广东省广州市南沙区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）穗南法民三初字第416号
原告：广东开平市三建集团有限公司。
法定代表人：杨炳旺，职务总经理。
委托代理人：赵辉林，广东中泽律师事务所律师。
被告：广州南吉湾房地产有限公司。
法定代表人：文星月。
原告广东开平市三建集团有限公司诉被告广州南吉湾房地产有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告委托代理人赵辉林到庭参加诉讼，被告广州南吉湾房地产有限公司经本院公告送达，没有依时到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告广东开平市三建集团有限公司诉称，2012年3月9日，广州南吉湾投资管理有限公司（注：以下简称南吉湾投资公司）与广州市天河天平燕塘装饰工程部（注：以下简称燕塘装饰工程部）签订《建筑工程施工合同》，约定由燕塘装饰工程部承建南吉湾投资公司开发的南沙十九涌商业街一期工程A-
G组团土建及粗装修工程、给排水工程、电气工程、消防报警工程、消防给水工程等。合同签订后，工程于2012年8月开始施工。2012年8月10日，被告与原告签订《南沙十九涌商业街建筑施工合同补充协议（一）》约定由原告承建南沙十九涌商业街一期工程（完成A、B、C组团未完成部分，新建D、E、F、G组团），南吉湾投资公司与燕塘装饰工程部所签订的《建筑工程施工合同》中南吉湾投资公司的全部权利义务由被告承担，燕塘装饰工程部的全部权利义务由原告承担。2012年8月19日，燕塘装饰工程部与原告向被告及南吉湾投资公司出具《承诺函》，确认各自在前述合同的全部权利和义务转让事实。原告接手工程后，工程进展顺利，双方在施工过程中还签署了多份补充协议，确定工程范围、施工方式及双方的权利义务事宜等。因被告一直未依约支付工程款，双方多次发生争议。2013年11月8日，在广州南沙围垦开发公司的协调下，双方签订《终止合同协议书》，确认：1、立即终止南吉湾投资与燕塘装饰工程部所签订的《建筑工程施工合同》以及原被告签订的《建筑工程施工合同》及原被告签订的《南沙十九涌商业街建筑施工合同补充协议（一）》；2、双方委托广东中量工程投资咨询有限公司对原告完成的工程量进行总结算，由该公司对原告完成的工程量作出最终结算文件《最终结算审核报告》，原被告都必须予以认可；3、在《最终结算审核报告》后十天内，被告按该报告确认的工程造价的95%进行支付，逾期被告需向原告赔付延迟支付违约金至付清全部欠款为止，并约定了违约金的计算方法。2014年1月23日，原被告签订《关于南沙十九涌商业街一期工程质保期的约定》，约定该工程质保期的终止时间为2014年12月31日。2014年3月27日，广东中量工程投资咨询有限公司出具《南沙十九涌商业街一期西堤商业街一期工程结算编制报告》，次日，原被告签订《补充合同》确认原告完成的工程造价为51967971.30元。2014年4月9日，原被告双方签订《工程造价确认书》，双方确认：一、原告为被告完成的工程量造价为51967971.30元；二、至2014年3月28日止，被告共向原告支付工程款31614948.37元，被告实欠原告工程款20353022.93元，质保金总额为2598398.57元，质保期满被告再支付给原告，扣除质保金后，被告应支付金额为17754624.36元；三、被告确认按双方2013年11月8日签订的《终止合同协议书》的约定向原告支付欠款。2014年7月25日，原被告双方签订《南沙十九涌商业街一期工程质量保修协议书》，双方约定：原承建工程出现的工程质量问题，在本协议签订后由被告自行保养维修；原告同意在工程质保金中扣除55万元作为被告保养维修费用，该保养维修费不作任何调整。根据原被告签订的前述协议，被告应于2014年4月7日前，向原告支付工程款人民币17754624.36元，在2015年1月1日向原告返还质保金2048398.57元，并在每个月的最后一天向原告支付当月的延迟支付违约金，但被告至起诉日止，仅支付工程款2150000元（最后一次付款为2014年7月25日，金额50万元），违约金支付至2014年11月6日止，余款一直拖延支付。截至2015年3月31日，被告尚欠原告工程款17653022.93元，延迟支付违约金1005627.29元。故诉至本院，请求判令：1、被告立即向原告支付工程款人民币17653022.93元；2、被告向原告支付逾期付款违约金直至被告付清全部工程款时止（违约金计算方法：2014年11月7日至2014年12月31日以15604624.36元为本金，按年利率15%计算；以17653022.93元为本金，从2015年1月1日至2015年4月6日以按年息15%计算，2015年4月7日至全部工程款付清之日止按年息20%计算）。3、原告在上述工程款本息的范围内对原告承建的南沙十九涌商业街一期工程（A、B、C、D、E、F、G组团）享有优先受偿权；4、被告承担全部诉讼费。
被告提交书面答辩状辩称：其与原告签订的《南沙十九涌商业街建筑施工合同补充协议（一）》无效。根据《南沙十九涌商业建筑施工合同补充协议（一）》，燕塘装饰工程部与南吉湾投资有限公司于2012年3月9日签订《建设施工合同》全部权利义务由原告承担，但燕塘装饰工程部是没有工程建设资质的公司，故燕塘装饰工程部与南吉湾投资公司所签订《建设施工合同》是无效合同，同样原告与被告签订的《南沙十九涌商业街建筑施工合同补充协议（一）》是无效合同，并且该工程项目至今为止没有通过验收，该项目不具备结算条件。
经审理查明，2012年3月9日，南吉湾投资公司与燕塘装饰工程部签订了《建设工程施工合同》（GF-1999-0201），约定：一、工程概况。工程名称：南沙十九涌西堤商业街一期工程；工程地点：广州市南沙区；工程内容：南沙十九涌西提商业街一期工程A，B，C，D，E组团土建及粗装修工程；资金来源：企业自筹。二、工程承包范围：1.商业街一期土建及粗装修工程，2.商业街一期排水工程，3.商业街一期电气工程，4.商业街一期消防报警工程，5.商业街一期消防给水工程。合同价款采用定额结算方式确定等。
2012年8月10日原告（乙方）与被告（甲方）签订《南沙十九涌商业街建筑施工合同补充协议（一）》，约定：2012年3月9日燕塘装饰工程部就南沙十九涌西堤商业街一期工程A、B、C、D、E、G组团的建筑施工事宜曾与南吉湾投资公司签订过《建筑工程施工合同》，现因南吉湾投资公司已经办理注销登记，无法履行原合同，而新签约主体广州南吉湾房地产有限公司正在办理工商登记手续。为加快南沙十九涌商业街的建设速度，由南吉湾投资公司的原法定代表人苏某先生代表南沙十九涌商业街一期工程A、B、C、D、E、G组团的工程发包方与广东开平市三建集团有限公司签订本协议：一、承包工程范围：南沙商业街A、B、C、D、E、F、G组团未完成施工或未开始施工项目的基础管桩、土方施工、框架工程（至主体结构封顶）、外围护结构施工、门窗制安及其他粗装饰工程、给排水工程施工、水电设备安装等工作（不含消防工程），其中：A、B、C组团为未完成施工项目、D、E、F、G组团为新建项目。二、施工日期及工期。（一）各组团的施工工期为：A组团工期为110日历天（包含A组团新增加一层）；B组团工期为80日历天；C组团工期为130日历天；D、E、F、G组团工期为150日历天。六、其他：（一）本补充协议如与2012年3月9日的《建设工程施工合同》有任何抵触，以本协议约定为准；没有约定的，依照该合同条款执行。（二）A、B、C、D、E、F、G各组团甲方第一次付款给乙方时，甲方根据乙方施工量双方签字确认支付（按原合同执行），各组团甲方第二次付款时，乙方将第一次付款及第二次将要付款的发票交付甲方，甲方方可支付第二次款项。（如因甲方原因不能开票，则甲方需先按量支付相应款项，乙方后补发票）。（三）该工程造价预计30000000元，实际造价以最后结算为准。（四）南沙十九涌商业街A、B、C、D、E、F、G组团的工程发包方广州南吉湾房地产有限公司成立后，将由该公司对2012年3月9日的《建设工程施工合同》及本协议内容进行确认，即由广州南吉湾房地产有限公司承担2012年3月9日与燕塘装饰工程部签订的《建设工程施工合同》及本协议的一切权利和义务；212年3月9日燕塘装饰工程部与南吉湾投资公司签定的《建设工程施工合同》的权利与义务由广东开平市三建集团有限公司承担等。
2012年8月19日原告与燕塘装饰工程部向南吉湾投资公司、被告出具《承诺函》，承诺：“燕塘装饰工程部是劳某甲投资的企业，劳某乙为燕塘装饰工程部法定代表人。广州南吉湾房地产有限公司是文星月等投资的企业，法定代表人为文星月（苏某和文星月两人是夫妻关系）。2012年3月9日南吉湾投资公司就南沙十九涌商业街A、B、C、D、E、F、G组团的建筑施工事宜与燕塘装饰工程部签订了一份《建筑工程施工合同》。现决定将燕塘装饰工程部在该合同中享有的权利和义务全部转由广东开平市三建集团有限公司（法定代表人为杨炳旺）享有和承担，广东开平市三建集团有限公司也愿意继受和履行南吉湾投资公司与燕塘装饰工程部签订的《建筑工程施工合同》的权利和义务，并承担该合同相关的经济和法律责任。”同日，被告与南吉湾投资公司向燕塘装饰工程部及原告出具《承诺函》承诺：“南吉湾投资公司是由苏某投资的企业，苏荣村为南吉湾投资公司法定代表人。广州南吉湾房地产有限公司是文星月等投资的企业，法定代表人为文星月（苏某和文星月两人是夫妻关系）。2012年3月9日南吉湾投资公司就南沙十九涌商业街A、B、C、D、E、F、G组团的建筑施工事宜与燕塘装饰工程部签订一份《建筑工程施工合同》。现决定将南吉湾投资公司在该合同中享有的权利和义务全部转由广州南吉湾房地产有限公司（法定代表人为文星月）享有和承担，广州南吉湾房地产有限公司也愿意继受和履行广州南吉湾投资管理有限公司与燕塘装饰工程部签订的《建筑工程施工合同》的权利和义务，并承担该合同相关的经济和法律责任。”
2013年11月8日，原告（乙方）与被告（甲方）签订《终止合同协议书》约定：一、甲乙双方同意立即终止南吉湾投资公司与燕塘工程部于2012年3月9日签订的《建设工程施工合同》，以及南吉湾投资公司更名为广州南吉湾房地产有限公司后与代表燕塘装饰工程部的广东开平市三建集团有限公司于2012年8月10日签订的《南沙十九涌商业街建筑施工合同补充协议（一）》。二、甲乙双方一致决定委托广东中量工程投资咨询有限公司（以下简称中量公司）对乙方完成的工程量进行工程总结算。对中量公司出具的结算《审核初稿》，甲乙双方如有异议，可向中量公司提出修改意见，由中量公司根据定额站的相关资料信息，依据建筑工程相关法律法规，作出公平合理的判断。在此基础上，中量公司对乙方完成的工程量作出的最终结算文件《最终结算审核报告》，甲乙双方都必须予以认可。三、甲方原来提出的对A、B、C组团工程中存在的属于乙方责任范围内的质量维修工作乙方已在2013年9月30日前完成维修。若发现仍有属于乙方责任而需要维修的，乙方同意在质保期内继续负责维修工作。其余D、E、F、G组团工程因未正式完式，由乙方先自行检查维修后并由监理公司出具验收意见给甲方。四、甲乙双方同意在本终止合同协议签订后即对A、B、C组团及D、E、F组团进行移交。在完成ABC组团移交给甲方后的三十天内，甲方要支付2000000元工程款给乙方（其中十五天内付500000，余下的1500000需在一个月内付清）。五、在中量公司出具《最终结算审核报告》后的十天内，甲方需按该《最终结算审核报告》确认工程造价的95%向乙方进行支付。支付该笔给乙方的工程款时可扣除甲方之前已支付的工程款及按本协议第四条支付的款项。在甲方支付该款项的同时，乙方应向甲方提交与本工程相关的所有文字材料及开具相应金额的发票。乙方在向税务部门开具发票时若需甲方配合，如提供资料等，甲方必须无条件配合。如甲方到期无法支付工程款给乙方，则甲方需向乙方赔付逾期付款的延迟付款履约违约金直至付清全部欠款为止。赔付延迟支付履约金计算办法：A、在超过支付工程款约定时间3个月内的，甲方要按欠款总额的年息7%向乙方支付延迟支付履约金，并且每满一个月的最后一天，甲方要先将该月的延迟支付履约金支付给乙方；B、在超过支付工程款约定时间的3个月至6个月内，甲方要按欠款总额的年息10%向乙方支付延迟支付履约金，并且每满一个月的最后一天，甲方要先将该月的延迟支付履约金支付给乙方；C、在超过支付工程款约定时间的6个月至12个月内，甲方按欠款总额的年息15%向乙方支付延迟支付履约金，并且每满一个月的最后一天，甲方要先将该月的延迟支付履约金支付给乙方；D、甲方超过12个月仍未付清拖欠的工程款给乙方时，甲方要按欠款总额的年息20%向乙方支付延期支付违约金，并且每满一个月的最后一天，甲方要先将该月的延迟支付履约金支付给乙方；同时，乙方有权起诉并依法申请诉讼保存。六、甲方同意回收乙方尚未使用的工程材料（甲方能够使用的材料），如双方已协商好价格的按协商价回收，如双方没协商好价格的按市场价回收。七、2013年7月22日会议之后，乙方保证工人不闹事。八、5%的工程保质金，在中量公司出具《最终结算审核报告》后的一年内付清，一年内主体工程发生质量问题，属乙方责任的，由乙方负责保修。如果乙方无故不承担维修工作或故意延迟维修工作的，甲方有权自行维修，费用从质保金中扣除。九、本协议未尽事宜由双方另行协商解决，若协商不成，则任何一方未按本协议履行而给对方造成损失的，可向有管辖权的人民法院通过诉讼解决纠纷。
2014年1月23日，原被告双方签订《关于南沙十九涌商业街一期工程质保期的约定》，约定：“由于该工程合同终止（2013年11月8日已签订终止合同）建设方与业主方双方同意，该建设工程质量保证期的终止时间为2014年12月31日。在此时间前，主体工程如出现由于建设方原因而引起的质量问题，全部由建设方负责。”
2014年3月27日，广东中量工程投资咨询有限公司出具《南沙十九涌西堤商业街一期工程结算编制报告》，内容为南沙十九涌西堤商业街一期工程A、B、C、D、E、F、G组团土建及粗装修工程、给排水工程、电气工程、消防报警工程、消防给水工程的造价金额为51967971.30元。
同年3月28日，原告（乙方）与被告（甲方）签订《补充合同》，约定：双方同意乙方为甲方承包施工的南沙十九涌商业街建筑工程的实际工程造价，以双方确认乙方实际完成的工程量并按建设工程施工合同及补充协议等规定作出工程结算，乙方为甲方南沙十九涌西堤商业街建筑工程A、B、C、D、E、F、G组团，经双方委托的广东中量工程投资咨询有限公司已作出的《南沙十九涌西堤商业街一期工程结算编制报告》，并经双方确认，其实际完成的工程造价为51967971.30元，甲方须协助并配合乙方做好完税及开发票等工作。
2014年4月9日，原、被告双方签订《工程价款确认书》：“甲、乙双方一致同意广东中量工程投资咨询有限公司于2014年3月27日作出的《南沙十九涌西堤商业街一期工程结算编制报告》，并于2014年3月27日经甲、乙双方盖章确认，乙方为甲方实际完成的工程总造价为51967971.30元。至2014年3月28日止，甲方总共向乙方支付工程款为31614948.37元，甲方现在实际仍欠乙方的工程款20353022.93元未付。按原合同规定工程款5%为质保金，其质保金总额2598398.57，质保期满后甲方再支付质保金给乙方。目前甲方需支付乙方的金额为17754624.36元。甲方确认按双方在2013年11月8日签订的《终止合同协议》中有关支付工程款的约定向乙方偿付欠款。本确认书在签订一年后，甲方如果还有工程款及工程款利息尚未付清，则乙方有权向法院起诉，追回甲方所欠工程款，直至欠款全部付清。”
2014年7月25日，原告（乙方）与被告（甲方）签订《南沙十九涌商业街一期工程质量保修协议书》，双方约定南沙十九涌西堤商业街一期工程是由甲方投资、乙方施工承建的商业项目。在施工过程中，由于各种原因，甲、乙双方于2013年11月8日签订了《终止合同协议书》，同意解除该工程的施工合同，按乙方已经完成的工程现状进行结算。乙方按《终止合同协议书》退场后，因该工程尚处于未完工状态，造成该工程存在一些质量隐患及问题，如天沟、外墙、卫生间地面、铝合金窗等多处地方出现渗水、漏水现象（下简称：工程质量问题）未能得到及时处理。现甲、乙双方多次友好协商，依照国家的有关法律法规，遵循平等、自愿，公平和诚实信用原则，就该工程所有出现渗水、漏水现象的工程质量问题返工保修施工事项达成一致意见，订立本协议书，条款如下：一、乙方承建该工程所产生所有渗水、漏水现象的工程质量问题，在本协议签订后由甲方自行保养维修，责任甲方自负，与乙方无关。二、乙方同意甲方在该工程的质保金中扣除550000元，作为甲方处理该工程所有渗水、漏水质量问题的保养维修费用；在本协议签订后，无论何种原因，该保养维修费用不作任何调整。
2015年1月23日，原告（乙方）与被告（甲方）就被告欠原告工程款违约金（2014年9月7日至2015年1月6日止）723291.09元问题签订《协议书》约定：“一、乙方同意接受甲方提出的由甲方支付现上述违约金519441.61元（即2014年9月7日至2014年11月6日三个月的违约金）给乙方作为其工人欠薪支付方案；二、甲方支付乙方的519441.61元由甲方委托广州南沙围垦开放公司代为支付，乙方对此无异议；……。五、甲方欠乙方工程款及违约金按原合同执行。”该《协议书》附件《违约金计算附件》载明：根据双方于2013年11月8日签订的《终止合同协议书》第五条关于赔付逾期付款违约金的规定，甲方截止2015年1月6日应支付给乙方工程款违约金723291.9元，其中：1、2014年9月7日至2014年10月6日欠付违约金128257.19元；2、2014年10月7日至2014年11月6日欠付违约金198798.64元；3、2014年11月7日至2014年12月6日欠付违约金192385.78元；4、2014年12月7日至2014年12月31日25天：15604624.36元＊15%＊25天／365天=160321.48元；5、2015年1月1日至2015年1月6日共6天：17653022.93元＊15%＊6天／365天=43528元。二、甲、乙双方于2014年1月23日签订的《关于南沙十九涌商业街一期工程质保期的约定》，甲方应于2015年1月1日退还质量保证金2598398.57元，鉴于2014年7月25日双方签订的《南沙十九涌商业街一期共程质量保修协议书》乙方在2014年12月31日质保期满后，需返还550000元作为质量保修金给甲方，因此，甲方应返还乙方的实际质量保证金为2048398.57元，该工程款至今未还给乙方，因此该工程款从2015年1月1日起需计算违约金。
庭审中，原告确认被告在双方签订《工程价款确认书》后有向其支付过工程款2150000元及从2014年9月7日至11月6日止的违约金519441.61元。原告另陈述其在2012年8月12日进场开始施工，其在签订《终止合同协议书》当日开始向被告移交涉案工程，至2014年7月25日前全部移交完毕。
诉讼中，本院向广州市规划局南沙分局进行了调查取证，该局在《调查笔录》中陈述“包含南吉湾C区商铺在内的整个由广州南吉湾房地产有限公司开发的广州南沙区万顷沙十九涌西围北岸西段物业工程即整个南吉湾工程均未查到已办理《建设工程规划许可证》”。
广州市国土资源和房屋管理局南沙区分局与广州市规划局南沙区分局复函［穗国房南（2015）405、859号］本院，内容为位于广州市南沙区万顷沙镇十九涌西围南堤商业街项目未完善有关用地手续，该局曾于2013年8月27日和2014年8月28日向广州南沙围垦开发公司送达《土地违法案件行政处罚决定书》（穗国房南罚字（2013）003号、穗国房南罚字（2014）1008号），该两份处罚决定书已依法生效，违法用地当事人已按决定书缴纳了罚款；该两份处罚决定书所涉违法用地范围为2012年度国家土地卫片第56、57号图斑，以及2013年度国家土地变更调查卫片第221、223号图斑，具体范围详见土地勘测定界技术报告（见附件1）；上述2012年度国家土地卫片第56、57号图斑用地范围取得土地使用权证书（见附件2），但土地使用人为广州南沙区土地开发中心，且明确土地批准用途为农用地；2013年度国家土地变更调查卫片第221、223号图斑用地范围未查询到土地使用权证书核发信息。上述穗国房南罚字（2013）003号《土地违法案件行政处罚决定书》载明：因广州南沙围垦开发公司未完善有关用地批准手续，擅自占用广州市南沙区万顷沙镇十九涌西堤18976.74平方米土地建设旅游配套设施，反映为2012年度国家土地卫片第56、57号图斑。该地块在《广州市南沙区土地利用总体规划《2010-2020》》中含城镇建设用地11838.93平方米，一般农用地6907.25平方米，基本农田230.61平方米，该行为违反了《中华人民共和国土地管理法》第四十四条的规定，故广州市国土资源和房屋管理局作出行政处罚：1、责令你单位十五日内退还非法占用的土地，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。2、对你单位非法占用的土地，按建设用地10元／平方米、一般农用地20元／平方米、基本农田30元／平方米的标准并处罚款，罚款合计263452.60元。穗国房南罚字（2014）1008号《土地违法案件行政处罚决定书》载明：因广州南沙围垦开发公司未完善有关用地批准手续，擅自占用万顷沙镇十九涌西侧修建商业街，反映为2013年度国家土地变更调查卫片监测图斑221、223号。经测量，该地块涉及土地面积8460.03平方米，其中一般农用地7007.59平方米，建设用地1452.44平方米，该地块有1514.30平方米不符合《广州市南沙区土地利用总体规划（2010-2020年）》，有6945.73平方米符合《广州市南沙区土地利用总休规划（2010-2020年）》。故广州市国土资源和房屋管理局作出作出如下行政处罚：一、对于不符合《广州市南沙区土地利用总体规划（2010-2020年）》的1514.30平方米土地的部分，责令你单位十五日内自行拆除在该土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对于符合《广州市南沙区土地利用总休规划（2010-2020年）》的6945.73平方米土地部分，没收在该土地上新建的建筑物和其他设施；二、对非法占用的土地，按照耕地每平方米30元，一般农用地每平方米20元，建设用地及未利用地每平方米10元的标准并处罚款，罚款合计154676.2元。
诉讼中本院前往广州南沙围垦开发公司调查取证，该公司陈述，《土地违法案件行政处罚决定书》（穗国房南罚字（2013）003号、穗国房南罚字（2014）1008号）涉及的土地就是上述复函［穗国房南（2015）859号］附件的土地，该土地的权属人是南沙区土地开发中心，是该中心委托其管理的，其曾将该土地出租给广东天宸投资发展有限公司，该公司在上述土地上开始建设建筑物，但因该公司资金断裂，其与广东天宸投资发展有限公司解除合同，并收回土地。后其又将上述土地租给被告，广东天宸投资发展有限公司将土地上的建筑物转给被告，被告将上述土地上的建筑工程统称为南沙十九涌商业街一期工程（A、B、C、D、E、F、G组团）。因上述土地是由其出租的，所以办理上述土地的用地、规划、报建都通过其办理，但至今上述土地及建筑物为办理用地、报建手续，规划手续尚在补办中。
再查明，广东开平市三建集团有限公司成立于1999年1月3日，经营范围为房屋建筑工程施工总承包一级等。
广州南吉湾房地产有限公司成立于2012年8月6日，经营期限至2016年6月26日。
广州南吉湾投资管理有限公司成立于2012年3月9日，2012年11月6日经广州市工商行政管理局萝岗分局核准注销。
本院认为，涉案的南沙十九涌西堤商业街一期工程至今未取得土地使用权证、未取得建筑工程规划许可证、未办理报建手续的工程，且已经广州市国土资源和房屋管理局行政处罚，故原被告就涉案工程签订的《南沙十九涌商业街建筑施工合同补充协议（一）》违反了法律的强制性规定，为无效合同。虽然合同无效，但原告已对涉案工程进行施工并将该工程交付被告，原被告就涉案工程已经进行结算并约定了逾期付款的违约金标准，且工程已过双方约定的质保期，故原告诉请的工程款17653022.93元合理有据，本院予以支持。被告抗辩依据不足，本院不予采纳。原被告在《协议书》的附件《违约金计算附件》中确认被告应付原告2015年1月6日以前违约金金额为723291.09元，其中“3、2014年11月7日至2014年12月6日欠付违约金192385.78元；4、2014年12月7日至2014年12月31日25天：15604624.36元＊15%＊25天／365天=160321.48元；5、2015年1月1日至2015年1月6日共6天：17653022.93元＊15%＊6天／365天=43528元。”故原告主张的2014年11月7日至2015年1月6日期间的的违约金应为192385.78元＋160321.48元＋43528元，合计396235.26元；2015年1月6日后的违约金，根据双方《终止合同协议书》确定的违约金计算标准，应以工程款17653022.93元为本金，在2015年4月6日以前应按年利率15%的标准，该日后按年应按年利率20%计算，但违约金总额不得超过欠付工程款金额。因涉案工程至今未办理规划、报建等手续，且工程建筑物已经广州市国土资源和房屋管理局行政处罚，故原告诉请其享有优先受偿权依据不足，本院不予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》五十二条第（五）向、第六十条、第一百零七条，《中华人民共和国城乡规划法》第三十七、四十条的规定，判决如下：
一、被告广州南吉湾房地产有限公司应于本判决发生法律效力之日起十日内向原告广东开平市三建集团有限公司支付工程款17653022.93元及违约金（其中2014年11月7日至2015年1月6日期间的违约金总额为396235.26元；该日后以17653022.93元为本金，从2015年1月7日起至2015年4月6日止按年利率15%的标准计算，从2015年4月7日至全部工程款付清之日止按年利率20%的标准计算，违约金总额不得超过欠付工程款金额）。
二、驳回原告广东开平市三建集团有限公司其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案受理费133752元，由被告广州南吉湾房地产有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省广州市中级人民法院。
审 判 长 邓小春
代理审判员 何炎辉
人民陪审员 陈金好
二〇一五年十一月十七日
书 记 员 梁凤茵