河南省鹿邑县人民法院
民 事 判 决 书
（2016）豫1628民初2160号
原告：鹿邑县永鑫农林开发有限公司。住所地：河南省鹿邑县涡北镇。组织机构代码证775129184。
法定代表人：任春花，该公司经理。
委托诉讼代理人：周国信，河南真源律师事务所律师。
被告：鹿邑县交通运输局。住所地：鹿邑县北大街一段**号。组织机构代码证005917571。
法定代表人：王初立，该局局长。
委托诉讼代理人：尚承君，该局法律顾问。
被告：鹿邑县人民政府。住所地：鹿邑县紫气大道西段*号。组织机构代码证00591694X。
法定代表人：梁建松，县长。
委托诉讼代理人：杨站，河南真源律师事务所律师。
委托诉讼代理人：范咏梅，女，1976年10月12日出生，汉族，住鹿邑县，系鹿邑县交通运输局工作人员。
原告鹿邑县永鑫农林开发有限公司与被告鹿邑县交通运输局、鹿邑县人民政府合同纠纷一案，本院于2016年9月2日立案后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。原告及二被告诉讼代理人均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告鹿邑县永鑫农林开发有限公司向本院提出诉讼请求：依法判令被告支付原告补偿款40万元并赔偿损失18.24万元，共计58.24万元。事实与理由：原告于2009年11月18日同被告设立的鹿邑县涡河航港建设指挥部签订一份涡河航运开发工程鹿邑段的芦苇、鱼塘清理补偿协议，协议约定协议签订十日内，首付40万元，清理50%以上付20万元，清理完毕付30万元，指挥部预留10万元，作为清理保证金，带工程施工完毕，一次性支付给原告。原告按照协议的约定，已施工完毕，但被告仅仅支付60万元的工程款，下余40万元经原告多次追要拒付。
被告鹿邑县交通运输局辩称，1.原告诉被告鹿邑县交通运输局属主体错误。补偿协议中的鹿邑县涡河航港建设指挥部不是被告设立，而是由鹿邑县人民政府设立，该项目资金来源于国家财政专项资金支持，被告并不是投资单位。原告与被告鹿邑县交通运输局不存在补偿合同关系。2.原告没有履行争议的补偿协议。3.本案已超诉讼时效。
被告鹿邑县人民政府辩称，1.原告没有履行所诉补偿协议。2009年11月18日签订补偿协议后，被告向原告首期拨付60万元，但原告没有按照协议约定向被告交付工作成果。2.被告保留追究原告违约返还补偿款、赔偿损失的责任。
原、被告围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据质证。对于双方没有争议的以下证据，本院予以确认，并在卷佐证。
原告提供2009年11月19日鹿邑县涡河航港建设指挥部与原告补偿协议书一份，证明原、被告之间具有合同关系。
原告提供收条两份，证明鹿邑县涡河航港建设指挥部分两次向原告支付工程款600000元。
被告鹿邑县交通运输局提供中共鹿邑县委办公室鹿办文[2006]15号文件一份、鹿邑县人民政府鹿政文[2009]30、31号文件各一份、鹿邑县人民政府鹿政文[2010]10号文件各一份，证明鹿邑县涡河航港建设指挥部是鹿邑县人民政府设立。
被告鹿邑县人民政府提供南阳建工集团周口涡河航运开发项目部于2010年7月26日向鹿邑县涡河航港建设指挥部所作的关于涡河航运开发建设工程第五标段芦苇、渔网面积的统计报告一份、河南黄河工程有限公司涡河航运开发建设四标项目经理部2010年8月1日报告一份，证明第五标段仍有66.78亩芦苇、渔网未清理，第四标段仍有10.2亩芦苇未清理。
对于有争议的证据，本院认定如下：
原告提供2010年4月26日鹿邑县涡河港航建设指挥部证明一份，证明原告已经完成了总工作量的95%以上。被告鹿邑县交通运输局对该证据的真实性有异议，认为该证据不是工程验收报告，也没有验收人员的签字。被告鹿邑县人民政府对该证据真实性有异议，认为鹿邑县涡河港航建设指挥部从没出过该证明，指挥部公章使用都有备案，原告也没有完成全部工程，同时没有验收人签字。经审查，二被告没有提供证据支持其质证主张，同时，经向被告鹿邑县人民政府释明法律，被告鹿邑县人民政府没有对印章真伪进行鉴定，对该证据的真实性本院予以确认。
2.原告申请证人任某出庭作证。证人述称，证人是原告法定代表人任春花的父亲，原告与鹿邑县交通局2009年签订100万元的施工合同，已经付款60万元，下余40万元多次讨要未给。证人多次找交通局领导要钱未果。由于任春花涉嫌诈骗，鹿邑县涡河港航指挥部向鹿邑县公安局出具证明工程量完成95%以上的证明，该证明是由交通局开具后通过证人交给公安局的，当时交给公安局的是复印件。被告鹿邑县交通运输局异议认为鹿邑县涡河港航建设指挥部向鹿邑县公安局出具证明是为了减轻对任春花的处罚，该证明不能说明鹿邑县涡河港航建设指挥部与原告之间的补偿工程交付成果的的工程验收。证人没有原告的书面委托手续，向任何机关主张债权都是无效的。被告鹿邑县人民政府同被告
鹿邑县交通运输局的质证意见。经审查，证人证言证实2010年4月26日鹿邑县涡河港航建设指挥部证明的开具过程，证人证言与证明内容能够相互印证，本院予以采信。
3.被告鹿邑县人民政府提供2010年4月26日鹿邑县涡河港航建设指挥部公章使用登记表一份，证明2010年4月26日证明的虚假性。原告异议认为，该登记表是被告内部管理问题。被告鹿邑县交通运输局对证据的真实性没有异议。经审查，原告异议成立，对该证据本院不予采信。
根据当事人的陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：
2009年11月18日，鹿邑县涡河航港建设指挥部（甲方）与原告鹿邑县永鑫农林开发有限公司（乙方）签订补偿协议书一份约定：甲方拨付乙方芦苇、鱼塘补偿款100万元，由乙方自行清理各段的芦苇、鱼塘以及协议迁移各渔船。甲方自委托书签订10日内，首期拨付乙方40万元，待清理50%以上，再行拨付20万元，清理完毕，再行拨付30万元，甲方预留10万元，作为清理保证金，待工程施工完毕，一次性拨付给乙方。协议签订当日，鹿邑县涡河航港建设指挥部向原告拨付资金40万元，2010年2月10日拨付20万元。2010年4月，因原告法定代表人任春花涉嫌诈骗被公安机关采取强制措施，原告终止施工。鹿邑县涡河航港建设指挥部对剩余工程另行补偿。2010年4月26日，鹿邑县涡河航港建设指挥部向鹿邑县公安局出具证明，证明原告已完成工程量的95%以上。
另查明，鹿邑县涡河航港建设指挥部由中共鹿邑县委、县政府决定设立，鹿邑县交通运输局主管。
本院认为，2009年11月18日，鹿邑县涡河航港建设指挥部（甲方）与原告鹿邑县永鑫农林开发有限公司（乙方）签订补偿协议书是双方真实意思表示，为有效合同，合同双方当事人应按照合同约定行使权利、履行义务。合同履行过程中，2010年4月26日，因原告法定代表人任春花被公安机关采取强制措施工程停止施工。《中华人民共和国合同法》第九十四条第一款规定因不可抗力不能实现合同目的的当事人可以解除合同。鹿邑县涡河航港建设指挥部在其后另行进行补偿，视为双方实际解除合同，双方权利义务终止。合同法第九十七条规定，合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以要求恢复原状、采取其他补救措施，并有权要求赔偿损失。原告提供的鹿邑县涡河航港建设指挥部的证明显示解除合同时原告施工进度为95%以上。合同法第九十八条规定合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。按照补偿协议约定，合同的总标的为100万元，前期已经拨付60万元，其余40万元，清理完毕拨付30万元，10万元作为清理保证金，待工程施工完毕，一次性拨付给原告。原告未全部完成清理工程，鹿邑县涡河航港建设指挥部应按照原告工程完成度支付相应比例工程价款，即按照总工程价款的95%支付。被告鹿邑县人民政府提供的南阳建工集团周口涡河航运开发项目部于2010年7月26日向鹿邑县涡河航港建设指挥部所作的关于涡河航运开发建设工程第五标段芦苇、渔网面积的统计报告一份及河南黄河工程有限公司涡河航运开发建设四标项目经理部2010年8月1日报告一份显示，原告停止施工后剩余工程为芦苇面积38.2亩、渔网面积38.28亩未完成，共需补偿款53944元，与原告尚未完成的工程价5万元基本相同。被告在庭审中抗辩原告未完成95%工程的理由不能成立。
鹿邑县涡河航港建设指挥部与原告鹿邑县永鑫农林开发有限公司签订的补偿协议书中代表鹿邑县涡河航港建设指挥部签订协议的是鹿邑县交通运输局的正副局长殷德伦和蒋召杰。鹿邑县人民政府鹿政文[2009]31号文件中部门职责显示“交通部门要做好指挥部办公室的设立和运行工作，紧紧围绕开工前勘界、清附、拆迁补偿等项工作，全程参与，全力搞好服务”。同时，鹿邑县交通运输局是鹿邑县涡河航港建设指挥部的印章管理单位。原告的工程前期拨款亦来源于鹿邑县交通运输局。综上，鹿邑县交通运输局作为鹿邑县涡河航港建设指挥部主管单位及清附、拆迁补偿款的支付单位，鹿邑县涡河航港建设指挥部作为非法人机构，其拖欠原告的剩余补偿款应当由被告鹿邑县交通运输局承担。
综上所述，对原告要求被告支付补偿款40万元的请求，本院部分支持。对于原告要求被告赔偿损失18.24万元的请求，没有法律依据，本院不予支持。被告鹿邑县交通运输局系县政府指定的鹿邑县涡河航港建设指挥部的直接管理部门，其抗辩主体错误的理由不能成立，本院不予支持。二被告抗辩原告没有履行补偿协议的理由不能成立，本院不予支持。双方没有对工程价款进行结算，被告鹿邑县交通运输局超过诉讼时效的抗辩理由不能成立。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第九十七条、第九十八条的定，判决如下：
一、被告鹿邑县交通运输局于本判决生效之日起十日内向原告鹿邑县永鑫农林开发有限公司支付补偿款35万元；
二、驳回原告的其他诉讼请求。
如果未按照本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费9624元，原告鹿邑县永鑫农林开发有限公司负担3849元，被告鹿邑县交通运输局负担5775元。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于河南省周口市中级人民法院。
审 判 长 汲留杰
人民陪审员 仝金山
人民陪审员 何 健
二〇一七年二月二十日
书 记 员 王振华