湖南省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2018）湘民终88号
上诉人（原审被告，反诉原告）：永兴县教育局，住所地湖南省永兴县便江镇大桥路317号。
法定代表人：曹永，该局局长。
委托诉讼代理人：朱桂秋，该局职工。
委托诉讼代理人：廖强新，湖南星河律师事务所律师。
被上诉人（原审原告，反诉被告）：陈建国，男，1966年7月16日出生，汉族，住湖南省安仁县。
委托诉讼代理人：李群主，湖南五岭律师事务所律师。
原审被告：永兴县人民政府，住所地湖南省永兴县便江镇大桥路246号。
法定代表人：刘朝晖，该县县长。
委托诉讼代理人邱志宏，永兴县人民政府法制办工作人员。
原审被告：永兴县教师安居工程项目建设指挥部，住所地湖南省永兴县园丁路。
负责人：许莱平，该指挥部办公室主任。
委托诉讼代理人：李远林，湖南银光律师事务所律师。
原审第三人：永兴县建筑工程公司，住所地湖南省永兴县便江镇大桥路463号。
法定代表人：曹壬国，该公司经理。
委托诉讼代理人：李飞，湖南金鸥律师事务所律师。
上诉人永兴县教育局因与被上诉人陈建国、原审被告永兴县教师安居工程项目建设指挥部（以下简称教师安居工程项目指挥部）、永兴县人民政府、原审第三人永兴县建筑工程公司（以下简称永兴建筑公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服湖南省郴州市中级人民法院（2016）湘10民初177号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，开庭进行了审理。上诉人永兴县教育局的委托诉讼代理人廖强新、朱桂秋，被上诉人陈建国及其委托诉讼代理人李群主，原审被告永兴县人民政府的委托诉讼代理人邱志宏，原审被告教师安居工程项目指挥部的委托诉讼代理人李远林及原审第三人永兴建筑公司的委托诉讼代理人李飞到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
上诉人永兴县教育局上诉请求：1、撤销原审判决；2、改判教师安居工程项目指挥部与陈建国于2013年2月2日签订的《协议书》合法有效；3、改判永兴县教育局支付陈建国工程款1507790.66元；4、改判陈建国支付永兴县教育局因延期交房造成的经济损失129600元。事实和理由：1、陈建国与教师安居工程项目指挥部签订的协议并非涉案《建设工程施工合同》的从合同，也不是教师安居工程《建设工程施工合同》补充协议的再次补充，而是双方之间关于解决工程结算问题的独立协议，合法有效。2、原审法院依据鉴定结论作为案件定案依据适用法律错误，永兴县教育局与陈建国对郴州华建工程造价事务所有限公司出具的《造价鉴定报告》的结论都不予认可，鉴定结论未按照委托要求进行鉴定，工程鉴定数据中未考虑交易习惯中关于结算价格下浮因素，显失公平。且《建设工程施工合同》中已经约定了固定价格，永兴县教育局同意的只是在调解的基础上对涉案工程进行鉴定，是为了和解的目的作出妥协，不得在诉讼中作为不利的证据作为判决依据，故法院判决应当按照固定价格结算工程款，无需再进行鉴定。3、陈建国应当承担迟延交房的全部经济损失，赔偿永兴县教育局经济损失129600元，教师安居工程项目指挥部不具有主体资格，不应承担逾期交房的损失的一半的责任。
被上诉人陈建国辩称：1、陈建国与教师安居工程项目指挥部之间签订的《协议书》系《建设工程施工合同》的从合同，《建设工程施工合同》无效《协议书》亦无效，且《协议书》并未实际履行。2、陈建国只是对郴州华建工程造价事务所有限公司出具的《造价鉴定报告》的结论部分内容提出过异议，并未申请重新鉴定，并非永兴县教育局所说不认可鉴定结论，实际上该鉴定结论程序合法，永兴县教育局、陈建国双方都是认可的。双方并不是为了调解而同意鉴定，而是因为永兴县教育局对陈建国提交的鉴定报告不认可才要求重新鉴定。结算价格下浮没有事实与法律依据。3、《建设工程施工合同》及《协议书》均为无效合同，不存在有效交房期的约定，不存在违约一说，所以陈建国本不应承担6468301.24元损失，但为了息事宁人，陈建国未提起上诉。
原审被告永兴县人民政府述称：同意永兴县教育局的上诉请求及理由。
教师安居工程项目指挥部述称：案件所涉合同均为有效合同，即使挂靠合同无效，之前的《建设工程施工合同》及补充协议均应为有效合同。同意永兴县教育局的上诉请求及理由。
原审第三人永兴建筑公司述称：同意永兴县教育局的上诉请求及理由。
陈建国向一审法院起诉请求：1、确认教师安居工程项目指挥部与永兴建筑公司于2010年3月9日、2010年3月23日签订的《建设工程施工合同》，2010年9月28日签订的教师安居工程《建设工程施工合同》补充协议及教师安居工程项目指挥部与陈建国于2013年2月2日签订的《协议书》均无效；2、由永兴县政府、教师安居工程项目指挥部、永兴县教育局连带支付所欠陈建国工程款10512754.86元；3、案件诉讼费、保全费由永兴县政府、教师安居工程项目指挥部、永兴县教育局负担。
永兴县教育局向一审法院反诉请求：1、依法按照2010年9月28日签订的补充协议约定减少合同价款175896元；2、由陈建国承担永兴县教育局损失129600元；3、诉讼费由陈建国负担。
一审法院认定事实：2008年12月30日，永兴县委在永兴县教育局召开教师安居工程建设专题会议，并于2009年1月14日形成了中共永兴县委常委会议纪要（永阅[2009]1号）即《永兴县教师安居工程建设专题会议纪要》，会议议定：成立永兴县教师安居工程建设领导小组。教师安居工程采取商业化模式运作，按照“政府引导、部门配合、市场运作、自愿认购”的方式建设。土地整理、“三通一平”、生地变熟地由县城建投资公司作为业主。整个项目建设资金由县财政借款、银行贷款、教师报名预缴款组成。县财政先期借款600万元用于项目的前期准备工作。银行贷款主要用于征地。2009年7月11日，永兴县委再次就教师安居工程等项目建设召开调度会议，并于2009年7月23日形成中共永兴县委常委会议纪要（永阅[2009]38号）即《永兴县教师安居工程等项目建设调度会议纪要》，该纪要明确：教师安居工程的运作模式按既定的模式不变，即永兴县教育局为项目业主，永兴县永建房地产开发有限公司负责办理土地使用权手续。房屋出售价格原则上按既定的均价930元/平方米不变。今后若需调整价格，按自负盈亏原则由永兴县教育局确定，永兴县财政不予投入。为确保工程建设顺利推进，由永兴县教育局牵头，从相关单位抽调人员，组成强有力的工作班子负责工程建设的组织、协调、调度。同时，永兴县教育局要组建由教师代表组成的工程监督机构，定期通报工程建设进度和收支情况。为此，永兴县教育局成立临时机构教师安居工程项目指挥部，该指挥部未进行工商登记。
2009年10月16日，陈建国向教师安居工程项目指挥部出具《承诺书》，内容为：教师安居工程在施工图审、预算及各种报建手续等工作程序还未完全到位的情况下，为加速建设教师安居工程，教师安居工程项目指挥部特邀本人提前组织队伍进场施工，承建方特向指挥部郑重承诺：1、房屋建筑按设计要求价格不高于530元/平方米，具体按指挥部的决定执行；2、自愿向指挥部缴入履约保证金100元/平方米，按所承担的工程任务，足额把保证金全部缴入到位，于2009年10月20日前存入教师安居工程专户；3、合同条款及内容按照指挥部统一制定的文本执行；4、项目由永兴建筑公司与教师安居工程项目指挥部签订总承包合同，各项目部向永兴建筑公司签订承包合同，并在签订合同前，向其一次性交纳管理费1.5%；5、本人按要求组建项目部，项目部必须要有建造师等持证上岗人员，并按工程要求配齐配优工作人员。随后，教师安居工程项目指挥部分别于2009年10月27日就C区21栋，2009年11月1日就C区22栋，2010年2月26日就A区1栋、33栋，2010年3月4日就C区1-7栋向陈建国下达开工令，并由陈建国组织了施工。
2010年3月9日，教师安居工程项目指挥部作为发包人与承包人永兴建筑公司签订《建设工程施工合同》，合同约定：一、工程名称：永兴县教师安居工程建设C区住宅楼工程。工程地点：永兴县园丁路。工程内容：房屋建设工程含土建工程、装饰工程、水电安装工程（其中电安装：公共部分按图施工，室内只按图铺设阻燃管和接线盒，且保证阻燃管畅通）。二、承包范围及工程量：按工程设计图纸及相关文件约定的事项施工C区1-7、21、22栋，建筑面积约18180平方米。三、合同工期。合同工期总日历天数270天（开工日期从下达开工令之日起计算）。除遇不可抗力影响可顺延工期外，其他情况必须按期完成。五、承包方式：按发包人提供的施工设计图纸，使用由检测部门检验合格的材料，包工包料、包安全、包质量、包进度，造价一次性包干完成。六、合同价款。C区21、22#栋，面积3522平方米，含税包干单价549，计价1933578元；C区1-7#栋，面积14658平方米，含税包干单价552，计价8091216元，合同总价10024794元。此价格含基础（如为桩基础则含承台、承台梁、条形基础按设计）及以上所有土建、初装修和水电工程施工（其中电安装：公共部分按图施工，室内只按图铺设阻燃管和接线盒，且保证阻燃管畅通）。任何情况下不再考虑物价上涨及政策因素的影响。工程竣工后，以实际验收的工程量和固定的含税包干单价结算工程款，承办人承担除工程量和不可抗力以外的所有风险因素所发生的费用。七、工程款（进度款）的支付办法：1、本工程无预付款。2、按每栋的工程进度付款，施工单位用监理单位统一发放的工程款支付单，经监理单位及建设单位相关负责人核定签字认可后，开具合法的税票领拨工程进度款，税票必须由总承包单位（永兴建筑公司）加盖财务公章。工程完工验收合格决算后，除留3%的质保金外一年内不计利息付清剩余工程款。八、工程变更：1、除设计变更外，工程量和造价不再调整，按本合同执行。2、工程量变更：只限于用于发包人提出设计变更后存在工程项目或工程量增减而引起的工程量的增加或减少。3、工程质量变更：由于设计变更或发包人新的要求，调整工程质量标准或对符合本合同要求的工程“不满意”，指令要求承包人变更建筑材料、工艺、质量标准等实质性变更。九、材料设备供应。1、为确保安居工程房屋质量及外墙和屋面的统一和美观，主要装饰材料均由发包方确定统一采购，交承包方使用，承包方只出基本价，不足部分由发包方承担，（基本价主要包括进门防盗门600元/条，铝合金窗120元/平方米，外墙砖：三色墙面砖22元/平方米，凹凸假麻石墙面砖15元/平方米，屋面瓦为瓷板波纹瓦28元/平方米，电线及电缆、给排水管等相关材料由建设单位统一确定）。十一、工程结算。1、承包人必须在7天内向工程师提交已完工工程量的报告，发包人根据完成的工程量结算和支付工程款。2、工程竣工结算时，除发包人要求设计变更外，工程单价不再调整，按合同价格执行。3、是发包人通知承包人变更的，所增加或减少的工程量和基础超深工程，按现行的2006年材料消耗量定额及相关取费标准取上限计算下浮20%结算。5、建筑面积的计算按国家有关规定执行，坡屋顶不计算面积，杂房2.2米以上按一半面积计算。十三、违约责任。承包人违约责任。⑴非不可抗力和发包人影响因素，承包人未按合同约定日期开工、竣工、工期顺延、竣工推迟，按延迟累计天数计算，由承包人赔偿每天贰佰元(人民币)的延期损失费给发包人。发包人教师安居工程项目指挥部在合同的发包人处盖章，永兴县教育局的工会主席许彦军在法定代表人处签名，承包人永兴建筑公司在承包人处盖章，曹壬国在发包人法定代表人处签名，陈建国在合同发包人处签“承包人：陈建军”。
2010年3月9日，永兴建筑公司（乙方）与陈建军（丙方）签订《永兴县建筑工程公司栋号工程施工内部承包合同》，主要约定丙方承包施工C区1-7栋、21栋、22栋工程，承包方式为在合同承包的工程范围内，由丙方采取包工包料、包质量、包安全、包造价、包工期的方式承包施工。丙方按承包总金额向永兴建筑公司交纳管理费1.5%，即150300元，在签订合同时一次性交清。工程施工的各种税费由丙方自行承担。工程竣工后，由丙方自行办理工程决算和结算，工程所发生的维修和保修费用均由丙方负责。陈建国在丙方处签名“陈建军”。
2010年3月23日，教师安居工程项目指挥部作为发包人与承包人永兴建筑公司签订《建设工程施工合同》，合同约定：一、工程名称：永兴县教师安居工程建设A区住宅楼工程。二、承包范围及工程量：按工程设计图纸及相关文件约定的事项施工。A区1、32、33栋，建筑面积约10250平方米。六、合同价款。A区32#栋，面积1900平方米，含税包干单价524，计价995600元；A区1、33#栋，面积8350平方米，含税包干单价546，计价4559100元，合同总价5554700元。其他内容与2010年3月9日签订的《建设工程施工合同》内容相同。
2010年9月28日，教师安居工程项目指挥部（甲方）与永兴建筑公司（乙方）签订教师安居工程《建设工程施工合同》补充协议，约定：甲乙双方签订永兴教师安居工程各标段的《建设工程施工合同》并实施后，乙方各施工队强烈反映建设价格上涨、施工图预算漏项、建筑结构复杂、合同造价过低，无法按设计图纸和合同要求完工。甲方通过认真了解，反复论证会商，并经专题会议研究，请示主管领导同意，决定采取以奖代补的方式补偿造价。现就有关事项，双方协商签订《建设工程施工合同》的补充条款如下：一、永兴教师安居工程《建设工程施工合同》承包单价按附表《教师安居工程以奖代补调整方案表》（以下简称《方案表》）中的数据和结构形式相应补偿。二、《方案表》中的单价补偿与工期挂钩。以开工令时间为准，按期完成的享受单价补偿，逾期完成的则不能享受单价补偿。四、双方必须遵守原合同的合法性，原合同条款不变，乙方必须严格按图施工，此次造价补偿之后，任何情况下都不再考虑房屋工程建设施工造价的调整。陈建国作为乙方施工队之一，以“陈建军”的名义在乙方处签名。《教师安居工程以奖代补调整方案表》载明，原合同单价524元补偿后单价为569元，原合同单价546元补偿后单价为576元，原合同单价549元补偿后单价为562元，原合同单价552元补偿后单价为580元。
2013年2月2日，教师安居工程项目指挥部作为甲方与乙方陈建国就陈建国承建永兴县教师新村项目中所遇到的相关问题协商并签订协议书，约定：1、乙方同意协议签订后三天内配合甲方验收交房（二楼除外）；乙方承诺放弃关于价格偏低以及单栋房屋结构要求调价的诉求。2、对陈建国承建的C区5、6、7栋按照第二期建设工程补偿协议合同价格进行结算；因湖南省建设厅检查导致陈建国整改所花费的费用27.6万元由指挥部承担；延期误工损失酌情补偿3万元，上述款项在总决算中对乙方一并予以补偿。3、甲方承诺就乙方提出的关于永兴县教师新村项目A、C区1、2楼临街框架结构工程量是否调价的问题、关于临街消防和卷闸门等其他问题可以在2013年春节后择日协商，如协商不成，乙方保留通过司法程序解决的权利。4、考虑到交房验收的原因，协议签订后，甲方马上拨付5万元工程款给乙方，用于支付验收经费。5、验收交房之日三天内，甲方从本协议调补的范围内拨付50万元工程款给乙方以便支付相关的民工工资和材料欠款，乙方保证其中30万元用于支付民工工资。之后，陈建国除C区5-7栋二楼门面未交付使用外，其余房屋均交付使用。因陈建国承建的5-7栋迟延交房，永兴县教育局共补偿李运寿等36名购房户129600元。
2014年1月8日，本院对陈建军进行问话，陈建军陈述，陈建国是其弟弟，2010年3月9日、2010年3月23日《建设工程施工合同》上的签名“陈建军”，不是陈建军本人所签，也不是涉案教师安居工程项目的实际施工人，不参加本案诉讼，对陈建国提起诉讼没有意见。教师安居工程项目指挥部、永兴县教育局、永兴建筑公司均认可2010年3月9日、2010年3月23日《建设工程施工合同》上的签名“陈建军”系陈建国所签，涉案工程的实际施工人是陈建国。永兴建筑公司同意陈建国以实际施工人身份主张权利，自己在本案中不主张权利。
2014年9月9日，本院主持双方进行调解，双方均同意对陈建国施工的工程造价进行审计，依据是在确认工程量的基础上，按照2009年郴州市造价管理站发布的第四期市场价格结合永兴县的当时市场价，增加部分按照2011年郴州市造价管理站发布的第四期市场价格进行计算。2014年9月17日，陈建国向本院提交《建筑工程委托审计申请书》，申请对其实际施工的工程款进行审计，并支付鉴定费111500元。本院于2014年9月18日进行对外委托。2015年10月16日，郴州华建工程造价事务所有限公司作出华建造价（2015）第90号《关于永兴县教师安居工程A区1栋、33栋、C区1至7栋、21至22栋及附属工程造价鉴定报告》，鉴定结论为永兴县教师安居工程造价为22293151.38元。陈建国支付鉴定费111500元。截止2014年4月1日，教师安居工程项目指挥部已支付陈建国工程款15674850.14元，不包括永兴建筑公司、物业公司等为陈建国垫付的整改等费用。之后，教师安居工程项目指挥部又支付陈建国工程款150000元。
一审法院认为：案件系建设工程施工合同纠纷。我国《合同法》第269条规定，建设工程合同是指承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同，其中，发包人是指具有工程发包主体资格和支付工程价款能力的当事人，一般是投资建设该工程的单位，即“业主”；承包人是指被发包人接受的具有工程施工承包主体资格的当事人，即实施建设工程的施工单位。案件争议焦点为：一、案涉合同的效力问题，包括教师安居工程项目指挥部与永兴建筑公司分别于2010年3月9日、2010年3月23日签订的《建设工程施工合同》,教师安居工程项目指挥部与永兴建筑公司2010年9月28日签订的教师安居工程《建设工程施工合同》补充协议，教师安居工程项目指挥部与陈建国于2013年2月2日签订的《协议书》；二、华建公司作出的华建造价（2015）第90号《关于永兴县教师安居工程A区1栋、33栋、C区1至7栋、21至22栋及附属工程造价鉴定报告》能否作为定案的依据。三、陈建国是否存在逾期交房行为，是否应赔偿永兴县教育局损失129600元。四、工程款支付的主体及金额问题。
关于争议焦点一，案涉合同的效力问题。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第一条第（二）项规定，建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的。本案教师安居工程项目指挥部与永兴建筑公司分别于2010年3月9日、2010年3月23日签订的《建设工程施工合同》,于2010年9月28日签订的教师安居工程《建设工程施工合同》补充协议，均系陈建国借用永兴建筑公司的名义与教师安居工程项目指挥部签订，陈建国系案涉工程项目的实际施工人，当事各方对此均无异议，而陈建国并不具备案涉工程项目的资质。故上述合同因违反以上规定，应为无效合同，自始对当事双方均无法律上的约束力。教师安居工程项目指挥部与陈建国于2013年2月2日签订的《协议书》，是双方基于《建设工程施工合同》就未尽事项的补充和对该工程项目争议事项的重新约定，应属于从合同。既然主合同无效，作为从合同的《协议书》亦应无效。关于陈建国与永兴建筑公司的关系。永兴建筑公司认为是内部承包合同关系，但从双方的约定看，该工程系由陈建国采取包工包料、包质量、包安全、包造价、包工期的方式承包施工，工程施工过程中产生的各种税费由其自行承担。工程竣工后，亦由其自行负责工程决算和结算以及工程所发生的维修和保修费用。可见永兴建筑公司就案涉工程项目并无任何实质性的对外权利和义务，只是按承包总金额收取了陈建国的管理费，即便是其参与该工程项目施工人员的工资待遇也是由陈建国负担。故双方并不是内部承包关系，而是借名挂靠的违法关系。永兴建筑公司等以此为由辩称双方签订的合同合法有效的理由不能成立。
二、关于争议焦点二，华建公司《鉴定报告》能否作为定案的依据。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二条规定：建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。陈建国施工的工程除C区5-7栋二楼没有交付外，其余房屋均已经交付，且在本案审理过程中，永兴县教育局等三被告均未对工程质量提出异议，故陈建国要求支付工程款的理由成立。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十六条规定：当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。就陈建国施工的教师安居工程的工程价款应如何确定是本案的核心问题，双方存在巨大的分歧：陈建国并未依法请求参照合同约定支付工程价款，而是要求按其单方进行鉴定确定工程价款，教师安居工程项目指挥部和永兴县教育局、永兴建筑公司、永兴县人民政府则要求按照合同约定的固定单价确定工程款。因陈建国在实际施工过程中不仅有增加的工程量，也有单栋房屋结构的调整，双方又一直未能确定陈建国施工的总工程量，更未区分原工程量和增减项目的工程量。2014年9月9日双方在原审法院组织的调解中，均同意对陈建国施工的工程造价进行审计，并确定了双方在确认工程量的基础上，按照2009年郴州市造价管理站发布的第四期市场价格结合永兴县的当时市场价计价，增加部分按照2011年郴州市造价管理站发布的第四期市场价格进行审计的标准和依据，故应认定当事人双方就案涉工程的工程量和价款的计算标准和依据、方式和方法等达成了新的符合公平原则的合意。原审法院据此依法对外委托鉴定，郴州华建工程造价事务所有限公司于2015年10月16日作出了符合鉴定要求的华建造价（2015）第90号《关于永兴县教师安居工程A区1栋、33栋、C区1至7栋、21至22栋及附属工程造价鉴定报告》，鉴定结论为永兴县教师安居工程造价为22293151.38元。该鉴定报告应作为本案的定案依据。因双方确定的鉴定方案已涵盖了案涉工程项目的实际工程量和计价方式及争议的处理方法，故永兴县教育局以陈建国施工的C区5-7栋未及时完工，只能以合同价552元/平方米的价格结算为由，请求减少合同价款175896元的反诉请求不能成立，原审法院不予采信。至于永兴县教育局、永兴建筑公司、教师安居工程项目指挥部、永兴县人民政府要求按照鉴定结论下浮20%进行工程结算，在确定鉴定方案时并无此约定，也没有法律依据，应不予支持。
关于焦点三，陈建国是否存在逾期交房行为，是否应赔偿永兴县教育局损失129600元。无效的合同，自始无效，对合同双方均无拘束力。因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所造成的损失，双方均有过错的，应当各自承担相应的责任。教师安居工程项目指挥部与陈建国签订的案涉合同无效，因此双方对C区5-7栋竣工和交付的约定条款亦归于无效，对教师安居工程项目指挥部与陈建国均无法律上的约束力，因此对教师安居工程项目指挥部认为陈建国存在逾期交房的违约行为的主张，原审法院不予采纳。但教师安居工程项目指挥部明知陈建国没有案涉工程项目的施工资质，却邀请陈建国施工并与其借永兴建筑公司之名签订合同存在明显过错。陈建国明知自己没有案涉工程项目的施工资质，为承揽该工程项目借永兴建筑公司之名签订合同亦存在明显过错。永兴县教育局因延迟交付房屋而实际支付了9个月违约金共计129600元赔偿购房户的损失，该损失依法应由教师安居工程项目指挥部与陈建国承担，即陈建国应赔偿永兴县教育局64800元（129600元／2）。永兴县教育局的该项部分反诉请求成立，应予以部分支持。
关于争议焦点四，工程款支付的主体及金额问题。永兴县政府为解决全县教师的住房问题，召开专门会议，并确定永兴县教育局为教师安居工程的业主，在教师安居工程中，没有投入资金，没有与实际施工人陈建国签订建设施工合同，故永兴县政府在本案中不应承担支付陈建国工程款的责任。教师安居工程项目指挥部是永兴县教育局设立的临时机构，没有进行工商登记，没有资金来源，无法对外承担民事责任，故其在本案中亦不应承担责任。陈建国要求永兴县政府、教师安居工程项目指挥部在本案中承担支付工程款责任的理由不能成立，原审法院予以驳回。永兴县教育局是教师安居工程的业主，应承担给付工程款的民事责任。陈建国施工的教师安居工程造价为22293151.38元，永兴县教育局已支付陈建国15824850.14元，永兴县教育局尚应支付工程款6468301.24元。陈建国诉请支付工程款10512754.86元，对超出部分不予支持，应予以驳回。
综上，原审法院依照《中华人民共和国合同法》第五十二条第（五）项、第五十八条、第二百六十九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第一条第（二）项、第二条、第十六条第二款，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决：一、教师安居工程项目指挥部与永兴建筑公司分别于2010年3月9日、2010年3月23日签订的《建设工程施工合同》和2010年9月28日签订的教师安居工程《建设工程施工合同》补充协议，教师安居工程项目指挥部与陈建国于2013年2月2日签订的《协议书》均为无效；二、由永兴县教育局支付陈建国工程欠款6468301.24元；三、由陈建国赔偿永兴县教育局损失64800元；四、鉴定费111500元，由陈建国负担55750元，永兴县教育局负担55750元；五、驳回陈建国的其他诉讼请求；六、驳回永兴县教育局的其他诉讼请求。以上二至四项互抵后，永兴县教育局尚应支付陈建国6459251.24元，此款限永兴县教育局于判决生效后三十日内付清。案件受理费85266元，由陈建国负担34106元，永兴县教育局负担51160元；反诉费2941元，由陈建国负担1247元，永兴县教育局负担1694元。
本院二审期间，永兴县教育局提交了如下证据：1、委托书2份、收条1份、郴州天正工程造价事务所（2013）第25号《执业报告书》1份，拟证明陈建国违法转包事实，其将涉案工程中的32栋转包给他人，而他人按照合同约定标准进行结算工程价款并无异议，也不存在亏损；2、郴州天正工程造价事务所（2018）第72号《执业报告书》1份，拟证明按照建设工程施工合同进行鉴定，涉案工程造价只有1600多万。陈建国对其关联性均提出异议，认为两份《执业报告书》均为永兴县教育局单方委托做出，其中载明的施工方是永兴建筑公司，没有体现陈建国。委托书和收条并不能证明陈建国转包，而是因为32栋造价太低，陈建国做不起予以退还。教师安居工程项目指挥部、永兴县人民政府、永兴建筑公司对以上证据的真实性、合法性、关联性均无异议。
对于永兴县教育局提交的以上证据，本院经审查认定，陈建国在本案中是否存在转包问题并非本案所考量因素，与工程造价亦不具有关联性，故对委托书及收条的关联性，本院不予认可。而两份《执业报告书》系永兴县教育局单方委托做出，不能作为认定涉案工程价款的依据，故对其关联性不予以认可。
陈建国、教师安居工程项目指挥部、永兴县人民政府、永兴建筑公司二审期间均未提交新的证据。
本院经审理查明，一审法院认定的事实清楚，本院依法予以确认。
本院认为，本案的争议焦点为：1、教师安居工程项目指挥部与陈建国于2013年2月2日所签订的《协议书》是否有效；2、本案涉案工程造价应如何认定；3、陈建国是否应当承担迟延交房的全部经济损失。
一、关于教师安居工程项目指挥部与陈建国于2013年2月2日所签订的《协议书》是否有效的问题。永兴县教育局二审讼求中仅对2013年2月2日所签订的《协议书》效力问题提出应为有效合同，并未对原审判决《建设工程施工合同》及补充协议无效提出具体异议，原审被告及原审第三人虽对以上合同认为均应为有效合同，但未提起上诉，而陈建国采取大包干方式对涉案工程进行承包施工并向永兴建筑公司交纳了管理费，双方之间系挂靠关系，涉案《建设工程施工合同》及补充协议均系无资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与教师安居工程项目指挥部签订，故原审判决《建设工程施工合同》及补充协议无效符合法律规定，本院予以维持，本院二审仅考量《协议书》之效力问题。永兴县教育局认为《协议书》系双方关于工程结算问题签署的独立结算协议，系签订双方真实意思表示，未违反法律规定，即使《建设工程施工合同》及补充协议无效也不能影响其为合法有效之合同。本院认为，《协议书》中所涉及的结算、调价内容系对《建设工程施工合同》及补充协议的进一步约定，没有《建设工程施工合同》及补充协议，《协议书》便没有合同基础，故《建设工程施工合同》及补充协议无效，《协议书》应为无效。
二、关于一审的鉴定结论是否能够作为本案的定案依据问题。本案《建设工程施工合同》中虽然约定了固定单价确定工程款，但陈建国在施工过程中存在增加工程量、调整房屋结构等情形，故双方对工程价款金额存在较大差异，一直未能确定工程价款。而在一审法院2014年9月9日组织各方当事人进行调解时，陈建国要求对工程进行审计，教师安居工程项目指挥部亦要求审计，并提出具体参照定额标准，永兴县教育局对此也予以同意，永兴县政府及永兴建筑公司对进行审计无异议。现永兴县教育局二审提出其同意审计系建立在调解的基础之上，且审计有专门的审计部门，法院不应对涉案工程进行司法鉴定。本院认为，2014年9月9日原审法院在组织调解过程中，永兴县教育局、教师安居工程项目指挥部均要求法院对涉案工程进行审计并首先提出具体参照的定额标准，不属于当事人为达成调解协议或者和解的目的作出的妥协所涉及的对案件事实的认可，而是提出的对案件如何处理的意见，不属于《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六十七条“在诉讼中，当事人为达成调解协议或者和解的目的作出妥协所涉及的对案件事实的认可，不得在其后的诉讼中作为对其不利的证据”所规定之情形，且永兴县教育局对鉴定结论未提出具体异议，陈建国未提起上诉，即视为对鉴定结论的认可。现鉴定结论系按涉案工程的实际工程量并结合定额标准得出，造价为22293151.38元，虽与合同约定固定单价确定的工程款相差较大，但涉案工程施工过程中存在建设价格上涨、施工图预算漏项、建筑结构复杂及工程价款需重新协商等问题，故该鉴定程序合法，结果客观真实。永兴县教育局还要求按照合同约定下浮20%进行工程结算，因涉案建设工程施工合同及补充协议无效，实际施工人要求支付工程款的，应据实结算，永兴县教育局要求下浮没有法律依据，且合同各方均不能因无效合同而获利，故该鉴定结论符合公平原则，应作为本案的定案依据。据此，永兴县教育局二审中请求本院对涉案工程再次进行鉴定，本院不予准许。
三、关于陈建国是否应当承担迟延交房的全部经济损失问题。因涉案建设工程施工合同及补充协议均为无效合同，故有过错的一方，应当赔偿对方因此所造成的损失，双方均有过错的，应当各自承担相应的责任。永兴县教育局因迟延交付房屋实际支付了购房户违约金129600元，该损失为实际损失，而教师安居工程项目指挥部明知陈建国系无施工资质仍与陈建国挂靠的永兴建筑公司签订施工合同，双方均存在过错。因教师安居工程项目指挥部是永兴县教育局设立的临时机构，无工商登记及资金来源，无法对外承担民事责任，故该损失永兴县教育局应与陈建国共同承担，原审法院认定陈建国承担64800元并无不妥，故永兴县教育局关于应由陈建国承担迟延交房的全部损失的上诉请求，本院不予支持。
综上所述，上诉人永兴县教育局的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，程序合法，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
本案二审案件受理费46977.17元，由上诉人永兴县教育局负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 孙元清
审 判 员 唐雨松
审 判 员 刘 杨
二〇一八年四月二十七日
法官助理 樊 航
书 记 员 杨 涛