浙江省桐乡市人民法院
民 事 判 决 书
（2015）嘉桐民初字第482号
原告：浙江吉天建设有限公司。
法定代表人：马驰峰。
委托代理人：陈忠华、林昌。
被告：浙江涌孚生物化学科技有限公司。
法定代表人：孙中伟。
委托代理人：徐国强。
委托代理人：孙建奎。
原告浙江吉天建设有限公司（以下简称吉天公司）与被告浙江涌孚生物化学科技有限公司（以下简称涌孚公司）建设工程施工合同纠纷一案，原告于2015年2月6日向本院起诉，本院于同日受理后，依法组成合议庭，于2015年5月25日、2016年3月17日、2016年7月18日三次公开开庭进行了审理。原告委托代理人林昌，被告委托代理人徐国强三次开庭均到庭参加诉讼，第三次开庭，被告委托代理人孙建奎亦到庭参加诉讼。审理中，原告向本院申请对涉案工程进行造价鉴定，并申请鉴定人员出庭，本院依法予以准许。鉴定机构浙江卓宏建设项目管理有限公司的鉴定人李钟亮、陈丽丽到庭参加了第二次庭审。经合议庭评议，本案现已审理终结。
原告吉天公司诉称：2010年8月31日，原、被告签订了《建设工程施工合同》1份，约定被告将其开发的厂房、综合楼工程发包给原告施工，约定合同工期为300天，开工日期以施工许可证为准；合同价款暂定500万元，采用可调价格确定。合同签订后，原告组织人员及机械设备进场施工，但因被告未能及时办理施工许可证、未按期付款等原因造成工程中途停工。2011年11月30日，双方就复工事宜经充分协商达成《建设工程施工合同之补充协议》。该协议确认在补充协议签订前被告已付工程款85万元，并约定被告于2011年11月底前支付80万元，原告承诺在收到款项后次日复工。同时，原、被告约定了工程进度、付款期限及其他事项。补充协议签订后，被告于2011年12月5日支付工程款80万元，原告于次日复工。在原告组织施工下，涉案工程陆续完工，并于2013年9月13日办理了竣工验收手续。工程完工后，原告向被告提交了涉案工程竣工结算报告，造价为6335200元。此后，双方就工程价款结算虽经协商但未能达成一致意见，且被告一直拖延结算。截止目前，被告总计支付原告工程款405万元，尚欠工程款2285200元。另，被告尚需按约定支付原告停工损失30万元。按照付款期限，被告同时应承担逾期付款违约金28万元。综上，原告已于2012年7月完成承包范围内的施工义务并提交了竣工结算，被告理应按期支付工程款并承担违约金。故，原告请求：1、判令被告支付原告工程款2285200元；2、被告承担涉案工程施工过程中逾期付款违约金28万及承担自原告起诉之日起至被告实际付清工程款之日止每日按5000元计算的逾期付款违约金；3、本案诉讼费由被告承担。根据鉴定结论，原告调整诉讼请求为：1、被告支付原告工程款123995元；2、被告支付原告逾期付款违约金28万元；3、诉讼费由被告承担。
被告涌孚公司辩称：1、起诉状所称的原告承建被告工程属实，但工程停工原因以及被告未按期支付工程款的陈述与事实不符；2、被告支付工程款405万元属实，但起诉状陈述的尚欠工程款2285200元不属实，现所涉工程未进行决算，故原告诉请无事实及法律依据。综上，请求驳回原告的诉讼请求。
原告向本院提交了如下证据【证据均系复印件，原件在（2014）嘉桐民初字第3648号案件中】：
一、建设工程施工合同、补充协议各1份，证明涉案工程厂房及综合楼由被告发包给原告施工的事实，以及双方在合同中对工程价款、决算方式作了约定。
二、2011年11月30日补充协议1份，证明：1、双方确认2011年11月30日前被告支付原告工程款85万元；2、被告应在2011年11月底前支付工程款80万元，原告承诺在收到款项后次日复工；3、复工后具体付款期限约定为2011年12月31日前在完成主体结顶之前提下，被告应支付工程款100万元；被告在2012年1月18日之前在主体工程完工之前提下支付工程款60万元；余款在通过竣工验收且待评估报告出具后2个月内支付至95%，余下5%作为保证金，评估报告出具后一年付清；4、工程复工后如被告逾期付款的，应按实际逾期天数向原告支付每日5000元的违约金；5、被告在补充协议第五条特别约定事项中第1项明确主动愿意支付原告因工程停工所遭受损失30万元；6、被告支付工程款项应以转账或汇票支付至原告银行账户，如采取其他方式支付的，视为未收到款项。
三、2011年2月21日建设工程施工许可证1份，证明根据施工合同协议书第三条开工日期以施工许可证为准，本工程起算工期应为2011年6月21日，合同工期为2011年6月21日至2012年4月21日；2011年11月30日建设工程施工合同之补充协议签订前工程已停工三个多月，故本工程工期应顺延至2012年7月底。
四、主体结构中间验收记录1份，证明本工程2012年1月16日通过主体结构中间验收，2012年1月18日前完成主体工程的事实，也能体现在2011年12月底前主体结顶和原告按照2011年11月30日补充协议约定的施工节点要求完成施工的事实。
五、2012年7月10日建筑装饰分部、地面分部、抹灰分部、门窗分部、饰面砖分布、涂饰分部、工程验收记录、细部分部、建筑屋面分部、卷材防水屋面分部、刚性防水屋面分部、建筑电气分部工程验收记录，证明原告承包范围内的所有工程内容在2012年7月10日已完工并通过被告以及设计单位验收合格的事实。同时证明涉案工程直到2013年9月办理竣工验收的责任不在于原告。
六、房屋建筑工程竣工验收备案表1份，证明涉案工程于2013年9月13日办理竣工验收手续并已经竣工备案的事实。
七、建筑工程结算书1份，证明原告承包范围内的工程价款为6335200元的事实。
八、付款凭证（10笔），证明：1、在2011年11月30日双方签订补充协议后被告通过朱伟国、孙建奎分10次向原告支付工程款320万元的事实；2、被告在2011年12月5日支付80万元，较协议约定迟延5天，工程延期复工5天；根据协议约定被告应在2011年12月31日前支付100万元，但直到2012年1月9日才付清，逾期付款9天；根据协议被告应在2012年1月18日前支付60万元，但直到2012年2月29日才付清，逾期付款42天。3、根据协议第三条规定被告按期付款是原告承诺2012年4月30日前完工的前提，但被告未能按约定支付，属于根本违约，原告享有先履行抗辩权，因被告未按约付款造成工期延误与原告无关。因此2012年7月10日前工期延误责任应由被告承担责任。
九、钢材商稳长公司民事起诉状、（2013）松民二（商）初字第2411号民事判决书、（2014）沪一中民四（商）终字第372号民事判决书、民事起诉状、案件受理通知书各1份，证明1、双方2011年11月30日签订补充协议第五条约定，被告告知其已支付涉案工程钢材款140万元，要求原告确认涉案工程钢材为甲供材料，但实际上被告并未支付钢材款，事后原被告也未支付，最终涉案工程钢材供应商上海稳长实业有限公司通过法院诉讼，原告支付涉案工程甲供钢材款本金及利息150多万元，体现了被告逾期付款违约行为，也体现了被告欺诈恶意行为和有违诚信原则。
十、2014年2月28日被告《关于协商确定工程款决算价格和办妥第三方评估手续的催告函》、2014年3月7日原告《浙江涌孚生物化学科技有限公司厂房、综合楼工程结算报告》及邮政快递详情单，证明：1、涉案工程完工后提交结算，被告故意拖延结算，直到2014年2月仍未委托审计，2014年2月28日被告仍以发函告知协商确定价款或者委托第三方办理评估手续的方式故意拖延结算。2、原告在收函后，回函明确可以按照单价1000元每平方米进行结算商定，但被告却又不予答复处理，这也体现被告2014年2月函件是其故意拖延结算的一个手段，并非真心要结算的事实。
十一、预应力工程施工合同1份（逾期提交，含清单1份），证明这些费用是实际发生的，而鉴定机构并未将这些费用计入鉴定报告。
被告质证意见如下：
对证据一的真实性、合法性、关联性均没有异议；
对证据二的真实性、合法性、关联性均没有异议，对待证事实有异议。1、按照该补充协议中针对发包方付款义务，把85万元计算在内的话，在评估报告之前应当支付的是325万元。在补充协议的前言部分，双方确认已经支付85万元，在补充协议第1页最后一句话在补充协议签订后付款80万元。2011年12月31日支付100万元；主体工程完工支付60万元。至此在评估出台之前，发包人的付款义务已经完成了。共计325万元。合同约定在结算之前只需要支付325万元，故原告起诉要求被告支付工程款是405万元，被告不存在逾期付款。原告的诉讼请求第二项是逾期付款违约金28万元，但是被告至今未收到计算方式。按照这一份补充协议的总数额已经远远超过合同约定。2、原告方在举证时没有就补充协议签署的背景进行解释，原告曲解了双方订立该合同的目的。该补充协议签订之后，原告举证的证据一中的备案合同以及所谓的补充协议就工期、付款、决算都由该补充协议来替代。原告在举证时说该补充协议签署证明了因被告的原因已经停工三个多月为了尽早复工，承包方一开始不承认项目经理何国森代理人的资格，对何国森收到款项305万元的事实不认可，在这个前提下双方妥协签署了该协议，认可收到工程款85万元，并且在第五条约定详细的决算规则。这个约定也是结合何国森已经收到工程款305万元，最终双方妥协只认可85万元的前提下，钢筋款视为甲供材料，在评估中予以同额扣除。
对证据三的三性均没有异议。对待证事实有异议，鉴于双方已经于2011年11月30日签署了补充协议，因此对工期的确定应当以双方签署的补充协议为准。
对证据四的真实性、关联性有异议，原告举证的中间记录是不完整的，按照原告的举证中间工程、主体结顶的时间是2011年11月底，而双方补充协议签订的时间是2011年11月30日，按照原告的逻辑，那么补充协议根本不需要签订。该证据反映的工期以及主体结顶的情况与客观事实都不符合。
对证据五的质证意见与证据四的质证意见一致，该证据反映出所谓在2012年7月10日已通过验收合格的说法与事实不符合，竣工验收的确切时间是在2013年9月。
对证据六的三性均没有异议。
对证据七的真实性、关联性有异议，该结算书是原告自行制作，未获被告认可，按照双方补充协议的约定，所涉工程的工程款有特殊的约定，因此原告单方的结算书不能作为原告主张工程款的依据。
对证据八的合法性、真实性没有异议，但要补充说明两点：1、405万元工程款支付是直接向原告方支付的，还有涉及到部分的消防、零星工程都由被告方自行支付，所以涉及到的工程款会在进行决算或者鉴定的时候详细提供依据；2、原告举证说明被告逾期付款的待证事实有异议，按照补充协议，在决算之前总付款应当是325万元，事实上被告已经远远超过合同的约定，已经提前支付了80万元。
对证据九的合法性、真实性没有异议，对关联性有异议，这个案件原告作为第一被告已经向上海市中级人民法院提起再审申请，所涉的款项被告又在桐乡市人民法院以原告要求返还140万元的诉请提起诉讼，贵院已经驳回原告的诉请，但该案件当中原告方已经提起上诉，该证据不能体现原告在举证时说明的所谓被告逾期付款行为、有违诚信行为等。涌孚公司已经承担50万元，涌孚公司会对该50万元进行追偿。该判决书中认定的事实与本案没有关联性。
证据十，按照合同的约定，双方约定了一个决算程序，在双方协商不一致的情况下，委托第三方进行决算。因此该证据中的单价1000元每平方等未达成合意，该价格也不能作为原告向被告主张工程款的依据。
证据十一，对真实性、关联性均有异议。本案的争议焦点是工程款，原告申请了第三方的鉴定，鉴定报告中都是提供复印件，所以没有计入，即使是原件也要经过被告方认可以及是否与争议的工程相关。该合同是原告与案外人签订的，对真实性有异议，是否存在这样一个工程与本案争议的施工工程相关，假设该合同是真实的，签署后有没有履行。合同中约定了工程的概况以及承包的价款，事实上最终承包的价款都是无法确定的。原告申请的鉴定出结论后，原告已经无权就鉴定结论的鉴定结果提出异议，双方在补充协议第五条中明确约定这个报告作为唯一的依据。程序上遵循法院的规定以及依据双方的约定，原告现在提出异议，不符合双方在签署补充协议的真实意思表示。对工程来讲发包人、承包人对工程款有异议非常正常，双方约定以鉴定结论作为最后的依据，双方都应当遵循。对该证据的合法性也有异议，原告超过举证期限提供的证据是否符合新证据的要求以及是否采纳由法庭决定。
对原告的证据，本院认证意见如下：
证据一、二、三、六，结合被告质证意见，本院予以认定；证据四、五、上述证据能证明部分工程于2012年7月10日前验收合格，至于是否能够证明已完工的事实，结合其他证据综合认定。证据八、九，对真实性予以确认，至于原告所要证明的内容，结合其他证据综合认定；证据七、十，结合被告质证意见，本院不予认定。证据十一，因原告逾期提供，故本院不予确认。
被告向本院提交了如下证据：
一、建设工程施工合同之补充协议1份，证明：1、在补充协议签署以后，有关所涉工程的工期、付款、违约责任双方已经达成了新的合意；2、该协议的第五条双方明确了第三方评估机构的工程款决算结论作为原、被告之间决算工程款的唯一依据；3、按照该补充协议约定的被告支付工程款的期限，在评估报告出台之前总的付款额为325万元，被告已经支付的款项是405万元，已经远远超过合同约定的数额。
二、2014年2月28日催告函、邮政快件的底单各1份，证明被告催告原告按照合同的约定进行工程款决算的事实。
三、（2011）松民二商初字第S1257号民事判决书1份、2013年1月28日中国农业银行个人结算业务申请书1份，证明被告向案外人已经付款150余万元的事实，该款项就是指补充协议第五条提到的140万元甲供材料的钢材款。
以上证据全部为复印件。
四、（2015）浙嘉民终字第524号民事判决书1份，证明：1、该份生效法律文书认定了如下事实：判决书第十页对双方争议焦点补充协议中所谓钢材款140万元，认定评估时予以同额扣除是原告确认的事项，因为该判决文书最终裁判由本案的被告最终承担钢材款是基于在补充协议中约定了要同额扣除，因此要举证已经自行扣除了钢材款。就本案原告诉请的钢材款来讲，应当在鉴定结论确定的数额再依据补充协议约定的，予以扣除140万元，而并非是原告在庭审开始时陈述时只扣除工地实际收到的钢材。因为所涉工地在竣工验收以及交付业主之前，都由原告方来管理。2、该份生效法律文书最终裁判的数额是821093.67元，该数额是因为中间扣除在上海法院案件当中被告已经按照判决向稳长公司支付的50万元，因此该法律文书确认了相应的钢材款都由被告承担。补充协议中的140万元是确定的数额。
原告质证意见如下：
对证据一的证据三性没有异议。说明三点：1、协议第一条已经明确7月25日、9月6日的两份确认书均为作废，不作为双方向对方讨要款项的依据；2、涉案工程在2012年7月完工，至今有三年，如果从2013年9月作为起算点至今也有一年半左右，双方虽然有几次协商，但是被告没有与原告进行决算，也没有委托第三方进行评估，所以才有本案。被告主张的双方决算有特殊约定，其实根本行不通，所以原告申请对本案造价进行鉴定；3、协议书第五条载明确认被告已付钢材款140万元，故钢筋视为甲供材料，这个约定说明原来的钢筋是施工单位即原告方提供的，并不是甲供，只是被告确认他已经支付了140万元的钢筋款，所以才改为甲供材料。
对证据二的形式真实性没有异议，原告方确实收到了该函，原告也进行了回复，要求双方进行决算或委托第三方进行评估，但是双方至今未进行决算，也未委托第三方进行评估。
对证据三的形式真实性没有异议，对关联性和被告的证明目的有异议。1、从判决书内容上看仅能体现被告向上海纵兴实业有限公司购买钢材，无法体现与原告承建的厂房工程有任何关联，判决内容也未体现涉案工程的厂房和综合楼的任何记载；2、2011年11月30日双方的补充协议第五条钢筋视为甲供的前提是原来钢筋应该是施工单位即原告方提供的，也就是乙供，应该是原告与钢材商签订合同，后来由于被告支付了相应款项，才有甲供的说法，但是该判决书中体现的钢材是被告直接向上海纵兴实业有限公司购买，与本案的事实不符合，没有关联性；3、双方的协议书是在2011年11月30日签订的，根据第五条的约定，当时被告已经支付了140万元，但是事实上从被告提供的证据是在2013年1月份被法院执行支付的，故也无法体现与本案的关联性。
对证据四的证据三性均没有异议，但是对被告的说明和证明目的有异议。该判决书确定钢材由乙供改为甲供是明确的，但对被告说到的140万元已经支付有异议。双方签订补充协议的时候被告说已经支付了140万元，但实际上没有支付，所以才会有判决结果，被告应当支付原告钢材款821093.67元。既然钢材改为甲供，从决算的原则，决算价款上进了多少钢材款，在扣除的时候应当以同额扣除。支付的钢材款金额实际上105万元再加上19万元，应该是124万余元，而并非被告所说的140万元，其他的费用都是利益的损失和诉讼费。关于责任的承担在该判决书中也作了充分的说明。
对被告的证据，本院认证意见如下：
证据一，原告无异议，本院予以确认；证据二，结合原告意见，对真实性予以确认；证据三，该判决书与本案没有关联性，且该笔款项与补充协议中约定的“已支付”不符合，故本院不予认定；证据四，结合原告质证意见，本院对真实性予以确认，至于能否证明待证事实，结合其他证据综合认定。
根据原告的申请，本院依法委托浙江卓宏建设项目管理有限公司对涉案工程进行了造价鉴定，该公司于2016年1月20日出具了浙卓鉴字【2016】001号工程造价咨询报告书，鉴定结论为：浙江涌孚生物化学科技有限公司厂房、综合楼工程鉴定造价为人民币：4468588元。2016年3月17日，因原告对浙卓鉴字【2016】001号工程造价咨询报告书存在异议，申请鉴定人员出庭接受询问。
对鉴定报告及鉴定人陈述，原告质证意见：对真实性、合法性没有异议，但是其中部分鉴定内容和事项存在错误或者漏项。1、关于综合取费在03定额里指企业管理费和利润，规费、税金、措施费都不包含在内，鉴定人员也予以明确。而双方合同约定的按三类工程费率计算，仅指综合费用，并不包含规费、税金、措施费。在鉴定报告里面，规费和税金已经计取，但是技术措施费里面有一个塔吊和施工电梯是实际使用但没有计入造价。组织措施费里面环境保护费、文明施工费、安全施工费、已完工程及设备保护费、临时施工费也没有计入造价。2、关于施工信息价的计取，应当是按照实际施工期的平均信息价计算，本工程原告的施工时间是2010年12月到2012年7月10日，后面的工程是因为被告自行分包和验收的原因到2013年9月才竣工，后面实际是没有施工的，也不发生材料的采购，特别是2012年7月以后，材料价格是严重下跌，如果这段时间也作平均值来计取对原告不公平，根据原告了解钢材和混凝土的差价在38万元左右。3、安全防护、文明施工等组织措施费和农民工的保险费，按照03定额及相关的配套文件是应当计取的，双方在施工合同以及补充协议关于工程取费是按浙江省03定额计取，所以这些费用也应当计算。合同中并没有约定对上述费用不予计算。鉴定人员说明的工程款支付中取费按03定额三类取费取中值计算，这个应当是仅指综合费用，也就是企业的管理费和利润。4、鉴定机构就粉刷的是预拌砂浆、钢绞线，图纸上是明确这些项目的，但计价的时候应当按照自拌砂浆和普通钢筋，而钢绞线并未计价。本工程已经通过了竣工验收，应当视为已经完成，对于变更的部分应当有联系单，但事实上也没有预拌砂浆和钢绞线未施工的文件。5、关于楼地面的找平层，现场已经实际施工，鉴定报告未计价，鉴定人员认为是被告另行发包的，被告应提供相应他人施工的依据，如果不能提供应当视为原告施工，并计取相应的价款。6、关于消防、外墙真石漆，计取总包配合费按定额是应当计取的，这个工程在签订合同的时候消防和外墙真石漆都是原告的承包范围，所以不可能在合同签订的时候约定配合费计取，而是在施工中途甲方拉出另行发包的，所以说应当根据定额计取相关费用。7、如果按照鉴定机构的理解，本案中双方的合同就规费、税金，还有部分的施工技术措施费都没有约定如何计价，这些费用也不应当计取，而在鉴定报告中鉴定机构又进行了计算，前后是矛盾的。所以除了双方合同有特别约定之外，本工程的造价还是应该按照合同约定的03定额和配套文件进行决算的。
对鉴定报告及鉴定人陈述，被告质证意见：1、首先这份鉴定结论是由原告向法院申请，依照法定程序选定鉴定机构而作出的鉴定结论，原告申请的鉴定结论视为原告的证据。如果原告方对该鉴定结论提出异议的，就是原告自行承担原告的诉请和原告提交证据是否充分承担不利的诉讼结果。2、作为专业的鉴定机构对本案争议的事实作出了结论，他的专业性比原、被告及法院更高一些。被告对鉴定机构的回复都予以认可。3、原、被告双方在补充协议书第五点最后的条款中约定清楚，鉴定机构的评估报告作为甲、乙双方决算的唯一依据，双方都认可了该鉴定机构的专业性、完整性、准确性。4、关于技术措施，鉴定人员认为，不能按照29%重复计算，实际发生才计算。原告在陈述意见的时候采取了片面的对其有利的双重标准，在陈述钢材应当扣除多少，陈述扣除钢材的实际使用，但是在陈述钢材的价格的时候又以所谓的工程在2012年7月已经竣工，但是钢材买卖的时间是在2010年。原告要求被告承担钢材款，但是计算的时候又要以2012年的价格。鉴定机构以实际的竣工日期即2013年10月作为计价依据符合行业的规则，至于原告提及的（2014）嘉桐民初字第3648号案件中完成施工也是大部分工程是在2012年7月完成，被告对该认定是有异议，以竣工日期作为造价信息价取费符合法律规定和行业规则。
根据庭审质证情况，浙江卓宏建设项目管理有限公司向本院出具了工程造价咨询报告书（补充鉴定），将工程造价调整增加了470723元，其中主材差价83576元，甲供钢筋差价282731元、塔吊安拆、进退场及基础费用28030元、预应力钢绞线费用76386元。
原告对调整后的鉴定报告无异议。
被告质证认为：对补充鉴定报告的合法性没有异议，对真实性、关联性均有异议。1、本鉴定系原告申请，被告依据双方在2011年补充协议第五条约定为彻底解决争议，同意鉴定，故鉴定内容必须符合补充协议的约定。鉴定机构的选择符合程序，鉴定机构接受了法院委托，通过了特定程序，通知了原、被告提交详细鉴定资料，鉴定正式稿出台之前，鉴定机构提供草稿供双方提意见，鉴定结果是4468588元，因此被告认为正式鉴定报告应为工程款结算的唯一依据。在补充鉴定的内容当中，第一项除钢筋材料等的变更没有任何理由，按照双方的补充协议，签订时工程第三层已经完工，在补充协议第三条主体工程完工结顶是在2011年12月31日，完工是在2012年1月18日，原告在多次诉讼中强调该时间节点，已自认这个工程的工期没有延误，故时间点定在2012年7月10日是不合理的。2、被告认为，按照结算送审价格就是直接把双方争议的稳长公司钢材作为鉴定采取的送审依据，而争议钢材除了稳长公司还有包括纵兴实业公司、张家港宁昌公司，因此不能直接以稳长公司的结算送审价格来计取，而且最关键是双方在第五条约定的原意是不管实际使用钢材多少最终必须扣除140万元，故补充鉴定对钢筋款的增加没有事实依据。3、原告没有提供给鉴定机构相关的资料，被告不清楚原告补充提交的材料是哪些，是否符合要求，是否被告认可，在鉴定机构通知双方提交鉴定所需资料期限届满再提供鉴定所需的资料，也没有征得对方认可，在这个基础上提供资料没有事实依据，不能作为本案认定工程款的依据。4、在鉴定的时候原告没有对28万元的差额提出异议，站在原告的角度也是把实际使用的钢材作为稳长公司的钢材，从这个意义上讲稳长公司买卖合同纠纷钢材是送到涌孚公司工地上，原告是接收人，在所涉工程交付给被告之前钢材都是原告支配使用，但是在鉴定的时候是按照实际使用数量，而与稳长公司的买卖合同中是相反的意见。被告认为补充鉴定类似于在民事诉讼中重新鉴定的范畴，形式上是同一家鉴定机构，但是对原先鉴定的内容作了变更。被告认为“唯一”有两层意思：第一层是这家鉴定机构是唯一的，第二层意思是这家鉴定机构出来的正式稿是唯一的依据。委托是基于原告的申请，但是补充鉴定提起的委托不符合双方在补充协议书中约定的真实意思，也不符合被告在质证中对关联性、真实性的意见。
结合双方质证意见，本院认为，鉴定报告及补充鉴定报告均系本院依法委托，符合法定程序，具有较强的证明力，至于是否应当全额计入工程造价，本院将结合其他证据综合认定。
根据以上证据及原、被告的庭审陈述，本院确认案件事实如下：原、被告于2010年8月31日签订《建设工程施工合同》、《建筑工程施工补充协议》各1份，约定被告承建原告厂房、综合楼的土建、水电、消防等配套工程，并约定了施工范围、工程期限、工程价款、付款方式、违约责任等内容。合同签订后，被告于2010年12月15日正式开工，后因多种原因停工。
2011年11月30日，原、被告再次签订了《建设工程施工合同之补充协议》1份，载明：鉴于1、涉案工程第三层已完工，尚未结顶，已停工三个多月；2、双方均认可已付工程款85万元；3、双方愿意搁置争议，尽早复工。补充条款约定：一、被告在7月25日确认欠付工程480万元及9月6日陈茂宗与何国森所签协议书确认已支付3053422元的两份确认书均无效；二、被告于11月底支付被告80万元，原告收到款项后次日复工；三、被告按约支付的前提下，原告承诺在2012年4月30日前完工并通过竣工验收。因恶劣天气等不可抗力影响施工进度的可顺延。1、在2011年12月31日前原告完成主体工程结顶的前提下，被告支付100万元；2、被告承诺在2012年1月18日在主体工程完工前提下，支付工程款60万元；3、余款在通过竣工验收且待评估报告出台后2个月内支付至95%；4、余下5%作为保证金，评估报告出台后1年内付清；四、原告确定何国森为本工程项目经理；五、原、被告约定工程竣工验收通过后7个工作日内提交双方指定评估机构，按合同确定之计价规则进行竣工决算（原告确认被告已自行支付钢筋款140万元，故钢筋视为甲供材料，评估时予以同额扣除）；六、违约责任：工程开工后，被告逾期付款，应按实际逾期天数向原告支付违约金每日5000元；原告工期延误亦按每日支付违约金5000元；七、特别约定：1、被告自愿支付原告停工损失30万元；2、被告代原告支付本工程材料款的，结算时同额扣除。
被告分别于2011年12月5日向原告支付工程款80万元，于2011年12月28日支付工程款20万元，于2012年1月9日支付工程款80万元，于2012年1月17日支付工程款20万元，于2012年1月18日支付工程款10万元，于2012年1月19日支付工程款5万元，于2012年2月29日支付工程款25万元，于2012年5月31日支付工程款50万元，于2012年8月31日支付工程款10万元，于2013年1月31日支付工程款20万元。
2012年1月16日，涉案工程主体结构中间验收合格。
2012年7月10日，建筑装饰装修分部、地面子分部、抹灰子分部、门窗子分部饰面板子分部、建筑屋面分部、卷材防水屋面子分部、刚性防水屋面子分部、建筑电气分部、室内排水系统子分部、卫生器具安装子分部、建筑电气等工程验收合格。
2013年3月14日，桐乡市公安消防大队向被告出具建设工程竣工验收备案凭证。
2013年7月5日，桐乡市住房和城乡规划建设局出具浙江省建设工程规划核实确认书1份，载明本建设工程已具备竣工规划确认条件。
2013年9月13日，桐乡市城建档案管理处出具工程档案预验收确认意见书1份，载明该建设工程档案基本符合有关标准、文件规定，验收合格。
本院认为，本案的争议焦点在于：1、工程造价如何认定；2、甲供钢材应扣除数额；3、逾期付款违约金如何认定。
关于争点一。结合本院确认的证据及鉴定报告（含补充鉴定报告），本院认为，涉案工程造价应确定为4834895元，理由如下：结合本案实际，本院对鉴定报告的造价4468588元予以认定。另，因本工程采用可调价格合同，调整方法为按实调整，即本工程结算材料价应按实际施工期平均信息价计算，故除甲供钢筋外的主材价款应在原鉴定报告基础上增加83576元；同理，甲供钢筋应增加282731元。而补充鉴定报告中载明的塔吊安拆、进退场及基础费用28030元、预应力钢绞线费用76386元均因原告未能按期提供相关证据，应承担不利后果，故对该部分造价，本院不予确认。
关于争点二。根据补充鉴定报告，甲供钢筋材料总价为1066227元。又根据补充协议第五条约定“原告确认被告已自行支付钢筋款140万元，故钢筋视为甲供材料，评估时予以同额扣除”，从该句表述结构来看，吉天公司确认了三个事项：一为涌孚公司已自行支付钢筋款140万元，二为钢筋视为甲供材料，三为评估时予以同额扣除。就第一项而言，由于确认的是已经发生的事实，故合理的推断应当是先由涌孚公司对吉天公司作出过其已支付钢筋款140万元的陈述，否则吉天公司当无从确认。争议在于第二、三项，涌孚公司认为该约定仅仅是双方确认的最终结算规则，即评估时扣除140万元，而吉天公司认为在涌孚公司已支付钢筋款的前提下，同意将钢筋变更为甲供，在结算时予以同额扣除。关于“同额扣除”的理解，涌孚公司认为其明确指向“140万元”，而吉天公司认为其明确指向“已付钢筋款”。结合本案实际，签订补充协议时，涌孚公司并未支付涉案工程钢筋款，故“已付钢筋款140万元”的说法便不成立，亦无从推定“同额”为“140万元”。根据本案具体情况，不存在已付工程款的情况下，“同额”理解为实际使用的钢材更为妥当，即1066227元。
关于争点三。因涉案工程被告已经另案起诉原告逾期竣工违约金且已判决生效，另案判决中已对逾期付款的工期作相应扣除，故本案中不予支持。
综上所述，被告应支付原告工程款为3768668元（4834895元-1066227元），而被告已支付原告工程款4050000元，故被告已超额支付工程款281332元。然，根据补充协议特别约定第1项，被告自愿支付原告停工损失30万，虽被告认为该部分款项原告已经自愿放弃，但未提供相应证据证实，故对其抗辩本院不予采信。综上，被告实际尚需支付原告款项18668元。据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百四十二条、《中华人民共和国合同法》第六十条、第七十七条、第一百零九条、第一百一十四条之规定，判决如下：
一、被告浙江涌孚生物化学科技有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告浙江吉天建设有限公司工程款（含停工损失）18668元；
二、驳回原告其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案受理费7360元，由原告负担7200元，被告负担160元；鉴定费30000元，由原告负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出上诉状副本，上诉于浙江省嘉兴市中级人民法院。在当事人收到《预交上诉案件受理费通知书》后，按通知规定期限、金额预交上诉案件受理费用。判决生效后，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以在判决书规定履行期间的最后一日起二年内向人民法院申请执行。
审 判 长 李永华
代理审判员 朱谷玥
人民陪审员 谢晓音
二〇一六年七月二十八日
书 记 员 陈嫒萍