陕西省高级人民法院
& # x B ; 民 事 判 决 书
（2017）陕民终760号
上诉人（原审原告、反诉被告）：西安安达房地产开发集团有限公司。住所地：陕西省西安市未央区太华北路***号。
法定代表人：陆正国，该公司董事长。
委托诉讼代理人：李娜，陕西汉廷律师事务所律师。
委托诉讼代理人：杨肖肖，陕西汉廷律师事务所律师。
被上诉人（原审被告、反诉原告）：陕西秦建集团有限公司。住所地：陕西省咸阳市中山街***号。
法定代表人：张新民，该公司董事长。
委托诉讼代理人：刘凯汉，男，该公司员工。
委托诉讼代理人：杨峰，咸阳市渭阳法律服务所法律工作者。
被上诉人（原审被告）：金崇生，男，汉族。
上诉人西安安达房地产开发集团有限公司（以下简称安达公司）因与被上诉人陕西秦建集团有限公司（以下简称秦建公司）、金崇生建设工程施工合同纠纷一案，不服西安市中级人民法院（2015）西中民四初字第00137号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年4月26日立案受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。上诉人安达公司委托诉讼代理人李娜、杨肖肖，被上诉人秦建公司委托诉讼代理人刘凯汉、杨峰到庭参加诉讼。被上诉人金崇生经合法传唤未到庭。本案现已审理终结。
安达公司上诉请求：1.改判支持其要求被上诉人承担资金占用利息254450元的诉讼请求；2.改判支持其要求被上诉人承担延期交工违约金325620元的诉讼请求（暂计算至2014年8月31日）；3.撤销一审判决第一项，改判驳回秦建公司索要工程款的反诉请求；4.诉讼费用由被上诉人承担。事实与理由：（一）双方签订的《百家花园工程项目协议书》应为有效合同。首先，该合同系双方真实意思表示，且该合同在施工过程中双方一直履行，应为有效合同。其次，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条仅规定应将备案合同作为结算依据，但并未对合同的效力作出规定，一审判决认定该合同无效，有悖于法律精神。最后，涉案工程在施工之前已经取得国有土地使用证、建设用地规划许可证，在2011年3月17日（一审辩论终结前）已经取得了建设工程规划许可证，在司法实践中，现已倾向于将一审辩论终结前取得建设工程规划许可证项目所涉合同认定为有效合同。（二）《百家花园工程项目协议书》中资金占用费及违约金的约定应属结算条款，在工程款结算时应予计入，一审判决认定事实错误。首先，该合同系双方在公平合理自愿的基础上签订的，任何条款均是被上诉人的真实意思表示，其在合同中明确表示承担违约金及资金占用费，该条款与工程款结算密切相关，理应在结算时使用该条款。其次，工程款结算时是广义的概念，并非仅仅包括施工范围实际施工的内容，还应包括合同对于结算时应该扣除部分的其他约定。最后，根据法律规定，被上诉人有权根据合同约定结算工程款，基于公平原则，上诉人也应有权按照合同约定要求支付资金占用利息及违约金。（三）根据《百家花园工程项目协议书》第八条第5款的约定，被上诉人承担的混凝土差价的50%不应计取任何费用，但鉴定公司却计取了税金，致使工程款总额多计326239元。（四）根据《百家花园工程项目协议书》第十一条附则第11节点的约定，被上诉人中途停工，在结算时只计取直接费，工程总造价中多计取费率2840869元。根据合同约定，主体封顶后其于次月5日前向被上诉人支付月形象进度的75%作为进度款。而根据月形象进度表及已付款凭证，其已付款96%，早已超过了合同约定的75%。故不能正常施工的责任不在其延期支付工程款。根据涉案合同第十一条附则第11节点约定：“如乙方因资金问题或自身原因不能保证工程正常施工，造成停工15日以上视为合同终止，应无条件退场，经验收符合质量标准只计取直接费，不取费。”该条款很明显属于结算条款。取费作为工程款结算的重要部分，一审判决因该条款在附则部分出现未在结算中适用，存在明显错误，涉案工程造价应减去不应计入的费率2840869元。（五）被上诉人施工的工程至今未经法定验收合格，剩余工程款未达到支付时间，一审判决上诉人支付欠付的全部工程款存在错误。根据合同约定，工程竣工验收合格被上诉人提供税票后，其在一个月内支付至工程总价款的90%，在竣工结算后60日内支付总造价的97%，余款3%作为质保金。该工程至今未验收合格，尚未达到付款90%的条件，此外，该工程至今没有交工，质保金未到返还期限，理应扣除3%的质保金。
秦建公司辩称，（一）双方于2012年12月22日签订的《百花家园项目施工协议》无效。1.涉案工程系商品住宅，属于必须经过招投标的项目，但该施工协议没有经过招投标，违法法律强制性规定，应为无效。2.无效合同自始没有法律约束力，安达公司请求解除协议，支付违约金没有法律依据。3.安达公司请求支付工程期间占用资金利息无法律依据。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷适用法律问题的解释》第六条的规定，垫资款的性质属于工程欠款，故施工协议第七条约定的利息应属无效条款，应认定安达公司支付的是工程款而非借款。即使施工协议第七条约定条款有效，因安达公司至今尚未付清其垫付的工程款，该条约定也因违法《民法通则》、《合同法》之规定，显失公平属可撤销条款。（二）涉案项目没有招投标的责任在建设方即安达公司，故导致该施工协议无效的过错在安达公司。（三）由于安达公司至今未向其提供《建设工程规划许可证》、《建设工程施工许可证》导致其被迫停工，停工的过错方在安达公司，应由安达公司承担其各项损失。（四）关于税金计取、停工取费、质保金的问题：1.虽合同约定其承担的商品混凝土价格差额的50%不取费，但税金为国家税务部门收取的费用，为工程造价的组成部分，应予计取。2.涉案工程停工并非其原因造成，故不符合只计取直接费的条件，鉴定报告中工程取费为工程造价的合理的、必不可少的组成部分，为施工单位的实际支出，应予计取。3.其仅施工主体结构部分，而主体结构部分已经安达公司组织各责任主体单位验收合格，不存在工程保修的问题，故质保金不应扣除。
安达公司向一审法院起诉请求：1.解除安达公司与秦建公司签订的百家花园工程项目《协议书》；2.秦建公司及金崇生排除妨害，清理、撤离施工场地；3.秦建公司及金崇生承担违约交工违约金325620元（暂计算至2014年8月31日）；4.秦建公司及金崇生向安达公司支付占用资金利息254450元；5.秦建公司及金崇生向安达公司返还有关工程所有资料；6.秦建公司及金崇生承担本案所有诉讼费用。
秦建公司向一审法院反诉请求：1.安达公司向秦建公司支付施工余款8944050元；2.安达公司支付给秦建公司造成的损失3134700元；3.本案的诉讼费用由安达公司承担。
一审法院认定的事实：安达公司（甲方）与秦建公司（乙方）签订《百花家园工程项目施工协议书》，该协议书未标明签订时间，安达公司与秦建公司均认可该协议签订于2012年。该协议约定甲方将百花家园17#、19#楼项目发包给乙方，17#楼为框剪结构，地下1层，地上26层，建筑面积约为18000平方米；19#楼为框剪结构，地下1层，地上32层，建筑面积约为52000平方米（最终据实结算）。工程承包范围为百花家园17#、19#楼工程项目施工图纸所涉及的工程内容（含弱电部分的预埋、照明、给排水）；甲方直接发包的项目（不在工程承包范围之内）（1）桩基、基坑土方开挖、消防、电梯、变、配电、电信、有限电视、网络、煤气管道及窗、人防门、公共部分木门等工程项目；（2）室外综合管线工程、景观绿化、泛光照明及零星工程等。承包方式为包工包料。协议约定，乙方应按本协议约定的工期完成施工任务，因乙方原因引起的工期延误，每延期一天按工程总价款的万分之一向甲方支付违约金；每提前一天甲方按工程总价款的万分之一奖励乙方；非乙方原因引起的工期延误，经乙方书面申请，监理和甲方确认后，应予以相应的顺延。该份协议签订时未约定工期。协议同时约定，乙方自愿垫资到主体封顶，如在施工过程中，乙方资金遇到了困难，17#楼到7层结构顶板完成、19#楼到10层结构顶板完成，甲方可向乙方提供借贷资金，借贷的资金按月息1.5%计取利息，甲方向乙方提供借贷的资金额度不超过经甲方审核后的月形象进度的80%。在协议竣工结算条款约定，定额套用《陕西省建筑工程综合概预算定额（1999年版）》、《全国统一安装工程预算定额陕西省价目表（2001年版）》以及相配套使用的费用定额、使用说明、综合解释等。如出现国家政策和政府部门对预算定额、取费定额及相关规定进行调整的情况，本项目结算方法概不做相应调整。该协议负责部分还约定，如乙方因资金问题或自身原因不能保证工程正常施工，造成停工十五日以上视为合同终止，应无条件退场，经验收符合质量标准的只计取直接费，不取费，并不得再向甲方提出任何补偿的要求（包括信息费、协调周边关系等前期费用）。2013年6月29日，以安达公司为甲方，浙江省东阳市第十建筑工程有限公司（以下简称：东阳十建）并实际施工人金崇生、秦建公司并实际施工人金崇生为乙方签订了协议书（以下称：补充协议），协议书载明金崇生作为实际施工人自安达公司处承包了百花家园项目13—20#楼的施工工程，并以东阳十建的名义与安达公司签订了施工协议，随后，金崇生将17#、19#楼资质挂靠在秦建公司名下并补签了17#、19#楼施工合同，17#楼已入场施工，19#楼安达公司未通知入场施工，金崇生与东阳十建及秦建公司均为挂靠关系。补充协议同时约定：乙方并金崇生承诺17#楼在2013年7月1日正式复工，…乙方并金崇生保证17#楼在12月31日前达到竣工验收并实际交付甲方，…19#楼甲乙双方解除施工合同，…乙方并金崇生承诺自本协议签署之日起，在一个月内撤离现场不再使用的施工设备，为甲方施工地下车库腾清场地，逾期则按照每逾期一日两万元的赔偿金向甲方支付。…若本协议约定的交工期限届满之时乙方并金崇生仍达不到交付条件或达到交付条件拒不交付，甲方有权采取任何措施迫使其离场…。该补充协议乙方仅有金崇生签字，秦建公司与东阳十建均未盖章。安达公司称金崇生与秦建公司之间为挂靠关系，金崇生作为实际施工人也应当向安达公司承担责任，秦建公司与金崇生均称金崇生为秦建公司现场施工负责人，双方之间不存在挂靠关系，金崇生代表秦建公司履行职务行为。根据上述协议的约定，涉案17#楼工程由秦建公司入场施工，金崇生负责现场施工，至2013年6月秦建公司停工时，工程并未实际完工，但17#楼主体部分已经基本完成，且在施工过程中，17#楼楼层由26层变更为27层。2013年7月3日，安达公司向秦建公司及金崇生发出《解除协议通知书》，称因涉案工程于2013年5月全面停工，工期严重拖延，遂通知解除与秦建公司约定的19#楼建筑施工协议书。自2013年7月起，安达公司多次向秦建公司发出《紧急告知函》，要求秦建公司立即复工，否则将使用法律手段追究秦建公司责任。对于秦建公司停工的原因，安达公司称是由于对方违反合同约定自行停工，秦建公司称其停工是由于涉案工程建设手续不齐全，导致无法继续施工。
另查明，安达公司称涉案工程已付款数额为1340万元。对于2013年2月1日金崇生出具的秦建公司收到现金60.5万元的收条秦建公司及金崇生不认可，金崇生称虽然其出具了收条，但这笔款项款项实际是为了抵利息，秦建公司并未实际收到。2013年9月15日金崇生出具付款委托书，委托安达公司向案外人陈晓卿付款393万元，同时向安达公司出具了该笔款项的收条，2013年9月16日，安达公司通过银行转账向陈晓卿付款393万元，安达公司称该393万元中有100万元是支付给秦建公司的工程款，对此秦建公司及金崇生均不认可，金崇生承认委托付款时约定其中有100万元作为支付给秦建公司的款项，但秦建公司并未实际收到该款项，因此对该100万元的已付款不予认可。除上述两笔款项外，其余已付款共计1179.5万元秦建公司予以认可。安达公司与秦建公司对于秦建公司施工部分的已完工程量进行了确认，但对于工程款总额无法达成一致意见，秦建公司向该院申请对涉案工程造价进行鉴定。经该院委托，陕西锦桥昌工程造价咨询有限公司出具锦桥昌鉴字（2016）03号《工程造价鉴定报告书》，经鉴定，涉案工程实际造价为16070915.76元（其中四项保险费造价为120035.84元），后经秦建公司对建筑面积提出异议，经鉴定单位复核，实际建筑面积22088.67平方米，调增造价81990.98元（两次复核分别调增44071.14元和37919.84元）。针对该鉴定结论及鉴定机构回复意见，秦建公司提出如下异议：1、未计算其所施工的零星工程；2、人工挖运桩间土、钢筋加工费、基础底板防水做法变更应当参照安达公司与东阳十建之间的认价约定计算；3、清水模板补偿费未计取；4、泵送费应按人工运输入模计取；5、塔吊基础未计取；6、电梯井周围及其他填充墙所用砖种类不同，需要分开计算。对上述问题，鉴定机构分别给予答复：1、零星工程未见相关资料；2、人工挖运桩间土、钢筋加工费、基础底板防水做法变更未提供变更单；3、清水模板补偿费、泵送费、塔吊基础未提供相关资料；4、对于砖类型问题两个图纸描述有矛盾，鉴定参照的是提供的施工图，具体采用哪个图纸需要双方明确。针对该鉴定结论及鉴定机构回复意见，安达公司提出如下异议：1、根据合同约定，依据的定额中对地材有明确定价，材料价不应调整；2、水泥为甲供材，应扣减差价；3、合同约定双方各自承担陕西省99定额中的现场自拌价与商品混凝土价格差额的50%计入直接费（乙方承担的50%不计取任何费用），该部分应当调差32.6293万元；4、超高费人工费调差无依据；5、土石方回填地下回填土不到位且室外回填未施工；6、商品混凝土价格中已经含有泵送费用；7、本工程为未完工程，塔吊超高费用不应全部计取；8、协议约定如乙方因资金问题或自身原因不能保证工程正常施工，造成停工十五日以上视为合同终止，应无条件退场，经验收符合质量标准的只计取直接费，不取费，并不得再向甲方提出任何补偿的要求（包括信息费、协调周边关系等前期费用），因此鉴定仅应计取直接费用。对上述问题，鉴定机构分别给予答复：1、对混凝土中的沙子、水泥未进行调整，对抹灰工程中的地材按照预算通常做法应当予以调整；2、未提供水泥为甲供材的相关资料；3、鉴定报告中按照双方各自承担价差（定额直接费与认价价差），50%差价进入直接费，另外50%差价只计取了税金；4、人工费调差问题，因99定额没有明细，故参照了2004消耗量定额计算；5、鉴定中对室外回填并未计取；6、混凝土价格中包含的是泵送费，鉴定报告中计算的是入模后的养护费用；7、塔吊费用是按照定额计取；8、涉案工程直接费用应为8800179.7元，其中土建工程直接费8338196.61元，安装工程直接费461983.09元，是否据此计取由法院裁定。另，根据安达公司与秦建公司签订的施工协议结算部分费约定，四项保险费用凭缴纳发票结算，秦建公司未向法庭提交相关缴纳发票。
再查明，涉案工程未进行招投标程序，该工程已取得国有土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证，施工许可证尚未办理。安达公司主张损失的依据为合同对于延期交工及预借工程款利息的约定；秦建公司为证明所主张的损失，提交施工电梯、施工架、塔吊的租赁合同及管理人员工资表等相关证据，以期证明自2013年6月停工之后的损失情况。在审理过程中，安达公司明确其所要求撤离施工现场的材料为一台塔吊及脚手架，同时，安达公司向该院提交了所要求返还工程资料的清单。秦建公司在法庭指定期间内未对安达公司主张返还的工程资料提出异议，安达公司庭审结束后自行缩小了要求返还的资料范围。
一审法院认为，围绕各方当事人的诉辩主张，本案涉及以下几个问题：
一、关于涉案工程承包协议书的效力问题。
《中华人民共和国招标投标法》第三条第一款定：“在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标：(一)大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目；(二)全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目；(三)使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目”，第二款定：“前款所列项目的具体范围和规模标准，由国务院发展计划部门会同国务院有关部门制订，报国务院批准”。原国家发展计划委员会颁布的《工程建设项目招标范围和规模标准规定》第三条第（五）项规定：关系社会公共利益、公众安全的公用事业项目的范围包括商品住宅，含经济适用住房，第七条规定：“本规定第二条至第六条规定范围内的各类工程建设项目，包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，达到下列标准之一的，必须进行招标：（一）施工单项合同估算价在200万元人民币以上的；……”。
本案中，涉案工程系住宅项目，合同总价数额亦在200万元以上，因此涉案工程必须进行招标。《中华人民共和国合同法》第五十二条第(五)项规定：违反法律、行政法规的强制性规定，合同无效。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条第(三)项规定：建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的，建设工程施工合同应当根据合同法第五十二条第(五)项的规定，认定无效。因此，本案涉案的项目施工协议书及其补充协议属于无效合同。因涉案协议书无效，故不存在认定解除的问题，对于安达公司的该项诉讼请求该院不予支持。
二、关于金崇生作为本案被告诉讼主体资格是否适格的问题。
本案施工协议的签订主体为安达公司与秦建公司，秦建公司及金崇生都认可金崇生作为秦建公司的施工负责人，在涉案工程中代表秦建公司，金崇生在涉案工程中所从事的行为应视为代表秦建公司的职务行为，其行为后果应由秦建公司承担。故该院认为，在无充分证据证明金崇生在施工过程中的行为为其个人行为的情况下，安达公司主张权利和履行义务的相对方均为秦建公司，不应以金崇生作为被告要求其直接对安达公司承担责任。
三、秦建公司是否应向安达公司承担逾期交工违约金及资金占用利息问题。
虽然安达公司与秦建公司之间签订的协议中对于逾期交工违约金进行了约定，但因涉案施工协议及补充协议书已被该院认定为无效合同，故对于违约金的约定条款同样归于无效，安达公司据此主张违约金的诉讼请求不能成立。至于资金占用利息一节，如上所述，因施工协议无效，协议中对于秦建公司垫资施工，若安达公司因秦建公司资金紧张予以付款视为借款，借贷的资金按月息1.5%计取利息的约定同样无效，应视为双方对此无约定。安达公司在施工过程中支付的工程款应作为工程进度款，不应向秦建公司主张利息。故安达公司的该项诉讼请求该院不予支持。
四、秦建公司是否应承担清理、撤离施工场地并返还有关工程所有资料的责任。
涉案合同无效，秦建公司不再进行后续施工，虽已完部分工程无法恢复原状，但秦建公司应保障涉案项目后续施工不受影响，清理撤离施工现场并返还全部施工资料属于合同无效后秦建公司应承担的责任范围。至于秦建公司称须在安达公司支付完毕所有工程款的情况下方可撤离现场返还资料，因支付剩余工程款和撤离现场返还资料并无逻辑上和法律上的先后顺序，且针对欠付工程款部分秦建公司已经在本案中提起反诉予以主张，故秦建公司的该项辩称理由该院不予认可，其应清理施工现场、撤离塔吊和脚手架，并返还全部施工资料。至于应返还资料清单，因秦建公司未按照法庭要求期限对于安达公司的主张提出异议，可视为其认可安达公司要求其提供的工程资料清单。
五、安达公司是否欠付秦建公司工程款及欠付工程款的数额。
对鉴定单位做出的鉴定报告及异议答复，除需要法院确定部分外，其他内容该院予以确认。根据鉴定机构出具的鉴定报告及针对双方异议对鉴定报告的修订，秦建公司施工部分工程款总额为16070915.76元，应增加因面积调整增加的款项81990.98元；工程款总数中的四项保险费造价为120035.84元因约定凭发票结算，秦建公司未向法庭提交相关缴纳发票，故该笔费用应从工程款总额中予以扣减。综上，秦建公司施工部分工程款总额为16032870.9元（16070915.76元+81990.98元-120035.84元）。对于秦建公司所称的零星工程部分，因其不属于合同范围内，又无安达公司认可的工程签证或变更资料，故对于秦建公司主张的该部分工程价款该院不予支持；本案合同的双方主体是安达公司与秦建公司，因此安达公司与东阳十建之间的认价约定不能当然适用于安达公司与秦建公司之间，对于秦建公司主张的人工挖运桩间土、钢筋加工费、基础底板防水做法变更因没有安达公司认可的充分证据，该院不予认可；清水模板补偿费、泵送费、塔吊基础费用秦建公司主张增加部分因秦建公司未提供相关资料，该院不予认可；电梯井周围及其他填充墙所用砖种类不同问题，因图纸存在矛盾，因秦建公司未明确证明适用的图纸，故对该调整主张该院不予支持。对于安达公司提出的水泥为甲供材应扣减差价问题，因没有秦建公司认可的证据，而其提供的购买合同和入库单等证据无法证明所购水泥与涉案工程直接相关，故对此该院不予扣减；安达公司本工程为未完工程，塔吊超高费用不应全部计取，但本案中安达公司已经起诉主张秦建公司清理撤离施工现场，因此其已经向秦建公司主张履行塔吊部分拆除费用，对此不予再重复从工程款中予以扣减；安达公司主张依据合同约定，因秦建公司原因造成工程停工十五日以上视为合同终止，应无条件退场，工程款应只计取直接费，但安达公司未提交充分证据证明涉案工程停工是由于秦建公司的原因造成的，且涉案合同属无效合同，该约定并非“竣工结算”部分条款，属于合同“附则”部分约定，不应在结算中适用，故对于安达公司仅计取直接费用的主张该院不予支持。
对于涉案工程已付款问题，安达公司与秦建公司均认可的1179.5万元该院予以确认。对于2013年2月1日金崇生出具的秦建公司收到现金60.5万元的收条虽秦建公司及金崇生不认可，但金崇生作为秦建公司涉案工程负责人出具的该收条内容合法，秦建公司及金崇生未提交相反证据否定其效力，故该院对于安达公司该笔已付款予以认可。安达公司称依据金崇生的付款委托向案外人陈晓卿付款393万元中包含因涉案工程向秦建公司支付的工程款100万元，对此秦建公司不予认可，金崇生在庭审中认可在委托付款时约定其中的100万元为支付给秦建公司的工程款，但称秦建公司并未实际收到该款项，因此不予认可。但安达公司已经提交了该笔款项的银行转账凭证，金崇生作为秦建公司认可的施工负责人，其委托安达公司向案外人付款的行为能够代表秦建公司，安达公司依据该委托付款即视为其履行了向秦建公司付款的义务，至于其付款后案外人如何支配及秦建公司最终是否收到均不是认定安达公司是否付款的依据，故对于安达公司主张的该笔已付款100万元该院予以认可。综上，安达公司实际已付款数额为1340万元。秦建公司施工部分总工程款16032870.9元扣减安达公司已付款1340万元，安达公司尚欠秦建公司工程款2632870.9元应支付。
六、安达公司是否应向秦建公司承担赔偿损失的责任。
如上所述，本案涉案合同属无效合同，根据合同法第五十八条之规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿；有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。本案涉案工程属于按规定必须进行招投标的工程类型，双方对此均应明知，但并未履行招投标手续，故对于合同无效的结果双方均有过错，应当各自承担相应的责任。秦建公司在2013年6月停工后，经安达公司多次通知，即不复工也未撤离现场，应对其自停工之后的损失扩大承担责任。秦建公司表示因安达公司未办理施工许可证等相关证照导致无法施工，但涉案合同未经招投标自始无效秦建公司应当明知，对于其停工后的损失秦建公司无权主张。因此，对秦建公司的该项诉讼请求该院不予支持。
综上所述，遂判决：一、西安安达房地产开发集团有限公司于本判决生效之日起十五日内向陕西秦建集团有限公司支付工程款2632870.9元；二、陕西秦建集团有限公司于本判决生效之日起十五日内清理、撤离施工场地，拆除留存塔吊及脚手架；三、陕西秦建集团有限公司于本判决生效之日起十五日内向安达公司移交涉案工程资料（详见后附《移交工程资料清单》4页，共计七大类67项）；四、驳回西安安达房地产开发集团有限公司其余诉讼请求；五、驳回陕西秦建集团有限公司其余反诉请求。案件本诉受理费11600元，反诉受理费53143元，鉴定费180752元，共计245495元，由西安安达房地产开发集团有限公司负担171846元，陕西秦建集团有限公司负担73649元。
本院二审期间，当事人均未提交新证据。经审理查明，一审法院查明事实属实，应予以确认。另查明，涉案工程17#楼主体结构已于2013年5月10日经建设单位、监理单位、勘察单位、设计单位等验收合格。
本院认为,关于双方签订的《百家花园工程项目施工协议书》的效力问题。根据相关法律规定，案涉项目必须进行招标，而本案并未进行招标，故双方签订的上述施工协议违反法律的强制性规定，应为无效，一审法院认定并无不当，安达公司关于上述施工协议有效的上诉理由不能成立。
关于秦建公司是否应支付资金占用利息及违约金的问题。安达公司认为案涉施工协议书中关于资金占用费及违约金的约定应属结算条款，在工程款结算时应予适用。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条的规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”该条规定的工程价款应指按照双方约定的取费标准、工程量、单价等计算的工程款数额，并不包括另行约定的资金占用利息及违约金部分，故安达公司请求支付资金占用利息及违约金无法律依据，不能成立。
关于秦建公司承担的混凝土差额部分是否应计取税金的问题。安达公司认为根据双方合同约定由秦建公司承担的混凝土差额部分不应计取任何费用，此处的任何费用应包含税金。税金是指国家有关机关依照法律规定，对个人或组织无偿征收实物或货币的总称，有特定的征税对象及税额。在双方无明确约定的情况下，不宜对上述费用进行扩大解释。安达公司认为上述费用包含税金的上诉理由无事实及法律依据，不能成立。
关于是否应只计取直接费的问题。虽然双方签订的《百家花园工程项目协议书》第11条第11款约定：“如乙方因资金问题或自身原因不能保证工程正常施工，造成停工15日以上视为合同终止，应无条件退场，经验收符合质量标准只计取直接费，不取费”，但该约定以秦建公司违约为前提，其实质应为违约条款而非结算条款，因此，该条款亦因合同无效而不能适用，安达公司称在结算时应只计取直接费的上诉理由不能成立，一审法院认定并无不当。
关于是否应扣除工程质保金的问题。本案秦建公司施工的仅是涉案工程的主体结构，而主体结构已于2013年5月10日经建设单位、监理单位、勘察单位、设计单位等验收合格，根据双方关于质保金返还的约定，现质保金的返还条件已成就，安达公司关于应扣除质保金的上诉理由不能成立。
综上，安达公司的上诉请求不能成立，应予驳回。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费40654元由西安安达房地产开发集团有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 赵学玲
审 判 员 付 栋
代理审判员 滕欣燕
二〇一七年六月二十九日
书 记 员 赵杨璇