镇江市润州区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）苏1111民初1871号
原告江苏申华置业有限公司，住所地本市润州区檀山路8号申华国际冠城63幢第2至第4层201室。
法定代表人殷闻军，该公司董事长。
委托代理人于广洲，江苏大唐人律师事务所律师。
被告镇江交通产业集团有限公司，住所地本市润州区官塘桥路200号。
法定代表人张德军，该公司董事长。
委托代理人王湘、孙丽敏，江苏恒强律师事务所律师。
原告江苏申华置业有限公司与被告镇江交通产业集团有限公司建设用地使用权出让合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告的委托代理人于广洲、被告的委托代理人王湘、孙丽敏到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称：2007年1月26日，浙江置业房地产开发有限公司（以下简称浙江置业公司）通过竞拍取得本市檀山路168号原制革厂地块的土地使用权。同日浙江置业公司与镇江市国土资源局及本案被告签订《拍卖成交确认书》和《土地交付补充协议》，约定土地位于檀山路168号原制革厂地块（宗地号06-10-2），出让面积为62.64亩，出让金为一亿元；被告承担该地块的拆迁安置、征地补偿、土地交付事宜，分两次分别在2007年6月底前和2007年12月底前交付土地；如延期交地，延误三个月内的，以到帐出让金为基数，按同期银行贷款利率支付违约补偿，超过三个月的，按每日1‰支付滞纳金。浙江置业公司为实施该项目，于2007年2月与其他股东成立了原告公司。原告于2007年2月12日、7月6日及8月6日，三次分别支付土地出让金共计8000万元。但被告直至2009年9月22日才交付土地。被告延迟交付土地给原告造成损失，故要求被告依约支付违约金4443.4万元。
被告辩称，1、原告的诉讼已超出诉讼时效，本案讼争的诉讼时效应当从第二期地块的交付时间2009年9月22日起算，至2011年9月诉讼时效已届满，2、原告故意隐瞒了本案已于2010年在市国土局的主持下本案所讼争的争议已解决的事实，如果原告认为在国土局的协调下被告向原告支付的2800万元的补偿款与本案的诉请无关，被告保留追回此款项权利，3、本案所涉的土地交付补充协议，所约定的延期交地违约金过高，远远超出了原告的实际损失，应按银行同期贷款利率每日0.0183%上浮30%，且因首期交地未延期，仅第二期土地交付延期，其违约金计算基数应以2000万元计算。
经审理查明，2007年1月26日，浙江置业公司与镇江市国土资源局签订《拍卖成交确认书》和《国有土地使用权出让合同（06-10-2号地）》，确认土地位于檀山路168号原制革厂地块（宗地号06-10-2），出让面积为62.64亩，由浙江置业公司竞拍所得，出让金为一亿元；约定出让金支付时间为2007年1月31日前支付60%、2007年12月25日前支付40%；土地交付时间为2007年6月底前和12月底前分两次交付；土地受让人同意在2007年12月30日前开工建设，2010年12月30日前竣工。该合同经镇江市公证处（2007）镇证经内字第702号公证书予以公证。2006年12月28日，镇江市国土资源局（甲方）与被告（乙方）签订《土地交付补充协议（06-10-2号地块）》，协议就甲、乙、丙（受让方）三方在上述土地使用权公开上市后的拆迁补偿事宜达成补充条款，主要内容为：乙方负责土地的征收补偿，乙方完成拆迁工作后，交由甲方验收后于2007年6月底前和12月底前，甲、乙双方联合向丙方交付土地；因拆迁延误，乙、丙方不得追究甲方的责任，根据出让合同的约定，由丙方直接向乙方追诉；乙方应承担的经济责任为延误交地三个月内的，以到帐出让金为基数，按同期银行贷款利率支付违约补偿，超过三个月的，按每日1‰支付滞纳金。该协议注明甲、乙双方于2006年12月28日签订，丙方于上市交易成交日在镇江签订。浙江置业公司在签订土地使用权出让合同后，在该补充协议签名。2007年2月12日，镇江市土地交易中心出具证明，证明浙江置业公司竞买取得本市檀山路（06-10-1）土地面积134.4亩土地、檀山路168号原市制革厂地块（06-10-2）面积62.64亩土地，现浙江置业公司在我市注册了江苏申华置业有限公司，根据土地出让公告的约定，浙江置业公司在该地块上相应的权利和义务，由江苏申华置业有限公司承担。2007年2月12日、7月6日及8月6日，原告三次分别支付土地出让金6000万元、500万元和1500万元。2007年6月15日，原、被告及镇江市国土资源局签订《制革厂地块首期交地备忘录》，载明首期交付土地46亩。2009年9月22日，原、被告及镇江市国土资源局签订《制革厂地块交地备忘（二）》，载明交付土地16.64亩。2010年7月22日，原、被告及镇江市国土资源局签署《关于江苏申华置业原车管所地块土地滞纳金处置的会议纪要》，该纪要载明原车管所及制革厂地块，因一些特殊情况，延期交地近一年；原告无法按土地出让协议约定时间获得土地，导致原告因土地出让金迟交而应向镇江市国土资源局补交滞纳金3127元。该纪要形成协调意见为：“本次申华迟交出让金，处罚的是申华，但交投应承担相应的土地迟交责任，即承担其中2800万元”。纪要签署后，被告陆续向原告支付了2800万元。
本案在审理中，根据原告申请，本院向被告原法定代表人李坚作了调查，李坚称原、被告每年就迟交土地给原告造成的损失进行了多次协商，因双方对原告的具体损失金额有分歧，协商未能达成一致意见。
本院认为：浙江置业公司与镇江市国土资源局及被告依据国家有关土地出让的规定，签订的国有土地使用权出让合同及补充协议，合法有效。原告依约定承担上述合同的权利和义务。被告迟交土地应依约承担违约责任。一、被告原法定代表人李坚的证言，证明了被告迟交土地后，原、被告双方每年就迟交土地给原告造成的损失进行协商，故被告认为本案已过诉讼时效的抗辩理由，与事实不符，本院不予采信。二、浙江置业公司与镇江市国土资源局及被告在补充协议中约定的迟交土地违约金计算方式为按原告已支付土地出让金的金额以一定的比例计算，即按资金占用产生的损失计算。而被告依据2010年7月22日会议纪要向原告支付的2800万元，系补偿原告因被告迟延支付土地出让金应向政府部门交纳的滞纳金。根据我国合同法的规定，违约金应与违约所受损失相当，本案向政府部门交纳的滞纳金和资金占用损失均为原告的实际损失；且从纪要的标题为“车管所地块”、内容中有“延期交地近一年”来看，该纪要处理的主要为“车管所地块”（制革厂延期交地为近两年）。故被告认为支付2800万元后，本案所讼争的争议事实已解决的的抗辩理由，与双方签订的相关合同及会议纪要约定不符，本院不予采信。三、因被告按约定的时间交付了首期土地，被告迟延交付的土地仅占原告所购土地的27%，如按原告全部已付款为违约金计算基数，有违违约金应与其损失相当的原则，故被告认为不应以8000万元为计算基数的抗辩理由，符合合同法的公平原则，本院予以采纳。四、补充协议对超过三个月交地，约定按每日1‰支付滞纳金，该计算比例过高应予适当降低，应以银行同期贷款利率的四倍计算。综上，被告应支付原告迟延交地违约金为：迟延交地三个月内90天（2007年12月31日至2008年3月31日）的违约金=8000万元×27%×0.0183%元/日×90天=355752元;迟延交地超过三个月计539天（2008年4月1日至2009年9月22日）的违约金=8000万元×27%×0.0183%元/日×4×539天=8522236.8元，合计8877988.8元。据此，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百一十四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决如下：
一、被告镇江交通产业集团有限公司于判决发生法律效力之日起十日内向原告江苏申华置业有限公司支付迟延交付土地违约金8877988.8元。
二、驳回原告江苏申华置业有限公司的其它诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
三、案件受理费263970元，原告负担20万元，被告负担63970元。此款原告已预交本院，故被告应将所负担的诉讼费用连同上述款项一并给付原告。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状及副本一份，上诉于江苏省镇江市中级人民法院，同时根据《诉讼费用交纳办法》的有关规定，向该院预交上诉案件受理费。
附上诉须知。
审 判 长 沈正涛
助理审判员 曹东升
人民陪审员 许荣发
二〇一六年十月十二日
书 记 员 唐文琳