江苏省无锡市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）锡民终字第00591号
上诉人（原审被告）江苏兴厦建筑安装有限公司，住所地高邮市武安东路8号。
法定代表人赵宏才，该公司董事长。
委托代理人徐涛，江苏法瞻律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）江阴华纳通装备科技有限公司，住所地江阴市顾山镇顾山社区（山脚下）。
法定代表人施晓秋，该公司董事长。
委托代理人姚泳，江阴市北国法律服务所法律工作者。
上诉人江苏兴厦建筑安装有限公司（以下简称兴厦公司）因与被上诉人江阴华纳通装备科技有限公司（以下简称华纳通公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服江阴市人民法院（2013）澄民初字第0889号民事判决，向本院提起上诉。本院于2015年3月6日受理后，依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
华纳通公司原审诉称：其公司与兴厦公司于2011年12月30日签订建设工程施工合同1份，约定：由兴厦公司承建其公司在江阴市顾山镇顾山社区的厂房，工程总价505万元。2011年12月20日开工，2012年5月20日竣工。合同签订后，兴厦公司进行了施工，但未按约完工。其公司与兴厦公司于2012年8月19日又签订建设工程施工合同补充协议1份，约定：工程必须在2012年9月30日竣工交付，如不能在2012年9月30日交付，兴厦公司将每天承担自2012年7月15日起，以合同总额每天2%计算违约金，并对已查出的6项质量问题进行整改，在工程竣工时再统一验收。2012年9月30日到期后，工程仍未完工，经催告，工地上也无人施工。其公司已支付兴厦公司工程款270.75万元，并垫付工资款60万元，合计330.75万元。兴厦公司已建工程价款约250万元。为维护其公司的合法权益，故向法院起诉，请求判令：1、解除双方签订的建设工程施工合同；2、兴厦公司返还工程款80.75万元；3、兴厦公司因逾期竣工及质量未整改构成违约，承担违约金200万元。一审中，经鉴定，兴厦公司已建工程造价为3134341.83元，质量问题的维修费用454982.10元，为此，华纳通公司诉讼请求变更为：1、解除双方签订的建设工程施工合同；2、其公司应支付兴厦公司工程款26841.83元；3、兴厦公司支付维修费用454982.10元；4、兴厦公司承担违约金200万元。
兴厦公司原审辩称：1、华纳通公司未取得建设工程规划许可证和施工许可证，因此双方签订的建设工程施工合同无效；2、即使合同有效，也是华纳通公司单方违法解除；3、由于华纳通公司迟迟未办理好建设工程施工许可证，江阴市建设局多次要求停工，因此工程未按约竣工并非其公司的责任；4、华纳通公司主张违约金，未提供其产生200万元损失的依据；5、华纳通公司未将工程款支付到指定的帐户上，其公司至今未收到华纳通公司支付的任何工程款，其公司未授权秦万友收取工程款，华纳通公司支付给其公司施工员秦万友的款项，不是有效支付。即便是有效支付，收取的银行承兑汇票应扣除贴息；6、施工中，增加了挖土、回填土、运土方运输费、挖机台班费等工程量，计工程款44900元；7、华纳通公司支付到顾山镇人力资源和社会保障所的60万元，其公司不认可，与其公司无关。
原审经审理查明：2011年12月30日，华纳通公司与兴厦公司签订建设工程施工合同1份，约定：兴厦公司为华纳通公司承建坐落于顾山镇顾山村的厂房，工程内容：土建，按图施工，开工日期：2011年12月20日，竣工日期：2012年5月20日，3号车间价款290万元，2号车间价款215万元。专用条款第26条约定：工程款（进度款）支付：兴厦公司进场开工挖土，基础工程结束付合同价款的20%，柱子浇好支付合同价款的15%，屋面盖好支付合同价款的15%，工程全部结束付合同价款的20%，余款分两年付清，每年付合同价款的15%。合同还载明“为全面履行合同的约定，请发包方将所有工程款汇入承包方指定帐户，户名：兴厦公司无锡分公司，开户行：农行新梁溪支行，账号：65×××98”。双方还约定了其他条款。合同签订后，兴厦公司于2011年12月20日开工。
施工期间，兴厦公司向华纳通公司出具法人代表授权委托书1份，载明“现委托我公司秦万友先生全权负责江阴华纳通装备科技有限公司施工全过程工作，并签署我公司的相关文件”，该委托书上由兴厦公司盖公章、法定代表人印章、被委托人秦万友的签名。
2012年8月19日，华纳通公司（甲方）与兴厦公司（乙方）签订建设工程施工合同补充协议1份，载明“1、对于2#车间的竣工日期：由于乙方提出的请求，甲方同意乙方延期到2012年9月30日按原合同竣工要求交付甲方。如不能在2012年9月30日交付，将按原合同交付期为：2012年7月15日算起，以合同总额的2%／天计算扣款（以天计算）；2、对于查出的6项未按图施工的项目，由乙方统一整改，竣工交付时再统一验收；3、对于其他未提事项按原合同执行；4、此协议一式二份，双方签字即生效。此补充协议与原合同具有同等法律效力”。该补充协议由华纳通公司法定代表人施晓秋与兴厦公司代表秦万友签名。
2012年10月31日，华纳通公司发函给兴厦公司，要求兴厦公司对未按图纸施工的项目整改，并要求按补充协议如期竣工，否则追究兴厦公司的违约责任。
2013年3月15日，华纳通公司发函给兴厦公司，要求兴厦公司一个月内完工，如不予答复，终止合同。
2013年5月2日，华纳通公司又发函给兴厦公司，载明“2013年3月15日发函后，工地仍停工状态，通知双方的合同关系终止，要求兴厦公司将工地上的脚手架等建筑工具拆除搬走……”
华纳通公司以银行承兑汇票和支付现金等方式，由秦万友收取工程款250.75万元。2013年1月，兴厦公司因拖欠农民工工资，经有关部门协调，华纳通公司于2013年1月将60万元汇入江阴市顾山镇人力资源和社会保障所账户，该款用于发放兴厦公司拖欠的农民工工资款。
原审又查明：华纳通公司与兴厦公司签订涉案建设工程施工合同时，华纳通公司就涉案工程尚未办理建设项目用地许可证及建设用地规划许可证。2013年7月，华纳通公司补办了建设项目用地许可证及建设用地规划许可证，但一直未办理建设工程施工许可证。2012年12月12日，江阴市建设局作出行政处罚决定书，对兴厦公司因未取得施工许可证而擅自施工作出了罚款处罚。
原审另查明：兴厦公司未完成全部施工内容，其已完成的工程项目未经验收。
一审中，根据华纳通公司的申请，就兴厦公司已建项目的工程质量及维修方案，委托江苏建研建设工程质量安全鉴定有限公司（以下简称建研公司）进行鉴定，鉴定结论为：1、1#车间（1）屋架裂缝不符合验收规范要求；（2）外墙温度伸缩缝做法不符合设计图纸要求；（3）构造柱设置不符合设计图纸要求；（4）所测部分排架柱构件垂直度不符合验收规范要求；（5）所测窗底圈梁截面尺寸及钢筋配置不符合设计图纸要求；（6）所测部分构造柱及圈梁的钢筋直径不符合设计图纸及规范要求。2、3#车间（1）屋面板裂缝不符合验收规范要求；（2）屋面板气流孔不符合设计图纸要求；（3）屋面支撑做法不符合设计图纸要求；（4）外墙温度伸缩缝做法不符合设计图纸要求；（5）构造柱设置不符合设计图纸要求；（6）所测窗底圈梁截面尺寸及钢筋配置不符合设计图纸要求；（7）所测部分构造柱及圈梁的钢筋直径不符合设计图纸及规范要求，并针对以上鉴定结论出具了维修处理方案。华纳通公司依据以上鉴定结论，对已建工程的造价及维修费用申请鉴定，经委托建业恒安工程管理股份有限公司（以下简称建业恒安公司）鉴定，鉴定结论为：1、车间一已完成项目造价为1061568.93元，车间三已完成项目造价为2072772.90元；2、车间一修复造价为134657.24元，车间三修复造价为320324.86元。双方一致认可，该鉴定结论中的车间一、车间三，对应双方合同约定的2号车间、3号车间。
一审中，华纳通公司自愿将主张的违约金减少至50万元。双方一致确认建设工程施工合同于2013年5月3日解除。
以上事实，由建设工程施工合同、法人代表授权委托书、建设工程施工合同补充协议、建设用地规划许可证、通知、邮寄凭证、公证书、行政处罚决定书、付款凭证、顾山镇人力资源和社会保障所出具的证明及收据、维修方案鉴定报告、工程造价鉴定报告及双方当事人的陈述等在卷佐证。
本案一审的争议焦点为：1、合同的效力问题；2、工程款的确定问题；3、兴厦公司是否构成逾期竣工的违约责任，华纳通公司主张的违约金是否合理问题；4、秦万友收到的工程款及华纳通公司垫付的农民工工资是否构成有效支付问题。
针对第一个争议焦点，原审法院认为：华纳通公司与兴厦公司签订建设工程施工合同时，虽未办理建设用地规划许可证等手续，但在本案一审辩论终结前，华纳通公司已取得建设项目用地许可证及规划许可证，故双方签订的建设工程施工合同依法有效。双方一致确认该合同于2013年5月3日解除，法院予以确认。
针对第二个争议焦点，原审法院认为：施工方对工程质量合格负有义务。涉案工程未竣工，也未经过质量验收。因此，对鉴定发现的质量问题，应由兴厦公司承担相应的责任。对鉴定确认的已建工程造价及维修费用，法院予以采信。由于双方已解除合同，兴厦公司要求由其承担维修的意见，华纳通公司不予认可，法院不予支持。故兴厦公司已建工程的造价确定为3134341.83元，维修费用为454982.10元。兴厦公司称施工中增加了工程量，因未提供相应的证据证明，依法不予支持。
针对第三个争议焦点，原审法院认为：根据双方签订的补充协议，竣工日期延期到2012年9月30日，兴厦公司未按此时间交付工程，构成逾期竣工违约。双方已确认合同于2013年5月3日解除，补充协议自然也予以了解除。华纳通公司依据补充协议的违约条款主张违约金，符合法律规定。承担违约责任除了弥补对方的损失外，还具有补偿的性质，由于兴厦公司未对违约金是否过高提出抗辩意见，故对华纳通公司主张的违约金50万元依法予以支持。
关于未办理施工许可证是否影响工期的问题。原审法院认为：涉案工程虽未办理施工许可证，兴厦公司在签订合同时应该是明知的。兴厦公司由于拖欠农民工工资，造成工人不愿继续施工，是兴厦公司未按期完成工程量的原因。江阴市建设局对兴厦公司作出行政处罚，是在兴厦公司停工后作出的，在作出该行政处罚前，兴厦公司本可以按合同要求完成工程量，即该行政处罚是在双方合同约定的工程竣工日后，故对兴厦公司的抗辩意见，依法不予采信。
针对第四个争议焦点，原审法院认为：秦万友作为签订合同经办人，施工中兴厦公司又授权秦万友全权负责涉案工程施工全过程工作，该授权虽未明确秦万友可否收取工程款，但收取工程款系兴厦公司的一项合同权利，秦万友“全权负责”应包括施工中的所有权利在内，收取工程款也是施工中约定的权利之一，且兴厦公司在履行合同过程中，从未因支付工程款问题向华纳通公司提出异议，故认定兴厦公司对秦万友的授权事项中，包括了收取工程款的事项在内，秦万友收取的工程款视为履行委托事项。该工程款的支付方式，虽不符合合同约定，委托书可视为兴厦公司对合同约定的支付方式的变更。故对兴厦公司抗辩华纳通公司向秦万友支付工程款不是有效支付的意见，依法不予支持。
关于银行承兑汇票是否由华纳通公司承担贴息的问题。原审法院认为：银行承兑汇票交付时，兴厦公司并未提出由华纳通公司承担贴息的问题，按交易习惯，接受银行承兑汇票一方往往将承兑汇票背书转让，兴厦公司未提供其因接受银行承兑汇票承担贴息的依据，故依法不予支持。
关于华纳通公司垫付的农民工工资问题。原审法院认为：兴厦公司由于拖欠农民工工资，农民工向当地政府有关部门信访，江阴市顾山镇人力资源和社会保障所作为政府职能部门，联系兴厦公司要求其支付农民工工资未果后，出于维稳考虑，要求华纳通公司垫付农民工工资，并无不当。因此，华纳通公司垫付的农民工工资在结算时应抵作工程款。兴厦公司的抗辩意见，依法不予支持。
综上，原审法院依照《中华人民共和国合同法》第九十一条、第九十七条、第一百零七条、第一百零九条，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十条之规定，作出判决：一、华纳通公司与兴厦公司于2011年12月30日签订的建设工程施工合同于2013年5月3日解除；二、华纳通公司还应支付兴厦公司工程款26841.83元；三、兴厦公司赔偿华纳通公司维修费454982.10元，维修事项由华纳通公司自行承担；上述二、三项相抵，兴厦公司应支付华纳通公司428140.27元，于判决发生法律效力之日起10日内付清；四、兴厦公司应支付华纳通公司逾期竣工的违约金50万元，于判决发生法律效力之日起10日内付清。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费13081元，鉴定费100500元，合计113581元（华纳通公司已预交），由兴厦公司负担。华纳通公司同意其预交的案件受理费由兴厦公司负担的部分直接支付给其公司，法院不再退还，兴厦公司负担的部分于判决发生法律效力之日起十日内直接支付给华纳通公司。
兴厦公司不服原审判决，向本院提起上诉称：1、一审法院程序违法。一审法院对华纳通公司提交的鉴定费票据在未经质证的情形下即作为定案依据，违反了法律规定。另一审对上诉人提交的秦万友涉嫌伪造印章的证据材料也未组织质证，也未明确是否采纳，剥夺了上诉人的诉讼权利。2、一审法院认定事实不清，适用法律错误。（1）关于质量瑕疵问题，上诉人认为应由其承担修复责任，如其不能修复或修复不合格才应支付华纳通公司实际支出的合理鉴定费用。现有证据不能证明该维修费用已经产生，故一审法院直接判决上诉人承担修复费用明显不当。（2）涉案工程系因江阴市建设局要求停工导致工期延误，停工的原因是未办理好建设工程规划许可证和施工许可证，而上述证件办理的义务主体是华纳通公司，故工期延误不能归责于上诉人。虽然华纳通公司多次发函要求上诉人继续履行合同，但在无效合同尚未转化为有效合同的情形下，上诉人拒绝履行具有正当性。另上诉人在一审中也提出违约金不能超过实际损失的1.3倍，华纳通公司并未提供证据证明其存在200万元损失。（3）一审法院未查明授权委托书出具的时间即直接认定先有合同后有授权委托书，缺乏事实依据。该授权委托书是双方签订合同当天出具，不能认定为对支付方式的变更，且从内容来看，该委托书是对工程施工管理的授权，并不包含领款的授权。（4）上诉人要求款项支付至指定账户即应视为拒绝银行承兑付款。双方只存在涉案交易，不存在交易惯例，一审法院依据交易惯例认定存在不当。华纳通公司违约支付承兑将产生获利，从不当得利的角度也应返还给上诉人。（5）双方约定基础工程结束付合同价款20%，在签订合同之前华纳通公司向秦万友支付的60.75万元与工程款应无关。根据华纳通公司提供的财务凭证显示其也认为2012年3月8日才开始支付工程款，共计支付75万元，其他付款应与工程款无关。另华纳通公司的上述付款也不是有效支付。（6）一审法院未查清华纳通公司支付至顾山社保所的60万元是否还有余额及余额归属问题。（7）华纳通公司认为其支付的工程款已超过上诉人完成的工程量从而向法院提起诉讼，并对已完工程量进行鉴定，该部分鉴定费用应由华纳通公司负担。另本案鉴定费用的收费标准过高，违反了苏价费（2010）341号文件的要求。综上，请求二审查明事实，依法改判。
被上诉人华纳通公司答辩称：1、兴厦公司应承担维修费用。兴厦公司不仅未按约定完工，而且已完工部分有质量问题。一审的鉴定结论是经过合法鉴定程序出具的，应作为维修费标准的定案依据。一审中就剩余工程及维修问题已进行了多次协商，兴厦公司提出的剩余工程要高于约定价款几百万元的无理要求且无法明确完工时间，其公司无法再拖延。另本案已确定合同解除，故维修费应由兴厦公司承担。2、涉案工程未按期完工是由于兴厦公司结欠工人工资及材料款所引起。工地在2012年7月底就已做做停停，10月份秦万友失踪后，工地就已无负责人，后工人闹事，工资款也是由顾山社保所处理的。2013年8月19日的补充协议中也明确了造成工程延期是由于兴厦公司的原因。兴厦公司在开工及签订合同时并未提出施工许可证的问题，之后也未提出该问题，直到请了代理人后才提出。兴厦公司在开工后就不能以该理由拖延工期。3、根据双方在2012年8月19日的补充协议，兴厦公司承担的违约金远不止50万元。其公司的实际损失就算按租赁计算也不止50万元，另外其公司还存在不能按照预定日期投产以及老厂房延期搬迁违约金等损失。4、根据合同及授权委托书，秦万友是兴厦公司在该工地的代理人，负责工地一切事务，且本案的付款是从2011年12月至2012年9月分期多次付款，兴厦公司在此期间内均未提出未收到工程款。根据合同约定的付款进度，如果兴厦公司未收到前期款项的话，完全可以拒绝施工。因此可见兴厦公司对秦万友的收款也是认可的。5、兴厦公司在收到款项后都未提出贴息问题，且按现实交易，兴厦公司在收到承兑后也是支付给他人，另兴厦公司也未提供贴息的依据，故其公司不应承担贴息。6、其公司在一审提供的付款凭证已足以证明实际支付工程款310.75万元。综上，原审认定事实清楚，程序合法，请求驳回上诉，维持原判。
二审中，兴厦公司除提出涉及秦万友的授权委托书是在施工合同签订当天出具的外，对原审查明的其他事实无异议，华纳通公司对原审查明的事实均无异议。
二审中，兴厦公司提供：1、江阴市工程建设稽查大队出具的情况说明一份，载明“江阴市顾山镇锡沙路建设华纳通公司厂房工程因未取得施工许可证擅自施工，我单位于2012年1月4日向华纳通公司发出停工（核查）通知书，并于2012年8月23日向华纳通公司下发工程建设违法行为告知书，要求在手续完善之前，必须停止施工”，证明涉案工程停工原因是手续不全所致。2、光盘及录音整理资料一份，该录音系2013年4月9日由兴厦公司代理人徐涛与华纳通公司的张晋峰联系时形成，证明授权委托书出具时间是签订合同当天。华纳通公司质证认为：1、对情况说明的真实性没有异议，但该证据反而可以证明是兴厦公司的原因造成停工，因为稽查大队在2012年1月4日就发出通知书，而2012年8月19日双方签订的补充合同中兴厦公司承认是其原因造成工程延期并保证在9月30日前完工。2、对于录音的真实性，因时间较长，当事人记忆模糊，无法确认真实性，且该证据不属于新证据，也不能证明兴厦公司的主张；另该份录音是2013年4月9日就形成，而在之后本案一审中兴厦公司只认可合同不认可授权委托书，并要求对授权委托书中兴厦公司的公章进行鉴定，现在二审中又认可该授权委托书与合同是同一天形成，陈述前后矛盾，不应采信。
另二审中华纳通公司表示其是因为搬迁建造新厂房，现延期两年多未搬迁，要向政府承担逾期搬迁的违约责任，同时还存在停产损失，如果按期建成，每年出租的收益都可以高达150万元，另涉案的土地使用权是其支付1020万元购买，对方逾期完工其投入土地的损失按照银行贷款利率计算一年也要60多万元，因此其实际损失远远超过50万元，并提供补偿协议书、承诺书、说明、土地使用权转让协议书、交款凭证及土地使用权证等予以佐证。兴厦公司对补偿协议书、承诺书认为没有原件真实性无法确认，对土地使用权转让协议书、交款凭证的真实性和合法性由法院依法认定，同时认为上述证据与本案无关，涉案合同未能如期完工系华纳通公司的原因所致，该部分损失不应由其承担。
二审另查明：2012年12月12日，江阴市建设局作出的针对当事人兴厦公司的澄建罚字（2012）第319号行政处罚决定书中载明：“本机关在2012年1月4日工程巡查中，发现当事人在江阴市顾山镇锡沙路南侧承建华纳通公司厂房工程……本机关认为当事人未取得施工许可证擅自开工，随即于2012年8月16日上午，本机关对当事人受委托人秦万友进行了调查询问，并制作了询问笔录。根据施工合同和询问笔录，该工程合同价款为505万元，建筑面积7000平方米，该工程事实已经开工建设，证明当事人未取得施工许可证擅自施工。”2012年8月19日，华纳通公司（甲方）和兴厦公司（乙方）签订的补充协议中载明：“由于乙方的原因原合同2#车间定的竣工期为2012年7月15日，时至今日甲方已多次催告，乙方无法完工。另经甲方委派设计人员去现场检查，查出了6项乙方未按设计图纸要求施工的项目。针对以上情况，甲乙双方经协商特对以上事项作出以下补充条款：1、对于2#车间的竣工日期：由于乙方提出的请求，甲方同意乙方延期到2012年9月30日按原合同竣工要求交付甲方。如不能在2012年9月30日交付，将按原合同交付期为：2012年7月15日算起，以合同总额的2%天计算扣款（以天计算）。……”。
另在二审中，关于合同签订前的付款60.75万元，华纳通公司称在2011年12月30日签订合同前，秦万友实际就已带人来施工，所以先支付了部分预付款给秦万友，合同中写明的开工日期也是2011年12月20日开工，后来的款项是因为秦万友拿了委托书，其公司才直接支付给了他，至于财务账册的记载是因为其公司有三位股东，股东间对厂房建设有内部结算问题，其公司一审中提供的账页只是其中一位股东的付款情况，且举证该账页的目的只是证明一笔10万元的支票支付情况。兴厦公司则表示是先签合同后开工，合同中的开工日期之所以写12月20日是华纳通公司要求补办手续需要把日期往前签。另兴厦公司称：秦万友是该项目的施工员，是其公司的雇员，但并无书面劳动协议，秦万友目前携款潜逃，无法联系；一审中其提供的秦万友伪造公司印章的证据材料即其公司向派出所报案的材料一份，主要针对秦万友伪造收据中的兴厦公司无锡分公司财务专用章，派出所最终也没有立案。
关于鉴定费收取问题，针对兴厦公司提出的异议，鉴定机构建研公司和建业恒安公司就收费情况向法院分别作出说明，并对鉴定费的计算予以了具体列明。华纳通公司对上述说明表示没有异议，兴厦公司则认为建研公司的收费说明中表明存在酌情定价情况，该酌情定价缺乏依据，对建业恒安公司的收费是否合理由法院依法认定。
以上事实，有情况说明、光盘及录音整理资料、补偿协议书、承诺书、说明、土地使用权转让协议书、交款凭证及土地使用权证、行政处罚决定书、补充协议、司法鉴定收费情况说明及当事人陈述等证据在卷佐证。
本案争议焦点为：一、涉案已付工程款金额应如何认定；二、兴厦公司是否应承担工期违约责任，如应承担，一审认定的违约金是否合理；三、一审直接判决兴厦公司承担质量瑕疵的维修费用是否妥当；四、一审程序是否违法。
关于争议焦点一，本院认为：本案中关于工程款的支付，华纳通公司提供的财务账页中虽显示只有75万元，但在该75万元之外，华纳通公司还提供了其他付款凭证，显示总计向秦万友付款计250.75万元。鉴于秦万友系涉案施工合同中兴厦公司的经办人，兴厦公司又授权秦万友负责涉案工程施工全过程工作，兴厦公司亦无证据证明秦万友与华纳通公司除涉案工程业务往来外，还存在其他往来，且秦万友出具的部分收款凭证中已明确为工程款，故华纳通公司主张上述付款均是工程款应予采信。对于上述支付是否构成有效支付问题，虽然涉案合同中载明工程款需汇入承包方指定账户，但秦万友本身持有兴厦公司的全权负责工程施工工作的委托书，且也无证据反映在合同履行过程中兴厦公司就付款问题提出异议，甚至在后期华纳通公司多次发函催促兴厦公司完工的情形下，兴厦公司也未提出未收到工程款的问题，另兴厦公司现也无充分证据证明华纳通公司与秦万友之间存在恶意串通的情形，因此应当视为双方在实际履行中对工程款的支付方式已变更，对兴厦公司提出的上述付款不构成有效支付的意见，本院不予采纳。对于华纳通公司垫付的农民工工资问题，因一审中江阴市顾山镇人力资源和社会保障所已对垫付款及发放问题出具了说明，故该垫付款在结算时应认定为已付工程款。综上，原审法院认定华纳通公司已付工程款310.75万元并无不当。对兴厦公司上诉提出的承兑贴息问题，因双方对此并无明确约定且兴厦公司也未提供产生贴息的依据，故本院不予支持。
关于争议焦点二，本院认为：涉案工程虽存在未办理施工许可证的问题，但兴厦公司作为施工单位在签订合同时对此应是明知的。另从江阴市建设局作出的行政处罚决定书来看，2012年8月16日该机关还对秦万友进行了调查询问，而2012年8月19日秦万友代表兴厦公司（乙方）与华纳通公司（甲方）签订的补充协议中仍载明系乙方原因无法完工，并未提出系甲方原因所致。故上述证据可以看出之前未能按期完工系由兴厦公司的原因所致。对补充协议顺延工期后仍未能按期完工的问题，因兴厦公司并无证据证明在2012年8月19日至2012年9月30日期间其公司收到了建设主管部门的停工通知、处罚决定并依此进行停工，故其抗辩系因华纳通公司建设手续不齐备导致工期延误缺乏依据，一审认定兴厦公司构成逾期竣工违约并无不当。对于违约金，双方在补充协议中对工期违约责任进行了约定，一审中华纳通公司已自愿按照50万元进行主张，考虑到涉案工程系生产经营性的厂房，逾期竣工必然会对华纳通公司造成损失，结合华纳通公司对该厂房及土地的投入情况，该违约金主张并不明显过高。
关于争议焦点三，本院认为：涉案工程经鉴定确系存在多项质量问题，对该质量问题应由施工方承担违约责任。因双方对质量违约责任的具体承担方式并未明确约定，根据法律规定，在当事人一方履行合同义务不符合约定情形下，应承担采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。本案中，华纳通公司作为守约方有权选择要求违约方承担的违约责任形式，且其要求兴厦公司直接赔偿维修费用也属于合理妥善的处理方式，有利于彻底解决双方纠纷。关于本案的维修费用已经专业的鉴定机构进行鉴定，一审据此认定应赔偿的维修费亦具有合理性。因此，本案一审直接判决兴厦公司承担维修费并无不当。
关于争议焦点四，本院认为：对于鉴定费的实际交纳情况，因已有交款凭证及发票予以证明，二审中兴厦公司也表示交费情况由法院依法认定，故一审认定实际支付的鉴定费金额符合法律规定。至于鉴定费的票据未经质证问题属于程序瑕疵，该问题在二审中已通过重新质证予以弥补，尚不构成严重的程序违法问题。对于兴厦公司上诉提出的有关秦万友涉嫌伪造印章的证据材料的质证采纳问题，经审查该证据仅是兴厦公司单方向公安机关的报案材料，公安机关最终也未立案侦查，故该证据对本案的审理并无任何影响。
另就兴厦公司提出的鉴定收费标准过高的意见，因其并未能明确鉴定收费过高的具体依据，且鉴定机构已对收费标准的合理性作出解答，故对该意见本院不予采信。对兴厦公司提出的鉴定费承担方式的异议，因本案华纳通公司之前起诉时主张存在超付工程款的情形，后经工程造价鉴定，该部分主张并不成立，故一审认定该部分鉴定费用全部由兴厦公司承担存在不当。兴厦公司就该部分的上诉主张存在合理性，本院予以采纳。考虑到建业恒安公司收取的造价鉴定费45000元中还包含了对修复造价的鉴定，结合该公司对收费情况的说明，本院酌定该部分鉴定费用由华纳通公司承担40150元，兴厦公司承担4850元。
综上，原审判决并无不当，依法应予维持，对于鉴定费承担部分由本院依法予以调整。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
一审案件受理费13081元，鉴定费100500元，合计113581元（已由华纳通公司预交），由华纳通公司负担40150元，兴厦公司负担73431元；二审案件受理费13081元（已由兴厦公司预交），由兴厦公司负担。华纳通公司同意其预交的案件受理费由兴厦公司负担的部分直接支付给其，法院不再退还，兴厦公司于本判决发生法律效力之日起十日内直接支付给华纳通公司73431元。
本判决为终审判决。
审 判 长 吕杰明
代理审判员 王静静
代理审判员 景 鑫
二〇一五年六月一日
书 记 员 徐冬晖