山东省威海市文登区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）鲁1003民初1562号
原告：中太建设集团股份有限公司，住所地河北省廊坊市广阳大道20号。
法定代表人：邓池良，经理。
委托诉讼代理人：戚磊，该公司工作人员。
委托诉讼代理人：于泓泱，山东阔海大地律师事务所律师。
被告：山东中粮花生食品有限公司，住所地山东省威海市文登经济开发区文昌路66号。
法定代表人：王德臣，经理。
委托诉讼代理人：邹建强，山东德平律师事务所律师。
中太建设集团股份有限公司（以下简称中太集团）与山东中粮花生食品有限公司（山东中粮公司）建设工程合同纠纷一案，本院于2016年4月26日立案受理后，依法适用简易程序，公开开庭进行了审理。原告中太集团委托诉讼代理人戚磊、于泓泱，被告山东中粮公司委托诉讼代理人邹建强到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告中太集团向本院提出诉讼请求：1、被告向原告支付逾期付款违约金（每日千分之三）3824350.15元；2、自2013年6月8日始至实际付款之日止按银行同期贷款利率计算的拖欠支付工程价款的利息209553.43元；3、自2012年10月31日始至实际付款之日止按照银行同期贷款利率计算的质量保证金利息356809.21元；以上三项合计4390712.79元。
事实与理由：被告公司名称原为威海中粮花生食品有限公司。2011年5月18日，原被告双方签订建筑工程施工合同，合同约定原告作为承包人施工承建位于文登经济开发区天山南路、文昌路东的被告公司生产车间、办公楼、宿舍楼及其附属工程，合同价款为40412038.33元，发包人收到竣工结算报告及结算�料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天始按同期银行贷款利率向承包人支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任；发包人无正当理由不支付工程竣工结算价款，每拖付一日，发包人向承包人支付应付款的千分之三的违约金；双方另约定工程质量保修金为施工合同价款的5%，发包人在保修期满后14日内将剩余保修金和利息返还承包人。合同履行至2012年10月12日原被告签订备忘录，约定验收通过之日为工程竣工之日，双方不再就工期问题追究对方的违约责任，工程进入质保期，被告同意原告递交的工程竣工结算申请书，双方开始安排审计单位进行审核，审核结束并支付相关工程款。2013年5月10日天职（北京）国际工程项目管理有限公司就工程造价审核结束，原被告同日盖章确认。根据以上约定被告应于2013年5月10日后28天内即2013年6月7日前支付工程�，现被告未依约履行付款义务构成违约，应依约定向原告支付违约金。2014年10月16日质保期满，被告未按约定在14日内返还保证金和利息，2015年2月28日至2015年11月3日被告将保修金分次返还原告，利息至今未付。
被告山东中粮公司辩称，一、关于本案双方间履行的施工合同问题。根据原告立案时提交的2011年5月18日签订的《建设工程施工合同》47.6款看，双方间存在一份签订于2011年4月28日的备案施工合同。备案合同的效力应优于双方间另行签订的施工合同，故原告应提供两份施工合同以确定双方的权利义务，否则原告应承担举证不能的法律后果。二、本案原告的诉讼请求超过法定诉讼时效期间，丧失了胜诉权。原告主张自2012年10月31日起计算利息和违约金，而原告的起诉日为2016年4月26日，超过了法定诉讼时效期间，原告丧失了胜诉权。三、被�已支付给原告的款项远远超过合同价款40412038.33元，原告索要逾期付款违约金不合常理。被告不欠付原告合同价款，不存在逾期付款的违约情形，原告主张的逾期付款违约金和利息不能成立。四、原告的三项诉讼请求存在重复计算情形，利息与逾期付款违约金不应同时主张。五、即使被告存在逾期付款情形，原告主张的逾期付款违约金4390712.79元，也明显过高，被告有权申请法院对违约金予以调整。六、原告尚欠被告工程款发票3638859.27元，被告在此再次要求原告开具税票，否则由原告承担被告的全部损失，被告对此保留追究原告责任的权利。
当事人围绕诉讼请求提交了证据，本院组织当事人进行了质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。对有争议的证据和事实，本院认定如下：
被告山东中粮公司�名称为威海中粮花生食品有限公司。2011年4月28日原被告签订建筑工程施工备案合同一份。同年5月18日，原被告另行签订建筑工程施工合同一份，并约定以之后签订的合同为准，该合同约定原告作为承包人施工承建位于文登经济开发区天山南路、文昌路东的被告公司生产车间、办公楼、宿舍楼及其附属工程，合同价款为40412038.33元。发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天始按同期银行贷款利率向承包人支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任；发包人无正当理由不支付工程竣工结算价款，每拖付一日，发包人向承包人支付应付款的千分之三的违约金；双方另约定工程质量保修金为施工合同价款的5%，发包人在保修期满后14日内将剩余保修金和利息返还承包人。合同履行至2012年10月12日原被告签订备忘录，约定验收通过之日为工程竣工之日，双方不再就工期问题追究对方的违约责任，工程进入质保期，被告同意原告递交的工程竣工结算申请书，双方开始安排审计单位进行审核，审核结束并支付相关工程款。2013年5月10日天职（北京）国际工程项目管理有限公司就工程造价审核结束，原被告同日盖章确认。
为证实其主张，原告向本院提交了以下证据：一、2011年4月28日和同年5月18日原告与威海中粮花生食品有限公司（现已更名为山东中粮花生食品有限公司即本案被告）签订的建设工程施工合同各一份。二、2014年3月18日原被告签订的建筑消防设施安装施工补充协议复印件一份。协议约定：被告将威海中粮生产车间、办公楼、宿舍楼及其他附属设施工程的建筑消防设施发包给原告施工，合同价款约为36万元。三、2012年10月12日，原被告签订的关于建设施工�同的备忘录一份，该备忘录约定：被告于2012年10月25日前就该项目工程原告承包范围内的工程组织各参建单位进行内部验收，验收通过之日将作为工程的竣工日期，并办理各项内部验收手续，双方不再就工期问题追究对方的违约责任，工程进入质保期，同时被告同意原告递交工程竣工结算申请书，被告开始安排审计单位进行审核，但审核结束并支付相关工程款后并不免除原告作为总包单位配合被告整体工程综合验收时的法律义务和责任。造价审核单位变更为天职（北京）国际工程项目管理有限公司。其他条款同原合同。四、2012年10月16日，原被告签订单体工程竣工质量验收报告一份。该报告证实：涉案的威海中粮生产车间、办公楼、宿舍楼及其他附属设施工程，开工日期为2011年5月25日，竣工时间为2012年10月16日，备注处注明此验收报告签订后工程进入工程质量保修�，开始进行竣工决算，按合同支付工程竣工决算价款。五、2013年5月10日，审核单位天职（北京）国际工程项目管理有限公司形成的威海中粮生产车间、办公楼、宿舍楼及其他附属设施工程结算审核报告一份（含三方盖章确认的工程造价审核定案表一份）。证实该日经审核审定工程金额为59743113.64元，从2013年5月10日起28日内被告应向原告全额支付工程决算款6970957.96元。六、2015年12月10日原被告签订的威海中粮生产车间、办公楼、宿舍楼及其他附属设施工程工程施工款收付核对确认函一份。证实：被告在证据一施工合同及证据二消防合同共计向原告支付工程款60103113.64元，以及单笔付款的金额、时间。最后一笔的付款时间为2015年11月30日，原告的起诉并未超过诉讼时效。七、2014年10月22日被告签署的维修服务确认函一份、证明一份、工程质保期回访评价表一份，证实涉案工程满质保期日期为2014年10月16日，且原告对涉案工程进行了具体的维修，被告对质保期内维修结果认可合格，对工程质量现状认可合格，对维修的及时程度认可合格。八、河北省沧州市中级人民法院（2015）沧民终字第226号民事判决书原件一份，山东省威海市中级人民法院（2013）威商初字第81号民事调解书复印件一份，（2013）宿中民二初字第00131-1号民事判决书复印件一份，（2012）丰民初字第11852号民事判决书复印件一份，（2013）二中民终字第01670号民事判决书复印件一份，证实因被告付款不及时，致使原告不能按时向客户付款，导致客户索赔诉至法院，经法院判决或调解，原告额外支付客户违约金及高额利息，给原告造成经济损失。九、被告签署的工程回访评价表一份，证实质保期满被告对原告的工程施工做出具体评价：对原告的工程质量现状、安全生产现状、�段进度及总工期履约、工程验收后至今对质保期内的质保维修结果、质保维修服务态度、及时性均表示满意。
经质证，被告对以上证据的质证意见如下：对证据一的真实性没有异议，双方于2011年4月28日签署了施工合同，并且以该份施工合同作为双方间的备案合同，尽管双方在该款中约定双方间的权利义务以5月18日合同为准，但根据最高院司法解释，双方的合同应当以备案合同为准。证据二因系复印件，对其真实性暂时无法确认，假设该份合同是真实的，根据该份合同约定作为原告方应当在被告方每次付款前向被告方提供等额合格发票，同时原告方也应当提供相应证据证实其已完全履行该份补充协议。对证据三的真实性没有异议，但该份备忘录并没有双方实际进行最终结算的具体时间。对证据四的真实性没有异议，但被告方认为该份报告仅�一份单体工程竣工质量验收报告，而并非涉案工程的竣工报告，并且该份报告中的部分内容与证据三备忘录的内容相一致，但不能证实原告方已经按照双方约定向被告方提交了竣工结算申请书，也不能证实双方约定结算的具体时间。对证据五的真实性没有异议，但对于原告的待证事实有异议，根据该份审核意见书第二页中加盖审核机构天职国际工程项目管理公司印章显示的日期为2013年5月8日，即该报告的形成时间应当为2013年5月8日，而在该报告的第三页工程造价审核定案表中天职公司的签章时间为2013年5月10日，对于被告盖章日期和原告盖章日期均为空白，不能证实被告和原告签收该份审核意见书的准确真实时间，不能证实原告向被告主张相应的工程结算价款的具体时间，原告方也没有提供相应的证据证实其向本案被告提供过工程价款结算申请书。对证据六的真实�没有异议。对原告证据七中加盖被告印章的真实性没有异议，但是对原告的待证事实有异议，该份材料仅为工程质保期内回访的一份评价表，根据原告提供的双方间2011年5月18日的合同约定工程的质保期土建工程为设计规定的合理使用年限，屋面防水工程为五年，即使按原告所述工程在2012年10月16日竣工，至本次质保期内回访也并未满质保期，原告不能据此作为其索要质保金的相关证据，关于维修服务确认函中明确记载有部分地面裂缝维修不完全，门框缝维修也未完成，证据七不能证实本案所涉工程质保期届满。对证据八的真实性没有异议，但认为该几份法律文书均与本案所涉工程无关，况且该些法律文书中记载的合同形成时间基本都在2011年，而本案所涉工程在2011年也仅仅是刚进行建设，原告方也没有提供相应的证据证实本案被告存在逾期付款的事实，该些判决书的判决结果与本案无关，也不能证实原告的损失与本案存在关联。对证据九的真实性没有异议。
原被告合同约定的工程款的支付方式为：工程竣工验收报告经发包人（被告）认可后28天内，进行工程竣工结算。工程结算审核后付至合同价款的95%，余款在两年质保期满后14日内付清。
关于逾期支付工程款，原被告约定：1、发包人（被告）收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人（原告）同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。2、发包人（被告）无正当理由不支付工程竣工结算价款，每拖付一日，发包人向承包人（原告）支付应付款的3‰违约金。
原被告共同委托的天职（北京）国际工程项目管理有限公司对原告所施工的工程项目造价进行审核，2013年5月10日出具审核结果，审定：原告施工的工程价款总额为59743113.64元。
除前期（2012年之前）支付的工程款47035000元，自2013年4月18日至2014年3月7日，被告陆续将其应当于2013年6月8日支付给原告的工程款（工程款总额95%）付清，具体付款情况如下：2013年6月14日付款950000元，2013年6月21日付款950000元，2013年8月19日付款500000元，2013年8月27日付款291703.59元，2013年9月4日付款950000元，2013年9月16日付款930000元，2013年10月12日付款930000元，2013年11月5日付款500000元，2013年12月3日付款900000元，2014年3月7日付款69254.41元，合计6970958元。
2012年中国人民银行一年期贷款基准利率为6%，按照该标准计算，被告因迟延支付工程款应当向原告支付的利息合计102533.2元。
关于质保金（工程款总额的5%）的返还，原被告约定：发包人（被告）在质量保修期满后14天内，将剩余保修金和利息返还承包人（原告）。但原被告未约定保修金的利率，应当按照中国人民银行同期贷款利率标准计算。
关于质保期的开始时间，原被告于2012年10月12日签订的备忘录明确约定质保期自竣工日期开始进入质保期，2012年10月16日，原被告签署了工程竣工质量验收报告，确定竣工日期为2012年10月16日。根据合同约定，2014年10月30日前被告应当将质保金全额返还，并应当支付质保期间的利息356809.21元（2973410.09×6%×2年）。
被告除了于2014年3月7日向原告支付质保金13745.59元外，自2015年2月28日至2015年11月30日陆续将剩余质保金返还原告，具体返还情况如下：2015年2月28日返还1492000元，2015年4月23日返还400000元，2015年5月26�返还180400元，2015年11月30日返还490000元和411010.05元。因被告逾期返还质保金，应当向原告支付违约金，该违约金也应当按照原告利息损失的1.3倍计算。
本院认为，依法成立的合同，自成立时生效。当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
本案原告为被告建设工程，项目竣工完成后，双方就工程价款委托第三方机构进行了审核确定后，视为双方进行了工程款结算，被告应当按照合同约定向原告支付工程款，被告未按约定时间支付工程款，应当按照合同约定向原告支付欠付的工程款利息并支付违约金。但原被告约定的违约金标准过高，应当予以适当降低，本院认为违约金按照中国人民银行同期贷款利率的1.3倍计算较为合理。被告应当给付原告逾期支付工程款违约金133293.16元（102533.2元×1.3倍）。
关于质保金，双方明确约定在被告返还质保金时支付利息，但未约定利率，本院认为应当按照中国人民银行同期贷款利率的标准计算。
被告在质保期间到期后，未按约定及时返还原告质保金，应当按照约定向原告支付违约金，该违约金也应当按照中国人民银行同期贷款利率的1.3倍计算。经计算，被告应当给付原告逾期支付质保金的违约金101766.5元。
关于诉讼时效，因被告自2012年开始一直在分期向原告支付工程款，诉讼时效多次发生中断，不存在超过诉讼时效，被告以本案超过诉讼时效进行抗辩，理由不当，本院不予支持。
原被告虽然在2011年4月18日签订了一份作为备案使用的建设工程合同，后又于2011年5月18日签订了新的建设工程合同，但该两份建设工程合同的内容基本一致，后签订的建�工程合同并没有违反法律的禁止性规定，不存在规避法律的情形，应当视为双方的协商变更，应以原被告双方最后签订的合同内容为准，且原被告已经按照2011年5月18日签订的建设工程合同实际履行，原告要求被告按照后签订的建设工程合同履行义务，合理合法，本院予以支持。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条、第一百零七条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、被告山东中粮花生食品有限公司自本判决生效之日起十日内给付原告中太建设集团股份有限公司工程款逾期付款利息102533.2元及逾期支付工程款违约金133293.16元，合计235826.36元。
二、被告山东中粮花生食品有限公司自本判决生效之日起十日内给付原告中太建设集团股份有限公司支付质保金利息356809.21元及逾期支付质保金违约金101766.5元，合计458575.71元。
三、驳回原告中太建设集团股份有限公司的其他诉讼请求。
如未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期限间的债务利息。
案件受理费20963元，由原告负担15591元，由被告负担5372元。诉讼保全费5000元，由原告负担1008元，由被告负担3992元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省威海市中级人民法院。
审判员 于涛
二〇一六年十二月二十三日
书记�丛宁