山东省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）鲁民一终字第348号
上诉人（原审原告、反诉被告）吴江市绿之源园林绿化有限公司，住所地江苏省苏州市吴江市平望镇梅堰社区梅龙路3幢107、108室。
法定代表人钱叶华，总经理。
委托代理人张蔚，北京市百瑞（济南）律师事务所律师。
委托代理人王振华，北京市百瑞（济南）律师事务所律师。
被上诉人（原审被告、反诉原告）山东铁雄新沙能源有限公司，住所地山东省巨野县田桥镇煤化工基地。
法定代表人张亿贵，董事长。
委托代理人王丽军，山东麟州律师事务所律师。
上诉人吴江市绿之源园林绿化有限公司（以下简称吴江绿化公司）因与被上诉人山东铁雄新沙能源有限公司（以下简称铁雄新沙公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服山东省菏泽市中级人民法院（2013）菏民三初字第9号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人吴江绿化公司的委托代理人张蔚、王振华，被上诉人铁雄新沙公司的委托代理人王丽军到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审法院查明，2008年9月26日，浙江省林科院园林绿化工程公司（以下简称浙江公司）与铁雄新沙公司签订《园林绿化工程合同》，约定：绿化苗木的品种为红叶石楠、金叶女贞、小龙柏、三叶草、日本矮麦冬五种，总价款约200万元（按实际工程量结算），合同签订后三日内苗木及人员到场，2008年10月20日之前全部栽种完毕，工程标准达到二级。付款方式：双方签字盖章合同生效，工程结束后支付合同总额的40%，养护一年验收合格付70%，养护二年正式移交并验收合格，开具全额增值税票后付清30%的余款。浙江公司包栽包活，在栽植完工后，要养护苗木24个月，待全部苗木成活后再移交给招标单位。在养护期内死亡的苗木，浙江公司应无偿补栽好，对补栽苗木的绿化包活期仍为24个月，养护标准达到绿化二级养护质量标准，期间发生的费用由浙江公司负担。后来双方签订《补充协议》，约定：一、浙江公司为铁雄新沙公司绿化中标方，为考虑工程的延续性和绿化的整体效果，原合同顺延至绿化结束。二、浙江公司在不违反原合同的基础上听从铁雄新沙公司的绿化安排。三、调整的苗木，价格须经双方共同签字认可。四、苗木清单作为附件和原合同具有同等效力，是铁雄新沙公司结算的依据。
2009年6月10日，浙江公司、吴江绿化公司、铁雄新沙公司三方签订《债权债务转让协议》，约定：浙江公司自愿将铁雄新沙公司的债权（具体内容浙江公司与铁雄公司签订的所有绿化施工合同）转让给吴江绿化公司，同时将与合同发生的一切相关文件移交给吴江绿化公司，自该协议签订之日起，由吴江绿化公司履行与铁雄新沙公司的合同及一切债权债务。
2009年5月13日，浙江公司提供《苗木清单》，确认苗木价款为5313900元，铁雄新沙公司时任常务副总经理朱瑞某、时任后勤科科长刘某签字确认；2009年9月22日，吴江绿化公司提供《苗木清单》，确认苗木价款2578079.6元，朱瑞某、刘某签字确认；2010年5月28日，吴江绿化公司提供《苗木清单》，确认苗木价款为1219140元，刘某签字确认。
2010年10月27日至11月27日，铁雄新沙公司与吴江绿化公司对绿化工程进行组织验收，验收内容为：“厂区所有成形绿化带，根据《园林绿化工程合同》对现存活的苗木组织清点验收”，制作了《绿化工程验收清单》，双方验收经办人员签字确认，铁雄新沙公司出具《园林绿化工程验收报告》。2012年7月23日，吴江绿化公司、铁雄新沙公司签订《关于一期绿化工程验收确认价值的协议》，双方认定并签字确认《绿化工程验收清单》所载明的苗木总价值为5097472.4元。
吴江绿化公司提供对证人朱瑞某、刘某的调查笔录、《绿化带破坏情况明细表》、2013年6月7日录制的光盘一张、《苗木更换申请》证明由于铁雄新沙公司强行要求反季节种植、规划不合理、施工随意改动、焦油、污水、有害气体导致吴江绿化公司已栽种的苗木毁损，责任应由铁雄新沙公司负担。朱瑞某证明：由于铁雄新沙公司的原因造成苗木的死亡毁损，主要包括：一是反季节强行种植，但具体哪些苗木反季节种植不清楚；二是规划不合理及施工中的随意改动，交叉施工，导致绿化的毁损，比如在卸焦池西侧建皮带廊、煤气自动放散装置、管道破裂等均造成苗木毁坏。苗木毁损是铁雄新沙公司造成的，费用应由铁雄新沙公司负担。铁雄新沙公司质证认为：1、铁雄新沙公司不存在规划不合理、重复施工导致苗木毁损的情况；2、放散煤气点附近在一期投产放散煤气时只种植了少量麦冬草和少量冬青，现仍成活；3、熄焦场皮带机场地是规划预留场地，当时未种植苗木，不存在毁损；4、根据合同约定吴江绿化公司应确保施工现场清洁，清理废弃物，因此，铁雄新沙公司对苗木的种植环境不承担责任；5、铁雄新沙公司不存在管道泄漏的情况，也就不存在毁损苗木的情况。《绿化带破坏情况明细表》为吴江绿化公司单方制作，没有铁雄新沙公司相关人员签字认可，为无效证据。2013年6月7日录制的光盘中有两处不是吴江绿化公司的绿化范围；桥下面是铁雄新沙公司近期车间维修、改造损坏，不是验收前的损坏；没有绿化的地面不是吴江绿化公司绿化的范围；该录像不能证明验收时的真实情况。《苗木更换申请》不真实，朱瑞某、李希某的签名是复印的。
铁雄新沙公司为支持其抗辩理由，原审庭后申请原铁雄新沙公司总经理杨志某到法院作证，并提供山东天业建设工程有限公司、巨野县第三建筑安装工程公司铁雄新沙项目部出具的《证明》。杨志某证明：杨志某自2008年11月至2010年9月在铁雄新沙公司担任总经理职务，在其任职其间，由朱瑞某任副总经理，负责绿化工程。吴江绿化公司没有向铁雄新沙公司反映过因为铁雄新沙公司的原因造成苗木的死亡毁损。如果有这种情况发生，铁雄新沙公司会逐级反映，单位每天召开会议，会对存在的问题进行研究，并形成会议纪要。朱瑞某所述不正确。双方有绿化合同，合同规定24个月验收，不存在反季节种植的问题。另外，的确存在毁坏局部草地的情况，但吴江绿化公司没有提出来，可能是认为面积小，可以忽略不计。铁雄新沙公司应该按照合同约定以最后验收结果支付工程款，不应该按照进货清单付款。吴江绿化公司对种植的苗木应该包种包活。铁雄新沙公司不是购买苗木，而是搞绿化工程。吴江绿化公司质证认为：一、证人杨志某在笔录中认可以下事实：1、朱瑞某的职务行为，即负责绿化工程；2、的确存在毁坏局部草地的情况；3、杨志某在任职期间严格按照合同要求进行付款。二、证人杨志某认为铁雄新沙公司不存在施工随意改动、交叉施工造成苗木毁损，与事实不符。三、证人杨志某主张按照最后验收的苗木价款付款，与事实不符。事实上双方在《园林绿化工程合同》及《补充协议》中明确约定了付款依据，即双方应当按照《苗木清单》进行结算。铁雄新沙公司对证人证言无异议。
山东天业建设工程有限公司出具《证明》，证明：该公司具体负责一期、二期焦炉的土建施工和设备安装，施工中没有发生进行建设毁损绿化苗木的情况，安装的管道没有发生泄露焦油及液氨现象。巨野县第三建筑安装工程公司铁雄新沙项目部出具《证明》，证明：该公司2008年至今在铁雄新沙公司负责厂区道路及零星工程维修项目，没有发生损坏绿化苗木的情况。吴江绿化公司质证认为该两份《证明》超过举证期限，且两单位与铁雄新沙公司有利害关系，其陈述与事实不符，法院不应采信。铁雄新沙公司对证人证言无异议。
原审法院认为：浙江公司与铁雄新沙公司签订的《园林绿化工程合同》、《补充协议》以及浙江公司与吴江绿化公司、铁雄新沙公司签订的《债权债务转让协议》，是当事人真实意思表示且不违反有关法律规定，均为有效合同，双方当事人应严格依约履行。
三份《苗木清单》载明的苗木为浙江公司、吴江绿化公司已栽种的苗木，价值9111119.6元，铁雄新沙公司工作人员签字确认，并按照《园林绿化工程合同》及《补充协议》的约定支付7134037元。2010年10月份验收时，双方确认吴江绿化公司移交给铁雄新沙公司的苗木总价值5097472.4元。苗木价值相差4013647.2元，苗木损失责任应由谁承担是双方争议的焦点。
吴江绿化公司主张由于铁雄新沙公司强行反季节栽种、规划不合理及交叉施工等原因造成苗木的死亡毁损。经审查，该院认为，朱瑞某、刘某的证言不能证实铁雄新沙公司强行要求反季节栽种苗木的品种、数量及价值，也不能证实铁雄新沙公司进行交叉施工、规划不合理的时间、地点及造成苗木死亡毁损的品种、数量及价值。吴江绿化公司不能提供其他证据证明上述三种情况确实发生，更没有提供证据证明上述三种情况发生后，及时以口头或书面形式告知铁雄新沙公司，或者向铁雄新沙公司的相关领导汇报并提交书面材料。鉴于朱瑞某已离开铁雄新沙公司，其到法院作证的行为，不能视为职务行为，同时，由于朱瑞某与铁雄新沙公司具有利害关系，在没有其他证据相佐证的情况下，难以确认其证言的真实性；吴江绿化公司的委托代理人对刘某进行了调查并制作了调查笔录，但刘某拒绝在调查笔录上签字。刘某拒绝签字的行为，应当视为该调查笔录的内容不是刘某的真实意思表示，该份调查笔录也不能作为有效证据使用。《绿化破坏情况明细表》系吴江绿化公司单方做出，没有铁雄新沙公司签字盖章确认，该证据不能证明吴江绿化公司的主张；2013年6月7日吴江绿化公司录制的光盘不能证明是由于焦油、污水、有害气体导致吴江绿化公司已栽种的苗木毁损，更不能证明2008年9月26日至2010年10月27日期间由于铁雄新沙公司的原因造成苗木死亡毁损。《苗木更换申请》加盖浙江公司公章，注明时间为2009年3月27日，该份申请虽然显示“苗木有部分冻死”，但该证据也没有证明苗木死亡的数量、品种及价值。《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条规定：“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。”最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二条规定：当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。因此，吴江绿化公司主张造成苗木死亡毁损的原因在于铁雄新沙公司，但是没有提供确实有效的证据证明其主张，根据法律规定，其将承担举证不能的法律后果，其主张依法不予支持。
根据《园林绿化工程合同》约定，吴江绿化公司对种植的苗木应该包种包活，养护期为24个月，在养护期内死亡的苗木，吴江绿化公司应无偿补栽好。因此，对于在2008年9月26日至2010年10月27日栽种的苗木，期间发生的种植及补栽的费用应由吴江绿化公司负担。在吴江绿化公司不能提供证据证明种植苗木死亡毁损的原因在于铁雄新沙公司的情况下，依照《园林绿化工程合同》的约定，对于死亡毁损的苗木吴江绿化公司应无偿补栽好，损失也应由吴江绿化公司自行负担。双方进行园林绿化工程验收是履行《园林绿化工程合同》，而不是对《园林绿化工程合同》约定条款的变更。吴江绿化公司辩称双方用实际验收行为改变了关于养活管理的规定、双方应按照《苗木清单》进行结算，无事实根据与法律依据，依法不予采信。
综上，铁雄新沙公司应根据《关于一期绿化工程验收确认价值的协议》支付工程款5097472.4元，已实际支付7134037元，吴江绿化公司对于多收取的工程款2036564.6元应予返还。铁雄新沙公司的反诉请求，依法予以支持；吴江绿化公司要求铁雄新沙公司支付工程款2111119.6元的诉讼请求无事实根据，依法不予支持。判决：一、驳回原告（反诉被告）吴江市绿之源园林绿化有限公司的诉讼请求；二、原告（反诉被告）吴江市绿之源园林绿化有限公司于本判决生效后十五日内返还被告（反诉原告）山东铁雄新沙能源有限公司工程款2036564.6元。
上诉人吴江绿化公司不服判决上诉称，一、一审判决无视上诉人与被上诉人以《苗木清单》作为结算依据的明确约定，错误地以2012年7月23日《关于一期绿化工程验收确认价值的协议》（以下简称《价值协议》）为结算依据。《补充协议》约定《苗木清单》作为附件和原合同具有同等效力，是结算的依据。《苗木清单》是双方多次核对后共同确定的结果，其中包括上诉人包栽包活应由被上诉人结算的部分，也有由于被上诉人过错（反季节栽种、规划不合理、随意交叉施工）所致苗木毁损、反复栽种而应由被上诉人承担的部分。被上诉人对三份《苗木清单》的真实性无异议，三份清单总价款911.11196万元为被上诉人应支付给上诉人的苗木工程总款。《价值协议》是对于双方清点时现在存活苗木价值的确认，而非双方进行苗木工程结算的依据，其认定的509.74724万元并非双方对于苗木工程结算总价值的共同认定。以上两个数据的差额正是由于被上诉人过错导致苗木毁损部分，该部分损失应由被上诉人自行承担。合同约定的上诉人包栽包活、无偿补栽好的苗木范围仅限于由于上诉人责任所造成的死亡、毁损的苗木。二、被上诉人自认依约定付工程款，故根本不存在被上诉人多支付工程款、而需由上诉人返还这一情形。三、一审中，上诉人全面提供多份证据证明由于被上诉人过错所致苗木毁损，导致上诉人多次反复栽种。被上诉人原分管绿化的副总经理朱瑞某及其原负责绿化事宜的后勤科长刘某皆可证实。一审判决认定上诉人没有及时口头或书面告知被上诉人或向被上诉人相关领导汇报并提交书面材料属于事实认定错误。上诉人多次向被上诉人进行通知、提出抗议、并进行书面和口头的反映。2009年3月27日《苗木更换申请》明确载明由于被上诉人原因突击种苗导致苗木部分冻死。2013年6月7日上诉人提交的光盘亦证明了被上诉人迄今为止仍存在由于焦油、污水、有害气体导致苗木毁损的情形。朱瑞某的行为是职务行为，其证言应依法予以确认。四、一审判决适用法律错误。
庭审中上诉人补充上诉称，一、上诉人签署《价值协议》时在落款处表明：“同苗木总价911.11万元一并计算（甲方即被上诉人已认可）。”在结算问题上，双方并没有达成以《价值协议》作为结算依据的合意。二、《补充协议》修改了原《绿化合同》的结算条款，并进而改变了原来“两年养护、按四三三结算、包种包活”等约定。以《苗木清单》为依据结算，意味着《苗木清单》出具并经双方确认后，即发生付款义务，原合同约定的“两年养护、按四三三结算”的约定被替代。这两种结算方式是不相容的。原来两年期的包种包活也被修改为栽种后一般认知的“成活”。双方实际结算行为表明，是以《苗木清单》为依据结算，不是以“两年养护、按四三三结算”。由于绿化工程量的重大变化（从约200万元至911万元），被上诉人过错导致苗木毁损数额巨大，故双方签订《补充协议》对结算等事宜进行重新约定，法律应保护双方当事人的真实意思表示。从行业规范和惯例角度看，一般绿化工程，苗木成活率在95%左右，而本案存活率只有50%多，这是一个专业的绿化公司无法接受的。
被上诉人铁雄新沙公司答辩称，上诉人的上诉请求没有任何事实和法律依据，一审法院认定事实清楚。上诉人把苗木清单作为结算依据没有任何依据。苗木清单作为结算依据是补充协议内容，补充协议是不能推翻主合同的约定的。价值协议确认的数额也是双方签字认可的，存活的苗木价值就是结算的数据，符合合同结算要求。即使朱瑞某的证言有效也不能推翻合同约定条款的效力。合同明确约定了养护责任在上诉人方，验收合格才是结算的依据。一审法院适用法律正确。应依法驳回上诉人的上诉请求，维持一审判决。
本院二审查明以下事实：
关于上诉人一审提交的证据《苗木更换申请》，被上诉人质证时认为不真实、朱瑞某、李希某的签名是复印的。此《苗木更换申请》内容为：“公司领导：2008年末，为迎接新年，特安排我公司突击种苗，由于天气寒冷，苗木有部分冻死，此为你方原因造成，因此你方（山东铁雄新沙能源有限公司）负全部责任。但考虑现已天气转暖，正是种植苗木的大好时间，因此特申请更换苗木。”落款为浙江公司，出具时间为2009年3月27日。上面有朱瑞某的签字：“请刘科长具体按排更换苗木。朱瑞某3.26”。同时还有李希某的签字：“情况属实。李希某”。朱瑞某、李希某是被上诉人公司工作人员，其中朱瑞某为被上诉人当时负责绿化工程的副总经理。对朱瑞某的职务身份和主管绿化工作，被上诉人申请到庭作证的原被上诉人总经理杨志某的证明也可予以印证。被上诉人虽对《苗木更换申请》中朱瑞某、李希某的签名不予认可，认为是复印的，但由于其并未在法定举证期限内申请对朱瑞某、李希某的签名予以鉴定，本院对上诉人的主张予以采信，即《苗木更换申请》可以证明上诉人所主张的“2008年末，铁雄新沙公司安排上诉人公司突击种苗，由于季节不对，苗木有部分冻死”，该部分死亡的苗木系由于被上诉人的原因造成。
上诉人在二审提交新证据《乙方提交因工程施工造成绿化带损坏调查情况》，详细列明了因被上诉人原因导致苗木被破坏的具体地点、原因和调查情况，表上有“经办人卜祥某，11.6月”字样，上诉人主张是被上诉人工作人员卜祥某签字。庭审时被上诉人质证认为不是二审新证据，对真实性不予认可，认为是不是卜祥某签字无法印证。被上诉人从来没有收到过。但被上诉人对是否卜祥某签字并未在法定举证期限内申请鉴定。经审查，卜祥某是被上诉人工作人员，2010年10月双方进行验收时，曾作为被上诉人方验收经办人员参与验收，并在验收报告上签名。被上诉人虽然对该《乙方提交因工程施工造成绿化带损坏调查情况》不予认可，但二审时未提交新证据推翻上诉人的主张。
上诉人二审还提交以下证据证明因被上诉人过错导致苗木毁损：三份在公证处经过公证的调查笔录，即被上诉人原分管绿化工作的副总经理朱瑞某、浙江公司当时的负责人张伟、苗木供应商万留琴的证人证言，以及多份浙江公司的《汇报申请》及《详细附单》。被上诉人质证称，上述证据不是二审新证据，对证据的真实性有异议。《汇报申请》、《详细附单》、《申请》被上诉人从来没有收到过，当时如果有，一审应该提交。万留琴是浙江公司的工作人员和张伟都与本案有直接的利害关系，其证言都不能作为有效证据。无法证明苗木毁损是由被上诉人原因导致。经审查，上述浙江公司的《汇报申请》、《详细附单》、《申请》落款时间分别为2008年11月11日、2008年11月24日，上面有朱瑞某的签名、手印和“已看过”签字。
以上事实，有《苗木更换申请》、《乙方提交因工程施工造成绿化带损坏调查情况》、调查笔录、《汇报申请》、《详细附单》、《申请》以及庭审笔录等予以证实。
二审查明的其他事实与一审查明事实一致。
本院认为，二审争议的焦点问题是：双方应以《苗木清单》确认的苗木价款9111119.16元，还是以双方验收时确认的苗木价值5097472.4元作为结算依据，差价4013647.2元的苗木损失责任应如何承担。
本院认为，应当以《苗木清单》确认的苗木价款9111119.16元作为结算依据。理由如下：
一、双方所签订的《补充协议》中，有以《苗木清单》作为结算依据的明确约定。被上诉人对《补充协议》和《苗木清单》的真实性皆予以认可。
二、双方于2012年7月23日签订的《关于一期绿化工程验收确认价值的协议》是双方验收清点时对现在存活苗木价值的确认，并没有充分证据证明，双方已达成以该协议确认的价值数额5097472.4元作为结算依据的一致意思表示。在该协议中，上诉人代表在签字认可的同时，注明“同苗木价值911.11
万元一并计算”，可见，上诉人虽认可该价值，但表示不同意以此作为结算依据，认为仍应以《苗木清单》作为结算依据。
三、被上诉人在答辩状中自认“合同签订后，上诉人开始种植，被上诉人也按照合同的付款条件付款”，那么，如果按照合同的付款条件付款，则必然不存在超付工程款的情况。因为合同原约定是养护二年验收合格后付清30%余款。所以，鉴于以上原因，被上诉人反诉主张的超付工程款，即按双方验收时确认的苗木价值5097472.4元进行结算，主张超付203.65646元，理由是不能成立的，与其答辩意见相互矛盾，不能自圆其说。
四、上诉人主张《补充协议》修改了原《园林绿化工程合同》的结算条款，因而改变了原来“两年养护、按四三三结算”等约定。被上诉人则主张双方一直履行的是《园林绿化工程合同》，没有改变结算条款和原合同约定。经审查，事实上被上诉人的实际付款行为和验收行为等表明，双方并非是按照《园林绿化工程合同》所约定的“两年养护、按四三三结算”履行的。如《苗木更换申请》的时间为2009年3月27日，上面有朱瑞某签字书写的“请刘科长具体按（应为安）排，更换苗木”，从此时间算起，至2010年10月27日至11月27日双方组织验收，并不到两年时间。上诉人主张施工一直进行到2010年5月，最后一次《苗木清单》的时间为2010年5月28日，同时，上诉人提交的证人证言亦对此予以印证。从2010年5月施工结束算起，到验收时，仅5个月，与《园林绿化工程合同》所约定的“养护两年正式移交并验收”不符。被上诉人主张双方一直按原《园林绿化工程合同》履行，与事实明显不符。而上诉人的主张，则符合常理，即双方已用《补充协议》和实际行为改变了原《园林绿化工程合同》的部分约定。
《园林绿化工程合同》签订时间在前，而《补充协议》签订时间在后，如果二者有不一致的地方，应当认为《补充协议》变更了原来合同的约定。且事实上，双方也没有按照《园林绿化工程合同》的约定履行验收、付款等事宜。所以，本院认为，应当按照《补充协议》的约定，以《苗木清单》作为双方结算的依据。
五、上诉人主张《苗木清单》已经包含由于被上诉人原因导致苗木死亡毁损的品种、数量及价值，《苗木清单》系双方经过初步验收成活并经核对后得出的结果。被上诉人对此不予认可。经审查，2009年9月22日的《苗木清单》中，有朱瑞某所写的“请刘科长具体核实一下”和刘某“初验符合”的签字确认。2010年5月28日的《苗木清单》中，有刘某签名及“核查属实”字样。可见，《苗木清单》并非是如被上诉人所主张的只是进货清单，上诉人主张《苗木清单》系双方经过初步验收成活并经核对后得出的结果，对此本院予以采信。
综上，上诉人所提交的证据已经形成完整的证据链，可以证明由于铁雄新沙公司原因造成部分苗木毁损。被上诉人对上诉人的主张均予以否认，但二审未提交新证据。一审时被上诉人申请原铁雄新沙公司总经理杨志某到法院作证，并提交山东天业建设工程有限公司、巨野县第三建筑安装工程公司铁雄新沙项目部出具的二份《证明》，以支持其抗辩主张。由于证人杨志某及该两单位皆与被上诉人有利害关系，不足以推翻上诉人的主张。
三份《苗木清单》确认的上诉人方已栽种的苗木价值为9111119.6元，双方验收确认的现存活苗木价值5097472.4元。对于差价4013647.2元的苗木损失，承前所述，主要是由于铁雄新沙公司的原因所造成，所以，铁雄新沙公司应承担主要责任。但是，由于双方《补充协议》只是对结算、付款的方式进行了变更，并未全部推翻原合同的约定。《补充协议》在内容上仍强调“原合同顺延至绿化结束”，“浙江公司在不违反原合同的基础上听从铁雄新沙公司的绿化安排”。可见，除付款、结算方式等部分内容变更外，原合同仍然是双方一致确认要继续履行的，即由于被上诉人的原因导致部分苗木毁损，上诉人方已无法做到全部“包栽包活”，所以，双方对原来所约定的“浙江公司包栽包活，在栽植完工后，要养护苗木24个月，待全部苗木成活后再移交给招标单位”、“在养护期内死亡的苗木，浙江公司应无偿补栽好”以及付款方式即“工程结束后支付合同总额的40%，养护一年验收合格付70%，养护二年正式移交并验收合格，开具全额增值税票后付清30%的余款”等内容作了变更。这点可以从被上诉人的实际付款方式以及验收行为等予以佐证。除此之外，原合同仍然是继续有效的。《补充协议》并未明确约定免除上诉人对苗木的养护责任。鉴于此，为平衡双方的利益，公平合理地解决纠纷，对于差价4013647.2元的苗木损失，本院酌定由上诉人承担30%，由被上诉人承担70%为宜。
上诉人主张被上诉人已付款700万元，尚欠211.11196万元。被上诉人提供的付款凭证证实被上诉人已付款数额为713.4037万元，其中的13.4037万元，上诉人在一审时已出具书面意见，对该13.4037万元不再提出异议，二审过程中上诉人亦未针对该13.4037万元举证。所以，应认定被上诉人已付款数额为713.4037万元，尚欠工程款772988元（9111119.16元-7134037元-4013647.2元×30%）。
综上所述，经本院审判委员会研究，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百六十九条、第一百七十条第一款第（三）项、第一百七十五条之规定，判决如下：
一、撤销山东省菏泽市中级人民法院（2013）菏民三初字第9号民事判决；
二、被上诉人山东铁雄新沙能源有限公司于本判决生效之日起十五日内支付上诉人吴江市绿之源园林绿化有限公司工程款772988元；
三、驳回上诉人吴江市绿之源园林绿化有限公司的其他上诉请求；
四、驳回被上诉人山东铁雄新沙能源有限公司的反诉请求。
一审案件受理费23688元，由上诉人吴江市绿之源园林绿化有限公司负担16108元，由被上诉人山东铁雄新沙能源有限公司负担7580元。反诉费11546元，由被上诉人山东铁雄新沙能源有限公司负担。
二审案件受理费35234元，由上诉人吴江市绿之源园林绿化有限公司负担16108元，由被上诉人山东铁雄新沙能源有限公司负担19126元。
本判决为终审判决。
审判长 张爱华
审判员 张 豪
审判员 刘卫红
二〇一四年十一月十四日
书记员 李 倩