陕西省安康市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）安中民三初字第00011-2号
原告（反诉被告）：陕西省咸阳市建筑安装工程总公司。住所地：咸阳市抗战路**号。组织机构代码：71978651-8。
法定代表人：赵拓，公司总经理。
委托诉讼代理人：王开平，公司法律顾问。
委托诉讼代理人：刘刚，公司法律顾问。
被告（反诉原告）：陕西省交通建设集团公司安川分公司。住所地：安康市安康大道。
法定代表人：段小平，公司总经理。
委托诉讼代理人：刘坚，陕西永嘉信律师事务所律师。
委托诉讼代理人：冉金磊，陕西永嘉信律师事务所律师。
原告（反诉被告）陕西省咸阳市建筑安装工程总公司（以下简称咸阳建安公司）与被告（反诉原告）陕西省交通建设集团公司安川分公司（以下简称安川分公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，安川分公司在提交答辩状期间提出管辖权异议，本院于2015年8月12日作出（2015）安中民三初字第00011-1号民事裁定，驳回安川分公司对本案提出的管辖权异议。本院依法组成合议庭，公开开庭对本案进行了审理。原告咸阳建安公司的委托诉讼代理人王开平、刘刚，被告安川分公司的委托诉讼代理人刘坚、冉金磊到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
咸阳建安公司向本院提出诉讼请求：判令安川分公司支付工程款19868656.28元并承担本案诉讼费和鉴定费。事实和理由：咸阳建安公司与陕西省交通厅利用外资项目办公室（以下简称外资办）于2009年11月30日签订合同，约定由咸阳建安公司承建安康至毛坝至陕川界高速公路中高速公路房建工程第FJ6合同段毛坝收费站、大坝服务区的土建安装、室内外装修等房建工程，工程总造价为43553250.81元。该工程于2009年12月3日开工（工期13个月），于2011年1月12日竣工，安川分公司已接收工程并投入使用。在施工过程中，B区联合站房、降温池和综合大楼等项目被核减掉，因业主屡屡变更合同、增加项目,咸阳建安公司多次要求增加造价，对方均以先建再说为由推脱。咸阳建安公司实际施工费用为67000000元，安川分公司单方结算费用为46711810元，咸阳建安公司不认可安川分公司单方结算的行为。对于咸阳建安公司建设的维修站一座483166.23元，加油站一座1247100.91元，地下油罐一座540125.95元，隧道变电站一座315064.57元，以及应增加的土石方等造价17283198.62元，安川分公司均不予计价。外资办撤销后，咸阳建安公司承建的工程均由安川分公司接收、管理，安川分公司应按所有实际费用支付工程款。
安川分公司答辩并反诉称，涉案工程项目已经决算并审计，双方均确认审计结论，合同明确约定结算执行审计结论。涉案工程于2011年1月竣工，咸阳建安公司起诉已过诉讼时效，应驳回其诉讼请求。按照合同约定，咸阳建安公司应在竣工验收后一个月内，向安川分公司提交两套竣工图及完整资料文件。涉案工程于2012年3月30日完成验收工作，咸阳建安公司最迟应于2012年4月30日提交两套完整的竣工图及竣工资料文件，但其至今未予提供，安川分公司多次催要，其拒不提供。故提起反诉，请求判令咸阳建安公司向安川分公司提交两套完整的FJ6标竣工图和竣工资料文件，并判令其承担本案诉讼费。
咸阳建安公司答辩称，咸阳建安公司一直在行使自己的权利，安川分公司也一直予以核算并给付，咸阳建安公司起诉未超过法定的诉讼时效。没有给安川分公司移交竣工图和竣工资料，系咸阳建安公司行使留置权。本案纠纷因安川分公司行为所致，其应承担本案诉讼费。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织双方当事人进行了证据交换和质证。双方当事人对《包（头）茂（名）线安康至毛坝至陕川界高速公路房建工程施工合同》（合同段FJ6）、《包（头）茂（名）线安康至毛坝至陕川界高速公路房建工程施工招标文件》（合同段FJ1-FJ9）、《包（头）茂（名）线安康至毛坝至陕川界高速公路房建工程FJ6合同段工程投标文件商务标》、《安康至毛坝高速公路终期支付报表》（合同段FJ6）、《中华人民共和国审计署审计报告》（审投[2013]8号）、《设计变更令》（编号：FJ6-BGL-04、FJ6-BGL-05、FJ6-BGL-08、FJ6-BGL-10、FJ6-BGL-12、FJ6-BGL-13、FJ6-BGL-14、FJ6-BGL-17、FJ6-BGL-20、FJ6-BGL-21、FJ6-BGL-23）、陕西省交通厅《关于印发<关于陕西宝汉高速公路和陕西交通外资公司分别向高速集团和省交通集团划转移交工作方案>的通知》（陕交函【2014】254号）、《关于陕西宝汉高速公路和陕西交通外资公司分别向高速集团和省交通集团划转移交工作方案》、鉴定费用票据等证据的合法性、真实性及关联性均无异议，本院予以确认并在卷佐证。
对当事人有争议的证据，本院认定如下：
1.对于咸阳建安公司提交的《包茂线陕西境安康至毛坝高速公路房建工程竣工图》三册（分别为毛坝收费站、紫阳南服务区、紫阳南服务区综合／宿舍楼），安川分公司质证认为竣工图应与现场一致，该三册图纸与现场有很多不符，部分图纸虚假，且安川分公司反诉要求交付的还包括竣工资料，不能以该部分图纸认定咸阳建安公司完成了向安川分公司移交竣工资料的义务。经审查，按照双方合同约定，咸阳建安公司应在竣工验收后一个月内，向安川分公司提交竣工图及完整资料文件两套，其提交的以上资料不符合双方约定的交付条件，故不予采信。
2.安川分公司提交《安康至毛坝高速公路工程计量支付表》（合同段AME21）、《安康至毛坝高速公路计量附件资料》（AME-1003-第27期）、《陕西安康公路发展项目安康至陕川界（毛坝）高速公路阶段施工图设计》（合同段AME21）、《世界银行贷款陕西安康公路发展项目安康至毛坝高速公路土建工程合同文件》（合同段AME21）、《包茂线陕西境安康至毛坝高速公路竣工图》（合同段AME21）、陕西嘉翔造价咨询有限公司于2012年10月15日作出的《基本建设工程咨询报告》等证据一组，拟证明紫阳南服务区A区厂房开挖等基础工程由中交第一公路工程局有限公司（以下简称中交公司）开挖施工完毕，安川分公司已向该公司支付了开挖土石方费用，该部分工程量不应计入咸阳建安公司施工范围。咸阳建安公司质证认为，其完成的工程量应以合同和鉴定意见为准。经审查，根据外资办与中交公司签订的《合同协议书》之约定，中交公司工程承包范围为：实施、完成世界银行贷款陕西安康公路发展项目安康至毛坝高速公路土建工程第AME21合同段工程并修复其缺陷，而涉案工程为FJ6合同段，该组证据与本案争议事实无关联性，故不予采信。
3.安川分公司提交西安勘岩钻探有限责任公司于2016年6月作出的《安（康）毛（坝）高速公路紫阳南服务区场地回填工程地质勘察报告》及鉴定申请各一份，拟证明场区回填物质并非全部为合同约定的砂粒，而是以弃渣为主，故咸阳建安公司针对该项变更申请的事项与事实不符，若咸阳建安公司对该地质勘察报告有异议，申请法院委托鉴定。咸阳建安公司质证意见为：该勘察报告是安川分公司单方委托作出的，且鉴定机关与安川分公司有利害关系，故不应采信。该部分为隐蔽工程，若回填材料不符合约定，业主和工程监理在施工当时就应该提出，而不是在诉讼过程中提出，因此不同意对回填材料进行鉴定。本院经审查认为，场区回填工程属于隐蔽工程，该部分工程已经验收并投入使用，故上述勘察报告不予采信，安川分公司的鉴定申请不予准许。
4.安川分公司提交陕西建新项目管理咨询有限公司出具的《证明》两份，拟证明张桐胜、朱自力系其公司安川高速公路FJ6工程现场监理，张桐胜在2010年5月之后的签字行为和朱自力在2010年2月之前及2011年1月之后的签字行为均不代表公司。咸阳建安公司的质证意见为：《证明》出具的时间在起诉之后，张桐胜、朱自力系现场监理，其本人在监理公司授权下签字属实，签字是否属实应由其本人核对确认，不能以监理公司单方出具的材料证明咸阳建安公司造假。经审查，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第一百一十五条之规定，单位向人民法院提出的证明材料，应当由单位负责人及制作证明材料的人员签名或者盖章，并加盖单位印章。安川分公司提交的以上两份《证明》仅有单位印章，不符合证据的形式要件要求，故不予采信。
5.安川分公司提交《关于印发<安川高速公路房建工程设计变更实施细则>的通知》及发文簿一组，拟证明按照该通知，未经过工程设计变更审批变更的工程量不予计价，咸阳建安公司收到了该通知。咸阳建安公司质证认为，发文簿上有其公司人员签字只能证明收到该通知，不能作为计算工程量的依据。本院经审查认为，该文件系安川分公司印发的内部工作规程，对咸阳建安公司不具有约束力，不能作为认定工程计量的依据，故不予采信。
6.华春建设工程项目管理有限责任公司（以下简称华春公司）作出的《司法鉴定意见书》（【华春司鉴字（2016）032号】）。经质证，咸阳建安公司对于该鉴定意见书无异议；安川分公司对鉴定意见中已确定的鉴定造价中室外土建挡土墙A区、场区回填物材料及造价等有异议，鉴定人到庭接受了质询，对其异议进行了答疑和补充说明，安川分公司仍持有异议，但其提交的证据不足以推翻该鉴定意见，故本院予以采信。
根据当事人陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：
2009年11月10日，咸阳建安公司以43553250.81元的投标价中标包（头）茂（名）线安康至毛坝至陕川界高速公路房建工程FJ6合同标段。同年11月30日，外资办（发包人）与咸阳建安公司（承包人）签订《合同协议书》，协议主要约定如下：1.第FJ6合同段建筑面积约7675㎡，技术标准为高速公路。主要工程内容为毛坝收费站、大坝服务区的土建安装、室内外装修等房建工程。2.下列文件应视为构成并作为阅读和理解本协议的组成部分：（1）本合同协议书及其附件（含谈判中澄清文件）；（2）中标通知书；（3）投标书及投标附录（含承包人在评标期间递交和确认，并经业主同意的对有关问题的补充资料和澄清文件等，如果有）；（4）合同专用条款（含数据表和招标文件补遗书中与此有关的部分，如果有）；（5）合同通用条款；（6）技术规范（含数据表和招标文件补遗书中与此有关的部分，如果有）；（7）图纸（含数据表和招标文件补遗书中与此有关的部分，如果有）；（8）标价的工程量清单；（9）投标书附表（辅助资料表）；（10）构成本合同组成部分的其他文件。3.上述文件将互相补充，若有不明确或不一致之处，以上列次序在先者为准。4.根据工程量清单所列的预计数量和单价计算的本合同总价为人民币43553250.81元。5.由于业主按本协议书第6条所述给承包人支付合同价款，承包人在此立约：保证按合同文件的规定承担本合同工程的实施和完成及其缺陷的修复。6.作为本合同工程的实施和完成及其缺陷修复的报酬，业主在此立约：保证按照合同文件规定的时间和方式向承包人支付合同价款。7.承包人应在监理工程师发出开工令之后，在投标书上附录中写明的开工期限内开工。本合同工程工期为13个月，工期从上述开工期的最后一天算起。开工令应在接到中标通知书以后，在投标书附录中写明的期限内发出。8.本协议书在承包人提供履约担保后，由双方法定代表人或其授权的代理人签署与加盖公章后生效。全部工程完工后经交工验收合格、缺陷责任期满及保修期终止分别签发缺陷责任终止保证书和保修期终止证书后失效。
外资办与咸阳建安公司签订的合同中，专用条款相关约定如下：1.第六.26.2款约定：本合同采用固定综合单价合同方式确定；第六.29.1条约定：每月截止20日前完成的经监理工程师签认合格的工程量，于当月25日前报送监理工程师；第六.30条约定：工程进度款支付的方式、时间和比例是按月结算支付，月支付90%，全部工程竣工验收后支付到95%，剩余4%作为保修金、1%作为资料费、保修金二年保修期满后付保修金的80%（不计利息），资料费待全线竣工资料完成后经档案验收部门专项验收后支付。2.第八.33条约定：本项目的设计变更管理办法由外资办或其项目执行机构制定，并印发监理工程师和承包人执行。3.第九.36.1条约定：竣工验收后一个月内，承包人应向发包人提交竣工图及完整资料文件两套，接受档案验收部门的验收和资料修改完善工作，不另计取费用；第九.37条约定：工程竣工验收后，竣工结算经招标人委托审计机构在2个月内审计完毕，除预留工程造价的4%作为工程质保金和1%资料费外，其余款项一次结算。
外资办与咸阳建安公司签订的合同中，通用条款相关约定如下：1.第七.27.1款约定：价格中工程量、综合单价、措施项目费用的调整因素包括：（1）法律、行政法规和国家有关政策变化影响合同价款；（2）工程造价管理机构的价格调整；（3）经批准的设计变更；（4）发包人更改经审定批准的施工组织设计（修正错误除外）造成费用变化；（5）工程量清单的工程量与实际工程量不符，按实际工程量进行调整计算；（6）费用索赔事件或发包人负责的其他情况；（7）双方在专业条款中约定的其他因素。2.第七.27.2款约定：承包人应当在27.1款情况发生后14天内，将调整原因、金额以书面形式通知工程师，工程师确认金额后作为追加合同价款，与工程款同期支付。工程师收到承包人通知后14天内不予确认也不提出修改意见，视为同意该项调整。承包人未在规定时间内通知发包人、或未在规定时间内提出调整报告，发包人可以根据有关资料，决定是否调整和调整的违约金额并书面通知承包人，承包人如有异议，且协商达不成一致时，按41条关于争议的约定处理。3.第八.33.1款约定：施工中发包人需对原工程设计变更，应提前14天以书面形式向承包人发出变更通知。变更超过原设计标准或批准的建设规模时，发包人应报规划管理部门和其他有关部门重新审查批准，并由原设计单位提供变更的相应图纸和说明。承包人按照工程师发出的变更通知及有关要求，进行下列需要的变更：（1）更改工程有关部分的标高、基线、位置和尺寸；（2）增减合同中约定的工程量；（3）改变有关工程的施工时间和顺序；（4）其他有关工程变更需要的附加工作。因变更导致合同价款的增减及造成的承包人损失，由发包人承担，延误的工期相应顺延。4.第八.35.3款约定：工程师应在收到变更工程价款报告之日起14天内予以确认，工程师无正当理由不确认也未提出协商意见时，自变更工程价款报告送达之日起14天后视为变更工程价款报告已被确认。5.第九.37.1款约定：工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算；37.2款约定：承包人应在工程通过竣工验收后，工程竣工结算报告金额在500万元以下的工程一般在20天以内、工程竣工结算报告金额在500万元以上的工程一般在60天以内向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，双方按照协议书中约定的合同价款及专用条款约定和合同价款调整内容，进行工程竣工结算。建设项目总结算在最后一个单项工程竣工结算审查确认后，一般在15天内向发包人提交仅供结算汇总资料；第37.3款约定：发包人收到承包人递交的单位单项工程竣工结算报告及结算资料后，工程竣工结算报告金额在500万元以下的工程一般在20天以内、工程竣工结算报告金额在500万元以上的工程一般在60天以内（合同约定有期限的，从其约定）进行审查，给予确认或者提出修改意见。发包人确认竣工结算报告后向承包人支付工程竣工结算价款。
咸阳建安公司施工中，陕川界高速公路建设管理处发出《设计变更令》，对紫阳南服务区A区室外土建工程-挡土墙、室外土建工程-场区及边坡土方、消防泵房土建工程-
消防水池300m³，综合楼土建工程-基础土石方、宿舍楼土建工程-基础土石方、毛坝收费站综合楼土建、电气、给排水工程、地下油库土建工程-
基础石方、维修间A土建工程-基础石方、地下油库土建工程-基础开挖、超市及卫生间土建-电气-给排水工程等进行了工程设计变更。
涉案工程于2009年12月3日开工，于2011年1月竣工，于2011年5月通车，于2012年3月30日完成验收工作。2012年8月15日，陕西建新项目管理咨询有限公司和安康至陕川界高速公路建设管理处作出《安康至毛坝高速公路终期支付报表》（FJ6合同段），确认其已实际支付咸阳建安公司工程款46711810元，咸阳建安公司亦认可其收到该款项。安川分公司于2016年1月向咸阳建安公司退还了工程质保金。
本案审理过程中，经咸阳建安公司申请，本院委托华春公司对安康至陕川界高速公路房建6标段项目双方不认可或有争议的实际完成工程量及造价进行司法鉴定。安川分公司不同意进行鉴定，其理由是涉案工程已竣工结算并支付完毕。本院经审查认为，涉案工程已交付使用，安川分公司提交的证据不能证明双方已进行最终的竣工结算，应当对双方当事人有争议的工程量及工程造价进行鉴定。华春公司鉴定意见为：1.鉴定项目中可以确定部分的工程总造价为12645425.25元，甲方已批复造价为6056565.11元（不包括FJ6-BGL-21号毛坝收费站综合楼土建、电气、给排水及FJ6-BGL-24联合站房土建-
基础土方），可以确定部分应增加工程造价为6588860.14元。2.鉴定项目中施工方单方提供依据，现场无法勘验，未计入鉴定工程总造价部分的工程造价为289362.68元。该部分法院可根据涉案相关资料进行事实认定及判定，详见附件表2。附件表2载明：未计入经鉴定工程总造价的项目造价为维修间A土建工程-
基础土方，鉴定造价为289362.68元，应增加工程造价289362.68元。安川分公司预交鉴定费214100元，支出鉴定人员出庭费用3000元。
另查明：2013年1月24日，中华人民共和国审计署作出的《审计报告》（审投报【2013】8号）第一.（四）项载明：2012年8月，外资办编制了安毛高速竣工财务决算草案，截止2012年8月31日决算基准日，金额为108.54亿元（含尾工项目）。按项目完成情况分类，其中：已完工项目投资107.69亿元，尾工项目投资0.85亿元。按项目类别分类，其中：建筑安装工程投资完成88.7亿元，设备投资完成3.26亿元，待摊投资完成16.58亿元；该报告第一.（五）项载明：安毛高速建成通车后，2011年5月，根据陕西省交通厅的安排，移交陕西交通建设集团公司运营管理，交付使用固定资产108.54亿元。
外资办与咸阳建安公司签订合同后，外资办的合同权利义务由安康至陕川界高速公路建设管理处承担，涉案的安川高速公路段现已移交给安川分公司运营管理。
本院认为，外资办与咸阳建安公司签订的《合同协议书》，系双方真实意思表示，形式合法，内容不违反有关法律规定，应认定为有效，双方当事人应遵照履行。建设工程竣工验收合格的，发包人应当按照约定支付价款。本案双方当事人对涉案的安康至毛坝至陕川界高速公路中高速公路房建工程第FJ6合同段毛坝收费站、大坝服务区的土建安装、室内外装修等房建工程由咸阳建安公司承建完成，该工程已交付使用，咸阳建安公司已支取工程款46711810元的事实均无异议。根据当事人的诉讼请求、答辩意见以及有关证据，并经当事人当庭确认，双方争议焦点为：一、安川分公司是否应支付咸阳建安公司工程款，应支付工程款数额是多少。二、咸阳建安公司是否应向安川分公司提交竣工图和竣工资料文件。三、咸阳建安公司起诉是否超过诉讼时效。
一、关于安川分公司应否支付咸阳建安公司工程款的问题。
（一）安川分公司主张涉案工程属于审计范围，根据双方约定应以国家审计机关的审计结论作为结算依据。根据《中华人民共和国审计法》的相关规定及其立法宗旨，审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督，目的在于维护国家财政经济秩序，提高财政资金使用效益，防止建设项目中出现违规行为。而本案安川分公司与咸阳建安公司之间关于涉案工程款的结算，属于平等民事主体之间的民事法律关系。双方在合同专用条款第九.37条中，虽约定“工程竣工验收后，竣工结算经招标人委托审计机构在2个月内审计完毕，除预留工程造价的4%作为工程质保金和1%资料费外，其余款项一次结算的约定。”但该条应解释为工程最终结算价须通过专业的审查途径或方式，确定结算工程款的真实合理性，该结果须经业主认可，而不应解释为须在业主接受国家审计机关审计后，依据审计结果进行结算。且在安川分公司提交的中华人民共和国审计署《审计报告》中，并无关于涉案工程的专项审计结算意见。因此，安川分公司的主张缺乏事实和法律依据，本院不予支持，涉案工程应当按照双方当事人的约定与履行等情况确定结算依据。
（二）根据已查明的案件事实，双方当事人均认可在咸阳建安公司施工过程中，确有部分工程进行了变更。安川分公司提交的《安康至毛坝高速公路终期支付报表》仅能证实款项支付情况，不能证明双方已进行工程结算。在合同通用条款中，约定工程价格调整的情形包括经批准的设计变更、发包人更改经审定批准的施工组织设计造成费用变化。根据合同通用条款第七.27.1.（5）项之约定，工程量清单的工程量与实际工程量不符，按实际工程量进行调整计算。且合同通用条款第九.37条亦约定，工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算；承包人应在工程通过竣工验收后，工程竣工结算报告金额在500万元以下的工程一般在20天以内、工程竣工结算报告金额在500万元以上的工程一般在60天以内向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，双方按照协议书中约定的合同价款及专用条款约定和合同价款调整内容，进行工程竣工计算。根据以上合同约定，工程竣工后，安川分公司应与咸阳建安公司进行结算却未进行工程结算，但双方对于已经确认的无争议工程量及支付的相应工程价款46711810元无异议，现其争议的主要是变更后的工程量和工程价款。经本院委托，华春公司对双方有争议的实际完成工程量及造价进行了鉴定，根据该公司的鉴定意见，鉴定项目中可以确定部分的工程总造价为12645425.25元，甲方已批复造价为6056565.11元，可以确定部分应增加工程造价为6588860.14元，故根据以上鉴定结论，确有咸阳建安公司实际完成的部分工程未予结算并支付价款。
（三）外资办与咸阳建安公司签订合同后，外资办的合同权利义务实际由安康至陕川界高速公路建设管理处承担，上述机构撤并后，根据陕西省交通厅相关文件规定，现涉案的安川高速公路段已移交给安川分公司运营管理，故对于欠付咸阳建安公司的工程款，安川分公司应承担给付义务。
二、关于安川分公司应付咸阳建安公司工程款数额问题。
双方当事人对安川分公司已支付咸阳建安公司的无争议部分的工程价款46711810元均无异议。对于双方有争议的工程价款应分两部分计算。
（一）根据华春公司鉴定意见第（1）项，鉴定项目中可以确定部分的工程总造价为12645425.25元，甲方已批复造价为6056565.11元，可以确定部分应增加工程造价6588860.14元。安川分公司对以上鉴定意见持有异议，主要理由为：其一，紫阳南服务区A区厂房开挖工程由中交第一公路工程局有限公司开挖施工完毕，安川分公司已向该公司支付了开挖土石方费用，该部分工程量不应计入咸阳建安公司施工范围；其二，根据安川分公司委托作出的地勘报告，咸阳建安公司进行场区回填的物质不是合同约定的砂粒，主要是弃渣，鉴定机构按照30%弃渣、70%砂粒计算回填物质价格没有依据。但是，安川分公司提供的证据不能证实中交第一公路工程局有限公司施工范围与咸阳建安公司重合，或者其对咸阳建安公司承包范围内的工程又另行进行发包，故其第一项异议理由不成立。根据华春建设工程项目管理有限责任公司的鉴定分析意见，双方当事人在鉴定过程中提交的资料均显示场区回填物质为砂石。本案双方争议的场区回填工程属于隐蔽工程，根据《中华人民共和国合同法》第二百七十八条之规定，隐蔽工程在隐蔽以前，承包人应当通知发包人检查。在咸阳建安公司实施场区回填工程时，安川分公司并未对回填物质提出异议，工程已隐蔽进入下一个工作流程并全部施工完毕，其现主张采用钻心取样方式对场区回填物质进行地勘并确定工程价款的鉴定申请，本院不予准许。故场区回填工程本应按双方合同约定的砂粒计算工程款，鉴于咸阳建安公司认可场区回填物质中砂粒占70%、弃渣占30%，华春公司因此按该比例计算场区回填工程款，并无不妥。另，安川分公司认为鉴定意见中确定的已批复造价为6056565.11元，包含在已支付的工程款中，咸阳建安公司则认为该部分未包含在已支付的工程款中，综合本案工程付款情况及当事人的陈述，双方对其无异议的工程项目所涉及的工程款已支付完毕的事实均无异议，据此应认定已批复工程价款已支付完毕。故按照鉴定意见，安川分公司欠付咸阳建安公司应增加工程造价工程款数额为6588860.14元。
（二）根据华春公司鉴定意见第（2）项，维修间A土建工程-
基础土方部分的工程造价289362.68元未计入鉴定工程总造价，由法院根据证据情况作出判定。华春公司计价依据为，该部分工程基础按原施工图开挖至设计标高后向前移动8米，该变更部分造价为可确定部分；原位置回填为施工单位单方回填处理，无法在勘验现场确定，暂按砂石回填处理。本案审理过程中，咸阳建安公司就该部分回填工程提供了《设计变更令》，安川分公司不予认可，但是根据鉴定意见，该部分工程确实存在变更，应按合同约定的砂石回填予以认定。故维修间A土建工程-
基础土方部分的工程造价289362.68元应计入鉴定工程总造价。
综上，安川分公司现应支付咸阳建安公司的工程款数额为6878222.82元（6588860.14元+289362.68元=6878222.82元）。
三、咸阳建安公司是否应向安川分公司提交竣工图纸和资料的问题。
按照外资办与咸阳建安公司签订的合同通用条款第九.36.1条之约定，咸阳建安公司作为承包人应在竣工验收后一个月内，向发包人提交竣工图及完整资料文件两套，接受档案验收部门的验收和资料修改完善工作。咸阳建安公司对其未按合同约定向安川分公司移交竣工图纸和资料文件的事实没有异议。本案审理中，咸阳建安公司向本院提交了竣工图纸，但安川分公司认为其提交的图纸不是涉案工程完整的竣工图纸，且仅提供图纸也不符合合同约定。经审查，对咸阳建安公司提交的竣工图纸是否为涉案工程的真实、完整的竣工图纸，本院亦无法确认。故安川分公司要求咸阳建安公司按照合同约定履行移交竣工图纸和完整的竣工资料文件之反诉请求，本院予以支持。
四、咸阳建安公司起诉是否超过诉讼时效的问题。
安川分公司提交的《审计报告》不能证实其与咸阳建安公司之间已进行结算，亦不能证实其已向咸阳建安公司支付全部工程款或明确向咸阳建安公司表示拒绝支付工程款。《中华人民共和国民法通则》第一百三十七条规定，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。在安川分公司没有提供证据证明咸阳建安公司知道或者应当知道安川分公司拒绝支付工程款，咸阳建安公司依据双方签订的合同取得工程款的权利受到侵害的情况下，咸阳建安公司向人民法院请求保护的诉讼时效期间并没有开始起算。故安川分公司关于咸阳建安公司请求权超过诉讼时效的主张没有事实依据，本院不予支持。
综上所述，咸阳建安公司的诉讼请求部分成立，本院予以支持。安川分公司的反诉请求成立，本院予以支持。依据《中华人民共和国民法通则》第一百三十七条，《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条第一款，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决如下：
一、陕西省交通建设集团公司安川分公司于本判决生效之日起30日内支付陕西省咸阳市建筑安装工程总公司工程款6878222.82元；
二、陕西省咸阳市建筑安装工程总公司于本判决生效之日起30日内向陕西省交通建设集团公司安川分公司提交包（头）茂（名）线安康至毛坝至陕川界高速公路房建工程FJ6合同标段完整的竣工图和竣工资料文件两套；
三、驳回陕西省咸阳市建筑安装工程总公司的其他诉讼请求。
如未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
鉴定费214100元，由陕西省交通建设集团公司安川分公司负担150000元，由陕西省咸阳市建筑安装工程总公司负担64100元。鉴定人员出庭费用3000元，由陕西省咸阳市建筑安装工程总公司负担。
案件受理费158050元，由陕西省交通建设集团公司安川分公司负担58050元，由陕西省咸阳市建筑安装工程总公司负担100000元。反诉案件受理费50元，由陕西省咸阳市建筑安装工程总公司负担。
审 判 长 何 波
代理审判员 李 伟
代理审判员 邱 方
二〇一七年七月十二日
书 记 员 张明星