价格2049万元差距较大。在结算未能达成共识的情况下，中大公司以急需资金发放民工工资为由，要求沛鑫公司支付500万元，双方因此产2007年11月12日，中大公司、沛鑫公司会同高新区建委、高新区劳动局、二郎派出所的有关人员开会形成会议纪要“由于中大公司所递交的工程决算资料造价约为3300万元，与我公司内部审算价格2049万元差距较大。在结算未能达成共识的情况下，中大公司以急需资金发放民工工资为由，要求沛鑫公司支付500万元，双方因此产生纠纷，中大公司邀请区建委、区劳动局、二郎派出所于2007年11月12日下午16时至21时，由区建委徐小军副主任主持并协同区劳动局、二郎派出所在我公司三楼会议室召开协调会。期间中大公司徐朝波经理代表公司对近期采取的不当行为以及给我公司生产秩序带来不同程度的影响表示道歉。对此，我公司总经理邓德梅同志本着和谐、积极、体谅民工生活困难的原则，积极支持区建委、劳动局的调解意见，在双方认可的前提下，最终达成以下共识：生纠纷，中大公司邀请区建委、区劳动局、二郎派出所于2007年11月12日下午16时至21时，由区建委徐小军副主任主持并协同区劳动局、二郎派出所在我公司三楼会议室召开协调会。期间中大公司徐朝波经理代表公司对近期采取的不当行为以及给我公司生产秩序带来不同程度的影响表示道歉。对此，我公司总经理邓德梅同志本着和谐、积极、体谅民工生活困难的原则，积极支持区建委、劳动局的调解意见，在双方认可的前提下，最终达成以下共识：
一、双方应积极配合工程决算工作，期限在一个月内完成，即2007年11月12日—2007年12月11日。对工程决算项目双方无疑问的内容，当场签字确认，有疑问的项目列出表格，双方法人见面协商解决。二、沛鑫公司暂支付给中大公司决算款贰佰伍拾万元整（2500000元）。三、重庆市中大建设集团公司给沛鑫公司写出书面承诺，若所支付金额250万元在沛鑫公司工程决算款范围外，超出部分按双倍赔偿，并且在结算完毕之前，中大公司不再以任何理由向沛鑫公司索要工程结算余款。”
2007年11月13日，中大公司向沛鑫公司发出“承诺书”载明：“贵公司于2007年11月13日划拨的￥2500000.00元（大写：贰佰伍拾万元整）工程款，愿双倍退回。望贵公司尽快完成结算审核工作，在本月内我司不会以任何理由向贵公司索要工程款。”
一审另查明，双方合同约定具体开工时间以发包人发出的开工令为准。现工程已竣工并交付使用，发包方仍未发出开工令。2006年11月24日建设单位、原施工单位重庆鑫泰建筑工程有限公司（以下简称鑫泰建司）、现施工单位中大公司及消防单位等形成的工地监理例会纪要载明：“……从明天开始以中大公司为主，下一步工作要抓紧……要求中大公司加快进度，并全面铺开。”一期工程于2007年4月11日竣工。二期工程竣工时间为5月11日。但沛鑫公司于2007年1月23日向中大公司发函载明二期工程内容，同月30日中大公司就该函所涉工程内容向沛鑫公司回了函。沛鑫公司于工程竣工后与209户购房者签订购房合同，其中2007年5月15日后签约有10户，交房时间早于签约时间有13户，签约时间和交房时间不是同一个月有18户，现房销售有9户。209户购房合同仅有部分进行了备案登记，有些合同无购买人身份证明，无购房款票据。2006年9月8日沛鑫公司（甲方）与重庆沛鑫物业管理有限公司（以下简称沛鑫物业公司、乙方）签订协议载明：“由于甲方所开发的一期工程全部为汽摩商铺，其销售具有很大的困难。为了使商铺的销售得以顺利进行，甲方愿意拿出部分销售收入推广促销。故，甲方对客户承诺：对业主所购商铺实行两年返租。每年返租金额为甲方销售价的10%。由于政策原因，甲方不具备返租资格，故，返租工作需要乙方配合。”沛鑫公司于2007年3月8日至3月23日向沛鑫物业公司支付违约金2279654元。另查明，中大公司于2006年进场至2007年4月11日和5月11日期间共降雨52天，没有50毫米/日的记录。工程设计变更、工程增加耽误工期若干天。
2008年12月，中大公司以沛鑫公司欠付工程款为由，向一审法院提起诉讼，请求判令沛鑫公司支付工程款20576169.68元及相应利息1870888.23元，支付违约金1028808.48元并承担本案一切费用。沛鑫公司以中大公司迟延竣工导致其交房迟延，造成损失及因中大公司没有提供完整的结算资料，且在结算中双方存在较大分歧致结算工作未能最终完成为由，提起反诉，请求判令：1.中大公司向其支付工期迟延违约金30000元，并赔偿因迟延竣工导致沛鑫公司支付给购房人的租金损失2279654元；同时自2007年3月起以2279654元为基数，按银行同期贷款利息向沛鑫公司赔偿利息损失到中大公司支付该款项之日止；2.判令中大公司向沛鑫公司支付维修费14527元；3.判令中大公司向沛鑫公司双倍返还多付工程款；4.判令中大公司承担本案反诉费。
一审审理中，经一审法院释明，沛鑫公司提出审计申请并交纳鉴定费。其间，双方达成共识，自愿选定重庆市中平造价审计事务所为本工程造价进行审计。后经一审法院按规定摇号，选定重庆天廷工程咨询有限公司作为本案所涉工程造价审计机构。沛鑫公司交纳了鉴定费30万元，中大公司和沛鑫公司均未提供所差的相关鉴定资料，导致鉴定不能。
一审法院认为，合同虽然约定了按通用条款33款和财建（2004）369号文件执行（即45天内审核完毕），沛鑫公司在45天未审结完毕，但双方于2007年11月12日的会议纪要证实了结算并未审核完毕，同时亦显示出沛鑫公司对中大公司报出的结算价款存有异议，通过审计确定工程结算款。次日中大公司给沛鑫公司的“承诺书”中亦再次表明“望贵公司尽快完成结算审核工作。”由此，中大公司对沛鑫公司在合同约定时间内未将结算审核完毕表示了谅解，并认可沛鑫公司可继续尽快完成结算审核工作。至此，双方的结算工作已经不受合同约定的45天审核完毕的限制。从公平原则出发，同时为查明案件事实，该院审判委员会决定本案所涉工程结算应委托工程造价审计事务所进行审计。
按照合同约定开工时间暂定2006年11月1日，以发包方的开工令为准，发包方自始至终未发出开工令。因工程前期是鑫泰建司施工，有一个清理交接及发包方和监理方认可的程序。三方于2006年11月24日的会议纪要上明确了中大公司于次日起为主并全面铺开。由此，开工时间应当认定为2006年11月25日。
按照合同约定，降雨量达到≥50毫米/日，工期顺延。本案中施工方施工期间所举示的气象资料显示，其雨天共有46天，而施工时间正值重庆地区最冷的季节。阴雨湿滑又是室外作业，以人性化的角度考虑应当扣除降雨天数。根据合同约定的工期，扣除降雨天数后，其施工工期并未逾期。
一审审理中沛鑫公司举示了209份购房合同，但有一部分合同未办理备案登记，有部分无购房人的身份证明，还有一部分亦无购房人已经支付房款的票据等。该209份合同中有的反映出是现房销售，也就是竣工验收合格以后的房屋；有的合同反映出项目竣工验收合格后新签订的合同；有的合同反映出交房在前，合同签订在后。另外，无证据证明209份合同系何时交房、是否已经实际履行，故无法确定209份合同的租金损失。沛鑫公司反诉称通过银行已向209户购房户支付了租金。经审理查明，在与中大公司签订建设施工合同前的2006年9月8日，沛鑫公司（甲方）与沛鑫物业公司（乙方）（签订《协议》对本案所涉项目商铺实行返租，由沛鑫公司（甲方）将返租租金支付到沛鑫物业公司账户，再由乙方按时支付给业主。但沛鑫公司仅举示了从银行支付给沛鑫物业公司的返租租金，而未提供支付给购房户租金的证据，故该《协议》是否实质性的履行，没有证据证实。即使实际履行也是沛鑫公司与沛鑫物业公司间履行他们签订的《协议》，该返租金无法也不能确认为逾期交房支付的违约赔偿金。故沛鑫公司要求中大公司赔偿因迟延竣工导致其支付给购房人的租金损失2279654元无证据支持且违反建设部2001年6月1日实施的《商品房销售管理办法》第十一条之规定，该院不予支持。
双方于2006年10月24日签订的《房屋建筑工程质量保修书》约定“在保修期内，如工程施工质量确需处理，发包人书面通知承包人3日内必须进行处理，否则发包人有权另请他人维修处理，费用在保修金内扣除。庭审中，沛鑫公司没有举示已经履行了书面通知义务的证据。虽然举示了发票、收据及工作联单。但这些证据既不能证明已经书面通知了中大公司进行维修，又与维修事项不具关联性，故沛鑫公司的该反诉请求没有证据支持，不予主张。
审理中该案由法院委托交由重庆天廷工程咨询有限公司（以下简称天廷公司）进行工程造价审计。虽然双方达成共识，自愿将该工程造价审计交重庆市中平工程造价审计事务所审计，但双方选定中介机构不符合相关规定，故由法院按规定和程序选定了审计单位。沛鑫公司按规定交纳了鉴定费。天廷公司即进行工程造价审计，做了工程造价审计的相关工作，根据鉴定部门给一审法院的情况说明，导致鉴定不能的原因系中大公司和沛鑫公司未能提供所需的全部鉴定资料，致使鉴定工作无法再继续进行，导致造价审计部门不能作出工程造价的最终结论。根据谁主张谁举证的原则，中大公司要求沛鑫公司支付工程款及相应利息和逾期付款违约金的请求，缺乏事实依据，该院对此不予支持。同时沛鑫公司在举证过程中亦未及时提供完整的鉴定资料，也应承担鉴定费的相应责任。
综上所述，中大公司的诉讼请求缺乏事实依据，该院依法不予主张。沛鑫公司的反诉请求因证据不充分，该院不予主张。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条和《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决：一、驳回中大公司的诉讼请求；二、驳回沛鑫公司的反诉请求。本案诉讼费159179元由中大公司负担，本案反诉诉讼费12697元由沛鑫公司负担。鉴定费30万元，由中大公司负担15万元，由沛鑫公司负担15万元。
中大公司不服一审判决，向本院提起上诉，请求：1、依法撤销一审判决第一项，改判沛鑫公司立即支付中大公司工程款20576169.68元及相应利息1870888.23元并支付违约金1028808.48元。2、诉讼费由沛鑫公司承担。事实与理由：一、原审法院认定事实不清，证据不足。因双方约定中大公司全额垫资，才约定了沛鑫公司应在45天内对结算进行答复，否则应按中大公司提交的结算资料确定工程款。对此约定双方从未进行过改变。二、原审法院适用法律不当。中大公司于2007年6月1日和6月21日分别向沛鑫公司报送了一、二期的竣工结算报告和竣工结算资料。该结算资料均有沛鑫公司工作人员李霞、周明传签收。沛鑫公司一直没有提出异议。根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十二条的规定，中大公司要求沛鑫公司按照报送的结算金额支付余下的工程款及利息理应得到法律的支持。一审法院经释明，由沛鑫公司提出审计申请，那么审计不能的后果应是沛鑫公司举证不能，而不应是中大公司举证不能从而驳回中大公司的诉讼请求。
沛鑫公司答辩称：请求驳回中大公司的上诉请求。事实及理由：2007年11月12日的会议纪要能证明沛鑫公司正在对中大公司报送的结算报告进行了审核，中大公司也同意配合审核。因审核不能达成一致意见，故本案工程造价应进行鉴定，不能按照中大公司报送的结算报告确定工程造价。一审诉讼中鉴定报告未作出，是中大公司未提交资料导致鉴定不能，鉴定费应由中大公司承担。
沛鑫公司亦不服一审判决，向本院提起上诉，请求：1.撤销一审判决第二项，依法改判支持沛鑫公司的反诉请求。2.鉴定费30万元由中大公司全部承担。3.诉讼费用由中大公司全部承担。事实及理由：一、中大公司已构成工期违约，应赔偿因工期违约造成的损失。双方当事人的合同工期为总日历天数90天，开工日期为2006年11月1日，竣工日期为2007年1月28日。一期工程逾期73天，二期工程逾期19天。根据合同约定，中大公司应向沛鑫公司支付违约金3万元。另因中大公司迟延竣工，导致沛鑫公司交房产生迟延，对购房人产生违约，为防止损失的扩大，沛鑫公司采取措施，采用返租形式与购房人签订租赁合同，以支付租金的形式向购房人赔付损失2309654元，该损失应由中大公司承担。二、工程存在质量问题，中大公司未按合同约定履行保修义务，应承担沛鑫公司垫付的维修费14527元。三、根据中大公司的承诺，其应向沛鑫公司双倍返还多支付的工程款。四、本案应当对工程款进行司法鉴定，并由中大公司承担鉴定费。
中大公司答辩称：请求驳回沛鑫公司的上诉请求。事实及理由：中大公司并未逾期竣工，不应支付违约金，同理，也不应赔偿损失。维修费不应由中大公司承担。按照结算报告，沛鑫公司还欠付工程款，未多支付。本案工程价款不应鉴定。
二审审理中，双方当事人同意自行结算。经双方共同委托的结算人员计算，除仍对屋面保温层的厚度有争议外，双方当事人对本案工程造价达成一致意见，即不含屋面保温层价格的本案争议工程造价为21580913.15元。如屋面聚苯保温板的厚度按30毫米计算，工程造价增加269028.98元；如屋面聚苯保温板的厚度按55毫米计算，工程造价增加497820.88元。竣工图上标明的屋面聚苯保温板的厚度为55毫米，沛鑫公司在双方结算过程中称实际厚度没有达到55毫米，经双方当事人现场测量，厚度接近30毫米。沛鑫公司称厚度与竣工图不一致，系质量不合格，故屋面保温层不应计价。中大公司称工程竣工已久，应按竣工图标明的厚度计价。另：双方当事人确认，沛鑫公司在本案诉前对中大公司所报工程结算审核时，屋面保温层厚度是按照30毫米审核的。
沛鑫公司在二审中提出，其代付的一些款项应予扣除。包括：1.支付原总包单位的配电设施费33099元；2.塔吊进出场费65246.74元；3.招投标综合服务费，如屋面聚苯保温板的厚度按30毫米计算，中大公司应分摊35324.39元，按55毫米计算，中大公司应分摊38542.14元；4.民工保险费，如屋面聚苯保温板的厚度按30毫米计算，中大公司应分摊37983.22元，按55毫米计算，中大公司应分摊41443.16元；5.环保费分摊，如屋面聚苯保温板的厚度按30毫米计算，中大公司应分摊36843.72元，按55毫米计算，中大公司应分摊40199.86元；6.常规检查费，如屋面聚苯保温板的厚度按30毫米计算，中大公司应分摊26588.25元，按55毫米计算，中大公司应分摊29010.21元；7.鑫泰建司总承包费，因鑫泰建司是总承包方，按惯例应支付2%的总包管理费。如屋面聚苯保温板的厚度按30毫米计算，总包管理费为382130.27元，按55毫米计算，总包管理费为386706.11元；8.二期综合服务费为6858.57元；9.档案资料装订费8880元；10.二期民工保险费6858.57元；11.银鑫四方地面处理费33058元；12.水电费214192.19元；13.因中大公司夜间施工被环保部门罚款28000元，已由沛鑫公司代缴；14.鑫泰建司移交出售中大公司材料费20946元。另外，沛鑫公司认为，因工程质量有问题，3%的工程质量缺陷保证金不应支付。
沛鑫公司认为上述款项应予扣除是依据为2006年11月16日沛鑫公司、中大公司、鑫泰建司签订的《三方协调会议纪要》及《三方协调会议纪要（规费问题）》。《三方协调会议纪要》提到了配电设施费由三家公司各负担三分之一；塔吊进出场费由中大公司、鑫泰建司各负担二分之一；档案资料相关费用由中大公司、鑫泰建司按结算造价按比例分摊。《三方协调会议纪要（规费问题）》约定投标综合服务费、民工保险费、环保部门排污费、常规检测费由各参建单位按结算造价按比例分摊。沛鑫公司另提交了中大公司2007年1月27日的《函》，中大公司在该函中称请沛鑫公司垫付二期项目的招投标等费用，完工后由中大公司按三方协议比例支付。沛鑫公司还提交了中大公司2006年11月8日到2007年4月8日的水电费清单八份，每一份均有中大公司人员代晓东的签字；2006年12月19日《鑫泰建司移交出售中大建司计材料费清单》，金额20946元，上有中大公司人员代晓东的签名。
中大公司认为，上述款项均不应扣除，质保期已过，工程质量缺陷保证金应该退还。
二审另查明：双方当事人在《建设工程施工合同》中约定的竣工结算条款内容为：按通用条款33款和财建【2004】369号文件执行。在2006年10月24日签订的《房屋建筑工程质量保修书》第五条中约定：工程竣工验收合格后，工程造价的3%作为工程质量保证金，保修期满1年退70%，余下的30%保修期满3年时退还，保修金不计利息。
本院查明的其他事实与一审查明的事实相同。
本院认为，首先，中大公司和沛鑫公司签订的《建设工程施工合同》合法有效，双方当事人应按照合同约定履行各自的权利义务。虽然双方当事人在合同中约定竣工结算按通用条款33款和财建【2004】369号文件执行，中大公司也于2007年6月1日和6月21日向沛鑫公司报送了一、二期的竣工结算报告和竣工结算资料。但中大公司在2007年11月12日由区建委、区劳动局、二郎派出所参加的协调会上与沛鑫公司达成一致意见，表示双方积极配合工程决算工作，期限在一个月内完成。这表明，双方就结算问题已另行达成合意，即不再按照按通用条款33款和财建【2004】369号文件执行。其次，虽然双方当事人在一审中申请了工程造价鉴定，但鉴定因故未能完成。二审中，双方当事人同意自行结算，并就除屋面保温层以外的工程造价达成一致意见，本院予以确认。关于屋面保温层造价，双方的争议在于保温层的厚度。虽然竣工图上标明的厚度为55毫米，但沛鑫公司在双方诉讼之前的结算审核中就提出屋面保温层厚度应按30毫米计算，双方在二审结算中又共同进行了测量，厚度为近30毫米，故屋面保温层厚度应按30毫米计算。因此，本案工程造价应为21580913.15元+269028.98元=21849942.13元。
关于沛鑫公司主张的应予扣除的代付款问题。本院认为，首先，沛鑫公司主张扣除的配电设施费、塔吊进出场费、档案资料相关费用、投标综合服务费、民工保险费、环保部门排污费、常规检测费，扣除依据为《三方协调会议纪要》及《三方协调会议纪要（规费问题）》，上述协议除中大公司和沛鑫公司外，协议方还有鑫泰建司，且上述费用的扣除金额与鑫泰建司的结算金额有关。因鑫泰建司并非本案当事人，故上述费用各协议方应承担多少不应在本案中处理，沛鑫公司可另行主张权利。同理，二期综合服务费、二期民工保险费沛鑫公司并未举证系单独交纳，按照中大公司2007年1月27日的《函》，也是按三方协议比例负担，因涉及鑫泰建司，也不应在本案中处理。其次，因中大公司和沛鑫公司的合同中并未约定要向鑫泰建司支付总承包费，故沛鑫公司所称按惯例中大公司应向鑫泰建司支付总承包费，其代付的该笔款项应从中大公司的工程款中扣除的理由不能成立。第三，沛鑫公司并未举证证明银鑫四方地面处理费、环保部门罚款与中大公司有关，该两笔费用也不应由中大公司负担。最后，施工用水电费沛鑫公司举示了由中大公司工作人员签字的具体单据，水电费属于施工方的施工成本，故水电费214192.19元应从中大公司的工程款中扣除。另：因沛鑫公司提交了由中大公司工作人员签字的《鑫泰建司移交出售中大建司计材料费清单》，中大公司工作人员在清单上签字表明中大公司已接收该部分材料，该清单所列金额20946元已由沛鑫公司代付，故该费用应从中大公司的工程款中予以扣除。
关于3%的工程质量缺陷保证金应否退还的问题。本院认为，工程质量缺陷保证金系保证工程质量缺陷保证期内的工程质量，本案一期工程于2007年4月11日竣工，二期工程于2007年5月11日竣工，质量缺陷保证期已过，沛鑫公司并无证据证明工程质量有问题，故3%的工程质量缺陷保证金不应扣除。
综上，本案工程造价应为21849942.13元，减去沛鑫公司的已付款19378800元及中大公司应负担的水电费214192.19元、移交材料费20946元，沛鑫公司还应支付中大公司工程款2236003.94元。
关于欠付工程款的利息问题。双方当事人在施工合同中约定，沛鑫公司在全部工程通过验收后40天内，支付全部工程款的50%到中大公司指定账户上，剩余的50%全部工程款在扣除3%质保金后，在验收后70天内支付到中大公司指定账户上。中大公司施工内容为一期、二期工程，双方当事人并未约定一期、二期单独付款，中大公司在报送结算书时也是作为一个结算报送的，故应以二期工程的竣工时间确定工程款应付时间。二期竣工时间为2007年5月11日，沛鑫公司最迟应在2007年7月20日将工程款的97%即21194443.87元付给中大公司。现沛鑫公司只支付了19378800元，加上水电费214192.19元、移交材料费20946元，剩余的1580505.68元应从2007年7月21日起向中大公司支付。因双方当事人在合同中并未约定欠付工程款利息标准，按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条的规定，应按照中国人民银行同期同类贷款利率计息。另外，因双方当事人约定3%的工程质量缺陷保证金在保修期满1年退70%，余下的30%保修期满3年时退还，保修金不计利息。本案工程总造价为21849942.13元，3%的工程质量缺陷保证金为655498.26元，按照双方合同约定，458848.78元应在2008年5月11日退还，196649.48元应在2010年5月11日退还。故工程质量缺陷保证金458848.78元应从2008年5月12日、196649.48元应从2010年5月12日向中大公司按照中国人民银行同期同类贷款利率支付利息。
关于沛鑫公司的反诉请求问题。本院认为，虽然双方当事人在施工合同中约定合同工期为90天，但同时约定开工时间以沛鑫公司发出的开工令为准，而沛鑫公司直至工程竣工也没有发出开工令，不能确定中大公司的具体开工时间。并且，根据查明的事实，本案工程施工过程中有设计变更，且下雨52天，故沛鑫公司称中大公司逾期竣工证据不足。沛鑫公司主张中大公司迟延竣工导致其交房迟延，造成损失。因无法确认中大公司逾期竣工，故沛鑫公司的反诉请求一审法院不予支持正确，应予维持。
综上所述，因一审鉴定因故未能完成，导致一审认定事实不清，应予纠正。根据《中华人民共和国合同法》第六十条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（三）项的规定，判决如下：
一、维持重庆市第五中级人民法院(2008)渝五中民初字第505号民事判决第二项；
二、撤销重庆市第五中级人民法院(2008)渝五中民初字第505号民事判决第一项；
三、重庆沛鑫实业发展有限公司在本判决生效后十日内支付重庆市中大建设集团有限公司工程欠款2236003.94元，并支付欠款利息（其中：1580505.68元从2007年7月21日起按照中国人民银行同期同类贷款利率支付利息；458848.78元从2008年5月12日起按照中国人民银行同期同类贷款利率支付利息；196649.48元从2010年5月12日按照中国人民银行同期同类贷款利率支付利息，至付清之日止。）;
四、驳回重庆市中大建设集团有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费159179元由重庆市中大建设集团有限公司负担，反诉案件受理费12697元由重庆沛鑫实业发展有限公司负担；鉴定费30万元，由重庆市中大建设集团有限公司负担15万元，由重庆沛鑫实业发展有限公司负担15万元。二审案件受理费171876元，由重庆市中大建设集团有限公司负担143260元，重庆沛鑫实业发展有限公司负担28616元。
本判决为终审判决。
审 判 长 田晓梅
审 判 员 唐渝梅
代理审判员 周 倩
二〇一六年三月三十一日
书 记 员 张永川