上海市松江区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）松民三（民）初字第2400号
原告林凤，女，1965年2月5日生，汉族，住浙江省。
委托代理人欧阳兰芳，上海申浩律师事务所律师。
被告上海松江礼品城有限公司，住所地上海市松江区。
法定代表人陈绍圣，董事长。
委托代理人陈帮特，男。
原告林凤与被告上海松江礼品城有限公司房屋租赁合同纠纷一案，本院于2015年7月1日立案受理后，依法适用简易程序，于2015年9月23日公开开庭进行了审理。原告的委托代理人欧阳兰芳和被告的委托代理人陈帮特到庭参加诉讼。审理中，经原、被告双方同意并由本院院长批准，本院延长简易程序审理期限三个月。本案现已审理终结。
原告诉称：原、被告曾签订上海国际礼品城联建房协议书，约定由原告向被告购买本市松江区洞泾镇长浜路XXX弄A区5幢XXX号XXX层商铺（现址为本市松江区洞泾镇长浜路XXX弄XXX号XXX室、XXX室、XXX室，以下简称“系争房屋”）。为办理产证之需，双方此后又签订礼品城联建房结转销售（办证）协议书，并同时签订了商铺代（包）租赁合同。该租赁合同对租赁期限、租金支付方式等进行了约定。合同签订后，被告未按约支付租金，截至2013年底共拖欠租金人民币（以下币种同）85，387元（分两部分：第一部分为截至2012年12月31日的欠付租金35，387元、第二部分为2013年1月1日至2013年12月31日的欠付租金50，000元）。双方于2013年6月20日签订《协议书》，被告承诺限期支付租金，若未按协议书承诺支付，则愿意支付20，000元罚金等。经原告多次催讨，被告仍未支付租金。原告无奈诉至法院，请求判令：1、被告支付原告上述租金85，387元；2、被告支付原告上述租金的滞纳金（按照日万分之五的标准，从2013年8月11日起计算至判决生效之日止）；3、被告支付原告上述罚金20，000元；4、被告支付原告用于办证的借款20，000元。审理中，原告将上述诉请1金额调整为86，287元（含两部分：第一部分为2013年8月10日前应付的租金36，287元、第二部分为2013年1月1日至2013年12月31日的欠付租金50，000元）。另将上述诉请2的计算方式变更为分两笔计算：均按日万分之五的标准：第一笔以36，287元为本金，从2013年8月11日起算，第二笔以50，000元为本金，从2013年10月11日起算，均计算至判决生效之日止），审理过程中，鉴于原告已主张了上述诉请3中的罚金20，000元，为避免重复主张，故其表示撤回该诉请2计算方式变更后所含的第一笔336，287元对应的滞纳金，只保留第二笔50，000元所对对应的滞纳金。此外，在审理中，原告申请撤回上述诉请4，表示保留诉权，另循其他途径解决。
被告辩称：首先，被告确实欠付原告截至2013年12月31日的租金，但原告主张的金额有误。根据双方于2013年6月20签订的《协议书》，就截至2012年12月31日的租金，被告的欠付金额为35，387元，加上2013年1月1日至2013年12月31日期间的欠付租金5万元，本案中被告欠付的租金总额应为85，387元。对于欠付的租金本金，被告同意支付，但由于资金困难，希望原告宽限一段时间。其次，对于罚金20，000元，因其主要目的是为了约束被告尽快办理小产证，现被告已将小产证办出，故该20，000元不应再支付。即便因被告违约需要支付违约金的，该20，000元也明显过高，合理的计算方式应为以35，387元本金，按照中国人民银行同期存款利率的标准，从2013年8月11日计算至实际清偿日止。
经审理查明：2007年10月15日，原告与被告缔结了《礼品城商铺代（包）租赁合同》。该合同约定，被告向原告租赁系争房屋，租赁期间为自2008年1月1日起至2013年12月30日止；年租金依次为15，000元、20，000元、30，000元、40，000元、45，000元和50，000元；每年度租金分两次支付，即逢当年的3月30日和9月30日各支付50%，延误支付超过十天的，还应向原告支付应付未付租金日千分之一的滞纳金；原告的租金收入由其自行向税务部门缴税。该合同另对其他事宜作出约定。
上述合同签订后，被告未按约支付租金。2013年6月20日，双方签订《协议书》一份，内容为双方就有关礼品城商铺租金、产证达成下列共识：1、被告从即日起需在40天法定工作日内给原告办好产证（在2013年8月10日之前）并交于原告正本的契税单、正本维修基金单证和正本（叁本）房产证等。2、被告在2013年8月10日之前还应归还原告的租金：（1）2012年还欠原告35，387元，滞纳金为900元；（2）2013年8月10日前共计归还原告租金36，287元；（3）2013年8月10日至2013年10月30日未付以上租金和房产证，被告支付原告20，000元罚金。
嗣后，被告仍未支付上述36，287元且剩余代（包）租期内的租金亦未按约支付，原告现因催讨未果，遂涉诉。
审理中，关于租金税结算的问题，被告提出希望由其代扣代缴，但原告不予同意，在此情形下，被告要求原告向其开具租金发票。对于被告的上述意见，本院告知其应以反诉的形式明确提出相关主张，但被告至期并未提起反诉。
另查明：原告已取得系争房屋的小产证，登记日为2013年8月5日。
上述事实，有《礼品城商铺代（包）租赁合同》、《协议书》、上海市房地产权证及双方当事人陈述等证据证明，本院予以确认。
本院认为：原、被告之间签订的礼品城商铺代（包）租赁合同系当事人的真实意思表示，并未违反法律、行政法规效力性的强制性规定，属有效合同，当事人应按约履行各自义务。
本案中，被告理应向原告支付其所欠付的租金。至于具体金额，双方虽存有争议，但结合双方2013年6月20日所签的《协议书》，被告的抗辩意见与事实不符，本院不予采纳。至于被告所提由其代扣代缴税费的问题，因与约定不符且原告不予同意，故本院对该意见不予采纳。
此外，被告存在逾期向原告支付租金的违约行为，故还应当向原告承担相应的违约责任。本案中，原告实际上主张了两笔欠付租金的违约金，一笔是36，287元所对应的违约金，另一笔是50，000元所对应的滞纳金。对于前者，原告虽主张双方约定的罚金20，000元，但毕竟该20，000元是对办证和支付租金两项事宜的约束，故本院结合本案情形，酌情将该笔违约金调整为1万元。对于后者，原告主张按照日万分之五的标准计算滞纳金，对此，本院认为，违约金具有补偿性及惩罚性的特征，对违约金的调整既要尊重双方约定时的意思自治，又要综合考虑本案原告的损失、被告的违约时间、违约程度以及双方履约的情况等因素，故本院综合考虑上述因素及本案的实际情况，将违约金的计算标准酌情调整为日万分之三。至于计算期间，原告的主张并无不妥，本院予以采纳。
此外，关于租金发票的问题，因被告在本院作出相关释明后并未就此提起反诉，故本院在本案中不予处理。双方如有争议，可另循其他途径解决。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第一百一十四条、第二百二十六条之规定，判决如下：
一、被告上海松江礼品城有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告林凤截至2013年12月31日的租金86，287元；
二、被告上海松江礼品城有限公司于本判决生效之日起十日内按照日万分之三的标准支付原告林凤逾期支付2013年租金的违约金（以50，000元为基数，从2013年10月11日起计算至本判决生效之日止）；
三、被告上海松江礼品城有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告林凤2013年以前租金的逾期付款滞纳金10，000元。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费2，426元，减半收取1，213元，由原告林凤负担25元（已付），由被告上海松江礼品城有限公司负担1，188元（于本判决生效之日起七日内交付本院）。
如不服本判决，可于判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
审判员 方美玲
二〇一五年十一月三日
书记员 邵玲玲
附：相关法律条文
《中华人民共和国合同法》
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
第二百二十六条承租人应当按照约定的期限支付租金。……