北京市第二中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）京02民终1611号
上诉人（原审被告）：北京中献电子技术开发中心，住所地北京市海淀区蓟门桥西土城路*号三段。
法定代表人：诸敏刚，经理。
委托诉讼代理人：温树飞，北京市东方律师事务所律师。
委托诉讼代理人：田纪华，北京市京都律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：北京愚牛房地产开发有限公司，住所地北京市大兴区安定镇兴安营村东原老镇政府院内。
法定代表人：王勤学，董事长。
委托诉讼代理人：江荣卿，北京大成律师事务所律师。
委托诉讼代理人：罗玲，北京大成律师事务所律师。
原审第三人：北京二商健力食品科技有限公司，住所地北京市丰台区永外南顶路22号。
法定代表人：刘春华，董事长。
委托诉讼代理人：李书江，北京市中孚律师事务所律师。
原审第三人：北京东方宝鼎投资有限公司，住所地北京市平谷区平谷镇府前西街40号205室。
法定代表人：刘增，董事长。
委托诉讼代理人：杲杨，北京市北斗鼎铭（南京）律师事务所律师。
原审第三人：北京中献智泉信息技术有限公司，住所地北京市海淀区马甸南村一号7幢201号。
法定代表人：诸敏刚，经理。
委托诉讼代理人：王翔蔚，女，北京中献智泉信息技术有限公司法务。
委托诉讼代理人：徐杰珍，天津安泽海森律师事务所律师。
上诉人北京中献电子技术开发中心（以下简称中献电子中心）因与被上诉人北京愚牛房地产开发有限公司（以下简称愚牛公司）、原审第三人北京二商健力食品科技有限公司（以下简称二商公司）、原审第三人北京东方宝鼎投资有限公司（以下简称宝鼎公司）、原审第三人北京中献智泉信息技术有限公司（以下简称中献智泉公司）合同纠纷一案，不服北京市大兴区人民法院（2015）大民初字第14467号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年2月13日立案后，依法组成合议庭进行了审理，现已审理终结。
中献电子中心上诉请求：1.撤销一审判决，改判驳回愚牛公司的诉讼请求；2.一、二审诉讼费由愚牛公司负担。主要事实和理由：一审判决认定事实不清，适用法律错误。1.一审认定北京辛庄养鸭场原为愚牛公司所有，查明事实有误；2.一审法院认定愚牛公司与我公司在北京辛庄养鸭场转让上存在直接的合同关系，事实认定有误。我公司与愚牛公司不存在直接法律关系，没有向其付款的义务；3.《国有土地使用权转让协议》以及与之相关的法律文件因违反法律的强制性规定应认定为无效。一审认定《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》不适用本案，适用法律错误；4.《占地拆迁补偿协议（之一、之二）》、《安置清退补偿协议（之一、之二）》与我公司无关，而《房产转让协议（之一、之二）》无效且没有实际履行，一审判决对违约金的认定属于事实认定错误、适用法律错误。愚牛公司从未向我公司主张过所谓债权，已经超过诉讼时效，也未举证证明其实际损失，因此，一审判决支持违约金，事实不清，证据不足。
愚牛公司辩称，同意一审判决。一审判决查明事实清楚，法律适用和判决内容合法。1.中献电子中心滥用诉讼权利，增加诉累，在丰台区人民法院另行起诉，不仅逃避了自己的应付款义务，同时否定了已经签约的合法合同项下几方应当承担的法律责任和法律后果。2.针对中献电子中心上诉理由第一项，一审判决经审理查明北京辛庄养鸭场原为愚牛公司所有，这属于笔误。正确的写法应为北京辛庄养鸭场原为北京市禽蛋公司（以下简称禽蛋公司）所有，即现在的二商公司所有。3.本案真实的法律关系是愚牛公司将北京辛庄养鸭场转让给中献电子公司，一审法院对该事实予以确认。4.中献电子中心提出的最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释不适用本案。因该解释仅涉及国有划拨土地使用权的转让，本案中从协议的签署及到合同的履行，既涉及土地又涉及房产，因此，中献电子中心主张的条款不适用本案。5.针对中献电子中心提出的合同效力问题，从双方举证以及法院查明的事实可以确认，各方当事人在协议签署后有真实履约行为，包括付款以及交接，中献电子中心无法否认协议签署后自己参与合同履行的事实。因此，其关于合同效力以及真实法律关系的上诉请求和事实理由不应得到支持。
二商公司辩称，一审判决对我公司的事实认定是正确的，同意一审判决。
宝鼎公司辩称，认可一审判决中对于我公司有关事实部分的认定。
中献智泉公司辩称，我公司同意中献电子中心的上诉请求，中献电子中心与愚牛公司之间没有标的物转让关系，买卖关系不成立。一审判决认定事实错误，适用法律错误，愚牛公司的诉讼请求应当予以驳回。
愚牛公司向一审法院起诉请求：1.中献电子中心支付我公司转让款1349万元（其中定金600万元，尾款749万元）；2.中献电子中心按照日万分之五的标准向我公司支付延期付款违约金（定金600万元：300万元自2007年12月19日起至实际付清之日止，定金300万元自2007年12月24日起至实际给付之日止；产权转让付款协议中所约定1639万元：500万元自2009年8月21日起至2009年9月30日止，390万元自2009年8月21日起至2010年6月11日止，749万元自2009年8月21日起至实际支付之日止）。
一审法院认定事实：北京辛庄养鸭场原为愚牛公司所有，该养鸭场宗地面积184.38亩，为国有土地使用权，土地使用证号为大兴县国用（籍）字第37号、38号。2006年10月22日，禽蛋公司与愚牛公司签订《占地拆迁补偿协议书》约定，禽蛋公司将上述宗地由愚牛公司开发建设，愚牛公司对宗地使用权和地上物拆迁给予一次性补偿11984700元。
2007年11月9日，禽蛋公司（甲方）、愚牛公司（乙方）、宝鼎公司（丙方）、中献智泉公司（丁方）、中献电子中心（丁方）就上述北京辛庄养鸭场签订《国有土地使用权转让协议（总协议）》。该协议约定：一、标的状况：北京辛庄养鸭场土地面积184.38亩，土地证号为大兴县国用籍字第37号、**号，房产面积18254.20平方米，房产证号：京房权证兴股字第XXXX、0XXXX、0XX**号。二、再转让说明：1.2006年10月，甲、乙双方签订了北京辛庄养鸭场转让协议（占地拆迁补偿协议），乙方收让禽蛋公司所属北京辛庄养鸭场184.38亩国有划拨土地。协议签订后，乙方按照协议约定，向甲方支付了相应的占地拆迁及安置清退补偿费，完成了该块土地上房产的过户手续；2.在该块土地转让过程中，乙方由于自有原因，未能如约为甲方代缴土地出让金，故土地过户尚未完成；3.乙方因资金不足，同意解除其于2006年10月与甲方订立的前述协议，并将已经受让的房产再转让给丁方；4.甲方同意将北京辛庄养鸭场占地转让给丁方，并同意乙方的再转让请求，协助各方完成土地、房产过户至丁方名下的相关手续；5.丁方同意按照本协议约定的条件受让北京辛庄养鸭场占地的国有土地使用权及其地上房屋所有权。三、转让费（指人民币、含占地拆迁、房产转让、租赁户清退、原场职工的安置补偿等全部费用，下同）：1.转让费为每亩23.50万元；2.转让费总额为4332.93万元；3.上列价款不包括丁方替甲方补交的土地出让金。四、付款方式：本协议订立后3个工作日内，丁方须向甲方支付定金600万元；自丁方支付定金之日起一个月内，甲、乙方应当为丁方办毕本协议约定房屋的产权过户手续，使丁方成为该房产法律和事实上的所有权人。自乙方为丁方办毕本协议约定的产权过户手续之日起十日内，丁方应向乙方支付房产转让费260万元。自乙方收到丁方支付的房产转让费之日起七日内，乙方应完成租户清退工作，向丁方实际移交场地；同时，甲方应将其所属土地移交丁方占有、使用、收益；剩余3472.93万元在丁方取得房屋所有权证后20个工作日内，由丁方一次性打入甲、乙、丙、丁四方共同议定的开户行为交通银行的共管账户。在丁方实际取得国有土地使用权证之前，对于该笔转让费的任何支出，均须经甲、乙、丙、丁四方法定代表人或者其委托的人签字并由各自单位盖章认可、在甲方或第三方提供切实担保时，丁方应允许甲方提起不超过1140万元的共管金额；在甲方为丁方办毕国有土地使用权和房屋产权变更登记、丁方实际取得国有土地使用权证次日起3个工作日内，上列剩余3472.93万元扣除担保时提取费用所剩余款全部支付给甲方，丁方不再参与共管。五、特别约定第2、3项：《占地拆迁补偿协议（之一、之二）》、《安置清退补偿协议（之一、之二）》和《房产转让协议（之一、之二）》与本协议冲突的，按本协议执行；甲方委托丙方为代表，与丁方订立《安置清退补偿协议（之一、之二）》。后中献电子中心向愚牛公司支付了上述协议中的房产转让费260万元。
同日，禽蛋公司、宝鼎公司、愚牛公司分别与中献智泉公司、中献电子中心签订《占地拆迁补偿协议（之一、之二）》、《安置清退补偿协议（之一、之二）》和《房产转让协议（之一、之二）》。上述协议均约定中献智泉公司、中献电子中心未按约定付款的，按日以应支付款项数额的万分之五支付违约金。
2007年12月10日，禽蛋公司和宝鼎公司做出关于国有土地使用权转让协议（总协议）退出资金共管的有关说明，主要内容如下：禽蛋公司、愚牛公司、宝鼎公司、中献智泉公司、中献电子中心签订了北京辛庄养鸭场184.38亩国有土地的转让协议，为了保证愚牛公司（转让方）在本次转让中的合法权益，禽蛋公司、宝鼎公司同意退出本协议中有关资金共管的约定，不再参与本次转让的资金共管，协议中的相关权益由愚牛公司独自享有。
2007年12月，中献电子中心出具证明，主要内容如下：中献智泉公司已存入交通银行账号为：×××（此账户为与愚牛公司的共管账户）2048.548万元，中献电子中心已存入交通银行账号为×××（此账户为与愚牛公司的共管账户）1000万元。中献电子中心还有669.385万元未存入交通银行该共管账户，一周内，将把该款项存入相应共管账号。
2008年，禽蛋公司（甲方）、愚牛公司（乙方）、宝鼎公司（丙方）、中献智泉公司（丁方）、中献电子中心（丁方）就北京辛庄养鸭场签订《北京辛庄养鸭场交接协议》。该协议约定：二、交接说明。1、北京辛庄养鸭场正式交接给丁方管理和受益，甲、乙、丙方不再享有所述标的物权益。乙、丙方负责清理本协议生效前标的物所产生的所有债权债务关系，并负责清退标的物上现有的承租户。2、北京辛庄养鸭场上所有承租户合同原件由丁方保管，甲、乙、丙方可持有复印件，并保证不再利用标的物签订租赁合同。3、标的物按现状交接，人事关系、财务关系由乙、丁双方交接清楚。4、甲、乙、丙方停止在标的物上的经营活动，本协议生效前北京辛庄养鸭场、北京前辛庄鸭场的所有债权债务由乙方承担。三、交接费用。履行完以上所述交接工作后，丁方从共管账户支付给乙方800万元，由丙方出具往来发票，由乙方出具正式发票。此交接费用800万元抵做土地清退补偿费，从标的物出让的土地清退补偿费用中扣除。
2008年3月下旬，中献智泉公司向禽蛋公司支付了上述交接费800万元。
2009年2月24日，禽蛋公司（甲方）、愚牛公司（乙方）、宝鼎公司（丙方）、中献智泉公司（丁方）、中献电子中心（丁方）就上述北京辛庄养鸭场签订《国有土地使用权转让协议（总协议）补充协议》，补充协议约定：甲、乙、丙三方所应获得的转让价款和补偿收益，均在产权交易成功取得产权交易凭证（产权交割单）后10日内一次付清；原协议中所述标的宗地内的现有占地方、承租方及原厂员工的分流安置由甲方或甲方委托代理方进行清退和安置，其费用由丁方承担（该费用包含在原协议转让费用总额中）；本协议履行期限至2009年6月30日，如本协议到期未能履行，则维持原协议的执行。
2009年2月24日，禽蛋公司（甲方）与中献电子中心（乙方）签订《产权转让付款协议》约定：甲方与乙方就产权转让价款及相关费用达成如下协议：1、乙方已就产权转让项目支付人民币1690万元，余款2642.93万元；2、余款支付方式为：（1）禽蛋公司500万元；（2）愚牛公司1639万元；（3）宝鼎公司503.93万元（包括办理产权交易所需全部费用）；3、付款日期为产权转让取得交割单后十日内一次付清。愚牛公司、宝鼎公司亦在前述协议上签字并加盖公章。
2009年8月8日，禽蛋公司（甲方）与中献电子中心（乙方）签订《产权交易合同》。该合同约定，本合同所涉及之标的企业北京辛庄养鸭场是合法存续的、并由甲方合法持有其全部出资人权益的国有独资企业，具有独立的企业法人资格；乙方受让产权后对原标的企业进行改建，标的企业法人资格存续的，原标的企业的债务仍由改建后的标的企业承担，债权人有异议的，由乙方承担责任。
2009年8月11日，禽蛋公司将北京辛庄养鸭场整体产权挂牌转让给中献电子中心，并取得企业国有产权交易凭证。
2009年9月28日，禽蛋公司向中献电子中心发出通知。该通知内容如下：根据贵我双方2009年2月24日所签产权转让付款协议原则及你方与愚牛公司达成的共识，就目前清退转让标的企业内原承租户等事项，同意预先支付愚牛公司500万元，并由该公司出具发票。2009年9月30日，中献电子中心向愚牛公司支付了500万元，愚牛公司向中献电子公司出具了发票。2010年5月5日，禽蛋公司、愚牛公司、宝鼎公司向中献电子中心发出通知。该通知内容如下：根据2009年2月24日四方签订的“产权转让付款协议”约定，同意支付部分余款合计590万元，其中支付愚牛公司390万元，宝鼎公司200万元。同日，中献电子中心公司向愚牛公司支付390万元。
在（2014）大民初字第11064号民事案件庭审中，愚牛公司称其公司与中献电子中心之间是直接的买卖关系，后面的履行都是变通履行。中献电子中心称《国有土地使用权转让协议（总协议）》是让愚牛公司把辛庄鸭场转给其公司，但是行不通，所以后来变成禽蛋公司将辛庄鸭场转让给其公司，前述协议没有履行。本案审理中，针对法院的“如果愚牛公司不起诉中献电子中心要求该中心给付相应的款项，二商公司（禽蛋公司）会不会起诉中献电子中心”这一问题，二商公司明确回答：“不会，因为我公司在此交易中不享有任何权利”。
一审法院认为，根据我国民事诉讼法的规定，当事人有答辩并对对方当事人提交的证据进行质证的权利，宝鼎公司经法院传票传唤无正当理由未到庭参加诉讼，视为放弃在庭审中的陈述、质证和辩论等诉讼权利。根据庭审调查，可以确定本案的焦点系愚牛公司和中献电子中心在北京辛庄养鸭场转让这件事上真实的法律关系究竟是什么。双方各持己见：愚牛公司认为其与中献电子中心存在直接的买卖关系，中献电子中心认为其与禽蛋公司存在买卖关系，与愚牛公司不存在买卖关系。法院认为，探究当事人之间真实的法律关系不能仅仅从履行的形式要件来看，还应考虑到合同签订的背景、目的、履行方式等因素。
首先，可以确认的事实是：禽蛋公司于2006年将北京辛庄养鸭场转让给愚牛公司，愚牛公司因资金不足，同意解除与禽蛋公司之间的北京辛庄养鸭场转让协议，并将已经受让的房产再转让给中献电子中心，于2007年11月签订《国有土地使用权转让协议（总协议）》。2007年12月，禽蛋公司和宝鼎公司退出资金共管，将《国有土地使用权转让协议（总协议）》中的相关权益交由愚牛公司独自享有。同月，中献电子中心出具证明，对存入共管账户内资金进行了说明，并注明银行账户系和愚牛公司的共管账户。《产权转让付款协议》中约定了中献电子中心向愚牛公司还需支付1639万元，该数额远远超过《国有土地使用权转让协议（总协议）》中房屋转让费的数额。
其次，在（2014）大民初字第11064号民事案件庭审中，双方均认可签订《国有土地使用权转让协议（总协议）》是让愚牛公司把辛庄养鸭场转给中献电子中心，但是行不通，后来以禽蛋公司将辛庄养鸭场整体转让的方式转给了中献电子中心。
综上所述，双方均认可在签订《国有土地使用权转让协议（总协议）》时，是让愚牛公司将辛庄养鸭场转让给中献电子中心，后来履行存在困难，禽蛋公司以辛庄养鸭场整体转让的方式将辛庄养鸭场转给了中献电子中心。前述协议签订不久，禽蛋公司和宝鼎公司退出了资金共管，将协议中相关权益交由愚牛公司独享，中献电子中心也出具证明认可了共管账户为与愚牛公司的共管账户。故从该协议的签订背景、目的、履行情况来看，法院认定愚牛公司和中献电子中心在北京辛庄养鸭场转让这件事上存在直接的买卖关系。并且，二商公司（禽蛋公司）在本案审理中，坚称该公司在四方协议中只是为了配合相关的过户，既不享有权利也不承担义务。所以，中献电子中心称愚牛公司主体不适格、中献电子中心与愚牛公司之间没有买卖关系的主张，缺乏依据，法院不予采纳。同时，中献电子中心主张，《国有土地使用权转让协议（总协议）》及与之相关联的法律文件无效，理由有二：其一，禽蛋公司作为辛庄养鸭场上级单位无权转让辛庄养鸭场的土地；其二，辛庄养鸭场的土地系国有划拨土地，根据《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十一条“土地使用权人未经有批准权的人民政府批准，与受让方订立合同转让划拨土地使用权的，应当认定合同无效”之规定，转让为无效。但是，根据《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第三条“当事人一方以出卖人在缔约时对标的没有所有权或者处分权为由主张合同无效的，人民法院不予支持”之规定，中献电子中心的第一条理由缺乏法律依据，法院不予采信。此外，民事主体在从事民事活动时，应诚实守信，以善意的方式履行其义务，不得滥用权力及规避法律或者合同约定的义务。《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十一条确实规定了，土地使用权人未经有批准权的人民政府批准，与受让方订立合同转让划拨土地使用权的，应当认定合同无效。但是，该规定旨在维护国家土地管理秩序，打击擅自改变划拨土地的使用用途损害国家利益的行为。本案中，现有证据不能证实中献电子中心改变了划拨土地的使用用途、损害国家利益。并且，该解释仅涉及国有划拨土地使用权的转让。本案中，《国有土地使用权转让协议（总协议）》不仅涉及184.38亩的国有划拨土地，而且包括了18254.20平方米的房产，故不适用本案。所以，中献电子中心主张《国有土地使用权转让协议（总协议）》及与之相关联的法律文件无效，法院亦不予采信。
在确定了双方之间的真实法律关系后，再来分析愚牛公司的各项诉讼请求。关于愚牛公司要求支付定金600万元及对应违约金的诉讼请求：《国有土地使用权转让协议（总协议）》约定中献电子中心将定金600万元支付给禽蛋公司，中献电子中心已将此款支付给了禽蛋公司，2009年2月24日签署的《产权转让付款协议》已确认中献电子中心支付了包括定金600万元在内的1690万元，故愚牛公司主张的此项诉讼请求缺乏事实依据，法院不予支持。关于愚牛公司要求支付《产权转让付款协议》中1639万元所对应的违约金及未付款749万元的诉讼请求：首先，《产权转让付款协议》约定中献电子中心付款日期为产权转让取得交割单后十日内付清，2009年8月11日中献电子中心取得辛庄养鸭场整体产权交易凭证，故中献电子中心向愚牛公司付款日期应该为2009年8月21日。其次，中献电子中心在签署《产权转让付款协议》后，于2009年9月30日向愚牛公司支付了500万元，于2010年5月5日向愚牛公司支付了390万元，尚欠749万元至今未付。再次，《占地拆迁补偿协议（之一、之二）》、《安置清退补偿协议（之一、之二）》和《房产转让协议（之一、之二）》约定了未按时付款中献电子中心应支付违约金。综上，愚牛公司要求中献电子中心支付749万元转让款的诉讼请求，于法有据，本院予以支持；愚牛公司要求中献电子中心支付1639万元所对应的违约金的诉讼请求，于法有据，法院予以支持。中献电子中心提出违约金数额过高，并要求调整，但双方明确约定了每日以应支付款项数额的万分之五支付违约金，且中献电子中心未提供充分证据证实该约定的违约金数额过高，故法院对此不予调整。据此，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条、《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第三条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十四条之规定，一审法院于2016年8月判决：一、于判决生效后十日内，北京中献电子技术开发中心支付北京愚牛房地产开发有限公司七百四十九万元；二、于判决生效后十日内，北京中献电子技术开发中心向北京愚牛房地产开发有限公司按日万分之五的标准支付违约金（以五百万元为基数，自二○○九年八月二十一日起至二○○九年九月三十日止；以三百九十万元为基数，自二○○九年八月二十一日起至二○一○年五月五日止；以七百四十九万元为基数，自二○○九年八月二十一日起至实际支付之日止）；三、驳回北京愚牛房地产开发有限公司的其他诉讼请求。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本院二审期间，当事人未提交新证据。本院另查明：北京辛庄养鸭场原系禽蛋公司下属企业，禽蛋公司于2012年7月更名为二商公司。2006年10月，禽蛋公司与愚牛公司签订《占地拆迁补偿协议书》后，愚牛公司支付了禽蛋公司相应款项，但涉案宗地使用权并未变更至愚牛公司名下。2007年12月19日和24日，中献电子中心和中献智泉公司分别向禽蛋公司支付300万元，共计600万元，禽蛋公司开具了收据；中献电子中心向愚牛公司支付了房产转让费260万元；2008年3月，中献智泉公司向禽蛋公司支付北京辛庄养鸭场交接费800万元，后禽蛋公司将此款转给愚牛公司；2009年9月30日，中献电子中心向愚牛公司支付500万元；2010年5月5日，中献电子中心向愚牛公司支付390万元。本院查明的其余事实与一审无异。
本院认为，根据当事人的诉讼意见，本案主要争议焦点如下：一、中献电子中心与愚牛公司是否存在直接法律关系，及是否有义务向愚牛公司付款；二、涉案合同是否有效；三、愚牛公司是否已将北京辛庄养鸭场交付与中献电子中心。
根据本案查明的事实，禽蛋公司与愚牛公司签订《占地拆迁补偿协议书》，禽蛋公司欲将北京辛庄养鸭场所有的土地等转让给愚牛公司开发建设，后因愚牛公司无力继续支付土地出让金，上述协议无法继续履行。因此，禽蛋公司、愚牛公司、宝鼎公司、中献智泉公司、中献电子中心于2007年11月9日签订《国有土地使用权转让协议（总协议）》，约定了转让的总价款4332.93万元，亦约定了中献电子中心向愚牛公司支付房产转让费260万元以及各方的权利义务等。禽蛋公司与中献电子中心于2009年2月24日签订《产权转让付款协议》，该协议约定了中献电子中心就该转让项目尚需支付愚牛公司1639万元，并约定了付款日期为产权转让取得交割单后十日内一次付清。2009年8月11日，禽蛋公司将北京辛庄养鸭场整体产权挂牌出让给中献电子中心，中献电子中心于同年8月11日取得了北京辛庄养鸭场国有企业产权交易凭证。后中献电子中心陆续向愚牛公司分别支付500万元、390万元，但是，上述《产权转让付款协议》约定的款项中仍有749万元未支付。
首先，关于中献电子中心与愚牛公司是否存在直接法律关系问题。中献电子中心对愚牛公司与禽蛋公司之间的合同关系是明知的，其对于四方协议约定的转让价款及后续合同中向愚牛公司支付的款项亦进行了明确约定，是其真实意思表示，由此可以得出中献电子中心与愚牛公司存在合同法律关系。且中献电子中心已依据双方之间的约定实际向愚牛公司支付了部分款项，因此，中献电子中心主张与愚牛公司之间没有直接法律关系，没有义务向愚牛公司付款，本院不予采信。
其次，关于涉案合同是否有效问题。虽然，禽蛋公司、愚牛公司、宝鼎公司、中献智泉公司、中献电子中心签订了关于北京辛庄养鸭场《国有土地使用权转让协议（总协议）》，以及后续的《占地拆迁补偿协议（之一、之二）》、《安置清退补偿协议（之一、之二）》、《房产转让协议（之一、之二）》等一系列协议，但实际上当事人并未实际进行国有土地使用权的转让，而是以国有企业整体产权出售的方式实现了合同目的。经有关部门批准，中献电子中心取得了北京辛庄养鸭场的整体产权，对此法律并无禁止性规定。后，中献电子中心仍继续向愚牛公司支付了部分款项。因此，中献电子中心主张合同无效，本院不予认可。
再次，关于北京辛庄养鸭场是否已经交付问题。2008年，禽蛋公司（甲方）、愚牛公司（乙方）、宝鼎公司（丙方）、中献智泉公司（丁方）、中献电子中心（丁方）签订《北京辛庄养鸭场交接协议》，并明确约定履行完以上所述交接工作后，丁方从共管账户支付给愚牛公司800万元。2008年3月下旬，中献智泉公司向禽蛋公司支付了北京辛庄养鸭场场地交接费800万元，禽蛋公司已将此款转给愚牛公司。从上述协议履行情况看，本院有理由认为愚牛公司已经完成了北京辛庄养鸭场的场地交接工作。
另外，经查北京辛庄养鸭场原为禽蛋公司所有，一审判决对此认定有误，本院予以纠正。关于中献电子中心在上诉状中提出的诉讼时效问题，因本案曾经发回重审，故本院对其提出的诉讼时效抗辩不予采纳。
综上，当事人签署的协议及约定的违约条款是各方真实意思表示，均应依约履行。一审法院判决中献电子中心向愚牛公司支付未付款并按照约定支付违约金，并无不当，本院予以确认。因此，一审判决正确，本院予以维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费182383元，由北京中献电子技术开发中心负担（已交纳）。
本判决为终审判决。
审判长 霍翠玲
审判员 王金龙
审判员 王 佳
二〇一七年五月十五日
书记员 张 璐