安徽省合肥市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）皖01民终4090号
上诉人(原审被告)：安徽林龙生态农业投资有限公司，住所地安徽省合肥市长丰县岗集镇。
法定代表人：胡郁，该公司总经理。
上诉人（原审被告）：安徽第邑置业有限公司，住所地安徽省合肥市包河区庐州大道58号吉瑞泰广场2幢综合楼1501室。
法定代表人：吴存志，该公司总经理。
两上诉人共同委托诉讼代理人：张颜，安徽徽天律师事务所律师。
两上诉人共同委托诉讼代理人：王艳，北京高文（合肥）律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：肥西县上派镇英山苗圃，住所地安徽省合肥市。
负责人：宣旭东，该苗圃经营者。
委托诉讼代理人：牛和勇，安徽和永律师事务所律师。
原审第三人：安徽九华房地产开发有限公司，住所地合肥市和平路纺织二村。
法定代表人：杨斌，该公司总经理。
上诉人安徽林龙生态农业投资有限公司（以下简称林龙公司）、安徽第邑置业有限公司（以下简称第邑公司）因与被上诉人肥西县上派镇英山苗圃（以下简称英山苗圃）、原审第三人安徽九华房地产开发有限公司（以下简称九华地产公司）承揽合同纠纷一案，不服安徽省合肥市蜀山区人民法(2015)蜀民二初字第00901号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年6月9日立案后，依法组成合议庭进行了审理。本案现已审理终结。
林龙公司、第邑公司上诉请求：撤销一审判决第二项，改判一审判决第一项工程款为1984873.1元。事实和理由：一审法院未将存活苗木中的合格苗木与不合格苗木进行区分，将所有存活苗木均按合格苗木计算于事实不符；2015年7月27日至7月28日的验收，为验收中间阶段，该验收数量不能作为决算依据；英山苗圃养护成活率不达标，林龙公司、第邑公司无需退还其保证金。
英山苗圃答辩称：一审判决认定事实清楚、适用法律正确，请求二审法院依法驳回上诉、维持原判。承包合同是因为上诉人的原因导致合同没有履行从而签订补充协议。上诉人单方通知终止补植，导致种植苗木的死亡率过大，且种植期限为夏季，苗木成活率不高。合同约定被上诉人有权进行补植，上诉人单方终止也是违约行为。上诉人未按合同约定组织验收，导致鉴定时，苗木死亡过多；鉴定不具有合法性，对苗木是否合格不具有鉴定能力导致鉴定结论无效。一审法院委托鉴定的范围是苗木的成活率，鉴定机构扩大了鉴定范围。双方约定第一次鉴定是对苗木是否合格、第二次是对苗木的成活率进行鉴定。第一次鉴定已经证明苗木合格。鉴定机构鉴定过程中与上诉人存在关联；双方已验收相关苗木不在鉴定范围内；英山苗圃履行了合同义务，应当返还保证金。
英山苗圃向一审法院提出诉讼请求：1、判令立即支付应付其工程款5983680元，违约金119673.6元（自2015年2月1日暂计算至2015年3月22日，后续至款清之日止），返还保证金100000元，律师费180000元，合计6383353.6元；2、本案诉讼费、保全费由林龙公司、第邑公司承担。
一审法院认定事实：2014年4月3日，甲方林龙公司与乙方英山苗圃签订一份《苗木销售种植承包合同》，约定：甲方向乙方采购苗木，并要求乙方负责为甲方种植养护到位。销售总价暂定金额15600000元整；承包期限为种植日期自2014年4月1日至2014年6月20日。（起始时间具体以甲方通知之日为准）种植期间雨季无法种植的情况下，需经甲方书面确认后方可顺延。如遇不可抗力因素和自然灾害，或甲方原因影响种植，经甲方签证后可顺延期限。因乙方原因拖延种植日期，按每拖延一天，乙方应向甲方交违约金人民币2000元/天。甲方可从应付乙方的销售款内扣除；承包范围为苗木销售、种植场地整治、苗木种植、贰年养护；苗木质量检查及验收约定为栽种完成后，乙方自检并通知甲方一起验收。经验收合格的，由甲方在验收记录上签字确认。养护期满，甲方再次验收，苗木总成活率达到93.1%即为合格。若达不到本合同要求，乙方负责补种或甲方按苗木单价及数量扣除应付乙方销售款。养护期满，经乙方书面通知甲方，甲方应自收到通知时起15日内组织验收。种植质量保修范围为质量保修即对苗木的种植养护管理（详见质量保修书）。苗木验收为苗木验收合格后，乙方于验收合格之日起十五日内提交造林种植图及完整结算资料一式四份。种植期限内完成工作量，其后已完全成种植部分为苗木完全种完验收后贰年内养管期，乙方在养管期内若发现有苗木死亡要及时补种，并在质量上达到甲方在本合同范围内的技术要求。补种苗木的规格尺寸应与已成活的苗木一致，未经甲方同意，乙方不得随意更改苗木品种。销售款支付约定为销售进度款支付为按种植进度每月25日，乙方向甲方申报种植量资料，以甲方验收合格后，由甲方支付已完成合格种植量的80%；种植结束且通过甲方验收办理结算后，甲方支付至销售结算价的80%销售款，余款20%质保金逐年返还。质保金支付为第一年自甲方验收及相关政府部门验收合格后次日开始进入质保期，乙方负责完成苗木第一年养护的人工、施肥、打药、修剪、洒水等相关养护，且成活率达到95%（米径1米以上），则甲方返还已结算销售款10%的质保金；第二年乙方完成第二年的人工、施肥、打药、修剪、洒水等相关养护，且成活率达到98%（米径1米以上），甲方返还剩余的质保金。乙方自甲方结算完成后7日内提供等额有效苗木成本或苗木销售的税收发票。销售款结算中苗木种植结算审核约定有苗木种植结算以苗木清单每株单包干结算，土地平整机挖垄沟按每亩单价包干结算（见分项苗木销售报价表，按实结算）。对于乙方提交的苗木种植结算资料，甲方进行审核，经甲乙双方签字盖章认可后生效，作为苗木销售结算价款支付的依据等；结算审核的时限约定为甲方在15日内向乙方反馈结算初步审核结果；因乙方不配合结算审核工作的，审核时间顺延。甲方未在规定期限内出具初步审核结果，经乙方书面催告后28日内仍未能提供的，视同认可乙方递交的结算书。乙方对审核结果有异议的应于7日内一次性书面提出，否则视为认可甲方的审核报告。就乙方提出的异议，由甲乙双方在7日内协商解决等；违约责任约定有甲乙双方不能按本协议的内容履行各自的义务，致使发生合同无法履行的行为，应承担相应的违约责任，包括支付5%违约金，赔偿因其违约给对方造成直接经济损失并应继续履行合同，除非双方协议中止合同。乙方养护成活率达不到上述标准，则负责补种达标，经甲方确认合格后再行办理质保金付款，乙方需按时支付农民工工资，因此造成甲方经济及名誉等损失由乙方承担等，合同还对甲乙双方其他权利义务进行了约定。合同附件4《苗木种植养护质量保修书》中养护费用约定为第一年养护费用为人民币188320元；第二年养护费用为人民币188320元;苗木种植分布示意图显示种植面积为2708亩等。附件5《苗木销售预算书》（三）主要苗木种类、材料价格表中载明：黄山栾树92.055元/D5cm/株、红叶石楠101.745元/D5cm/株、金桂1**.73元/D5cm/株、香樟77.52元/D5cm/株（D5cm表示米径规格），挖机平整土地平整336.59元/亩（不包含修便道，挖塘）等。
2014年4月3日，甲方林龙公司、乙方英山苗圃与丙方第邑公司签订一份《补充协议》，约定：鉴于甲乙双方于2014年4月3日签订的《苗木销售种植承包合同》（以下简称《原合同》、《原合同》中苗木销售种植养护简称“原工程”），原工程合同所涉款金额以最终实际工程量结算款项为准。丙方确认九华地产公司（以下简称“第三人”）为华林家园二期项目的开发商，该项目位蜀山区××与××交叉口口。丙方保证第三人对该项目拥有所有权，该项目包括以下商品房（以下简称“上述房屋”）：25#6001-6020室商品房（面积932.33平米）、单价9200元/平米，总价857.7436万元整；24#1701-1710，面积457.72平米，单价9500元/平米、总价人民币434.834万元整；两项合计人民币1292.5776万元整（原工程款暂按1300万元整估算）。丙方指定第三人以上述房屋抵付甲方欠乙方关于“原合同”中约定的原工程结算价款等。抵款方式为丙方指定的第三人同意以上述房屋总价抵付甲方欠乙方《原合同》最终结算工程价款，与上述房屋总价款多退少补；乙方应当在接到丙方指定的第三人通知后七日内到指定地点与丙方指定的第三人就上述房屋签订《商品房预售合同》，丙方指定的第三人出具商品房销售发票等。
2014年9月29日，英山苗圃向林龙公司现具《申请开工》，言明：重新开工并对死亡苗木、弱苗重新补种；并要求履行合同，支付进度款等。同年10月23日，甲方林龙公司、乙方英山苗圃与丙方第邑公司签订《补充协议》一份，约定：种植数量及面积，截止2014年7月11日，经初步验收统计（最终以双方2015年3月的验收为准），乙方种植完成树苗数量约为86000-89087棵，土地平整面积为1555.74亩，总造价约为9318440.72元。鉴于气候、市场、品种、土地等综合原因，本协议签订后，甲乙双方同意《原合同》中后续苗木销售、苗木种植、场地整治工作不再履行。死亡苗木为乙方已种植苗木总价约为9318440.72元整，预估苗木成活率约为73.8%，经双方协商暂确认死亡苗木总价约为2204499.23元整，成活苗木的实际数量，因未经过一冬一夏的生长周期，现无法确定苗木成活状况，甲乙双方拟于2015年3月底共同进行准确验收统计（具体时间甲乙双方根据实际天气情况确定），并根据实际统计的合格苗木总量结算工程款。对于进行苗木验收统计，双方同意按区块对死亡的苗木进行清点（区块位置及划分参见附图），统计出每一区块的死亡率。若每一区块内的死亡率达到30%或以上时，乙方需对该区块内死亡苗木进行拔除，所产生费用由乙方自行承担。死亡树木以双方现场确认。苗木的养护约定有原合同对于养护期的约定为贰年，现变更为壹年。原合同中约定贰年养护费总额为人民币376640元整。根据原工程实际情况，现变更为壹年养护费为，376640*实际苗木种植面积/原合同面积/2。养护费用计入工程款中进行核算等。费用支付约定有根据2014年4月3日三方签订原《补充协议》约定，丙方承诺开发商九华地产公司（以下简称第三人）以房抵工程款，丙方确认用于抵消的房屋归丙方所有，无抵押、无诉讼查封。已种植苗木的费用支付，A首次支付为依照甲、乙、丙三方于2014年4月3日所签《补充协议》的约定，在本合同签订后，甲方以25号楼601-604、610-620的房屋（房屋总价598.368万元）抵消本次应付的工程款598.368万元整等；B第二次支付甲乙双方拟定于2015年3月底共同进行苗木成活率的准确验收，统计出已种植苗木的实际成活率和实际成活苗木的金额（包含土整费）。若实际成活苗木高于598.368万元，甲方支付实际成活苗木金额（含土整费）的80%与首次货款（598.368万元）差额部分货款，支付方式比照上述首次支付的方式，甲方同意从25号楼6层中选取相应房屋抵扣本次应付工程款，乙方须补足差额发票。若实际成活苗木金额（含土整费）不足598.368万元，则乙方在验收之日起7日内以现金方式向甲方返还不足598.368万元的差额部分，若未能如期足额返还，甲方有权在房屋销控金中扣除，剩销控金不足差额部分的，乙方每日按所拖欠金额的万分之四向甲方承担违约责任。C第三次支付约定为甲乙双方于2015年7月对已种植苗木进行再次验收，根据实际成活情况做工程总决算，支付成活苗木的剩余尾款和实际苗木种植面积的养护费（养护需达到甲乙双方约定的养护标准，具体参照《原合同》），支付方式比照上述。乙方需补足差额发票，含实际苗木种植面积的养护费发票。若最终验收实际成活苗木金额（含土整费）不足上述两次支付的总金额，则乙方在验收之日起7日内以现金方式向甲方返还不足上述总额的差额部分，若未能如期足额返还，甲方有权在房屋销控金中扣除，剩余销控金不足差额部分的，乙方每日按所拖欠金额的万分之四向甲方承担违约责任。违约责任约定有在履行本协议过程中一方违约，除承担上述违约责任外，还应承担守约方为实现债权所产生的费用（包括且不限于诉讼费、保全费、律师费、交通费等）。同时双方还约定了房销控金的返还方式等。2014年11月7日，甲方九华地产公司与乙方宣旭东签订晨欣华美达广场《华林家园》项目定购单，约定：乙方定购的“晨欣华美达广场”《华林家园》25栋601-604、610-620室位合肥市蜀山区××与××路路交汇处（以下简称该物业），该物业预测建筑面积650.4平方米，最终以房管部门测量为准；乙方定购的该物业总价为人民币5983680元，乙方采取一次性付款，首付比例为100%等。九华地产公司出具了两份收据。
2015年3月23日，林龙公司向英山苗圃出具《岗集项目死亡苗木不需补栽告知函》：对死亡苗木，我方不需要贵方补栽。如贵仍擅自进行补栽，我方不予认可，由此造成的损失由贵方自行承担；如造成我方损失的，我方将追究贵方相关责任；如由此导致双方无法在约定期限内时候验收等相关后果的，由贵方承担一切法律责任。2015年3月26日，林龙公司向英山苗圃出具《苗木工程核验告知函》：根据补充协议要求，已种苗木于2015年3月底需共同进行决算前中期核验，我公司决定于2015年3月28日至2015年4月10日开展阶段性联合核验工作，望贵公司提前做好准备，并在2015年3月30日前安排相关负责人与我公司联系启动阶段性联合核验相关工作，具体核验内容如下：1、按地块编号测量已种苗木面积、核定土地平整面积；2、按地块编号测量已种苗木准确数量，并确认死亡数量；3、根据核对验数据，按地块编号计算区域苗木密度、分类统计预计的成活苗木总数、成活率、死亡率作为工程核算参考。我司日常巡视过程中，发现因贵公司对已种植苗木后期养护不及时、不到位等原因，致使至发函日原成活苗木仍存在严重的陆续死亡现象，因上本次验收仅作阶段性联合核验等。同日，林龙公司向英山苗圃出具《苗木工程养护告知函》：要求按质量保修书及2014年10月23日签发的补充协议进行养护等。
2015年7月3日，林龙公司、第邑公司向英山苗圃出具《关于苗木种植工程总决算验收的通知函》：对2014年已种植的苗木进行验收，根据实际成活情况做工程总决算等。同年7月8日，英山苗圃向林龙公司、第邑公司出具《回复函》：我司等待贵司确定具体的验收时间，确定时间后，请提前三日通知我公司安排人员接受验收。另，《补充协议》约定，双方2015年3月底你方退还剩余销控金10万元，请贵司在验收前返还。
2015年7月16日，英山苗圃向林龙公司、第邑公司出具《通知函》：2015年7月8日我司根据贵司所发《关于苗木种植工程总决算验收的通知函》进行回复，但贵司至今未答复。为此通知如下：根据2014年10月23日签订的《补充协议》约定，已种植苗木的养护期为2014年7月11日至2015年7月10日止，现养护期限已满。我司养护职责已期满，贵司也未委托我司继续养护，近日高温，为防止7月10日后可能出苗木死亡的后果，现通知贵司接到本通知函后三日内与我司联系并组织人员验收，逾期则视为贵司拒绝再次验收，所造成苗木死亡的经济损失将由贵司承担，双方苗木结算款按《补充协议》第2.1条确定成活苗木总价。
2015年7月27日至2015年7月28日，林龙公司、第邑公司验收英山苗圃种植红叶石楠成活棵数为8471棵；2015年7月27日至2015年7月28日，林龙公司、第邑公司验收英山苗圃种植香樟成活棵数为5596棵。2015年8月4日，林龙公司、第邑公司向英山苗圃出具《关于苗木种植工程总决算验收交接及验收催办函》：按照2014年4月3日贵方与林龙公司、第邑公司签订的《苗木销售种植承包合同》及2014年10月23日签订的《补充协议》之约定：林龙公司多次主动与贵方电话沟通验收时间并于2015年7月3日发函通知贵方验收，后因雨天和高温，双方一直未能确定具体验收时间，迫于验收需要，我方于2015年7月24日电话告知并发函要求贵方在2015年7月27日参与验收并提供参与具体验收人员的委托书，但贵方至今未能提供，导致目前已完成的验收单(红叶石楠和香樟)无法完成交接，现我方再次通知贵方3日内请宣旭东本人(或经贵方授权的受托人)在已验收的验收单上签字确认，以完成交接，并以此作为苗木销售种植承包工程结算凭据之一。现验收工作暂时中断，主要基于两点原因，第一是由于贵方要求将贵方于2015年3月25日至2015年4月4日违反〈(补充协议》未经我方同意而强行补栽的桂花和黄山栾树(约3000多棵)纳入此次验收工作范围，我方不同意将补栽苗木作为此次验收范围；第二是由于双方关于不同品种的苗木，成活标准无法统一。为保证验收工作有一定程度的结果，我方建议，双方可将1、双方认可的苗木；2、贵方认为成活但我方不认可的的苗木，分别将现状描述清楚后列入验收单（但对于我方不认可的苗木，列入验收单的行为或我方签字，不视为我方接受或可据此结算，该类苗木的具体判断可由双方认可的第三方鉴定或法院裁判）。现我方再次通知贵方：苗木种植工程苗木验收定于2015年8月9日再次验收，请在接到本通知函后及时与林龙公司联系，并于2015年8月9日开始派人持委托书参与验收，如因贵方原因导致无法验收，由此造成的一切经济损失和法律责任由贵方承担，如因此导致林龙公司、第邑公司损失的，我们将追究贵方相应责任。另因贵方从栽种后到整个养护期结束仅用百草枯做了3次除草，没有按约定做过任何修剪、施肥、培土等养护工作，现若出现苗木大量死亡，贵方需承担养护不当导致我方损失的责任。
在审理过程中，依林龙公司的申请，经林龙公司、第邑公司、英山苗圃同意，一审法院依法委托东华（安徽）生态规划院有限公司对对涉案的项目的苗木成活率进行验收、结算。2016年11月2日，东华（安徽）生态规划院有限公司出具《调查鉴定报告》。报告统计苗木存活情况为：黄山栾树11875棵、红叶石楠6644棵、桂花5422棵、香樟1155棵等；按合同约定合格与不合格苗木总价值估算为1984873元。
2015年4月2日，甲方英山苗圃与乙方安徽和永律师事务所签订《聘请律师合同》一份，约定：英山苗圃与林龙公司等合同纠纷一案，由乙方代理，并支付代理费180000元。2015年7月21日，英山苗圃支付安徽和永律师事务所代理费110000元。
一审法院认为，英山苗圃与林龙公司自愿签订的《苗木销售种植承包合同》及其系列补充协议合同合法有效，双方应当共同遵守。因双方已达成终止合同履行协议，故应当依约进行结算和付款。依据东华（安徽）生态规划院有限公司出具的《调查鉴定报告》显示，苗木存活的棵数分别为黄山栾树11875棵、红叶石楠6644棵、桂花5422棵、香樟1155棵，依合同约定其合格率分别为36.89%、19.34%、25.71%、4.99%、21.46%。而双方已按合同约定时间验收的红叶石楠、香樟存活棵数分别为8471棵、5596棵。鉴于双方在履约过程中均有违约行为存在，故计算种植苗木的价值和相关费用时，应综合考虑苗木实际种植棵数、存活棵数、合同约定的验收时间，后期苗木的养护、苗木合格率以及双方违约的过错程度等因素，以现存活的苗木计算较为公平，即苗木的价值为：11875×92.055元＋8471×101.745元＋5422×164.73元＋5596×77.52元=3282003.01元，林龙公司未支付上述苗木款，有权诉请其支付；依据双方签订的补充协议，土地平整面积认定为1555.74亩，按每亩336.59元计算为523646.53元；依双方约定苗木养护费计算标准，产生的养护费应为376640元×（961.44÷2708）÷2=66860.55元；综上所述，林龙公司应支付工程款为3805649.54元；合同双方已终止履行，故英山苗圃支付的保证金100000元，林龙公司应予以返还。英山苗圃诉请应承担律师代理费180000元，因双方均有违约行为，故律师代理费自行承担。第邑公司自愿与英山苗圃签订《补充协议》是其真实意思表示，应当视为其对林龙公司与英山苗圃之间因合同形成之债的加入，故应与林龙公司共同承担上述责任。综上，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条、第二百五十一条、第二百六十三条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决：一、林龙公司、第邑公司于判决生效之日起10日内一次性支付英山苗圃工程款人民币3805649.54元；二、林龙公司、第邑公司于判决生效之日起10日内一次性返还英山苗圃保证金人民币100000元；三、驳回英山苗圃的其他诉讼请求。案件受理费56483元，保全费5000元，合计61483元；由英山苗圃负担23865元，林龙公司、第邑公司负担37618元。
二审中，当事人没有提交新证据。
对一审法院认定的事实本院予以确认。
本院认为：林龙公司、第邑公司与英山苗圃签订的关于苗圃种植、养护等协议及补充协议为双方当事人的真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，合法有效，对各方当事人均具有法律约束力。《中华人民共和国民事诉讼法》第一百六十八条规定，第二审人民法院应当对上诉请求的有关事实和适用法律进行审查。根据林龙公司、第邑公司的上诉请求及英山苗圃的答辩，本案二审争议的焦点问题为：一、案涉苗木的工程款数额应如何确定；二、英山苗圃支付的保证金100000元应否返还。
关于焦点一。对于案涉苗木的种植、养护等款项计算及支付条件，在案涉系列合同中有所约定，故首先应基于合同条款确定英山苗圃所主张的工程款。依据双方当事人于2014年4月3日签订的承包合同约定，销售苗木总价暂定为1560万元整，种植结束通过甲方（林龙公司）验收，由甲方支付相应销售款。同日，林龙公司、第邑公司与英山苗圃又签订一份补充协议，约定原工程合同所涉金额以最终实际工程量结算款项为准。但在上述协议履行过程中，双方当事人并未对栽种的苗木进行整体验收，亦未就工程款的结算达成一致意见，也即以合同约定方式支付工程款条件无法成就，故对案涉苗木的工程款，仅能参照东华（安徽）生态规划院有限公司出具的《调查鉴定报告》，并结合案涉协议的相关约定进行计算。在承包合同附件5《苗木销售预算书》（三）部分，载明英山苗圃用于种植的主要苗木种类及价格：黄山栾树92.055元/D5cm/株、红叶石楠101.745元/D5cm/株、金桂1**.73元/D5cm/株、香樟77.52元/D5cm/株；承包合同5.3.1约定“苗木种植结算以苗木清单每株包干结算”;《调查鉴定报告》确定英山苗圃种植的苗木中，存活部分：黄山栾树11875棵、红叶石楠6644棵、桂花5422棵、香樟1155棵,其中合格苗木黄山栾树为9002棵、红叶石楠为4882棵、桂花为2462棵、香樟为1107棵。同时，在英山苗圃提供的“关于苗木种植规格的验收约定”中对合格苗木有明确标准。据此，《调查鉴定报告》确定为合格的苗木应按合同双方在承包合同中确定的苗木销售价格计算应付款项，具体为9002*92.055+4882*101.745+2462*164.73+1107*77.52共计为1816778.1元；其他存活但不合格的苗木工程款，可参照鉴定报告中确定的苗木价值计算，因2015年7月27日至2015年7月28日间林龙公司、第邑公司验收英山苗圃种植的红叶石楠、香樟存活棵数分别为8471棵、5596棵，且在其向英山苗圃发送的《关于苗木种植工程总决算验收交接及验收催办函》中，对于明确同意将该验收数目作为苗木销售种植承包工程结算凭据，故红叶石楠、香樟存活棵数应以此作为计算基数，据此，其他存活但不合格的苗木工程款应计算为：(8471-6644)*20+(5596-1155)*20+2873*15+2960*30=257255元，以上两项合计林龙公司应支付的苗木种植价款为2074033.1元。关于土地平整费用及养护费，因林龙公司、第邑公司在上诉中未予提出，故本院二审不予审查，仍按一审判决确定的数额即523646.53元、66860.55元计算。
关于焦点二。林龙公司、第邑公司上诉认为100000元为英山苗圃支付的质保金，因其存在违约行为，故不应返还。在案涉承包合同中，第四条销售款支付中约定“…甲方支付至销售结算价的80%销售款，余下20%质保金逐年返还”，第六条违约责任6.2约定“乙方养护成活率达不到上述标准，则负责补种达标，经甲方确认合格后再行办理质保金付款”。依据上述约定，首先，质保金为销售款的一部分；其次，质保金只有在乙方养护成活率不达标时，方可暂时扣压。本案中，英山苗圃虽种植的苗木成活率未达到双方合同的标准，但林龙公司在2015年3月23日向英山苗圃发函告知，对死亡苗木不需要补栽，而依据合同约定英山苗圃在所种苗木成活率未达标时有继续补种的权利和义务，故林龙公司既通知其不需补载，又以其种植苗木成活率不达标为由扣压英山苗圃所支付的钱款不符合合同约定。一审判决确定林龙公司应返还英山苗圃的100000元正确，林龙公司、第邑公司的此节上诉理由不能成立。
综上，林龙公司、第邑公司主张一审判决认定案涉苗木工程款数额不当的理由成立，本院予以采纳；但不返还英山苗圃保证金的主张不能成立，本院不予支持。一审判决认定事实清楚，但实体处理不当，应予纠正。依据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项、第（二）项、第一百七十五条之规定，判决如下：
一、维持安徽省合肥市蜀山区人民法院(2015)蜀民二初字第00901号民事判决第二项、第三项；即安徽林龙生态农业投资有限公司、安徽第邑置业有限公司于本判决生效之日起10日内一次性返还肥西县上派镇英山苗圃履约保证金人民币100000元；驳回肥西县上派镇英山苗圃的其他诉讼请求。
二、变更安徽省合肥市蜀山区人民法院(2015)蜀民二初字第00901号民事判决第一项为：安徽林龙生态农业投资有限公司、安徽第邑置业有限公司于本判决生效之日起十日内一次性支付肥西县上派镇英山苗圃工程款人民币2664540.18元。
如果未按本判决指定的期间履行给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费，按一审判决负担；二审案件受理费22754元，由安徽林龙生态农业投资有限公司、安徽第邑置业有限公司负担9102元；肥西县上派镇英山苗圃负担13652元。
本判决为终审判决。
审判长 钱爱民
审判员 陆文波
审判员 张 健
二〇一七年十二月七日
书记员 朱斌斌
附本案适用的法律条款：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
原审人民法院对发回重审案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。
第一百七十五条第二审人民法院的判决、裁定，是终审的判决、裁定。