四川省成都市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2016）川01民终11502号
上诉人（原审原告、反诉被告）：成都市青羊区建筑工程总公司。住所地：成都市青羊区三多里*号。
法定代表人：李显之，总经理。
委托诉讼代理人：郭祖军，男，汉族，1968年6月11日出生，住成都市青羊区，系公司员工。
委托诉讼代理人：潘静，四川毫达律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：成都正基置业有限公司。住所地：成都市武侯区晋阳路***号*楼***室。
法定代表人：付先云，经理。
委托诉讼代理人：牟桃，泰和泰律师事务所律师。
上诉人成都市青羊区建筑工程总公司（以下简称青羊公司）因与上诉人成都正基置业有限公司（以下简称正基公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服成都市武侯区人民法院（2014）武侯民初字第3007号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年11月30日立案受理后，依法组成合议庭进行了审理。2017年2月22日，青羊公司、正基公司为双方自行调解分别申请延期审理一个月。本案现已审理终结。
青羊公司上诉请求：依法改判正基公司按中国人民银行同期同类贷款的四倍利率计算至2016年8月24日止，青羊公司不支付工期逾期违约金20万元，不退还因构造柱工程量减少的价款64286元。事实和理由：1.双方对于逾期付款违约金有明确约定，一审判决不应适用最高人民法院关于建设工程合同纠纷司法解释第十七条的有关利率的规定，仅仅按中国人民银行同期贷款利率计算利息无法弥补自己的损失。2.一审判决在开工日期无法确定，正基公司也不能举证证明的情况下，认定青羊公司工期逾期存在错误，青羊公司不应支付逾期违约金。同时，双方签订的《补充协议》总体解决了整个项目的竣工时间问题，表明双方已民认可了每项工程的具体竣工验收时间和日期。3.《补充协议》确定工程价款系双方对除签证变更部分之外工程的最终结算，对构造柱工程量的减少所涉及的价款支付后不应退还，四川建业工程咨询有限公司的《司法鉴定书》相关鉴定意见，是在正基公司单方委托的构造柱有减少的结论基础之上得出的结论，不应予以采信。
正基公司辩称，一审认定的部分事实不清，适用法律错误，应予改判。1.正基公司不存在逾期付款的问题，因双方对签证变更工程款的金额一直未确认，也未办理竣工结算，一审法院委托作出的鉴定认定的290万元也证明对方主张的签证工程款金额是错误的，因而不存在应支付利息的事实基础。2.双方签订的补充协议只涉及施工图范围内工程价款的认定，不是对工期变更的约定，而且该协议载明的竣工时间也表明青羊公司存在工期违约，而正基公司没有书面声明放弃追究对方的违约责任，故不应认定签订补充协议意味己方对工期变更的认可。
正基公司上诉请求：撤销一审判决第一、二、五项，改判正基公司不向青羊公司支付违约金，青羊公司支付正基公司工期逾期违约金760万元，青羊公司提交符合《合同补充条款》约定的竣工结算书，并与正基公司办理结算，青羊公司退还钢筋材料调差款1054500元、商砼材料调差款269800元，退还未按图纸施工工程款810200元（其中，构造柱减少工程量10万元、楼面未原浆找平扫毛241600元，未随砌随抹、楼梯、地下室墙面未按要求抹灰的工程款468600元），支付因发生工人恶意堵门、闹事违约金5万元，判令双方竣工结算完毕后对应付的款项与质保金一并结算。事实和理由：1.《补充协议》明确约定应在增量工程款金额最终审定后再按规定期限和比例支付，因双方一直未对该款金额达成一致，一审法院委托作出的鉴定意见也证明青羊公司对增量工程款的主张金额存在严重错误，故一审判决由正基公司对上述工程金额确定前的逾期付款违约金，不符合法律和合同约定。对正基公司应承担的逾期付款违约金的认定，应在法院生效判决确定该部分工程款的金额和判决确定的合理支付期限届满后起算。2.青羊公司存在总工期逾期288天的事实，且一审判决对案涉项目1、2、9、10号楼工期违约的事实已查清，青羊公司应承担违约金4703498元，一审判决认定对方承担20万元违约金过低，应予调整。其中，1、2、7、9号楼逾期249天，3、7、8号楼逾期288天，即使按照3%的标准，对方应支付工期不低于300万元的违约金。3、《补充协议》规定2013年12月25日前完成3、7、8号楼质检验收，仅仅是双方对付款前提条件的约定，不能理解为本项目的工期变更或工程竣工时间调整为上述日期。4、《补充条款》约定了青羊公司在竣工验收后提交结算书的义务，此后双方签订的《补充协议》规定青羊公司应在调增、调减审核工作结束后，于20日内申报全套1、2、9、10、3、7、8号楼和地下室的结算资料，并对双方的结算过程、青羊建筑应做的配合工作予以明确，故青羊公司应提交竣工结算书并办理具体结算事宜。4、《补充条款》对可进行价格调差的材料范围和风险系数进行了规定，而《补充协议》华为对暂定总价进行调整和确认，并未涉及价格调差问题，加之钢筋应调减的调差款为105.45万元，商砼应调减的调差款为26.98万元，故青羊公司应将上述款项退还。5.《补充条款》规定因乙方责任出现的民工闹事、封堵大门等影响施工和正基公司形象的，每次由乙方支付违约金5万元。2013年8月，因青羊公司擅自封堵大门导致总平景观单位无法进场，该景观单位曾致函正其公司并提出了现场照片，青羊公司也曾于2013年10月14日向正基公司表示对项目采取封门和停工措施。加之正基公司不存在逾期付款，青羊建筑上述行为应按双方约定承担违约责任。6.案涉项目虽经建设、勘察、设计、施工、监理单位的竣工验收，但只是形式上的验收，青羊公司仍应按照《房屋建筑工程质量保修办法》的规定对地基基础和主体结构承担质量保修责任。合同正式总价应为严格按施工图施工形成的价格，因青羊公司未严格按施工图进行施工，应由其在已付款中退还给正基公司。
青羊公司辩称，正基公司的上诉请求不能成立。事实和理由：1.正基公司的付款违反了补充协议关于增量部分支付时间节点的约定，应按约定的利率计算利息。2.双方所签合同约定以开工通知明确日期为开工日期，因无证据证明，己方不存在逾期竣工问题。3.补充协议关于工程价款的约定包含了各种材料调差款，不应再向对方支付。4.正基公司无证据证明青羊公司有员工封堵大门的情况，故不应向对方支付因相应的违约金。5.关于是否按图施工，青羊公司做到了按图施工，现工程已竣工验收，表明己方施工已达到了质量要求，故不应退还对方提出的未随砌随抹等费用。
青羊公司向一审法院起诉请求，一、被告立即支付原告增加工程量部分的工程款4079789.25元和违约金（违约金自2014年8月25日起计算至付清之日为止，暂计算至2015年5月31日止）；二、本案全部诉讼费、鉴定费用由被告承担。
正基公司向一审法院反诉请求，一、原告向被告提交符合《正基·首席项目一期建安总包工程施工合同补充条款》约定的竣工结算书，并与被告办理竣工结算；二、原告向被告支付因原告未按照《正基·首席项目一期建安总包工程施工合同补充条款》约定的总工期完工的违约金760万元；三、原告向被告支付因原告原因导致正基·首席项目一期建安总包工程施工过程中发生恶意堵门、闹事的违约金5万元；四、原告向被告退还因原告未按照正基·首席项目一期施工图纸施工的工程款共计81.02万元（其中未按照施工图进行构造柱施工的工程款10万元；楼面未采取原浆找平扫毛的工程款24.16万元；随砌随抹、楼梯、地下室墙面未按图纸要求抹灰<水泥砂浆、混合砂浆>的工程款46.86万元）；五、原告向被告退还结算钢筋材料调差款105.45万元；六、原告向被告退还结算商砼材料调差款26.98万元；七、原告应支付给被告的违约金或应退还给被告的工程款、调差款在双方办理完毕竣工结算后，根据法院最终的判决结果与《正基·首席项目一期建安总包工程施工合同补充条款》及《正基·首席项目一期建安总包工程施工合同补充条款补充协议》约定的质保金进行品迭冲抵，多退少补；八、本案的本、反诉的诉讼费及相关费用由原告承担。
一审法院认定事实：2011年5月3日，原告（反诉被告）青羊公司与被告（反诉原告）正基公司签订了《建设工程施工合同》，约定由原告承建被告开发的正基·首席项目一期建安总包工程，约定总工期为435日历天，合同价款7423.85万元；关于工期延误约定了可以顺延的原因，原告应当在14天内就延误工期书面报被告工程师，工程师收到后14天内予以确认，逾期不予确认也不提出修改意见的视为同意顺延；附件3质量保险书中载明各单项的质保期，保修期自竣工验收合格之日起计算，除外墙面防渗漏为5年外，其余为2年。
2011年5月25日，原、被告双方签订了《正基·首席项目一期建安总包工程施工合同补充条款》，约定：总工期435个日历天，预计开工时间为2011年4月28日（若有变化，以被告书面通知的开工时间为准）；本合同为固定单价、总价合同，固定单价见附件六《合同价清单》，总价为8109.477977万元，钢材与砼按照约定调整，调整风险系数为±5%，调差数量参照核对后签订包干合同中清单的材料数量，在结算时统一进行调差；质保金3%，防水五年，土建、安装、装饰工程二年，分两次支付，竣工满2年后30天内支付结算款的2%，竣工满5年后30天内支付结算剩余的1%；第9.7工期未能按期完成，原告承担合同暂定总价2%的工期违约金，每拖延一天，再处罚合同暂定总价的1‰，以此类推；第9.9在工程施工过程中（及保修期内），由于原告责任出现质量问题、安全事故、民工闹事（诸如封堵大门、爬塔吊等影响现场施工的行为、惊动政府相关部门出面解决问题等）或者其他原因，受到报纸、电视等媒体的曝光或政府有关主管部门的通报批评；或虽未受曝光或者批评，但已造成不良社会影响，均会给本工程的社会形象造成损失，每次由原告向被告支付5万元违约金。
合同签订后，原告按约进场施工。施工过程中，原告于2011年8月14日向被告提交《关于正基·首席项目一期工程1、2、9、10号楼主体工程确认工期延期的报告》，请求确认1、2、9、10号楼总工期顺延55个日历天。原告于2012年4月20日向被告提交《关于分包单位延期进场请业主确认总工期延期的报告》，请求确认总工期顺延71个日历天。原告于2012年8月10日向被告提交《关于甲供材料无法按时进场请求确认工期延期的报告》，请求确认1、2、9、10号楼总工期顺延78个日历天。
庭审中，原告举示的案涉工程1、2、9、10号楼的《竣工验收报告》，显示开工时间为空白，竣工验收时间为2013年4月2日。原告举示的案涉工程3、7、8《竣工验收报告》中竣工时间为空白；被告举示的案涉工程3、7、8竣工验收报告、竣工验收备案书中载明竣工时间为2013年12月26日。
工程完工后，2014年3月6日，原、被告双方签订了《补充协议》，补充协议重要内容摘录如下：
鉴于原合同预订的暂定总价为8109.47万元，按约定需双方根据施工图、图纸会审纪要确定最终的合同总价。原告认为总价为9795万元，被告认为应当扣除715万元为总价，对该分歧，双方多次协商，考虑到项目进度等因素达成如下协议：一、合同总价：1、被告认可核对后的9795万元，考虑到进度滞后和商品房交付时间紧迫（3、7、8号楼交房时间为2014年3月24日），被告同意让步，不再对此提出复核要求，原告承诺让利的123万元各自承担一半，再扣减审计费35.67万元，最终的施工图及图纸会审纪要确认价为9697.83万元。2、2012年6月12日双方确认的《3、7、8号楼及部分地下室停工损失统计表》约定的100万元停工损失。3、总包配合费13万元。4、措施费、规费补差28万元。据此双方商定原合同包干总价为9838.83万元（
9697.83万元+100万元+13万元+28万元）。“该总价不含施工过程中的变更和签证，变更和签证按照本协议第三条约定办理。除此之外，双方总价不再做任何调整”。二、付款条件。付款分三部分，分别为1、2、9、10号楼为第一部分，3、7、8号楼部分为第二部分，签证变更为第三部分，质保金均分三部分计算。2、案涉工程3、7、8号楼部分，原告在2013年12月25日前完成质检验收……力争在2014年3月15日前完成全部竣工资料及建设主管部门的备案工作，确保被告在2014年3月24日交房。4、双方配合于2014年4月30日前完成签证，变更的调增、减审核工作后，原告应于20日内申报全套1、2、9、10、3、7、8号楼及地下室的结算资料。3、7、8号楼交房后5个月内被告支付至签证、变更最终审定金额的80%，交房9个月内支付至签证变更的97%。三、结算，双方应根据实事求是的原则，根据工程实际施工内容及合同规定的签证程序及要求，据实对工程量进行增、减，并以此确认签证是否真实、有效。四、违约责任2、除本协议约定的付款外，原告不得向被告提出任何新增费用请求。若原告消极怠工等影响被告进度或逼迫付款的，被告有权停止支付，并按照合同总价10%追究原告违约责任。3、原告应积极配合被告做好签证、变更工程量的审核及结算工作，如因原告原因未完成相关工作的，被告审核时间顺延；如因被告原因未按时提供审核意见，则按照被告申报金额执行。4、如因被告原因未及时付款，逾期一个月以内按应付款的0.05%支付违约金，逾期一个月以上的按应付款的0.3%支付违约金。五、原合同或其他文件的约定与本协议不一致或者有冲突的，均以本协议为准，本协议未约定的全部按原合同执行。
截止原告起诉之日，原、被告双方未就案涉工程的变更和签证部分进行结算，为此，原告诉至法院。
由于原、被告双方未办理签证部分结算，原告主张的金额没有具体依据，被告又提出原告存在构造柱未按图施工应当扣减工程款的情况，在本案审理过程中，原、被告就各自的主张均提出司法鉴定申请。经鉴定，四川建业工程咨询有限公司于2015年8月25日出具了《司法鉴定书》（川建业咨询【2015】字第2015-9-104号），鉴定意见为：一、对于案涉工程增加的工程签证内容工程造价为2903763.15元。其中该签证中第32项砼浇筑天泵费一项，由于双方对该工程抢攻措施的范围划分的不一致，按原告主张该项工程造价为261828.75元，按被告主张该项工程造价为50400元。二、原告承建的案涉工程构造柱减少工程量内容工程造价为64286元。为此，原告垫付了鉴定费86595.79元，被告垫付了鉴定费10725.98元。依照原告提交的《现场签证记录单》（NO.032）关于砼浇筑天泵费一项，记录单中载明签证记录及费用为270940.39元，签证项目价款核定一栏的内容变更了记录中的单价和量，载明“本单最终审定金额为五万零四百零陆元”，依照双方合同约定，签证单金额应当在原告提交后报被告审核认定，故对该项签证内容金额，结合鉴定意见中被告的主张，认定为50400元。
上述事实，有原、被告的主体资格证明、《建设工程施工合同》、《正基·首席项目一期建安总包工程施工合同补充条款》、《关于正基·首席项目一期工程1、2、9、10号楼主体工程确认工期延期的报告》、《关于分包单位延期进场请业主确认总工期延期的报告》、《关于甲供材料无法按时进场请求确认工期延期的报告》、《补充协议》、竣工验收报告、竣工验收备案书、《现场签证记录单》、《司法鉴定书》以及庭审笔录等证据收集在案予以佐证。
一审法院认为，青羊公司与正基公司签订的《建设工程施工合同》、《正基·首席项目一期建安总包工程施工合同补充条款》和《补充协议》，均系双方真实意思表示，其合同内容不违反法律、行政法规强制性规定，依照《中华人民共和国合同法》第六十条之规定，双方应当按照合同依法履行义务、享受权利。
庭审中，原、被告双方对于《补充协议》是否对案涉工程进行了结算有争议，一审法院认为，该《补充协议》是原、被告双方对除签证变更外工程价款的结算，理由如下：第一，双方签订《补充协议》的时间是2014年3月6日，按照最晚竣工验收的案涉工程3、7、8号楼2013年12月26日完成竣工验收来看，该协议签订时案涉工程实际已经完工。第二，从《补充协议》签订的具体内容看，原、被告双方已经确认了合同包干总价为9838.83万元，明确了该价格是以双方最终商定的施工图及图纸会审纪要确认价9697.83万元，加上被告向原告支付的100万元停工损失、13万元总包配合费、措施费、规费补差28万元构成的，符合合同约定的结算方式，并且明确表示“该总价不含施工过程中的变更和签证，变更和签证按照本协议第三条约定办理。除此之外，双方总价不再做任何调整”，即原、被告双方对案涉工程除签证变更外的内容作了全面的结算和认定。第三，除了确认价款，双方还明确了上述合同总价以及未结算的签证变更部分工程款的支付时间节点，以及未按时付款的违约责任，即双方对于收付款的权利义务以及违约责任已经明确，无须再另行协商。第四，被告认为该《补充协议》第三条的题目是结算，即双方应当另行全面结算，该意见实为偷换概念，该条仅有一句话，要求双方应根据实事求是的原则，“根据工程实际施工内容及合同规定的签证程序及要求，据实对工程量进行增、减，并以其确认签证是否真实、有效”，即要求双方对签证部分实事求是地进行结算，并非要求双方另行全面结算，否则签订该《补充协议》也无任何意义。第五，关于工期的问题，《补充协议》中已经明确了3、7、8号楼停工由被告向原告赔偿100万元，即双方在该协议中已经对3、7、8号楼的工期的赔偿问题的处理进行了约定，按照该协议中对3、7、8号楼的约定工期也不存在逾期，故被告无事实理由主张3、7、8号楼工期赔偿。第六，该《补充协议》最后明确“原合同或其他文件的约定与本协议不一致或者有冲突的，均以本协议为准，”即是对该协议的效力和内容的最终认定。
综上，一审法院认为，《补充协议》是原、被告双方对于案涉工程除签证变更部分外的结算，其结算总价9838.83万元和约定的支付方式、违约责任双方均应当遵照履行。除上述合同内价款的结算外，原告请求对增加的工程价款进行认定和支付，即是对案涉工程最终的结算，故对于被告要求双方全面办理竣工结算的主张，一审法院不予支持。对于被告要求原告退还钢筋材料调差款、商砼材料调差款均应当已经包含在双方对合同总价的结算中，故一审法院对该两项反诉请求，不予支持。
由于原、被告双方未按照《补充协议》约定办理签证变更部分的结算，经司法鉴定，一审法院确认案涉工程增加的工程签证内容工程造价为2954163.15元（2903763.15元+
50400元），由于案涉工程款已经竣工验收满2年不足5年，按照合同约定，暂扣1%的未到期的质保金，被告还应当向原告支付剩余工程款2924621.52元，剩余质保金原告应当待质保期满后主张，故对于原告要求被告支付增加工程量部分的工程价款的主张，一审法院部分予以支持。关于原告主张的逾期付款违约金，被告主张原告依据的《补充协议》的约定过高，请求法院予以调整，且原告没有主张其具体损失，一审法院参照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条之规定，调整为按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算违约金。按照《补充协议》约定的在2014年3月24日3、7、8号楼交房后5个月内即2014年8月23日前支付至签证变更审核金额的80%即2363330.52元，在交房后9个月内即2014年11月23日前支付至签证变更的97%即向原告支付502207.75元，剩余59083.25元应当在竣工验收满2年后30日内即2016年1月25日前支付，故该违约金应当分三段，分别按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算，第一段以
2363330.52元为本金，从2014年8月24日起计算至实际付清之日止；第二段以502207.75元为本金，从2014年11月24日起计算至实际付清之日止；第三段以59083.25元为本金，从2016年1月26日起计算至实际付清之日止。
关于被告主张青羊公司总工期逾期，青羊公司应当向其支付违约金760万元的请求，一审法院认为，根据双方的合同，总工期为435个日历天，青羊公司向被告提交的三分报告载明非因青羊公司原因案涉工程1、2、9、10号楼的总工期需要延长的工期为204个日历天，即总工期为639天。由于青羊公司未能举证证明实际开工日期，青羊公司仅在庭审中明确2011年5月初进场开始做准备工作，被告举示的开工许可证中记载的2011年5月18日与双方于2011年5月25日签订的《正基·首席项目一期建安总包工程施工合同补充条款》内容不符，该补充条款中约定的“预计开工时间为2011年4月28日（若有变化，以被告书面通知的开工时间为准）”，证明该补充条款签订时还未正式开工，即使从2011年5月26日起计算开工日至竣工验收日2013年4月2日为677个日历天，减去639个日历天，青羊公司亦存在逾期38个日历天未能举证证明原因。按照合同约定，工期延期应当首先承担合同暂定总价2%的违约金，因双方不能证明实际开工日，但依照合同签订时间青羊公司确实存在工期逾期不能说明原因的情况，一审法院酌情认定青羊公司向被告支付20万元工期逾期违约金。
按照《补充协议》约定按实增减工程价款的约定，经司法鉴定，对于因构造柱减少工程量内容工程造价为64286元，青羊公司应当向被告退还。关于被告反诉主张青羊公司退还因青羊公司未按图施工的两项工程款，楼面未采取原浆找平扫毛的工程款24.16万元和随砌随抹、楼梯、地下室墙面未按图纸要求抹灰（水泥砂浆、混合砂浆）工程款46.86万元的主张，一审法院认为，被告没有举证证明两项主张的事实依据，该金额是被告单方计算且未经青羊公司认可，且该内容本身属于合同内的工程量，双方进行了结算不应当再变动，被告亦未在签字和增减项目的司法鉴定中提出，故对该两项反诉请求，一审法院不予支持。关于被告主张青羊公司应当向其支付施工过程中发生恶意堵门、闹事的违约金5万元，一审法院认为，被告未举证证明青羊公司存在恶意闹事且符合双方合同约定的支付违约金的条件，对被告的该项反诉请求，没有事实依据，一审法院不予支持。
据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百三十四条，《中华人民共和国合同法》第六十条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条之规定，判决：一、成都正基置业有限公司于本判决生效之日起十日内，向成都市青羊区建筑工程总公司支付工程款2924621.52元以及违约金（违约金分三段，均按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算，第一段以2363330.52元为本金，从2014年8月24日起计算至实际付清之日止；第二段以502207.75元为本金，从2014年11月24日起计算至实际付清之日止；第三段以59083.25元为本金，从2016年1月26日起计算至实际付清之日止）；二、成都市青羊区建筑工程总公司于本判决生效之日起十日内，向成都正基置业有限公司支付工期逾期违约金20万元；三、成都市青羊区建筑工程总公司于本判决生效之日起十日内，成都正基置业有限公司退还因构造柱减少的工程造价款64286元；四、驳回成都市青羊区建筑工程总公司的其他诉讼请求；五、驳回成都正基置业有限公司的其他反诉请求。案件本诉受理费44440元，反诉受理费53455元，青羊公司垫付鉴定费86595.79元，正基公司垫付鉴定费10725.98元，共计195216.77元，由成都市青羊区建筑工程总公司负担49272.98元，由成都正基置业有限公司负担145943.79元。
二审中，正基公司出示了如下证据：
1.提交案涉工程1、2、9、10号楼的竣工验收备案表，证明相关楼栋于2011年5月19日开工，与施工许可证载明的开工日期一致。（青羊建筑认为，该证据是系正基公司提交备案，且不是新证据，又不是原件不应予以采信。
2．正基·首席项目一期建安总包工程《控制招标价》，载明2012年1月11日，青羊公司员工和四川良友建设咨询有限公司造价工程师签字认可的工程招标控制价为97951844元，以证明补充协议约定的工程总价的来源，补充协议不是双方的竣工结算协议。（青羊公司认为，工程竣工后双方通过补充协议对除增量部分的工程价款进行了结算，该证据不足以证明补充协议不具有结算效力）
3、正基公司与四川省第一建筑工程公司、重庆市北碚建筑安装工程有限公司关于案涉项目的竣工结算资料、结算书等，以证明结算时双方应有结算申请、竣工结算报告、竣工结算书、结算协议等资料，正基公司与青羊公司之间近一个亿的工程不是凭几张补充协议就可结算完毕，补充协议不能表明双方完成了竣工结算。（青羊公司认为，该证据不具有真实性、关联性，请求不能采信。）
4.二审中，正基公司提交了向青羊公司支付工程款的收据、银行支付凭证、付款委托书等32套，拟证明自2011年8月22日至2015年4月17日，青羊公司共支付工程款总额95542193.38元，该金额已超过了双方签订施工合同和补充协议付款节点、支付比例的约定。根据双方施工合同关于代扣代缴税款的约定，该金额包含了代青羊公司缴纳的相应税款、电费、维修费等，该金额就是共向青羊公司支付的工程款总额。其中的No.0410155收据反映的20.26万元，在青羊公司出具收据后，正基公司根据应扣税金6807.4元，已向对方开具了195792.6元的现金支票。青羊公司认为未收到该20.26万元，应提前声明，至今未声明应视为已收到。
青羊公司质证认为，正基公司出示的No.0410155收据反映的20.26万元青羊公司已收款，青羊公司未收到该现金支票。正基公司主张青羊公司收到，应承担相应举证责任。因正基公司不能证明由青羊公司哪名工作人员收取或提交青羊公司的支付申请，故该金额不能予以认定。根据由银行支付凭证对应的相关票据，认可正基公司已根据施工合同和补充协议的约定支付比例，将包括涉及工程量减少的构造柱工程款在内的合同约定工程范围内的所有工程款基本予以支付。2011年8月至2015年4月，正基公司向青羊公司银行转账支付及代扣税费、维修费、电费、履行保证金累计支付95339593.38元。上述履约保证金50万元已转账退还。
本院认为，双方对截止2015年4月正基公司已向青羊公司支付工程款95339593.38元无异议，本院对正基公司已向青羊公司支付工程款95339593.38元的事实予以确认。对于正基公司举证证明额外已付20.26万元的事实，因其提供的证据仅能证明青羊公司于2012年1月17日出具20.26万元收据，而不能证明已将相关现金支票交付青羊公司或通过其他途径支付该笔款项的事实，结合正基公司自最后竣工的3、7、8号楼交房后9个月内，未补充协议约定支付至合同总价的97%，不影响其对签证变更工程价款的支付）故本院对该笔款项的支付情况不予确认。
本院审理查明的事实与一审法院查明的事实基本一致，本院予以确认。另查明，截止2015年4月正基公司共向青羊公司支付主合同和施工图范围内的工程款95339593.38元。正基公司在一审庭审中称其暂不主张对1、2、9、10号楼的工期违约责任。
以上事实，由双方当事人在二审调查中的陈述、书面质证意见，一审中已经质证的《补充协议》（第二之3条）、正基公司在一审庭审中的陈述等证据，予以证实。
本院认为，青羊公司与正基公司为建设案涉工程项目，先后签订的《建设工程施工合同》、《正基·首席项目一期建安总包工程施工合同补充条款》和《补充协议》系双方真实意思表示，且不违反我国法律、行政法规的禁止性规定，应认定合法有效。上述《补充协议》系双方在案涉工程分期竣工验收后，经充分协商后对合同总价、付款条件、违约责任、工程量核定等问题所达成的总体协议，应作为双方行使权利、履行义务的主要依据。
关于青羊公司所提双方对于逾期付款违约金有明确约定，一审判决不应适用最高人民法院关于建设工程合同纠纷司法解释第十七条的有关利率的规定的上诉意见，正基公司也提出因青羊公司迟迟不予提交结算资料，导致增量工程无法结算价款，不应判令己方支付逾期付款违约金，并应由青羊公司提供全套结算资料。本院认为，首先，双方在补充协议中约定如正基公司未按约定支付签证变更部分工程价款，逾期1个月以上应每日支付0.3%的违约金，因一审中青羊公司未举证证明所受损失，在正基公司提出降低违约金的情况下，一审判决依据合同法规定调整降低违约金并无不当，故对青羊公司的上述上诉请求不予采纳。其次，在青羊公司已将签证变更部分工程施工完成后，其已履行建设施工的主要义务，后期工程价款结算应由双方协作完成，在该部分工程价款通过司法鉴定确定后，正基公司在已支付工程款总额未达到约定要求的情况下，理应根据补充协议明确的付款节点支付相应违约金。因案涉主合同范围内的工程量和签证变更工程的工程量已由一审中委托的司法鉴定最终得到确认，双方应据此制作、完善竣工结算资料。故一审判决按照不同付款节点分别按照中国人民银行同期同类贷款利率，令正基公司支付相应利息，符合双方协议约定精神和签证变更工程价款确定情况，本院予以维持，并对正基公司关于不应支付该违约金的上诉意见不予采纳。
关于青羊公司所提双方签订的《补充协议》总体解决了整个项目的竣工时间问题，一审判决在开工日期无法确定，认定青羊公司工期逾期存在错误的上诉意见，正基公司也提出案涉工程1、2、9、10号楼逾期249天，3、7、8号楼逾期288天，青羊公司应支付工期不低于300万元的违约金。对此本院认为，首先，在正基公司明确表示暂不主张青羊公司为1、2、9、10号楼承担工期违约责任的情况下，一审判决青羊公司承担责任超出了正基公司的反诉请求，应当予以纠正。其次，双方在签订《补充协议》时上述两部分工程均已竣工，且均存在工期逾期的事实，正基公司在协议中基于自身原因对青羊公司施工受到的损失自愿赔偿100万元，而对与误工损失相对应的工期违约不提出权利主张，双方又在该协议末尾部分明确“原合同或其他文件的约定与本协议不一致或者有冲突的，均以本协议为准，本协议未约定的全部按原合同执行”，确定了该协议具有最终解决后续问题的性质。据此，正基公司在案涉工程已全部竣工的背景下，在该协议中未主张对方的工期违约责任应视为对自身权利的放弃，在协议签订生效并得到基本履行的情况下，其再要求对方承担工期违约责任与该协议约定内容和自身在先行为不符，故本院对该上诉意见不予采纳。
关于青羊公司所提《补充协议》确定工程价款系双方对除签证变更部分工程的最终结算，对构造柱工程量的减少所涉及的价款支付后不应退还，四川建业工程咨询有限公司的《司法鉴定书》不应予以采信的上诉意见，本院认为，上述补充协议一方面明确了案涉工程的合同总价及其构成，一方面又在结算部分约定“双方应根据实事求是的原则，根据工程实际施工内容及合同规定的签证程序及要求，据实对工程量进行增、减”，因此上述约定实际明确了应以实际施工工程量及其价款作为最终结算相关工程款的依据。一审法院应正基公司的鉴定申请，根据法定程序确定具有鉴定资质的四川建业工程咨询有限公司，该公司按照符合规定的鉴定方法和程序，对案涉工程构造柱施工中减少的工程量及其价款予以认定，一审法院据此判令青羊公司退还相应工程价款并无不当，本院予以维持，并对青羊公司该上诉意见不予采纳。
关于正基公司所提《补充条款》对可进行价格调差的材料范围和风险系数进行了规定，而《补充协议》未涉及价格调差问题，因钢筋的调差款为105.45万元，商砼的调差款为26.98万元，青羊公司应予退还的上诉意见，本院认为，因双方所签补充协议系最终解决后期遗留问题的总体协议，且明确约定合同总价确定后，除工程量变更外不再作任何调整，故该合同总价不应因钢筋、商砼的调差再作调整。本院对该上诉意见不予采纳。
关于正基公司所提2013年8月青羊公司擅自封堵大门导致总平景观单位无法进场，应按补充条款承担违约责任的上诉意见，本院认为，正基公司出示图片所显示的施工现场大门关闭的场景及相关证明材料，不能认定系补充条款约定的因青羊公司责任导致报纸电视曝光或受到政府批评、导致正基公司形象受损等违约责任情形，故该上诉意见不能成立，本院不予支持。
关于正基公司所提案涉项目虽经竣工验收，但只是形式上的验收，因青羊公司未严格按施工图进行随砌随抹等施工行为，应判令其退还相应施工费用的上诉意见，本院认为，一审中正基公司未申请鉴定青羊公司是否存在上述行为及涉及工程价款，应承担举证不能的法律后果，一审判决对相关反诉请求不予支持并无不当，本院对该上诉意见不予采纳。
综上所述，青羊公司的上诉请求部分成立。正基公司的上诉请求不能成立，应予驳回。本院依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、维持成都市武侯区人民法院（2014）武侯民初字第3007号民事判决第一项、第三项、第四项、第五项，即：成都正基置业有限公司于本判决生效之日起十日内向成都市青羊区建筑工程总公司支付工程款2924621.52元以及违约金（违约金分三段，均按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算，第一段以2363330.52元为本金，从2014年8月24日起计算至实际付清之日止；第二段以502207.75元为本金，从2014年11月24日起计算至实际付清之日止；第三段以59083.25元为本金，从2016年1月26日起计算至实际付清之日止）；成都市青羊区建筑工程总公司于本判决生效之日起十日内，向成都正基置业有限公司退还因构造柱减少的工程造价款64286元；驳回成都市青羊区建筑工程总公司的其他诉讼请求；驳回成都正基置业有限公司的其他反诉请求。
二、撤销成都市武侯区人民法院（2014）武侯民初字第3007号民事判决第二项，即：成都市青羊区建筑工程总公司于本判决生效之日起十日内，向成都正基置业有限公司支付工期逾期违约金20万元。
一审案件受理费及鉴定费共共计195216.77元，由上诉人成都正基置业有限公司负担146543.79元，由上诉人成都市青羊区建筑工程总公司负担48772.98元。二审案件受理费共115895元，由上诉人成都市青羊区建筑工程总公司负担5400元，由上诉人成都正基置业有限公司负担110495元。
本判决为终审判决。
审判长 张卫敏
审判员 曹 洁
审判员 冯 璐
二〇一七年三月二十三日
书记员 刘 璐